Институт биохимии им. А.Н. Баха Российской академии наук приглашает Вас принять участие в международном семинаре “Устойчивое международное сотрудничество в области безопасности пищевых продуктов”, который пройдет 18 марта 2014 года в Москве в здание правительства Москвы (ул. Новый Арбат, 36/9). Мероприятие проводится в рамках международной научно-практической конференции «Биотехнология и качество жизни» (http://www.mosbiotechworld.ru/).

Специалисты из ведущих организаций Бельгии, Нидерландов, Португалии, Китая, Великобритании, Украины и России обсудят актуальные вопросы пищевой безопасности.
Целью семинара является выявление проблем и презентация уникальных подходов в определении возникающих новых рисков, тенденций их анализа, обсуждение современных систем контроля качества и безопасности пищевой продукции, а также обзор результатов в этой области, полученных в рамках проекта 7РП EC Collab4Safety. (http://web.spi.pt/collab4safety/).
Семинар официально включен в состав мероприятий, проводимых в рамках Года науки Россия-ЕС 2014 (http://www.eu-russia-yearofscience.eu/ru/1574.php).

Официальный язык семинара: английский и русский
Адрес: Москва, ул. Новый Арбат, 36/9 (здание правительства Москвы, конференц-зал Б)
Время проведения семинара: 18 марта 2014 года (с 12:00 до 19:00)
Участие в семинаре бесплатное.
Чтобы принять участие в семинаре, необходимо зарегистрироваться не позднее 14 марта.

Он-лайн регистрация: http://web.spi.pt/collab4safety/workshops/...ation-form.html
Программа семинара: http://fp7-bio.ru/detail.php?ELEMENT_ID=518

Место транскрипции мРНК пространственно разнесено от места трансляции в клетке. В особенной степени это относится к нейронам с их длинными аксонами и многочисленными дендритами. Более века назад Рамон-и-Кахаль постулировал, что механизмы памяти связаны с синаптической пластичностью, изменениями в форме синапсов и силе их взаимодействия. Современные молекулярные исследования синаптической пластичности связаны, в том числе, с изучением динамики мРНК в нейронах и механизмов локализованной трансляции.

Однако, существующие методы визуализации мРНК внутри клетки либо имеют дело с фиксированными клетками (гибридизация in situ, секвенирование РНК и др.), либо не обладают достаточной чувствительностью (молекулярныя маячки, beacons), либо сопряжены с грубым вторжением в работу живой клетки (микроинъекции искусственных конструкций). Американские ученые сообщают в статьях в Science, что им удалось разработать систему, позволяющую обойти указанные недостатки и пронаблюдать за динамикой мРНК в живых клетках. Суть этого изящного метода заключается в следующем. Были сделаны 2 линии трансгенных мышей; в одной линии к 3'UTR эндогенной мРНК (beta-actin) присоединили несколько шпилек, способных специфически связывать MCP, РНК-связывающий белок фага MS2; вторая линия экспрессировала сам MCP в составе гибрида с GFP. При скрещивании этих двух трансгенных линий мРНК актина оказывалась меченной GFP.

Исследования, проведенные с помощью этой методики, показали, что в отличие от фибробластов, в которых мРНК актина пассивно диффундирует, в нейронах она двигается за счет активного транспорта. мРНК перемещается по нейрону в виде гранул; исследователям удалось проследить за процессами слияния и разделения таких гранул. Оказалось, что в соме и проксимальных дендритах гранулы состоят из нескольких копий мРНК, а в дистальных дендритах – из одной. Деполяризация мембраны, связанная с активностью нейрона, приводила к разделению гранул и, соответственно, к увеличению их числа и понижению количества копий мРНК в каждой грануле. Активация нейрона приводит к локальному усилению трансляции актина, обусловленному не транскрипцией новых мРНК, а активацией уже синтезированных, за счет разборки гранул и/или диссоциации маскирующих мРНК-свзывающих белков. Эта локализованная активация синтеза актина, по-видимому, лежит в основе ремоделирования цитоскелета при навигации аксонов и синаптической пластичности. Механизм такой активации пока неясен и является предметом дальнейших исследований.

Картинка из Science Perspective к обсуждаемым статьям. Синаптическая активность запускает освобождение мРНК актина из гранул и локализованную трансляцию, что приводит к перестройке цитоскелета в активных синапсах.

Источники:
Akbalik, Schuman. Molecular biology. mRNA, live and unmasked. Science. 2014 Jan 24;343(6169):375-6.

Buxbaum et al. Single β-actin mRNA detection in neurons reveals a mechanism for regulating its translatability. Science. 2014 Jan 24;343(6169):419-22.

Park et al. Visualization of dynamics of single endogenous mRNA labeled in live mouse. Science. 2014 Jan 24;343(6169):422-4.

Школа Молекулярной и Теоретической Биологии, Фонд Дмитрия Зимина «Династия»

Старшеклассники, интересующиеся наукой и оценивающие свои силы при поступлении на естественнонаучные факультеты, задаются рядом вопросов: «В чём заключается работа учёного?» «Как ставится настоящий эксперимент?» «Какие личные качества и профессиональные навыки нужны для того, чтобы стать успешным учёным?» Немногие могут ответить на эти вопросы, опираясь на личный опыт. Практические занятия, которые бывают в школе, – это, как правило, опыты с заранее известным результатом, направленные на развитие методологических навыков или проверку давно известных принципов. Мало кто из учителей имеет опыт настоящей исследовательской работы и не всегда может рассказать о том, как на самом деле протекает жизнь ученого. Несомненно, теоретические знания и практические навыки, приобретаемые в школе, важны для будущей научной карьеры. Но даже теоретическое представление основных научных принципов не даёт школьнику почувствовать и понять, что такое занятие наукой на самом деле.

Концепция Школы Молекулярной и Теоретической Биологии основана на убеждении, что многие старшеклассники готовы к участию в научных экспериментах – как интеллектуально, так и практически. Опыт работы в научной среде, в настоящих лабораториях будет полезен для тех старшеклассников, которые должны решить, хотят ли они заниматься наукой и подходит ли им этот род деятельности. Школа даёт им шанс поработать над настоящими научными задачами бок о бок с настоящими учёными и — возможно — внести вклад в исследования научной лаборатории. По ходу работы школьники слушают лекции, осваивают научные методы, учатся делать расчёты и проверять рабочие гипотезы в различных областях молекулярной и теоретической биологии. Школа не имеет отношения к подготовке к экзаменам и олимпиадам. Работа и исследования на Школе сконцентрированы исключительно на процессе научной деятельности и конкретных научных задачах, которыми занимаются приглашенные учёные в своих лабораториях.

Информация о наборе 2014 года: http://dynastybioschool.wordpress.com/cate...%BB%D1%83-2014/

---

Поблагодарили (2): papa Karlo, Vadim Sharov

BIOCAD - инновационная российская биофармацевтическая компания полного цикла приглашает Вас принять участие в конкурсе на замещение вакансии

Научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики

Обязанности:

• Культивирование микроорганизмов и культур клеток, выделение и анализ ДНК, РНК, создание генно-инж. конструкций, ПЦР, секвенирование (Сэнгер, NGS), направленный и ненаправленный мутагенез, создание и анализ библиотек генов.
• Выделение, очистка и анализ рекомбинантных белков (FPLC, HPLC), работа с клетками крови и тканями животных, создание тест-систем.
• Анализ и оформление результатов, написание и курирование научных проектов, написание обзоров, подготовка докладов.

Требования:

• Высшее образование, специализация в области молекулярной биологии, генетики, микробиологии, клеточной биологии, биохимии, биотехнологии. Желательно наличие степени кандидата наук.
• Опыт работы в области молекулярной и клеточной биологии, генной инженерии, биохимии от 3-х лет.
• Английский язык на уровне чтения и перевода специализированной литературы.
• Опытный пользователь ПК (MS Offiсe; Vector NTI, работа с базами данных).
• Аккуратность, исполнительность, внимательность, трудолюбие, способность к обучению.

Условия:

• Месторасположение – пос. Стрельна, корп. автотранспорт от ст. м. «Московская», «Пр. Ветеранов».
• Оформление согласно ТК РФ.
• График работы 5/2, с 9.30 до 18.00, в пятницу – с 9.30 до 17.30.
• Конкурентоспособная заработная плата, ежеквартальные премии по результатам работы, годовой бонус.
• Бесплатное питание.
• ДМС.
• Компенсация аренды жилья.
• Частичная компенсация оплаты годового абонемента в спортивном клубе.
• Дружный коллектив.
• Возможность профессионального и карьерного роста, обучение.

/ Вакансии,  #532056  /

Юлия Сергеевна

Руководитель направления подбора персонала

ЗАО «Биокад»

Санкт-Петербург, Россия

Тел.: +7 (812) 380 49 33, доб.674, моб.: +7 (911) 213 99 30

E-mail: eremicheva@biocad.ru

Веб-адрес: http://www.biocad.ru/

Требуется: Сотрудник

Место работы: С.Петербург

Область деятельности: Генетика и Селекция, Молекулярная биология (биохимия, генная инженерия), Аналитическая химия (исследования), Биотехнология, Фармацевтическая промышленность

Сроки и механизмы освоения суши – важные вопросы для понимания ранней эволюции животных. Новая находка свидетельствует в пользу идеи о том, что наземные существа происходят от морских, а не пресноводных предков.

Трилобиты - одна из важнейших групп древних членистоногих в палеозойских морях. Вопреки своей репутации океанических обитателей, вымершие трилобиты могли выбираться в прибрежную часть приливно-отливной зоны и кормиться на мелководье во время отлива.

Окаменелости, обнаруженные Габриэлой Мэнгано (университет Саскачеван, Канада) и ее коллегами, свидетельствуют, что трилобиты выбирались на литораль еще во времена «кембрийского взрыва» – около 540 млн. лет назад. Исследовательская группа обнаружила останки трилобитов вместе с окаменелыми дорожками следов в скалах Аппалачей (США). Морфологический анализ подтвердил принадлежность следов к трилобитам из группы Olenellidae, найденным в тех же слоях. Окаменелые породы сохранили следы периодического высыхания (трещины) и затопления (рябь). Из этого следует, что в древности они находились на литорали.

Вероятно, быстрый рост разнообразия морских организмов вынудил некоторых из них искать новые, еще не освоенные экологические ниши. Исследователи полагают, что литораль могла предоставлять трилобитам пищу или безопасные укрытия. Таким образом, прямой путь к освоению суши был проложен уже на заре фанерозоя. Впрочем, сами трилобиты не имеют к нему прямого отношения: все они окончательно вымерли около 230 миллионов лет назад, не оставив потомков. Однако экосистемы древней литорали, в которой они, вероятно, играли не последнюю роль, стали "плацдармами" для выхода членистоногих из морей.

Источник: Geology, Nature

---

Поблагодарили (3): xenopus, NCP-bio, bifurcafe

6–10 апреля 2014 года в Сочи состоится событие, способное изменить жизнь каждого человека – международная конференция «Генетика старения и долголетия».

На конференции соберутся ведущие мировые эксперты в области продления жизни. Эти ученые уже внесли потрясающий вклад в изучение старения, в потенциальную возможность сохранения и улучшения качества жизни всех ныне живущих людей.

Основные темы конференции: гены долголетия у человека и животных, эпигенетические механизмы старения, окружающая среда, гены и старение, биомаркеры биологического возраста, фармакологические вмешательства в старение, персональная медицина, системная биология в исследованиях старения.

Участники конференции - крупнейшие специалисты США, Европы и России по генетике старения и продолжительности жизни, изучению природы рака и возрастзависимых заболеваний, исследованию долгожительства и математическому моделированию продолжительности жизни, в том числе Брайан Кеннеди, Президент Института исследований старения Бака, Калифорния, США, Нир Барзилай, директор Института геронтологии при Медицинском колледже Альберта Эйнштейна, Бронкс, США, Дэвид Гемс, Лаборатория старения C.elegans Института здорового старения Лондонского университетского колледжа, Великобритания, Роберт Шмуклер Рис, Отделение Геронтологии, Университет медицинских наук Арканзаса, Литл-Рок, США, Андрей Гудков Онкологический институт Розвелл Парка, Баффало, США и многие другие выдающиеся ученые.

В рамках конференции пройдут круглые столы, посвященные теориям старения, персональной медицине и науке, а также запланирована сессия презентаций коммерческих проектов в области борьбы со старением и возраст-зависимыми заболеваниями.

Зарегистрируйтесь на конференцию тут - http://aging-genes2014.com/register/

Организатор – Благотворительный фонд поддержки научных исследований «Наука за продление жизни». Место проведения - отель Radisson Blu Congress & Resort Center.

Группа исследователей из Колумбийского университета под руководством Сержа Пржедборски (Serge Przedborski) создала полностью человеческую in vitro культуральную модель бокового амиотрофического склероза (БАС), с помощью которой был показан механизм, вызывающий гибель нейронов в случаях спорадического и семейного БАС.

В текущий момент БАС является неизлечимым заболеванием, ведущим к тяжелой инвалидизации и гибели большинства пациентов в течении 3-5 лет после постановки диагноза. Эффективных средств этитропной терапии на данный момент не создано, так как патологический механизм заболевания не понят до конца. Известно, что 90% случаев БАС - спорадические, 10% случаев являются семейными. Для семейных случаев установлена связь заболеваемости с мутациями примерно в 15 генах. Основную роль при этом приписывают мутация в гене супероксид-дисмутазы SOD1. До недавнего времени понять причины спорадических случаев БАС не удавалось. Перенос данных, полученных в мышиной модели БАС, на человека, был в основном неудачен, по всей видимости, из-за узости используемой модели (основана на нарушении функции гена SOD1).

И вот теперь работы в области человеческих моделей сдвинулись с мертвой точки - создана как сама модель, так и показан возможный универсальный механизм гибели нейронов.

Участниками группы были выделены астроциты головного и спинного мозга пациентов, погибших от БАС, после чего было произведено сокультивирование данных астроцитов с моторными нейронами человека, полученными из стволовых клеток. В итоге показано, что нейроны, которые росли в сокультуре с астроцитами больных БАС, гибли в течении двух недель путем некроптоза (програмируемый некроз). Гибель нейронов вызывали астроциты полученные от пациентов как с семейным, так и со спорадическим БАС. Нейроны, росшие с астроцитами от пациентов, погибших от других, не связанных с БАС причин, оставались жизнеспособны. Таким образом, впервые показан общий механизм нейронального поражения при всех формах БАС. Исследование пути астроцит-зависимого некроптоза мотонейронов сулит надежду разработки средств, замедляющих или предотвращающих развитие БАС.

Статья: Re DB, Le Verche V, Yu C, Amoroso MW, Politi KA, Phani S, Ikiz B, Hoffmann L, Koolen M, Nagata T, Papadimitriou D, Nagy P, Mitsumoto H, Kariya S, Wichterle H, Henderson CE, Przedborski S. Necroptosis Drives Motor Neuron Death in Models of Both Sporadic and Familial ALS. Neuron. 2014 Feb 4.

---

Поблагодарили (5): Serpent, Vadim Sharov, xenopus, papa Karlo, NBSC

Miroslav Dundr
(Rosalind Franklin University, Chicago, USA)
Cajal bodies act as genome organizers

Eran Meshorer
(The Hebrew University of Jerusalem, Israel)
A library of endogenously tagged fluorescent fusion proteins in ES cells reveals a novel histone chaperone involved in pluripotency and differentiation

Устойчивость (резистентность) микроорганизмов к антибиотикам, характерная для многих патогенных видов бактерий, представляет собой широко распространенный феномен и серьезнейшую проблему современной медицины. Достаточно вспомнить огромное число внутрибольничных инфекций, вызываемых высокоустойчивыми штаммами метициллин-резистентного Staphylococcus aureus (MRSA). Еще один пример – по данным ВОЗ, для 19% зарегистрированных в 2011 году случаев туберкулеза была отмечена множественная резистентность к антибиотикам.

Обычно бактерии приобретают резистентность в результате мутаций или же в результате горизонтального переноса генов резистентности от других видов бактерий. Эти постоянно идущие процессы провоцируют настоящую «гонку вооружений», вынуждая ученых постоянно искать и разрабатывать новые антибиотики. Соответственно, изучение механизмов резистентности представляется особенно важным.

В опубликованной в журнале Chemistry & Biology работе исследователи из Института Скриппса под руководством Ben Shen представили результаты изучения механизмов резистентности бактерий Streptomyces platensis к собственным антибиотикам. Относительно недавно из этого микроорганизма были выделены 2 новых антибиотика – платенсимицин (platensimycin, PTM) и платенцин (platencin, PTN). Оба вещества действуют, ингибируя процесс синтеза жирных кислот, необходимый в частности для формирования клеточной стенки бактерий. При этом платенсимицин непосредственно ингибирует один из ферментов синтеза (FabF), а платенцин – 2 фермента (FabF и FabH), активных на разных стадиях синтеза.

Авторы установили, что за устойчивость к антибиотикам у продуцирующих их штаммов Streptomyces platensis ответственны 2 механизма. Один из них обеспечивается модификацией мишени обоих антибиотиков – фермента FabF из локуса синтазы жирных кислот. В результате мутации данный фермент становится нечувствительным к действию антибиотика. Такой механизм обеспечения резистентности является «классическим» и известен довольно давно, однако в рассматриваемом случае он является второстепенным.

Основной же механизм реализуется за счет функциональной замены фермента, чувствительного к соответствующим антибиотикам, альтернативным нечувствительным ферментом. Последний кодируется генами ptmP3 и ptnP3 из биосинтетического кластера платенсимицина и платенцина соответственно. Примечательно, что ptmP3/ptnP3 кодируют 1 белок, функционально замещающий одновременно 2 фермента (FabF и FabH). Такой модифицированный механизм биосинтеза жирных кислот и соответствующий механизм устойчивости к антибиотикам описаны впервые. Соответственно, эти данные имеют большое значение для разработки будущих антибиотиков, нацеленных на бактериальный цикл синтеза жирных кислот.


Источник: Peterson RM, Huang T, Rudolf JD, Smanski MJ, Shen B. Mechanisms of Self-Resistance in the Platensimycin- and Platencin-Producing Streptomyces platensis MA7327 and MA7339 Strains. Chem Biol. 2014 Feb 18.

Подпись к рисунку: Снимок культуры Streptomyces sp. на предметном стекле. Изображение взято из Википедии.

---

Поблагодарили (1): Vadim Sharov

Способность некоторых людей запоминать сновидения связана с присутствием в коре головного мозга двух областей повышенной активности, функционирующих как во сне, так и во время бодрствования. Об этом сообщает группа французских нейробиологов под руководством Perrine Ruby из the Lyon Neuroscience Research Center, опубликовавшая результаты своих исследований в журнале Neuropsychopharmacology.

Учеными из числа добровольцев были сформированы две группы: первую составили люди, способные минимум пять раз в неделю достаточно подробно вспомнить свои сны после пробуждения, вторую – те, кто мог это сделать в среднем только два раза в месяц. С целью определения спонтанной мозговой активности, как во время сна, так и во время бодрствования, исследователи использовали позитронно-эмиссионную томографию (ПЭТ).

В результате было обнаружено, что у добровольцев из первой группы в любое время суток отмечается повышенная активность в двух областях коры мозга. Одна из них относится к участку, соединяющему теменную и височную кору, другая – к средней префронтальной зоне коры. Известно, что работа первой области связана с концентрацией внимания, в то время как область средней префронтальной коры участвует в абстрактной мышлении и принятии решений – высших функциях мозга. При этом у пациентов с повреждением обоих этих участков мозга наблюдается существенное снижение способности запоминать сны.

Нейробиологи считают, что полученные результаты могут объяснить причину частых пробуждений и повышенной чуткости во время сна у добровольцев из первой группы. Их мозг время от времени функционирует в более активном, подобном дневному, режиме. Именно благодаря этому и происходит запоминание сновидения. «Установленное нами различие в способности запоминания снов у рассматриваемых групп не исключает существования среди них различий в количестве продуцируемых сновидений», – заключают ученые, обрисовывая возможное направление дальнейших исследований.


Подпись к рисунку: участок, соединяющий теменную и височную кору (Perrine Ruby / Inserm)

Источники: http://presse-inserm.fr/en/why-does-the-br...r-dreams/11156/

Eichenlaub JB, Nicolas A, Daltrozzo J, Redouté J, Costes N, Ruby P. Resting Brain Activity Varies with Dream Recall Frequency Between Subjects. Neuropsychopharmacology. 2014 Jan 16.

---

Поблагодарили (4): Nasta, Dashas, Shanty, Vadim Sharov

Коллеги,
мы рады пригласить Вас к участию в уже III ежегодной международной конференции "Биотехнология. Взгляд в будущее". Конференция пройдет 25-26 марта 2014 года.

Работа конференции будет освещать следующие вопросы:

• Микробиологические производства
• Медицинская биотехнология
• Растения и микроорганизмы
• Перспективные биологически активные вещества
• Биотехнология в решении народно- хозяйственных задач<br>

Прием заявок на участие в конференции до 20 марта 2014 года. Чтобы принять участие, Вам необходимо зарегистрироваться на сайте конференции.

По итогам работы конференции будет издан печатный сборник материалов конференции. Сборнику будут присвоены: код государственной регистрации - ISBN, УДК, ББК, авторский знак. Будет произведена рассылка по библиотекам, размещение сборника материалов в Научной библиотеке http://elibrary.ru/

Организаторы конференции:

• кафедра биотехнологии Казанского Приволжского федерального университета
• сервис виртуальных конференций Pax Grid

Конференция проводится дистанционно с использованием технологии виртуальных миров, поэтому приезжать никуда не нужно. На конференции планируются онлайн устные и стендовые доклады. Для участия в онлайн сессии конференции достаточно выделить 1-2 часа свободного времени. Участники выступившие с устными и стендовыми докладами получат дипломы.

За публикацию взимается оргвзнос. Подробную информацию можно прочитать на сайте конференции или связаться с нами по email: biotech2014@paxgrid.ru

реклама



Выделение внеклеточных везикул: последние достижения и трудности

4 марта 2014, 19-00 (GMT +4)

Приглашаем Вас посетить вебинар, посвященный:

• обзору современных методов выделения внеклеточных везикул
• выделению субпопуляций
• повышению производительности выделения

Вебинар проходит на английском языке.

Вебинар ведет Winston Patrick Kuo, Ph.D., Advisory Board member for Scientific Advisory Board of Exosomics and HansaBioMed and Editor in Chief of the Journal Exosomes and Microvesicles.

Advances in EV sample preparation have not kept pace with advances in downstream analytic techniques such as dPCR and NGS, and the full potential of applying analytical methods for genomics and proteomic profiling to the detection of clinically relevant biomarkers shuttled by circulating EVs has yet to be realized. There is an urgent need for more streamlined, reliable and reproducible EV isolation approaches so that all downstream studies in the field of EVs can be more standardized and efficient. In this webinar, we will discuss the latest advances in methods regarding isolation methods as well as their advantages and disadvantages and justification in their support and the challenges that they encounter.

Для регистрации пройдите по ссылке.

реклама



Миллионы клеток нашего организма погибают каждый день. Этот процесс называется апоптоз. Эта гибель необходима для нашего организма, таким образом поддерживается баланс количества клеток в организме, удаляются деффектные и поврежденные клетки. Если апоптоза не происходит, то последствия могут приводить к различным заболеваниям и раку. Во многих типах рака, белки, которые являются основными регуляторами апоптоза, часто мутированы, или деффектные. Таким образом раковые клетки разработали средства для предотвращения апоптоза , что позволяет им продолжать расти .
К основным регуляторам апоптоза относится семейство ферментов каспаз. Их неправильное функционирование может лежать в основе многих заболеваний человека. Ряд каспаз, в частности каспазы-2, имеют функции супрессоров опухолей. Новые данные свидетельствуют о том, что каспазы не только имеют функцию в процессе гибели клеток, но имеют и не апоптозную функцию , включая регулирование врожденного иммунитета и клеточной пролиферации. Таким образом, каспазы имеют различные роли в защите организма от заболеваний. На этом вебинаре будут обсуждаться инструменты визуализации, разработанные для изучения путей каспазы, и также будут рассмотрены данные, показывающие, что каспазы-2 действует как супрессоры опухоли.

Оглавление вебинара:

• Семья ферментов каспаз - важнейшие регуляторы апоптоза
• Не апоптозная функция каспаз
• Использование методов визуализации для измерения активации каспаз
• Молекулярный путь каспазы-2 и её роль как супрессора опухолей.

Зарегистрироваться на бесплатный вебинар

ВЕСЕННИЙ ФИНАЛ «УМНИК» 2014 г. в РАН

17-18 апреля 2014 г. будет проведен весенний финал отбора проектов по Программе «УМНИК» в Российской академии наук.

Конкурс проводится в два этапа – предварительные отборы по всем тематическим направлениям Программы будут организованы в профильных Институтах РАН (г.Москва), а финальный конкурс - в Президиуме РАН.

ОБРАЩАЕМ ВАШЕ ВНИМАНИЕ! что представительства Фонда, работающие в большинстве субъектов РФ, регулярно (два раза в год) проводят конкурсы по Программе «УМНИК» для молодых инноваторов своих регионов. Перечень всех аккредитованных по Программе мероприятий публикуется на сайте Фонда.
http://fasie.ru/akkreditovannye-meropriyatiya/2014

Для участия в конкурсе РАН необходимо ознакомиться с правилами подачи заявок и критериями отбора победителей, пройти он-лайн регистрацию, загрузить на сайт описание своего проекта, оформленное по стандартному шаблону, и презентацию. В зависимости от выбранного тематического направления заявитель будет включен в список участников соответствующего отборочного мероприятия.

Конкурсант на каждом этапе отбора должен представить свой проект в виде устного доклада с презентацией. Ознакомиться с требованиями для подготовки доклада и презентации можно на сайте:
http://umnik-ras.ru/konkursy_2014.html

Разработка и тестирование новых препаратов для лечения различных видов рака – длительный процесс, требующий огромных ресурсов и материальных затрат. При этом регистрация таких препаратов в контролирующих органах, таких как американская Food & Drug Administration (FDA) или European Medicines Agency (EMA) – отдельная сложная задача. В связи с этим большой интерес представляют поиски новых применений для препаратов, уже прошедших полный цикл тестирования и одобренных регулятором для использования в клинике.

В рамках этого подхода группа исследователей из Института Рака Университета Питтсбурга (UPCI) под руководством Anette Duensing провела скрининг противоопухолевых препаратов, ранее утвержденных FDA, с целью поиска перспективных терапевтических агентов для лечения одной из разновидностей опухолей желудочно-кишечного тракта (ЖКТ).

Стромальные опухоли ЖКТ (gastrointestinal stromal tumors, GIST) составляют до 3% злокачественных новообразований ЖКТ и встречаются с частотой 10-20 случаев на 1 миллион человек. Патогенез связан с мутациями генов KIT и PDGFRA, в терапии используется тирозинкиназный ингибитор иматиниб (Imatinib), однако у многих больных развивается резистентность к данному препарату. Поиск терапевтических агентов для лечения таких резистентных опухолей и был задачей проведенного скрининга.

Для скрининга была использована панель из 89 веществ, одобренных FDA в качестве химиотерапевтических агентов (NCI Approved Oncology Drugs Set II). Тестирование проводилось на первичных культурах клеток пациентов с GIST, а также на модели ксенографтов человеческих GIST у мышей. 37 веществ продемонстрировали противоопухолевую активность по крайней мере в одной из использованных концентраций. В результате установлено, что клетки GIST очень чувствительны к ингибиторам транскрипции и ингибиторам топоизомераз II. С точки зрения механизмов, это объясняется зависимостью опухоли от постоянной экспрессии гена KIT и нарушений в клеточном ответе на повреждение ДНК.

Наибольшую активность на модели мышиных ксенографтов GIST человека показали 2 вещества – непрямой ингибитор транскрипции митрамицин А (mithramycin A) и ингибитор топоизомераз митоксантрон (mitoxantrone). Эти вещества также активны в клинически значимых концентрациях в отношении первичных культур клеток GIST, устойчивых к иматинибу. Таким образом, именно эти соединения являются потенциальными новыми терапевтическими агентами для лечения GIST.

Конечно, определяющее значение для внедрения в клиническую практику имеют предстоящие клинические испытания. Однако наличие детальной информации о препаратах в рассматриваемом случае позволит значительно ускорить эти испытания. При этом данное исследование примечательно простым и эффективным подходом, который в перспективе может быть использован для поиска новых применений и для других уже утвержденных контролирующими органами препаратов.


Источник: Boichuk S, Lee DJ, Mehalek KR, Makielski KR, Wozniak A, Seneviratne DS, Korzeniewski N, Cuevas R, Parry JA, Brown MF, Zewe J, Taguchi T, Kuan SF, Schöffski P, Debiec-Rychter M, Duensing A. Unbiased compound screening identifies unexpected drug sensitivities and novel treatment options for gastrointestinal stromal tumors. Cancer Res. 2014. 74(4):1200-13.

Подпись к рисунку: Механизм действия одного из исследованных соединений из группы ингибиторов топоизомераз II типа – митоксантрона. Показан комплекс топоизомеразы II-бета с ДНК и интеркалирующей молекулой митоксантрона (PDB ID 4g0v). Рисунок взят из Википедии, по материалам статьи: Wu CC, Li YC, Wang YR, Li TK, Chan NL. On the structural basis and design guidelines for type II topoisomerase-targeting anticancer drugs. Nucleic Acids Res. 2013. 41(22):10630-40.

---

Поблагодарили (7): ship, petr, Newsline, Vadim Sharov, Vladim, Nasta, Eurekf

Явление РНК-интерференции было открыто относительно недавно, но интенсивно изучалось, и на сегодняшний день оно применяется для подавления экспрессии генов в самых разных системах и организмах. Одним из ключевых участников этого процесса является белок Argonaute (Ago), присутствующий как у про-, так и у эукариот.

В статье в журнале Nature сообщается об открытии явления ДНК-интерференции – расщеплении чужеродной ДНК, направляемом короткими (13-25 нуклеотидов) фрагментами ДНК (siDNA). Авторы изучали функции белка Ago у Thermus thermophilus и обратили внимание на тот факт, что нокаут по Ago сильно повышает эффективность трансформации чужеродными плазмидами данной бактерии. Сравнение транскриптомов не выявило существенных различий дикого и мутантного штамма. Исходя из имеющихся данных о способности Ago некоторых бактерий связывать как РНК, так и ДНК, авторы предположили, что Ago напрямую расщепляет чужродные плазмиды. Это подтвердилось в серии дальнейших экспериментов, в том числе и по изучению активности очищеных препаратов siDNA-Ago.

Несмотря на то, что некоторые детали данного процесса пока не ясны, авторы предлагают такую модель. При попадании чужеродной плазмиды в клетку, Ago за счет своей нуклеазной активности расщепляет некоторую часть плазмиды и связывается с соответствующими одноцепочечными фрагментами (siDNA). Сиквенс-специфических предпочтений при этом выявлено не было. Комплекс siDNA-Ago расщепляет комплементарную ДНК, находящуюся в одноцепочечной форме (оцДНК, возникающую при естественной компетенции, и/или репликативные интермедиаты). Кроме того, комплекс о siDNA-Ago способен атаковать и дцДНК, внося ники (одноцепочечные разрывы). Если ник образуется в AT-богатой области, то Ago делает ник на комплементарной цепи, что приводит к появлению двухцепочечного разрыва и деградацию плазмидной ДНК другими клеточными нуклеазами. Механизм различения "свой-чужой" не вполне ясен; возможно, существенную роль играет тот факт, что чужеродная ДНК имеет более низкое содержание GC.

Таким образом, в отличие от эукариотического Ago (входящего в состав сложного комплекса РНК-интерференции), бактериальный Ago является простым, но эффективным оружием защиты бактерий от чужеродных генетических элементов.

Картинка: структура Ago T. thermophilus, связанного с siRNA (выделена синим) и siDNA (выделена красным)

Источник: Swarts et al. DNA-guided DNA interference by a prokaryotic Argonaute. Nature. 2014 Feb 16. doi: 10.1038/nature12971. [Epub ahead of print]

---

Поблагодарили (13): Newsline, petr, N-euro, Mike Shelk, Shanty, Alex2006, Vadim Sharov, klav, inview, NMR-guy, belkin, AVS, Dashas

Уважаемые коллеги!

С 7 по 14 сентября 2014 г. в г. Барнауле на базе Алтайского государственного университета состоится Международная молодежная биотехнологическая школа «Биотехнология: от бактериофагов до вакцин».

Организаторы школы: Министерство образования и науки РФ, Алтайский государственный университет, ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор»

В рамках научной Школы пройдут открытые лекции ведущих специалистов в области биотехнологии из научных центров России и зарубежных стран (США, Новая Зеландия, Италия), семинары, мастер-классы и практикумы. К участию приглашаются студенты, магистранты, аспиранты, молодые ученые и преподаватели до 35 лет.

Участие в школе бесплатное. Организационный комитет оказывает помощь в бронировании гостиниц г. Барнаула.

По результатам работы Школы будет сформирован сборник материалов школы и каталог стендовых докладов участников, который будет размещен на официальном портале. Заочное участие не предполагается.

Доклады для участия не обязательны, но отбор участников Школы будет производиться по поступившим в оргкомитет эссе. Необходимо в свободной форме написать о целях своего участия в Школе.

Контакты:

• Заявки принимаются в электронной форме по адресу: ivanova_ka@vector.nsc.ru (Иванова Ксения Анатольевна, тел. 8 953 881 23 77)
• По всем вопросам участия в Школе обращаться к Щербакову Дмитрию Николаевичу, e-mail: scherbakov_dn@vector.nsc.ru, тел. 8 903 930 63 31
• и/или к Шелеповой Елене Владимировне, e-mail: ele-shelepova@yandex.ru, тел. 8 983 183 58

Подробная информация о программе Школы, требованиях к оформлению эссе и образец заявки в прикрепленном документе

реклама

Дорогие друзья!

Как Вы знаете New England Biolabs предлагает широкий спектр стандартов и маркеров молекулярного веса для контроля размера ампликонов ДНК, фрагментов РНК и белков. Стандарты и маркеры обладают чёткой интенсивностью полос и удобным шагом между ними.

Совсем недавно появился новый быстро загрузочный универсальный маркер длин фрагментов ДНК Quick-Load Purple 2-log DNA Ladder (0,1-10 kb).

Поставляется вместе с загрузочным буфером для образцов Gel Loading Dye, Purple (6X).


Преимущества:
1. готов к применению;
2. яркая полоса красителя красно-розового цвета мигрирует в геле на «привычном» уровне бромфенола;
3. в отличие от традиционных реагентов с бромфенолом дорожка красителя не оставляет дополнительной тени при документировании геля под УФ-лучами;
4. можно использовать с другими системами красителей (SYBR, GelRed);
5. подходит для полуколичественного определения содержания ДНК в образцах.

Как обычно: регулярные поставки и европейские цены.
Напишите нам, если хотите получить пробник.

info@skygen.com
+7 (495) 215-02-22
Бесплатная линия: 8 800 333 - 12 - 26

Наиболее заметным событием на конференции AGBT 2014 (Advances in Genome Biology and Technology), проходившей во Флориде с 12 по 15 февраля, стала демонстрация компактного полупроводникового секвенатора GENIUS 110™, разработанного компанией GenapSys.

Производительность этого прибора определяется разрешением одноразовых КМОП-сенсорных чипов. Планируется выпуск чипов трёх типов – для таргетного секвенирования (на 1 млрд.п.о.), для экзомного секвенирования (на 10 млрд.п.о.) и для полногеномного секвенирования (на 100 млрд.п.о.). Сроки выпуска секвенатора не определены, но регистрация заявок на участие в его испытаниях по программе раннего доступа завершается 31 мая.

У полупроводниковых секвенаторов PGM и Ion Proton, разработанных компанией Ion Torrent, сенсорные чипы регистрируют изменение pH при синтезе ДНК. Технология GenapSys построена на регистрации изменения заряда самой ДНК. При таком подходе отсутствуют характерные для приборов Ion Torrent диффузионные потери, что позволяет уменьшить размеры сенсорных пикселов, повысить разрешение чипов и, соответственно, увеличить их расчётную производительность.

Пока неясно, оправдаются ли расчёты разработчиков, но миниатюрность показанного на конференции прибора впечатляет. Картридж с расходными реагентами и все подсистемы полупроводникового секвенатора GENIUS 110™ - электронная, жидкостная и вычислительная - поместились в компактном корпусе шириной 15 см и длиной около 20 см.

Источники информации:
http://genapsys.com/
http://www.genomeweb.com/sequencing/agbt-g...r-leaves-open-q
http://www.pr.com/press-release/543000

---

Поблагодарили (6): молекула, Vadim Sharov, Statin, xenopus, AVS, bifurcafe

Новое исследование древнейшего сообщества многоклеточных и моделирование условий их обитания отвечает на вопрос о том, почему морские животные постепенно увеличивались в размерах.

Оказалось, что размерная гонка между животными происходила уже на заре эволюции многоклеточных. Существа неясного систематического положения, известные под собирательным названием «рангеоморфы», вели прикрепленный образ жизни на каменистых грунтах. Они были осмотрофами, т.е. получали питательные вещества напрямую из морской воды. Внешне рангеоморфы напоминали кисти или перья, а их высота варьировала в пределах от нескольких миллиметров до десятков сантиметров. Какие же преимущества давал им крупный размер? Эти организмы жили на больших глубинах, куда не проникает солнечный свет, и, следовательно, они не были способны к фотосинтезу. Поэтому тенденцию к увеличению в размерах нельзя связать с фототропизмом, как в случае водорослей и других водных растений.

Биологи из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе (США) и их иностранные коллеги попробовали смоделировать процессы, происходившие в экосистемах эдиакарского периода более 580 млн. лет назад. Они провели компьютерную симуляцию придонных течений, которые переносили необходимые животным биогенные вещества.

Рангеоморфы, вероятно, конкурировали с бактериями, которые тоже специализируются на извлечении нужных им химических соединений из воды. Исследование показало, что увеличение в размерах давало рангеоморфам определенные преимущества. Первоначальная гипотеза связывала рост в высоту с придонными градиентами кислорода и питательных веществ. Моделирование показало, что скорость придонных течений убывает по мере приближения ко дну. При этом между потоками с разными скоростями возникают завихрения, которые нивелируют глубинный градиент. А значит, это объяснение не подходит.

С другой стороны, быстрые водные потоки обеспечивают интенсивное перемешивание и увеличивают эффективность осмотрофного питания. Исследователи заключили, что именно этот эффект давал «высоким» эукариотам преимущества перед бактериями, которые образовывали тонкие пленки на грунте.

Интересно, что и сами донные группировки рангеоморфов влияли на окружающие их течения, приводя к их замедлению. Как следствие, это приводило к "эволюционной гонке" размеров: стремясь "дотянуться" до стремительных водных потоков, рангеоморфы становились все крупнее. Вероятно, стратегия была достаточно успешной: они просуществовали вплоть до «кембрийского взрыва», когда на смену протерозойской фауне пришли современные группы морских животных.


Источник: scitechdaily.com,
Ghisalberti M1, Gold DA2, Laflamme M3, Clapham ME4, Narbonne GM5, Summons RE6, Johnston DT7, Jacobs DK8. Canopy flow analysis reveals the advantage of size in the oldest communities of multicellular eukaryotes Curr Biol. 2014 Feb 3;24(3):305-9. doi: 10.1016/j.cub.2013.12.017.

Иллюстрация: Слева - ископаемые отпечатки рангеоморф, справа - реконструкция придонных течений в эдиакарских сообществах. Длина синих стрелок обозначает скорость потоков на разных глубинах. Завихрения между ними (темная линия) препятствуют стратификации слоёв воды.

---

Поблагодарили (7): Mike Shelk, alex017, xenopus, Newsline, NCP-bio, inview, Werta