Web-сайт MolBiol.ru
 

English   Deutsche Fassung  Український варіант
[Войти] [Регистрация]
Всё
всего сообщений: 3792   страницы (190):  1 2 3 4 > » 

раздел новостей: Биотех Экспертное обсуждение документов: профессиональные стандарты в сфере биотехнологий;  до конца 2014
25.10.2014 19:41  NCP-bio / Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 1
Экспертное обсуждение документов, формируемых в рамках разработки профессиональных стандартов в сфере биотехнологий.
http://xn--2030-93dyu2cwb5a.xn--p1ai/%D0%B...80%D1%82%D1%8B/

Приглашаем вас принять участие в этой работе.

Технические возможности площадки позволяют вам ознакомиться с документом и оставить свои предложения/замечания к нему в формате комментария. Обращаем ваше внимание на то, что комментарии проходят предварительную премодерацию, что может повлечь некоторые задержки в их опубликовании.

В настоящий момент выложены для обсуждения:
Специалист-технолог по транспортировке, складированию и хранению биохимической продукции
Специалист-технолог по производству лакокрасочных покрытий, биохимических красителей и бытовой химии
Специалист-технолог в области природоохранных (экологических) биотехнологий
Менеджер контроля качества биотехнологического производства по стандартам



раздел новостей: Информация
26.09.2014 13:17  SkyGen / Vadim Sharov    
сообщение из темы: SkyGen «repr.предст.»       к началу страницы  комментарии:  »
xGen Lockdown зонды и панели от IDT сфокусируют ваши исследования в области секвенирования следующего поколения (NGS)
картинка: _______________.png

Несмотря на то, что удешевление стоимости секвенирования ДНК позволило проводить масштабные исследования (1), непомерно высокая стоимость обработки образцов до сих пор является проблемой практически для всех пользователей. Это заставляет все большее количество лабораторий проводить секвенирование только той части генома, которая представляет интерес. Целевое обогащение при помощи гибридного захватывания, которое рассматривается в данном обзоре, реализуется непосредственно перед проведением секвенирования, схема такого обогащения представлена на рис.1. Методы обогащения генома уменьшают стоимость секвенирования и позволяют сфокусировать свои усилия на конкретном участке гена.

Если мы выделим специфический регионе генома, это позволяет секвенировать один участок во множестве образцов одновременно. Благодаря гибридному захватыванию интересующих участков генома и последующему секвенированию возможно проводить эксперименты по генотипированию, идентификацию вариантов сплайсинга, нахождение мест вставки новых или делеции существовавших нуклеотидов, а также изучение геномной рекомбинации и секвенирование сайтов интеграции вирусов и транспозонов.

картинка: d4_1_cc_target_enrichment_fig_1_2_molbiol_2.png
Рис.1. Целевое захватывание последовательности с помощью xGen Lockdown зондов.


Проведение анализа большого количества целевых участков генома во множестве образцов.


Давайте рассмотрим эксперимент по генотипированию 100 образцов, реализованный при помощи ПЦР, он потребует проведения множества индивидуальных ПЦР-реакций, каждую из которых необходимо будет оптимизировать. Оптимизация и проведение этих реакций потребует большого количества времени и возможность появления ошибок возрастет, из-за того что качество будет зависеть от большого количества индивидуальных реакций. Более того, потребуется большое количестве первоначального материала. В конце концов, генотипирование при помощи ПЦР может не завершиться успешно, если мутации возникают в праймерах. Обычно последовательность праймеров оптимизируется с использованием нескольких образцов, и далее полученные таким путем праймеры используются для амплификации большой совокупности образцов. Такая практика основана на предположении о том, что участки, на которые будут садиться праймеры не претерпевают изменений в составе всей совокупности образцов. Это может оказаться правдой для небольшой серии образцов, но если число реакций увеличивается, то увеличивается и вероятность деформации последовательности сдвигом (рис.2А).

В качестве альтернативы ПЦР, секвенирование NGS после целевого обогащения объединяет все реакции генотипирования и обнаружение мутации в один этап, схема расположения зонда показана на рис.2. При гибридном захватывании последовательности с одиночным нуклеотидным полиморфизмом (SNP) используется зонд, направленный на узнавание последовательности вокруг SNP, и мутация гибридизующейся последовательности, несмотря на неполную комплементарность с зондом не окажет критического воздействия на процесс узнавания. Фактически, зонды xGen Lockdown Probes могут игнорировать до 7 мутаций внутри целевого участка без влияния на эффективность гибридизации. Обогащенная ДНК далее секвенируется в один этап. В таком случае нет необходимости в подборке условий индивидуальных ПЦР и гелей для анализа. Если исследователь решит расширить спектр экспериментов и увеличить количество зондов, направленных на узнавание других SNP, то возможно воспользоваться уже подобранными условиями эксперимента по обогащению и секвенированию.
картинка: xGEN_fig2_molbiol.png
Идентификация сайтов встраивания вирусов и транспозонов

Эксперименты по изучению функций генов часто включают в себя гетеротипическую и экспрессию их последующий нокдаун при помощи интерференцией РНК (RNAi). Ретровирусы используются для введения экзогенной ДНК в геном изучаемых организмов. Фрагмент ДНК может быть интегрирован в безопасный участок между генами или в транскрибируемый участок (2) который может варьировать функцию генов, и вызываемые этим ложные фенотипы. Для исследования проблемного сайта встраивания во множестве различных образцов, возможно проводить целевое обогащение с использованием гибридизации зондов с известными участками экзогенной последовательности ДНК (рис.3). Таким образом, образцы, в которых произошло встраивание экзогенной ДНК могут быть отобраны для дальнейшего изучения.
картинка: xGEN_fig3_molbiol.png
Методика также важна для изучения сайтов интеграции транспозонов и инфицирующих вирусов. Информация о молекулярном механизме встраивания может улучшить понимание разработки лекарств для соответствующих заболеваний, а также быть полезной для решения других задач. Идентификация вирусной ДНК в изучаемом организме также используется для диагностирования стадии заболевания (3). проведение секвенирования ДНК человека, после целевого обогащения участками вирусного генома может подтвердить факт инфицирования.

Изучение альтернативного сплайсинга

Альтернативный сплайсинг наблюдается в 95% генах человека, которые имеют более чем 1 экзон, а ошибки во время этого процесса ассоциированы со множеством болезней (4). Некоторые из таких болезней могут быть диагностированы с помощью нахождения генов, которые альтернативно участвуют в сплайсинге. Для этого может использоваться, например, секвенирования следующего поколения РНК (NGS). Получаемая информация позволяет проанализировать количество РНК, представленной в определенный момент времени, и таким образом, этот метод чувствителен к различиям в генной экспрессии. РНК, полученная из образца, конвертируют в ДНК, и далее проводится стандартная процедура секвенирования ДНК. Для того чтобы облегчить определение малые количества вариантов сплайсинга, которые ассоциированы с заболеваниями, зонды, специфичные к изучаемому транскрипту могут использоваться для обогащения, облегчая обнаружение таких транскриптов (Рис.4). Также, различные изоформы протеинов детектируются в пропорции образца, и оставшиеся образцы могут быть легко проверены на наличие транскриптов альтернативного сплайсинга, по сравнению с изучением экспрессированных протеинов при помощи Western Blot.
картинка: xGEN_fig4_3_molbiol.png

Гибридное связывание увеличивает универсальность экспериментов


Секвенирование следующего поколения, проводимое после этапа целевого обогащения, позволяет исследовать один и тот же образец для решения нескольких задач одновременно, а также упрощается процесс увеличения количества целевых последовательностей. Такая простота расширения количества обогащаемых участков позволит добавить новый участок SNP, информация о котором появилась в печати - для этого к существующей панели зондов добавляется еще несколько, и ее можно использовать для последующих экспериментов по генотипированию. Добавление дополнительного зонда никак не скажется на эффективности работы существовавшей ранее панели, но позволит получать большее количество информации в результате каждого эксперимента. Таким образом возможно более оперативно реагировать на появляющиеся каждый день публикации в сфере NGS.

Прочитав большую часть данного обзора, и узнав обо всех дополнительных возможностях метода, кроме того что он фокусирует эксперименты по секвенированию, Вы задаетесь следующим вопросом: Упростит ли гибридное связывание постановку экспериментов?

Хотя гибридное связывание может быть использовано для решения большого количества задач, иногда этот метод может и не являться наиболее подходящим для всех исследователей. Например, процент прочтений последовательности, полученный от определенного региона увеличивается одновременно с увеличением количества зондов. Панели из большего количества зондов, как правило, более эффективны (в том числе и с точки зрения цены). Маленькие панели зондов используются для изучения ретровирусов и транспозонов; Тем не менее, следует обращать внимание на то, что результаты с использованием разных панелей и разных методов для обогащения могут разниться. Например, повторяемые участки будут захватываться с большей частотой.

В то же время следует понимать, что если задачей является изучение одного целевого участка в тысяче различных образцов, то лучше использовать метод обогащения при помощи ПЦР. xGen Lockdown зонды - изготавливаются полностью на заказ, из которых могут быть использованы для создания захватывающих панелей любого размера.

Зонды xGen Lockdown Probes от IDT

Зонды xGen Lockdown Probes - это индивидуально синтезируемые зонды для целевого обогащения при помощи гибридного связывания. Этот продукт был разработан специально для совместного применения с NGS секвениварония. Зонды могут быть использованы индивидуально для создания панелей, которые могут быть оптимизированы, расширены, комбинированы с другими панелями при необходимости. Также отдельные зонды могут быть добавлены в уже существующие панели для улучшения узнавания труднодоступных участков (например GC-богатых участков).

Кроме того, возможно выбрать одно из готовых решений от IDT - одну из готовых панелей:

xGen Inherited Diseases Panel - панель для обогащения генов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, содержит 116 355 зондов, нацеленных на узнавание 4503 генов и 80 однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), сцепленных с наследственными заболеваниями.

xGen Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0 - панель для обогащения более чем 260 генов ассоциированных с развитием острой миелоидной лейкемии (AML), содержит 11 743 индивидуально синтезированных зондов.

xGen Pan-Cancer Panel v1.5 - панель для обогащения генов, ассоциированных с 12 типами раковых заболеваний, состоит из 7 816 индивидуальных синтезированных зондов, которые обеспечивают обогащение более чем 127 генов.

Обеспечение совместимости с популярными платформами NGS

В процессе обогащения используются блокирующие олигонуклеотиды xGen Blocking Oligos для адаптеров в составе последовательностей библиотек. Такие блокирующие олигонуклеотиды уменьшают неспецифичное связывание и увеличивают эффективность обогащения.

xGenUniversal Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами.

xGen Standard Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq, и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами и адаптерами Roche/454.

Возможно также производство блокирующих олигонуклеотидов на заказ (xGen Custom Blocking Oligos).

Использованная литература

Hayden EC (2013) Gene sequencing leaves the laboratory. Nature 494(7437):290-291.
Ambrosi A, Cattoglio C, Di Serio C. (2008) Retroviral integration process in the human genome: is it really non-random? A new statistical approach. PLoS Comput Biol 4(8):e1000144.
Depledge DP, Palser AL, et al. (2011) Specific capture and whole-genome sequencing of viruses from clinical samples. PLoS ONE 6(11): e27805.
Matlin AJ, Clark F, Smith CW. (2005) Understanding alternative splicing: towards a cellular code. Nat Rev Mol Cell Biol, 6(5):386–398.
Cancer Genome Atlas Research Network. (2013) Genomic and epigenomic landscapes of adult _de novo_ acute myeloid leukemia. N Engl J Med, 368(22):2059–2074.

По всем вопросам подбора Вашей индивидуально панели для обогащения перед секвенированием NGS обращайтесь в СкайДжин: info@skygen.com СкайДжин является официальным дистрибьютором IDTDNA в России!

Для обзора использовалась информация из статьи Target Enrichment Facilitates Focused Next Generation Sequencing


раздел новостей: Конференции 8-week courses in Biomedicine at Skoltech: Registration is open now;  27.10-19.12.2014
15.10.2014 06:58  Сколтех / Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 0
Skolkovo Institute of Science and Technology is proud to announce a unique opportunity for students with a background in Biomedicine to join newly developed graduate (PhD) level 8-week courses offered alongside with Skoltech students this upcoming Term 2 of the fall semester.

Please note that course participation will be offered free of charge and participants will be selected on a competitive basis.

Registration is open for the following courses:

8-week course: “CLINICAL TRIALS AS AN ESSENTIAL PART OF THE INNOVATION PROCESS IN THE PHARMACEUTICAL DEVELOPMENT” by Eugene Selivra .
8- week course: “MATHEMATICAL MODELING IN POPULATION AND SYSTEMS BIOLOGY” by Jaroslav Ispolatov
8-week course: “MOLECULAR BIOLOGY” by Petr Sergiev
8-week course: “BIOINFORMATICS, COMPARATIVE GENOMICS AND SYSTEMS BIOLOGY” by Mikhail Gelfand
8-week course: “STEM CELLS” by Anton Berns, Marianna Bevova

More detailed information on the courses can be found on the website http://www.skoltech.ru/en/education/fall-2...emester-term-2/

Classes will start on Monday, October 27, 2014 and end on Friday, December 19, 2014. Please find the class schedule attached.

Please note that language of instruction will be English only.

If you wish to apply to take part in the course, please send an e-mail (in English) to education@skolkovotech.ru by 5pm on Friday, October 24th.

Your message should include the following information:
Full name and Undergraduate/Graduate education;
Which course(s) you wish to take;
2-paragraph statement of purpose (in English) indicating why you wish to take the course as well as your qualifications which will allow you to be a active and beneficial contributor in the class;
Your level of English (If available, please attach TOEFL/IELTS results).
In addition, please attach you CV and official university transcript.

All selected participants will receive a confirmation by e-mail on October 25, 2014.

If you have any questions, please contact education@skolkovotech.ru

Good luck!


Файл/ы:

скачать файл TERM_202_Schedule_v2_20_282_29.pdf
размер: 103.09к
кол-во скачиваний: 218




раздел новостей: Конференции Семинар с элементами молодежной школы "Life of Genomes";  27-29 октября 2014 г., КФУ
10.10.2014 04:13  Olezhek / Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 0
Приглашаем вас принять участие в международном семинаре с элементами молодежной школы “Life of Genomes” который пройдет в Казанском федеральном университете 26-29 октября 2014 года.
В программе семинара:
- обзорные лекции ведущих зарубежных и российских ученых о современных исследованиях в области анализа генома
- методологические семинары в доступной форме о применении методов генного и геномного анализа в биологии и медицине
- дискуссионный семинар c участием ведущих ученых “Survival guide in Life Sciences”
- cтендовая сессия с активным участием молодых ученых и награждением лучших работ.
Организаторы семинара: Институт фундаментальной медицины и биологии КФУ, Институт агробиологических наук (Япония) и Институт РИКЕН (Япония).
Приглашенные лекторы:
Федор Кондрашов (Центр геномной регуляции, Испания)
Дмитрий Коркин (Вустерский Политехнический Институт, США)
Петр Власов (Центр геномной регуляции, Испания)
Такахиро Кикавада (Национальный институт агробиологических наук, Япония)
Всеволод Макеев (Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН, Москва)
Ришар Корнет (Национальный институт агробиологических наук, Япония)
Мария Логачева (НИИ Физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского, МГУ)
и другие...

Специальный гость семинара - д-р Йошихиде Хаяшизаки, директор Программы инноваций в превентивной медицине и диагностике РИКЕН (Япония)

Место проведения семинара: Казань, Кремлевская, 35, здание библиотеки (к 218 и 219).
Рабочие языки семинара: английский, русский.
Участие в работе семинара бесплатное. Вход свободный.
Для регистрации для участия в семинаре и секции стендовых докладов, а также для того, чтобы у организаторов была возможность сделать участникам симпатичные бэйджики, присылайте уведомление о желании посетить семинар и тезисы доклада по электронной почте: lifeofgenomes@gmail.com до 21 октября 2014 года
Семинар проводится при поддержке Российского научного фонда, Программы повышения конкурентоспособности КФУ, компании “Диа-М” и “Agilent Technologies”.
Ждем вас в Казани!

P.S. Семинар хорошо комбинируется с конференцией "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине" (29 окт-1 ноября, КФУ) cool.gif

http://kpfu.ru/news/seminar-s-elementami-m...-39life-of.html


раздел новостей: Информация IV Фестиваль актуального научного кино «360°»;  Москва, 8 - 15 октября 2014
07.10.2014 21:23  Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 0
Идея создания фестиваля научного кино находится в русле общего процесса переосмысления пространства науки и ее роли в обществе, наблюдаемого сейчас во всем мире. Вот некоторые его черты:

По нашему замыслу, Фестиваль 360˚ — это:

самые интересные и актуальные киноработы, созданные в мире за последние 2 года
поиск новых идей и форм выражения научной мысли и исследовательских процессов языком кино
возможность взглянуть на научные факты под любым углом, в том числе и с точки зрения их социальной значимости площадка для диалога науки, искусства и общества

Всего за восемь дней IV Международного фестиваля актуального научного кино «360°» на разных столичных площадках покажут 44 фильма из более чем 20 стран. Впервые в этом году на фестивале представлена российская программа документальных фильмов.

http://360.polymus.ru/

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): klav


раздел новостей: Информация соискание премии Президента Российской Федерации в области науки и инноваций для молодых учёных за 2014 год;  до 14 ноября
07.10.2014 03:44  Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 0
Сегодня официально открылся приём документов на соискание премии Президента Российской Федерации в области науки и инноваций для молодых учёных за 2014 год. Соответствующее извещение опубликовало на своём портале Министерство образования и науки РФ.

Срок приёма документов, которые учёным до 35 лет следует направлять в Совет при Президенте Российской Федерации по науке и образованию, продлится до 14 ноября.

http://минобрнауки.рф/%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%B8/4501/%D1%84%D0%B0%D0%B9%D0%BB/3433/MON-pr-6337_ot_17.09.2014.pdf


раздел новостей: Конференции
28.09.2014 22:09  guest: electron / Vadim Sharov    
сообщение из темы: Московский семинар по клеточной биологии       к началу страницы  комментарии:  »
картинка: Vassetsky.jpg Дата: 9 октября 2014 г.
МГУ, Биологический факультет, ауд. 359, 17:00

Егор Васецкий

Institute Gustave Roussy, Villejuif, France

"The role of nuclear organization in regulation of transcription and the occurence of chromosome translocations in human lymphomas"

Chromosomes are confined to chromosomal territories in the nuclear space. Translocations that lead to exchanges of chromosome arms may disrupt this cellular order and lead to relocalization of genes within the nucleus.
We have studied the localization of cyclin D1 (CCND1) and c-myc gene regions within the nuclei in normal human lymphocytes and the mantle cell lymphoma and Burkitt lymphoma cells and cell lines. We have shown that both CCND1 and c-myc genes were relocalized form the chromosomal periphery into the central perinucleolar region following translocation. We have also shown the presence of nucleolin-binding sites in the vicinity of the CCND1 gene and show that they upregulate transcription from the CCND1 promoter. We also show intensive binding of nucleolin to the CCND1 gene promoter after the translocation and also show that the chromatin organization of the translocated regions changes after the translocation and that these changes span over very large regions. The same pattern is observed in the Burkitt lymphoma, where c-myc is upregulated by nucleolin.
We propose a novel mechanism of carcinogenesis brought about by chromosomal translocations where the relocalization of chromosomal territories within the nuclear space leads to misregulation of translocated genes. Similar mechanisms may be involved in the genesis of translocations in human B-lymphocytes.

Справки: 8-495-939-5528
moscellbiol@gmail.com
web-site: https://sites.google.com/site/moscellbios/

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): electron, Vadim Sharov


раздел новостей: Конференции
23.09.2014 19:15  BeckmanCoulterLS / Vadim Sharov    
сообщение из темы: Beckman Coulter Life Sciences «repr.предст.»       к началу страницы  комментарии:  »
картинка: pic_molbil.jpgПриглашаем Вас посетить двухдневный семинар «Современные технологии в клинической лабораторной диагностике и биомедицинских исследованиях», который пройдет в Санкт-Петербурге 14 - 15 октября 2014 г.

Семинар приурочен к 25-летнему юбилею деятельности компании Beckman Сoulter Int. S.A в Санкт-Петербурге и Северо-Западном регионе России.

В программе семинара:
- современное состояние лабораторной диагностики в России;
- доклады специалистов по ключевым направлениям в клинической лабораторной диагностике и биомедицинских исследованиях;
- новое оборудование для клинической лабораторной диагностики и биомедицинских исследований;
- консультации специалистов.

Организаторы семинара: ООО «Бекмен Культер», ООО «ЛабТэк Лтд», Sarstedt AG&Co, ФГБУ «НИИ экспериментальной медицины» СЗО РАМН, совместно с Российской Ассоциацией Медицинской Лабораторной Диагностики.

Место проведения семинара: г. Санкт-Петербург,
НИИ экспериментальной медицины СЗО РАМН, конференц-зал, Каменноостровский пр., д. 71 (ст. м. «Петроградская» или «Черная речка»).


Файл/ы:

скачать файл BeckmanCoulter_25_years_invitation.pdf
размер: 242.4к
кол-во скачиваний: 200



скачать файл BeckmanCoulter_25_years_agenda.pdf
размер: 126.93к
кол-во скачиваний: 195




раздел новостей: Конференции Кластер конференций MedChem 2015;  Новосибирск, с 5 по 10 июля 2015 года
16.09.2014 06:45  redfox / Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 0
Уважаемые коллеги приглашаем Вас принять участие в работе кластера конференций по медицинской химии, включающего в себя 2-ю Российскую конференцию по медицинской химии, 6-ю Российско-Корейскую конференцию «Современные достижения химии биологически активных веществ и биотехнологии» и 2-ую Молодежную школу-конференцию по медицинской химии. Мероприятия состоятся с 5 по 10 июля 2015 года в Академгородке г. Новосибирска, Россия.
Целью Конференций является обсуждение состояния дел и перспектив развития работ во всех областях медицинской химии, химии биологически активных соединений и биотехнологии, развитие сотрудничества и интенсификация научных связей между исследователями России, Кореи и других стран. Подробная информация о Конференциях представлена на сайте: http://web.nioch.nsc.ru/medchem2015/
http://vk.com/club76821057
https://www.facebook.com/groups/427184830746536/


Файл/ы:

скачать файл 1st_announcement.pdf
размер: 871.36к
кол-во скачиваний: 312




раздел новостей: Конференции The International Bioprinting Conference \ Международная конференция по 3D биопечати и биофабрикации;  Москва, 21 — 22 октября 2014 года
05.09.2014 06:52  Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 3
Второй год подряд в России в Москве проводится одно из самых значимых международных событий в мире биотехнологий.
21 — 22 октября 2014 года в Гиперкуб с докладами приглашены ведущие ученые и исследователи, работающие в зоне биотехнологий, клеточных и тканевых технологий, органной трехмерной биопечати, материаловедения, IT для биотехнологий и т.д. Ожидаются выступления таких заслуженных лекторов как: — James J.Yoo M.D., Ph.D., Professor, Institute for Regenerative Medicine Office of Women in Medicine and Science Physiology&Pharmacology Translational Science Institut Gordon G.Wallace BSc, Ph.D, DSc, Australian Research Council Laureate Fellow, Executive Research Director of the Australian Research Council Centre of Excellence for Electromaterials Science. Director of the Intelligent Polymer Research Institute, University of Wollongong, Director of the Australian National Fabrication Facility, Materials Node; — Vladimir Mironov M.D., Ph.D., Cief Scientific Officer Laboratory for Biotechnological Research «3D Bioprinting Solutions»; — Aleksandr Ovsianikov, Dr., Assistant Prof. Vienna University of Technology (TU Wien), Additive Manufacturing Technologies (AMT), Institute of Materials Science and Technology; — Dmitri А. Ossipov Ph.D., Sernior Researcher Uppsala University, Department of Chemistry-Ångström Laboratory, Polymer Chemistry; — Utkan Demirci, MS in MS&E, PhD Associate Professor Bio-Acoustic MEMS in Medicine Labs, Assistant Professor of Medicine, Harvard Medical School MA, USA, Associate Professor at Stanford University School of Medicine; — Shu-Wei R. Sun, Ph.D., Assistant Professor Biophysics and bioengineering, School of Science and Technology, Loma Linda University, CA, USA., Assistant Professor, secondary appointment Radiation Medicine, School of Medicine, Loma Linda University, CA, USA., Adjunct Professor Bioengineering, University of California, Riverside, CA, USA; Смотреть анонсирующее видео: https://www.youtube.com/watch?v=QTXbleBHytU


раздел новостей: Биотех
04.09.2014 06:50  BeckmanCoulterLS / Redactor    
сообщение из темы: Beckman Coulter Life Sciences «repr.предст.»       к началу страницы  комментарии:  »
реклама

user posted image

Физическая и химическая характеризация наночастиц с использованием аналитической ультрацентрифуги

10 сентября 2014, 18-00 (GMT +4)

Вебинар посвящен самым современным методикам анализа растворов наночастиц на аналитических ультрацентрифугах. Будет показано, как избежать часто встречающихся трудностей в анализе.

Вебинар проходит на английском языке.

Вебинар ведет Osman M Bakr, PhD Assistant Professor, Materials Science and Engineering, King Abdullah University of Science and Tech.

Colloidal nanoparticles have become important materials in biomedicine, catalysis, and optoelectronics. Their unique nanoscale properties stem from their size (particularly of the inorganic particle core) and surface composition of their organic ligand-shell. Given the polydispersity of nanoparticles, and complex composition, no technique other than Analytical Ultracentrifugation (AUC) has the potential to provide detailed information on the overall particle size, density, molecular weight and aggregation state in solution.

While AUC has become a standard tool for bioscientists to quantitatively study the size, confirmation, and interaction of macromolecules and proteins in solution for many decades, it has not had the same success with nanoparticles. Unlike nanoparticles, most proteins have a well-known partial specific volume, and hence it is straightforward to convert quantities measured from AUC, such as the sedimentation coefficients, into parameters that provide physical insights into the macromolecule, such as frictional ratio (i.e. shape) and molecular weight. Recent advancements in the mathematical modeling of the sedimentation boundaries have enabled the parameterization of the sedimentation and diffusion coefficients of all the species detected in solution during centrifugation in terms of their partial specific volume and molecular weight. This advancement opens the door to quantitative investigation of most nanoparticle systems by AUC - without a priori knowledge of their partial specific volume - since most nanoparticles have a constant shape which can be assessed by electron microscopy.

Для регистрации пройдите по ссылке.


раздел новостей: Конференции Методы NGS на реальном примере;  23-25 сентября 2014
04.09.2014 23:15  Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 0
23-25 сентября, 17:30

140 аудитория в Главном здании СПбГУ

миникурс

«Грубая сила в действии: путеводитель по методам на основе высокопроизводительного секвенирования и редактирования геномов (на примере изучения Notch-сигналинга в развитии Т-клеток)«

Тарас Креславский, PhD

Postdoc, Institute of Molecular Pathology (Vienna)

Подробнее: http://bioseminars.wordpress.com/2014/09/02/ngs-methods/


раздел новостей: Биология Эмбрионы, эволюция и длина первичных транскриптов: размер имеет значение
13.08.2014 21:44  xenopus / Redactor           к началу страницы  комментарии: 3
картинка: Transcript_length.pngТрадиционно принято считать, что изменения длины транскриптов являются эволюционно нейтральными событиями. Тем не менее, очевидно, что чем длиннее ген, тем больше клеточных ресуров он требует для транскрипции. И, что немаловажно, для транскрипции длинных генов необходимо значительное время. Например, рекордсмен по длине первичного транскрипта, человеческий ген дистрофина (2.3 Мб), транскрибируется около 16ч. Однако, транскрипция со всех трех классов полимераз прекращается во время митоза. Абортивные транскрипты при этом деградируют в ядре при участии малоизученного механизма. Следовательно, в интенсивно пролиферирующих клетках транскрипция длинных генов должна быть затруднена или вообще невозможна. Поскольку длина первичных транскриптов определяется в основном размером интронов, этот феномен был назван интронной задержкой (intronic delay). Интронная задержка может играть важную роль в различных процессах. Например, она обеспечивает осцилляцию ряда генов при формировании сомитов позвоночных. У "быстрых" генов, например участвующие в клеточном ответе на стресс, низкая плотность интронов.

Рассматриваемая статья посвящена анализу феномена интронной задержки в полногеномном масштабе. Для выяснения связи длины транскриптов и интенсивностью пролиферации были выбраны эмбрионы дрозофилы. Как известно, у дрозофилы деления дробления не сопровождаются формированием клеточных мембран и происходят очень быстро: первые 9 делений занимают около 9 минут каждое, затем еще 4 деления занимают по 17 минут, а 14е деление происходит еще через час, которое завершается целлюляризацией. В ходе анализа эмбрионального транскриптома авторы подтвердили ряд предсказаний теории интронной задержки: зиготические транскрипты короче материнских; на ранних стадиях дробления доля генов без интронов выше, чем на более поздних; разница в уровнях экспрессии длинных и коротких генов уменьшается по мере удлинения клеточного цикла в ходе эмбриогенеза. Показано, что эти эффекты обусловлены не различиями в скорости инициации транскрипции или в скорости деградации РНК, а тем, что длинные гены не успевают транскрибироваться. На ранних стадиях обнаружено большое число абортивных 5'-транскриптов, тогда как на более поздних стадиях их пропорция по отношению к нормальным уменьшается. Кроме того, авторы сравнили интронную задержку у разных видов дрозофилы. Оказалось, что она не является, как считалось раньше, селективно-нейтральной. Короткие транскрипты, экспрессирующиеся на ранних стадиях, испытывают существенное давление отбора против увеличения размеров; этот эффект проявляется сильнее на генах с высоким уровнем экспрессии. Некоторые данные позволяют предположить, что эффект интронной задержки имеет место и у позвоночных.

Таким образом, размер интронов сам по себе является существенным фактором, влияющим на паттерн экспрессии генов, структуру и эволюцию геномов.


Картинка из рассматриваемой статьи: Зависимость уровня экспрессии генов от стадии развития (А и В – два разных набора данных).

Источник: Artieri and Fraser. Transcript length mediates developmental timing of gene expression across Drosophila. Mol Biol Evol. 2014 Jul 28. pii: msu226. [Epub ahead of print]
Статья в открытом доступе.

Всего благодарностей: 4Поблагодарили (4): Replikant, OlgaGen, Vadim Sharov, genseq


раздел новостей: Информация Конкурс на соискание премий Европейской Академии для молодых ученых России;  срок подачи заявок продлен до 15.09.2014
25.08.2014 16:14  shapoval / Redactor           к началу страницы  комментарии: 50
Клуб российских членов Европейской Академии приглашает молодых российских ученых принять участие в 21-ом конкурсе на соискание премий Европейской Академии.

Премии присуждаются за фундаментальные научные исследования (естественные и гуманитарные науки), выполненные в России и опубликованные в виде статей в ведущих научных журналах или книг. Победителям будут вручены дипломы, медали и денежные премии в размере 1000 долларов.

Список победителей 20-го конкурса Европейской Академии и правила оформления заявок помещены на сайте http://www.belozersky.msu.ru/ (Европейская академия).

Сбор заявок продлен до 15 сентября 2014 года.
Телефон для справок в Москве 8-495-939 13 57 (Шаповалова Ирина Владимировна, с 14 до 17 час).


раздел новостей: Информация Осенний интенсив «Биотехнологии будущего»;  26-29.09.2014, Digital October, Москва
24.08.2014 22:15  Ilnaz / Redactor           к началу страницы  комментарии: 12
user posted image

С 26 по 29 сентября 2014 года пройдет уникальное для России мероприятие — Осенний интенсив «Биотехнологии будущего».
Организатор — Future Biotech.
Мы приглашаем студентов, аспирантов и молодых специалистов принять в нём участие. Увлекательные курсы лекций, практические занятия, круглые столы, экскурсии и ещё множество всего интересного, что поможет молодым учёным оценить свои профессиональные возможности и построить успешную научную карьеру! Заявки принимаем на нашем сайте: intensive.futurebiotech.ru/

Дорогие друзья, мы будем очень благодарны, если вы расскажете о программе коллегам или просто разместите информационный постер на доске объявлений в вашем учреждении. Постер доступен для скачивания и готов к печати.


Файл/ы:

скачать файл poster_29.pdf
размер: 7.31мб
кол-во скачиваний: 481




раздел новостей: Информация «УМНИК» в Российской академии наук;  осень 2014
02.09.2014 22:45  Vadim Sharov           к началу страницы  комментарии: 0
УВАЖАЕМЫЕ КОЛЛЕГИ!
Прошу донести следующую информацию до сотрудников Ваших Институтов!
Заранее спасибо!

30-31 октября 2014 г. будет проведен осенний финал отбора проектов по Программе «УМНИК» в Российской академии наук.
Программа, организованная Фондом содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, поддерживает инновационные проекты молодых ученых (до 28 лет), которые ориентированы на среднесрочную перспективу (3-6 лет) эффективной коммерциализации научных результатов. Финансирование проектов победителей в размере 400 тыс. рублей осуществляется поэтапно в течение 2-х лет по 200 тыс. рублей в год.
Конкурс будет проводиться в два этапа – предварительные отборы по всем тематическим направлениям Программы пройдут в профильных Институтах РАН, а финальный конкурс будет организован в Президиуме РАН (Москва, Ленинский проспект, 32А).
Для участия в конкурсе необходимо ознакомиться с порядком подачи заявок на сайте http://umnik-ras.ru/podacha_zayavok.html, пройти он-лайн регистрацию и загрузить на сайт описание и презентацию проекта.
В зависимости от выбранного тематического направления заявитель будет включен в список участников соответствующего отборочного мероприятия, на котором необходимо представить проект в виде устного доклада с презентацией. С требованиями к докладу и презентации можно ознакомиться на сайте http://umnik-ras.ru/trebovaniya.html.

Расписание отборочных мероприятий:
1. Направления: Биотехнологии и Медицина будущего
Дата проведения: 17 сентября 2014 г.
Место проведения: Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН (ИБХ РАН)
Срок подачи заявок: до 15 сентября 2014 г.

2. Направление: Современные материалы и технологии их создания
Дата проведения: 22 сентября 2014 г.
Место проведения: Институт металлургии и материаловедения им. А.А.Байкова РАН (ИМЕТ РАН)
Срок подачи заявок: до 18 сентября 2014 г.

3. Направление: Новые приборы и аппаратные комплексы
Дата проведения: 24 сентября 2014 г.
Место проведения: Институт машиноведения им. А.А.Благонравова РАН (ИМАШ РАН)
Срок подачи заявок: до 22 сентября 2014 г.

4. Направление: Информационные технологии
Дата проведения: 07 октября 2014 г.
Место проведения: Институт системного анализа РАН (ИСА РАН)
Срок подачи заявок: до 03 октября 2014 г.

КОНТАКТЫ ОРГКОМИТЕТА:
Электронный адрес: umnik.ras @ gmail.com
Тел/факс: (495) 954-1367.

Более подробная информация на сайте
http://umnik-ras.ru/konkursy_2014.html

--
С уважением, Садыхов Эльчин Гусейнович
координатор программы «У.М.Н.И.К.» в РАН,
заместитель директора по инновационной работе
Института биохимии им. А.Н. Баха РАН , к.х.н.
т/ф. (495)954-1367


раздел новостей: Информация VI Международная школа молодых учёных по молекулярной генетике на тему: «ГЕНОМИКА И СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ»
17.06.2014 22:57  Murc-off / Redactor           к началу страницы  комментарии: 0
реклама

картинка: school_img.png
ПЕРВОЕ ИНФОРМАЦИОННОЕ ПИСЬМО

VI Международная школа молодых учёных по молекулярной генетике на тему:
«ГЕНОМИКА И СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ»


С 16 по 21 ноября 2014 г. на базе пансионата «Звенигородский» Российской академии наук состоится Шестая Международная школа молодых учёных по молекулярной генетике «Геномика и системная биология».

Школу проводит Институт молекулярной генетики РАН.

Программа Школы-2014 является продолжением программы предыдущих Школ, проведенных в 2004, 2006, 2008, 2010 и 2012 гг. Планируется рассмотрение таких тем, как общая и функциональная геномика, роль геномных исследований в эволюционной биологии, геномика и основные клеточные процессы, ферментные системы и их регуляция. Рабочий язык – русский.

Предполагается участие молодых учёных из разных стран, а также выступление лекторов – ведущих учёных из России, ближнего и дальнего зарубежья. В рамках Школы будут организованы дискуссионные тематические семинары и стендовые сессии с активным участием молодых учёных. Тезисы будут опубликованы. Оргкомитет будет активно поддерживать участие в работе Школы научных руководителей молодых учёных, преподавателей ВУЗов, ведущих курсы по молекулярной биологии, генетике, биотехнологии и биохимии и желающих усовершенствовать знания в данных областях. Точная программа работы Школы будет выложена на сайте Института несколько позже.

Регистрационный взнос участника Школы-конференции составляет 10 300 рублей. Он будет расходоваться на подготовку и проведение Школы, издание сборника тезисов, проживание в комфортабельных 2-х местных номерах 5 суток, 3-х разовое питание в ресторане и кофе-паузы по программе.

Оплата будет производиться путем безналичного перечисления средств на счёт ИМГ РАН. Общую сумму возможно «разбить» на две: «участие в Школе-конференции» и «услуги по проживанию».

Количество мест для участников ограничено. Предполагается возможность выделения льготных мест на конкурсной основе.

Регистрация заявок слушателей будет осуществляться до 1 октября 2014 г. на сайте Школы по адресу http://school.img.ras.ru.

По всем вопросам, связанным с проведением Школы-2014 и участием в ней обращаться:

Сайт Школы: http://school.img.ras.ru
Электронная почта: school_2014@img.ras.ru
Тел.: + 7 (499) 196-02-10, +7 (905) 558-74-40, +7 (929) 994-98-53 (Коломин Тимур, Филиппова Ирина, Сломинский Пётр Андреевич, Шадрина Мария Игоревна).
Факс: + 7 (499) 196-02-21 (с пометкой ШКОЛА-2014).


раздел новостей: Биология Пролиферация гепатоцитов: Rb vs YAP
11.08.2014 21:39  xenopus / Redactor           к началу страницы  комментарии: 13
картинка: Organ_Size_Control_Is_Dominant_over_Rb_Family_Inactivation.jpgБелки семейства Rb (от Retinoblastoma) являются ключевыми регуляторами клеточного цикла, запрещая переход от G0 к G1. Они связываются с транскрипционным фактором E2F, регулируя экспрессию ряда генов клеточного цикла. Инактивация Rb приводит к неконтролируемой пролиферации и инициации онкогенеза. Неудивительно, что гены Rb оказываются мутированными в клетках самых разных опухолей. Однако, как выяснилось, "всевластие" Rb оказалось не столь безгранично, как считалось ранее.

Статья в Cell Reports посвящена роли Rb в регуляции пролиферации гепатоцитов. Печень млекопитающих примечательна необычно высокой способностью к регенерации, в том числе и после частичной гепатэктомии. Поэтому, вследствие высокого пролиферативного потенциала, гепатоциты являются хорошей моделью для изучения регуляции клеточного цикла. Исследователи провели кондиционный нокаут всех трех генов семейства Rb в гепатоцитах взрослых мышей – Rb, p107 и p130 (TKO, triple-knockout). К удивлению авторов, TKO в зрелых гепатоцитах (в отличие от предшественников оных) привел лишь к временной активации пролиферации – через некоторое время клетки опять переставали делиться. Это означает, что активность Rb является не единственным механизмом ареста клеточного цикла зрелых гепатоцитов. Дальнейшее изучение этого феномена показало, что прекращение пролиферации не зависит от p53-пути, а находится под контролем E2F. Сравнение транскриптомов покоящихся клеток дикого типа и "арестованных" TKO показало, что значительная часть генов, экспрессия которых оказалась подавлена в TKO-гепатоцитах, является мишенями YAP. YAP – транскрипционный фактор, ключевой участник сигнального каскада Hippo, играющего важную роль в эмбриональном развитии печени, контроле ее размера и онкогенной трансформации. Был отмечен пониженный уровень YAP и TEAD1, а также повышенный уровень фосфорилирования YAP. Выяснилось, что E2F и YAP регулируют сходный набор генов-мишеней. Трансформация TKO-гепатоцитов конститутивно-активной формой YAP приводила к активации генов-мишеней E2F и возобновлению пролиферации. Детали этого механизма не вполне ясны; предполагается, что E2F и YAP могут физически взаимодействовать на промоторах генов-мишеней.

Таким образом, в гепатоцитарных предшественниках пролиферативная активность контролируется белками семейства Rb. В зрелых же гепатоцитах вступает в игру Hippo-зависимый контроль размера органов, образуя дополнительный механизм контроля клеточного деления.

Источник:
Ehmer et al. Organ Size Control Is Dominant over Rb Family Inactivation to Restrict Proliferation In Vivo. Cell Rep. 2014 Jul 24;8(2):371-81.
Картинка – graphical abstract к обсуждаемой статье.
Статья в открытом доступе.


Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): Vadim Sharov, Пасюк


раздел новостей: Биология В-клетки регулируют фенотип макрофагов и ответ на химиотерапию
20.08.2014 16:46  slavak4609 / Redactor           к началу страницы  комментарии: 8
картинка: B_Cells.pngВ-клетки поддерживают развитие плоскоклеточной карциномы путем депозиции иммунного комплекса в премалигнизированную ткань и активации миелоидных клеток. Истощение В-клеток усиливает инфильтрацию опухоли активированными лимфоцитами и улучшает ответ на химиотерапию. В-клетки и регулируемые ими пути представляются перспективными мишенями для противораковой терапии.

В-лимфоциты – главный компонент гуморального иммунитета, участвуют в продукции иммуноглобулинов, в презентировании антигенов, секретируют провоспалительные цитокины. Но иммунный ответ на опухоль не всегда связан с её подавлением. Противоопухолевые антитела могут защищать раковые клетки от атаки цитотоксичных Т-клеток, В-клетки могут поддерживать развитие опухоли. Авторы предположили, что В-клетки и регулируемые ими пути могут быть мишенями для комбинированного с химиотерапией лечения рака.

В окружении опухолей плоскоклеточной карциномы человека (squamous cell carcinoma (SCC)) наблюдалась усиленная транскрипция мРНК CD20 (поверхностного белка В-клеток) и иммуноглобулинов (Ig). Ранее на модельных SCC мышах было показано, что развитие SCC сопряжено со связыванием Ig c активированными рецепторами FcγR В-клеток. Поэтому авторы решили проверить терапевтическую эффективность подавления В-клеток с помощью моноклональных антител против CD20 и блокирования сигнального пути Fcγ с помощью селективных ингибиторов тирозинкиназы Syk. Оба этих агента эффективно подавляли прогрессию пре-SCC дисплазии в рак. Дефецит В-клеток приводил к неспособности поддерживать рост опухолей SCC. Если анти-CD20 вводили мышам одновременно с имплантацией сингенной SCC, они достоверно замедляли рост опухоли. Но если опухоль уже развилась, несмотря на ее сильную инфильтрацию Т-клетками существенного эффекта не наблюдалось. Химиотерапевтические средства, в частности паклитаксель, также не оказывали существенного влияния на развившуюся опухоль, но их комбинация с анти-CD20 приводила к регрессии опухолей. Прекращение терапии паклитакселем сопровождалось возобновлением роста опухоли, но последующее возобновление терапии опять вызывало регрессию.

Комбинированная терапия анти-CD20+паклитаксель перепрограммировала микроокружение SCC усиливая инфильтрацию опухоли CD8+ Т-клетками, что приводило к ускорению гибели раковых клеток. CD8+ Т-клетки, полученные из селезенки, обрабатывали культуральной средой макрофагов мышей леченных анти-CD20+паклитаксель. Эти макрофаги усиленно экспрессировали мРНК ряда цитокинов, связанных с мобилизацией лейкоцитов (в частности CCL5). Селезеночные CD8+ Т-клетки экспрессировали рецепторы CCR5 и CXCR3, связанные с сильным противоопухолевым ответом. Блокада CCR5 ослабляла хемотаксис CD8+ Т-клеток до уровня его у нелеченных мышей. Ограничение инфильтрации опухоли макрофагами путем нейтрализации соответствующими антителами фактора стимуляции роста колоний CSF1 восстанавливало ангиогенез в опухоли. Нейтрализация лечебного эффекта анти-CD20+ паклитаксель достигалась путем подавления CD8+ Т-клеток, а также химическим ингибитором CCR5. Таким образом, ответ на терапию регулируется CCR5-положительными CD8+ Т-клетками.

Вероятно, анти-CD20 будут полезны для лечения и других, отличных от SCC форм рака. Следует также определить терапевтическую эффективность блокирования регулируемых В-клетками путей, в частности подавление активности киназ Syk и ВТК.


Источник: Affara NI, Ruffell B, Medler TR, Gunderson AJ, Johansson M, Bornstein S, Bergsland E, Steinhoff M, Li Y, Gong Q, Ma Y, Wiesen JF, Wong MH, Kulesz-Martin M, Irving B, Coussens LM. B cells regulate macrophage phenotype and response to chemotherapy in squamous carcinomas. // Cancer Cell. 2014; V. 25: P. 809-821.

Подпись к рисунку: Истощение В-клеток перестраивает фенотип ассоциированных с опухолью макрофагов.
Слева: при развитии опухоли продукция аутоантител В-клетками приводит к внедрению иммунного комплекса (IC) в неопластическую ткань. Этот комплекс активирует рецептор FcγR, активирует ряд проопухолевых путей, включая ангиогенез, перестройку тканей и пути поддерживающие опухоль в окружающих тканях и в ассоциированных с опухолью макрофагах (ТАМ) ТН2.
Справа: терапия антителами против CD20 уменьшает количество В-клеток и иммуноглобулинов, в отсутствие которых развиваются ТН1 ТАМ, продуцирующие повышенный уровень ангиосатиков (CXCL10, 11) и хемокинов CCL, которые стимулируют инфильтрацию опухоли CD8+ Т-клетками и усиливают ответ на химиотерапию (СТХ).

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): Danse, Vadim Sharov, Euglenalonga


раздел новостей: Биология Пальцы конечностей формируются в соответствии с алгоритмом Тьюринга
11.08.2014 00:03  xenopus / Redactor           к началу страницы  комментарии: 1
картинка: In_Turing_s_hands_the_making_of_digits.pngМатематик Алан Тьюринг известен не только как взломщик знаменитого кода «энигма» во II мировую войну, но и как автор математических моделей эмбриональных процессов. В частности, т.н. модель реакции-диффузии вошла во все современные учебники эмбриологии. Эта модель хорошо описывает такие процессы, как пигментация кожи рыб или распределение волосяных фолликулов в эмбриогенезе. В замечательной статье в Science испанские исследователи применили модель реакции-диффузии к совсем другому эмбриональному процессу — формированию пальцев при развитии конечностей. Традиционно считалось, что разметкой конечности управляет в основном сигнальный каскад Shh (Sonic hedgehog). Однако со временем накопилось значительное количество фактов, свидетельствующих о том, что разметка пальцев контролируется не активностью Shh, а каким-то другим самоорганизующимся процессом.

Авторы рассматриваемой статьи обратили внимание на тот факт, что экспрессия в зачатках конечностей раннего скелетного маркера Sox9, в норме и при определенных экспериментальных воздействиях напоминает модель Тьюринга. Сам Sox9 является не только downstream-эффектором, но и активным участником сети Тьюринга — он влияет на активность сигнальных каскадов BMP, Wnt и FGF. При этом активность каскадов BMP и Wnt оказывается в пространственной противофазе с экспрессией Sox9. Исходя из экспериментальных данных, авторы разработали мат. модель, суть которой понятна из приводимого рисунка: BMP активирует экспрессию Sox9, Wnt ее подавляет, а сам Sox9 подавляет активность обоих каскадов, т.н. BSW, Bmp-Sox9-Wnt модель. Эта модель несколько сложнее, чем исходная модель реакции-диффузии (состоящая из двух компонентов - активатора и ингибитора). Модель BSW неплохо моделировала формирование полос Sox9 и Bmp/Wnt при искусственном культивировании клеточной массы, однако для большего приближения к реальному процессу эмбриогенеза авторам пришлось учесть модулирующее влияние гена Hoxd13 и каскада FGF. Итоговая компьютерная симуляция воспроизводила природный процесс с большой точностью. Кроме того, моделирование искусственных воздействий на систему было подтверждено экспериментально. Так, подавление Bmp приводило к исчезновению экспресии Sox9, подавление Wnt — к ее равномерному распределению, а подавление обоих каскадов — к увеличению «длины волны», т.е размеров пальцев, в точном соответствии с моделью.

Таким образом показано, что в разметке конечности участвуют два не зависимых друг от друга процесса (см. рис.). На более ранней стадии развития каскад Shh определяет передне-заднюю полярность конечности, а затем, в соответствии с вышеописанным механизмом, происходит разделение на отдельные пальцы. Zuniga and Zeller, к тому же, предполагают, что взаимодействие этих двух процессов (Shh регулирует экспрессию Hoxd13, а тот, вместе с FGF, влияет на BSW систему) привело к уменьшению числа пальцев в ходе эволюции тетрапод до 5.

Источники:
Сама статья в Science
Raspopovic et al. Modeling digits. Digit patterning is controlled by a Bmp-Sox9-Wnt Turing network modulated by morphogen gradients. Science. 2014 Aug 1;345(6196):566-70.

Science perspective
Zuniga and Zeller.In Turing's hands--the making of digits. Science. 2014 Aug 1;345(6196):516-7.

Картинка из Science perspective: Слева — ранний зачаток почки конечности; цветом показан градиент Shh, определяющий передне-заднюю ось формирующейся конечности. Внизу — трехузловая модель реакции-диффузии Тьюринга. Справа — пространственное распределение Bmp, Wnt и Sox9 в более позднем зачатке конечности. d1-d5 – пальцы с 1го по 5й, соответственно.


Всего благодарностей: 6Поблагодарили (6): Danse, Ig, haurhot, mart61, Vadim Sharov, Tokarev

страницы (190):  1 2 3 4 > » 
 
Колонка новостей, спонсор — "Диаэм"
компания 'Диаэм' — cпонсор колонки новостей
поиск по каталогу Диаэм
 

  






Каталоги


Объявления





···
···

molbiol.ru для



···
 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  · Doctor Plastic: увеличение груди - в центре Москвы  · 
···






···
 ·  отличный выбор ванны чугунные с доставкой  ·  подмосковн­­ое уполномоче­­нное туристичес­­кое агентство Coral Travel · 
···

 
 
molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов     Rambler