Все форумы > Фирмы > версия для печати
Web-адрес темы: http://molbiol.ru/forums/index.php?s=a6d1c3de290d5e844a1a1ee5b10af160&act=ST&f=33&t=516909

SkyGen «предст.»

SkyGen 16.10.2012 10:25
15.92к - Торгово-сервисная компания SkyGen (СкайДжин) - это команда профессионалов, которая поставила перед собой цель сделать доступными реагенты, оборудование и сервис для научных лабораторий в России и странах СНГ.

Под доступностью мы понимаем цены близкие или равные европейским, собственный склад реактивов и оборудования, доставку за 1-3 дня в любой крупный город России. Иными словами, мы делаем все возможное, чтобы поставить Вам качественную продукцию, недорого и быстро. Мы начали с New England Biolabs и у нас получилось!

Мы верим в то, что чтобы быть близким к Вам, недостаточно просто выставлять счета и осуществлять доставку. «Логистических» и «каталожных» компаний много и все они известны.

Нам же важно глубоко разобраться в теме и быть поддержкой для Вас. Для этого мы публикуем новости, обзоры и высоко ценим любые замечания и критику. Каждый продукт мы «пропускаем» через себя. Анализируем плюсы и минусы, представляем, как и где он будет работать, консультируемся с Вами. И, как результат, создаем методички, семинары и презентации.

Мы стараемся угнаться за Вами в научном познании мира, мы стараемся учиться и расти вместе с Вами. Даже уйдя из науки, мы все равно остались в душе искателями и открывателями. Пусть наша работа будет полезна Вам - и в этом мы видим свою реализацию.

Мы являемся официальными дистрибьюторами New England Biolabs, Agilent Technologies, Oxford Nanopore, Macherey-Nagel, QIAGEN, NIMAGEN, EdgeBio, IDT, Thermo Scientific, SIGMA-ALDRICH, Santa Cruz Biotechnology, ChemGenes, Bruker, Dornier, Bio Molecular Systems, Gilson, Opentrons, Titertek-Berthold.

У нас есть сервисная служба. Мы осуществляем обслуживание, калибровку и поверку дозаторов, лабораторных весов и ПЦР-амплификаторов различных производителей, а также занимаемся организацией валидации оборудования IQ/OQ.
/ Фирмы,  #516909  /
115093, г. Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1
Тел.: +7 495 215-02-22
Факс: +7 495 215-02-22
E-mail: info@skygen.com
Веб-адрес: http://www.skygen.com ( http://www.skygen.com )
Специализация: ПЦР и Реал-тайм ПЦР машины, Автоматические пипетки, Диспенсеры, Роботы, Автоматическое оборудование, Ферменты и Киты для мол. биологии, Киты для клонирования, Мутагенеза, приготовления Библиотек, Маркеры (ДНК, РНК, белки), Пластик, Пробирки, Пипетки, Механическая мастерская
География деятельности: Россия, Белоруссия, Другое в Азии




SkyGen 17.10.2012 17:24
Прикреплённое изображениереклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )
C сентября мы (компания SkyGen) являемся эксклюзивным дистрибьютором реактивов NEB в России и СНГ.

Сейчас мы формируем второй октябрьский заказ!
Мы рассчитываем его разместить до 29 октября 2012, в Москву заказ придет сразу после ноябрьских праздников.

Звоните!

+7 (495) 215-02-22
info@skygen.com

ICQ 616631519
Skype skygen-llc



guest: Доктор 17.10.2012 21:57
//...заказ придет сразу после ноябрьских праздников. //

Усраться можно... Быстро-то как!!!!
Ща всё брошу и кинусь учинять срочный заказ.
Слушьте, сокамерники по профессии, а какого долбоёба из нынешнего "православного Правительства" надо проклинать за то, что все поставки оборудования и реактивов в Россию стоят в два раза дороже, чем в Германию и в три раза - чем в Китай? Как зовут этого мудака, персонально?
Какой правительственный дебил устроил это марамойство - ждать поставки сущей лабораторной мелочи... 90 дней? Какой из любителей "стабильности" учинил нам эту засаду?
Поднимите мне веки! )))



SkyGen 18.10.2012 15:16
Увы, это так. Поставка реагентов за 24 часа из Европы логистически возможна (DHL), но сделать это экономно и в белую, заплатив все пошлины и налоги, почти невозможно.
Поэтому мы формируем склад, чтобы охватить 80% всех самых основных реагентов NEB. Этот заказ как раз и направлен, чтобы заполнить наши морозильники основными реагентами.
И тогда доставка за 24-48 часов в любой крупный город России будет возможна!



Atropos 25.10.2012 14:58
А как же СибЭнзим?



Guest 28.10.2012 15:11
Ochen strano, chto novaay company v Russia xochet startovat s prodazi reagentov i laboratornogo plastika, ne imeya dorogogo oborudovaniya. Reaktivi ot NEB budut bezumno dorogimi i konkurirovat s Fermentasom, Invitrogen ot Helicona budet ochen slozno. Na reagentax mnogo deneg ne zarabotat, a esli platitit sotrudnikam menimalnie zarplati, togda ni o kakoj dostavke za 48 chasov govorit nelzay. Nikto iz sotrudnikov kachestvenno rabotat ne zaxochet. V lubom sluchae, welcome to the Russian market and good luck !!!



SkyGen 29.10.2012 19:33
Atropos
А как же СибЭнзим?


CибЭнзим имеет давнюю историю взаимодействия с NEB, но, как Вы знаете, сам выпускает конкурирующую продукцию. Перед СкайДжин же стоит задача именно в продвижении всей линейки реактивов, и именно поэтому мы являемся официальными представителями NEB.

Мы сейчас создаем склад продукции, организуем обучающие семинары, обеспечиваем информационную и техническую поддержку наших клиентов и связь с сотрудниками NEB.



SkyGen 29.10.2012 19:39
Guest
Ochen strano, chto novaay company v Russia xochet startovat s prodazi reagentov i laboratornogo plastika, ne imeya dorogogo oborudovaniya. Reaktivi ot NEB budut bezumno dorogimi i konkurirovat s Fermentasom, Invitrogen ot Helicona budet ochen slozno. Na reagentax mnogo deneg ne zarabotat, a esli platitit sotrudnikam menimalnie zarplati, togda ni o kakoj dostavke za 48 chasov govorit nelzay. Nikto iz sotrudnikov kachestvenno rabotat ne zaxochet. V lubom sluchae, welcome to the Russian market and good luck !!!


Вы правы, на одних реагентах NEB сложно заработать, учитывая, что цены установлены на уровне европейских. Сейчас, купить реактив что в Германии, что в России – почти одна цена. Реактивы у нас всего на 5% выше европейских цен (т.е. по сути ровно на сумму таможенной пошлины) и пока никто из клиентов не жаловался на безумные цены. ))

Но кто сказал, что мы ограничиваемся только NEB?

К нам идет раскапывающая станция для ПЦР, скоро начнем выводить другое оборудование для реал-тайм ПЦР .
Всё впереди, но начали продвижение с реактивов, пластика и "мелкого" общелабораторного оборудования. Если что-то нужно из нашего списка (см. сайт) - вэлком.

По поводу зарплат Ваши опасения напрасны - зарплаты более чем рыночные. Сейчас мы набираем штат. Нам нужны:
- сервисный инженер
- специалист отдела продаж (активные продажи "в полях")
- руководитель отдела логистики
- водитель-экспедитор

Присылайте свои резюме на info@skygen.com.



The Dude 30.10.2012 10:06
"водитель-экспедитор", вот на этом то форуме их и стоит искать! какие категории прав должен иметь работник? На Камаз пойдут?



SkyGen 30.10.2012 13:39
The Dude
"водитель-экспедитор", вот на этом то форуме их и стоит искать! какие категории прав должен иметь работник? На Камаз пойдут?


Чувак, права на Камаз, к сожалению, не годятся. Нам бы категорию B ))



The dude 30.10.2012 14:14
smile.gif Быть может, настанут и такие золотые времена, когда антитела к нам будут возить в Камазных объемахsmile.gif



SkyGen 30.10.2012 15:03
Все в Ваших руках!



SkyGen 06.11.2012 19:33
Прикреплённое изображениеРаздаем каталоги NEB 2012, а это 384 страницы увлекательного чтения !!!

Оставьте заявку ( http://www.skygen.com/2012/11/02/%D1%80%D0%B0%D0%B7%D0%B4%D0%B0%D0%B5%D0%BC-%D0%BA%D0%B0%D1%82%D0%B0%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8-neb-2011-2012/ ), и мы привезем каталог в Вашу лабораторию.

В каталоге представлено полное описанием по группам продукции: эндонуклеазы рестрикции, полимеразы, реактивы для амплификации, ДНК-модифицирующие ферменты, реактивы для клонирования, реагенты для секвенирования следующего поколения, маркеры и стандарты (ДНК, РНК, белки), реагенты для работы с РНК, реактивы для экспрессии и очистки белков, компетентные клетки, реактивы для гликобиологии и эпигенетики, реагенты для клеточного анализа и визуализации.

В дополнение в каталоге есть секция "Technical reference" с таблицами, протоколами, наиболее часто возникающими вопросами и проблемами.



SkyGen 11.11.2012 21:41
Возможность получать Российским научным лабораториям реагенты по ЕВРОПЕЙСКИМ (!) ценам с доставкой за 24-48 часов – вполне реально, если подойти к этому вопросу ответственно.

Цены на NEB СкайДжин установил близкие к Европейским (разница всего в 5% на реагенты до -20С).

Мы работаем с DHL, которая доставляет за 24 часа из Москвы в любой крупный город России. Термоконтейнеры с хладагентами тоже вполне доступная вещь. Они закуплены и ждут своего «часа».

Всё готово. Самый главный вопрос для нас: «что всегда держать на складе?».

В начале следующей недели (12-15 ноября 2012) мы получаем очередную партию NEB, которая должна сформировать 70-80% ассортимента склада. Для этого мы проанализировали TOP100 продаваемых ферментов в Европе, посмотрели, что хотят Российские лаборатории и составили список. Наверняка мы что-то упустили, а где-то были слишком оптимистичны.

Поэтому и нужна ваша помощь! Будем очень благодарны за любую обратную связь по реагентам NEB. Чем чаще всего пользуется Ваша лаборатория?

И ещё просьба. Какие другие реагенты/ферменты Вы хотели бы видеть в России по нормальным ценам? Готов начать переговоры с производителями.

Гуреев Дмитрий Владимирович
Генеральный директор ООО «СкайДжин»




SkyGen 11.11.2012 21:52
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Прикреплённое изображениеПрикреплённое изображениеСерия реактивов NEBNext® для секвенирования следующего поколения

Предлагаем вашему вниманию серию реактивов NEBNext® производства NewEngland BioLabs для создания библиотек ДНК и РНК для секвенирования следующего поколения (NGS).

Наборы и мастер-миксы реактивов этой серии разработаны с учетом специфики имеющихся на сегодняшний день платформ для NGS: Roche 454; ABSOLiD, lluminaGAII и AB IonTorrent. Все наборы и мастер-миксы прошли функциональную валидацию – приготовление библиотек геномной ДНК или ChIP-Seq-ДНК с последующим секвенированием на соответствующих платформах.

NEBпредлагает также уникальный фермент NEBNext® дцДНК-фрагментазу, позволяющий получать фрагменты ДНК размером от 100 до 800 п.н. в зависимости от времени проведения реакции. Фрагментация матрицы с помощью NEBNext® дцДНК-фрагментазы позволяет получать фрагменты ДНК с более высоким практическим выходом нежели при использовании механической фрагментации с применением соникаторов и небулизаторов.

На рисунке показано распределение относительного размера фрагментов ДНК E.coli, полученных обработкой образца ДНК дцДНК-фрагментазой (синяя кривая) и пневматическим небулизатором (зеленая кривая), визуализированное с помощью анализатора Bioanalyzer 2100.

Образец, обрабатываемый дцДНК-фрагментазой, инкубировали в течение 30 минут при 37°C в 1X буфере для фрагментазы с БСА (100 мкг/мкл) при соотношении 0.05 мкг ДНК на 1 мкл дцДНК-фрагментазы. Образец, фрагментированный с помощью небулайзера, был подвергнут распылению в 50% глицерине в течение 6 минут при давлении 35 psi (2.41 Бар).
Прикреплённое изображение



Файл/ы:

Скачать файл SkyGen_pricelist_NEB_NEBNext_2012.11.11.pdf
Размер:: 336.33к
кол-во скачиваний: 1919




Guest 14.11.2012 22:30
smile.gif фрагментаза от неб зафигачила все мои 500бп вставки в 200 - ну и нафига нужна мне эта радость



vtosha 14.11.2012 22:44
NGS-ные наборы для пробоподготовки НЕБовские очень удобны, лучше, чем Иллюминовские. Более полные, более компактные, с разноцветными крышечками для каждой операции, указан полный состав буферов, олигов и прочих компонентов. Для малой РНК, например, по-любому нужно отдельную НЕБовскую лигазу закупать, в Иллюминовский набор она не входит. И вообще, у НЕБа отдельные модули для каждой операции можно купить, что несомненный плюс.
Ещё понравились модули для работы с РНК, модуль для синтеза второй цепи очень бодренько расходиться стал, когда чипы стали делать. Шарики для выделения поли-А-РНК постоянно используются.
Фрагментаза сейчас - самый дешёвый вариант фрагментирования, хотя, конечно, надо на каждой новой ДНК её заново опробовать, да и при хитросложной ДНК могут быть всякие подводные камни.
Впрочем, не знаю, имеет ли смысл держать это всё на складе постоянно. Всё-таки не такие потоки NGSа в этой стране, чтобы это было выгодно.



Guest 14.11.2012 22:47
(vtosha @ 14.11.2012 22:44)
Ссылка на исходное сообщение  НГС-ные наборы для пробоподготовки НЕБовские очень удобны, лучше, чем Иллюминовские. Более полные, более компактные, с разноцветными крышечками для каждой операции, указан полный состав буферов, олигов и прочих компонентов. Для малой РНК, например, по-любому нужно отдельную НЕБовскую лигазу закупать, в Иллюминовский набор она не входит.  И вообще, у НЕБа отдельные модули для каждой операции можно купить, что несомненный плюс. 
Ещё понравились модули для работы с РНК, модуль для синтеза второй цепи очень бодренько расходиться стал, когда чипы стали делать. 
Фрагментаза сейчас - самый дешёвый вариант фрагментирования, хотя, конечно, надо на каждой новой ДНК её заново опробовать, да и при хитросложной ДНК могут быть всякие подводные камни.
Впрочем, не знаю, имеет ли смысл держать это всё на складе постоянно. Всё-таки не такие потоки НГСа в этой стране, чтобы это было выгодно.


ерунда - все можно сделать самому не хуже НЕБа - если конечно ручки растут из того места smile.gif



Guest 14.11.2012 22:50
(vtosha @ 14.11.2012 22:44)
Ссылка на исходное сообщение  НГС-ные наборы для пробоподготовки НЕБовские очень удобны, лучше, чем Иллюминовские. Более полные, более компактные, с разноцветными крышечками для каждой операции, указан полный состав буферов, олигов и прочих компонентов. Для малой РНК, например, по-любому нужно отдельную НЕБовскую лигазу закупать, в Иллюминовский набор она не входит.  И вообще, у НЕБа отдельные модули для каждой операции можно купить, что несомненный плюс. 
Ещё понравились модули для работы с РНК, модуль для синтеза второй цепи очень бодренько расходиться стал, когда чипы стали делать. Шарики для выделения поли-А-РНК постоянно используются. 
Фрагментаза сейчас - самый дешёвый вариант фрагментирования, хотя, конечно, надо на каждой новой ДНК её заново опробовать, да и при хитросложной ДНК могут быть всякие подводные камни.
Впрочем, не знаю, имеет ли смысл держать это всё на складе постоянно. Всё-таки не такие потоки НГСа в этой стране, чтобы это было выгодно.


обычным зоникатором я получаю в 100 раз лучше хфрахметазы smile.gif
200 бп - в линию , а не в шмер



SkyGen 15.11.2012 12:58
(vtosha @ 14.11.2012 23:44)
Ссылка на исходное сообщениеВпрочем, не знаю, имеет ли смысл держать это всё на складе постоянно. Всё-таки не такие потоки NGSа в этой стране, чтобы это было выгодно.


Как раз сейчас мы и "прощупываем" размер рынка по NGS. На самом деле запросов довольно много.
Будем признательны, если расскажете, какими реактивами чаще всего пользуются в вашей лаборатории.



SkyGen 15.11.2012 13:09
(guest: Натали @ 15.11.2012 01:59)
Ссылка на исходное сообщение Скажите,  почему, к примеру, среди прочих немногих  продуктов у вас на сайте представлен прайс на пластик - один в один Axygen? Им торгует Интерлабсервис.

Тем не менее, у вас же на сайте написано :"С сентября 2012 мы представляем в России таких производителей как New England Biolabs (США), Sorenson BioScience (США), Dornier-LTF (Германия). "

При этом других прайсов на пластик у вас нет.


Натали, мы действительно представляем пластик производства Sorenson BioScience. Большой морской контейнер в пути и, к сожалению, идет довольно длительное время.

Но поскольку текущие запросы нужно удовлетворять, временно мы реализуем пластик Axygen, поскольку ассортимент наиболее близок к Sorenson BioScience.
На следующей неделе мы надеемся, что переедем на новый сайт. К нему мы подготовили брошюру уже по продукции Sorenson (она во вложении).



Файл/ы:

Скачать файл SkyGen_broshure_Sorenson_048.pdf
Размер:: 1.56мб
кол-во скачиваний: 5173




vtosha 15.11.2012 16:09
Про НЕБ уже рассказала.
Киагеновские и Амбионовские наборы для выделения ДНК и РНК. Инвитрогеновские суперскрипты - ценнейшая вещь. Аджилентовские реагенты для биоанализатора.
Для реал-тайма что-то заказывать за рубежом нет смысла - наши и так всё замечательно делают.



SkyGen 20.11.2012 16:57
(vtosha @ 15.11.2012 17:09)
Ссылка на исходное сообщение  Про НЕБ уже рассказала.
Киагеновские и Амбионовские наборы для выделения ДНК и РНК. Инвитрогеновские суперскрипты - ценнейшая вещь. Аджилентовские реагенты для биоанализатора.
Для реал-тайма что-то заказывать за рубежом нет смысла - наши и так всё замечательно делают.


Поняла, спасибо большое!



mlog 22.11.2012 00:21
У вас действительно всё перечисленное тут: http://www.skygen.com/app/download/6869041...df?t=1351529455 ( http://www.skygen.com/app/download/6869041284/SkyGen+%D0%BF%D1%80%D0%B0%D0%B9%D1%81-%D0%BB%D0%B8%D1%81%D1%82+NEB+2012.10.29.pdf?t=1351529455 )
есть на складе в Москве? Вы не шутите? eek.gif



mlog 22.11.2012 00:50
(SkyGen @ 20.11.2012 17:57)
Ссылка на исходное сообщение  Поняла, спасибо большое!

очень сильно плюсую насчёт наборов для Agilent - их нынешний дистрибьютер просто совсем никуда не годится. По пол-года ждать приходится! mad.gif



vtosha 22.11.2012 11:50
Про то, что находящееся в прайс-листе есть на складе, я думаю, это литературное преувеличение, всё-таки. Там написано "цены со склада в Москве", а не "цены на то, что есть на складе в Москве":).



SkyGen 22.11.2012 12:22
(mlog @ 22.11.2012 01:21)
Ссылка на исходное сообщение  У вас действительно всё перечисленное тут: http://www.skygen.com/app/download/6869041...df?t=1351529455 ( http://www.skygen.com/app/download/6869041284/SkyGen+%D0%BF%D1%80%D0%B0%D0%B9%D1%81-%D0%BB%D0%B8%D1%81%D1%82+NEB+2012.10.29.pdf?t=1351529455 )
есть на складе в Москве? Вы не шутите?  eek.gif

Пока, конечно, не все.

Сейчас мы завезли самые стандартные позиции - эндонуклеазы рестрикции, ферменты для ПЦР и т.д.

Но мы все время расширяем ассортимент, надеемся, что уже в следующем году сможем удовлетворить большинство Ваших запросов со склада. Но для этого нам нужна обратная связь от Вас - чем чаще всего пользуетесь?



SkyGen 22.11.2012 12:41
(vtosha @ 22.11.2012 12:50)
Ссылка на исходное сообщение  Про то, что находящееся в прайс-листе есть на  складе, я думаю, это литературное преувеличение, всё-таки.  Там написано "цены со склада в Москве", а не "цены на то, что есть на складе в Москве":).


"цены со склада в Москве" - это значит, что цены не включают в себя транспортные расходы при доставке из Москвы в другой город )))



SkyGen 22.11.2012 20:46
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Прикреплённое изображение28 ноября мы размещаем очередной заказ на продукцию NEB, чтобы импорт прошел до 10-го декабря и не возникло никаких задержек на таможне в связи с концом года.

Убедительная просьба для всех "зреющих" - дайте знать о себе!
Сейчас есть хорошая возможность получить реактив до конца года.

Мы принимаем оплату наличными!

На сегодняшний день в Москве уже есть склад самых популярных ферментов. Полный список приведен в приложенном файле.



Файл/ы:

Скачать файл SkyGen_NEB_stock_2012.11.22.pdf
Размер:: 368.32к
кол-во скачиваний: 1524




mlog 18.12.2012 15:14
Сегодня получила реагенты по заказу, сделанному в начале декабря. Причём без предоплаты. По российским меркам скорость просто беспрецедентная. Всем конкурентам советую брать пример!



comp3v 18.12.2012 22:16
да, тоже могу подтвердить - доставили быстро, и стойко выдержали все закидоны нашего #$@нутого отдела снабжения.



vtosha 18.12.2012 23:37
Нам завтра обещали, с того же времени заказа. Посмотрим, как с нашей бухгалтерией справятся...



SkyGen 19.12.2012 09:12
mlog, comp3v,

спасибо, мы очень старались ))
Удачных Вам экспериментов!



SkyGen 16.01.2013 13:16
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )
Прикреплённое изображениеСегодня стартовал долгожданный новый web-сайт NEB - https://www.neb.com/ ( https://www.neb.com/ )
Новые онлайн-инструменты, расширенный поиск и многое другое...

Кроме того, есть изменения и в продуктовом портфолио компании.

Актуальный прайс-лист на 2013 год Вы можете скачать на нашем сайте:
http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/ ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/ )
Прикреплённое изображение



SkyGen 22.01.2013 12:14
Дорогие клиенты!

Новый год начался с больших перемен в нашей скромной компании.

Во-первых, обновился ли прайс-лист на продукцию NEB, более 100 товаров снято с производства, есть новые реактивы. Полный прайс-лист Вы можете скачать на нашем сайте:
http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/ ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/ )

На прошлой неделе стартовал долгожданный новый web-сайт NEB – https://www.neb.com/ ( https://www.neb.com/ ) – новые онлайн-инструменты, расширенный поиск и многое другое...

Во-вторых, к нам, наконец, приплыл контейнер с лабораторным пластиком. Наконечники, микропробирки и планшеты производства Sorenson BioScience (США) теперь всегда в наличии:
http://www.skygen.com/proizvoditeli/sorenson_bioscience/ ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/sorenson_bioscience/ )

С этого года мы также представляем дозаторы Gilson:
http://www.skygen.com/proizvoditeli/gilson/ ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/gilson/ )

Также, начала работу наша сервисная служба – по обслуживанию, калибровке и поверке дозаторов и лабораторных весов любых производителей:
http://www.skygen.com/servis/ ( http://www.skygen.com/servis/ )

Наши специалисты и лично я с удовольствием ответим на все Ваши вопросы!

P.S. как Вы могли заметить, мы тоже переехали на новый сайт! Здесь всегда можно найти самую актуальную информацию.



SkyGen 04.02.2013 16:23
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )
Прикреплённое изображениеБесплатные ферменты от NEB!!!

Уважаемые клиенты!
В феврале проходила совместная акция SkyGen и New England Biolabs.

Полагаем, что о высоком качестве ферментов NEB слышало множество лабораторий. В феврале была возможность на собственной практике убедиться в этом. Совершенно бесплатно.

Для отправки заявки достаточно было заполнить небольшую анкету и любые 2 фермента из 26 доставлялись в Вашу лабораторию.

В акции приняло участие множество лабораторий по всей России!
Мы очень рады знакомству с Вами.

Теперь акция закончилась, но Вы всегда можете заказать у нас по обычной цене любой интересующий фермент NEB из нашего прайса ( http://skygen.tmweb.ru/proizvoditeli/new_england_biolabs/ ).



SkyGen 01.03.2013 12:36
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Увеличиваем до 20% скидку по дисконтной карте на весь лабораторный пластик Sorenson BioScience (США)


В честь наступления весны мы решили сделать подарок всем держателям дисконтных карт SkyGen. С 1 марта по 31 мая 2013 скидка по карте увеличивается c 5% до 20% весь пластик Sorenson Bioscience (США) со склада.

Вы можете купить один штатив с наконечниками или целую транспортную коробку с пробирками. За наличный расчет или по договору с отсрочкой платежа. Скидка в 20% будет действовать на любое количество заказов, оформленных до 31 мая 2013 и с предполагаемой датой отгрузки не позднее 15 июня 2013.

Мы верим, что возможность приобрести высококачественный штатовский пластик по очень низким ценам и быстрой поставкой станет прекрасным дополнением к весеннему настроению.
Прикреплённое изображение
У вас нет дисконтной карты?

Если нет, то до 30 апреля 2013 действует упрощенная система получения. Вам достаточно в период с 1 марта по 30 апреля 2013 выполнить одно из двух условий:

- сдать не менее 2-х дозаторов на калибровку и обслуживание,
- сделать заказ на дозаторы Gilson или лабораторный пластик на сумму от 15 000 руб.

Подробную информацию о пластике Sorenson BioScience Вы можете найти на нашем сайте ( http://www.skygen.com/produktsiya/osnovnye_razdely/laboratornyy_plastik/ ).



Файл/ы:

Скачать файл Sorenson_pricelist.pdf
Размер:: 4.63мб
кол-во скачиваний: 2771




udalov maksim 12.03.2013 14:57
здравстствуйте!

после 30 апреля можно будет карту оформить?
купили бы сейчас, да деньги грантовские придут ещё оочень не скоро (



SkyGen 12.03.2013 18:29
Добрый день, Максим!

Спасибо за вопрос.

На данный момент мы зафиксировали упрощенную схему до 30 апреля 2013.
Не обязательно покупать пластик, можно просто сдать 2 дозатора на калибровку. Это процедура в любом случае нужная и цена очень небольшая (около 500 руб. за комплекс работ по одному дозатору).

Вопрос с оплатой можно решить через договор с отсрочкой платежа.
Большой отсрочкой, чтобы хватило до прихода гранта. Это один путь.

Есть и второй путь. Карточка выдаётся тем клиентам, с которыми мы реализовываем какие-либо совместные проекты: они порекомендовали лаборатории, раскрыли какую-нибудь интересную нам тему, научный обзор по нашей тематике или дали полезную информацию. Здесь нет чётких правил.

Можете написать в личку свои координаты?



SkyGen 12.03.2013 19:09
Уважаемые коллеги!

Мы периодически слышим от Вас запросы на сервисные комплекты для дозаторов Gilson. Прокладки, уплотнительные кольца, держатели. Мы задумались, чтобы привезти такие комплекты.

Цены пока мы не определили, но получается около 350 руб. за прокладку с уплотнительным кольцом и 1700 за набор из держателя наконечника, 3 прокладок с уплотнительными кольцами.

Что Вы думаете по этой теме?
Нужны ли Вам такие ремонтные наборы?
Если да, то купили бы?
Готовы ли сделать ни к чему юридически не обязывающий предзаказ?

Будем рады услышать любое мнение.

Спасибо.



SkyGen 19.03.2013 19:58
Коллеги!

25 марта к нам уходит очередная поставка NEB. Поэтому если Вы сомневались - сейчас самое время сообщить нам о своем желании приобрести ферменты.

Поскольку на дворе начало года, готовы обсудить продажу за наличные, отсрочку/рассрочку.

Ферменты будут у нас на складе в первых числах апреля!

Из-за майских праздников следующая поставка будет только в середине мая.



SkyGen 03.04.2013 11:54
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Прикреплённое изображениеУважаемые клиенты!

На нашем сайте заработал интернет-магазин ( http://www.skygen.com/produktsiya/ )!!!

Уже сейчас Вы можете посмотреть текущие цены на ферменты NEB ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/catalog/ ), дозаторы Gilson ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/gilson/catalog/ ), пластик Sorenson BioScience ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/sorenson_bioscience/ ), общелабораторное оборудование BioSan ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/biosan/ ), отложить нужную продукцию в корзину и отправить нам заказ в электронном виде. В разделе New England Biolabs Вы также сможете увидеть, какие ферменты есть на складе и быстро получить дополнительную информацию с сайта производителя. В ближайшее время мы откроем функционал по остаткам товаров по другим производителям, будем наполнять каталог актуальной технической информацией и фотографиями.

Первым 20 клиентам, которые оформят заказ через сайт, мы подарим дисконтную карту. До 30 мая 2013 по этой карте Вы получите скидку в 20% на весь пластик Sorenson. Карта будет выдана вместе с товаром. Также мы разыграем 3 дисконтных карты среди самых активных «критиков» нашего сайта, которые дадут конструктивные пожелания по улучшению функционала, найдут ошибки и укажут на неточности.

Мы хотим сделать сайт удобным, а без Ваших отзывов это будет сложно!



tatayou 03.04.2013 14:49
Здравствуйте, хотела бы высказать пожелание, по поводу сайта. На мой взгляд, было бы удобно, если бы рядом с названием рестриктаз был указан их сайт рестрикции и/или прототип. Тк для получения этой информации необходимо жать на каждую рестриктазу, что занимает очень много времени. Вот, например, в печатном каталоге Ферментас есть такая таблица, что сильно облегчает поиск.
Скажите, как можно получить печатный каталог NEB?



comp3v 03.04.2013 15:30
(tatayou @ 03.04.2013 15:49)
Ссылка на исходное сообщение  Здравствуйте, хотела бы высказать пожелание, по поводу сайта. На мой взгляд, было бы удобно, если бы рядом с названием рестриктаз был указан их сайт рестрикции и/или прототип. Тк для получения этой информации необходимо жать на каждую рестриктазу, что занимает очень много времени.
а по-моему, мало смысла загружать страницу заказа такой информацией: обычно исследователь заранее определяется, какой фермент ему нужен. Можно разве что дать ссылки на специализирвоанные ресурсы типа REBase - поиск по последовательности ( http://rebase.neb.com/cgi-bin/seqspelist?r ), неошизомеры ( http://rebase.neb.com/cgi-bin/neolist ), и т.п.



Guest 14.04.2013 19:08
(SkyGen @ 03.04.2013 11:54)
Ссылка на исходное сообщение  реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Прикреплённое изображениеУважаемые клиенты!

На нашем сайте заработал интернет-магазин ( http://www.skygen.com/produktsiya/ )!!!

Уже сейчас Вы можете посмотреть текущие цены на ферменты НЕБ ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/catalog/ ), дозаторы Гилсон ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/gilson/catalog/ ), пластик Соренсон БиоСциенце ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/sorenson_bioscience/ ), общелабораторное оборудование БиоСан ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/biosan/ ), отложить нужную продукцию в корзину и отправить нам заказ в электронном виде. В разделе Нещ Енгланд Биолабс Вы также сможете увидеть, какие ферменты есть на складе и быстро получить дополнительную информацию с сайта производителя. В ближайшее время мы откроем функционал по остаткам товаров по другим производителям, будем наполнять каталог актуальной технической информацией и фотографиями.

Первым 20 клиентам, которые оформят заказ через сайт, мы подарим дисконтную карту. До 30 мая 2013 по этой карте Вы получите скидку в 20% на весь пластик Соренсон. Карта будет выдана вместе с товаром. Также мы разыграем 3 дисконтных карты среди самых активных «критиков» нашего сайта, которые дадут конструктивные пожелания по улучшению функционала, найдут ошибки и укажут на неточности.

Мы хотим сделать сайт удобным, а без Ваших отзывов это будет сложно!


я в германии и вашу фирму в первый раз вижу - в чем крутяк ?



SkyGen 18.04.2013 20:38
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Прикреплённое изображение Прикреплённое изображение
Соберите подснежники!


Наступила весна и появились подснежники, первые цветы весны. Они появились и у нас на сайте ( http://www.skygen.com/produktsiya/ ).

Если Вы найдете в нашем интернет-каталоге товар с подснежником, то знайте, что на него действует специальная цена при оформлении заказа через сайт. Скидка (от 10% до 20%) и сам товар с подснежниками постоянно меняются! Количество товара ограничено.

Акция действует, пока не растает снег в лесу. Спешите!

А еще мы сделали удобный поиск по наконечникам в нашем каталоге ( http://www.skygen.com/catalog/laboratornyy_plastik/sorenson/?arrCatalogListFilter_pf%5BNALICHIE_FILTRA%5D=&arrCatalogListFilter_pf%5BSTERILNOST%5D=&arrCatalogListFilter_pf%5BTIP_NAKONECHNIKA%5D=&arrCatalogListFilter_pf%5BTIP_UPAKOVKI%5D=&arrCatalogListFilter_pf%5BTSVET%5D=&arrCatalogListFilter_pf%5BMAKSIMALNYY_OBEM_MKL%5D=&set_filter=%CF%EE%E4%EE%E1%F0%E0%F2%FC+%EF%EE+%EF%E0%F0%E0%EC%E5%F2%F0%E0%EC&set_filter=Y ). Теперь достаточно выбрать параметры наконечника и сайт сам покажет нужный Вам пластик.



SkyGen 07.06.2013 17:51
Приглашаем посетить стенд NEB на FEBS в Санкт-Петербурге

Прикреплённое изображениеС 6 по 11 июля 2013 года в Санкт-Петербургe пройдет ежегодный Конгресс Федерации европейских биохимических обществ (FEBS).

Стенд New England Biolabs располагается на 1 этаже, стенд №127.

В рамках форума будет проведено 40 тематических симпозиумов, по ключевым проблемам современной общей и медицинской биохимии, биофизике, протеомике, геномике, биоинформатике, молекулярной биологии, биотехнологии, иммунологии, биологии стволовых клеток, клеточной биологии и др.

На конгресс в Санкт-Петербурге соберутся 12 нобелевских лауреатов, среди которых Ричард Робертс, главный научный сотрудник NEB. 10 июля он будет читать лекцию "Бактериальные метиломы"

По сложившейся традиции, перед основной частью Конгресса FEBS, с 3 по 6 июля, в Российской академии наук и Санкт-Петербургском государственном университете в 13-ый раз состоится Форум молодых ученых.

Подробную информацию о FEBS можно посмотреть на сайте: www.febs-2013.org ( http://www.febs-2013.org ).



Guest 19.06.2013 22:17
Интересный ожидается конгресс



SkyGen 20.06.2013 13:26
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Обновление линейки эндонуклеаз рестрикции компании New England Biolabs

Прикреплённое изображениеПочти 40 лет назад компания New England Biolabs первая в мире поставила производство ферментов рестрикции на коммерческую основу и с тех пор не сдает лидерских позиций, постоянно совершенствуя свою продукцию. Так и в начале 2013 года компания внедрила целый ряд нововведений, касающихся эндонуклеаз рестрикции.

Во-первых, произошли изменения состава буферных систем, которые применяются совместно с эндонуклеазами рестрикции.

В состав всех буферов теперь входит бычий сывороточный альбумин (БСА), который стабилизирует некоторые ферменты рестрикции и предотвращает их адгезию на поверхности реакционных пробирок и наконечников дозаторов.

Вследствие этого БСА теперь не входит в комплекты поставки ферментов в отдельных пробирках, и нет нужды добавлять его в реакционную смесь. Это сокращает время, необходимое для постановки реакций. При необходимости БСА можно приобрести отдельно. В 2013 году компания NEB начала выпускать улучшенную версию БСА – БСА высокой степени очистки ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/bychiy_syvorotochnyy_albumin_bsa_vysokoy_stepeni_ochistki/?sphrase_id=782#item22952 ).

Из состава буферов был изъят ДТТ. Многочисленные исследования показали, что наличие ДТТ в составе реакционной смеси не влияет на активность рестриктаз.

Вследствие изменения состава произошла также смена наименований буферов. Теперь буферая система состоит из: NEB-буфера 1.1 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_11/?brand= ), NEB-буфера 2.1 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_21/?brand= ), NEB-буфера 3.1 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_31/?brand= ) и NEB-буфера CutSmart ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_cutsmart/?brand= ).

Изменение состава буферов позволило увеличить число ферментов (>200), которые наиболее активны в одном буфере - буфере CutSmart. Это очень удобно при проведении реакции двойной рестрикции. Необходимо отметить, что многие ферменты, модифицирующие ДНК и используемые в клонировании, также активны в буфере CutSmart.

Цветовая кодировка буферов сохранилась. В случае необходимости старые буферы можно приобрести отдельно – они остаются в продаже.

Во-вторых, для многих ферментов концентрация увеличена до 10 000 е.а./мл. Увеличение концентрации фермента приводит к уменьшению в реакционной смеси концентрации глицерина, который может влиять на активность рестриктазы.

Увеличилось количество поставки (в е.а.) для рестриктаз SapI ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/standartnye_restriktazy/sapi/?brand= ), EciI ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/standartnye_restriktazy/ecii/?brand= ), BceAI ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/standartnye_restriktazy/bceai/?brand= ), CviAII ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/standartnye_restriktazy/cviaii/?brand= ), BmrI ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/standartnye_restriktazy/bmri/?brand= ).

В-третьих, произошло ужесточение требований к понятию «Time-Saver рестриктаза». Если раньше Time-Saver рестриктазами назывались все те ферменты, которые расщепляли субстратную ДНК в течение 5-15 минут при соблюдении рекомендуемых условий реакции, то теперь добавилось еще одно условие - фермент не должен проявлять неспецифическую активность при длительной инкубации.

В связи с этим количество Time-Saver рестриктаз, поставляемых компанией NEB, немного сократилось (>180), но NEB не прекращает генно-инженерные работы по разработке ферментов со сниженной неспецифической активностью.

В-четвертых, была модернизирована карточка продукта, вкладываемая в каждый комплект поставки. Теперь она содержит только ту информацию, которая необходима для постановки реакции рестрикции.

Прикреплённое изображениеПрикреплённое изображение

С дополнительной информацией, включая спецификацию и сертификат качества, вы можете ознакомиться, просканировав представленный на карточке QR-код или посетив соответствующую Web-страницу на сайте компании NEB.

Наконец, было произведено обновление онлайн-программы Double Digest Finder ( https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools/double-digest-finder ) с учетом выше перечисленных изменений.

Актуальные цены Вы всегда можете посмотреть в интернет-каталоге на сайте SkyGen:
http://www.skygen.com/catalog/biohimichesk...zy_restriktsii/ ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/ )

Для многих рестриктаз уже готовы описания на русском языке!



SkyGen 28.06.2013 15:31
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Даем скидку на ферменты NEB в обмен на старые пробирки от ферментов других производителей
Прикреплённое изображение

С 1 июля SkyGen запускает акцию: даем 10% скидку на ферменты NEB в обмен на старые пробирки от ферментов других производителей.

За одну сданную пробирку дается скидка на одну упаковку аналогичного фермента NEB. Акция не распространяется на наборы и киты.

Акция действует до 1 сентября!

Полный список товаров, попадающих под акцию, Вы можете уточнить у Вашего менеджера по телефону +7 (495) 215-02-22, info@skygen.com.
user posted image ( http://www.skygen.com )



SkyGen 05.08.2013 12:31
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Прикреплённое изображениеSkyGen дарит iPod или ручку Parker при покупке лабораторного пластика

Некоторые из Вас уже успели оценить штатовский пластик Sorenson, а теперь есть возможность получить еще и личный подарок при очередном заказе!

При покупке наконечников, пробирок и/или плашек Sorenson BioScience на сумму от 25 000 рублей и заполнении небольшой анкеты с отзывом Вы получите в подарок (на ваш выбор):

iPod Shuffle
user posted image
или ручку Parker
user posted image

Подробности смотрите на нашем сайте ( http://www.skygen.com/novosti/darim_ipod_ili_ruchku_parker_pri_pokupke_laboratornogo_plastika/ )!



SkyGen 15.09.2013 19:28
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Акция СкайДжин: бесплатный синтез 2-х олигонуклеотидов от IDT (Integrated DNA Technologies, США)


user posted image

Мы рады сообщить, что в сентябре СкайДжин стал официальным дистрибьютором крупнейшего мирового производителя олигов IDT (Integrated DNA Technologies). Многие из вас пользовались их он-лайн инструментами (www.idtna.com ( http://www.idtdna.com )), а теперь есть возможность заказывать их продукцию.

В честь дня рождения СкайДжин мы дарим Вам возможность абсолютно бесплатно заказать синтез двух не модифицированных олигонуклеотидов до 60 bp (25 нмоль)! Для этого необходимо до 22 сентября разместить на нашем сайте заявку ( http://www.skygen.com/produktsiya/reaktivy/idtfree.php ) и уже 23-24 сентября 2013 они будут синтезированы и отправлены в Россию, а затем доставлены в Вашу лабораторию.

Почему IDT?

Выбирая IDT Вы выбираете качество. КАЖДЫЙ олигонуклеотид проходит проверку на масс-спектрометре. Абсолютно каждый! Более того, результаты теста можно скачать он-лайн для каждого олига.

Еще одно преимущество - IDT может синтезировать широчайший спектр модифицированных олигов , длинных олигов (до 200 пар), индексные праймеры для NGS и т.д. Вот список всех возможных модификаций http://eu.idtdna.com/pages/support/technic...l-modifications ( http://eu.idtdna.com/pages/support/technical-vault/reading-room/quick-reference/all-modifications )

Скорость доставки.

Многие клиенты уже знакомы с нашей регулярной и оперативной доставкой реагентов New England Biolabs. Мы приложим все усилия, чтобы Вы получали свой заказ на продукцию IDT в максимально короткий срок. Мы поставили себе задачу - это не более 12 дней с момента синтеза.

Участвуйте в акции сами и расскажите о ней своим коллегам!

Перейти на наш сайт для заказа синтеза и уточнения деталей акции. ( http://www.skygen.com/produktsiya/reaktivy/idtfree.php )



SkyGen 23.10.2013 18:03
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

До конца года градиентный амплификатор Techne по цене обычного!


СкайДжин рад представлять легендарную марку термоциклеров Techne (Великобритания). Много лет назад этот брэнд был очень известен в России, но к сожалению, в последние годы ему уделялось мало внимания.
Рассчитываем, что мы сможем исправить эту ситуацию.

user posted imageПервым шагом на этом пути стала акция: градиентный термоциклер по цене обычного до конца 2013.

Основные особенности:

1. устройство термоблока на основе нескольких (до 8) элементов Пельтье
2. гарантия на все модели 4 года
3. большой выбор термоблоков
4. внутренняя память прибора позволяет сохранить до 1000 протоколов ПЦР
5. USB-порт для импорта/эспорта данных, обновления ПО прибора или управления прибором через ПК
6. бесплатное обновление ПО, которое можно скачать с сайта
7. возможность апгрейда неградиентных моделей термоциклеров до градиентных с помощью прошивки ПО, без замены термоблока - простое и выгодное решение при расширении задач прибора
8. возможность объединения приборов в сеть - удобное и экономичное решение при расширении объема работы

Одним из приоритетов компании Techne является доступность обновлений программного обеспечения, а также расширение возможностей прибора без смены основных узлов. Так, для постановки градиентного ПЦР персональным амплификаторам серий <sup>3</sup>PrimeX и Prime требуется лишь прошивка ПО, замена термоблока не требуется!

До конца 2013 года компания SkyGen предлагает Вам бесплатную прошивку ПО для проведения градиентного ПЦР на персональных амплификаторах 3PrimeX и полноразмерных амплификаторах Prime.

Ознакомьтесь с характеристиками амплификаторов Techne и ценами на них в информационном буклете ( http://www.skygen.com/upload/iblock/bdf/bdfacd2e41936d6d0ca3f870b2da6d3c.pdf )!



SkyGen 25.10.2013 13:04
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Наконечники с резиновой муфтой, башни и распродажа


Новость первая.

Сложно придумать что-нибудь новое по наконечникам для дозаторов, но Sorenson BioScience это удалось.
Это наконечники OneTouch c резиновой муфтой. ( http://www.skygen.com/catalog/laboratornyy_plastik%2Fsorenson%2Fnakonechniki_dlya_dozatorov_onetouch_s_rezinovoy_muftoy/ ) Подходят для всех дозаторов, очень удобные и комфортные.

Особенно удобно при работе с многоканальными дозаторами.
user posted image

Производитель не успевает наращивать мощности производства, чтобы удовлетворить весь спрос.
Сейчас мы привезли ограниченную партию на 1000 мкл, очень скоро будет партия на 200 мкл и к февралю на 10 мкл.
Заказывайте и бронируйте сейчас!

Новость вторая

По вашим просьбам и советам мы привезли наконечники в башнях.
Встречайте башни QuickRack – высочайшее Американское качество по очень-очень доступной цене! ( http://www.skygen.com/catalog/laboratornyy_plastik/sorenson/nakonechniki_dlya_dozatorov_bez_filtra/upakovka_v_bashnyah/?brand= )

user posted image

Всего 89 копеек за наконечник. Кстати, конструкция слоя позволяет использовать наконечники со штативами других производителей!

И последняя, но не менее важная новость

Для тех лабораторий, кто предпочитает классический пластик мы решили сделать распродажу.
На ограниченную партию наконечников и пробирок мы снизили цены на 30-37%!

Для примера: 1000 шт. наконечников на 200 мкл всего 359 рублей.
Или вот другой пример: пробирки для ПЦР на 200 мкл по цене 1 251 рублей за 500 штук.

Весь пластик Made in USA (Sorenson).
Полный перечень и условия распродажи
скачиваем здесь. ( http://www.skygen.com/upload/sorenson/%D0%A0%D0%B0%D1%81%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B4%D0%B0%D0%B6%D0%B0%20%D0%BF%D0%BB%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0%20Sorenson%20%D0%BE%D0%BA%D1%82-%D0%BD%D0%BE%D1%8F%202013.pdf?utm_medium=email&utm_source=UniSender&utm_campaign=20593874 )




SkyGen 19.11.2013 10:57
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

Каталог NEB ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/catalog )
user posted image ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/new_england_biolabs/catalog )



SkyGen 30.12.2013 15:13
Дорогие клиенты и партнёры!

Спасибо Вам за то, что были с нами весь этот год! Мы благодарны каждому сделанному заказу, каждому замечанию и каждому доброму отзыву.
Мы приложим все усилия, чтобы в наступающем году оправдать все Ваши ожидания и оказанное нам доверие.

Пусть следующий год будет для Вас полным открытий и успеха!
Здоровья, счастья и любви Вам и Вашим близким! Пусть 2014 год будет прекрасным!

С Наступающим Новым 2014 Годом!

С уважением,
генеральный директор ООО «СкайДжин»
Гуреев Дмитрий Владимирович

user posted image



SkyGen 31.01.2014 17:48
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )
user posted image ( http://www.skygen.com )
Дополнительный бесплатный номер: 8 (800) 333-12-26

Дорогие клиенты и партнёры!

С 31 января 2014 Вы можете позвонить нам используя бесплатный телефонный номер 8 800 333-12-26 с любого мобильного телефона и из любого города России.

С уважением,
команда СкайДжин
www.skygen.com ( http://www.skygen.com )



papa Karlo 02.02.2014 22:12
А почему собственно не сделать особый платный номер... для консультаций... и потом делиться ими с женой того сотрудниика который вам звонил теми деньгами что набежали за звонок. причем звонки понятно дело записываются - так что все чисто и легально. Нормальная консультация... без фокусов



Guest 02.02.2014 23:46
Папа Карло, Вы либо что-то не поняли, либо рассказали нам какой-то неудачный жизненный опыт. Сожалеем. Смайликов вроде в сообщении Вашем нет, хотя они уместны. smile.gif

Номера 800 имеет особый статус - платит тот кому звонят. Вот звонят нам из Новосибирска или с мобильного телефона на Московский номер - звонки тарифицируются. Если же звонить на номер 8 800 333 12 26 - платим всегда мы, а для Вас всегда бесплатно.

Вроде всем хорошо, не так ли?



papa Karlo 03.02.2014 01:37
Вы похоже мало знаете современное искусство...

я вам супер-идею предложил..... У вас отбоя от желающих проконсультироваться ( и понятно дело что-нибудь прикупить) не будет... Оно же очевдно всеь и чро самое главное - легально - никакая налоговая не подкопается.

Возьмете меня финансовым консультантом..... расскажу все детали и ноу-хау... как все это у нас тут в Бельгии делается.

Но я практически уже все рассказал.... надо просто пошевелить мозгами немного.



SkyGen 21.02.2014 12:48
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

user posted image ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/markery_dlin_i_standarty/markery_dlin_dnk/marker_quick-load_purple_2-log_01-10_tpn_dlin_dnk/?brand= )user posted image ( http://www.skygen.com/ )Дорогие друзья!

Как Вы знаете New England Biolabs предлагает широкий спектр стандартов и маркеров молекулярного веса для контроля размера ампликонов ДНК, фрагментов РНК и белков. Стандарты и маркеры обладают чёткой интенсивностью полос и удобным шагом между ними.

Совсем недавно появился новый быстро загрузочный универсальный маркер длин фрагментов ДНК Quick-Load Purple 2-log DNA Ladder (0,1-10 kb) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/markery_dlin_i_standarty/markery_dlin_dnk/marker_quick-load_purple_2-log_01-10_tpn_dlin_dnk/?brand= ).

Поставляется вместе с загрузочным буфером для образцов Gel Loading Dye, Purple (6X). ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/markery_dlin_i_standarty/bufery_dlya_naneseniya_na_gel/krasitel_dlya_naneseniya_na_gel_purpurnyy/?brand=&clear_cache=Y )


Преимущества:
1. готов к применению;
2. яркая полоса красителя красно-розового цвета мигрирует в геле на «привычном» уровне бромфенола;
3. в отличие от традиционных реагентов с бромфенолом дорожка красителя не оставляет дополнительной тени при документировании геля под УФ-лучами;
4. можно использовать с другими системами красителей (SYBR, GelRed);
5. подходит для полуколичественного определения содержания ДНК в образцах.

Как обычно: регулярные поставки и европейские цены.
Напишите нам, если хотите получить пробник.

info@skygen.com
+7 (495) 215-02-22
Бесплатная линия: 8 800 333 - 12 - 26



SkyGen 22.04.2014 22:18
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

user posted image ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/brightdye_i_polimery_nanopop_dlya_abi/ )



SkyGen 13.05.2014 10:07
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

user posted image ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/brightdye_i_polimery_nanopop_dlya_abi/ )

Пробники уже в Москве! Спешите!



SkyGen 21.05.2014 10:32
Компания SkyGen проводит акцию, по которой Вы можете приобрести ДНК-амплификаторы английской компании Techne по крайне привлекательной цене.

Преимущества амплификаторов:
· Несколько вариантов термоблоков под разные задачи и разный пластик
· Наличие функции температурного градиента
· Подогреваемая крышка (от 35 до 115°C)
· Сенсорный дисплей, интуитивно понятное управление
· Возобновление работы при сбое питания
· USB-порт для хранения и переноса программ
· Возможность обновления программного обеспечения
· Сделано в Великобритании
· 4 года гарантии

user posted image

199 000 рублей стоит амплификатор с термоблоком 48x0,2 мл, либо 30x0,5 мл.

А за 230 000 рублей Вы получите полноразмерный градиентный амплификатор, с одним из четырёх термоблоков на выбор:
96x0,2 мл, 60x0,5 мл, под 384-луночный планшет, либо комбинированный термоблок (33 лунки 0,2 мл плюс 33 лунки 0,5 мл).

Нажмите здесь, чтобы узнать более подробно об амплификаторах и акции. ( http://www.skygen.com/catalog/technecamq22014.php )

user posted image



SkyGen 03.06.2014 23:47
реклама ( http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%BC%D0%B0_%D0%BD%D0%B0_molbiol.ru#.D0.B3.D0.BB.D0.B0.D0.B2.D0.BD.D0.B0.D1.8F_.D1.81.D1.82.D1.80.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D1.86.D0.B0 )

user posted image ( http://www.skygen.com/bonus )

Читайте по ссылке: как немного "продлить" грант. ( http://www.skygen.com/bonus )

Кодовое слово для получения 200 баллов (1 балл=1 рубль): МолБиол wink.gif



SkyGen 11.07.2014 16:03
реклама ( http://molbiol.ru/project/advert.html )

Новый приход реагентов для секвенаторов ABI 3100, 3130, 3500, 3730!

В ближайшие две недели мы планируем пополнить складские запасы полимеров NanoPOP 7 и BrightDye. Реагенты не только очень доступны по цене, но и будут у нас на складе в Москве.

Резервировать товар можно уже сейчас!



user posted image ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/brightdye_i_polimery_nanopop_dlya_abi/ )



SkyGen 05.08.2014 13:02
реклама ( http://molbiol.ru/project/advert.html )

Прикреплённое изображение ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_master_mix_dlya_ptsr_gibson_assembly/?sphrase_id=5970#item20008 )Метод Гибсона позволяет успешно производить сборку множества фрагментов ДНК, невзирая на длину фрагментов и степень совместимости их концов друг с другом. Вскоре после первого применения метод Гибсона был адаптирован для нужд синтетической биологии. Сегодня методика широко применяется благодаря своей простоте, возможности применения для больших конструкций ДНК, и тому, что она легко подстраивается для любой конкретной задачи.

Предлагаемый набор позволяет эффективно сшивать большое количество фрагментов ДНК с перекрывающимися концами в одной изотермальной реакционной смеси (1, 2) и может быть реализован на практике при помощи продукта компании New England Biolabs под названием Gibson Assembly Master Mix (by Synthetic Genomics, Inc) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_master_mix_dlya_ptsr_gibson_assembly/?sphrase_id=5970#item20008 ).

Реакционная смесь продукта включает в себя три различных энзиматических реактива, функционирование которых обеспечиваются единым буферным раствором:

1. 5’-экзонуклеаза удаляет основания с 5’- концов двуцепочечных фрагментов ДНК и создает одноцепочечные 3’-концы ДНК, которые гибридизуются во время постепенного охлаждения реакционной смеси, соединяя фрагменты друг с другом;
2. ДНК-полимераза закрывает пропуски внутри образовавшихся после отжига фрагментов;
3. ДНК-лигаза ковалентно сшивает фрагменты ДНК.
Прикреплённое изображение
На рисунке представлена схема, которая лежит в основе методики. После охлаждения реакционной смеси получают непрерывные двухцепочечные фрагменты ДНК, которые могут быть использованы для ПЦР, циклической амплификации или в других биологических процессах, включая прямую трансформацию. Данный метод был использован группой Гибсона и другими для сборки олигонуклеотидов длиной до нескольких сотен тысяч п.о., обладавших длиной перекрывающихся фрагментов от 15 до 80 п.о. (1-3).

Основные преимущества Gibson Assembly Master Mix:

1. хорошие результаты при сшивании длинных фрагментов ДНК, а также большого количества фрагментов разной длины;
2. возможность использования для различных последовательностей ДНК, без необходимости специального проектирования сайтов клонирования;
3. сборка фрагментов без очистки реакционной смеси после ПЦР;
4. возможность осуществить сложную сборку фрагментов в течение 1 часа;
5. использование полученных сшитых фрагментов ДНК непосредственно для трансформации, или в качестве матрицы для ПЦР и амплификации по типу катящегося кольца;
6. простая адаптация к различным манипуляциям с ДНК, включая сайт-направленный мутагенез, вставки и делеции.

Дополнительную информацию о Gibson Assembly Master Mix можно найти в комментарии к этому сообщению ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=516909&view=findpost&p=1499134 ), а также на следующих ресурсах: http://www.syntheticgenomics.com ( http://www.syntheticgenomics.com ) и http://www.jcvi.org ( http://www.jcvi.org )

Gibson Assembly Master Mix можно ЗАКАЗАТЬ ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_master_mix_dlya_ptsr_gibson_assembly/?sphrase_id=5970#item20008 )

Литература:
1.Gibson, D.G. et al. Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases ( http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/full/nmeth.1318.html ), 2009, Nature Methods, 6, 343-345.
2.Gibson, D.G. et al. Chemical synthesis of the mouse mitochondrial genome ( http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n11/full/nmeth.1515.html ), 2010, Nature Methods, 7, 901-903.
3.Gibson, D.G. Personal communication.



SkyGen 06.08.2014 12:47
Прикреплённое изображениеGibson Assembly Master Mix ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_master_mix_dlya_ptsr_gibson_assembly/?sphrase_id=5970#item20008 ) эффективно обеспечивает сборку фрагментов ДНК различной сложности, и может быть выбран исследователями при сборке двухцепочечной ДНК из большого количества частей. Так, фрагменты ДНК, полученные сшиванием 6 фрагментов с использованием набора, были использованы для трансформации. Полученные колонии были протестированы на наличие собранного фрагмента ДНК. Проводили ПЦР с использованием праймеров для амплификации всего фрагмента целиком, и наблюдали 100% правильность собранных фрагментов.

Как уже упоминалось выше, Gibson Assembly Master Mix может быть использован для сборки фрагментов непосредственно после реакции ПЦР, без колоночного очищения или экстракции хлороформом/фенолом.

Некоторые советы по использованию помогут упросить работу с Gibson Assembly Master Mix и обеспечить успешную сборку и последующую трансформацию собранного фрагмента ДНК:

1. успешная транформация с использованием полученного фрагмента ДНК напрямую зависит от компетентности использованных клеток;
2. электропорация может увеличить эффективность трансформации. Если Gibson Assembly Master Mix используется при электропорации, необходимо разбавить реакционную смесь в 3 раза и использовать 1µL смеси для трансформации;
3. очищенные ДНК, используемые для сборки, разбавляют в dH2O (MilliQ или эквивалент), ТЕ или других буферах;
4. для оптимизации сборки, доведите объем ДНК до 10 µL. Если объем раствора фрагментов ДНК больше чем 10 µL, объем реагента необходимо увеличить пропорционально;
5. при сборке непосредственно в вектор клонирования, концентрация фрагментов должна быть в 2-3 раза выше концентрации самого вектора. При клонировании в вектор, необходимо использовать в 2-3 раза больше вставки или собранного фрагмента;
6. некоторые структуры ДНК, включающие в себя инвертированные или тандемные повторы, также как некоторые рекомбинантные протеины плохо совместимы с E.Coli, что может проявляться в плохой трансформации и образовании маленьких по размеру колоний.



SkyGen 14.08.2014 14:57
Прикреплённое изображение
Сегодня мы хотим рассказать, почему новые ДНК-полимеразы от New England Biolabs заложили новые высокие стандарты безошибочности амплификации ДНК-матриц, и для каких целей такая точность имеет критическое значение. Q5 High-Fidelity ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=5992#item17577 ) и Q5 Hot Start High-Fidelity ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=5992#item18845 ) обладают самой высокой точностью, доступной на сегодняшний день (которая более чем в 100 раз выше чем у ДНК-полимеразы Taq). Благодаря наличию в структуре полимераз уникального домена Sso7d увеличиваются процессивность, скорость, точность и надежность работы.

В России ДНК-полимераза Q5 HF уже заслужила самые высокие оценки от исследователей различных научных лабораторий: например Лаборатории сравнительной и функциональной геномики ИБХ РАН, Института цитологии и генетики СО РАН (Новосибирск), а также группы разработки новых методов исследования ВИЧ-инфекции и вирусных гепатитов ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.

В таблице представлено сравнение основных характеристик некоторых высокоточных полимераз.
Прикреплённое изображение

Видно, что благодаря наличию домена Sso7d ДНК-полимераза Q5 High-Fidelity способна обрабатывать 1000 нуклеотидных звеньев за 10 секунд работы. Могут быть с высокой надежностью амплифицированы образцы матриц длиной до 20 тысяч пар нуклеотидов для простых, и до 10 тысяч пар нуклеотидов для сложных образцов. ДНК-полимеразу Q5 High-Fidelity возможно успешно использовать для широкого спектра образцов (как с повышенным содержанием АТ, так и с повышенным содержанием GC). В повседневной работе особенно важно, что высокий выход и минимальная степень ошибок достигаются при минимальном подборе условий.

ДНК-полимераза Q5 Hot Start High-Fidelity обладает дополнительным синтетическим аптамером, который связывается с полимеразой при помощи нековалентных взаимодействий. В результате стартовый механизм не требует денатурации на первоначальном этапе, и Q5 Hot Start High-Fidelity ДНК-полимераза, активируясь при комнатной температуре, обеспечивает нормальное проведение циклической реакции. Исчезает необходимость в высокотемпературном этапе, что сокращает время и упрощает эксперимент. Поэтому Q5 Hot Start HF - идеальный выбор для ПЦР реакции с особыми требованиями к безошибочности копирования.

Результаты использования полимераз Q5 High-Fidelity и Q5 Hot Start High-Fidelity для копирования образцов с различным содержанием GC представлены на рисунке.
Прикреплённое изображение
Рис.1. Копирование различных образцов генома человека с различным содержанием GC при помощи Q5 High-Fidelity (А) и Q5 Hot Start High-Fidelity (В) ДНК-полимераз. Реакции с использованием Q5 Hot Start High-Fidelity ДНК-полимеразы проводились при комнатной температуре. После 30 циклов амплификации продукты анализировались с использованием LabChip.

До настоящего времени, как правило, увеличение точности работы ДНК-полимераз сопровождалось ухудшением эффективности копирования на GC-богатых и других сложных ДНК-матрицах. Однако благодаря появлению Q5 ДНК-полимераз от New England Biolabs появилась возможность использовать ферменты, которые сочетают в себе высокую точность копирования и универсальность по отношению к содержанию GC.

Система буферов Q5, была оптимизирована для копирования широкого спектра образцов, вне зависимости от величины содержания GC. Для образцов, которые содержат более чем 65% GC, в реакционную смесь добавляется реагент для оптимизации взаимодействия с GC-богатыми и проблемными матрицами (Q5 High GC Enhancer).

Что такое безошибочность ДНК-полимераз и откуда берутся особенные требования к ней?
Безошибочностью работы ДНК-полимеразы называют возможность с ее помощью аккуратно копировать предложенный образец. Возможность определяется на первом этапе правильным считыванием информации и на втором этапе способностью ДНК-полимеразы выбрать подходящий нуклеозидтрифосфат и вставить его на 3'-конец праймера с образованием правильной Уотсон-Криковской пары оснований.

Вероятность вставки неправильного нуклеотида называют &laquo;степенью ошибки&raquo; Кроме того, некоторые ДНК-полимеразы обладают 3'&rarr;5' экзонуклеазной активностью. Эту активность, &laquo;проверкой чтения&raquo;, используется для удаления неправильно вставленных нуклеотидов, которые затем заменяются на правильные. Во время высокоточного ПЦР используется ДНК-полимеразы, которые совмещают в себе низкую &laquo;степень ошибки&raquo; и способность к проверке, тем самым обеспечивается надежная репликация интересуемого образца (1,2).

Высокоточные High-Fidelity ДНК-полимеразы имеют несколько уровней проверки, для того чтобы защитить от появления ошибки и ее дальнейшего распространения во время копирования ДНК:

- высокоточные ДНК-полимеразы имеют гораздо более высокое сродство к правильному нуклеотиду во время процесса полимеризации, чем к неправильному;
- если к активному сайту ДНК-полимеразы прикрепляется неправильный нуклеотид, из-за конформации образовавшегося комплекса процесс вставки замедляется, и за время задержки неправильно присоединившийся нуклеотид диссоциирует, что увеличивает вероятность прикрепления правильного нуклеотида (3,4);
- если неправильный нуклеотид был уже вставлен, проверяющая часть ДНК-полимеразы может &laquo;почувствовать&raquo; перекручивание, вызванное некомплементарностью пары оснований друг с другом. Далее 3'-конец растущей цепи ДНК перемещается к проверяющему экзонуклеазному домену, читающему в направлении 3'&rarr;5'. Тогда благодаря 3'&rarr;5' экзонуклеазной активности неправильный нуклеотид удаляется, после чего цепь передвигается обратно к полимеразному домену;

Известно, что задача повышения безошибочности работы ДНК-полимераз имеет многолетнюю историю, так, New England Biolabs начало свои исследования в этой области с открытия Ventr DNA Polymerase, выделенной из Thermococcus litoralis в 1990 г. (зарегистрированная торговая марка New England Biolabs, Inc.).

Точность ДНК-полимераз особенно важна следующих случаях:

- необходимость применение амплифицированного in vitro материала далее для клонирования/субклонирования, ПЦР, амплификации всего генома и т.д.;
- анализ SNP (точечных нуклеотидных полиморфизмов) посредством клонирования и секвенирования;
- анализ РНК с помощью ПЦР с обратной транскриптазой;
- другие типы экспериментов, вовлекающие в себя секвенирование образцов, амплифицируемых in vitro.

Конечно же, данные эксперименты могут быть проведены с использованием других типов ДНК-полимераз, но в тогда, в случае GC-богатых образцов возможно уменьшение выхода продукта, так же как неспецифичная амплификация. В случае экспериментов NGS (Next Generation Sequencing) - секвенирования следующего поколения, ошибки могут привести к исчезновению из результатов эксперимента целых последовательностей.

Литература:
1. Mattila, P., et al. (1991) Nucleic Acids Research, 19, 4967–4973. PMID: 1923765
2. Eckert, K. A., & Kunkel, T. A. (1991) Genome Research, 1, 17–24. PMID: 1842916
3. Johnson, K. A. (2010) Biochimica et Biophysica Acta, 1804, 1041–1048. PMID: 20079883
4. Joyce, C. M., & Benkovic, S. J. (2004) Biochemistry, 43, 14317–14324. PMID: 15533035

Высокоточные ДНК-полимеразы можно приобрести как в виде отдельных ферментов: Q5 High-Fidelity ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=5992#item17577 ), Q5 High-Fidelity Hot Start ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=5993#item18845 ),
так и в виде наборов:Набор Q5 HF для ПЦР ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_q5_dlya_hf_ptsr/?sphrase_id=5994#item22955 ),

Набор Q5 для сайт-направленного мутагенеза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_q5_dlya_sayt-napravlennogo_mutageneza/?sphrase_id=6077#item23206 ).

Отдельно можно приобрести Буфер для Q5 ДНК-полимераз ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/bufery_dlya_dnk-polimeraz/bufer_dlya_q5_dnk-polimerazy/?sphrase_id=5992#item19954 ), Master Mix Q5 HF для ПЦР ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_q5_hf_dlya_ptsr/?sphrase_id=5992#item18844 ) и Master Mix Q5 HF Hot Start для ПЦР ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_q5_hot_start_hf_dlya_ptsr/?sphrase_id=5992#item18847 ).

Заказать бесплатный образец ДНК-полимеразы Q5 High-Fidelity! ( http://www.skygen.com/obzory/q5sample.php?sphrase_id=6077 )



SkyGen 20.08.2014 10:37
Прикреплённое изображение
Пользуетесь ли вы колоночным выделением ДНК?

Сегодня мы рады предложить Вам серию новых продуктов для колоночного выделения ДНК на силикагелевой мембране, которые является прекрасной альтернативой существующим методам, и при этом сочетают в себе высокое качество и привлекательные цены.

Этап выделения ДНК из различных образцов является определяющим в успешном проведении всех последующих экспериментов, поэтому так важно обеспечить высокий выход и чистоту полученного продукта.

Приобретая каждый набор ISOLATE II, Вы получаете следующие преимущества:

продуманный состав наборов для выделения: сочетание простоты использования и скорости;
высокий выход и чистота полученной ДНК;
воспроизводимость результатов;
большой охват различных типов образцов;
настольные протоколы предусматривают минимальное разбрызгивание;
включение в набор необходимой ДНК-азы;
обеспечение фильтрами (и шредерами);

Наборы ISOLATE II предусматривают выделение и очистку геномной и плазмидной ДНК из широкого спектра образцов, включая ткани, клетки, кровь, сыворотку, так же как очистку ПЦР-продуктов из агарозного геля.

Пользуясь приведенной ниже таблицей Вы сможете выбрать, какой именно продукт ISOLATE II подходит для Вашего типа образцов.
Прикреплённое изображение
Вы можете заказать один из четырех наборов, в зависимости от типа образца, из которого будет производиться выделение ДНК:
ISOLATE II Plasmid Mini Kit – набор для выделения плазмидной ДНК;
ISOLATE II Genomic DNA Kit – набор для выделения геномной ДНК;
ISOLATE II PCR and Gel Kit – набор для выделения ДНК из ПЦР-продуктов и из агарозного геля ;
ISOLATE II Blood DNA Kit – набор для выделения ДНК из крови;
[url=http://www.skygen.com/produktsiya/reaktivy/isolatedemo.php]



SkyGen 22.08.2014 14:31
Получите образец маркера длин ДНК Quick-Load Purple 2-log в подарок к каждой High-Fidelity рестриктазе от New England Bioloabs!
Прикреплённое изображение
Протестируйте наш новый маркер длин ДНК Quick-Load Purple 2-log ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/markery_dlin_i_standarty/markery_dlin_dnk/marker_quick-load_purple_2-log_01-10_tpn_dlin_dnk/?brand= ) , получив бесплатный образец, при заказе любого High-Fidelity фермента рестрикции ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/high_fidelity_hf_fermenty_restriktsii/?brand= ) от New England Biolabs до 20 сентября 2014 года.

С использованием нашего нового маркера длин, Вы сможете:

- быстро определить длину своего ДНК, ориентируясь на фрагменты одинаковой интенсивности свечения в составе маркера, а также на референсные фрагменты с повышенной интенсивностью;
- облегчить опознавание линий, благодаря новому пурпурному красителю, который улучшает четкость изображения;
улучшить узнавание полосок меньшего размера, благодаря тому, что пурпурный краситель не оставляет тени под УФ светом;
- сэкономить на стоимости.

Образцы нового маркера длин ДНК будут направлены Вам в подарок при заказе любого High-Fidelity (высокоточного) фермента рестрикции, который Вы выберете, при условии наличия маркера на складе.

High-Fidelity (высокоточные) ферменты рестрикции разрезают тот же участок ДНК, что и их немодифицированные аналоги, однако в то же время проявляют в меньшей степени неспецифическую и "звездочную" активность. Благодаря этому, время реакции может составлять как 5-15 минут, так и всю ночь. Также исследователи могут не опасаться неправильно подобрать концентрацию фермента. Другим удобным новшеством является то, что все ферменты данной линейки оптимально работают в одном буферном растворе CutSmart Buffer.
Высокоточные High-Fidelity ферменты рестрикции можно ЗАКАЗАТЬ уже сегодня. ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/high_fidelity_hf_fermenty_restriktsii/?brand= )



SkyGen 09.09.2014 11:10
Прикреплённое изображение
Компания New England Biolabs, в связи со своим 40-летним юбилеем, объявляет конкурс на получение наград за страстное увлечение наукой (Passion in Science Awards) ( http://nebpassioninscience.com/ ). Таким образом New England Biolabs хочет отметить тех представителей научного сообщества, кто страстно работает для изменения окружающего нас мира к лучшему.

Все мы хотим жить в обществе, в котором люди вокруг нас относятся друг другу с состраданием и заботятся природе, мы верим, что развитие науки будет способствовать улучшению всех составляющих нашей жизни. Эти мысли послужили основой создания New England Biolabs 40 лет назад.

Мотивацией успешной деятельности компании служила и служит вера в то, что наука должна расширять наши познания о мире вокруг нас, что ученые должны служить примером для окружающих, в том числе примером человеколюбия. New England Biolabs верит в то, что все живые существа имеют право жить в гармонии с окружающей нас природой, и наконец в то, что настоящая наука всегда креативна, и меняет наше представление об окружающих нас вещах.

Сегодня, мы с радостью сообщаем, что в 40-летний юбилей компании New England Biolabs Вы можете номинировать себя, а также своих коллег ( https://neb.skild.com/skild2/neb/addNominations.action/ ) для получения наград по 4 категориям конкурса:

Награда за вдохновение в науке (Inspiration in Science Award) ( http://nebpassioninscience.com/awards/inspiration-in-science-award/ ) будет присуждаться тем исследователям, кто в своей ежедневной работе раздвигает границы знаний в своей области.

Объявляя конкурс на эту номинацию, New England Biolabs намеревается поощрить ученых, посвятивших свою жизнь изменению в лучшую сторону отрасли науки, которой они отдали свое сердце.

Награда за человечность (Humanitarian Duty Award) ( http://nebpassioninscience.com/awards/humanitarian-duty-award/ ) найдет своих победителей среди научных работников, которые совершают поступки во благо благополучия и счастья окружающих.

Достигнув рубежа сорокалетия, New England Biolabs оглядывается назад и особенно хочет оценить тех, кто пытался найти способ улучшить жизнь окружающих, приложить усилия и выйти из того формата, куда загоняет нас жизнь, и не жалел на это свое время и силы.

Награда за служение интересам окружающей среды (Environmental Stewardship Award) ( http://nebpassioninscience.com/awards/environmental-stewardship-award/ ) предназначена для ученых, которые работают для сокращения бесполезного расходования природных ресурсов нашей планеты.

Компания New England Biolabs, которая всегда уделяла особое внимание вопросам окружающей среды, считает, что именно клиенты компании могут послужить примером того, как можно совмещать занятия наукой и желание жить в гармонии с окружающей нас природой.

Награда за креативное отношение к науке как к искусству (Arts and Creativity Award) ( http://nebpassioninscience.com/awards/arts-and-creativity-award/ ) будет вручена ученым, которые способны совместить науку и искусство в новых, непредсказуемых и странных ракурсах.

Возможно, Вы были удивлены, прочитав о таком неожиданном решении - учредить награду в области искусства и креативности, но эти понятия всегда являлись неотъемлемой частью настоящей науки!

Победители конкурса будут награждены на торжественной церемонии в штаб-квартире New England Biolabs, а также получат финансовую поддержку своим начинаниям. Помните, что любое Ваше достижение, как кажущееся незначительным, так и крупное, будут интересно комиссии по отбору!

Подумайте, с какими невероятными людьми мы работаем бок о бок каждый день и номинируйте своих коллег! ( https://neb.skild.com/skild2/neb/addNominations.action/ )

Заполните удобную форму на сайте http://nebpassioninscience.com ( http://nebpassioninscience.com ) уже сегодня, и помните, что заявки принимаются до 30 сентября 2014 г.



SkyGen 11.09.2014 15:56
Прикреплённое изображение
В последние годы среди существующих методов выделения нуклеиновых кислот все большей популярностью пользуется колоночное выделение. Каждый день в лабораториях сталкиваются с различными задачами на этапе пробоподготовки по выделению ДНК из широкого спектра биологических образцов.

Сегодня компания SkyGen представляет новый продукт на российском рынке – наборы для колоночного выделения ISOLATE II ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_dnk/ ), которые сочетают в себе высокую чистоту полученного продукта с хорошим выходом и чрезвычайно привлекательными ценами. Давайте подробнее остановимся на описании каждого из наборов для выделения ДНК от BIOLINE.

Если Вам необходимо выделить геномную ДНК из тканей животных, бактериальных клеток, биологических жидкостей организмов, образцов биопсии, слюны, замороженных тканей, клеточных культур, фекалий млекопитающих, из волос, насекомых, образцов тканей в парафине, хвостов грызунов, из вирусов и из дрожжей – Вашим лучшим выбором будет являться набор для выделения геномной ДНК ISOLATE II (Genomic DNA Kit).

На первом этапе первичный материал подвергается лизированию с помощью протеиназы К, далее ДНК специфично иммобилизуется на поверхности силика-мембраны в присутствии хаотропных ионов, откуда после промывания элюируется ДНК с высокой чистотой (соотношение А260/А280 = 1,7-1,9).

Оптимизированное использованием для широкого разнообразия образцов обеспечиваются при помощи 17 протоколов. Выделенная ДНК может далее использоваться для ПЦР, rtПЦР, секвенирования следующего поколения (NGS). Возможно выделение до 35 мкг геномной ДНК из одного препарата, после этапа лизиса, время выделения составляет порядка 20 мин.

Для выделения плазмидной ДНК из бактериальных клеток, клеточных культур, Р1 конструктов и космид мы рекомендуем воспользоваться набором для выделения плазмидной ДНК ISOLATE II (Plasmid DNA Mini kit).

С помощью набора возможно выделение как высококопийных, так и низкокопийных плазмид, с высокой чистотой выделения (соотношение А260/А280 >1,8). Количество выделяемой плазмидной ДНК может составлять до 40 мкг из 10 мл культуры (на примере E.Coli). ДНК может использоваться далее для ПЦР, трансформации, клонирования, секвенирования, рестрикционного анализа и др. Протокол выделения позволят выделять ДНК из 18 препаратов за 25 минут, и состоит из этапов щелочного лизиса, очищения лизата, связывание плазмидной ДНК с силикагелевой мембраной колонки, промывание и последующее элюирование. Для случая низкокопийных плазмид, Р1 конструктов и космид предусмотрен отдельный вариант протокола, в котором используются увеличенные объемы буферных растворов.

В случае, если выделение ДНК планируется из крови, сыворотки крови, биологических жидкостей, бактериальных клеток, клеточных культур и вирусов – мы можем порекомендовать набор ISOLATE II для выделения ДНК из крови (Blood DNA kit). Возможно выделение образцов ДНК, свободных от ПЦР-ингибиторов за 30 минут, с высокой чистотой (соотношение А260/А280= 1,7-1,9) с высоким выходом. Для выделения возможно использовать как свежую кровь, так и замороженную, в том числе с добавками таких популярных коагулянтов как цитраты, ЭДТА, гепарин или ACD.

Кроме того, с помощью набора возможно выделить бактериальную и вирусную ДНК (например, ДНК HBV) из образцов крови. Для выделения таких образцов ДНК рекомендуется удалить клетки крови центрифугацией. Полученная в результате очистки ДНК может применяться для ПЦР разного типа, Southern Blotting и других ферментативных реакций.

Очень часто перед исследователями встает задача выделить ДНК из геля или из смеси ПЦР-продуктов, для решения обеих этих задач идеальным выбором станет набор для выделения ДНК из продуктов ПЦР и из агарозного геля (PCR and Gel kit). Используя набор, Вы сможете в течение 10 минут очистить ДНК из продуктов ПЦР и за 20 минут выделить ДНК из ТАЕ и TBE агарозных гелей.

Полученную с высокой чистотой ДНК (соотношение А260/А280 = 1,8-1,9) возможно будет использовать для клонирования, трансфекции, секвенирования и рестрикционного анализа. Особенно важно, что при выделении из ПЦР-смеси фрагментов ДНК длиной от 50 оснований выход составляет от 75 по 90 %, при полном очищении ДНК от праймеров и других низкомолекулярных примесей.

Приобретая любой из продуктов ISOLATE II, Вы сможете быть уверены, что получаете качество и эффективность выделения ДНК, одни из самых высоких среди существующих на сегодняшний день.

Закажите уже сегодня свой набор для выделения ДНК! ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_dnk/ )



SkyGen 26.09.2014 13:17
xGen Lockdown зонды и панели от IDT сфокусируют ваши исследования в области секвенирования следующего поколения (NGS)
Прикреплённое изображение

Несмотря на то, что удешевление стоимости секвенирования ДНК позволило проводить масштабные исследования (1), непомерно высокая стоимость обработки образцов до сих пор является проблемой практически для всех пользователей. Это заставляет все большее количество лабораторий проводить секвенирование только той части генома, которая представляет интерес. Целевое обогащение при помощи гибридного захватывания, которое рассматривается в данном обзоре, реализуется непосредственно перед проведением секвенирования, схема такого обогащения представлена на рис.1. Методы обогащения генома уменьшают стоимость секвенирования и позволяют сфокусировать свои усилия на конкретном участке гена.

Если мы выделим специфический регионе генома, это позволяет секвенировать один участок во множестве образцов одновременно. Благодаря гибридному захватыванию интересующих участков генома и последующему секвенированию возможно проводить эксперименты по генотипированию, идентификацию вариантов сплайсинга, нахождение мест вставки новых или делеции существовавших нуклеотидов, а также изучение геномной рекомбинации и секвенирование сайтов интеграции вирусов и транспозонов.

Прикреплённое изображение
Рис.1. Целевое захватывание последовательности с помощью xGen Lockdown зондов.


Проведение анализа большого количества целевых участков генома во множестве образцов.


Давайте рассмотрим эксперимент по генотипированию 100 образцов, реализованный при помощи ПЦР, он потребует проведения множества индивидуальных ПЦР-реакций, каждую из которых необходимо будет оптимизировать. Оптимизация и проведение этих реакций потребует большого количества времени и возможность появления ошибок возрастет, из-за того что качество будет зависеть от большого количества индивидуальных реакций. Более того, потребуется большое количестве первоначального материала. В конце концов, генотипирование при помощи ПЦР может не завершиться успешно, если мутации возникают в праймерах. Обычно последовательность праймеров оптимизируется с использованием нескольких образцов, и далее полученные таким путем праймеры используются для амплификации большой совокупности образцов. Такая практика основана на предположении о том, что участки, на которые будут садиться праймеры не претерпевают изменений в составе всей совокупности образцов. Это может оказаться правдой для небольшой серии образцов, но если число реакций увеличивается, то увеличивается и вероятность деформации последовательности сдвигом (рис.2А).

В качестве альтернативы ПЦР, секвенирование NGS после целевого обогащения объединяет все реакции генотипирования и обнаружение мутации в один этап, схема расположения зонда показана на рис.2. При гибридном захватывании последовательности с одиночным нуклеотидным полиморфизмом (SNP) используется зонд, направленный на узнавание последовательности вокруг SNP, и мутация гибридизующейся последовательности, несмотря на неполную комплементарность с зондом не окажет критического воздействия на процесс узнавания. Фактически, зонды xGen Lockdown Probes могут игнорировать до 7 мутаций внутри целевого участка без влияния на эффективность гибридизации. Обогащенная ДНК далее секвенируется в один этап. В таком случае нет необходимости в подборке условий индивидуальных ПЦР и гелей для анализа. Если исследователь решит расширить спектр экспериментов и увеличить количество зондов, направленных на узнавание других SNP, то возможно воспользоваться уже подобранными условиями эксперимента по обогащению и секвенированию.
Прикреплённое изображение
Идентификация сайтов встраивания вирусов и транспозонов

Эксперименты по изучению функций генов часто включают в себя гетеротипическую и экспрессию их последующий нокдаун при помощи интерференцией РНК (RNAi). Ретровирусы используются для введения экзогенной ДНК в геном изучаемых организмов. Фрагмент ДНК может быть интегрирован в безопасный участок между генами или в транскрибируемый участок (2) который может варьировать функцию генов, и вызываемые этим ложные фенотипы. Для исследования проблемного сайта встраивания во множестве различных образцов, возможно проводить целевое обогащение с использованием гибридизации зондов с известными участками экзогенной последовательности ДНК (рис.3). Таким образом, образцы, в которых произошло встраивание экзогенной ДНК могут быть отобраны для дальнейшего изучения.
Прикреплённое изображение
Методика также важна для изучения сайтов интеграции транспозонов и инфицирующих вирусов. Информация о молекулярном механизме встраивания может улучшить понимание разработки лекарств для соответствующих заболеваний, а также быть полезной для решения других задач. Идентификация вирусной ДНК в изучаемом организме также используется для диагностирования стадии заболевания (3). проведение секвенирования ДНК человека, после целевого обогащения участками вирусного генома может подтвердить факт инфицирования.

Изучение альтернативного сплайсинга

Альтернативный сплайсинг наблюдается в 95% генах человека, которые имеют более чем 1 экзон, а ошибки во время этого процесса ассоциированы со множеством болезней (4). Некоторые из таких болезней могут быть диагностированы с помощью нахождения генов, которые альтернативно участвуют в сплайсинге. Для этого может использоваться, например, секвенирования следующего поколения РНК (NGS). Получаемая информация позволяет проанализировать количество РНК, представленной в определенный момент времени, и таким образом, этот метод чувствителен к различиям в генной экспрессии. РНК, полученная из образца, конвертируют в ДНК, и далее проводится стандартная процедура секвенирования ДНК. Для того чтобы облегчить определение малые количества вариантов сплайсинга, которые ассоциированы с заболеваниями, зонды, специфичные к изучаемому транскрипту могут использоваться для обогащения, облегчая обнаружение таких транскриптов (Рис.4). Также, различные изоформы протеинов детектируются в пропорции образца, и оставшиеся образцы могут быть легко проверены на наличие транскриптов альтернативного сплайсинга, по сравнению с изучением экспрессированных протеинов при помощи Western Blot.
Прикреплённое изображение

Гибридное связывание увеличивает универсальность экспериментов


Секвенирование следующего поколения, проводимое после этапа целевого обогащения, позволяет исследовать один и тот же образец для решения нескольких задач одновременно, а также упрощается процесс увеличения количества целевых последовательностей. Такая простота расширения количества обогащаемых участков позволит добавить новый участок SNP, информация о котором появилась в печати - для этого к существующей панели зондов добавляется еще несколько, и ее можно использовать для последующих экспериментов по генотипированию. Добавление дополнительного зонда никак не скажется на эффективности работы существовавшей ранее панели, но позволит получать большее количество информации в результате каждого эксперимента. Таким образом возможно более оперативно реагировать на появляющиеся каждый день публикации в сфере NGS.

Прочитав большую часть данного обзора, и узнав обо всех дополнительных возможностях метода, кроме того что он фокусирует эксперименты по секвенированию, Вы задаетесь следующим вопросом: Упростит ли гибридное связывание постановку экспериментов?

Хотя гибридное связывание может быть использовано для решения большого количества задач, иногда этот метод может и не являться наиболее подходящим для всех исследователей. Например, процент прочтений последовательности, полученный от определенного региона увеличивается одновременно с увеличением количества зондов. Панели из большего количества зондов, как правило, более эффективны (в том числе и с точки зрения цены). Маленькие панели зондов используются для изучения ретровирусов и транспозонов; Тем не менее, следует обращать внимание на то, что результаты с использованием разных панелей и разных методов для обогащения могут разниться. Например, повторяемые участки будут захватываться с большей частотой.

В то же время следует понимать, что если задачей является изучение одного целевого участка в тысяче различных образцов, то лучше использовать метод обогащения при помощи ПЦР. xGen Lockdown зонды - изготавливаются полностью на заказ, из которых могут быть использованы для создания захватывающих панелей любого размера.

Зонды xGen Lockdown Probes от IDT

Зонды xGen Lockdown Probes - это индивидуально синтезируемые зонды для целевого обогащения при помощи гибридного связывания. Этот продукт был разработан специально для совместного применения с NGS секвениварония. Зонды могут быть использованы индивидуально для создания панелей, которые могут быть оптимизированы, расширены, комбинированы с другими панелями при необходимости. Также отдельные зонды могут быть добавлены в уже существующие панели для улучшения узнавания труднодоступных участков (например GC-богатых участков).

Кроме того, возможно выбрать одно из готовых решений от IDT - одну из готовых панелей:

xGen Inherited Diseases Panel - панель для обогащения генов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, содержит 116 355 зондов, нацеленных на узнавание 4503 генов и 80 однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), сцепленных с наследственными заболеваниями.

xGen Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0 - панель для обогащения более чем 260 генов ассоциированных с развитием острой миелоидной лейкемии (AML), содержит 11 743 индивидуально синтезированных зондов.

xGen Pan-Cancer Panel v1.5 - панель для обогащения генов, ассоциированных с 12 типами раковых заболеваний, состоит из 7 816 индивидуальных синтезированных зондов, которые обеспечивают обогащение более чем 127 генов.

Обеспечение совместимости с популярными платформами NGS

В процессе обогащения используются блокирующие олигонуклеотиды xGen Blocking Oligos для адаптеров в составе последовательностей библиотек. Такие блокирующие олигонуклеотиды уменьшают неспецифичное связывание и увеличивают эффективность обогащения.

xGenUniversal Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами.

xGen Standard Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq, и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами и адаптерами Roche/454.

Возможно также производство блокирующих олигонуклеотидов на заказ (xGen Custom Blocking Oligos).

Использованная литература

Hayden EC (2013) Gene sequencing leaves the laboratory. Nature 494(7437):290-291.
Ambrosi A, Cattoglio C, Di Serio C. (2008) Retroviral integration process in the human genome: is it really non-random? A new statistical approach. PLoS Comput Biol 4(8):e1000144.
Depledge DP, Palser AL, et al. (2011) Specific capture and whole-genome sequencing of viruses from clinical samples. PLoS ONE 6(11): e27805.
Matlin AJ, Clark F, Smith CW. (2005) Understanding alternative splicing: towards a cellular code. Nat Rev Mol Cell Biol, 6(5):386–398.
Cancer Genome Atlas Research Network. (2013) Genomic and epigenomic landscapes of adult _de novo_ acute myeloid leukemia. N Engl J Med, 368(22):2059–2074.

По всем вопросам подбора Вашей индивидуально панели для обогащения перед секвенированием NGS обращайтесь в СкайДжин: info@skygen.com СкайДжин является официальным дистрибьютором IDTDNA в России!

Для обзора использовалась информация из статьи Target Enrichment Facilitates Focused Next Generation Sequencing ( http://eu.idtdna.com/pages/decoded/decoded-articles/core-concepts/decoded/2014/01/15/target-enrichment-facilitates-focused-next-generation-sequencing )



SkyGen 20.10.2014 15:44
Прикреплённое изображение
Красивое совместное решение от IDT и New England Biolabs для создания плазмидного вектора, кодирующего нуклеазу Cas9

Мы всегда рады, когда узнаем об удобных, красивых, а главное, эффективных решениях, реализованных с использованием продуктов New England Biolabs и Integrated DNA Technologies руками наших клиентов. Сегодня мы хотели бы рассказать о методике сборки уникальной последовательности плазмидного вектора, которую применяют в своих исследованиях лаборатории из Новосибирска и Калининграда. Задачей было получить плазмидный вектор, содержащий несколько функциональных элементов, располагающихся в строго определенной последовательности. Плазмидный вектор должен был кодировать нуклеазу Cas9, специфично проникающую в митохондрии клеток человека для редактирования митохондриального генома. В руках исследователей была схема эксперимента, а также возможность воспользоваться лучшими решениями компаний NEB&IDT. Давайте посмотрим, как это было реализовано на практике!
На первом этапе перед сотрудниками сектора клеточных технологий Института цитологии и генетики СО РАН и сотрудниками лаборатории молекулярно-генетических технологий Балтийского федерального университета им. И. Канта стояла задача по сборке протяженной последовательности ДНК, содержащей функциональные элементы, не встречающиеся в нужном порядке в коммерчески доступных плазмидных векторах. Причем собрать эти элементы воедино с помощью классических методов молекулярного клонирования было достаточно проблематичным.
В качестве примера мы приводим структуру одного из такие фрагментов. Это последовательности, кодирующие: промотор цитомегаловируса, митохондриальный сигнальный пептид, последовательность FLAG для иммуноцитохимической детекции, и нуклеаза Cas9, располагающиеся друг за другом встык. Изначально, дизайн плазмидного вектора был разработан в программном обеспечении SnapGene (http://www.snapgene.com/). Нуклеотидную последовательность фрагмента вектора вы можете увидеть в любезно предоставленном скриншоте. Фрагмент, содержащий нужные последовательности, расположенные встык, на рисунке выделен оранжевым цветом.
После того, как исследователи определились с нуклеотидной последовательностью, предстояло осуществить ее синтез. Мы остановимся на двух вариантах решения этой задачи. Первое решение: предлагалось «разбить» данную последовательность на олигонуклеотиды длиной 60 оснований с перекрытием 20 оснований. Протокол такого решения опубликован Даниелем Гибсоном (Gibson 2011) и может быть выполнен при помощи набора для лигирования Gibson Asembly Kit (New England Biolabs) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_master_mix_dlya_ptsr_gibson_assembly/?brand= ). Другим решением является заказ нужного фрагмента в готовом виде в компании IDT. Данный продукт называется gBlocks. Говоря о gBlocks от IDT- необходимо понимать, что это двухцепочечные последовательности ДНК длиной до 2000 пар оснований, которые поставляются компанией IDTготовые к дальнейшему использованию, как в виде фрагментов ДНК, так и в составе плазмидного вектора с выбранными по Вашему усмотрению сайтами рестрикции на 3’ и 5’ концах.

Скриншот фрагмента ДНК, содержащего функциональные блоки в требуемом взаиморасположении.

Прикреплённое изображение

В конкретно приведенном примере исследователям требовалось собрать воедино три фрагмента:
1. Фрагмент, содержащий энхансер и промотор цитомегаловируса, клонированный из коммерческого плазмидного вектора pTurboGFP-Mito (Евроген).
2. gBlock, содержащий промотор цитомегаловируса, митохондриальный сигнальный пептид, последовательность FLAG для иммуноцитохимической детекции, и нуклеазу Cas9.
3. Фрагмент, содержащий последовательность, кодирующую нуклеазу Cas9, клонированный из плазмидного вектора hCas9 (Addgene).
Для бесшовного соединения трех вышеописанных фрагментов, каждый из них был амплифицирован с использованием олигонуклеотидных праймеров, содержащих в своей последовательности дезокиурацил (dU). Праймеры подбирались таким образом, что их «хвосты» перекрываются, начиная с dU. Компания IDT предлагает синтез таких праймеров. Условия амплификации со специфичными праймерами лучше предусмотреть заранее - например, в рассматриваемом случае наилучшие результаты показала ДНК-полимераза PfuTurbo Cx (Agilent Technologies).
Полученные ампликоны обрабатывались ферментом USER (New England Biolabs) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/fermenty_dlya_reparatsii_dnk/ferment_user/?brand= ): смесью урацил-ДНК-гликозилазы, которая удаляет урацил из ампликона, формируя AP-сайт и эндонуклеазы VIII, которая удаляет нуклеотиды от AP-сайта в сторону 5΄-конца, формируя липкие концы (структура праймеров представлена на рисунке). Затем липкие концы, имеющие уникальную последовательность, лигируются друг с другом.
В оригинальной работе исследователей из Новосибирска и Калининграда был собран плазмидный вектор из 8 фрагментов в ходе одной реакции лигирования: 4 фрагмента амплифицировали из коммерчески доступных плазмидных векторов, а 4 – заказывали в виде gBlock в IDT.
Все описанные стадии наглядно представлены на следующем рисунке:
Прикреплённое изображение
Давайте теперь подробнее остановимся на продуктах IDT, использовавшихся в предложенном решении. gBlocks - фрагменты гена на заказ, с адекватной ценой, сиквенс их строго контролируется, и точность синтеза - самая высокая из доступных на сегодняшний день на рынке.
После того, как Вы получили Ваш фрагмент gBlocks, возможно ввести его в требуемую плазмиду как при помощи клонирования по тупым концам, липким концами (в таком случае надо предусмотреть сайты рестрикции в вашем gBlock), так и используя метод клонирования Gibson Assembly. Кроме gBlock - IDT дает возможность заказать необходимый фрагмент гена уже встроенный в плазмиду, при этом на оба конца встроенного гена возможно включить разные сайты рестрикции. Чтобы заказать как просто фрагмент гена, так и встроенный в вектор ген, обратитесь к нам по адресу info@skygen.com, и мы с удовольствием поможем Вам сделать Ваш эксперимент проще и быстрее!
Мы искренне надеемся, что представленная нами в данном обзоре информация поможет Вам в Вашей повседневной работе и привнесет новые идеи!



Файл/ы:

Скачать файл Gibson_2011_Enzymatic_assembly_of_overlapping_DNA_fragments.pdf
Размер:: 305.83к
кол-во скачиваний: 290




SkyGen 02.12.2014 14:56
Решения от New England Biolabs для секвенирования следующего поколения (Next Generation Sequencing, NGS). Часть 1.

Прикреплённое изображение


Все большее внимание в последние годы уделяется методам севенирования следующего поколения (Next Generation Sequencing, NGS), которые благодаря своей высокой производительности постепенно вытесняют другие методики, такие как, например, автоматическое секвенирование по Сэнгеру. В сегодняшнем обзоре мы расскажем, что же представляет собой NGS, и какие продукты компании New England Biolabs помогут решить задачи по секвенированию образцов ДНК и РНК.

На первом этапе давайте ответим на вопрос: что такое NGS?

Технологии секвенирования NGS основаны на анализе последовательности присоединяемых нуклеотидов в множестве происходящих параллельно реакций амплификации. На сегодняшний день, наиболее распространенными платформами для секвенирования являются Illumina®, 454™, SOLiD™, Ion Torrent&trade. Каждая компания-производитель использует свой собственный подход для детекции присоединяемого нуклеотида.

В целом, если вы поставите перед собой задачу провести секвенирование образца с использованием NGS, следующий алгоритм действий, при правильной постановке экспериментов, обеспечит требуемый результат:

1. Выделить образец ДНК/РНК
2. Подготовить образцы для проведения секвенирования: получить библиотеку, годную для дальнейшего секвенирования. Библиотека NGS - это совокупность фрагментов исследуемого образца ДНК/РНК одинаковой длины, при этом каждый из фрагментов модифицирован соответствующим для своего метода образом.
3. Загрузить библиотеку в секвенатор и получить массив данных с информацией о последовательности различных фрагментов библиотеки.
4. Проанализировать полученные данные с использованием программы-сборщика и сформировать последовательность ДНК/РНК целиком.

Несмотря на кажущуюся простоту алгоритма анализа, существует огромное количество подводных камней и деталей, которые необходимо учесть при проведении эксперимента.

Общие рекомендации при подготовке библиотек ДНК

Используйте самые качественные образцы ДНК из доступных. Качество исходного материала напрямую влияет на характеристики полученной библиотеки. Для оценки целостности и степени загрязненности ДНК можно использовать электрофорез. Смазанные полосы или «лестницы» на геле свидетельствуют о повреждении ДНК или о попадании в пробу детергентов или загрязняющих веществ. Наличие РНК можно детектировать внизу геля. С помощью измерения поглощения в УФ также можно оценить чистоту образца. В идеальных пробах соотношение оптического поглощения при 260 и 280 нм должно быть порядка 1,8 – 2,0. Однако на результаты этих измерений может повлиять наличие в пробе РНК или коротких фрагментов ДНК.

Очень важно точно оценить исходное количество ДНК, используемое для создания библиотеки. Использование флуоресцентных красителей, специфично связывающихся с двуцепочечных ДНК позволяет измерять количество ДНК намного точнее, чем измерения в УФ (Qubit, Life Technologies). Этот метод позволяет исключить вклад загрязнителей, РНК и коротких фрагментов ДНК.

Для очистки ДНК после каждого из этапов пробоподготовки,согласно протоколу NEBNext, рекомендуется воспользоваться AMPure XP® Beads (Beckman Coulter, Inc).

Общие рекомендации при подготовке библиотек РНК

Очень важно использовать РНК высокого качества. Образцы с частично деградированной РНК могут привезти к низкому выходу, или к получению библиотеки неприемлемого качества. Мы рекомендуем определять индекс целостности выделенной РНК (RIN) на анализаторах Bioanalyzer (Agilent). Образец должен иметь RIN выше 7.

Целостность и распределение длин фрагментов РНК может быть проверена электрофоретически в денатурирующем агарозном геле с окраской бромидом этидия. Полосы рибосомальной РНК должны быть четкими. В образцах общей РНК эукариот четкие яркие полосы будут соответствовать 28S и 18S рРНК. Полоса 28S должна быть примерно в два раза более интенсивной, чем полоса 18S рРНК. Соотношение 2:1 является хорошим знаком целостности РНК. Частично деградировавшая РНК будет образовывать на геле смазанные полосы, и соотношение рРНК будет отличаться от 2:1. Полностью деградировавшая РНК на геле выглядит как смазанная зона в низкомолекулярной области геля.

Образцы РНК должны быть полностью очищены от ДНК. Рекомендуется обрабатывать выделенную РНК ДНКазой, не имеющей РНКазной активности. Для очистки РНК рекомендуем воспользоваться модулем NEBNext для выделения поли(А) мРНК с помощью магнитных шариков ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_sozdaniya_bibliotek_rnk/modul_nebnext_dlya_vydeleniya_polia_mrnk_s_pomoshchyu_magnitnyh_sharikov/?brand= ), который не входит в состав наборов для пробоподготовки библиотек РНК, и заказывается отдельно.

После приготовления библиотеки очень важно оценить ее качество при помощи Bioanalyzer (Agilent) и количественной ПЦР.

Компания New England Biolabs предлагает реактивы NEBNext, обеспечивающие полный цикл подготовки библиотек NGS высокого качества. Вообще, процедура секвенирования NGS доступна не только лабораториям, которые приобрели секвенатор NGS – все больше лабораторий самостоятельно готовят библиотеки NGS и далее отдают их на анализ в центры коллективного пользования. Стоимость секвенирования в пересчете на один нуклеотид падает за счет увеличения производительности. При этом современные приборы позволяют проанализировать за один прогон большее количество образцов, чем требуется отдельной лаборатории или даже небольшому институту.

Пробоподготовка для различных платформ NGS

Учитывая указанные требования и потребности, компания New England Biolabs (NEB) разработала серию реактивов NEBNext&reg; для NGS на платформах Illumina&reg;, 454&trade;, SOLiD&trade;, Ion Torrent&trade;, предлагаемых мировыми лидерами в области NGS. Реактивы NEBNext&reg; доступны в следующих комплектациях:


1. Наборы реактивов - содержат ферменты, нуклеотиды и буферы, необходимые для проведения всех этапов пробоподготовки.</li>

2. Наборы реактивов в виде готовых смесей содержат те же компоненты, что и наборы реактивов, но их более удобно использовать, что ускоряет процесс пробоподготовки. </li>

3. Модули - содержат компоненты, необходимые для проведения отдельных этапов пробоподготовки, позволяют подстраивать процесс под определенные задачи. </li>

В данном обзоре мы по большей части обсуждаем наборы, обеспечивающие полный цикл пробоподготовки. Реактивы NEBNext применяются для создания библиотек ДНК, Chip-Seq библиотек, библиотек мРНК, библиотек малых РНК, экспрессионных библиотек и дальнейшего секвенирования на различных платформах.

NEBNext для создания ДНК-библиотек для Illumina

Прикреплённое изображение
Рис.1. Набор NEBNext

Все рассматриваемые реактивы прошли функциональную валидацию путём создания библиотек и последующего секвенирования на платформах HiSeq, MiSeq, Genome Analyzer IIx и HiScan компании Illumina.

Адаптеры и праймеры поставляются отдельно от наборов NEBNext, это позволяет увеличить количество комбинаций адаптеров, праймеров и реактивов друг с другом.

На первом этапе, в случае приготовления библиотек ДНК &ndash; необходима фрагментация исходного образца ДНК до определенной длины. Если в вашей лаборатории не используется для фрагментации ультразвук или небулизация, NEB предлагает воспользоваться фрагментазой NEBNext для двуцепочечной ДНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_sozdaniya_bibliotek_dnk/ferment_nebnext_dtsdnk_fragmentase/?brand= ), которая позволит получить фрагменты ДНК в заданном диапазоне длин.

После анализа полученных фрагментов ДНК, проводится реакция восстановления концов и их фосфорилирования. Далее на 3'-конец прикрепляют аденин, чтобы произошло узнавание адаптеров, которые имеют тимидин на 3'-конце.

Далее проводят лигирование к концам полученных фрагментов адаптеров &ndash; это в случае Illumina шпилеобразные олигонуклеотиды, последовательность которых будет узнаваться секвенатором.

Далее, фрагменты ДНК, составляющие библиотеку, и присоединенные к ним шпилеобразные адаптеры, содержащие урацил в середине, обрабатываются ферментом урацилгликозилазой USER ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/fermenty_dlya_reparatsii_dnk/ferment_user/?sphrase_id=8171#item17584 ), которая позволяет получить линейные адаптеры на концах фрагментов ДНК.
И наконец, на последнем этапе полученные фрагменты амплифицирует при помощи высокоточной ДНК-полимеразы. При этом, на данном этапе, кроме увеличения количества копий, возможно избавиться от фрагментов, к которым адаптеры не прикрепились на оба конца, а также ввести на концы фрагментов праймеры (в случае мультиплексирования - также индекс праймеры). Праймеры понадобятся при процессе секвенирования.

Схема процесса пробоподготовки с использованием NEBNext представлена ниже на Рис.2.

Прикреплённое изображение
Рис.2. Схема пробоподготовки с использованием NEBNext, с мультиплексированием
Если перед вами стоит задача секвенирования образцов ДНК - то можно воспользоваться готовыми наборами: например набором реактивов NEBNext Ultra для создания геномных библиотек для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_reaktivov_nebnext_ultra_dlya_sozdaniya_genomnyh_bibliotek_dlya_illumina/?sphrase_id=8155#item22841 ) и готовой смесью NEBNext для создания геномных библиотек для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/master_mix_nebnext_dlya_sozdaniya_genomnyh_bibliotek_dlya_illumina/?brand= ).

Различия между двумя наборами состоят в том, что набор Ultra оперирует меньшими количествами исходного образца ДНК, а протокол занимает меньшее время. Поэтому набор Ultra рекомендуется начинающим работать с NGS.

Для приготовления ChIP-Seq библиотек можно воспользоваться
набором реактивов в виде готовой смеси NEBNext для создания библиотек ChIP-Seq для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/master_mix_nebnext_dlya_sozdaniya_bibliotek_chip-seq_dlya_illumina/?brand= ), а также
набором реактивов NEBNext для создания библиотек ChIP-Seq для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_reaktivov_nebnext_dlya_sozdaniya_bibliotek_chip-seq_dlya_illumina/?brand= ).

Мы искренне надеемся, что представленная информация будет полезна в вашей ежедневной работе!

Во второй части нашего обзора, посвященного NGS секвенированию, мы расскажем о мультиплексировании, продолжим обсуждение пробоподготовку для платформы Illumina, а также подробнее остановимся на реактивах для пробоподготовки на платформах Ion Torrnent, SOLiD, 454/Roche.



SkyGen 02.12.2014 14:59
Решения от New England Biolabs для секвенирования следующего поколения (Next Generation Sequencing, NGS). Часть 2.

Во второй части нашего обзора, посвященного NGS секвенированию, мы рассказываем о мультиплексировании, продолжаем обсуждение пробоподготовку для платформы Illumina, а также подробнее остановимся на реактивах для пробоподготовки на платформах Ion Torrnent, SOLiD, 454/Roche.

Мультиплексирование образцов

Прикреплённое изображение
Рис.2. Схема пробоподготовки с использованием NEBNext, с мультиплексированием

Выше уже упоминалось, что на этапе амплификации библиотеки можно воспользоваться одним комплектом праймеров или несколькими индекс праймерами. В первом случае, необходимо выбрать набор олигонуклеотидов NEBNext Singleplex для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_oligonukleotidov_nebnext_singleplex_dlya_illumina/?brand= ), и в таком случае в одном запуске Illumina может анализироваться один образец. Если стоит задача проанализировать за один раз несколько образцов, тогда необходимо воспользоваться возможностями мультиплексирования.

Чтобы на этапе анализа последовательностей образцов после секвенирования возможно было отличить образцы друг от друга - каждый образец использует праймеры с разными индексами (разными сигнальными последовательностями олигонуклеотидов) - для этого можно использовать набор олигонуклеотидов NEBNext Multiplex для Illumina (набор праймеров №1) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_oligonukleotidov_nebnext_multiplex_dlya_illumina_nabor_praymerov_1/?brand= ), или набор олигонуклеотидов NEBNext Multiplex для Illumina (набор праймеров №2) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_oligonukleotidov_nebnext_multiplex_dlya_illumina_nabor_praymerov_2/?brand= ).

Схематическое расположение индексов и праймеров представлено на Рис.2.

Наборы олигонуклеотидов NEBNext Multiplex содержат праймеры, достаточные для создания 12 мультиплексных библиотек. Праймеры имеют одинаковую нуклеотидную последовательность, за исключением последовательности из 6 нуклеотидов, которая у каждого праймера уникальна. Эту последовательность называют индексом, поскольку именно она позволяет идентифицировать, к какой библиотеке принадлежит фрагмент ДНК. Последовательности праймеров указаны в инструкциях к наборам.

Технология мультиплексирования была усовершенствована с появлением нового продукта NEB: набора олигонуклеотидов NEBNext с двойным баркодированием для Illumina (набор на 96 реакций) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_oligonukleotidov_nebnext_dualbarcode_dlya_illumina_nabor_na_96_reaktsiy/?brand= ). В данном случае используются два участка в 8 нуклеотидов для идентификации образца - по одному на каждом из праймеров. Возможно зашифровать 96 образцов с использованием лишь 20 пробирок с различными индексами (12+8). Двойное баркодирование существенно увеличивает точность отбора фрагментов при сборке последовательности различных образцов, так как идентификация каждого образца происходит дважды.

При планировании эксперимента с использованием NEBNext для Illuina, кроме набора для подготовки библиотеки важно не забыть включить в заказ один из наборов олигонуклеотидов, а также фрагментазу, если не планируется фрагментация при помощи небулизации или ультразвука.


Реактивы NEBNext для создания библиотек РНК, малых РНК и микро-РНК для Illumina


Для секвенирования образцов РНК, в процессе пробоподготовки их переводят в кДНК, и далее проводят пробоподготовку аналогично библиотеки ДНК. Дли приготовления библиотеки РНК воспользуйтесь набором реактивов NEBNext Ultra Directional для создания библиотек РНК для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_reaktivov_nebnext_ultra_directional_dlya_sozdaniya_bibliotek_rnk_dlya_illumina/?brand= ) и набором реактивов NEBNext Ultra для создания библиотек РНК для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_reaktivov_nebnext_ultra_dlya_sozdaniya_bibliotek_rnk_dlya_illumina/?brand= ).

Зачастую стоит задача по секвенированию малых РНК - в таком случае пользуются [url=http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_nebnext_multiplex_dlya_sozdaniya_bibliotek_malyh_rnk_dlya_illumina/?brand=" >набором NEBNext Multiplex для создания библиотек малых РНК для Illumina (набор праймеров №1,№2)[/url] или набором реактивов NEBNext для создания библиотек малых РНК для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_reaktivov_nebnext_dlya_sozdaniya_bibliotek_malyh_rnk_dlya_illumina/?brand= ).

Дополнительно есть возможность при помощи набора реактивов NEBNext для создания библиотек мРНК для Illumina ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_illumina/nabor_reaktivov_nebnext_dlya_sozdaniya_bibliotek_mrnk_dlya_illumina/?brand= ) подготовить для секвенирования экспрессионные библиотеки.



Реактивы NEBNext для создания ДНК-библиотек для Ion Torrent

Для пользователей Ion Torrent NEB предлагает два набора для создания ДНК-библиотек: набор реактивов NEBNext для быстрой фрагментации и создания геномных библиотек для Ion Torrent ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_ion_torrent/nabor_reaktivov_nebnext_dlya_bystroy_fragmentatsii_i_sozdaniya_genomnyh_bibliotek_dlya_ion_torrent/?brand= ), и набор реактивов NEBNext для быстрого создания геномных библиотек для Ion Torrent ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_ion_torrent/nabor_reaktivov_nebnext_dlya_bystrogo_sozdaniya_genomnyh_bibliotek_dlya_ion_torrent/?brand= ) (в данном случае в набор не включены реактивы для фрагментации ДНК).

В отличие от реактивов для Illumina, нет необходимости заказывать набор олигонуклеотидов отдельно, он уже включен в набор. Однако следует учитывать, что для данной платформы также существует возможность мультиплексирования, но с использованием набора олигонуклеотидов для мультиплексирования от Applied Biosystems. В таком случае в протоколе NEBNext просто используются олигонуклеотиды с мультиплексными индексами.


Реактивы NEBNext для создания библиотек малых РНК для SOLiD


Для пользователей данной платформы New England Biolabs предлагает воспользоваться набором реактивов NEBNext для создания библиотек малых РНК для SOLiD ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_solid/nabor_reaktivov_nebnext_dlya_sozdaniya_bibliotek_malyh_rnk_dlya_solid/?brand= ).

Реактивы NEBNext для создания ДНК-библиотек для 454/Roche

NEB предлагает воспользоваться набором готовых смесей NEBNext для быстрого создания геномных библиотек для 454 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_roche_454/master_mix_nebnext_dlya_bystrogo_sozdaniya_genomnyh_bibliotek_dlya_454/?brand= ) или набором готовых смесей NEBNext для создания геномных библиотек для 454 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_probopodgotovki_roche_454/master_mix_nebnext_dlya_sozdaniya_genomnyh_bibliotek_dlya_454/?brand= ).

Следует, однако, иметь в виду, что наборы олигонуклеотидов NEB не предоставляет, и для проведения полноценного эксперимента необходимо использовать олигонуклеотиды от Roche.

Мы искренне надеемся, что представленная информация будет полезна в вашей ежедневной работе!



SkyGen 16.02.2015 18:18
Как найти свою ДНК-полимеразу среди многообразия ферментов от New England Biolabs? (Часть 1)

Прикреплённое изображение
Введение

Каждый день мы с вами встречаемся с различными задачами при постановке ПЦР-экспериментов. У каждого из нас, конечно, есть проверенные и хорошо проявившие себя варианты, которые подтвердили свою эффективность в лаборатории в течение многих лет. Однако научно-технический прогресс не стоит на месте, и постоянно хочется улучшить свою работу, используя более эффективные и продвинутые новые решения.

В этот момент, в поисках новых решений и идей, вы открываете список доступных полимераз, например, на сайте или в каталоге New England Biolabs, и видите, что для проведения простой амплификации ДНК можно воспользоваться более чем 125 продуктами. Это не только разные типы ДНК-полимераз, но и разные форматы, в которых они доставляются к потребителю. Сразу разбегаются глаза, и не всегда ясно, чем "Hot Start" отличается от "Master Mix"?

Поэтому, сегодняшний обзор является первой частью из двух статей и посвящен тому, как же ориентироваться на этом огромном рынке, и будет полезен в первую очередь новичкам, однако и продвинутые пользователи, надеемся, смогут по иному взглянуть на некоторые новые продукты New England Biolabs.

Фермент можно купить как отдельно, так и в виде наборов, содержащих все компоненты для постановки эксперимента

Итак, NEB сегодня предлагает большое разнообразие ДНК-полимераз и наборов с ними. Давайте на первом этапе определимся с форматами, в которых выпускаются ферменты.

Конечно же самое простое решение - это купить просто фермент, выбрав необходимое количестве единиц активности, в комплекте к нему будет прилагаться буферный раствор.

В некоторых случаях также прилагается так называемый GC-Enhancer - специальный раствор, которые добавляют, когда предстоит работа с GC-богатыми образцами. Такой раствор для улучшения работы ДНК-полимеразы, например, поставляется вместе с OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/#item18821 )/ OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/?brand= ), Q5 High-Fidelity ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?brand= )/Q5 Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_q5_hot_start_hf_dlya_ptsr/#item18847 ), Phusion High-Fidelity ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hf_dnk-polimeraza/?brand= )/ Phusion Flex Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hot_start_flex_dnk-polimeraza/?brand= ) ДНК-полимеразам.

Если вы хотите сразу приобрести все компоненты реакции, которые понадобятся во время постановки эксперименты - ваш выбор - это готовый набор для проведения ПЦР. Такой набор содержит в себе в отдельных пробирках: фермент, смесь dNTP, буферный раствор без Mg2+, буферный раствор с Mg2+, раствор Mg2+, очищенную от нуклеаз воду. Приобретая такой набор, вы будете уверены, что, имея на руках образец ДНК и праймеры, вы будете готовы провести эксперимент. Такая фасовка предусмотрена для Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_s_taq_dnk-polimerazoy/ ) (в наборе дополнительно маркер длин), Q5 High-Fidelity ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_q5_dlya_hf_ptsr/ ) (также в наборе маркер длин, краситель для нанесения на гель, фермент в виде готовой смеси 2X), Phusion ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_phusion_dlya_hf_ptsr/ ) (также в наборе маркер длин, контрольный образец ДНК, смесь праймеров для контрольной реакции), LongAmp ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_dlya_provedeniya_longamp_ptsr_s_taq_dnk-polimerazoy/ ) ДНК-полимераз.

Чем Master Mix отличается от Hot Start и от QuickLoad?

Другой популярный формат для поставки ДНК-полимераз - в виде готовой смеси "Master mix". В этом случае, все компоненты ПЦР реакции находятся в одной пробирке с концентрацией x2,x5: там находится сам фермент, dNTP, MgCl2, KCl, стабилизаторы. В чем преимущество такой фасовки: уменьшается вероятность совершить ошибку при раскапывании, и упрощается протокол. Практически все ДНК-полимеразы от New England Biolabs можно приобрести в формате готовой смеси: Q5 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_q5_hf_dlya_ptsr/ ) / Q5 Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_q5_hot_start_hf_dlya_ptsr/ ), Phusion ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_phusion_hf_dlya_ptsr/ ) / Phusion Flex Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_phusion_hot_start_flex_dlya_ptsr/ ), LongAmp ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_longamp_taq_dnk-polimerazy/ ) / LongAmp Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_longamp_hot_start_taq_dlya_ptsr/ ), OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_onetaq/ ) / OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_onetaq_hot_start/ ), Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_taq_dnk-polimerazy/ ) / Taq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_hot_start_taq_dlya_ptsr/ ).

Конечно же, в таком случае надо сразу выбирать - какой буфер должен быть добавлен - специальный для GC-богатых участков, стандартный или содержащий уже краску, так чтобы можно было реакцию сразу нанести на гель (т.н. QuickLoad). В формате QuickLoad можно приобрести готовые смеси следующих полимераз: OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_onetaq_quick-load/?brand= ) / OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_onetaq_hot_start_quick-load/?brand= ) , Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_quick-load_taq_dnk-polimerazy/?brand= ) ДНК полимеразы.

При анализе многообразия продуктов для ПЦР, можно обратить внимание, что некоторые полимеразы представлены с добавлением приставки Hot Start. Это означает, что благодаря присутствию стабилизирующих антител ДНК-полимераза находится в неактивном состоянии, активируясь при нагревании, которое сопровождает денатурацию ДНК в первом цикле ПЦР. В таком виде можно найти OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/?brand= ), Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/hot_start_taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_taq_buferom/?sphrase_id=7565#item18849 ), Q5 Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7566#item18845 ), Phusion Hot Start Flex ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hot_start_flex_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7567#item18862 ), LongAmp Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_hot_start_taq_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7569#item18860 ) а также EpiMark Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/epigenetika/epigeneticheskiy_analiz/epimark_hot_start_taq_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7568#item18841 ).


Цель эксперимента определят выбор ДНК-полимеразы


На первом этапе выбора ДНК-полимеразы надо понять - предстоит ли делать стандартный эксперимент, ПЦР с высокой точностью или специфическую реакцию ПЦР.

Если перед нами стоит задача провести самый обычный, рутинный эксперимент - нашим выбором будут OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/?brand= ) / OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/?brand= ), Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_taq_buferom/?brand= ) / Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/hot_start_taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_taq_buferom/#item18850 ) ДНК-полимеразы.

GC-богатые образцы, высокий выход и высокие требования к точности амплификации

Для экспериментов, к которым предъявляются особенно высокие стандарты точности копирования, рекомендуем воспользоваться Q5 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?brand= ) / Q5 Hot Start ( http://href=''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7570#item18845 ), Phusion ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hf_dnk-polimeraza/#item18853 )/Phusion Flex ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hot_start_flex_dnk-polimeraza/#item18863 ) ДНК-полимеразы, а для амплификации библиотек для NGS был разработан специальный продукт на основе Q5 - готовая смесь 2Х для высокоточной ПЦР NEBNext ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_dlya_multipleks-ptsr/?brand= ) . Точность ДНК-полимеразы Q5 более чем в 100 раз выше чем у полимеразы Taq, а у Phusion - более чем в 50 раз. Эти же полимеразы следует выбирать, если скорость копирования является критической величиной для эксперимента (соответственно 6000 и 4000 нуклеотидов в минуту), а расход фермента на реакцию на 25% меньше, чем у аналогичных ферментов NEB. Оба фермента обладают 3'-5' экзонуклеазной активностью. В результате амплификации получают ампликоны с тупыми концами.

Если вы планируете проводить сайт-направленный мутагенез - также выбирайте Q5 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?brand= )/ Q5 Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7570#item18845 ) ДНК-полимеразу.

В то же время, VentR ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/ventr_dnk-polimeraza/?brand= ) / Deep VentR ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/deep_ventr_dnk-polimeraza/?brand= ) ДНК-полимераза обладает в 5 раз более высокой точностью, чем у ДНК-полимеразы Taq, а также обладает 3'-5' экзонуклеазной активностью и оставляет после себя тупые концы.Такая термостабильная полимераза может использоваться для рутинных экспериментов, требующих более высокую точность, чем у Taq.

Если вам предстоит работать с образцами с высоким содержанием GC, в первую очередь стоит обратить внимание на Q5 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?brand= ) / Q5 Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?brand= ), OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/?brand= )/ OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/?brand= ) ДНК-полимеразы. Однако если предстоит амплификация очень длинных фрагментов, длиннее 20 000 нуклеотидов, которые к тому же GC-богатые, то можно рассмотреть возможность использования LongAmp ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_taq_dnk-polimeraza/?brand= ) / LongAmp Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_hot_start_taq_dnk-polimeraza/?brand= ).



В следующих 2-х частях нашего обзора по ДНК-полимеразам, читайте про другие важные для амплификации продукты!



SkyGen 16.02.2015 18:22
Как найти свою ДНК-полимеразу среди многообразия ферментов от New England Biolabs? (Часть 2)
Прикреплённое изображение

Мы продолжаем наш рассказ о ДНК-полимеразах от New England Biolabs.

Высокий выход экспериментам обеспечат Q5 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?brand= ) / Q5 Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7570#item18845 ), OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/?brand= ) / OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/?brand= ), Phusion ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hf_dnk-polimeraza/?brand= ) / Phusion Flex ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hot_start_flex_dnk-polimeraza/?brand= ).

Амплификация длинных фрагментов ДНК

Если перед вами стоит задача амплификации длинных фрагментов - хорошим выбором будут ДНК-полимеразы Q5 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/?brand= )/Q5 Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hot_start_hf_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7570#item18845 ), Phusion ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hf_dnk-polimeraza/#item18853 ) / Phusion Flex ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hot_start_flex_dnk-polimeraza/#item18863 ), подтвержденная длина амплификации - до 20 000 нуклеотидов. В то же время для амплификации ультра-длинных фрагментов - до 30 000 нуклеотидов, самым оптимальным решением будет LongAmp ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_taq_dnk-polimeraza/#item18772 ) / LongAmp Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_hot_start_taq_dnk-polimeraza/#item18861 ) ДНК-полимеразы.

С другой стороны - если длина ампликона меньше 6 000 нуклеотидов - можно остановить свой выбор на One Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/#item18821 )/One Taq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/#item18823 ) или Vent R ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/ventr_dnk-polimeraza/#item18680 )/Deep VentR ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/deep_ventr_dnk-polimeraza/#item18682 ), а при длине ампликона 5 000 нуклеотидов - на Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_buferom_thermopol_ii_ne_sodergit_mg/#item18770 )/Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/hot_start_taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_taq_buferom/#item18850 ). Однако для фрагмента Кленова Hemo KlenTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/fragment_klenova_hemo_klentaq/#item18786 ), EpiMark Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/epigenetika/epigeneticheskiy_analiz/epimark_hot_start_taq_dnk-polimeraza/#item18842 ) пределом будет являться 2 000 и 1 000 нуклеотидов соответственно.

Теперь давайте рассмотрим ДНК-полимеразы, которые используются для реализации ПЦР со специфическими задачами:


Мультиплексная ПЦР (ПЦР с использованием множества пар праймеров одновременно)


Если перед вами стоит задача успешно провести ПЦР с несколькими парами праймеров - наш совет, в первую очередь - использовать готовую смесь для мультиплескной ПЦР 5X ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/gotovye_nabory_master_mix/master_mix_dlya_multipleks-ptsr/?brand= ).

Кроме того, хорошие результаты для мультиплексной ПЦР показывает OneTaq® Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/ ) ДНК-полимераза.


Амплификация ДНК из образцов цельной крови человека и мыши


Фрагмент Кленова Hemo KlenTaq® ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/fragment_klenova_hemo_klentaq/#item18786 ) - ваш выбор, когда требуется проводить амплификацию с образцами цельной крови, так как именно этот фермент наименее восприимчив к ингибиторам, содержащимся в крови. Это аналог Taq полимеразы, которая была адаптирована для амплификации в одной реакционной смеси с образцами цельной крови. Будет успешно использоваться для образцов крови человека и мыши, при этом содержание крови может составлять до 20% (объем реакционной смеси 25 мкл) или до 30% (объем реакционной смеси 50 мкл).

Кроме использования образцов цельной крови, возможна амплификация с использованием образцов засохшей крови, а также для удлинения праймеров. Длина амплифицируемых участков не должна превышать 2 000 нуклеотидов. Полимераза вообще не обладает экзонуклеазной активностью. После амплификации оставляет на 3'-конце на один нуклеотид больше.

Количественная ПЦР (qПЦР)

При выборе ДНК-полимеразы для проведения количественной ПЦР - самым главным параметром будет являться наличие 5'→3' экзонуклеазной активности. Такой активностью обладают OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/?brand= ) / OneTaq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_hot_start_dnk-polimeraza/#item17576 ), Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_buferom_ne_sodergit_mg/#item18768 )/ Taq Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/hot_start_taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_taq_buferom/#item18850 ), LongAmp ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_taq_dnk-polimeraza/#item18772 )/ LongAmp Hot Start ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_hot_start_taq_dnk-polimeraza/#item18861 ) ДНК полимеразы. Соответственно, в зависимости от поставленной задачи по точности амплификации и длины амплифицируемого участка, можно остановиться как на Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_buferom_ne_sodergit_mg/#item18768 ) (или ДНК-полимеразе Taq с буфером, увеличивающим термостабильность ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_buferom_thermopol_ii_ne_sodergit_mg/#item18770 )), OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/?brand= ) (ее точность в два раза выше чем точность Taq) или на LongAmp ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_taq_dnk-polimeraza/#item18772 )(длина амплифицируемого участка может достигать 30 000 нуклеотидов.

Амплификация ДНК, модифицированной бисульфитом

С такой задачей превосходно справится EpiMark Hot Start Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/epigenetika/epigeneticheskiy_analiz/epimark_hot_start_taq_dnk-polimeraza/?sphrase_id=7556#item18841 ) ДНК-полимераза. В результате амплификации на 3'-конце остается один лишний аденозин.


ПЦР колоний клеток


Если Вам надо подтвердить наличие фрагмента ДНК в плазмиде, введенной в клетку, а также определить ориентацию введенного участка, то возможно провести ПЦР лизата клеток при помощи OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/#item18821 ) ДНК-полимеразы (альтернативной возможностью является LongAmp Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_taq_dnk-polimeraza/#item18772 )).
Полная амплификация генома отдельной клетки
В последнее время становится все более популярным и востребованным изучать геном отдельных клеток (особенно это актуально в эмбриологии) - для этого проводят полногеномную амплификацию ДНК отдельной клетки - и для этой задачи NEB выпустила на рынок набор для полной амплификации генома клетки Pico Plex ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_dlya_polnoy_amplifikatsii_genoma_kletki/?brand= ).

Заключение

Таким образом, компания New England Biolabs предоставляет возможность выбрать ДНК-полимеразу для решения практически любой задачи. Если вы все еще сомневаетесь, начните работу, используя OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/onetaq_dnk-polimeraza/#item18821 ) или Q5 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/#item17578 ) ДНК-полимеразу. А тем временем мы предоставим третью часть нашего обзора, где расскажем о ДНК-полимеразах от NEB, о которых мы не упомянули в данном тексте.



SkyGen 24.02.2015 11:51
Как найти свою ДНК-полимеразу среди многообразия ферментов от New England Biolabs? (Часть 3)

Прикреплённое изображение

Изотермальная амплификация

ПЦР в классическом понимании включает в себя повторяющийся цикл изменения температуры инкубации реакционной смеси. В то же время существуют другие методы сиквенс-специфичной амплификации ДНК.

Предложенный в 2000 г. метод изотермальной петлевой амплификации (LAMP) - новый, эффективной и относительно малозатратный метод, который может быть осуществлен в лабораториях, не имеющих сложного оборудования, или в поле.

LAMP позволяет амплифицировать целевые последовательности ДНК в изотермальных условиях. В этом случае нет необходимости применять амплификаторы, достаточно иметь нагревательный блок, для установки постоянной температуры 60-65°C. Используются 4-6 праймеров (прямых и обратных внутренних, прямых и обратных внешних), направленных на 6-8 различных комплементарных участков ДНК. Такой подход повышает специфичность амплификации.

Для проведения изотермальной амплификации могут быть использованы следующие ДНК-полимеразы от New England Biolabs: Bst 2.0 ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_dnk-polimeraza/?brand= ), [url=http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_warm_start_dnk-polimeraza/?brand=" >Bst 2.0 WarmStart® ДНК-полимераза[/url], полноразмерная Bst ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_dnk-polimeraza_polnorazmernaya/?brand= ), большой фрагмент Bst ДНК-полимеразы ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_dnk-polimeraza_bolshoy_fragment/?brand= ), фрагмент Кленова ДНК-полимеразы I (без 3' - 5' экзонуклеазной активности) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/fragment_klenova_dnk-polimerazy_i_net_3_-_5_ekzonukleaznoy_aktivnosti/?brand= ). Все они обладают хеликазной активностью, которая требуется для проведения амплификации при постоянной температуре. В то же время, NEB предлагает воспользоваться для изотермальной амплификации уникальным продуктом на рынке - <a href ="http://www.skygen.com/catalog/2_biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/universalnyy_nabor_isoamp_ii_dlya_termofilnoy_helikaza-zavisimoy_amplifikatsii_thda/?sphrase_id=8071#item23207]универсальным набором IsoAmp II для термофильной хеликаза-зависимой амплификации (tHDA)[/url].

Говоря о продуктах, используемых для проведения изотермальной амплификации, следует отметить также набор для полной амплификации генома клетки SingePlex ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_dlya_polnoy_amplifikatsii_genoma_kletki/?brand= ) от New England Biolabs.

Условия многих типов изотермальных экспериментов предусматривают повышенные температуры (> 50°C). ДНК-полимераза Bst заполняет нишу между термофильными и мезофильными полимеразами. Оптимум температуры порядка 60-65°C выше, чем у фрагмента Кленова ДНК-полимеразы I ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/fragment_klenova_dnk-polimerazy_i/?sphrase_id=8072#item17537 ) но ниже, чем у VentR ДНК-полимеразы ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/ventr_dnk-polimeraza/?brand= ). разброс оптимальных температур у различных ДНК-полимераз дает исследователям больше возможностей для оптимизации соотношения хеликазной активности и условий отжига праймеров. Повышенная температура обеспечивает севенирование в GC-богатых регионах.

Большой фрагмент полимеразы I Bacillus stearothermophilus (Bst ДНК-полимераза, большой фрагмент ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_dnk-polimeraza_bolshoy_fragment/?brand= )) очень долгое время оставался лучшим выбором для проведения изотермальной амплификации (оптимум рабочей температуры порядка 65°C).

Данный фермент был доработан и усовершенствован и появился под названием Bst 2.0 ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_dnk-polimeraza/?brand= ) -это in silico сконструированный гомолог большого фрагмента Bst ДНК-полимеразы.

Обе ДНК-полимеразы могут быть использованы для проведения изотермальной амплификации и для секвенирования ДНК. Bst 2.0 ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_dnk-polimeraza/?brand= ) характеризуется увеличением выхода амплификации, большую устойчивость к солям (до 120 mM одновалентной соли), больший диапазон температурного оптимума и увеличенную термостабильность (60–72°C) по сравнению с исходной ДНК-полимеразой. Также Bst 2.0 ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_dnk-polimeraza/?brand= ) упрощает вставку dUTP. В то же самое время Bst 2.0 ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_dnk-polimeraza/?brand= ) может обеспечить решение всех задач, для которых используется большой фрагмент Bst ДНК-полимеразы ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_dnk-polimeraza_bolshoy_fragment/?brand= ).

Для диагностических экспериментов, требующих высокую воспроизводимость, мы рекомендуем использовать [url=http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_warm_start_dnk-polimeraza/?brand=" >Bst 2.0 WarmStart® ДНК-полимеразу[/url].

WarmStart вариант обладает всеми качествами Bst 2.0 ДНК-полимеразы, с дополнительным преимуществом, аналогичным HotStart у обычных ДНК-полимераз. Так, фермент может проявлять нежелательную, не зависящую от матрицы активность при температуре ниже температуры амплификации и эта активность может значительно повлиять на эффективность и на воспроизводимость. Аптамер, входящий в состав [url=http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_warm_start_dnk-polimeraza/?brand=" >Bst 2.0 WarmStart® ДНК-полимеразы[/url], ингибирует активность при температуре ниже 50°C, поэтому реакционная смесь может быть приготовлена при комнатной температуре без опасности прохождения неспецифической реакции. Также в данном случае не требуется отдельный шаг для активации при проведении ПЦР.

Если 5'-3' экзонуклеазная активность более важна, чем хеликазная активность, мы можем предложить использовать полноразмерную Bst ДНК-полимеразу ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_dnk-polimeraza_polnorazmernaya/?brand= ).

Также NEB предлагает ряд ДНК-полимераз, которые сохраняют активность при пониженных температурах. Фрагмент Кленова ДНК-полимеразы I (без 3' - 5' экзонуклеазной активности) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/fragment_klenova_dnk-polimerazy_i_net_3_-_5_ekzonukleaznoy_aktivnosti/?brand= ) и большой фрагмент Bsu ДНК-полимеразы ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_dnk-polimeraza_polnorazmernaya/?brand= ), - оптимальный выбор для решения задач по проведению изотермальной амплификации при температуре 25&deg;C Bsu ДНК-полимераза сохраняет 50% от своей активности при 37&deg;C, что в свою очередь в два раза выше активности фрагмента Кленова ДНК-полимеразы I.

Кроме вышеперечисленного,большой фрагмент Bsu ДНК-полимеразы ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_dnk-polimeraza_polnorazmernaya/?brand= ) используется для случайного мечения праймеров, синтеза второй цепи кДНК, удлинения одного конца цепи при помощи dA и амплификации замещением цепей.

Особенно хочется отметить в нашем обзоре ДНК-полимеразу phi29 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phi29_dnk-polimeraza/?brand= ). Если задачи эксперимента требуют чрезвычайно высокую процессивность, наличие проверяющего экзонуклеазного домена, высокую точность и высокую хеликазную активность - тогда следует остановить свой выбор на этой полимеразе.

Термофильная хеликаза-зависимая амплификация (tHDA)

Термофильная хеликаза-зависимая амплификация (tHDA) - это новый метод изотермальной амплификации нуклеиновых кислот. Так как же при ПЦР, с помощью метода tHDA селективно амплифицируют регион последовательности ДНК, ограниченный парой праймеров. Тем не менее, в отличие от ПЦР, для разделения двуцепочечной ДНК используется фермент с хеликазной активностью вместо нагревания. Это позволяет амплифицировать ДНК без циклической программы нагревания. Такой метод может быть объединен с реакцией обратной транскрипцией при анализе РНК.

[url=http://www.skygen.com/catalog/2_biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/universalnyy_nabor_isoamp_ii_dlya_termofilnoy_helikaza-zavisimoy_amplifikatsii_thda/?sphrase_id=7896#item23207" >Универсальный набор IsoAmp II для термофильной хеликаза-зависимой амплификации (tHDA[/url] используется для амплификации и детекции коротких последовательностей ДНК (70-120 п.о.) при постоянной температуре. Набор может быть использован с различными матрицами, включая геномную ДНК микробов, вирусную ДНК, плазмидную ДНК и кДНК. После оптимизации состава праймеров и буферного раствора, при помощи tHDA может быть амплифицирована, и далее обнаружена при помощи электрофореза в агарозе, даже одиночная копия ДНК. Универсальный набор IsoAmp II для термофильной хеликаза-зависимой амплификации позволяет проводить различные типы ПЦР с использованием единого реакционного буфера.

Срок использования набора составляет 6 месяцев при хранении при -20&deg;C и дольше при хранении при 80&deg;C.

Восстановление и амплификация поврежденных образцов ДНК


Иногда для проведения экспериментов приходится использовать образцы поврежденной ДНК. Улучшить качество образцов перед амплификацией, поможет набор PreCR для репарации ДНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/fermenty_dlya_reparatsii_dnk/nabor_precr_dlya_reparatsii_dnk/?sphrase_id=8070#item18755 ). Этот набор поможет восстановить целостность ДНК и исправить такие повреждения как: фрагментация (гидролиз, действие нуклеаз), сшивки между ДНК и протеинами (действие формальдегида), деаминированные цитозины (гидролиз), окисление пиримидинов, окисление гуанина, блокированные 3'-концы, димеры тимидинов (ультрафиолетовая радиация), выщепление одиночных нуклеотидов из последовательности и т.д.

С другой стороны, даже поврежденные образцы ДНК можно амплифицировать, если воспользоваться специально предназначенной для этого Sulfolobus ДНК-полимеразой IV ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/sulfolobus_dnk-polimeraza_iv/?brand= ). Эта полимераза с успехом подходит как для устранения повреждений ДНК, так и для амплификации через поврежденные участки.

Включение в цепь ДНК нестандартных нуклеотидов

C использованием Therminator ДНК-полимеразы ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/therminator_dnk-polimeraza/?brand= ) возможно решить следующие задачи:
1. провести секвенирование ДНК при частичном замещении на рибонуклеотиды;
2. провести секвенирование (а также анализ SNP) при помощи дидезоксинуклеотидов;
3. провести секвенирование (а также анализ SNP) при помощи нуклеотидов, модифицированных ацильными остатками;

Следует, однако, обратить внимание на то, что при амплификации протяженных участков вам потребуется пристально отнестись к оптимизации условий реакции.

ДНК-полимеразы VentR и Deep VentR ДНК-полимераза

VentR ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/ventr_dnk-polimeraza/?brand= ) - это высокоточная термостабильная полимераза. Точность ее в 5-15 раз выше чем у Taq, что является результатом 3'→5' экзонуклеазной активности. При этом более чем 90% фермента остаются активными после инкубации в течение 1 часа при 95°C.

Deep VentR ДНК-полимераза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/deep_ventr_dnk-polimeraza/?brand= ) - это вторая высокоточная полимераза от компании New England Biolabs. Характеризуется еще больше термостабильностью, чем ДНК-полимераза VentR при температуре 95-100°C.

VentR ДНК-полимераза (без экзонуклеазной активности) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/ventr_dnk-polimeraza_net_ekzonukleaznoy_aktivnosti/?brand= ) получена путем удаления 3´→ 5´ экзонуклеазного домена в составе ДНК-полимеразы VentR ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/ventr_dnk-polimeraza/?brand= ). Такой вариант предпочтителен для использования в высокотемпературных реакциях секвенирования с использованием дидезоксинуклеотидов, и для реакции удлинения праймеров. Точность полимеразы ниже, чем у оригинального фермента, и в 2 раза выше, чем у Taq.

Deep VentR ДНК-полимераза (нет экзонуклеазной активности) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/deep_ventr_dnk-polimeraza_net_ekzonukleaznoy_aktivnosti/?brand= ) - это результат модификации ДНК-полимеразы Deep VentR, не обладает 3´→ 5´ экзонуклеазной активностью. Фермент чрезвычайно термостабилен, сохраняя до 50% активности после инкубации в течение 23 ч при 95°C и 8 ч при 100°C.

VentR ДНК-полимераза (без экзонуклеазной активности) и Deep VentR ДНК-полимераза (без экзонуклеазной активности) могут применяться для удлинения праймеров и для секвенирования при температуре 72°C.

Мы надеемся, что представленный обзор будет полезен в ежедневной работе, поможет внедрить результаты новых разработок NEB и улучшить качество ПЦР-экспериментов!



SkyGen 24.02.2015 12:12
Реактивы для секвенирования по Сэнгеру и многое другое от компании Nimagen
Прикреплённое изображение
Мы хотим еще раз обратить ваше внимание на аналоги реактивов для секвенирования на платформе ABI Genetic Analyzer, от компании Nimagen. Данные реактивы, которые позволят сэкономить значительные средства при проведении Ваших экспериментов.

Теперь, при работе на платформах ABI Genetic Analyzers 3100, 3130, 3130XL, 3500, 3500XL, 3730 &amp; 3730XL, воспользуйтесь наборами для проведения терминирующей реакции ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/nabory_reagentov_dlya_sekvenirovaniya/ ), полимерами и буферными растворами ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/polimery/ ), а также нашими новинками для улучшения качества результатов - раствором для очистки капилляров ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/ochistka_kapillyarov/ ), наборами для очистки реакционной смеси ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/ochistka_reaktsionnoy_smesi_posle_sekvenirovaniya/ ) после реакции секвенирования, стандартами ДНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/standarty/ ), добавками для улучшения секвенирования GC-богатых и сложных образцов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/dobavki_dlya_uluchsheniya_kachestva_sekvenirovaniya/ ).

Если вы планируете проведение экспериментов секвенирования по Сэнгеру, то ваша работа будет разделена не несколько этапов, на каждом из которых мы сейчас коротко остановимся, и расскажем, какие продукты потребуются для реализации каждого шага.

Платформы, на которых работают сегодня большинство исследователей, для проведения секвенирования по Сэнгеру: ABI Genetic Analyzers 310, 3100, 3130, 3130XL, 3500, 3500XL, 3730 &amp; 3730XL. Данные приборы отличаются друг от друга прежде всего количеством капилляров, и следовательно производительностью.

Выделение исследуемого образца ДНК

На первом этапе необходимо выделить образец ДНК из вашего образца и очистить его. На данном этапе мы рекомендуем воспользоваться колоночным выделением от Bioline ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/bioline/catalog/ ), или другим методом, который успешно зарекомендовал себя в ваших руках.

Реакция терминируюшего секвенирования с использованием BrightDye

После проверки качества очистки и оценки количества выделенной ДНК, можно приступить к реакции терминирующего секвенирования: введения флуоресцентной метки в фрагменты ДНК разной длины, которые будут далее анализироваться на одной из платформ. Фрагменты разной длины образуются благодаря обрыву цепи по время ПЦР, который происходит во время встраивания флуоресцентно меченых дидезоксинуклеотидов. Проведение данного этапа, для дальнейшего исследования на всех платформах (ABI 310, 31xx, 3500 и 3730 ) успешно обеспечивается наборами для проведения терминирующей реакции BrightDye ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/nabory_reagentov_dlya_sekvenirovaniya/ ). Набор реактивов состоит из готовой смеси для секвенирования BrightDye и буфера для секвенирования.

В готовую смесь для проведения терминирующего секвенирования достаточно добавить образец ДНК для секвенирования и праймеры согласно протоколу (прикреплен к данному обзору). Набор реактивов полностью аналогичен реактивам Bigdye 3.1, и позволяет получить аналогичные результаты, что подтверждено ведущими лабораториями Москвы и Новосибирска.

На рисунках 1 и 2 представлены результаты проведения секвенирования с использованием BrigthDye и Bigdye в сравнении. Результаты любезно предоставлены исследователями из Института цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск.

Прикреплённое изображение
Рис.1. Сравнение секвенирования с использованием BrightDye (A), Bigdye (Б), в 35 мкл реакционной смеси добавляли 4 мкл готовой смеси для секвенирования, количество образца ДНК (pGEM ) - 300 fmole, количество праймера - 8 pmole.

Прикреплённое изображение
Рис.2. Сравнение секвенирования с использованием BrightDye (A), Bigdye (Б), в 35 мкл реакционной смеси добавляли 2 мкл готовой смеси для секвенирования, количество образца ДНК (pGEM ) - 300 fmole, количество праймера - 8 pmole.

Из рисунков видно, что реактивы дают аналогичные результаты, причем при разбавлении аликвоты готовой смеси для секвенирования в 2 раза, качество полученных результатов не страдает.

Многократное разбавление готовых смесей для секвенирования

Ни для кого из нас не секрет, что даже при разбавлении готовой смеси для секвенирования многократно по сравнению с рекомендуемым протоколом, возможно проведение удачной реакции секвенирования. Мы предлагаем дополнительно приобрести буфер для секвенирования, для этих целей: буфер для секвенирования BrightDye/Bigdye ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/bufer_dlya_reaktsii_sekvenirovaniya/ ) (может использоваться для постановки реакции как с BrightDye так и с Bigdye), буфер для секвенирования BrightDye ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/bufer_dlya_reaktsii_sekvenirovaniya/ )(специально разработан для использования совместно с BrighDye).

Специальные добавки для улучшения качества реакции секвенирования

Специально для сложных образцов ДНК мы предлагаем воспользоваться нашей новинкой - добавкой к BigDye 3.1 для оптимизации секвенирования сложных образцов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/dobavki_dlya_uluchsheniya_kachestva_sekvenirovaniya/ ).
Также, мы рекомендуем другую нашу новинку:буфер для оптимизации работы BigDye 3.1 X64 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/dobavki_dlya_uluchsheniya_kachestva_sekvenirovaniya/ ): он имеет ионную силу, аналогичную ионной силе BigDye 3.1 и 1.1. Данная добавка (с разбавлением в 64 раза) увеличивает активность полимеризации и скорость полимеризации в 4 раза. Улучшает соотношение высоты пиков в результатах секвенирования.

Очистка реакционной смеси после реакции с терминирующими дидезоксинуклеотидами

После проведения реакции с терминирующими дидезоксинуклеотидами, очень важно правильно провести очистку, перед проведением анализа образца на платформе ABI. Из нашего опыта общения с клиентами хочется акцентировать внимание на этом этапе - грамотная очистка образца поможет избежать многих проблем и обеспечит вас хорошими результатами. Мы предлагаем 2 варианта очистки, каждый из которых протестирован для очистки перед секвенированием по Сэнгеру.

Набор для очистки реакционной смеси D-Pure Dye ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/ochistka_reaktsionnoy_smesi_posle_sekvenirovaniya/?brand= ) специально был разработан для данного этапа проведения секвенирования. При очистке используются магнитные частицы, и позволит очистить образец ДНК без этапа центрифугирования и фильтрации. Каждый компонент был оптимизирован для удаления солей и не использованных в реакции полимеризации дидезоксинуклеотидов.

В качестве альтернативы мы хотим предложить набор для энзиматической очистки ПЦР-смеси, который также специально предназначен для очистки перед проведением секвенирования - это [url=] набор ферментов для быстрой очистки реакционной ПЦР реакции [/url=http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/nukleazy/fermenty_dlya_bystroy_ochistki_reaktsionnoy_ptsr_reaktsii/] от New England Biolabs. Входящие в состав смеси ферменты - экзонуклеаза I и щелочная фосфатаза обеспечивают недорогую очистку ПЦР-смеси за 15 минут. Набор специально предназначен для исследователей, которые хотят отойти от традиционной очистки при помощи колонок, экстракции и осаждения.

Если вы привыкли использовать для очистки AMPure XP, Agencourt Beckman, и не хотите менять методику очистки - мы можем предложить уменьшить стоимость очистки, не меняя протокола при помощи набора для очистки ПЦР-реакции AmpliClean ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/ochistka_reaktsionnoy_smesi_posle_sekvenirovaniya/ )

Полимеры для секвенирования на различных платформах и буферные растворы для электрофореза

Для проведения непосредственно капиллярного электрофореза вам потребуется заполнить капилляры вашего приборы полимером определенного типа. Между собой полимеры отличаются процентным содержанием диметилакриламида. Например, мы предлагаем полимерные денатурирующие разделительные матрицы (полимеры) для всех актуальных платформ ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/polimery/?brand= ): NanoPOP 4 для 3130, NanoPOP 4 для 310/3100, NanoPOP 6 для 3130, NanoPOP 6 для 310/3100, NanoPOP 7 для 3130, NanoPOP 7 для 3500, NanoPOP 7 для 3730.
Буферные растворы представлены буферами с ЭДТА CE10X, с ЭДТА NanoPOP 10X, NanoPOP 1X, ЭДТА CE10X для 3500.
Все полимеры являются полными аналогами полимеров серии POP, и были протестированы ведущими научными центрами Москвы и Новосибирска (данные не представлены). Отдельно отмечалось, что полимеры серии NanoPOP позволяют разделять пики в составе гомополимеров после 900 п.о. Пользователи имеют возможность начать использовать новый полимер для своего анализатора, не меняя существующий рабочий модуль и с использованием стандартного протокола и методики. Нет необходимости в новой спектральной калибровке приборов.

Вы можете использовать новую матрицу для улучшения пропускной способности и разрешения Вашего 3100 Genetic Analyzer, не затрачивая средств на изменение других параметров анализатора.

Весь перечень доступных полимеров и буферных растворов для электрофореза с ценами можно посмотреть здесь ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/polimery/?brand= ).

Очистка капилляров

Мы рады также представить средство для очистки капилляров Care ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/ochistka_kapillyarov/ ), который помогут вас увеличить срок службы капилляров и улучшить качество получаемых результатов. Раствор для регенерации внутренней поверхности капилляров был успешно использован с ABI 310, 3100, 3130Xl и 3730XL.

Кроме перечисленных выше реактивов, доступны также стандарты длин ДНК (красный, оранжевый, двойной) и раствор формамида (для 3730, 3130, 3100, 310).

Мы искренне надеемся, что информация, которую мы сегодня представили вашему вниманию будет полезна и позволит удешевить, убыстрить и упростить проведение ежедневной работы в лаборатории.



SkyGen 24.02.2015 12:23
Буферы от New England Biolabs: инструкция к действию

Прикреплённое изображение

В сегодняшнем обзоре мы постараемся помочь Вам ориентироваться огромном разнообразии буферных растворов, и как наиболее эффективно и умно использовать возможности, которые нам дарят последние разработки в области оптимизации постановки реакций.

Все мы пользуемся буферными растворами каждый день, при постановке реакций со всеми типами ферментов. Мы понимаем, что раствор, содержащий определенные вещества и ионы, а также обладающий определенным значением рН создает идеальные условия для работы нашего фермента. Периодически, производители заменяют цифру после названия нашего буфера, с 1 на 2 или с 3 на 5. Мы принимаем эти изменения, и пытаемся не перепутать пробирку, когда ставим следующий эксперимент. Однако, за этими маленькими изменениями, стоит огромная и кропотливая работа исследователей, в том числе и компании New England Biolabs, которые постепенно стараются сделать нашу ежедневную работу проще.

Прежде всего, давайте остановимся на тех случаях, когда к одному ферменту предлагается на выбор несколько типов буферных растворов. Все поставляемые ферменты прибывают к потребителю вместе с буферным раствором, и как правило, тип буфера выбирается уже на момент заказа.

Буферные растворы для Taq ДНК-полимеразы

NEB предлагает три различных буферных раствора для использования с Taq ДНК-полимеразой. Каждый из них может поставляться как с Mg2+, так и без.

Это стандартный Taq буферный раствор: не содержит детергенты и создан для того, чтобы подходить для всех существующих протоколов. Поставляется с ДНК-полимеразой со стандартным буфером и ДНК-полимеразой со стандартным буфером (без Mg2+).

Другой разновидностью буфера является ThermoPol® ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/bufery_dlya_dnk-polimeraz/bufer_thermopol_dlya_termofilnyh_polimeraz/ ), который был создан для оптимизации выхода и специфичности ДНК-полимераз.

Поставляется с ДНК-полимеразой Taq с буфером ThermoPol™ ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_taq_buferom/ ) и ДНК-полимеразой Taq с ThermoPol™ II (без Mg2+) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_buferom_thermopol_ii_ne_sodergit_mg/ ).

И наконец, предлагается специальный буферный раствор ThermoPol (свободный от детергентов) для специальных задач.
Все данные буферные растворы могут также быть использованы и с некоторыми другими термофильными ДНК-полимеразами.

Буферные растворы для использования с OneTaq ДНК-полимеразой

Для образцов с различным содержанием GС, предлагается использовать различные буферные растворы.
Для образцов с <50% GC рекомендуется стандартный буферный раствор OneTaq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/bufery_dlya_dnk-polimeraz/bufer_dlya_onetaq_dnk-polimerazy/ ). При 50–65% GC также рекомендуется стандартный OneTaq буферный раствор. Однако при сложных ампликонах возможно использовать буферный раствор OneTaq для GC-богатых ампликонов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/bufery_dlya_dnk-polimeraz/bufer_dlya_onetaq_dnk-polimerazy/ ). В случае, если >65% GC, рекомендуется OneTaq для GC-богатых ампликонов, с добавкой 10–20% OneTaq Enhancer для образцов с высоким содержанием GС .

Основные буферные растворы для эндонуклеаз рестрикции от New England Biolabs

К каждой эндонуклеазе рестрикции поставляется один из 4 буферных растворов, помеченный каждый своим цветом, чтобы обеспечить максимальную активность фермента. Случается, что некоторые ферменты требуют специфические условия, в таком случае поставляется специальный буфер. В таблице ( https://www.neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/nebuffer-performance-chart-with-restriction-enzymes ) вы сможете найти, какой буфер и при какой температуре будет находиться в оптимальных условиях.

Для удобства пользователей, БСА был включен во все буферные растворы от NEB для рестриктаз, и не требует дополнительного добавления.

Вот здесь ( https://www.neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/nebuffer-comparison-chart ) представлено сравнение химического состава основных буферных растворов от New England Biolabs. Это NEBuffer 1 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_1_geltyy/ ), NEBuffer 1.1 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_11/ ), NEBBuffer 2 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_2_siniy/ ), NEBBuffer 2.1 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_21/ ), NEBBuffer 3 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_3_krasnyy/ ), NEBBuffer 3.1 ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_31/ ) и CutSmart Buffer ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_cutsmart/ ).

Как видно, использование ограниченного числа буферных растворов позволяет экономить время, и проводить разрезание образца ДНК несколькими рестриктазами не последовательно, теряя время на очистку продуктов, а в одной реакционной смеси. Вот тут ( https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools/double-digest-finder ) представлен удобный инструмент, каким образом подобрать рестриктазы, чтобы они были совместимы в одном буферном растворе.

В то же время, можно упросить задачу подборки ферментов, если помнить, что все высокоточные (HF) рестриктазы активны в одном буферном растворе CutSmart.

[/b]Активность эндонуклеаз рестрикции в реакционных растворах ДНК-полимераз [/b]

Q5® ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/q5_hf_dnk-polimeraza/ ), Taq ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_buferom_ne_sodergit_mg/ ) и Phusion ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hf_dnk-polimeraza/ )[/b]
Часто случается, что ПЦР-продукт после амплификации должен подвергнуться действию эндонуклеаз рестрикции. Для удобства пользователей, на сегодняшний день существует возможность разрезать образец ДНК при помощи эндонуклеаз рестрикции сразу после ПЦР реакции, без очистки реакционной смеси. В таблице ( https://www.neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/activity-of-restriction-enzymes-in-a-q5-taq-or-phusion-pcr-mix ) представлена степень активности (в процентах) эндонуклеаз в ПЦР реакционных смесях.

Например, высокоточная рестриктаза BamHI-HF® ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/high_fidelity_hf_fermenty_restriktsii/bamhi-hf/#item19573 ) на 100% активна в ПЦР-смеси полимеразы Taq (как в стандартном буфере ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_so_standartnym_taq_buferom/ ), так и в буфере Thermopol ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/taq_dnk-polimeraza_s_buferom_thermopol/ )). Но при этом неактивна в буфере
полимеразы Phusion ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/phusion_hf_dnk-polimeraza/ ), и на 50% активна в буфере полимеразы LongAmp ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/longamp_taq_dnk-polimeraza/ ).
При составлении данной таблицы, 5 е.а. рестриктазы инкубировали в течение 1 часа при оптимальной температуре, в ПЦР-смеси, содержащей 1 мкг ДНК и 1 е.а. ДНК-полимеразы в 50 мкл реакционной смеси с концентрацией соответствующего буферного раствора 1X, и добавленными dNTPs (200 µM). Активность ферментов проверяли при помощи электрофореза.
Следует, однако, иметь в виду, что полимераза остается активной и может изменять концы фрагментов ДНК после их разрезания, вызывая последующее лигирование. Праймеры, содержащие сайты узнавания могут ингибировать процесс разрезания, а использование рестриктаз в условиях не абсолютно оптимальных может вызвать увеличение звездчатой активности. Если наблюдались серьезные отклонения результатов, рекомендуется очистить ДНК. Также, в некоторых случаях добавление х1 буферного раствора самой рестриктазы позволяет зачастую улучить качество результатов.

CutSmart буфер

Как уже было упомянуто выше, в ряду буферных растворов для рестриктаз от NEB появился буфер CutSmart ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_cutsmart/#item22951 ), позволяющий проводить реакции со всеми HF ферментами в одном растворе. Более чем 200 рестриктаз сегодня на 100% активны в данном буферном растворе. Также множесто ДНК-модифицирующих ферментов на 100% активны в данном буфере, и таким образом, избавляют от дополнительного этапа очистки при комбинировании реакций.

Активность ДНК-модифицирующих ферментов в CutSmart буферном растворе

В таблице ( https://www.neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/activity-of-dna-modifying-enzymes-in-cutsmart-buffer ) показана активность таких ферментов в CutSmart буферном растворе. Таким образом, видно, что щелочная фосфатаза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/fosfatazy/shchelochnaya_fosfataza/#item18728 ), Т4 ДНК-лигаза ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/ligazy/t4_dnk-ligaza/#item18608 ), Т4 полинуклеотидкиназа ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/kinazy/t4_polinukleotidkinaza/#item18606 ) и многие другие прекрасно комбинируются с [url=http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/neb-bufery/neb-bufer_cutsmart/#item22951] СutSmart буфером. /url].

Буферы для разбавления рестриктаз перед их использованием в реакции

Специально для разбавления рестриктаз перед использованием их в реакции, представлены буферы для разбавления A, B и C ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/bufery_dlya_razvedeniya/ ). Мы рекомендуем разбавлять ферменты непосредственно перед использованием, до концентрации по крайней мере 1,000 е.а./мл. Таблица соответствия буферов для разбавления рестриктазам представлена здесь ( https://www.neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/restriction-enzyme-diluent-buffer-compatibility ). Следует иметь в виду, что при комбинации разрезания с термофильными полимеразами следует использовать другие растворы для разбавления.



SkyGen 24.02.2015 12:50
Очистка нуклеиновых кислот: многообразие методов и подходов

Прикреплённое изображение

На сегодняшний день, множество решений для очистки и выделения ДНК представлены на рынке, какой из методов выбрать - это решение, которое принимает каждый индивидуальный исследователь. Методы отличаются друг от друга сферой применения, подходом, задачей, и конечно же ценой. Иногда, исследователям удобнее использовать метод, который для них более привычен, однако следует принять во внимание, что каждый день появляются все более прогрессивные новинки, которые могут существенно помочь и ускорить все процессы в лаборатории.
Сегодня мы постараемся систематизировать наиболее распространенные методы выделения и очистки РНК и ДНК, и рассказать в целом для чего он могут применяться, и, конечно же, предложить отдельные конкретные продукты, которые вы сможете начать использовать уже в ближайшие недели!
В наступившем году, мы приняли решение расширить ассортимент продуктов для выделения и очистки нуклеиновых кислот, для того чтобы помочь нашим клиентам в их ежедневной работе.
До сегодняшнего дня мы предлагали лишь решения по колоночному выделению: наборы для выделения геномной ДНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_genomnoy_dnk/ ), ДНК из образцов крови ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_dnk_iz_krovi/ ), плазмидной ДНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_plazmidnoy_dnk/ ), ДНК из агарозного геля и из ПЦР продуктов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_dnk_iz_produktov_ptsr_i_agaroznogo_gelya/ ).
На сегодняшний день, множество решений для очистки и выделения ДНК представлены на рынке, какой из методов выбрать - это решение, которое принимает каждый индивидуальный исследователь. Методы отличаются друг от друга сферой применения, подходом, задачей, и конечно же ценой. Иногда, исследователям удобнее использовать метод, который для них более привычен, однако следует принять во внимание, что каждый день появляются все более прогрессивные новинки, которые могут существенно помочь и ускорить все процессы в лаборатории.
Сегодня мы постараемся систематизировать и объяснить наиболее распространенные методы выделения и очистки РНК и ДНК, и рассказать в целом для чего он могут применяться, и, конечно же, предложить отдельные конкретные продукты, которые вы сможете начать использовать уже в ближайшие недели!

Колоночное выделение

Метод колоночного выделения использует способность ДНК и РНК адгезироваться к поверхности материала silica в присутствии хаотропных ионов, и легко смываться в их отсутствии. Данный метод пришел из органической химии, где на первых этапах набивались стеклянные колонки различными материалами, в том числе silica, потом ДНК и РНК смывались, и далее колонка разбиралась и набивалась заново. Чтобы исключить эти трудоемкие этапы, было предложено использовать одноразовые пластиковые колонки, уже с прослойкой silica-мембраны, которые идеально подходят по размеру к обычным пробиркам эппендорф на 1,5 и 2 мл.
Таким образом, приобретая набор для колоночного выделения - вы получаете определенное количество готовых колонок, в них вы добавляете ваш образец, откуда будет происходить выделение ДНК/РНК, в специальном буфере, в условиях которого будет происходить связывание ДНК/РНК c поверхностью мембраны, вставляете пробирку, куда будет собираться свободная от ДНК/РНК жидкость, и центрифугируете. Далее, мембрана промывается - чтобы удалить все ненужные примеси и вещества. После этого, добавляется буфер для смывки нуклеиновых кислот, которые смываются во время центрифугирования в специально подготовленную пробирку. Казалось бы, процесс достаточно прост, почему же существует такое разнообразие наборов для выделения? В том числе и наборы для колоночного выделения ISOLATE II ( http://www.skygen.com/proizvoditeli/reaktivy/bioline/catalog/ ). Основные различия происходят на этапе подготовки образца, содержащего нуклеиновые кислоты. Иногда проведения лизиса не требуется (в случае наборов для выделения ДНК из ПЦР продуктов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_dnk_iz_produktov_ptsr_i_agaroznogo_gelya/ )), но требуется экстракция (как в случае выделения из агарозного геля ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_dnk_iz_produktov_ptsr_i_agaroznogo_gelya/ )). Требуется лизис бактерий ( набор для выделения плазмидной ДНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_plazmidnoy_dnk/ )), лизис тканей ( набор для выделения геномной ДНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_genomnoy_dnk/ )). В случае выделения ДНК из крови, существует как протокол выделения ДНК из клеток крови, так и из сыворотки (например, если требуется идентифицировать ДНК вирусов), все это обеспечивает набор для выделения ДНК из крови ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/kolonochnoe_vydelenie_i_ochistka_dnk/nabory_dlya_vydeleniya_dnk_iz_krovi/ ). Выделение ДНК из крови может быть осложнено добавками к образцам крови различных реактивов для консервации крови, для чего компания Bioline разработала специальные решения.

Энзиматическая очистка ПЦР-продуктов

Несмотря на то, что колоночное выделение - хорошее решение для получения чистых ДНК и РНК, но иногда нужно более дешевое и быстрое решение для специальных нужд. Поэтому, компанией New England Biolabs было предложено новое решение для очистки ПЦР реакции ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/nukleazy/fermenty_dlya_bystroy_ochistki_reaktsionnoy_ptsr_reaktsii/ )при помощи смеси энзимов. Смесь щелочной фосфатазы и эндонуклеазы VIII удаляет все dNTPи непрореагировавшие праймеры, и, если ДНК/РНК, поступившая в ПЦР реакцию не была загрязнена другими примесями, через 15 минут вы получаете готовый образец для дальнейшего использования для секвенирования по Сэнгеру или NGS или для любого другого назначения, без проведения каких-либо других этапов. Быстрый протокол (время проведения очистки в два раза меньше других аналогов на рынке) низкая стоимость одного выделения, подкрепленные традиционным качеством всех продуктов от New England Biolabs позволят этому набору завоевать сердца множества исследователей.

Очистка ДНК при помощи магнитных частиц

Одним из самых прогрессивных и наиболее совершенных методов очистки ДНК, существующих на сегодняшний день, является очистка ДНК при помощи магнитных частиц. Все чрезвычайно просто - в образец добавляется взвесь магнитных частиц, ДНК адгезируется к ним, потому пробирка ставится в магнитный штатив, магнитные частицы собираются на стенке пробирки, супернатант собирается и удаляется. Потом для промывки частицы ресуспензируются, опять собираются на стенке. На последнем этапе ДНК смывается с магнитных частиц, частицы собираются на стенке, а чистый раствор ДНК отбирается для дальнейших исследований. Мы предлагаем набор Ampliclean для очистки ПЦР-продуктов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/ochistka_reaktsionnoy_smesi_posle_sekvenirovaniya/ )и набор для очистки реакционной смеси D-Pure Dye Terminator ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/nimagen/ochistka_reaktsionnoy_smesi_posle_sekvenirovaniya/ ) (специально для использования перед секвенированием по Сэнгеру). Плюсы очевидны: ультра чистота продукта, быстрота, простота. Из минусов мы должны отметить более высокую цену в пересчете на реакцию, а также отсутствие других реагентов, если выделение происходит непосредственно из ткани, образца крови или бактериальной культуры.
Так как для проведения очистки на магнитных частица вам понадобятся специальные штативы, содержащие встроенные магниты, например штативы для микропробирок объемом 1.5 мл для магнитного разделения ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/ekspressiya_i_ochistka_belkov/magnitnye_nositeli_i_shtativy/ )и штатив для 96-луночного планшета для магнитного разделения ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/ekspressiya_i_ochistka_belkov/magnitnye_nositeli_i_shtativy/shtativ_dlya_96-lunochnogo_plansheta_dlya_magnitnogo_razdeleniya/ )от New England Biolabs.

Специальные предложения от New England Biolabs для очистки РНК, обогащения мРНК и избавления от рибосомальной РНК

Специально для всех, кто выделяет РНК перед проведением реакции обратной транскрипции, чтобы далее проводить секвенирование или оценку при помощи реал-тайм или классической ПЦР - New England Biolabs предлагает набор для выделения РНК при помощи магнитных частиц, из клеточных культур и тканей, без использования органических реагентов и фенола - набор для магнитной экстракции мРНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_raboty_s_rnk/vydelenie_i_detektsiya_rnk/nabor_dlya_magnitnoy_ekstraktsii_mrnk/ )а также набор PolyA Spin для экстракции мРНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_raboty_s_rnk/vydelenie_i_detektsiya_rnk/nabor_polya_spin_dlya_ekstraktsii_mrnk/ )из образцов общей РНК при помощи аффинной хроматографии.
В то же время - специально чтобы увеличить эффективность секвенирования образцов РНК, мы рады представить набор NEBNext для избавления от рибосомальной РНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_sekvenirovaniya_sleduyushchego_pokoleniya/reaktivy_dlya_sozdaniya_bibliotek_rnk/nabor_nebnext_dlya_izbavleniya_ot_ribosomalnoy_rnk_rnk_cheloveka_myshey_krys/ )от New England Biolabs.

Выделение ДНК и двуцепоченой РНК при помощи соосаждения

Другой вариацией использования силика-материалов для очистки нуклеиновых кислот является SureClean Plus ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/vydelenie_i_ochistka_nukleinovyh_kislot/reaktiv_sureclean_plus_dlya_ochistki_nukleinovyh_kislot_osagdeniem/ )для очистки нуклеиновых кислот, представленный компанией Bioline. Чрезвычайно простой и быстрый протокол позволит вам сэкономить время и деньги, а возможность дополнительно использовать розовый краситель упростит визуализацию осадка.
Фракционное разделение РНК, ДНК и протеинов при помощи экстракции
Если начальным образцом вам служит ткань, клетки или культура, из которой требуется отдельно получить ДНК, РНК протеины - то классической реактив TRIsure ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/vydelenie_i_ochistka_nukleinovyh_kislot/reaktiv_trisure_dlya_fraktsionnogo_razdeleniya_nukleinovyh_kislot_i_proteinov/ )для фракционного разделения нуклеиновых кислот и протеинов от Bioline - ваш выбор!

Выделение ДНК при помощи лизиса при нагревании в присутствии полимерных материалов

Мы не можем обойти вниманием очень интересной решение от Nimagen: реактив GenePurgeDirect для выделения ДНК и РНК, для проведения протокола выделения ДНК и РНК из крови, бактериальных культур, тканей в парафине, образцов биопсии, хвостов мышей, растений и инфекционных агентов (например MTB, HIV) вам потребуется амплификатор или микроволновая печь.
GenePurgeDirect® состоит из полимерных материалов, которые обеспечивают быстрое извлечение нуклеиновых кислот из клеток в форме, которую можно использовать для ПЦР. Ингибиторы ПЦР, высвобождающие во время лизиса и другие вещества, которые могут принять участие в реакции ПЦР, сегрегируются с полимерным материалом, и супернатант, содержащий нуклеинвые кислоты, может быть использован напрямую для ПЦР. Протокол выделения занимает до 10 минут.

Заключение

Чтобы не запутаться среди большого разнообразия продуктов на рынке, хочется посоветовать две важных вещи, которые следует принять во внимание: имейте в виду, что стоимость следует оценивать исходя из цены в пересчете на одну вашу реакцию (с вашим объемом реагента), и что чем больше содержится количества реакций/объема в упаковке, тем дешевле выйдет одна очистка. Мы надеемся, что информация в нашем обзоре поможет удачно выбрать реактив для очистки и оптимизировать исследования.



SkyGen 24.02.2015 14:10
Расширение линейки продуктов от английской компании Bioline

Прикреплённое изображение

Мы с удовольствием сообщаем, что в Новый 2015 год компания СкайДжин входит с новыми продуктами для Вашей лаборатории!
В первом квартале 2015 мы планируем обеспечить Вашу лабораторию реактивами для реал-тайм ПЦР с красителем SYBR Green по крайне доступным ценам. При этом вы сможете использовать Ваш ПЦР-амплификатор любой модели, и проводить любые требуемые вариации экспериментов. Реакцию возможно провести как с использованием референсного красителя ROX, так и без, в то же время возможно проводить эксперимент как с использованием зондов, так и без. Вы сможете использовать в качестве стартового материала как ДНК так и РНК. При этом новейшие технологии позволяют провести реакцию обратной транскрипции РНК и реал-тайм ПЦР кДНК в один этап.
Одновременно, мы расширяем линейку наборов для колоночного выделения и очистки ДНК, РНК и протеинов.
Количественная ПЦР - одно из самых мощных и чувствительных методик для анализа генов, доступных на сегодняшний день. Этот метод принят на вооружение практически во всех лабораториях мира. Его эффективность, особенно для амплификации и определения малых количеств ДНК и РНК, позволила изменить представление о многих типах диагностических исследований. Наиболее важными областями применения является анализ генной экспрессии и детекция патогенов. Другие важные задачи, которые позволяет решать количественная ПЦР - оценка количества мРНК и микроРНК, поиск биомаркеров, оценка количества микробов, выявление вероятности раковых заболеваний.
Итак, мы предлагаем наборы для проведения реал-тайм ПЦР ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/ ) во всех вариантах которые используются на сегодняшний день. Давайте коротко остановимся на вариациях ПЦР.

Реал-тайм ПЦР с красителем SYBR Green I

Для проведения реал-тайм ПЦР мы предлагаем линейку наборов от Bioline: наборы SensiFAST и SensiMix SYBR ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/ ). SensiFAST - это последнее поколение разработок компании Bioline. Входящие в состав смеси антитела реализуют принцип HotStart во время проведения реакции ПЦР. Характеристики набора позволяют успешно использовать SensiFAST в клинических лабораториях, для определения чрезвычайно малых количеств генов или мультиплексирования.
В состав наборов SensiMix SYBR - предыдущего поколения наборов для проведения ПЦР, входит другой буферный раствор по сравнению с SensiFAST - но эти наборы, обладая все таким же высоким качеством - порадуют вас своей стоимостью.
В состав каждой линейки входят наборы, содержащие высокую концентрацию референсного красителя ROX набор для проведения реал-тайм ПЦР SensiFAST SYBR Hi-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensifast_sybr_hi-rox/ ), набор для проведения реал-тайм ПЦР SensiMix SYBR Hi-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensimix_sybr_hi-rox/ )), среднюю концентрацию набор для проведения реал-тайм ПЦР SensiFAST SYBR Lo-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensifast_sybr_lo-rox/ ), набор для проведения реал-тайм ПЦР SensiMix SYBR Lo-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensimix_sybr_lo-rox/ )), и не содержащие референсного красителя совсем набор для проведения реал-тайм ПЦР SensiFAST SYBR No-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensifast_sybr_no-rox/ ), набор для проведения реал-тайм ПЦР SensiMix SYBR No-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensimix_sybr_no-rox/ )). В то же самое время, есть наборы, где кроме SYBR Green I также используется флуоресцеин набор для реал-тайм ПЦР SensiFAST SYBR&флуоресцеин ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensifast_sybrifluorestsein/ ), набор для реал-тайм ПЦР SensiMix SYBR&флуоресцеин ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_sensimix_sybrifluorestsein/ )).
Наборы для проведения ПЦР в реальном времени SensiFAST были специально разработаны для использования при укороченном времени циклов во время амплификации. С другой стороны, система HotStart не позволяет реакции начаться до активации, и увеличенная скорость копирования ДНК ферментами, наряду с улучшенным составом буфера - все это в совокупности увеличивает воспроизводимость, надежность и производительность наборов для реал-тайм ПЦР.

Реал-тайм ПЦР с использованием зондов

Для проведения реал-тайм ПЦР с использованием зондов мы предлагаем линейку наборов от Bioline: наборы SensiFAST и SensiMix II SYBR.
Так же как при реал-тайм ПЦР без использования зондов, в состав каждой линейки входят наборы, содержащие высокую концентрацию референсного красителя ROX набор для реал-тайм ПЦР с зондами SensiMix II Hi-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami_sensimix_ii_hi-rox/ ), набор для реал-тайм ПЦР с зондами SensiFAST Hi-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami_sensifast_hi-rox/ )), низкую концентрацию референсного красителя ROX набор для реал-тайм ПЦР с зондами SensiMix II Lo-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami_sensimix_ii_lo-rox/ ), набор для реал-тайм ПЦР с зондами SensiFAST Lo-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami_sensifast_lo-rox/ )), не содержащие референсного красителя ROX набор для реал-тайм ПЦР с зондами SensiMix II No-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami_sensimix_ii_no-rox/ ), набор для реал-тайм ПЦР с зондами SensiFAST No-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_zondami_sensifast_no-rox/ )).

Реал-тайм ПЦР кДНК и обратная транскрипция образцов РНК в один этап: технология One-Step от Bioline

Новые разработки в области химии буферов позволили объединить этап обратной транскрипции с образцов РНК и этап количественной ПЦР образца кДНК. Таким образом, возможно использовать этот метод при работе с образцами РНК как для реал-тайм ПЦР без использования зондов набор для реал-тайм ПЦР образцов РНК SensiFAST SYBR No-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_obratnoy_transkriptsiey_one-step/ ), набор для реал-тайм ПЦР образцов РНК SensiFAST SYBR Hi-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_obratnoy_transkriptsiey_one-step/ ), набор для реал-тайм ПЦР образцов РНК SensiFAST SYBR Lo-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_obratnoy_transkriptsiey_one-step/ ), набор для реал-тайм ПЦР образцов РНК SensiFAST SYBR&флуоресцеин ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_obratnoy_transkriptsiey_one-step/ )), так и с использованием зондов набор для реал-тайм ПЦР образцов РНК с зондами SensiFAST SYBR No-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_obratnoy_transkriptsiey_s_zondami_one-step/ ), набор для реал-тайм ПЦР образцов РНК с зондами SensiFAST SYBR Hi-ROX ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_obratnoy_transkriptsiey_s_zondami_one-step/ ), набор для реал-тайм ПЦР образцов РНК с зондами SensiFAST SYBR Lo-ROX) ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabor_dlya_provedeniya_ptsr_v_realnom_vremeni_s_obratnoy_transkriptsiey_s_zondami_one-step/ ).
Когда мы говорим о проведении реал-тайм ПЦР, чрезвычайно важным обстоятельством будет являться тип вашего реал-тайм амплификатора, в зависимости от марки которого и от задачи эксперимента, необходимо будет выбирать набор реагентов.
Наборы от Bioline позволяют проводить эксперименты с использованием всех популярных и стандартных амплификаторов: Applied Biosystems (7000, 7300, 7500. 7500 FAST, 7700, 7900, 7900HT, 7900HT FAST, StepOne, Stepone plus, ViiA7, QuantStudio), Cepheid (SmartCycler), Illumina (Eco), Thermo (Piko Real), Takara (Thermal Cycler Dice), Fludigm (BiomMark), Analytik Jena (qTOWER/qTOWER2), Qiagen (Corbett) (Rotor-Gene 3000, Rotor-Gene 6000, Rotor-Gen Q), Bio-Rad (iCycler, MyiQ, iQ5, Opticon, Opticon2, Chromo4, MiniOpticon, CFX96, CFX384), Roche (LightCycler 96, LightCycler 480, LightCycler Nano), Eppendorf (Mastercycler ep reallex, Mastercycler ep realplex 2S), Techne (Quantica, PrimeQ), BJS (Xxpress), Agilent (Stratagene) (MX4000P, MX3000P, MX3005P).
Кроме того, мы с удовольствием хотим сообщить, что в первом квартале 2015 года мы расширяем линейку продуктов для колоночного выделения нуклеиновых кислот ISOLATE II, среди новых продуктов: Набор для выделения микро РНК ISOLATE II, набор для выделения микро РНК из растений ISOLATE II, набор для выделения РНК/ДНК/белков ISOLATE II, набор для выделения РНК из биологических жидкостей ISOLATE II, набор для выделения РНК/ДНК из образцов в формальдегиде и парафине ISOLATE II.
Для консультаций по данным продуктам, пожалуйста, обращайтесь по электронному адресу info@skygen.com
Мы надеемся, что представленная в настоящем обзоре информация будет полезна, и позволит вывести ваши исследования на новый уровень, сэкономив ваши средства!



SkyGen 26.02.2015 15:12
Скидка 25% на пластик Sorenson всем держателям грантов!

Прикреплённое изображение

В эти предвесенние дни и до 31 марта, компания СкайДжин объявляет скидку в 25% всем держателям грантов РФФИ, ФАНО, РНФ, Минобр и Минпромторг на имеющийся в наличии пластик Sorenson.

При заказе, просто укажите, в рамках какого гранта будет производиться закупка, и мы предоставим Вам скидку!

Пожалуйста, уточняйте наличие интересующего Вас пластика по электронной почте info@skygen.com, или по телефонам +7 (495) 215 02 22, +7 (800) 333 12 26!



SkyGen 27.02.2015 15:22
Интерактивные Online инструменты от компании New England Biolabs

Прикреплённое изображение

New England Biolabs предлагает мобильное приложение на телефон NEB Tool и разнообразные интерактивные онлайн-инструменты. Таким образом, планирование эксперимента в современной лаборатории становится еще проще!
Мобильное приложение NEB ( http://‘‘https://www.neb.com/sitecore/content/nebsg/home/tools-and-resources/mobile-app" ) существует на английском языке для наиболее популярных платформ - iPhone и Android.

При помощи мобильного приложения NEBTools вы сможете:

Использовать Enzyme Finder для того, чтобы выбрать рестриктазу по категории и сайту узнавания.
Найти информация о каждом ферменте NEB
Отсортировать списки ферментов по желаемому признаку
Отправить найденные результаты на ваш email
Найти подходящий буферный раствор при планировании эксперимента с несколькими рестриктазами в одной реакционной смеси
Быстро и просто выбрать высокоточные и сберегающие время ферменты и готовые смеси
Спланировать ваш эксперимент и получить нужную информацию, в том числе о рестриктазах с помощью мобильного телефона, находясь вне лаборатории

Полный список доступных приложений на английском языке можно найти [url=‘‘https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools ">тут[/url], а ниже мы остановимся на каждом приложении подробнее.

1. Инструмент для картирования ДНК-последовательностей - DNAsequenceMap ( http://‘‘https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools/dna-sequences-and-maps-tool )

Используйте инструмент для картирования ДНК-последовательностей, чтобы найти и получить информацию о последовательности наиболее популярных плазмид, векторов вирусов и бактериофагов.

Информацию о последовательностях векторов плазмид, генетических картах вирусов и бактериофагов, из каталога New England Biolabs, вместе с таблицами расположения сайтов узнавания рестриктаз можно скачать виде pdf файлов. Последовательности находятся в формате FASTA и/или GenBank.

2. Для планирования эксперимента по клонированию воспользуйтесь NEBcloner™ ( http://‘‘http://nebcloner.neb.com/#!/ )

Если вы используете традиционные методы клонирования, используйте этот инструмент для того чтобы подобрать ферменты и протоколы, которые потребуются для каждого этапа клонировнаия (расщепление, модификация концов, лигирование, трансформация и др.).

3. Вам необходимо заменить одно или несколько оснований в последовательности - вам поможет NEBaseChanger ( http://‘‘http://nebasechanger.neb.com )

NEBaseChanger может быть использован для дизайна специфических праймеров, при планировании экспериментов по мутагенезу, который проводится с использованием, например Q5® набора для сайт-направленного мутагенеза ( http://‘‘http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/#item42875 ). Этот инструмент также подсчитает рекомендуемую температуру отжига на основании информации о праймерах, принимая в расчет несовпадающие пары оснований.

4. Инструмент для выбора ДНК-полимераз PCRSelector ( http://‘‘https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools/pcr-selection-tool )

Используйте PCRSelector для того, чтобы выбрать подходящую ДНК-полимеразу для планируемого ПЦР-эксперимента. Работаете ли вы с длинным или сложным ампликоном, GC-богатым или с образцом, представленным в единственном экземпляре, при помощи PCRSelector возможно подобрать правильную ДНК-полимеразу и ее формат.

5. Инструмент для подбора условий одновременного использования двух и более рестриктаз Double Digest Finder ( http://‘‘https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools/double-digest-finder )

Используйте этот инструмент для правильного подбора буферного раствора, при постановке реакции с использованием двух и более рестриктаз, чтобы сэкономить свое время, уменьшить звездчатую активность и уменьшить потери образца во время очистки.

6. Калькулятор температуры отжига праймеров TmCalculator ( http://‘‘http://tmcalculator.neb.com )

Используйте этот инструмент при создании протокола ПЦР для подсчета оптимальной температуры отжига праймеров для конкретного эксперимента. Введите в качестве исходных параметров название ДНК-полимеразы, концентрацию праймеров, и их последовательность. Получите в результате рекомендуемую температуру отжига праймеров.

7. Инструмент для планирования реакции с рестриктазами NEBCutter v.2 ( http://‘‘http://nc2.neb.com/NEBcutter2/ )

Введите свою исходную последовательность ДНК, и найдите все сайты узнавания для всех рестриктаз типа II и коммерчески доступных рестриктаз типа III, которые имеют лишь по одному сайту узнавания участок лишь один раз. Программа учитывает как все рестриктазы, доступные у New England Biolabs, так и другие ферменты.

Максимальный размер вводимого файла последовательности составляет 1 Мб, и максимальная длина последовательности - 300 тысяч оснований. Также программа посчитает частоту разрезания и чувствительность к степени метилирования.

8. Если вы используете наборы для лигирования Gibson Assembly ( http://‘‘http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_master_mix_dlya_ptsr_gibson_assembly/" ) или NEBuilder ( http://‘‘http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/gotovaya_smes_dlya_ligirovaniya_dnk_nebuilder_hifi/" ) от NEB - вам потребуется NEBuilder Assembly Tool ( http://‘‘http://nebuilder.neb.com/" )

NEBuilder&reg; Assembly Tool может быть использован для дизайна праймеров для проведения сборки при помощи [url=‘‘http://www.skygen.com/obzory/ metod_gibsona_dlya_effektivnoy_sshivki_bolshogo_kolichestva_dlinnyh_fragmentov_dvuhtsepopochechnyh_d
nk/"> метода Гибсона [/url], основываясь на введенной последовательности фрагментов, а также ДНК-полимеразы, которая должна использоваться для амплификации. Важно указать количество фрагментов, из которых должна производиться сборка, и тип фермента для ПЦР. Фрагменты могут быть удалены, перегруппированы. В результате вы получаете список требуемых праймеров, температуры отжига и финальную последовательность собираемого конструкта.

9. Найдите свой фермент с EnzymeFinder ( http://‘‘https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools/enzyme-finder" )
С использованием этого инструмента вы сможете найти эндонуклеазу рестрикции по имени, сайту узнавания, типу или степени перекрывания. Укажите свою последовательность, и программа укажет правильные ферменты для разрезания.


10. При помощи NEB Golden Gate Assembly Tool ( https://goldengate.neb.com/editor ) возможно автоматизировть in silico дизайн ДНК с использованием метода Golden Gate

При помощи данного инструмента вы сможете:
- импортировать последовательности в большом количестве форматов, выбрать фрагменты для сборки
- сделать автоматический дизайн праймеров для создания совмещаемых концов или с использованием существующих сайтов разрезания
- сделать дизайн подходящих праймеров и введения точечных мутаций

11. NEBioCalculator® ( http://‘‘http://nebiocalculator.neb.com/#!/" )
Используйте инструмент для подсчетов, и перевода единиц для ДНК и РНК. Возможно конвертировать массу в моли, перевести о.е. в концентрацию, разбавление и молярность.

12. База данных InBase ( http://»http://tools.neb.com/inbase/ )
Интеины являются последовательностями, которые разрушают кодирующий регион в гене хозяина. В отличие от интронов, интеины вырезаются послетрансляционно из предшественника протеина при помощи самокатализируемого механизма сплайсинга пртеинов. InBase описывает действие интеинов, включает в себя их список и их свойства. Возможно найти информацию о таких свойствах, как: прототип, эндонуклеазную активность, расположение вырезаемых участков, комментарии по сайту вставки, открывателей и ссылки на литературу.

13. База данных PolBase ( http://‘‘https://polbase.neb.com/ )
Polbase является хранилищем биохимических, генетической и структурной информации о ДНК-полимеразах.

14. База данных REBASE ( http://rebase.neb.com/rebase/ )
Используйте этот инструмент в качестве гида в постоянно-меняющемся мире рестриктаз. REBASE - это динамическая, постоянно обновляемая база данных рестриктаз и связанных с ними протеинов.

Мы надеемся, что использование данных программ существенно упростит работу в вашей лаборатории!



SkyGen 02.03.2015 15:06
Новые продукты для проведения реакции обратной транскрипции от New England Biolabs

Прикреплённое изображение

Сегодня мы рады представить всем исследователям, работающим с образцами РНК два абсолютно новых продукта для проведения реакции обратной транскрипции. Это набор для RT-PCR OneTaq One-Step ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/reaktivy_dlya_sinteza_kdnk_i_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/nabor_onetaq_one-step_dlya_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/ ) и обратная транскриптаза WarmStart RTx ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/reaktivy_dlya_sinteza_kdnk_i_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/warmstart_rtx_obratnaya_transkriptaza/ ).

В условиях динамичных изменений и постоянного развития методов работы с РНК, исследователи компании New England Biolabs обеспечивают своих клиентов новыми инструментами, которые позволят оптимизировать проведение реакций и ускорить ежедневный протокол. В данном случае, появляется возможность проводить реакцию обратной транскрипции и ПЦР полученной кДНК в один этап при помощи набора RT-PCR OneTaq One-Step ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/reaktivy_dlya_sinteza_kdnk_i_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/nabor_onetaq_one-step_dlya_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/ ). С другой стороны, второй продукт - обратная транскриптаза WarmStart RTx ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/reaktivy_dlya_sinteza_kdnk_i_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/warmstart_rtx_obratnaya_transkriptaza/ )- это первая и единственная на рынке обратная транскриптаза, активируемая при повышении температуры (выше 40&degС).

Проведение реакции обратной транскрипции и ПЦР полученной кДНК

Если вы работаете в лаборатории с образцами РНК, зачастую, после этапа проведения реакции обратной транскрипции следующим этапом является ПЦР полученной кДНК. Таким образом, возможность объединить эти два этапа и провести их в один этап, с использованием ген-специфичных праймеров упростит протокол и ускорит время получения результата исследования.
Набор для RT-PCR OneTaq One-Step ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/reaktivy_dlya_sinteza_kdnk_i_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/nabor_onetaq_one-step_dlya_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/ ) содержит три компонента, которые обеспечивают успешное проведение каждого этапа - готовая смесь ферментов OneTaq One-Step содержит ферменты NEB: обратную транскриптазу , ингибитор РНКазы Н, и ДНК-полимеразу One Taq Hot Start.
Protoscript II - является мутантом обратной транскриплазы M-Mulv с уменьшенной активностью РНКазы Н и повышенной термостабильностью. One Taq Hot Start. ДНК-полимераза представляет собой смесь Hot Start Taq и второй полимеразы с редактирующей способностью. Такая комбинация позволяет достичь высокого выхода ПЦР при минимальной оптимизации условий реакции.
Кроме того, в состав набора входят две смеси для постановки реакции: реакционная смесь OneTaq One-Step создает идеальную буферную среду для работы ферментов, входящих в состав набора. В то же время реакционная смесь для нанесения на гель One Taq Quick-Load One-Step содержит красители, которые позволяют нанести образец, по окончании реакции на гель.

Преимущества набора для RT-PCR OneTaq One-Step:

1. Возможность амплифицировать длинные ампликоны длиной до 9 000 нуклеотидов
2. Возможность проведения мультиплексной реакции детектирования (2-3 участка интереса)
3. В качестве матрицы могут быть использованы как образцы РНК, так и ДНК
4. Набор дает возможность детектировать, например, наличие GADPH при количестве 0,1 пг в реакционной смеси

Единственная в мире обратная транскриптаза, активируемая при помощи температуры - WarmStart RTx

Обратная транскриптаза WarmStart RTx ( http://’’http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/reaktivy_dlya_sinteza_kdnk_i_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/warmstart_rtx_obratnaya_transkriptaza/ ) - это уникальная, смоделированная in silico РНК-зависимая ДНК-полимераза, которая, благодаря использованию совместно с аптамером ингибирует свою активность ниже 40&degС.
WarmStart Rx позволяет проводить синтез кДНК, с использованием в качестве матрицы РНК и одноцепочечной ДНК.

WarmStart Rx обладает РНК-азной активностью, является надежным инструментом для детектирования РНК в реакции амплификации. Фермент отличается от других продуктов линейки тем, что оптимизирован для использования в реакции обратной транскрипции в условиях изотермальной амплификации (RT-LAMP). Так, при комбинации различных обратных транскриптаз с этапом амплифкации с использованием ДНК-полимеразы Bst.2 ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/bst_20_dnk-polimeraza/ ), WarmStart продемонстрировала наилучшие результаты. Позволяет проводить постановку реакции при комнатной температуре и увеличивают специфичность реакции амплификации.

Преимущества обратной транскриптазы WarmStart RTx
1. Технология WarmStart увеличивает специфичность реакции
2. Увеличенная термостабильность позволяет проводить реакцию при повышенных температурах
3. Ускорение протокола позволяет уменьшать время, затрачиваемое на детекцию
4. Уменьшение количества образца для реакции TR-LAMP (0,1 пг для РНК)& синтеза кДНК (1 пг)


Мы будем рады ответить на ваши вопросы, и порекомендовать другие реактивы для синтеза кДНК ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/reaktivy_dlya_sinteza_kdnk_i_ptsr_s_obratnoy_transkriptsiey/ ), а также продукты, используемые для работы с РНК ( http://''http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_raboty_s_rnk/ ).

Наш email: info@skygen.com; тел: +7 (495) 215 02 22; +7 (800) 333 12 26



SkyGen 06.03.2015 16:26
Конкурс на лучший доклад от компании СкайДжин в рамках 19 Пущинской школы-конференции "Биология - наука 21 века

Прикреплённое изображение

В рамках работы 19 Пущинской школы-конференции "Биология - наука 21 века" помимо традиционного конкурса лучших работ по мнению экспертного совета Конференции, проводится конкурс на Лучший доклад секции по версии Компании СкайДжин. Оцениваться будет оригинальность научной идеи, максимальное использование возможностей современного лабораторного оборудования и методических подходов.

Заявить о своем намерении участвовать в конкурсе необходимо направив заявку в свободной форме на адрес оргкомитета конференции orgcom@biology21.ru с темой письма "Конкурс SkyGen" и указанием какие реактивы и каких производителей, приобретенных в компании СкайДжин, Вы используете в своей работе.


Победители определяться в дни проведения Конференции и получат Сертификаты номиналом 12 000, 8000 и 5000 рублей на приобретение реактивов и расходных материалов из ассортимента нашей компании!


Более подробную информацию о мероприятии в Пущино, Вы сможете найти на сайте конференции www.biology21.ru


Мы, со своей стороны, будем чрезвычайно рады, видеть результаты научной работы наших любимых клиентов, и встретить лично и вручить победителям конкурса наши призы!



SkyGen 18.03.2015 19:09
Выиграйте конкурс на лучший постерный доклад, и получите сертификат на продукцию компании СкайДжин!

Прикреплённое изображение

Мы долго думали, как помочь нашим любимым клиентам получить нашу продукцию совершенно бесплатно, и вот придумали!

Мы рады объявить, что компания Скайджин является спонсором 3-ей Международной конференции "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений" (Россия, г. Новосибирск, 17-21 июня 2015 года; http://conf.nsc.ru/plantgen2015) ( http://conf.nsc.ru/plantgen2015) ) и спонсором проводимого в рамках данной конференции конкурса на лучший постерный доклад. Пять победителей конкурса получат сертификаты компании Скайджин стоимостью 4000 рублей каждый, которые можно будет потратить на приобретение всевозможных ферментов (например, рестриктаз), на реактивы для секвенирования по Сэнгеру, наборы для выделения ДНК и РНК и ферментативной очистки ПЦР-смеси и на многое-многое другое!

Участвуйте в конференции, получайте новый опыт, выигрывайте! А потом обращайтесь к нам и получайте любимые ферменты!


Со всеми вопросами обращайтесь по электронной почте: info@skygen.com, или по телефонам: +7 (495) 215 02 22; +7 (800) 333 12 26



SkyGen 31.03.2015 17:34
Амплификация полного генома отдельной клетки - решение от New England Biolabs

Прикреплённое изображение

Часто ли вы оказывались в такой ситуации, когда исчезающе малые количества исходного материала не позволяют думать о продолжении экспериментов? Существуют также ситуации, когда важно использовать ДНК одной единственной клетки. Сегодня все это стало возможно, благодаря появлению новых, высокопродуктивных ДНК-полимераз.

Метод полной амплификации генома клетки особенно актуален для изучения эмбрионального развития, дифференциации стволовых клеток, нейронов и разработки новых подходов для лечения опухолевых заболеваний.

Всем, а особенно тем, кому такие возможности приоткрывают новые двери для шага вперед в их исследованиях, мы расскажем в нашем обзоре про набор для полной амплификации генома клетки PicoPLEX™ WGA Kit ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_dlya_polnoy_amplifikatsii_genoma_kletki/ ) от компании New England Biolabs. А также о возможностях секвенирования ДНК материала отдельной клетки.

В каком направлении должны были двигаться исследователи, чтобы иметь возможность увеличить то мизерное количество ДНК и РНК, которое можно получить из одной единственной клетки в миллионы раз и получить количество, достаточное для анализа?

Набор для полной амплификации генома клетки PicoPLEX™ WGA Kit ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/nabory_i_reaktivy_dlya_provedeniya_amplifikatsii_i_ptsr/nabor_dlya_polnoy_amplifikatsii_genoma_kletki/ ) эффективно амплифицирует общую ДНК из одной клетки или ДНК эквивалента одной клетки в 1 миллион раз, с получением 2-5 мг ДНК меньше чем за 3 часа.

Для решения каких задач возможно использовать набор для полной амлпификации генома клетки?

1. Анализ вариаций числа копий (Copy Number Variation, CNV)
2. SNP генотипирование
3. Детекция мутаций
4. Секвенирование

Принцип метода полной амлпификации генома клетки (WGA)

Набор для полной амплификации генома клетки PicoPLEX&trade; WGA Kit позволяет эффективно амплифицировать целиком ДНК, содержащуюся в одной клетке, до суммарного количества в 2-5 мкг за 3 часа (в результате протокола происходит увеличение количества исходной ДНК в 1 миллион раз). Длина получаемых при помощи набора ампликонов варьирует от 200 до 1000 п.н.

Прикреплённое изображение

Рис.1. Последовательность действий при проведении 3-х шагового протокола амплификации генома одиночной клетки или 15 пг - 15 нг ДНК.</i>

Какие преимущества дает использованием методики полногономной амплификации клетки (WGA)?
1. Возможность амплификации генома отдельно взятой клетки. Эффективность амплификации единичного бластомера и полярных телец достигает 95%.
2. Набор может быть также применен при необходимости амплификации неопределенного малого количества исходного материала (от одной до тысячи клеток или от нескольких пикограмм до нескольких нанограмм ДНК).

3. Метод позволяет одинаково успешно амлифицировать как AT-, так и GC-богатые регионы.
4. Высокая воспроизводимость: коэффициент корреляции между значениями Ct при повторных ПЦР в реальном времени достигает 90%.

5. Специфичность и высокая эффективность метода могут быть наглядно проиллюстрированы (Рис.2.), когда мы сравним рост кривых амплификации одиночного клеточного генома и отрицательного контроля: нарастание сигнала в пробирках с отрицательным контролем происходит с отставанием, как минимум, в 5 ПЦР-циклов.

Прикреплённое изображение

[i] Рис.2. Амплификационные кривые, полученные при проведении ПЦР при помощи набора для полной амплификации генома клетки в режиме реального времени на приборе Bio-Rad I Cycler iQ.


Другим примером эффективности работы может служить электрофореграмма разделения продуктов ПЦР после использования набора WGA (Рис.3).

Прикреплённое изображение

Рис. 3 Электрофореграмма разделения продуктов ПЦР в 1,4% агарозном геле. Дорожка 1: отрицательный контроль, дорожки 2 и 3: продукты двух независимых реакций с использованием 15 пг геномной ДНК человека, М: Маркер 2-Log 0.1-10 т.п.н. длин ДНК.

Амплификация полного генома отдельной клетки для последующего секвенирования NGS

Давайте вместе посчитаем: в одной клетке находится 70-100 пг ДНК и порядка 10 пг тотальной РНК (что составит 0,1-0,5 пг мРНК). Для того, чтобы, например, приготовить ДНК библиотеку для NGS с помощью набора NEBNext для Illumina, нам потребуется 1-5 мкг ДНК (в случае набора NEBNext Ultra - 5 нг-1 мкг). Значит, при условии увеличения количества ДНК в 10 000 раз возможно будет создать библиотеку NGS. Для РНК задача усложняется: для использования набора NEBNext для создания библиотеки потребуется 100 нг-1мкг тотальной РНК (10 нг-1 мкг для набора Ultra). Получаемое количество ДНК после использования набора, даже с учетом потерь на очистку, достаточно для проведения NGS эксперимента.

Cостав набора

1. Фермент для экстракции ДНК
2. Фермент для подготовки к амплификации
3. Фермент для амплификации
4. Буфер для экстракции
5. Буфер для разведения фермента для экстракции
6. Реакционная смесь для подготовки к амплификации
7. Реакционная смесь для амплификации
8. Очищенная от нуклеаз вода
9. Температура хранения: -20°С

Примечания:

Пробирки с ферментами следует доставать из холодильника и ставить на планшет со льдом только перед непосредственным их использованием. Остальные компоненты набора можно размораживать на планшете со льдом, а перед использованием их следует перемешать при помощи вортекса.

Набор для полной амплификации генома клетки предполагает работу со сверхнизкими (пикограммы) количествами ДНК, поэтому при работе с ним необходимо соблюдать особую осторожность для предотвращения возможной контаминации.

Мы надеемся, что представленная в данном обзоре информация будет полезна, и поможет вашей работе! Со всеми вопросами и предложениями (в том числе по тематикам обзоров, которые интересные) обращайтесь по электронной почте info@skygen.com, и по телефонам: +7 (495) 215 02 22; +7 (800) 333 12 26



SkyGen 31.03.2015 18:11
Выделение микроРНК, РНК и ДНК с использованием phenol-free колоночных наборов от Bioline

Прикреплённое изображение

Мы продолжаем расширять нашу линейку для колоночного выделения нуклеиновых кислот из самых разных образцов. Сегодня мы хотим обратить внимание всех, кто работает с микроРНК, тотальной РНК, а также с образцами тканей в парафине на новинки для колоночного выделения:
Набор для выделения РНК из биологических жидкостей ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ ) позволяет выделить РНК высокого качества из физиологических жидкостей - крови/сыворотки, мазков изо рта, клеточных культур, вирусов.
Набор для выделения микро РНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ ) и набор для выделения микро РНК из растений ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ ) позволяют получить тотальную РНК и микроРНК из самых различных образцов (см. Табл.1 в тексте обзора).
Набор для выделения РНК/ДНК из тканей, зафиксированных формалином в парафине ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ ) позволяет получить геномную ДНК и тотальную РНК хорошего качества из проблемных образцов.
Набор для выделения ДНК/РНК/протеинов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ ) позволяет выделить три различных типа макромолекул из одного образца без этапа экстракции органическими растворителями.

Преимущества линейки наборов для выделения РНК от ISOLATE II
1. Безопасность: простой протокол, без использования токсичных химикатов (без фенола)
2. Достоверные результаты: возможность очистить как микро РНК, так и малые РНК (длиной до 200 нуклеотидов) без разрушения, вызываемых использованием фенола
3. Быстрый протокол: без трудоемкого этапа разделения фаз и осаждения спиртом
4. Надежность: без инициируемого фенолом разрушения образцов
5. Использование для дальнейших экспериментов: РНК готова к дальнейшему использованию в большинстве экспериментов.

Было показано, что малые РНК с малым содержанием GC могут быть селективно потеряны при очистке с использованим фенола (Kim et al., Molecular Cell 46(6): 2012).
Таблица 1. Типы образцов, из которых возможно выделять микро РНК, РНК, ДНК и протеины при помощи наборов для выделения ISOLATE II

Прикреплённое изображение

Давайте подробнее остановимся на каждом из рассматриваемых наборов.

1. Набор для выделение РНК из биологических жидкостей и из вирусов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk )

Типы выделяемой РНК:
1. большие фрагменты мРНК
2. вирусная РНК
3.рибосомальная РНК (rRNA)
4. малые РНК, такие как микроРНК (miRNA) и короткие интерферирующие РНК (siRNA)

Откуда выделяется РНК?
1. кровь/плазма/сыворотка
2. слюна
3. цереброспинальная жидкость (CSF)
4. семенная жидкость
5. вирусы

Откуда выделяется вирусная РНК?
Кроме перечисленных выше типов образцов, также из культивируемых клеток и тканей.
Принцип выделения:
Колоночное выделение с использованием аффинного полимера, связывающего РНК разного размера (используется новый тип silica, к которой преимущественно присоединяются малые РНК). Набор не использует фенол и хлороформ.
Образцы подвергаются лизису в присутствии гуанидиниум тиоционата, и хаотропных солей, которые деактивируют эндогенные РНКазы и позволяют выделить неповрежденную РНК. Затем, геномная ДНК захватывается колонками и удаляется. Добавляется этанол, и РНК переносится в колонку для выделения РНК. Далее, тотальная РНК задерживается колонкой и может быть избавлена от примесей при промывании.
Полученная высокочистая РНК может быть использована в следующих экспериментах:
1. реал-тайм ПЦР (qPCR)
2. реакция обратной транскрипции
3. синтез кДНК
4. секвенирование следующего поколения
5. Nothern blotting

2. Набор для выделения РНК/ДНК из тканей, зафиксированных формалином в парафине ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk )
Набор обеспечивает выделение и очистку геномной ДНК и тотальной РНК (включая микроРНК) из образцов тканей в парафине. Зафиксированные в парафине ткани характеризуются образованием связок между нуклеиновыми кислотами и белками, и друг с другом. Фиксация также часто характеризуется фрагментацией ДНК с течением времени. Набор позволяет частично избавиться от модификаций, вызванных формалином, увеличивая качество и выход нуклеиновых кислот.
Разделительный матрикс в составе колонок позволяет отделять РНК и ДНК от других компонентов клеток. Набор не требует использования хлороформа и фенола.
На первом этапе избавляются от парафина при помощи промывки ксиленом и этанолом, далее образцы разлагаются с использованием Протеиназы К и специального буфера. Растворимый лизат собирается для очистки РНК, а оставшийся образец разлагается для выделения ДНК. Лизирующий буфер и этанол добавляются в лизат, содержащий ДНК и РНК и переносят в микроколонки для выделения РНК и ДНК. Связанные нуклеиновые кислоты промываются. Очищенные РНК и ДНК могут использоваться для широкого спектра экспериментов.

3. Набор для выделения микроРНК ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ ) и набор для выделения микроРНК из растений ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ )
Набор был разработан для выделения обогащенной микроРНК (размер составляет &lt;200 нуклеотидов), выделение происходит из следующих образцов:
1. культивируемые клетки
2. ткани млекопитающих
3. бактерии
4. кровь
5. другие биологические жидкости

Какие типы малых РНК выделяются:
1. регуляторные молекулы РНК (такие например как микроРНК (miRNA)
2. короткие интерферирующие РНК (siRNA),
3. транспортные РНК (tRNA)
4. РНК из 5Sсубъединицы (rRNA)
Малые РНК, имеющие длину 20-25 нуклеотидов, вовлечены в регуляцию генной экспрессии при помощи связывания с мессенджер РНК (mRNA)

Принцип выделения
РНК прикрепляется к колонки при помощи аффинного связывания,при этом при помощи размера пор возможно разделить РНК по размеру.
Тотальная РНК, в растворе этанола проходит через связывающую колонку, где большие фрагменты РНК остаются связанными, а малые смываются в супернатант. Далее супернатант, содержащие малые РНК проходит через колонку для выделения малых РНК, где связываются малые молекулы.

4. Набор для выделения ДНК/РНК/протеинов ( http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/bioline/nabory_dlya_vydeleniya_rnk/ )
Набор позволяет выделить и очистить с высоким качеством одновременно следующие три компонента, из одного образца
1. тотальную РНК (включая малые РНК),
2. геномную ДНК
3. белки

Выделение может проводиться из следующих образцов:
1. культивируемые клетки
2. ткани млекопитающих
3. биологические жидкости (включая слюну, мочу, семенную жидкость и кровь)
4. бактерии
5. дрожжи,
6. грибы
7. растения
Особенно набор подходит для исследователей, которые выделяют макромолекулы из особенно ценных, труднодоступных образцов (таких как результаты биопсии), - потому что это позволяет не проводить фракционирование образца. Также, анализ становится более достоверным, вследствие того, что РНК, ДНК протеины получаются из одного и того же образца.
Протокол предотвращает деградацию РНК (при помощи перемешивания образца с гуанидинумом тиоцианатом. Геномная ДНК захватывается и отделяется при помощи ДНК колонки. Оставшийся супернатант погружается в колонку для выделения РНК/протеинов. Далее тотальная РНК (включая микроРНК) связывается с поверхностью колонки, в то время как протеины остаются в растворе. Протеины, оставшиеся в промывном растворе - могут быть нанесены непосредственно на SDS-PAGE гель, для визуального анализа, или очищаться. Набор не содержит фенол и хлороформ.
Возможно исследовать одновременно геном, транскриптом и проводить протеомные исследования в одном образце. Очищенная РНК может быть использована для реал-тайм ПЦР, ПЦР с обратной транскрипцией, Nothern Blotting, экспериментах по секвенированию и экспрессии. Полученная ДНК может быть использована для ПЦР, реал-тайм ПЦР, NGS секвенирования, генотипирования. Белки могут быть использованы для SDS-PAGE, Westertn Blotting, 2-D гелей, масс-спектрометрии.

Заключение
Мы надеемся, что новая альтернатива представленным на рынке методам и продуктам для выделения РНК (и микроРНК) позволит упросить и удешевить проведение экспериментов с использованием РНК. По всем возникающим вопросам, пожалуйста, обращайтесь по электронной почте info@skygen.com!



SkyGen 01.06.2015 16:22
Готовые двуцепочечные гены длиной до 5000 п.о. по доступным ценам от IDT DNA


Прикреплённое изображение

Данный обзор предназначен для всего широкого числа пользователей, которым для самых разных целей требуются протяженные двуцепопченые фрагменты генов, длиной до 200 до 5000 пар оснований, как в виде фрагментов цепи ДНК, так и в составе плазмиды.
Воспользуйтесь возможностью ускорить свои научные исследования уже сегодня, используя в работе готовые протяженные фрагменты генов, синтезированные с высочайшей точностью, по доступной цене, которые могу быть доставлены из США в течение 2-3 недель.

Научные группы, перед которыми стоят задачи конструирования генов, создания рекомбинантных антител, вакцин, работы с CRISPR-системой редактирования генома, и которым требуются контроли для ПЦР и реал-тайм ПЦР, сегодня могут не тратить время и силы на сшивку длинных фрагментов. Также, возможно избежать трудностей и ошибок при встраивании гена интереса в плазмидный вектор. Следовательно, все время и средства, сэкономленные на осуществление на данных этапов, возможно потратить на решение интересующей научной проблемы.

Данный обзор предназначен для всего широкого числа пользователей, которым необходимы протяженные двуцепопченые фрагменты генов, длиной от 200 до 5000 пар оснований, как в виде фрагментов двухцепочечной ДНК, так и в составе плазмиды.

1. Фрагменты двуцепочечных генов gBlocks

[b]gBlocks
- это двуцепочечные фрагменты генов от компании IDT DNA Technologies. В чем преимущество этого продукта по сравнению с другими предложениями на рынке?
Проверенное временем качество IDT DNA, лидера рынка США и мира в области синтеза ДНК и РНК
Сроки поставки из США от 2 до 3 недель, в зависимости от сложности последовательности и длины гена
Подтвержденная секвенированием последовательность генов и высокая точность синтеза
gBlocks могут быть использованы для конструкции и модификации генов, разработки антител и в исследованиях с использованием системы редактирования генома CRISP, а также быть как стандарты для qPCR и для решения многих других задач. некоторые направления возможных приложений таких генов приведены на рисунке 1.

Рисунок 1. Схема возможных направлений применения gBlocks от компании IDT DNA.

Прикреплённое изображение

Кроме генов с определенной последовательностью, мы предлагаем библиотеки фрагментов двуцепочечных генов gBlocks - это множество генов, у которых консервативные участки перемежаются с участками до 18 последовательных варьирующихся оснований (N или K), такие библиотеки могут использоваться для производства рекомбинантных антител и конструирования белков.

2. Какие форматы синтеза и доставки доступны в компании СкайДжин?
А. Вы можете заказать гены в виде протяженного фрагмента двухцепочечной ДНК - в виде gBlocks, который далее может использоваться для любого метода клонирования, включая сборку по Гибсону, методы клонирования по тупым концам и клонирования с липкими концами. gBlocks могут быть синтезированы с/без фосфатной группой на 5'-конце. Длина таких фрагментов может составлять от 12 до 2000 п.о. Такие гены доставляются в сухом виде, с количеством вещества 200 нг.

Б. Также возможно заказать двухцепочечный ген, клонированный в плазмидный вектор, уже готовый к введению в E.Coli. Такой вариант заказа гена называется Custom gene. Такой вектор может содержать участок устойчивости к ампициллину, канамицину или хлорамфениколу, а также сайты рестрикции на 3'- и 5'-концах. Также, для специальных задач по in vitro транскрипции можно выбрать вектор pIDTBlue для генов с длиной большей, чем 1500 п.о. Гены с длиной более чем 5000 п.о. поставляются в составе плазмид или бактериальных искусственных хромосом (BACs).
Гены, встроенные в плазмиду длиной более 5000 п.о., поставляются в количестве 4 мкг, в сухом виде. Гены длиной менее 5000 п.о., в составе бактериальных искусственных хромосом (BACs), доставляются в сухом виде, в количестве 1 мкг.

3. При выборе синтеза гена в векторе, какие варианты плазмид доступны?
Если вы приняли решение заказать ген в составе плазмиды, вы получите его в виде, готовом к трансформации в E. coli. При заказе гена с длиной менее чем 5000 п.о. вам предложат воспользоваться способом заказа Best-Fit.
В таком случае во время процесса клонирования, желаемый фрагмент ДНК будет встроен в наиболее подходящий вектор, что помогает избежать непредвиденных трудностей с клонировнаием или токсичностью. В таком случае не будет происходить задержек при синтезе.
Гены, длина которых не превышает 1500 п.о. могут быть заказаны в векторе pIDTBlue, если предполагается использование гена в in vitro транскрипции. Аналогично вектору pBluescript II, вектор pIDTBlue содержит большое количество сайтов клонирования в альфа фрагменте гена LacZи в промотерах T3 и T7, по краям сайта встраивания. PIDTBlue плазмида содержит устойчивость к ампициллину.
BACs и гены длиной более чем 5000 п.о.
Гены с длиной более 5000 п.о. поставляются в BAC с устойчивостью к хлорамфениколу. Инструкции по тому, как работать с BAC векторами, на английском языке, могут быть найдены здесь ( http://eu.idtdna.com/pages/docs/default-source/synthetic-biology/how-to-handle-bacs.pdf?sfvrsn=4 ). В таблице 1 представлены все возможные варианты векторов, в которые могут поставляться фрагменты генов.

Таблица 1. Возможные варианты векторов, в которых могут поставляться фрагменты генов.

Прикреплённое изображение

4. Какие шаги необходимо предпринять, чтобы заказать двухцепочечный ген в компании СкайДжин?

К тексту обзора прикреплены форма для заказа генов, которую можно заполнить и выслать на почту info@skygen.com.
При заполнении таблицы обратите внимание на то, что если ваш ген будет доставляться в плазмиде, необходимо указать сайты рестрикции на 3' и 5' концах и тип антибиотика, к которому должна быть резистентность.
После этого будет сформирована цена, вам будет прислан на проверку скан заказа который надо будет подписать с вашей стороны, и мы попросим заполнить форму безопасности гена, которая также прикреплена к данному обзору.
Для того, чтобы принять решение о возможности осуществить синтез и об его окончательной стоимости, принимаются во внимание следующие факторы:
Вторичная структура: шпильки длиной более 10 оснований, и GC-богатые участки
Повторы и гомополимерные участки: длинные повторы более чем 10 пар для G/C, или более чем 30 пар для A/T
Общее содержание GC более 65% и содержание GCболее 25% в отдельных частях гена
Повторы рестрикционных сайтов и сайт метилирования Dam/Dcm, которые могут влиять на разрезание эндонуклеазами рестрикции

5. Как правильно использовать полученные фрагменты генов gBlocks?
Чтобы облегчить работу наших клиентов, мы предлагаем ряд опробованных и оптимизированных протоколов для использования фрагментов генов gBlocks. Следующие протоколы (на английском языке) - рекомендуются для сборки и амплификации фрагментов gBlocks. Условия работы с фрагментами и инструкции по хранению также включены.
Метод сборки фрагментов генов по Гибсону ( http://eu.idtdna.com/pages/docs/default-source/user-guides-and-protocols/gibson-assembly.pdf?sfvrsn=12 )
В оригинальной статье, в которой был описан методв Гибсона [Gibson et al., 2009], были представлены рекомендации по сборке конструктов, размер которых варьируется от малых бактериальных геномов до миллиона п.о. при помощи этой методики. Тем не менее, IDT предлагает ограничить размер собираемых участков до 2300 п.о. с использованием 4-5 фрагментов. Для сборки рекомендуется использовать готовую смесь Gibson Assembly от компании New England Biolabs, которую также можно заказать в нашей компании.
Протокол можно найти в статье Gibson DG, Young L, et al. (2009)

Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19363495 ). Nature Methods 6 (5):343&ndash;345. doi:10.1038/nmeth.1318. PMID 19363495.

Амплификация фрагментов gBlocks ( http://eu.idtdna.com/pages/docs/default-source/user-guides-and-protocols/gblocks-amplification.pdf?sfvrsn=8 )

T/A клонирование фрагментов ( http://eu.idtdna.com/pages/docs/default-source/user-guides-and-protocols/gblocks-fragment-t-a-cloning.pdf?sfvrsn=4 )

Клонирование мегапраймеров без этапа рестрикции ( http://eu.idtdna.com/pages/docs/default-source/synthetic-biology/megaprimer-restriction-free-cloning.pdf?sfvrsn=0 )

В дополнение к приведенным протоколам, можно привести несколько советов по работе с gBlocks.
Клонирование с использованием gBlocks аналогично использованию очень чистого ПЦР-продукта. Для клонирования с рестриктазами важно добавить 6-8 нуклеотидов на концы фрагментов, за пределами рестрикционного сайта узнавания. Большинство ферментов будет терять эффективность, если фрагмент гена будет заканчиваться сайтом рестрикции.
Добавлять на 5&prime;-конце фосфатную модификацию необязательно для большинства задач. Добавление 5&prime; фосфата необходимо для традиционного клонирования по тупым концам. Нельзя добавлять фосфорилирование при использовании Zero Blunt TOPO клонирования.
6. Биологическая безопасность синтезируемых генов
Каждый синтезируемый ген контролируется для избежания содержания в них последовательности, кодирующей потенциально опасных патогенов, каждый пользователь должен подтвердить отсутствие таковых участков в составе заказываемого гена.

Заключение
Мы надеемся, что информация, представленная в этом обзоре, будет полезна и поможет Вам в ваших дальнейших исследованиях.



SkyGen 09.08.2017 11:03
СУПЕР АКЦИЯ от СкайДжин!
Закажите набор для выделения ДНК от Мачерей-Нагел с супер скидкой.

СКИДКА:
60%: 28 августа — 3 сентября 2017
50%: 4 сентября — 10 сентября 2017
40%: 11 сентября — 17 сентября 2017
30%: 18 сентября — 24 сентября 2017
20%: 25 сентября — 1 октября 2017
10%: 2 октября — 6 октября 2017

Сегодня у Вас есть уникальная возможность подготовиться к зиме и запастись наборами для выделения ДНК со скидкой 60%.
Наборы для выделения ДНК из тканей, крови, биологических жидкостей, почвы, микроорганизмов, насекомых найдут свое применение в Ваших лабораториях, а компания Мачерей-Нагел обеспечивает высокое немецкое качество с 1911 года!
Перед тем как предложить Вам данные решения, мы съездили в штаб-квартиру Мачерей-Нагел в город Дюрен (Германия), посетили их производство и руками попробовали каждый набор.
При оформлении заказа можно включить в него другую продукцию от Мачерей-Нагел с фиксированной скидкой 25%.
Указанная скидка сохраняется в течение 2-х недель после выставления коммерческого предложения в указанный период. В этот срок необходимо оплатить заказ или заключить договор, или предоставить официальное гарантийное письмо.
Свой заказ Вы можете отправить нашим менеджерам по продажам по адресу info@skygen.com ( http://www.info@skygen.com ), а также связаться с нами по телефону +7(495)215-02-22 или бесплатной линии 8(800)333-12-26.

info@skygen.com



Картинки:
Прикреплённое изображение

SkyGen 09.08.2017 15:26
Новый каталог NEB 2017/2018

Уже 40 лет каталоги NEB являются наглядным пособием для молодых учёных. Благодаря своему информационному наполнению, они помогут оптимизировать реакцию ПЦР, клонирование, пробоподготовку NGS. Таблица рестрикции прилагается к каждому каталогу.

Закажите каталог NEB и мы с ним доставим фирменные карандаш, сумку, плотик NEB или блокнот.

Внутри каталога вы также сможете найти стикеры на скидку в размере 5%, 10% или 15% на любой заказ NEB.*

При оформлении заказа NEB отправьте нам фото с вашим стикером на адрес: anastasia.markacheva@skygen.com и мы учтём вашу скидку.

Закажите новый каталог NEB, заполнив форму здесь ( https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScDfmBO6-WeIbm0im5UID5ofcZTjDxc2HAgthFf4BPIP7pVSA/viewform ) .
Прикреплённое изображение
*скидка действует до 31.12.17




VanGogovih 10.08.2017 08:40
Круто ( https://rusalka.biz/ankets/metro/ )



Olescarold 16.08.2017 17:22
Красотка ( https://vipdosug.net/ankets/metro/ )



SkyGen 17.08.2017 12:44
Мы стали партнерами сайта "БИОМОЛЕКУЛА"!

jump.gif Мы рады сообщить, что теперь являемся партнером уникального проекта - научно-популярного сайта "БИОМОЛЕКУЛА"! Наше сотрудничество началось с самой интересной и близкой нам темой - секвенирования.

Ознакомиться со статьей под названием "Методы в картинках: cеквенирование нуклеиновых кислот" можно, перейдя по ссылке ( http://https://biomolecula.ru/articles/metody-v-kartinkakh-cekvenirovanie-nukleinovykh-kislot )



Картинки:
Прикреплённое изображение

SkyGen 18.08.2017 12:35
QIAGEN от SKYGEN – прямые поставки из Германии!

Дорогие друзья! Уважаемые коллеги!

Мы с гордостью сообщаем Вам, что в августе 2017 г. СкайДжин стал официальным дистрибьютором компании QIAGEN в России и Республике Казахстан!

Мы рады Вам предложить реагенты и оборудование QIAGEN для исследований Life Science по доступной цене и быстрыми сроками доставки.

Мы организуем доставку так, как мы это сделали с New England Biolabs, чтобы у Вас всегда были необходимые реагенты под рукой!

Уже сейчас у нас на складе есть продукция QIAGEN, которая будет регулярно пополняться.

Наши специалисты помогут Вам подобрать все необходимые компоненты для Вашего исследования. Все многообразие реагентов и оборудования QIAGEN – к Вашим услугам, выбор – только за Вами!

• Пробирки для сбора и хранения биообразцов PAXgene
• Решения стабилизации биообразцов
• Наборы реагентов для выделения ДНК, тотальной РНК, мРНК, мкРНК
• Готовые решения для жидкостной биопсии в онкологии и NIPT
• Решения для анализа одиночных клеток
• Мастер-миксы miScript и RT² Profiler для анализа мРНК и мкРНК
• Наборы реагентов для создания библиотек серии GeneRead и QIAseq для систем illumina и ION
• Наборы серии AdnaTest для онкологических исследований
• Станции для выделения ДНК и РНК QIAcube и QIAcube HT
• Станция для дозирования QIAgility
• Система капиллярного электрофореза QIAxcel Advanced
• Реал-тайм амплификаторы серии Rotor-Gene Q 2plex и 5plex HRM
• Пиросеквенатор с автоматизацией пробоподготовки PyroMark Q48 Autoprep
• Система секвенирования следующего поколения GeneReader
• Программное обеспечение для анализа данных CLC Bio
• Программное обеспечение для интерпретации данных Ingenuity Variant Analysis, Ingenuity Pathway Analysis, QCI Interpret
и многое другое! ( http://www.skygen.com/novosti/qiagen_ot_skygen__pryamye_postavki_iz_germanii/ )!
Прикреплённое изображение

Получить более подробную информацию о продуктах QIAGEN и ценах, а также сделать заказ, можно отправив запрос по электронной почте info@skygen.com, или позвонив по телефону +7 (495) 215 02 22 или по бесплатной линии 8 (800) 333 12 26.

Вы можете ознакомиться со списком ( http://www.skygen.com/upload/iblock/e80/e800648432b8506c45ab15a9fc1d07e8.pdf ) оборудования, принадлежностей и реагентов QIAGEN, которые находятся в наличии на складе в Москве.



SkyGen 07.09.2017 12:54
Идет вторая неделя нашей супер акции на продукцию Macherey-Nagel!
Успейте закупить наборы для выделения ДНК со скидкой 50% до 10 сентября. wink.gif

Подробности на нашем сайте: skygen ( http://http://www.skygen.com/novosti/_super_aktsiya__na_produktsiyu_macherey-nagel__ot_kompanii_skaydgin_/ )



Картинки:
Прикреплённое изображение

SkyGen 19.09.2017 12:10
С ДНЕМ РОЖДЕНИЯ СКАЙДЖИН! wink.gif
Нам 5 лет!
От всего сердца хотим поблагодарить наших сотрудников, клиентов и партнеров!Мы развиваемся и реализуем наши намеченные цели благодаря вам! Желаем всем отличного настроения,творческих успехов и процветания!
Спасибо, что вы с нами!




Картинки:
Прикреплённое изображение

SkyGen 26.09.2017 17:59
Клонируйте с удовольствием вместе с компанией «СкайДжин»!

С 26 сентября по 16 октября мы предоставляем скидку 35% (для разгадавших загадку)* и 25% (базовая скидка) на следующие продукты:

Все высокоточные эндонуклеазы рестрикции ( http://http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/endonukleazy_restriktsii/high_fidelity_hf_fermenty_restriktsii/ ) (HF®). Высокоточные рестриктазы - это гордость портфолио NEB, они не проявляют звездчатую активность даже после ночной инкубации, работают в едином буфере CutSmart®, поставляются вместе с краской для нанесения на гель.
Наборы для лигирования

1. Готовая смесь для лигирования субстратов с тупыми/липкими концами ( http://http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/ligazy/master_mix_dlya_ligirovaniya_substratov_s_tupymilipkimi_kontsami/ ), М0367. Смесь готова к использованию, лигирует как субстраты тупыми концами, так и субстраты с выступающим основанием, быстро и при комнатной температуре. Не требует размораживания после хранения в морозилке.

2. Готовая смесь для гновенного лигирования субстратов с липкими концами ( http://http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/ligazy/master_mix_dlya_mgnovennogo_ligirovaniya_substratov_s_lipkimi_kontsami/ ), M0370. Готовая к использованию смесь быстро и надежно лигирует субстрат с липкими концами (2-4 п.о.) Размораживать после хранения в морозилке не надо, инкубация не требуется. Фантастика!

3. Набр Quick Ligation для быстрого лигирования ( http://http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/ligazy/nabor_quick_ligation_dlya_bystrogo_ligirovaniya/ ), M2200. Набор позволяет лигировать субстраты с липкими концами, тупыми концами за 5 минут при температуре 25 градусов. Такое есть только у нас.

Набор для ПЦР–клонирования
1. E1203 ( http://http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_neb_dlya_ptsr-klonirovaniya_bez_kompetentnyh_kletok/ ) (с некомпетентными клетками)

2.E1202 ( http://http://www.skygen.com/catalog/biohimicheskie_reaktivy/new_england_biolabs/reaktivy_dlya_modifikatsii_nk/klonirovanie_i_mutagenez/nabor_neb_dlya_ptsr_i_klonirovaniya/ ) (с компетентными клетками)

С этими наборами вы сразу можете приступить к процессу клонирования. Для работы у вас будет все необходимое, включая контроль. Легкий старт.

С этими продуктами процесс клонирования пройдет на «УРА»!

*Теперь о загадке, которую надо разгадать, чтобы получить повышенную скидку 35%. cool.gif

Мы подготовили для Вас3 интереснейших обзора с картинками ( http://http://www.skygen.com/obzory/ ) jump.gif , в каждой из картинок спрятано слово, которое является частью фразы. Найдите все 3 слова, составьте фразу и отправьте ее нам на почту: info@skygen.com ( http://www.skygen.com/obzory/ ).

Указанная скидка сохраняется в течение 2-х недель после выставления коммерческого предложения в указанный период. В этот срок необходимо оплатить заказ или заключить договор, или предоставить официальное гарантийное письмо.

Свой заказ Вы можете отправить нашим менеджерам по продажам по адресу info@skygen.com ( http://www.skygen.com/obzory/ ), а также связаться с нами по телефону +7(495)215-02-22 или бесплатной линии [/u]8(800)333-12-26.



Картинки:
Прикреплённое изображение

SkyGen 24.10.2017 17:04
C 30 октября по 10 ноября мы дарим скидки до 50% на QIAGEN!*

Успей поймать самую большую скидку 30 октября!

При покупке любых реагентов и расходных материалов продукции Qiagen (кроме наборов, содержащих спирт) предоставляется скидка в следующий временной промежуток:

30 октября - 50% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 45% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

31 октября - 45% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 40% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

1 ноября - 40% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 35% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

2 ноября - 35% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 30% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

3 ноября - 30% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 25% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

6 ноября - 25% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 20% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

7 ноября - 20% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 15% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

8 ноября - 15% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%)и 10% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

9 ноября - 10% на продукцию Qiagen (при условии совместного заказа с продукцией New England Biolabs со скидкой 10%) и 5% на продукцию Qiagen (без New England Biolabs в заказе)

10 ноября - 5% на продукцию Qiagen

Указанная скидка сохраняется в течение 3-х недель после выставления коммерческого предложения в указанный период. В этот срок необходимо оплатить заказ или заключить договор, или предоставить официальное гарантийное письмо.

Свой заказ Вы можете отправить нашим менеджерам по продажам по адресу info@skygen.com, а также связаться с нами по телефону +7(495)215-02-22 или бесплатной линии 8(800)333-12-26.

*Акция распространяется на реагенты и расходные материалы производства Qiagen, не содержащие спирт!

Доставка на товар не включена. Все цены указаны на сайте со склада в Москве.



Картинки:
Прикреплённое изображение

SkyGen 09.11.2017 11:28
umnik.gif 9 ноября в 16.00 состоится вебинар на тему "Собери свою плазмиду за раз!"

Мы несколько лет целенаправленно собирали в своем портфолио различные решения, для того чтобы вы быстро и просто собрали вашу плазмиду. Сегодня мы решили объединить разные подходы в один вебинар и поделиться с вами! Покупайте попкорн и присоединяйтесь к первой серии нового сезона вебинаров от компании СкайДжин!

Ведущий вебинара - Кермен Болаева, к.б.н., руководитель отдела научной поддержки "СкайДжин"
Зарегистрироваться на вебинар ( http://events.webinar.ru/2966963/494343 ) wink.gif



SkyGen 14.11.2017 17:09
Уважаемые коллеги!
smile.gif
Мы с радостью сообщаем, что набор реагентов QuantiFERON-TB Gold Plus (RUO) теперь стал доступен для заказа!

Прикреплённое изображение

Наборы реагентов Квантиферон (QuantiFERON-TB Gold Plus (RUO)) позволяют проводить исследования с целью выявления туберкулезной инфекции.
Квантифероновый тест основан на определении INF-γ (гамма-интерферона), высвобождаемого сенсибилизированными Т-клетками, стимулированными in vitro специфическими протеинами (ESAT-6, CFP-10, TB7.7 (p4)) микобактерий туберкулеза, входящих в комплекс Mycobacterium tuberculosis complex (M. tuberculosis, M. bovis, M. canettii, M. caprae, M. pinnipedii, M. mungi, M. microti, M. africanum и др.). Эти протеины отсутствуют в вакцинных штаммах M. bovis BCG и в большинстве нетуберкулезных микобактерий, за исключением M. kansasii, M. szulagai, M. marinum. В исследуемой крови пациента (из пробирки с ТВ-антигеном) определяется содержание INFγ, результат анализируется в совокупности с данными, полученными из 2-х других пробирок (выполняющих роль контролей).
Примерно 1/3 часть населения мира инфицирована микобактериями туберкулеза (МБТ), и только у 5-10% инфицированных лиц развивается заболевание. При наличии неблагоприятных факторов латентная туберкулезная инфекция (ЛТИ – состояние, когда микобактерии туберкулеза присутствуют в организме человека, но при этом отсутствуют клинические и рентгенологические признаки туберкулеза) может перейти в активную форму с развитием внелегочного туберкулеза (например, туберкулез почек).

rolleyes.gif Более подробную информацию о наборе QuantiFERON-TB Gold Plus вы можете найти на сайте QIAGEN ( http://www.quantiferon.com/products/quantiferon-tb-gold-plus/ )



SkyGen 04.12.2017 13:53
Вебинар "Преимущества использования набора QuantiFERON-TB Gold Plus (RUO) для in vitro тестов"

4 декабря в 16.00 состоится вебинар на тему:"Преимущества использования набора QuantiFERON-TB Gold Plus (RUO) для in vitro тестов"

Ведущий вебинара: Yannick Wendling, Market Development Manager Eastern Europe, Russia, Israel (Qiagen)
Язык: Английский
Время: московское

Зарегистрироваться на вебинар ( https://events.webinar.ru/2966963/768722 )

Наборы серии QuantiFERON-TB Gold Plus широко применяется зарубежом для исследований и диагностики туберкулеза и имеет ряд преимуществ перед кожными туберкулиновыми тестами.

Мы с радостью сообщаем, что набор реагентов QuantiFERON-TB Gold Plus (RUO) теперь стал доступен для заказа в России и Казахстане!



SkyGen 06.12.2017 16:28
Наши цены на ферменты согреют Вас! Перезимуем вместе!

Сегодня мы хотим предложить вам зафиксировать цены 2017 года на New England Biolabs и Qiagen с дополнительной скидкой для покупок до 28 февраля 2018 года.

Чтобы воспользоваться нашим предложением, вам надо в период с 1 по 31 декабря 2017 года запросить коммерческое предложение на продукцию New England Biolabs (со скидкой 25%), или прислать совместный запрос на продукцию New England Biolabs + Qiagen (получить скидку 30% на NEB и 10% на QIAGEN). Выставленные коммерческие предложения будут действительны до 28 февраля 2018 г.

Свой заказ Вы можете отправить нашим менеджерам по продажам на адрес электронной почты info@skygen.com, а также связаться с нами по телефону +7(495)215-02-22.
Все скидки действуют на цены со склада в Москве.

Чтобы помочь вам определиться, какие продукты потребуются для вашего протокола классического или бесшовного клонирования, мы рекомендуем воспользоваться брошюрой по молекулярному клонированию NEB ( http://www.skygen.com/upload/iblock/b38/b387319b816f1fb295e74473d8c2eb8a.pdf )
user posted image






Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)