Давид Позе и его коллеги из института Макса Планка в Тюбингене сделали открытие, дающее ключ к контролю цветения растений. Используя арабидопсис, они показывают как своевременное цветение, критичное для успешной репродукции растений, регулируется сплайсингом одной единственной мРНК - транскрипционного фактора FLM, - включающей разные интроны при разных температурах (Posé et.al. Nature, 2013 ).


Согласно работе, изменение температуры (с 16 до 27 °С) переключает альтернативный сплайсинг FLM c β на δ-форму. Обе изоформы связывают репрессор цветения SVP, но имеют противоположную активность: FLMβ привлекает SVP к хроматину и подавляет экспрессию генов, тогда как FLMδ лишен сродства к ДНК и удерживает SVP неактивным - запускается транскрипционная программа, в результате которой растение расцветает.


Чтобы доказать ключевую роль FLM в регуляции цветения, авторы показали как с помощью β и δ изоформ FLM можно вызывать и останавливать цветение без изменения температуры (на рисунке). Поскольку FLM высоко консервативен среди цветковых растений, открытие может найти широкое применение, позволяя адаптировать растительные культуры к неблагоприятному климату.


На рисунке: на верхней панели - репрессор SVP связывает ДНК-локусы, регулирующие цветение, только в комплексе FLMβ, но не с FLMδ; на нижней - трансгенные образцы Arabidopsis thaliana, экспрессирующие либо FLMβ (левый), либо FLMδ (правый).

---

Поблагодарили (1): Mike Shelk

Приглашаем Вас на курс открытых лекций, провидимых лабораторией биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского СПбГУ при поддержке компании Диаэм
«Введение в биоинформатику: биоинформатика в биологии и медицине».


Место проведения - Санкт-Петербург, Средний проспект, 41A, СПбГУ, время – 19.00, вход свободный.

Данный курс лекций адресован всем, кто хочет получить расширенное представление о биоинформатике, а так же о том, как она помогает биологам и медикам в исследовательской работе и в лечебной практике. Курс ставит задачу дать представление слушателей курса о роли биоинформатики в биологии и медицине.


Ближайшие лекции:
- 11.12.2013 (Wed) Сравнительная и эволюционная геномика
(A.Makunin)
- 18.12.2013 (Wed) Как работают гены. Функциональная геномика с точки зрения биониформатики
(Dr.V.Brukhin)
- 25.12.2013 (Wed) Поиск генов, влияющих на заболевания, на основе анализа данных когортных исследований
(Dr.A.Svitin)

Полное расписание лекций

В половине EGFR-положительных опухолей глиобластомы наблюдается также его мутантный вариант EGFRvIII, что связано с более тяжелым течением болезни. Показано, что EGFRvIII экспрессируется только в тех же клетках, где экспрессируется EGFR. EGFR фосфорилирует EGFRvIII, который затем проникает в ядро, формирует комплекс с STAT3, что приводит к фосфорилированию STAT3 и усилению онкогенной потенции опухоли.

Рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) играет важную роль в онкогенезе многих опухолей. При мультиформной глиобластоме (GBM) – агрессивной и неизлечимой опухоли мозга более чем в половине случаев наблюдается амплификация и усиленная экспрессия гена EGFR. Кроме того, в 50% таких случаев в опухоли присутствует и так называемый вариант III (EGFRvIII), у которого делетированы экзоны 2-7, утрачен экстраклеточный домен и способность к димеризации, но повышена стабильность. В то время как усиленная экспрессия EGFR наблюдается практически во всех клетках опухоли, EGFRvIII экспрессируется лишь в меньшинстве из них.

Авторы работы исследовали взаимодействие EGFR и EGFRvIII. С помощью иммуно-гистологического анализа они установили, что EGFRvIII экспессируется в сравнительно малой фракции клеток из 58 GBM и только совместно с EGFR. При трансдукции этих генов в культивируемые клетки наблюдалась повышенная способность расти в полужидком агаре. При совместном введении EGFR и EGFRvIII эта способность усиливалась больше, чем следовало ожидать вследствие аддитивного эффекта. При введении EGFR+EGFRvIII клеток мышам опухоли росли заметно быстрее, чем в случаях EGFR или EGFRvIII.

Далее был проведен анализ сигнального пути STAT, активация которого связана с прогрессией опухоли, а у больных - с негативным прогнозом заболевания. В культивируемых клетках EGFR+EGFRvIII наблюдалось значительно большее накопление фосфорилированных форм р-STAT3 и р-STAT5, чем в клетках с EGFR или с EGFRvIII. То же наблюдалось и в соответствующих опухолях мышей, и в образцах из GBM человека. При анализе процесса фосфорилирования в ответ на введение лиганда – эпидермального фактора роста (EGF) оказалось, что в клетках EGFR+EGFRvIII интенсивно фосфорилируется не только EGFR, но и EGFRvIII. EGFRvIII не способен взаимодействовать с лигандом. Следовательно, EGFR осуществляет кросс-фосфорилирование EGFRvIII.

Механизмы кросс-фосфорилирования были исследованы с помощью искусственно сконструированных вариантов EGFR, способных использовать аналоги АТФ, плохо работающие с киназами дикого типа (analog-sensitive (as3) alleles). В клетках EGFR^as3 наблюдалось EGF-зависимое фосфорилирование EGFRvIII, а ингибитор аллелей as3 подавлял фосфорилирование как EGFR^as3, так и EGFRvIII. В то же время в “обратном” эксперименте в случае EGFR+ EGFRvIII^as3 ингибитор не влиял на фосфорилирование. В экспериментах вариантами генов с поврежденным киназным доменом было показано, что EGFR дикого типа может фосфорилировать дефектный EGFRvIII, но не наоборот. Таким образом, EGFRvIII является субстратом для EGFR.

Анализ фракционированных субклеточных компонентов показал, что фосфорилированный EGFRvIII обнаруживается как в цитоплазме, так и в ядре. Если EGFRvIII был лишен сособности проникать в ядро, фосфорилирования STAT не набдюдалось. Эксперименты по иммунопреципитации показали, что фосфорилированный EGFRvIII образует комплекс с STAT-3 и его образование зависит от активированного EGFR. В клетках EGFR+EGFRvIII в результате обработки ингибиторами EGFR и STAT наблюдался ярко выраженный апоптоз.

Возможно комбинированная терапия ингибиторами EGFR и STAT будет полезна при лечении форм GBM, связанных с наличием EGFRvIII.


Источник: Fan QW, Cheng CK, Gustafson WC, Charron E, Zipper P, Wong RA, Chen J, Lau J, Knobbe-Thomsen C, Weller M, Jura N, Reifenberger G, Shokat KM, Weiss WA. EGFR Phosphorylates Tumor-Derived EGFRvIII Driving STAT3/5 and Progression in Glioblastoma. // Cancer Cell. 2013; V. 24: P. 438-449.

Подпись к рисунку: Механизм взаимодействия EGFR и EGFRvIII. Связывание EGF с его рецептором EGFR приводит к его активации фосфорилированием и к активации киназных путей. Активированный EGFR фосфорилирует мутантный EGFRvIII, инициирует его транспорт в ядро. Фосфорилированный EGFRvIII образует комплекс с STAT3, что необходимо для фосфорилирования и активации STAT3.

Каждый из нейронов человека может иметь уникальный геном - вследствие мозаичной анеуплоидии. Таковы результаты секвенирования геномов единичных нейронов человека – работы Майкла МакКоннела и его коллег из университета Вирджинии (McConnell et.al., Science, 2013).


Прогресс в технологии секвенирования, достигшей возможности использовать единичные клетки, позволил оценить разнообразие генома человеческих клеток мозга. Относительная нестабильность генома нейронов известна давно и служит предметом спекуляций о ее роли в работе нервной системы. Но то, что анеуплоидия может быть столь частой, оказалось неожиданным: авторы показывают, что от 13 до 41% (в зависимости от образца) нейронов фронтального кортекса человека содержит как минимум 1 Мб анеуплоидного генома! При этом анеуплоидия является мозаичной: фрагменты одной и той же хромосомы могут присутствовать как в двух (норма), так и в одной и трех копиях на клетку (на рисунке). Причины и последствия геномных аберраций пока неизвестны. Очевидно, что разный геном подразумевает разные свойства клеток, но в чем именно эти свойства и является ли анеуплоидия направленным процессом или следствием старения – предстоит выяснить в будущем.


На рисунке: каждая панель представляет результаты анализа генома отдельного нейрона. Точки соответствуют индивидуальным генам, ось y указывает количество их копий на клетку. Стрелками отмечены участки делеций (одна копия) и дупликаций (три копии) хромосомных участков. В редких случаях, некоторые гены отсутствуют полностью.

---

Поблагодарили (18): Mike Shelk, Olezhek, Gleb K, papa Karlo, xenopus, NMR-guy, Pharmaсol, Shanty, Dafna, Squaw, Агроном, Dergg, fruitfly, YurijTynkevich, AVS, niksavelov, Gubanov Sergey, Vadim Sharov

Авторы применили альтернативный подход для подавления злокачественных опухолей. Действие нового препарата направлено не против раковых клеток, а против окружающих опухоль макрофагов, активно участвующих в онкогенезе. Препарат блокировал рецептор фактора стимуляции роста колоний у макрофагов. При этом макрофаги не погибали, но прекращали продукцию факторов, необходимых для роста опухоли. Полученные результаты обещают хорошие перспективы в лечении не только фатального заболевания – мультиформной глиобластомы, но и, возможно, ряда других раков.

В последнее время появляется все больше успешных исследований природы рака и по разработке методов его лечения направленных не против раковых клеток как таковых, а на противораковую модификацию микроокружения опухолей. Предлагаемая публикация – еще одна из таких работ, открывающая многообещающие перспективы лечения рака.

Самая агрессивная из глиом – мультиформная глиобластома (glioblastoma multiforme, GBM) практически не поддается традиционному лечению и неизбежно приводит к смерти. Как альтернативная стратегия терапии разрабатываются способы воздействия на ассоциированные с опухолью макрофаги, активно участвующие в онкогенезе ряда опухолей, в том числе GBM.

Авторы применили новую разработку концерна “Novartis” BLZ945 в исследовании на модельных мышах, воспроизводящих один из подтипов GBM человека – пронейральную GBM. BLZ945 способен проникать в мозг и обладает высокой аффинностью и специфичностью к рецептору фактора стимуляции роста колоний CSF-1R. В культурах как мышиных, так и человеческих GBM BLZ945 не подавлял рост клеток. В то же время ежедневное пероральное введение его мышам через 2,5 недели после индукции GBM позволяло 64,3% из них бессимптомно и без побочных эффектов выживать до 26 недель. Практически все контрольные животные погибали в течение 8 недель. Если же у мышей GBM уже развились, введение BLZ945 вызывало регрессию опухолей. Подавлялась пролиферация глиомных клеток и в 9-17 раз усиливался апоптоз. Лечение мышей BLZ945 после внутричерепного введения клеток GBM человека и из первичных, и из перевиваемых культур также резко подавляло рост опухолей.

Вопреки ожиданиям, блокада в ассоциированных с опухолью макрофагах CSF-1R-сигнального пути макрофаги не подавляла. Авторы исследовали механизмы, посредством которых ассоциированные с глиомой макрофаги защищаются от подавления BLZ945. Культуральная среда, в которой выращивались клетки GBM мышей или человека, препятствовала подавлению BLZ945 макрофагов костного мозга. В среде были обнаружены три цитокина, связанные с пролиферацией макрофагов костного мозга. Следовательно, клетки глиомы поставляют факторы, позволяющие окружающим их макрофагам выживать в присутствии ингибитора CSF-1R. В качестве таких факторов идентифицированы GM-CSF и IFN-γ.

С целью выяснить, почему блокада CSF-1R вызывает подавление опухолей, но не ожидавшееся подавление макрофагов, авторы сравнили профили транскрипции генов в ассоциированных с опухолью макрофагах при действии BLZ945 и без. Идентифицировано 257 различно экспрессирующихся генов: у 52 транскрипция была заметно усилена, у 205 заметно подавлена. Из них было выбрано пять референсных генов: у четырех генов транскрипция подавлялись, а один активировался. Все подавлявшиеся гены участвуют в переходе макрофагов в состояное М2, связанное с их участием в канцерогенезе, а об активированном было известно, что его активация связана с позитивным прогнозом рака молочной железы. Эти и другие дополнительные данные показали, что при действии BLZ945 ассоциированные с опухолью макрофаги теряют способность состояния М2 поддерживать прогрессию опухоли.

С целью оценить возможную эффективность BLZ945 для лечения больных пронейральной GBM авторы сопоставили их профили транскрипции генов их опухолей с данными, полученными на мышах. Оказалось, что пациенты с профилем подобным найденному у леченных BLZ945 мышей в среднем живут дольше.

Полученные данные показывают высокую эффективность блокирования сигнального пути CSF-1R в макрофагах для лечения пронейральной GBM на модельной системе и целесообразность дальнейшего преклинического и клинического испытания BLZ945. Возможно, что его применение в комбинации с традиционными средствами терапии окажется эффективным для лечения как GBM, так и других раков.


Источник: Pyonteck SM, Akkari L, Schuhmacher AJ, Bowman RL, Sevenich L, Quail DF, Olson OC, Quick ML, Huse JT, Teijeiro V, Setty M, Leslie CS, Oei Y, Pedraza A, Zhang J, Brennan CW, Sutton JC, Holland EC, Daniel D, Joyce JA. CSF-1R inhibition alters macrophage polarization and blocks glioma progression. // Nat Med. 2013; V. 19: P. 1264-1272.

Подпись к рисунку: Взаимодействие опухоли и макрофагов ее окружения при глиоме.
a. В отсутствие лечения сигнальная система CSF-1 активирует продукцию макрофагами факторов роста опухоли.
b. Блокирование рецепторов CSF-1 - CSF-1R у макрофагов подавляет продукцию факторов роста опухоли. Опухоль перестает расти и даже деградирует.

---

Поблагодарили (6): Replikant, inview, Vladimirkox, Newsline, Агроном, vovak

29 ноября состоится открытая лекция Программы - Источники финансирования для стартапов. С открытой лекцией выступит Кирилл Булатов, Директор грантовой и экспертной службы, Фонд "Сколково".

Один из кластеров Сколково - био-медицинский, нацеленный на разработку новых лекарств, диагностических и иных био-медицинских технологий.

Доступ на открытую лекцию свободный, необходимо пройти предварительную регистрацию http://community.sk.ru/foundation/startup_launchpad/b/inv/

На лекции вы

• получите представление об основных источниках финансирования стартапов: государственные инструменты поддержки стартапа, частные деньги, партнерства, собственные средства, на что необходимо ориентироваться, на инвестора или выходить на продажи;
• познакомитесь с основными инструментами обеспечения прозрачности инновационного проекта для потенциального инвестора, узнаете, зачем нужно быть прозрачным;
• разберетесь в моделях коммуникации с разными типами финансовых партнёров: венчурными фондами, институтами развития и многое другое!

Время проведения: 29 ноября 2013 (пт), 19:00 — 21:00

Место проведения: Центральный дом предпринимателя, Москва, ул. Покровка, 47

Видеозапись: Все видео материалы лекции будут доступны после 7 декабря 2013 года в видеоархиве http://community.sk.ru/foundation/startup_launchpad/b/video/

---

Поблагодарили (1): Newsline

19 ноября в возрасте 95 лет умер Фредерик Сэнгер - английский биохимик, дважды лауреат Нобелевской премии по химии, разработавший методы определения белковых и нуклеотидных последовательностей. В честь Ф. Сэнгера назван один из крупнейших сиквенсовых центров мира (Wellcome Trust Sanger Institute)

Научная жизнь Сэнгера связана с Кембриджем, который он окончил в 1940 году, и где проработал до 1983 года. В начале 50-х годов он определил аминокислотную последовательность гормона инсулина, ставшего первым "прочитанным" белком. Эта работа имела большое значение для понимания структуры белков, за нее Сэнгер был удостоен Нобелевской премии по химии 1958 года. Вторую Нобелевскую премию, тоже по химии, Ф. Сэнгер получил в 1980 году за создание метода секвенирования нукленовых кислот. "Секвенирование по Сэнгеру" стало золотым стандартом в молекулярной биологии и во многом определяло геномные исследования в течение четверти века, до появления в начале 2000-х годов "секвенирования нового поколения".

По словам знавших Сэнгера лично, он был скромным, вежливым и спокойным человеком. Избегал интервью, но много помогал молодым коллегам. До конца своей научной карьеры он лично участвовал в экспериментальной работе своей лаборатории, работая, как написано в нескольких некрологах, c "тихим упорством". В 65 лет он закончил свою научную карьеру, посвятив себя семье.

Некрологи можно посмотреть здесь:
http://www.sanger.ac.uk/about/press/2013/131120.html
http://www.telegraph.co.uk/news/obituaries...-Sanger-OM.html

Поддержание гемопоэтических прогениторов дрозофилы осуществляется как ближайшим окружением, так и системными взаимодействиями. Исследование показывает, что обонятельные рецепторные нейроны оказывают влияние на небольшой набор нейросекреторных клеток, которые экспрессируют GABA. Во время обонятельной стимуляции GABA из этих клеток секретируется в циркулирующую гемолимфу и связывается с метаботропными GABAB рецепторами, экспрессирующмися на прогениторах крови в пределах гемопоэтических органов, лимфатических желез. В результате GABA сигнал вызывает высокий уровень цитозольного Ca2+, что необходимо и достаточно для сохранения прогениторов. Таким образом, активация обонятельных рецепторов необходима для поддержания прогениторов и, следовательно, личинки, выращенные в условиях минимального запаха, не в состоянии поддержать пул гемопоэтических прогениторов. Это исследование связывает чувствительное восприятие и эффекты его лишения на целостность гемопоэтической и врожденной иммунной систем у дрозофилы.
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(13)01350-0

---

Поблагодарили (1): Newsline

Тонкий ум и добрый юмор Хитэна Мадани – РНК-биолога из калифорнийского университета в Сан-Франциско – создали яркую метафору экспрессии эукариотических генов: образ удрученного гена.

Несколько месяцев назад группа Мадани открыла механизм защиты клетки от паразитических элементов - транспозонов: оказалось, что транскрипты транспозонов уничтожаются в процессе сплайсинга, так как их сплайсинг затормаживает работу сплайсосом и привлекает деградационную машину SCANR. Мадани предположил, что сплайсинг изначально возник для защиты от мобильных элементов ДНК, паразитирующих на эукариотическом геноме. Последовал широкий резонанс: похожие наблюдения были сделаны другими группами для таких свойств эукариот, как хроматин, разобщение транскрипции и трансляции, сложное созревание и деградация мРНК. Результатом обсуждений стал обзор в последнем выпуске Cell. Основная мысль и множество примеров: защита генома от паразитов была одной из главных движущих сил, создавших экспрессию генов эукариот такой, какой мы знаем ее теперь. В результате ген, вместо того, чтобы работать в полную силу, совершает множество работы "в холостую" - только ради того, чтобы снизить вероятность вирусной инфекции или распространения паразитических элементов генома.

“Думая об этой проблеме, можно было бы вообразить экспрессию эукариотических генов в виде человеческой организации. Она оказалась бы крайне бюрократической и переполненной необязательных препон, снижающих ее производительность. Будто бы нетерпеливые и требовательные менеджеры снабдили каждый этап производства бюрократическими барьерами: хроматин - мешает транскрипции; интроны и необходимость кэпирования пре-мРНК - оттягивают трансляцию; а непрерывная деградация мРНК, лишенных поли-А хвоста или кэпа, - снижает общий выход. Для каждого отдельного гена (как и для многих офисных работников) это было бы удручающей рабочей средой.

Как сказано выше, сложные процессы между транскрипцией и трансляцией могли возникнуть скорее как часть защитной стратегии, чем из стремления к эффективности. Тогда, сквозь призму нашей метафоры, эволюция эукариот является следствием того, что бюрократы называли бы “управлением рисками предприятия”, где внимание к потенциальной угрозе определяет развитие организации.”

Я думаю, многим из нас было бы полезно взглянуть на объекты наших исследований в свете метафоры удрученного гена и посмотреть - нет ли и в них следа борьбы с клеточными паразитами?

Иллюстрация:
«Конфликт в эукариотической клетке”. Как и название обзора, рисунок обыгрывает хорошо известную метафору Ричарда Джокинза “Эгоистичный ген” и обложку его увлекательной книги.

Открытие SCANR:
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%28...switch=standard

---

Поблагодарили (19): semi, papa Karlo, Epsilon, Gleb K, Chrus, epsylonit, Wytalii, petr, DaDa-Bu, Vadim Sharov, Nastja, plantago, YurijTynkevich, genseq, AVS, NMR-guy, Flyamer, птаха, Dergg

реклама

Уважаемые коллеги!

Компания Диаэм предлагает антитела и другую продукцию Abcam! Каталог Abcam насчитывает более 100 тысяч наименований антител и реагентов, ассортимент ежемесячно пополняется на 300 наименований; за последние 9 месяцев препараты Abcam упоминались 1000 раз в научных статьях!

Abcam производит первичные и вторичные антитела, биохимические реактивы, белки, пептиды, лизаты (продукты распада белков), наборы для иммунологических реакций и другие наборы. Компания оказывает всестороннюю техническую и консультационную поддержку; имеет большую базу протоколов и научных статей.


Скачать прайс-лист в формате pdf: http://www.dia-m.ru/catalogs/file/abcam-2013.pdf

Специальное предложение:

При покупке 2х любых антител - скидка - 10 %
При покупке 5и любых антител - скидка - 15%


Срок поставки любых антител Abcam 3 - недели!

Уважаемые коллеги, на нашем сайте www.dia-m.ru Вы можете ознакомиться с вебинарами по продукции Abcam:

• Rabbit monoclonal antibody (RabMAb®) technology / Технология кроличьих моноклональных антител (RabMAb®)
  
• Fluorescent western blotting / Флуоресцентный вестерн-блоттинг
  
• IHC/ICC staining techniques using single & multiple labels / Техники окрашивания в иммуногистохимии и иммуноцитохимии (IHC/ICC), с использованием одиночных и множественных меток.
  
• Immunohistochemistry introduction / Введение в иммуногистохимию
  
• Flow cytometry color compensation / Компенсация цвета в проточной цитометрии
  
• Obesity - Are my genes to blame? / Ожирение – виноваты ли в этом мои гены?
  
• Optimize your ICC and IHC results / Оптимизируйте Ваши результаты в ICC и IHС
  
• Exploring genome-wide organization of chromatin structure by ChIP / Изучение организации генома хроматиновой структуры при помощи CHiP (хроматин- иммунопреципитации)
  
• Introduction to In Cell ELISA: Optimization and troubleshooting tips / Введение в метод ИФА «In Cell»: оптимизация и советы по решению проблем
  
• Introduction to post-translational modification webinar / Введение в пост-трансляционную модификацию

---

Поблагодарили (2): Newsline, dk

В процессе прогрессии злокачественной меланомы происходит переключение экспрессии факторов транскрипции ЭМТ с ZEB2 и SNAIL2, поддерживающих нормальное состояние меланоцитов, на ZEB1 и TWIST1, связанных с дедифферецировкой и неопластической трансформацией. Регуляция и функции ЭМТ- факторов транскрипции при меланоме отличны от таковых при эпителиальных карциномах.

Аномальная реактивация факторов транскрипции в эпителиальных клетках в частности факторов, индуцирующих эпителиально-мезенхимальную транзицию (ЭМТ), связана с неопластической трансформацией и диссеминацией клеток опухоли. ЭМТ свойственна многим карциномам. ЭМТ факторы транскрипции (ФТ) совместно с митогенными онкобелками вызывают злокачественную трансформацию, прогрессию опухоли, метастатическую диссеминацию. Они подавляют механизмы самоконтроля клеток, нарушая работу важнейших путей подавления опухолей – р53, RB, PP2A. Важно, что на позних стадиях прогрессии карцином ЭМТ-ФТ придают клеткам стволово-подобные свойства, что связано с ускорением прогрессии опухолей и метастазированием.

В отличие от большинства эпителиальных тканей, нормальные меланоциты экспрессируют некоторые ЭМТ-ФТ. Тогда как к меланоцитам формально не применим термин ЭМТ (это не эпителиальные клетки), они экспрессируют эпителиальный Е-кадгерин, необходимый для их корректных взаимодействий с базальными слоями эпидермиса. Эти взаимодействия поддерживают дифференцированное состояние меланоцитов и сдерживают их пролиферацию. Авторы провели исследование компонентов системы ЭМТ-ФТ при злокачественной меланоме по сравнению с нормальными меланоцитами и невусами на обширном клиническом материале с помощью иммуногистологического анализа. В нормальных меланоцитах ЭМТ-факторы ZEB2 и SNAIL2 активно экспрессировались, а ZEB1 и TWIST1 практически отсутствовали. ZEB2 и SNAIL2 обнаруживались в поверхностных областях невусов и первичных меланом, а в глубоких их было мало или они вообще не определялись. В первичных меланомах наблюдался градиент убывания ZEB2 и SNAIL2 и нарастания ZEB1 и TWIST1 от поверхностных до глубоких слоев. То же в еще более выраженной степени обнаруживалось и в метастазах.

В экспериментах на культурах клеток мышей и человека было показано, что переключение экспрессии ЭМТ-ФТ связано с активацией сигнального пути NRAS/BRAF. Данные, полученные in vitro, подтвердились на клиническом материале. В невусах экспрессии активированной фосфорилированием p-ERK практически не было, но она усиливалась в раковых тканях – первичных опухолях и метастазах. При этом наблюдалась корреляция с усилением экспрессии ZEB1 и TWIST1.

Эктопическая экспрессия генов ZEB2 или SNAIL2, введенных в культивируемые клеткис помощью векторов, а также подавление ZEB1 или TWIST1 с помощью shРНК понижали онкогенный потенциал BRAF. Анализ профилей транскрипции показал угнетение в меланомных клетках функций многих генов, свойственных дифференцированным меланоцитам. В частности, происходящее при репрограммировании ЭМТ-ФТ усиление экспрессии ZEB1 – единственного известного белка, подавляющего экспрессию гена Е-кадгерина, приводило к исчезновению этого белка в развитых меланомах, что способствовало их инвазивному росту.

Таким образом показано, что прогрессия меланомы связана с переключением экспрессии ЭМТ-ФТ с факторов, поддерживающих дифференцированное состояние меланоцитов на факторы дедифференцировки. Регуляция и функции ЭМТ-ФТ при меланоме отличны от таковых при эпителиальных карциномах. В частности, при меланоме они не связаны с микро-РНК miR-200. Полученные результаты существенно дополняют представления о связи канцерогенеза с генетическими программами, функционирующими в эмбриогенезе.


Источник: Caramel J, Papadogeorgakis E, Hill L, Browne GJ, Richard G, Wierinckx A, Saldanha G, Osborne J, Hutchinson P, Tse G, Lachuer J, Puisieux A, Pringle JH, Ansieau S, Tulchinsky E. A Switch in the Expression of Embryonic EMT-Inducers Drives the Development of Malignant Melanoma. // Cancer Cell. 2013; V. 24: P. 466-480.

Подпись к рисунку: Меланома.

реклама

Каталог NEB

Большинство аминокислот кодируются несколькими кодонами, и выбор кодонов оказывает большое влияние на экспрессию генов. Во многих организмах редкие кодоны сгруппированы в N-концевой части генов, и долгое время смысл их там присутствия был предметом горячих дебатов. Даниель Гудман и его коллеги из Гарвардского университета в Бостоне синтезировали более 14,000 искуственных генов-репортеров и показали, что редкие кодоны, по сравнению с обычными, на порядок (в среднем – в 14 раз) усиливают уровень экспрессии генов. Удивительно, что причиной усиления оказались не редкие кодоны сами по себе, а отстутствие вторичной структуры мРНК: согласно работе, редкие кодоны в начале гена практически не "спариваются" с близлежащими нуклеотидами участка связывания рибосом - последовательностью Шайна-Дальгарно, - тем самым облегчая посадку рибосом и трансляцию мРНК.


Работа предлагает средство оптимизации экспрессии генов в клетках бактерий и понимание как эта оптимизация была достигнута природой: N-концевая часть гена сформировалась, по-видимому, в соотстветствии с требованиями ко вторичной структуре мРНК.


Работа:
http://www.sciencemag.org/content/342/6157/475.short


На рисунке:
5% лучших (голубой) и 5% худших (розовый) транскриптов и наличие в них вторичной структуры (оцененное по способности к гибридизации) показывает что уровень экспрессии гена определяется вторичной структурой первых его кодонов (в данном случае – первых десяти кодонов). Каждый ген-репортер содержал последовательность RBS - сайт связывания рибосом, - за которым следовали десять кодонов разной последовательности, после чего - ген флуоресцентного белка (GFP), используемый для количественной оценки уровня экспрессии гена в E. coli.

---

Поблагодарили (10): Mike Shelk, Esya, Shanty, aivanov, niksavelov, бутанол, SVZ, campus, Vadim Sharov, Replikant

Идентифицированы клетки-предшественники, из которых может развиться гепатоцеллюлярная карцинома. Они локализованы в диспластических участках печени, подвергающейся хроническому повреждению. Эти клетки представляют собой самую раннюю стадию онкогенеза, для их прогрессии в опухоль нужно специфическое окружение. В отличие от опухоли, клетки-предшественники имеют собственную аутокринную IL-6 сигнальную систему, необходимую для их роста и прогрессии.

Каждая злокачественная опухоль, вероятно, развивается из единственной клетки-предшественника, получившей вследствие генетических или эпигенетических событий преимущества, позволяющие ей осуществить клональную экспансию. Считается, что наиболее часто встречающийся рак печени - гепатоцеллюлярная карцинома (НСС) развивается как злокачественное перерождение клеток печени, подвергающейся хроническому повреждению и воспалению. Тем не менее до сих пор в пораженных участках печени не находили особых клеток-предшественников, которые могут дать начало развитию раковой опухоли. Авторам удалось решить эту задачу.

Через 8-9 месяцев после единственной внутрибрюшинной инъекции пятнадцатидневным мышам BL/6 хорошо известного канцерогена диэтил-нитрозамина (ДНА) у них обнаруживались узлы НСС. Но гепатоциты, приготовленные из макроскопически нормальной печени, уже через 3 месяца после введения канцерогена вызывали НСС у мышей линии MUP-uPA (с хроническим поражением печени и компенсаторной пролиферацией). После обработки печени ДНА-мышей коллагеназой в препаратах обнаруживались плотные агрегаты гепатоцитов, меньших по размеру чем обычные гепатоциты. Они появлялись через 3 месяца, а через 5 их количество ещё возрастало. В клетках агрегатов наблюдалась усиленная экспрессия по крайней мере трех маркеров НСС, что отличало их от обычных гепатоцитов и клеток редких агрегатов из печени мышей не инъецированных ДНА.

При введении меченых зеленым флюоресцирующим белком клеток из ДНА агрегатов в селезенку мышей MUP-uPA развивались флюоресцирующие типичные НСС. У мышей BL/6 в аналогичных условиях НСС не развивались. Но если BL/6 предварительно подвергали воздействию ретрорзина (retrorsine), подавляющего пролиферацию гепатоцитов, а затем CCl₄ чтобы вызвать поражение печени и компенсаторную пролиферацию, у них также развивались НСС. Важно, что в отличие от трансплантации клетами из сформировавшихся НСС, когда опухоли вырастают во многих органах, в данном случае они образовывались только в печени. Это означает, что в печени ДНА-мышей присутствуют клетки-предшественники НСС (НСС progenitor cells, HcPC), а для их прогрессии в НСС требуется соответствующее окружение.

В HcPC-содержащих агрегатах наблюдались как CD44⁺, так и CD44^- клетки. Известно, что стволовые клетки НСС имеют фенотип CD44⁺. Опухоли вызывали только CD44⁺ клетки HcPC.

По профилю транскрибируемых генов HcPC оказались похожими на бипотентные гепатобиллярные клетки-предшественники. Однако последние туморогенностью не обладали. Показано также, что HcPC-содержащие агрегаты возникают в предраковых диспластических скоплениях поврежденных гепатоцитов, о которых было неясно, являются ли они предраковыми, или это не связанная с раком реакция печени на повреждения. Гибридизация in situ и иммуногистологическое исследование показали, что индуцированные ДНА диспластические скопления и ДНА-индуцированные агрегаты содержат клетки, активно экспрессирующие интерлейкин 6 (IL-6). С целью выяснить, насколько важна аутокринная продукция IL-6 для ранних стадий прогрессии HcPC, HcPC были выделены из обработанных ДНА мышей дикого типа и мышей IL6^-/-. Такие НсРС вводили мышам MUP-uPA и наблюдали развитие НСС в течение пяти месяцев. Отсутствие IL-6 снижало количество опухолей и их размеры в 2-3 раза. Аналогичные последствия имело и подавление экспрессии IL-6 с помощью специфической shРНК, введенной в HcPC с помощью лентивирусного вектора.

Результаты, полученные на мышах, удалось подтвердить на клиническом материале. В диспластических локусах печени пациентов больных гепатитом С наблюдалась экспрессия IL-6, которая практически отсутствовала в здоровой печени и в непораженных участках печени больных.

Таким образом обнаружены клетки-предшественники HcPC, из которых в определенных условиях может развиться НСС. Они образуются, вероятно, из дедифференцированных гепатоцитов. В отличие от уже начавшегося канцерогенеза, когда опухоль нуждается в паракринной стимуляции IL-6, продуцируемого окружающими клетками, HcPC имеют аутокринную сигнальную систему IL-6, которая стимулирует их рост in vivo и прогрессию в опухоль. Эта ауторегуляторная система работает на самых ранних стадиях онкогенеза. Она может быть общей для различных раков. Поэтому нарушающие ее работу фармакологические препараты могут быть полезны для предотвращения рака, в частности НСС, которая часто обнаруживается на стадиях, когда современные терапевтические средства уже неэффективны.


Источник: He G, Dhar D, Nakagawa H, Font-Burgada J, Ogata H, Jiang Y, Shalapour S, Seki E, Yost SE, Jepsen K, Frazer KA, Harismendy O, Hatziapostolou M, Iliopoulos D, Suetsugu A, Hoffman RM, Tateishi R, Koike K, Karin M. Identification of Liver Cancer Progenitors Whose Malignant Progression Depends on Autocrine IL-6 Signaling. // Cell 2013: V. 155, P. 384–396.

Подпись к рисунку: Для прогрессии клеток-предшественников в гепатоцеллюлярную карциному необходима их аутокринная IL-6 сигнальная система. Вверху – печень мыши после трансплантации клеток-предшественников дикого типа. Внизу - печень мыши после трансплантации клеток-предшественников, дефектных по IL-6. Стрелками обозначены опухоли.

---

Поблагодарили (4): Newsline, Vadim Sharov, aivanov, vladimirchi

Дата: 21 ноября 2013 г.
МГУ, факультет биоинженерии и биоинформатики(корпус "Б"), ауд. 221, 17:00

Специальный гость компании "Токио-Боеки"

Dimitri Scholz

Director of Biological Imaging, Conway Institute University College Dublin (UCD)

Новый настольный рентгеновский микроскоп.
Сравнительный анализ и перспективы современной микроскопии

Самое досадное в световой микроскопии – это ограничение разрешения на самом интересном месте, поскольку длина волны видимого света сопоставима с размерами клеточных органелл. Практические границы латерального (XY) разрешения составляют около 200 нм (5 линий на микрон) для видимого света и идеальной оптики (Аббе). Это серьезное ограничение для биологии клетки, размер которой составляет около 10-20 мкм, то есть всего 50-100 линий разрешения. Таким образом, мы можем различить около 2,000-8,000 деталей в клетке среднего размера и всего около 20 - в бактерии. Однако, мы обычно мы не достигаем даже этих скромных цифр, особенно если критерий Никвиста для цифрового детектора не был соблюден. Несколько современных подходов позволяют обойти предел Аббе, но не бесплатно. Микроскопия в просвечивающем мягком рентгеновском диапазоне 2-4 нм позволяет изучать монослой клеток in vitro без разрезания и высушивания. Контраст возникает за счет поглощения атомами углерода. Улучшение разрешение с 200 до 20 нм позволяет различать практически все клеточные органеллы, включая рибосомы и микротрубочки. В настоящее время самым надежным источником мягкого рентгена является синхротрон. С другой стороны, рентгеновская оптика дорога и малоэффективна. С третьей, поле зрения составляет 20-30 микрон. Нам удалось найти принципиальное решение всех трех проблем

---

Поблагодарили (2): Vadim Sharov, NMR-guy

Дата: 20 ноября 2013 г.
МГУ, Биологический факультет, ауд. 359, 17:00

Специальный гость компании "Токио-Боеки"

Pernette J. Verschure

Swammerdam Institute for Life Sciences
The Netherlands Institute for Systems Biology
University of Amsterdam

Functional organization of the genome and its epigenetic
state studied in engineered mammalian cell systems

Chromatin-mediated epigenetic gene regulation is crucial for cellular identity in higher eukaryotes. The epigenetic state plays an important role in directing gene expression variability, achieving long-lasting, unperturbed expression states. Epigenetic regulation can be dynamic, occurring as (transient, stochastic) oscillations in different cells in a clonal population (due to inherent ‘intrinsic’ noise). This dynamic nature explains the lack of conclusive understanding of epigenetic regulation since most observations assume cells are in phase and are based on cell-population averages. We use engineered mammalian cell systems allowing to modulate the (epi)genetic state at a single gene locus at predefined regions of the genome and measure input-output relationships of (epi)genetic regulation in multiple cells in a population. We developed techniques allowing systematic, quantitative measurements of changes in the transcription rate as function of the epigenetic chromatin state in single living mammalian cells with high precision and real-time and high-resolution microscopy combined with stochastic modeling-technology adding variable levels of epigenetic regulatory complexity. Our approach of modeling and quantitative sampling in designed mammalian cell systems is proof-of-principle to understand complex epigenetic regulatory behavior and opens an unexplored field of research with great potential for medicine.

---

Поблагодарили (1): Vadim Sharov

реклама

Компании Inbio Ventures требуется научный эксперт.
Эта вакансия для вас, если:
• вы хотите принимать участие в разработке новых лекарств;
• вас не пугает необходимость быстро вникать в неизвестную для вас тему;
• вы обладаете широким кругозором в биологии и медицине и готовы постоянно его расширять;
• вы не боитесь ответственности, авралов, и для вас нет ничего невозможного.

Обязанности:
• экспертиза проектов разработки новых средств терапии;
• контроль над выполнением уже ведущихся проектов;
• координация проектов за пределами компании, сотрудничество с зарубежными исполнителями, командировки;
• поиск новых проектов и способов решения теоретических и практических задач;
• поездки на конференции, постоянное самообразование.

Требования:
• степень кандидата биологических, химических или медицинских наук;
• опыт работы по специальности после защиты диссертации от трех лет (желательно не только в академической среде);
• знания в области физиологии, иммунологии, молекулярной биологии, белковой химии;
• английский не ниже upper intermediate;
• высокая работоспособность;
• стрессоустойчивость;
• отсутствие конфликтности и способность к командной работе.

Условия:
• работа в центре Москвы;
• зарплата от 100 тыс. руб.;
• оформление по ТК РФ;
• бесплатные обеды, медицинская страховка;
• полная занятость, полный рабочий день.

Вас ожидает работа в молодом дружелюбном коллективе, увлекательная интеллектуальная деятельность, возможность увидеть практический результат своих трудов.

Контакты: Ясный Илья Евгеньевич
Тел.: +7-916-960-71-25
E-mail: yasny@ibcgenerium.ru

/ Вакансии,  #532789  /

Ясный Илья Евгеньевич

к.х.н., научный эксперт

Inbio Ventures

Россия, Москва

Тел.: +7-916-960-71-25

E-mail: 

Веб-адрес: http://www.inbiovent.com

Требуется: Сотрудник

Место работы: Москва

Область деятельности: Биомедицина и Разработка лекарств, Фармацевтическая промышленность

Некоторое время назад в редакции журнала Nature появилось крайне необычное письмо. Его автор – 38-летний профессор нейробиологии, - рассказал о том, как два года назад его коллега-нейробиолог выяснил причины его прогрессирующего недуга и поставил ему диагноз: болезнь Паркинсона. После года молчания автор решил раскрыть свой диагноз коллегам и, в конце концов, сделал свой непростой опыт достоянием широкой общественности: письмо было опубликовано в последнем выпуске Nature.

«Около года назад, я оказался на светском ужине полном знаменитостей и состоятельных людей. Я – молодой профессор одного из ведущих университетов (США), и, вместе со своей женой, был приглашен повращаться и непринужденно поболтать с благотворителями нашего института. Для постороннего наблюдателя моя карьера казалась восходящей. Напряженно и c энтузиазмом проработав в науке всю свою взрослую жизнь, я обеспечил себя работой своей мечты в качестве лидера независимой лаборатории нейробиологии.

Я встретил бизнесмена, который имел серьезно больного родственника. Он повернулся ко мне и сказал: “Вы – нейробиолог. Что вы знаете о болезни Паркинсона?” Я резко бросил взгляд чтобы найти глаза моей жены, но она была увлечена другим разговором. Я должен был выдержать паузу чтобы собраться мыслями перед тем как ответить. Потому что я хранил тайну.

Тайна, которую я не сказал ни единому из своих коллег, заключалась в том, что я сам болен болезнью Паркинсона…

Все глаза были устремлены на меня в ожидании услышать мои мысли о болезни. Я хотел сказать коллегам через что я прошел. Хотел посмотреть в глаза бизнесмена и сказать: “Занятно, что вы задали мне этот вопрос. Я не только нейробиолог, но и болею Паркинсоном”. Я хотел засмеяться и начать красноречивый монолог, который придал бы личный окрас нейрологическому заболеванию. И хотел заключить, сказав: “Вот почему столь важны фундаментальные исследования мозга!”

Но не сказал.

Вместо этого, я холодно описал патологию и симптомы Паркинсона. Это была интеллектуально занятная беседа, но не общение которое могло бы быть. И это стало одной из главных причин по которой я решил перестать прятаться.»

Описав историю своей болезни, как всегда - столь неожиданной, своих будней, когда приходится сидеть на руках, чтобы не дать никому заметить их дрожания, и своих переживаний и мыслей о будущем, автор обращается к читателю, которому может пригодиться его опыт.

Остается горячо пожелать удачи ему и всем тем, кто продолжает работать, несмотря на свой недуг.

Автор ведет блог:
http://parklifensci.blogspot.fr/

ему можно написать:
parklifensci@gmail.com

Текст письма можно найти на сайте журнала Nature:
http://www.nature.com/news/neuroscience-my...inson-s-1.14084

На рисунке:
Человек с болезнью Паркинсона. Болезнь носит хронический и необратимый характер - в следствии гибели нейронов среднего мозга, которая приводит, в первую очередь, к двигательным нарушениям. Если развитие болезни не остановить, она может затронуть и процессы мышления.
Источник рисунка - википедия.

---

Поблагодарили (11): inview, Yuly, epsylonit, DKor, Ponyatovskaya, DaDa-Bu, Replikant, campus, Nik-AD, murus, Squaw

реклама

Технологии фракционирования биополимеров, нановезикул, нанодисков и надмолекулярных комплексов по изоэлектрической точке, поверхностным маркерам и нагрузке.

АНО Межотраслевой Исследовательский Центр (IRC) в сотрудничестве с FFE Service GmbH предлагает заинтересованным научным группам и организациям сотрудничество в разработке перспективных нанолекарств различной природы, систем доставки, синтетических везикул в приложении к онкологии и генетике, научных исследованиях везикулярного транспорта в биологических системах, а также сотрудничество по другим тематикам и технологиям (протеомика, геномика и др).


Везикулярный транспорт в биологических системах

Транспорт с помощью везикул, их качественный и количественный состав, вызывает достаточно большой научный интерес. Однако методов тонкого препаративного разделения везикул в зависимости от их содержимого и поверхностных групп, позволяющих проводить очистку и сбор отдельных фракций нативных и доступных для дальнейшего исследования везикул до последнего времени не предлагалось.

Используемая нами технология фракционирования везикул позволяет эффективно разделять биологические нано- и микрочастицы по нагрузке (в зависимости от их массы) и поверхностным группам (поверхностной плотности заряда), смотри рисунок. После фракционирования нативные везикулы собираются в 96 луночный коллектор и могут использоваться для любых других приложений.

Подпись к рисунку: Фракции экзосом с различной нагрузкой, выделенных из супернатанта первичной опухолевой меланомы, окраска CD63. Визуально определяются около 12 фракций (Weber с соавт., 2013)



Другие возможные направления работы и технологии:

• Фракционирование липосом и эктосом, нанодисков и мицелл (разделение по нагрузке).
• Изучение мембранных рафтов, циркулирующих иммунных комплексов, циркулирующих нуклеиновых кислот.
• Протеомика.Разделение пептидов и белков, включая тонкое разделение изоферментов и антител.
• Сепарация любых клеточных органелл (разделение по заряду и нагрузке).
• Сепарация нативных белков и белковых комплексов.
• Фракционирование искусственных наночастиц; Производство нанолекарств и транспортных частиц.
• Получение особочистых препаратов. Получение чистых препаратов вирусов и бактерий.

Также предлагаем сотрудничество в исследовании профилей микроРНК с помощью микрочиповых панелей и ПЦР, а также реактивы и технологии для самостоятельного исследования микроРНК методом ПЦР: наборы и буферы для выделения микроРНК из различных источников, реактивы и праймеры для получения кДНК, специфические праймеры и реактивы для ПЦР микроРНК, синтетические стандарты для нормализации результатов ПЦР микроРНК, консультации по сбору проб и проведению исследований.

Контакты и подробности http://www.ircentre.net/ru/ и http://www.ircentre.info/
Официальный торговый партнер и поставщик используемого технологического оборудования ЗАО «НПО Систем»