Дорогие коллеги,

29 января (в четверг) в 15:30 в ауд. 01 Главного здания МГУ состоится встреча научной общественности с главой Российского научного фонда (РНФ) Александром Витальевичем Хлуновым. Встреча организована Советом молодых учёных МГУ. Глава фонда поделится своими впечатлениями от первого года работы фонда, расскажет о грантовых программах, которые будут проводиться в 2015 году, и ответит на ваши вопросы.

Вход на мероприятие свободный, приглашаются все желающие. Для лиц, не являющихся сотрудниками МГУ, организован сбор заявок для оформления пропусков в Главное здание МГУ (адрес веб-сайта с формой для регистрации: http://smu.msu.ru/rscf.html). Информационная поддержка в соцсетях: https://www.facebook.com/events/1600338670196075 и http://vk.com/event85612045.

Пожалуйста, приходите и приводите своих коллег!

19 МЕЖДУНАРОДНАЯ ПУЩИНСКАЯ ШКОЛА-КОНФЕРЕНЦИЯ МОЛОДЫХ УЧЁНЫХ "БИОЛОГИЯ - НАУКА 21 ВЕКА"
20-24 апреля 2015 года состоится 19 Международная пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука 21 века". Как всегда в лучших традициях - лекции научных "звезд" мировой величины, устные и стендовые доклады, англоязычная сессия с участием европейских исследователей, конкурсы научных и инновационных проектов, призы от спонсоров. Особое внимание будет уделено экскурсиям в лаборатории институтов, презентациям научных проектов, в том числе, выполняемым при поддержки мегагрантов и средств Российского научного фонда. Пущинский научный центр, ПущГЕНИ, МГУ, Совет молодых ученых и Администрация города объединили свои усилия, чтобы сделать насыщенное научное мероприятие для студентов, аспирантов и молодых ученых.

Начинаем сбор тезисов, обработку заявок и прием предложений от участников по содержанию программы на www.biology21.ru, http://vk.com/biology21ru, orgсom@biology21.ru.

Регистрация для участия в 19 школе-конференции молодых ученых «Биология – наука 21 века», организованной в Пущино в 2015 году уже открыта.

Регистрация и информация
http://www.biology21.ru/ru/info

Другие мероприятия "Биофорума": http://www.bioforum21.ru/ru

Skolkovo Institute of Science and Technology is proud to announce a unique opportunity for students with a background in Biomedicine to join newly developed graduate (PhD) level 8-week courses offered alongside with Skoltech students this upcoming Term 3 of the spring semester.

Please note that course participation will be offered free of charge and participants will be selected on a competitive basis.

Registration is open for the following courses:

8-week course: “Neuroscience” by Raul R. Gainetdinov.
8- week course: “Developmental Biology” by Dmitri Papatsenko.


More detailed information on the courses can be found on the website http://www.skoltech.ru/en/education/spring...emester-term-3/

Classes will start on Monday, February 2, 2015 and end on Friday, March 27, 2015. Please find the class schedule attached.

Please note that language of instruction will be English only.

If you wish to apply to take part in the course, please send an e-mail (in English) to education@skolkovotech.ru by 5 pm on Thursday, January 29th.

Your message should include the following information:
1 Full name and Undergraduate/Graduate education;
2 Which course(s) you wish to take;
3 2-paragraph statement of purpose (in English) indicating why you wish to take the course as well as your qualifications which will allow you to be a active and beneficial contributor in the class;
4 Your level of English (If available, please attach TOEFL/IELTS results).
In addition, please attach you CV and official university transcript.

All selected participants will receive a confirmation by e-mail on Friday, January 30, 2015.

If you have any questions, please contact education@skolkovotech.ru

Good luck!

Оргкомитет по проведению XV Международной конференции молодых учёных «Леса Евразии – Большой Алтай», посвящённой 150-летию со дня рождения профессора Г.Н. Высоцкого, приглашает Вас принять участие в работе конференции, которая будет проходить в период с 13 по 20 сентября 2015 года на базе Алтайского государственного аграрного университета.

Подробнее во вложенных файлах.

Глубокоуважаемые коллеги!
От имени Оргкомитета Третьего Международного Микологического Форума,
который пройдет в Москве 14 и 15 апреля 2015 г.,
приглашаем Вас к участию в работе Форума.
***
С предварительной программой Вы можете ознакомиться на официальном сайте Форума.
Адрес: http://www.mycology.ru/congress
Планируется провести 2 пленарных и более 15 секционных заседаний,
тематические сессии, круглые столы и совещания, симпозиумы и семинары.
***
Регистрация, подача материалов и участие в работе Форума бесплатные для граждан РФ и СНГ.
Возможна только публикация материалов (тоже бесплатная).
Она осуществляется в изданиях Академии, реферируемых в РИНЦ и Crossref.
Регистрация участников осуществляется через сайт Форума
по адресу http://mycology.ru/congress/registration.php
***
Крайний срок подачи материалов - 15 февраля 2015 г.
Все докладчики должны зарегистрироваться на сайте Форума до указанной даты.
Требования к материалам см. http://mycology.ru/congress/abstracts.php
Материалы принимаются только по электронной почте, вложением в формате RTF, на адрес 2015@mycology.ru

Skoltech invites MSc students to apply for program in Biomedical Science and Technology
Skoltech M.Sc. fellowship program in Biomedical Science and Technology begins August 2015.

We are looking for up to 15 highly motivated individuals who will have obtained a BSc by the time of enrolment. Our broad English-language curriculum includes lectures and seminars in the life sciences and extensive hands-on training in brand new molecular biology and bioinformatics teaching laboratories.
In the first year we offer courses and seminars while students identify their research topics. During the second year of the program, students complete individual research projects leading to a master thesis under the supervision of Skoltech faculty in our Centers of Research, Education, and Innovation, including the Skoltech Center for Infectious Diseases and Functional Genomics, and the Skoltech Systems Biology Center.

Graduates of the program will obtain a unique skill set that will enable them to excel in research and innovation in academia or industry. Exceptional students have the opportunity to enter the Skoltech Ph.D. program.

APPLY HERE - http://apply.skoltech.ru/

Объявлен конкурс для назначения стипендий Президента Российской Федерации для обучающихся за рубежом за счет бюджета

Минобрнауки России объявляет о начале всероссийского открытого конкурса для назначения стипендий Президента Российской Федерации для обучающихся за рубежом претендентов из числа студентов и аспирантов организаций, осуществляющих образовательную деятельность, обучающихся по образовательным программам высшего образования по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, на 2015/16 учебный год.

Объем бюджетных ассигнований, предусмотренный в федеральном бюджете на одну стипендию, составляет 24,0 тысячи долларов США (эквивалент требуемой валюты). Стипендия включает расходы стипендиата Президента Российской Федерации на обучение, оформление визы, проезд до места обучения и обратно, проживание, медицинскую страховку, оплату местного транспорта.

Рекомендуемый срок обучения – не более одного учебного года. Срок пребывания стипендиата Президента Российской Федерации за рубежом может быть сокращен, но не менее чем до одного семестра.

После завершения обучения стипендиаты Президента Российской Федерации обязаны в течение месяца представить в Департамент государственной политики в сфере высшего образования Минобрнауки России отчет о достигнутых результатах, утвержденный руководителем направляющей организации, а также отчет принимающей организации о расходовании выделенных средств на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык.

На конкурс участники представляют следующие документы:

письмо-рекомендацию от направляющей организации, содержащее краткую характеристику научной или творческой деятельности претендента;
представление ученого совета направляющей организации, согласованное с федеральным государственным органом по подчиненности;
обоснование обучения за рубежом с указанием направления (темы) обучения, иностранного государства и принимающей организации;
заявление претендента на участие в конкурсе, согласованное руководителем направляющей организации, либо лицом, его заменяющим с обязательным приложением локального акта организации, подтверждающего полномочия замещения руководителя (Приложение № 1 к настоящему Объявлению);
рекомендации российских (не менее двух) и зарубежных (при наличии) ученых;
сведения о претенденте (приложение № 2 к Объявлению);
фотографии размером 3х4 (2 шт.);
сведения об успеваемости:
студентам – выписку из зачетной ведомости за весь период обучения;
аспирантам – справку о результатах кандидатских экзаменов;
справку кафедры иностранных языков направляющей организации о степени владения претендентом иностранным языком;
медицинскую справку о состоянии здоровья претендента, подтверждающую возможность обучения за рубежом, подписанную руководителем медицинского учреждения и заверенную печатью медицинского учреждения, выдавшего справку;
согласие принимающей организации о приеме на обучение стипендиата Президента Российской Федерации с указанием предполагаемой даты начала и срока обучения (на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык);
банковские реквизиты принимающей организации для перевода денежных средств, с указанием полного наименования и почтового адреса банка на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык (приложение № 3 к Объявлению) (на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык);
смету расходов на пребывание стипендиата Президента Российской Федерации за рубежом от принимающей организации (на иностранном языке, а также его перевод на русский язык) (приложение № 4 к Объявлению);
список публикаций.

Требования к оформлению документов указаны в Объявлении, утвержденном заместителем министра образования и науки Российской Федерации Александром Климовым.

Контактное лицо в Департаменте государственной политики в сфере высшего образования Минобрнауки России – Елена Аузбиевна Белкина, телефон: + 7 (495) 530 68 17, e-mail: /belkina-ea@mon.gov.ru/

Контактное лицо по вопросам формирования электронной конкурсной заявки и заполнения форм на сайте www.gzgu.ru – Наталья Валерьевна Симанчук, телефон: +7 (499) 269 56 33, доб. 2225, e-mail: /vpo-kcp@yandex.ru/

---

Поблагодарили (1): crot

Дата: 17 декабря 2014 г.
МГУ, Биологический факультет, ауд. 359, 17:00

Андрей Комиссаров

University of Texas, USA

Оптимизация фибринолитической терапии плеврального фиброза – от изучения механизмов in vitro и ex vivo и in vivo моделей на животных, к лечению эмпиемы.

Фиброз плевральной полости является одним из осложнени пневмонии, операций на сердце и онкологических заболеваний. Дисрегуляция фибриногенеза и подавление эндогенной фибринолитической активности приводит к аккумуляции фибрина и накоплению плевральной жидкости (гноя), которые механически воздействуют на легкое, нарушая процесс дыхания. Плевральный фиброз сопровождается болевым синдромом и часто приводит к сепсису. Несмотря на успехи современной медицины, частота локулированных плеврального фиброза не падает, а их летальность достигает 20%. Фибринолитическая терапия (ФТ) активирует эндогенный фибринолиз и позволяет минимизировать или избежать хирургического вмешательства.
Для выяснения молекулярных механизмов, контролирующих развитие фиброза и влияющих на клинический результат ФТ с использованием проурокиназы и тканевого активатора плазминогена мы использовали in vitro, ex vivo и in vivo (модели плеврального фиброза у кроликов) подходы, а также современные методы диагностики (ультразвуковая сонография (УЗИ), компьютерная (КТ) и магнитно-резонансная (МРТ) томография). Изучение механизма процессинга проурокиназы in vivo позволил определить время фибринолиза в плевральной полости (6-8ч), что было подтверждено результатами УЗИ и КТ. Анализ плевральной жидкости животных и человека показал, что активная форма ингибитора активаторов плазминогена (ПАИ-1) является биомаркером и молекулярной мишенью при ФТ. 1000 кратное уменьшение скорости реакции между протеиназой и ПАИ-1 оказолось неэффективной in vivo. Использование антител, «превращающих» ПАИ-1 из «суицидного» ингибитора в субстрат для протеиназ и увеличивающих «стехиометрию ингибирования», позволило уменьшить эффективную дозу проурокиназы в 8 раз. Изучение инфекционной модели плеврального фиброза у кроликов и анализ образцов плевральной жидкости больных выявило общие параметры: увеличение активного ПАИ-1, внеклеточной ДНК, и наличие «фибринолитического потенциала», которые могут быть использованы для уточнения диагноза, персонализации дозировки и прогноза фибринолитической терапии. Нами был предложен молекулярный механизм внутриплеврального фибринолиза при ФТ. Высокие уровни активного ПАИ-1 и внеклеточной ДНК, относительно низкие скорость внутриплеврального фибринолиза и индивидуальные различия в эдогенной фибринолитической системе рассматриваются как основные факторы, влияющие на клинический исход фибринолитической терапии плеврального фибрроза. Механизм положен в основу оптимизации фибринолитической терапии в моделях инфекционной эмпиемы у кроликов и анализа человеческих образцов, полученных в ходе клинических испытаний.

Справки: 8-495-939-5528
moscellbiol@gmail.com
web-site: https://sites.google.com/site/moscellbios/

---

Поблагодарили (1): Chrus

Компания Cell Signaling Technology победитель номинаций “Лучшие Антитела” и “Лучший Веб-сайт”
по версии The Life Science Industry Awards^®.

«Fostering R&D-cooperations between German and Russian stakeholders in the bioeconomy, especially in the industrial biotech area»

PROGRAMME

Трансляция мероприятия будет осуществляться On-line на сайте ИНБИ РАН -www.inbi.ras.ru

Вопросы во время трансляции Вы можете задавать в данной теме.

---

Поблагодарили (1): NMR-guy

24 ноября в Москве пройдет вручение национальных стипендий «Для женщин в науке». Проект «Для женщин в науке» осуществляется в России с 2007 года и с тех пор стипендии получили 65 учёных. По условиям конкурса соискательницами стипендии могут стать женщины-ученые, кандидаты наук в возрасте до 35 лет, работающие в российских научных институтах и вузах по следующим дисциплинам: физика, химия, медицина и биология. Критериями выбора стипендиаток являются научная значимость кандидата, практическая польза и осуществимость предложенного на рассмотрение жюри проекта, а также желание кандидата продолжать научную карьеру в России.

Стипендиаты программы российского конкурса «Для женщин в науке» L’ORÉAL-UNESCO в 2014 году уже объявлены. Ими стали:

Ачарова Ирина, г. Ростов-на-Дону, Южный федеральный университет, физический факультет.
Вологжанина Анна, г. Москва, Институт элементоорганических соединений им. А.Н. Несмеянова Российской академии наук (ИНЭОС РАН).
Диденкулова Ирина, г. Нижний Новгород, Нижегородский государственный технический университет им. Р.Е. Алексеева, (НГТУ).
Игнатьева Дарья, г. Москва, Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, химический факультет.
Иевлева Аглая, г. Санкт–Петербург, НИИ онкологии имени Н.Н. Петрова Минздрава России.
Логачева Мария, г. Москва, Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, биологический факультет.
Остроумова Ольга, г. Санкт–Петербург, Институт цитологии Российской Академии наук (ИНЦ РАН).
Плетнева Надежда, г. Москва, Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН).
Супрун Елена, г. Москва, Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича Российской академии медицинских наук (ИБМХ РАМН).
Хренова Мария, г. Москва, Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, химический факультет.

Международная премия «For Women in Science» (Для женщин в науке), учреждена в 1998 году ЮНЕСКО и компанией L'Oréal. За 16 лет существования программы 82 лауреата были награждены премией L'ORÉAL–UNESCO за важные научные открытия, а двое из них впоследствии получили Нобелевскую премию. Кроме международной программы, учреждены программы присуждения национальных стипендий. Они запущены почти в 50 странах, в том числе в России.
http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId...64#.VG59dcm0SEo

---

Поблагодарили (12): LMP, NCP-bio, xenopus, Maxim, NMR-guy, klav, genseq, Olezhek, dm1, molecbiolog, АНК, Milyausha

Использование протеомного подхода для идентификации и клонирования моноклональных антител из сыворотки крови лабораторных животных

NG-XMT™ (Next Generation eXeptional Monoclonal Technology) -- подход, разработанный компанией Cell Signaling Tecnology (CST), который позволяет определять аминокислотную последовательность антиген-специфической области антител, полученных из сыворотки крови иммунизированных животных.


Антитела из сыворотки крови иммунизированного животного (кролика или мыши) афинно очищаются на белке A или G, а затем фракционируются на колонке с иммобилизованным исследуемым антигеном. Полученные фракции поликлональных антител проверяются на функциональность с помощью ИФА. Фракции антител обрабатываются различными пептидазами, и полученные протеолитические пептиды анализируются с помощью LC-MS/MS.

Для создания библиотеки нуклеотидных последовательностей, кодирующих высоко вариабельные участки тяжелых и легких цепей антител, из В-лимфоцитов выделяется тотальная мРНК, на её основе создается библиотека кДНК и секвенируется.

Специальное программное обеспечение позволяет сопоставить результаты анализа двух библиотек и определить аминокислотные последовательности вариабельных участков тяжелой и легкой цепи антител. Все возможные комбинации пар тяжелой и легкой цепи клонируются в составе специальных экспрессионных векторов для получения рекомбинантных моноклональных антител. На последнем этапе сравнивается специфичность и чувствительность рекомбинантных антител и исходных поликлоналных антител. Полученные таким образом антитела демонстрируют наилучшую специфичность и чувствительность при вестерн-блоттинге, иммуногистохимии, проточной цитометрии и иммунофлуорисцентном анализе.

Технология NG-XMT™ позволяет по-новому взглянуть на вопросы иммунологии и терапии. Этот подход позволяет проникнуть в такие вопросы иммунологии, как разнообразие антител в крови, их клональность, динамику и кинетику их образования В-клетками в ответ на появление антигена. Кроме того, эта технология может использоваться для поиска новых вакцин и применяться для мониторинга пула собственных антител человека в ответ на его иммунизацию, заражение инфекцией или в процессе развития заболевания.

Рисунок: технология, разработанная компанией Cell Signaling .

Источник: Cheung W.C. et al. A proteomics approach for the identification and cloning of monoclonal antibodies from serum Nat Biotechnol. 2012 Mar 25;30(5):447-52

Акрус
119991, г.Москва, Ленинский пр-т, д.47
Тел.: +7(499)135-88-02, 135-88-18, +7(495)913 3950
Факс: +7(495)956-27-01
E-mail: info@acrus.ru
http://acrus.ru/

---

Поблагодарили (1): NMR-guy

Компании Nikon (Япония) и БиоГен-Аналитика (Москва) приглашают вас на семинар «СОВРЕМЕННАЯ МИКРОСКОПИЯ».

На семинаре будут рассматриваться следующие темы:
• Флуоресцентная и конфокальная микроскопия
• Микроскопия локализации одиночных молекул (Нобелевская премия по химии 2014)
• Системы анализа изображений в микроскопии

Рабочий язык семинара – русский.

Место и время проведения:
20 ноября 2014 г.:
Алтайский Государственный Университет, г. Барнаул, проспект Ленина, 61 (Биологический факультет), аудитория 111Л, с 10.00 до 12.00.

21 ноября 2014 г.:
Алтайский Государственный Медицинский Университет, г. Барнаул, проспект Ленина, 40 ( главный корпус АГМУ), аудитория 329, с 14:00 до 16:00.
По всем вопросам, связанным с посещением семинара, обращайтесь, пожалуйста, к Евгению Ладанову (el@bga.su, +7 915 494 75 04) или в московский офис компании БиоГен-Аналитика (+7 (499) 704 62 44, 84997046244@bga.su, 84956614969@bga.su).

Научно-практическая конференция «Реализация прикладных научных исследований и экспериментальных разработок по приоритетному направлению «Науки о жизни» в 2014 году в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014 – 2020 годы» пройдет в Москве в здании Медицинского научно-образовательного центра МГУ имени М.В. Ломоносова 1 - 2 декабря 2014 года.

Цель мероприятия – повышение уровня информационного обмена и обмена опытом при проведении прикладных научных исследований и экспериментальных разработок (далее - ПНИЭР), в том числе межотраслевого характера, направленных на создание продукции и технологий для модернизации отраслей экономики выполняемых по приоритетам развития научно-технологической сферы Российской Федерации, а также обсуждение промежуточных результатов ПНИЭР, полученных в 2014 году.

Докладчики мероприятия – руководители проектов, реализуемых в рамках федеральной целевой программы по приоритетному направлению "Живые системы". Информацию о проведении отчетных конференции по другим приоритетным направлениям развития науки и технологий в России можно найти здесь.

Для участия в Конференции по направлению "Живые системы" открыта онлайн регистрация.

Подробнее: http://fp7-bio.ru/detail.php?ELEMENT_ID=645

Кластер промышленной биотехнологии CLIB2021, Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН (ИНБИ РАН), Национальный Контактный Центр «Биотехнологии», Технологическая Платформа «БиоТех2030» в рамках реализации и планирования совместных проектов проводят Российско-Германский семинар по промышленной биотехнологии и биоэкономике

Кластер промышленной биотехнологии CLIB2021, Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН (ИНБИ РАН), Национальный Контактный Центр «Биотехнологии», Технологическая Платформа «БиоТех2030» в рамках реализации и планирования совместных проектов проводят Российско-Германский семинар по промышленной биотехнологии и биоэкономике «Fostering R&D-cooperations between German and Russian stakeholders in the bioeconomy, especially in the industrial biotech area».

(Рабочий язык — английский)

Семинар организуется при поддержке Министерства образования и науки Российской Федерации Федерального министерства образования и научных исследований Германии (BMBF), Германо-Российского Кооперационного Биотехнологического Союза и Германского Дома Науки и Инноваций в Москве (DWIH).

Цель семинара — обсуждение и формирование тематик и проектов для их последующего представления в рамках реализации программы российско-германского сотрудничества в области промышленной биотехнологии и биоэкономики, создание консорциумов для совместного участия в программе «Горизонт2020».

В работе семинара ожидается участие ученых ведущих научных центров России и Германии, включая Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН, Центр «Биоинженерия» РАН, Институт микробиологии РАН, ГосНИИгенетики, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Университеты Мюнстера, Мюнхена, Гиссена, Институты общества Фраунгофера, Объединение исследовательских центров имени Гельмгольца, представителей германского Кластера промышленной биотехнологии, Российской Технологической Платформы «БиоТех2030», малого и среднего бизнеса России и Германии, представителей Немецкого научно-исследовательского собщества (DFG), Немецкого Дома Науки и Инноваций в Москве (DWIH), земли Северный Рейн-Вестфалия, Посольства Германии в Москве.

Трансляция мероприятия будет осуществляться On-line на сайте ИНБИ РАН -www.inbi.ras.ru

Программа семинара размещена на официальных сайтах мероприятия

www.fp7-bio.ru, www.bio-economy.ru, www.biotech2030.ru

Регистрация: http://bioncp.timepad.ru/event/161719/

ИНФОРМАЦИОННЫЙ ДЕНЬ: Возможности международного научно-технологического сотрудничества в области «науки о жизни»
3 декабря 2014 г. российские национальные контактные точки «Здравоохранение», «Биотехнология» и «Окружающая среда» проводят информационный день, посвященный ВОЗМОЖНОСТЯМ МЕЖДУНАРОДНОГО НАУЧНО-ТЕХНОЛОГИЧЕСКОГО СОТРУДНИЧЕСТВА В ОБЛАСТИ «НАУКИ О ЖИЗНИ».

На мероприятии будут представлены новые конкурсы программы «Горизонт 2020» ЕС на 2015 год, а также другие программы международного многостороннего и двустороннего сотрудничества.

В ПРОГРАММЕ:

Горизонт 2020, Рамочная программа Евросоюза по научно-технологическому и инновационному развитию на период 2014-2020 гг.
Представительство Европейского союза в Российской Федерации
Анализ результатов конкурсного отбора по международным мероприятиям ФЦП «Исследования и разработки» в 2014 году
Представитель организации-монитора (МНИОП)

Международные программы РФФИ. Конкурс «ERA.Net RUS plus»

Мобильность исследователей в программе «Горизонт 2020»: индивидуальные гранты
Анна ПИКАЛОВА, Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», российский национальный контактный центр “Мобильность кадров”

Научно-технологическое сотрудничество по тематическому приоритету «Здравоохранение» в программе Горизонт 2020 ЕС
Татьяна КОЧЕГУРА, НКТ «Здравоохранение», ФФМ, МГУ

Международное сотрудничество в области биотехнологии
Ирина ШАРОВА, НКТ «Биотехнологии», Институт биохимии им.А.Н.Баха РАН

Научно-технологическое сотрудничество по тематическому приоритету «Окружающая среда» в программе Горизонт 2020 ЕС
Вадим ШАРОВ, НКТ «Окружающая среда», г.Пущино

Успешные проекты: FP7 STAR IDAZ – глобальный альянс в области здоровья животных
Лариса ГНЕЗДИЛОВА, Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии имени К.И.Скрябина

Регистрация обязательна: http://bioncp.timepad.ru/event/162387/

Институт биоинформатики открывает регистрацию на трехнедельные онлайн-курсы, которые начнутся 10 ноября.

Курсы проведут преподаватели Института на русском языке.

• Программирование на Python (Павел Федотов)
  Курс начального уровня; создан для тех, кто совсем не умеет программировать ни на одном языке. Специальных знаний, кроме математики школьного уровня и навыков работы с компьютером, не требуется.
• Введение в Linux (Алексей Гуревич, Андрей Пржибельский)
  Курс знакомит с операционной системой Linux, работой на удаленном сервере и основам написания скриптов на языке bash.
• Молекулярная биология и генетика (Павел Добрынин)
  Курс рассчитан на широкую аудиторию слушателей, заинтересованных генетикой, клеточной и молекулярной биологией. Для прохождения нужны только базовые знания школьной программы.

Каждый курс рассчитан 3-4 часа еженедельной нагрузки и состоит из коротких видео-уроков и небольших заданий.

Для участия не нужно обладать специализированными знаниями или заниматься биоинформатикой. Курсы базовые и рассчитаны на широкую аудиторию. Они подойдут всем желающим освоить начальные навыки программирования, разобраться с работой в операционной системе Linux или узнать больше о генетике и молекулярной биологии.

Присоединяйтесь!

http://bioinformaticsinstitute.ru/online

XXVII Зимняя молодежная научная школа

"ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ"

Москва, 9-12 февраля 2015 года.

Учебно-научный центр Института биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова Российской академии наук приглашает студентов, аспирантов и молодых ученых (в возрасте до 35 лет) принять участие в работе XXVII зимней молодежной научной школы "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии".

В программу Школы будут включены устные доклады и стендовые сообщения по приоритетным направлениям физико-химической биологии и биотехнологии (приложение 1). В форме 30- или 15-минутных устных докладов будут представлены работы, отобранные научным жюри из числа заявленных сообщений. Рабочий язык Школы – русский.

Электронные версии заявки (приложение 2) на участие в работе Школы с подписью научного руководителя и печатью учреждения в формате *.pdf и тезисов (приложение 3) научного сообщения в формате *.doc необходимо направить в Оргкомитет по адресу nap@ibch.ru с пометкой "XXVII молодежная школа" не позднее 15 ноября 2014 г. В заявке следует указать, к какому научному направлению (в соответствии с приложением 1) относится представленное сообщение. Печатную версию документов представлять в Оргкомитет не нужно. Тезисы докладов и стендовых сообщений будут опубликованы в авторской версии. Сборник трудов будет выдан каждому участнику Школы при регистрации.

Требования к оформлению постеров приведены в приложении 4. Постеры необходимо разместить на стендах в день открытия Школы до 10.00 и оставить до завершения работы Школы. Личное присутствие участников постерной сессии в день её проведения обязательно. Оплата организационного взноса за участие в работе Школы не предусмотрена.

Справки по телефону: +7 (495) 335-62-22 Потапенко Наталия Анатольевна (nap@ibch.ru)

Подробнее: http://www.ibch.ru/press/events/conferences/1036

Экспертное обсуждение документов, формируемых в рамках разработки профессиональных стандартов в сфере биотехнологий.
http://xn--2030-93dyu2cwb5a.xn--p1ai/%D0%B...80%D1%82%D1%8B/

Приглашаем вас принять участие в этой работе.

Технические возможности площадки позволяют вам ознакомиться с документом и оставить свои предложения/замечания к нему в формате комментария. Обращаем ваше внимание на то, что комментарии проходят предварительную премодерацию, что может повлечь некоторые задержки в их опубликовании.

В настоящий момент выложены для обсуждения:
Специалист-технолог по транспортировке, складированию и хранению биохимической продукции
Специалист-технолог по производству лакокрасочных покрытий, биохимических красителей и бытовой химии
Специалист-технолог в области природоохранных (экологических) биотехнологий
Менеджер контроля качества биотехнологического производства по стандартам

xGen Lockdown зонды и панели от IDT сфокусируют ваши исследования в области секвенирования следующего поколения (NGS)


Несмотря на то, что удешевление стоимости секвенирования ДНК позволило проводить масштабные исследования (1), непомерно высокая стоимость обработки образцов до сих пор является проблемой практически для всех пользователей. Это заставляет все большее количество лабораторий проводить секвенирование только той части генома, которая представляет интерес. Целевое обогащение при помощи гибридного захватывания, которое рассматривается в данном обзоре, реализуется непосредственно перед проведением секвенирования, схема такого обогащения представлена на рис.1. Методы обогащения генома уменьшают стоимость секвенирования и позволяют сфокусировать свои усилия на конкретном участке гена.

Если мы выделим специфический регионе генома, это позволяет секвенировать один участок во множестве образцов одновременно. Благодаря гибридному захватыванию интересующих участков генома и последующему секвенированию возможно проводить эксперименты по генотипированию, идентификацию вариантов сплайсинга, нахождение мест вставки новых или делеции существовавших нуклеотидов, а также изучение геномной рекомбинации и секвенирование сайтов интеграции вирусов и транспозонов.


Рис.1. Целевое захватывание последовательности с помощью xGen Lockdown зондов.


Проведение анализа большого количества целевых участков генома во множестве образцов.

Давайте рассмотрим эксперимент по генотипированию 100 образцов, реализованный при помощи ПЦР, он потребует проведения множества индивидуальных ПЦР-реакций, каждую из которых необходимо будет оптимизировать. Оптимизация и проведение этих реакций потребует большого количества времени и возможность появления ошибок возрастет, из-за того что качество будет зависеть от большого количества индивидуальных реакций. Более того, потребуется большое количестве первоначального материала. В конце концов, генотипирование при помощи ПЦР может не завершиться успешно, если мутации возникают в праймерах. Обычно последовательность праймеров оптимизируется с использованием нескольких образцов, и далее полученные таким путем праймеры используются для амплификации большой совокупности образцов. Такая практика основана на предположении о том, что участки, на которые будут садиться праймеры не претерпевают изменений в составе всей совокупности образцов. Это может оказаться правдой для небольшой серии образцов, но если число реакций увеличивается, то увеличивается и вероятность деформации последовательности сдвигом (рис.2А).

В качестве альтернативы ПЦР, секвенирование NGS после целевого обогащения объединяет все реакции генотипирования и обнаружение мутации в один этап, схема расположения зонда показана на рис.2. При гибридном захватывании последовательности с одиночным нуклеотидным полиморфизмом (SNP) используется зонд, направленный на узнавание последовательности вокруг SNP, и мутация гибридизующейся последовательности, несмотря на неполную комплементарность с зондом не окажет критического воздействия на процесс узнавания. Фактически, зонды xGen Lockdown Probes могут игнорировать до 7 мутаций внутри целевого участка без влияния на эффективность гибридизации. Обогащенная ДНК далее секвенируется в один этап. В таком случае нет необходимости в подборке условий индивидуальных ПЦР и гелей для анализа. Если исследователь решит расширить спектр экспериментов и увеличить количество зондов, направленных на узнавание других SNP, то возможно воспользоваться уже подобранными условиями эксперимента по обогащению и секвенированию.

Идентификация сайтов встраивания вирусов и транспозонов

Эксперименты по изучению функций генов часто включают в себя гетеротипическую и экспрессию их последующий нокдаун при помощи интерференцией РНК (RNAi). Ретровирусы используются для введения экзогенной ДНК в геном изучаемых организмов. Фрагмент ДНК может быть интегрирован в безопасный участок между генами или в транскрибируемый участок (2) который может варьировать функцию генов, и вызываемые этим ложные фенотипы. Для исследования проблемного сайта встраивания во множестве различных образцов, возможно проводить целевое обогащение с использованием гибридизации зондов с известными участками экзогенной последовательности ДНК (рис.3). Таким образом, образцы, в которых произошло встраивание экзогенной ДНК могут быть отобраны для дальнейшего изучения.

Методика также важна для изучения сайтов интеграции транспозонов и инфицирующих вирусов. Информация о молекулярном механизме встраивания может улучшить понимание разработки лекарств для соответствующих заболеваний, а также быть полезной для решения других задач. Идентификация вирусной ДНК в изучаемом организме также используется для диагностирования стадии заболевания (3). проведение секвенирования ДНК человека, после целевого обогащения участками вирусного генома может подтвердить факт инфицирования.

Изучение альтернативного сплайсинга

Альтернативный сплайсинг наблюдается в 95% генах человека, которые имеют более чем 1 экзон, а ошибки во время этого процесса ассоциированы со множеством болезней (4). Некоторые из таких болезней могут быть диагностированы с помощью нахождения генов, которые альтернативно участвуют в сплайсинге. Для этого может использоваться, например, секвенирования следующего поколения РНК (NGS). Получаемая информация позволяет проанализировать количество РНК, представленной в определенный момент времени, и таким образом, этот метод чувствителен к различиям в генной экспрессии. РНК, полученная из образца, конвертируют в ДНК, и далее проводится стандартная процедура секвенирования ДНК. Для того чтобы облегчить определение малые количества вариантов сплайсинга, которые ассоциированы с заболеваниями, зонды, специфичные к изучаемому транскрипту могут использоваться для обогащения, облегчая обнаружение таких транскриптов (Рис.4). Также, различные изоформы протеинов детектируются в пропорции образца, и оставшиеся образцы могут быть легко проверены на наличие транскриптов альтернативного сплайсинга, по сравнению с изучением экспрессированных протеинов при помощи Western Blot.


Гибридное связывание увеличивает универсальность экспериментов

Секвенирование следующего поколения, проводимое после этапа целевого обогащения, позволяет исследовать один и тот же образец для решения нескольких задач одновременно, а также упрощается процесс увеличения количества целевых последовательностей. Такая простота расширения количества обогащаемых участков позволит добавить новый участок SNP, информация о котором появилась в печати - для этого к существующей панели зондов добавляется еще несколько, и ее можно использовать для последующих экспериментов по генотипированию. Добавление дополнительного зонда никак не скажется на эффективности работы существовавшей ранее панели, но позволит получать большее количество информации в результате каждого эксперимента. Таким образом возможно более оперативно реагировать на появляющиеся каждый день публикации в сфере NGS.

Прочитав большую часть данного обзора, и узнав обо всех дополнительных возможностях метода, кроме того что он фокусирует эксперименты по секвенированию, Вы задаетесь следующим вопросом: Упростит ли гибридное связывание постановку экспериментов?

Хотя гибридное связывание может быть использовано для решения большого количества задач, иногда этот метод может и не являться наиболее подходящим для всех исследователей. Например, процент прочтений последовательности, полученный от определенного региона увеличивается одновременно с увеличением количества зондов. Панели из большего количества зондов, как правило, более эффективны (в том числе и с точки зрения цены). Маленькие панели зондов используются для изучения ретровирусов и транспозонов; Тем не менее, следует обращать внимание на то, что результаты с использованием разных панелей и разных методов для обогащения могут разниться. Например, повторяемые участки будут захватываться с большей частотой.

В то же время следует понимать, что если задачей является изучение одного целевого участка в тысяче различных образцов, то лучше использовать метод обогащения при помощи ПЦР. xGen Lockdown зонды - изготавливаются полностью на заказ, из которых могут быть использованы для создания захватывающих панелей любого размера.

Зонды xGen Lockdown Probes от IDT

Зонды xGen Lockdown Probes - это индивидуально синтезируемые зонды для целевого обогащения при помощи гибридного связывания. Этот продукт был разработан специально для совместного применения с NGS секвениварония. Зонды могут быть использованы индивидуально для создания панелей, которые могут быть оптимизированы, расширены, комбинированы с другими панелями при необходимости. Также отдельные зонды могут быть добавлены в уже существующие панели для улучшения узнавания труднодоступных участков (например GC-богатых участков).

Кроме того, возможно выбрать одно из готовых решений от IDT - одну из готовых панелей:

xGen Inherited Diseases Panel - панель для обогащения генов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, содержит 116 355 зондов, нацеленных на узнавание 4503 генов и 80 однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), сцепленных с наследственными заболеваниями.

xGen Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0 - панель для обогащения более чем 260 генов ассоциированных с развитием острой миелоидной лейкемии (AML), содержит 11 743 индивидуально синтезированных зондов.

xGen Pan-Cancer Panel v1.5 - панель для обогащения генов, ассоциированных с 12 типами раковых заболеваний, состоит из 7 816 индивидуальных синтезированных зондов, которые обеспечивают обогащение более чем 127 генов.

Обеспечение совместимости с популярными платформами NGS

В процессе обогащения используются блокирующие олигонуклеотиды xGen Blocking Oligos для адаптеров в составе последовательностей библиотек. Такие блокирующие олигонуклеотиды уменьшают неспецифичное связывание и увеличивают эффективность обогащения.

xGenUniversal Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами.

xGen Standard Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq, и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами и адаптерами Roche/454.

Возможно также производство блокирующих олигонуклеотидов на заказ (xGen Custom Blocking Oligos).

Использованная литература

Hayden EC (2013) Gene sequencing leaves the laboratory. Nature 494(7437):290-291.
Ambrosi A, Cattoglio C, Di Serio C. (2008) Retroviral integration process in the human genome: is it really non-random? A new statistical approach. PLoS Comput Biol 4(8):e1000144.
Depledge DP, Palser AL, et al. (2011) Specific capture and whole-genome sequencing of viruses from clinical samples. PLoS ONE 6(11): e27805.
Matlin AJ, Clark F, Smith CW. (2005) Understanding alternative splicing: towards a cellular code. Nat Rev Mol Cell Biol, 6(5):386–398.
Cancer Genome Atlas Research Network. (2013) Genomic and epigenomic landscapes of adult _de novo_ acute myeloid leukemia. N Engl J Med, 368(22):2059–2074.

По всем вопросам подбора Вашей индивидуально панели для обогащения перед секвенированием NGS обращайтесь в СкайДжин: info@skygen.com СкайДжин является официальным дистрибьютором IDTDNA в России!

Для обзора использовалась информация из статьи Target Enrichment Facilitates Focused Next Generation Sequencing