Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Sobolechek |
Сообщение было отредактировано Sobolechek - 23.10.2017 19:07 |
Horse-radish Участник |
|
Sobolechek |
(Horse-radish @ 23.10.2017 17:51) По всей видимости повис на стадии "Синхронизации красителей" после остановки процесса так сказать "с пинка". Неоднократно перезагружала и постоянно на этой стадии виснет |
dk Постоянный участник Россия |
Кстати - сколько лет прибору? С этими Био-Радами была проблема - через 1,5 года эксплуатации (после истечения гарантии) в блоке детекции горела какая-то схема. Это было актуально года 3 назад, потом, вроде, что-то уже на заводе "починили". |
Sobolechek |
(dk @ 23.10.2017 19:50) При включении прибор просто проходит самодиагностику, без синхронизации красителей и пр. (его же можно просто как С-1000 ПЦРницу использовать). У Вас же прибор "виснет" при попытке использовать его как реал-тайм, или вообще не грузится? Т.е. Вы его включаете с закрытым блоком, он проверяет сам амплификатор, потом проверяет оптическую систему (отчётливо жужжит в самом CFX-блоке). Вот он у Вас на каком этапе "виснет"? Или он проходит полную внутреннюю диагностику и "не понимает" уже реальный протокол? уже ушла с работы, но вроде бы после попытки включения он так не разу не зажужжал, т.е. как вы говорите до проверки самой оптической системы дело так и не дошло. Завтра приду на работу и точно отпишусь, если сейчас что напутала. А прибору 3 с небольшим года
Кстати - сколько лет прибору? С этими Био-Радами была проблема - через 1,5 года эксплуатации (после истечения гарантии) в блоке детекции горела какая-то схема. Это было актуально года 3 назад, потом, вроде, что-то уже на заводе "починили". |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
Horse-radish Участник |
Сообщение было отредактировано Horse-radish - 23.10.2017 16:21 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Horse-radish @ 23.10.2017 17:19) Дык, у ТС прибор самодиагностику пройти не может, при чем тут обновение софта? Никак железо в циклере заело... А Вы внимательнее прочитай первый пост ТС - Включаю программу на компьютере, она прибор либо не видит вообще, либо пишет "Устанавливается связь с прибором" и дальше ничего...
|
ksm Постоянный участник |
ЮСБ-порты нормально работают? флешки, другие юсб-девайсы запускаются? |
Sobolechek |
(-Ъ- @ 23.10.2017 20:39) Те охламоны, которые загрузили "сложную программу постановки", заодно и обновили вашу программу на компьютере (а Вам про это не сказали), после чего программа уже не видит прибор. Если сохранился диск со старой программой, переустановите ее и продолжайте работать без дополнительных расходов на сервис, все должно быть ОК. Прибор действительно не может пройти самодиагностику после того, как завис в процессе прогона этого сложного протокола и неправильного отключения. Если вы работали с этим прибором, то знаете, что при каждом включении он проверяет себя на ошибки и обычно пишет, что ошибок не обнаружено. А сейчас выдает то, что я написала в самом начале. Поэтому и программа на компьютере его не видит скорее всего, тк он не готов к работе. Тоже была мысль, что слетела программа после неправильного отключения, но смогу ли я сама переустановить ее и решит ли это мою проблему, я не уверена. Картинки: IMAG1397.jpg — (466.49к) |
Sobolechek |
(ksm @ 23.10.2017 23:40) Перво-наперво я бы снес программу на компе и переустановил ее. ЮСБ-порты нормально работают? флешки, другие юсб-девайсы запускаются? Тоже к этому варианту склоняюсь, что без этого не обойтись, но страшно, блин, чтоб еще хуже не сделать. Комп в полном порядке. Спасибо. |
ksm Постоянный участник |
виндовс на компьютере не обновляли? |
Sobolechek |
(Horse-radish @ 23.10.2017 21:19) Дык, у ТС прибор самодиагностику пройти не может, при чем тут обновение софта? Никак железо в циклере заело... А что вы имеете в виду под фразой "железо заело"? |
ksm Постоянный участник |
|
Sobolechek |
(ksm @ 23.10.2017 23:45) не обижайтесь, мне с трудом верится, что эту конкретно систему можно "вынести" поставив "сложную" программу. ЦФХ-су по сути пофиг сложность протокола, или они его криптовалюту майнить заставили?! виндовс на компьютере не обновляли? Нет, вроде обычный прогон количественной ПЦР. Год назад тоже его пытались прогнать, этот же самый протокол, так прибор переварил и запустил его только раза с третьего, и то только после того, как Мельтинг из него убрали в отдельный прогон. А так - тоже ни в какую не хотел запускаться. Завтра буду на работе, могу скрин с протоколом с компа скинуть, если интересно, что мой циклер переварить не может(( Виндовс не обновляли Сообщение было отредактировано Sobolechek - 23.10.2017 18:57 |
Sobolechek |
(ksm @ 23.10.2017 23:49) "но смогу ли я сама переустановить ее и решит ли это мою проблему" не сложнее чем любую другую программу. если есть ноут ваш собственный - попробуйте установить на него, потренируйтесь. там к софту подробная интрукция была Диск бы еще найти загрузочный. А попробовать установить прогу сначала на другой комп - это идея, спасибо) |
ksm Постоянный участник |
|
Sobolechek |
(ksm @ 24.10.2017 00:01) Не пробовала полностью отключать, но что-то мне подсказывает, что он повиснет на этой же стадии. Или может быть разница? |
kblag Постоянный участник |
Я бы попробовал его запустить в разобранном состоянии, может и расклинит мозги. Или может быть разница может быть: у CFX интерфейс связи - слабый момент. Сообщение было отредактировано kblag - 23.10.2017 19:10
|
ksm Постоянный участник |
(Sobolechek @ 23.10.2017 20:05) Не пробовала полностью отключать, но что-то мне подсказывает, что он повиснет на этой же стадии. Или может быть разница? нет, просто тогда софт на компе тут ни при чем. ну, диагностика у Био-Радовцев вроде бесплатная... |
Sobolechek |
(ksm @ 24.10.2017 00:15) А калибровка не может слететь? Если он на экране пишет "синхронизация красителей" Это как понимать? |
Sobolechek |
(kblag @ 24.10.2017 00:08) Если Вы отключили питание во время прогона, то в инструкции есть рекомендации в разделе Действия при сбое питания. Правда там больше про заблокированную крышку, но может - это Ваш случай. Вкратце - отсоединить верхнюю часть прибора от нижней. Сделать - это не сложно, в инструкции есть картинки - проверено на своём опыте Я бы попробовал его запустить в разобранном состоянии, может и расклинит мозги. может быть: у CFX интерфейс связи - слабый момент. Ну крышку сейчас открывает и закрывает он без проблем, правда с кнопки на самом циклере, а не с компа. Так не хочется лезть в его внутренности и разбирать, да и скорее всего начальство не позволит. Вообще очень надеюсь на то, что за ночь его само собой как-нибудь расклинит и завтра он будет в полном порядке |
Sobolechek |
Сообщение было отредактировано Sobolechek - 24.10.2017 08:34 Картинки: 2017_10_24_12_27_28.png — (64.08к) |
kblag Постоянный участник |
Так не хочется лезть в его внутренности и разбирать отсоединить у биорада низ от верха - это стандартная процедура, он для этого и создан модульный По протоколу, Вам и правда нужно на двух этапах считывать кривые ? |
ksm Постоянный участник |
|
Sobolechek |
(kblag @ 24.10.2017 15:18) отсоединить у биорада низ от верха - это стандартная процедура, он для этого и создан модульный По протоколу, Вам и правда нужно на двух этапах считывать кривые ? Как мне сказали, нужно именно два считывания, а потом эти два сигнала как-то автоматически объединяются в один, и сделать это можно только на СФХ-е. Ну а в подробности я не вдавалась, как я говорила уже, я с таким протоколом не работаю. Действительно отсоединить оптический блок от амплификатора очень просто. Подставили этот блок в другой точно такой же амплификатор и вуаля, прибор заработал, но не надолго. Запустила простенький протокол и на втором-третьем считывании плашки прибор (амплификатор) замкнул и сгорел. Теперь в наличии имеем один зависший амплификатор и один сгоревший. И непонятно что еще с оптическим блоком. Завтра повезем в Новосибирск в сервис Сообщение было отредактировано Sobolechek - 24.10.2017 12:26 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Во-впервых для Биорада 15 мин на денатурации - нонсенс, это прерогатива только Аплайд со своим АмлиТак Голд. Возможно из-за этого прибор впал в ступор. А во-вторых, считывание сигнала два раза в одном цикле (что это было !) может задать только охламон! Вообще-то при наборе такой программы прибор должен был возмущаться. Мелтин задавайте ПОСЛЕ пцр и не мучайте циклер. |
Sobolechek |
(ksm @ 24.10.2017 16:01) ну, правильно, два считывания - это даже для ЦФХ-са слишком! зачем вы детям разрешаете с оборудованием играться? Да в том то и дело, что вроде не дети игрались, а вполне себе нормальный такой кандидат наук) А сегодня спалили еще один амплификатор. Представляю, сколько в сервисе с нас за ремонт попросят(( |
Sobolechek |
(-Ъ- @ 24.10.2017 17:27) Согласен с ksm, что за дикая программа? Во-впервых для Биорада 15 мин на денатурации - нонсенс, это прерогатива только Аплайд со своим АмлиТак Голд. Возможно из-за этого прибор впал в ступор. А во-вторых, считывание сигнала два раза в одном цикле (что это было !) может задать только охламон! Вообще-то при наборе такой программы прибор должен был возмущаться. Мелтин задавайте ПОСЛЕ пцр и не мучайте циклер. Год назад этот же самый протоком раза с третьего или четвертого, но мы запустили. Прибор тоже очень долго ругался. Ну вот нужен именно такой протокол и всё!!! Мне тоже кажется что 15 мин для денатурации это через чур много. У нас есть и Аплайд и Биорад, но мне как пользователю Биорад нравится намного больше. Завтра придется Аплайд включать. З.Ы. уже страшно после двух загубленных приборов за два дня |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
Sobolechek |
(-Ъ- @ 24.10.2017 17:42) Время на денатурации, а иногда и температура, зависит не от вкусов пользователя, а используемой в реакции полимеразы. Какая у Вас полимераза в работе? Да я знаю конечно, для разгона моей полимеразы достаточно 3 мин. чтоб уже там все проденатурировало. Нам постоянно приходит с ООО"СибДНК" Новосибирск, без подписей, и как она называется я вот так на вскидку не скажу, надо искать. А вот что за полимеразу использовали в этом прогоне, это уже другой вопрос и на него я не могу ответить. |
kblag Постоянный участник |
как-то автоматически объединяются в один, и сделать это можно только на СФХ-е. СФХ не объединяет считывания, а позволяет их смотреть по отдельности. Во-впервых для Биорада 15 мин на денатурации - нонсенс, это прерогатива только Аплайд со своим АмлиТак Гол никто не мешает запускать апплайдовскую полимеразу на биораде или может у них своя с химической модификацией А во-вторых, считывание сигнала два раза в одном цикле (что это было !) может задать только охламон! возможно это чудо программа, где работают последовательно зонды с разной температурой плавления хотя тогда лучше делать сначала температуру выше, а потом ниже Сообщение было отредактировано kblag - 24.10.2017 12:55 |
Horse-radish Участник |
To Sobolechek: под фразой "железо заело" я имел ввиду, что в механической части прибора произошли неполадки (заклинило, сломалось и т.д.). |
ksm Постоянный участник |
(Horse-radish @ 24.10.2017 17:46) Мда, развели истерику по протоколу. 15 минут для хот-старта вполне норма для химически заингибированной полимеразы. Коли СФХ-мэнеджер соржрал протокол, значит циклер технически его потянет. To Sobolechek: под фразой "железо заело" я имел ввиду, что в механической части прибора произошли неполадки (заклинило, сломалось и т.д.). коли мы с вами о Био-Раде говорим, то ваше правило насчет "Коли СФХ-мэнеджер соржрал протокол, значит циклер технически его потянет. " сомнительно. с вашего позволения продолжу истерику: лично мне в протоколе нравится милосердное снижение температуры с 95/15' до 94/15'' |
kblag Постоянный участник |
с вашего позволения продолжу истерику: лично мне в протоколе нравится милосердное снижение температуры с 95/15' до 94/15'' Енто на Руси тачдауном зовётся!! А вообще зачинщик темы уже написал, что мопед не его, поэтому особого смысла обсуждать протокол нет... |
Sobolechek |
Прошу помощи по калибровке! Калибровщик есть, программа для калибровки тоже, но как закапывать плашку для калибровки я, хоть убей, не помню, хотя делала это собственноручно 3 года назад( Полазила на сайте компании, но ничего, кроме как обратиться к оф поставщику я не нашла. Уважаемые эксперты, как калибруете это чудо науки и техники, кт мне не особо нравится, дайте пожалуйста какие-нибудь рекомендации. |
kblag Постоянный участник |
на середине прогона (после 25-го цикла) выдаёт яму под 1000 ОЕФ - яма потом в ноль возвращается?
|
Sobolechek |
(kblag @ 27.10.2017 16:31) Сначала флюресценция как-то странно начинает расти, почти с первых циклов, потом провал на середине и потом опять рост, выше нуля с 40-го цикла где-то (всего циклов 48 согласно инструкции производителя набора). В общем получается не очень красиво. Пойду достану инструкцию еще раз Сообщение было отредактировано Sobolechek - 27.10.2017 11:55 |
Sobolechek |
(kblag @ 27.10.2017 16:31) И что самое интересное, ставлю обычное Так-Ман генотипирование. Так вот, если исследуемый образец - гомозигота по аллелю, который выявляется этим неоткалиброванным каналом, то там все красиво и замечательно. Никаких провалов, а очень четкий рост флюоресценции после 25-го цикла. А если гетерозигота или гомозигота по "откалиброванному аллелю", то вот эта непонятная ерунда с ямами |
kblag Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано kblag - 27.10.2017 15:51 |
ksm Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано ksm - 27.10.2017 20:44 |
Sobolechek |
(ksm @ 28.10.2017 01:39) Соболечек, как разберетесь с калибровкой, будьте так любезны, вспомните, что научный метод познания требует от вас, чтобы проклятый протокол ПЦР был запущен на термоциклере Applied Biosystems! мы все с нетерпением ждем результатов! Этот проклятый протокол ПЦР пытался запустить сотрудник не нашей лаборатории и даже не нашего института. Обратился к нам за помощью, зная, что у нас есть чудо-прибор СФХ. Вот с такими вот печальными последствиями решили помочь своему коллеге. Поэтому будут ли еще попытки запустить этот протокол, я не знаю Сообщение было отредактировано Sobolechek - 01.11.2017 08:18 |
dk Постоянный участник Россия |
И если чудо-протокол умудрится довести до смерти и "Степан+" - то его надо немедленно патентовать как высокотехнологическое оружие!
|
kblag Постоянный участник |
|
Sobolechek |
Сообщение было отредактировано Sobolechek - 01.11.2017 08:17 |
kblag Постоянный участник |
|
Sobolechek |
(kblag @ 30.10.2017 02:28) А Вы в биорад с этой проблемой обращались? Может лучше пусть там проверяют Вообще, если прибор программу принял без вопросов и сломался, то это явно не проблема пользователя и чинить должны они. В био-рад мы не обращались. СФХ на следующий день уехал в СЦ в Новосибирск. Оттуда ответа тоже еще не было, сервисный инженер будет только на этой неделе |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Буйная фантази. Конечно, у бедного био-рада мозги раскалились. |
kblag Постоянный участник |
|
Sobolechek |
(kblag @ 30.10.2017 18:46) Протокол был взят из этой статьи Там же и все объяснения, зачем и почему так |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |