Готов ответить на ваши вопросы.

  Готов ответить на ваши вопросы.

  Готов ответить на ваши вопросы.

Крайне желательно, чтобы в файле уже присутствали данные о качестве вашей ДНК:

• спектр поглощения в диапазоне 210-310 нм;
• данные электрофоретического анализа с использованием маркеров длины, позволяющих достаточно точно оценить средний молекулярный вес препарата.

Данные о качестве ДНК в любом случае будут нужны до подведения итогов.

  К сожалению, выходит, что секвенирование РНК выполнить не получается.

  Вороний глаз, вороний глаз отсеквенируем!
(Подозреваю, что конкурс NGS проектов так организован, чтобы участники смогли сами прикинуть, потянут ли указанные мощности приборов представленные геномы).

 
(Подозреваю, что конкурс NGS проектов так организован, чтобы участники смогли сами прикинуть, потянут ли указанные мощности приборов представленные геномы).
На странице конкурса указаны протяжённость чтений и сколько чтений может быть.
Так что для Роша предполагаемое количество нуклеотидов составит 700*10 000 --- 700* 100 000 = от 7 000 000 до 70 000 000  нуклеотидов.
Для Солида 75*50 млн --- 75*500 млн = от  3,750 млрд до 37,500 млрд нуклеотидов.
Для Майсека 300*1 млн --- 300*5 млн = от 300 млн до 1,5 млрд нуклеотидов.

Для секвенирования геномов de novo покрытие должно составлять не менее 30. То бишь каждый нуклеотид должен прочитаться не менее 30 раз.
Таким образом, если хотим собрать геном целиком и его раньше никто и никогда не читал, то геном для прочтения на Роше должен составлять 250 тыс -2,5 млн. нуклеотидов; на Солиде 125 млн - 1,25 млрд.; на Майсеке 10 млн - 50 млн нуклеотидов. При этом стоит учесть, что одноконцевые чтения (на Солиде и Роше) полного генома не дадут, какое бы ни было покрытие, хоть 100, хоть 200. С третьей стороны, чем длиннее чтение, тем лучше соберутся потом геномные контиги.
Для проектов, требующих ре-секвенирования (когда геном уже известен), можно и поменьше покрытие, 10кратное.
Одноконцевые чтения лучше использовать для чего-то небольшого по длине или для ре-секвенирования. Рош можно ещё  использовать, чтобы сшить вместе уже имеющиеся контиги, которые непонятно как друг относительно друга располагаются.

  Очень правильные слова.

На 454 можно попробовать de novo бактериальный геном (в надежде, что там не слишком протяженные повторы).
SOLID больше подходит для ресеквенирования. Только все-таки диапазон 0,4-4Gb.
А MiSeq нечто среднее между ними.

Что-то ABI опять подводит и не шлет реактивы.

  Вопрос к организаторам: а если библиотека нетривальная, с необычным баркодингом (требует заказа доп. олигов, временных затрат и т д) , сделаете? Или самим?И кстати, можно ли присылать готовую библиотеку, а не днку?..

  Я так понимаю, потому и конкурс: в результате организаторам нужно будет выбрать наиболее подходящие для заданных характеристик приборов и менее проблемные для секвенирования образцы.

"Ну, м.б. можно объединить силы? Один человек, опытный в NGS, планирует работу и выбирает объект. Другой договаривается об объекте и выделяет ДНК. И т.д. "
Ну, если нужна консультация, напишите, что-нибудь могу посоветовать. Общее образование в области NGS всегда полезно. На истину в последней инстанции не претендую, но по крайней мере скажу, с чем не стоит заморачиваться. 

Ещё всякие митохондриальные и хлоропластные геномы можно. Поиск снипов в полном геноме проводить. Ампликоны секвенировать. Какие-нибудь недлинные фрагменты. Кстати, я думаю, что РНКовые образцы всё-таки тоже можно попробовать предложить, если прислать образцы в формате кДНК и их направленность не важна.

  Да, вариант кДНК возможен.
Вообще желание участвовать в конкурсе не должно быть абстрактным. Человек должен понимать почему, как и зачем он хочет отсеквенировать что-либо.

  Очень правильные слова.

На 454 можно попробовать де ново бактериальный геном (в надежде, что там не слишком протяженные повторы).
СОЛИД больше подходит для ресеквенирования. Только все-таки диапазон 0,4-4Гб.
А МиСея нечто среднее между ними.

Что-то АБИ опять подводит и не шлет реактивы.