Задача какая научная у вас?  Как вариант можно сделать миниген, удалив протяженные интроны.
Будет вероятно сильно меньше 18 кб, зависит от гена. Клонировать естественно по кускам и потом собирать.
Как заменить промотор? да очень просто. не клонировать в плазмиду нативный, а вместо него поставить индуцибельный.
какой индуцибельный взять? сложно  сказать не знаю что у вас за ген, какие научныее цели и тп.
ну например доксициклин индуцибельный. мышам в воду добавлять доксициклин.
как вставить замену в ген? с помощью ПЦР-мутагенеза.

но честно говоря, если вы задаете такие вопросы - то стоит начать с азов генной инженерии и молекулярного клонирования.

  Чтобы сделать миниген нужно знать какие интроны можно выкинуть?
ПЦР-мутагенез для 18 кб подойдет?
В принципе используют для вставки в геном полноразмерный ген или предпочитают ограничиться кДНК версией?

  дизайн минигена индивидуален в каждом случае. обычно убирают самые протяженные интроны.

для 18 кб мутагенез??  еще раз повторю, разберитесь с азами молекулярной биологии, прежде чем ставить такие задачи.
мутагенез делать в небольшом фрагменте гена и потом собирать полную конструкцию.

можно полноразмерный , можно кДНК. для экспрессии трансгена очень часто важно наличие интронов. поэтому в идеале полноразмерный, но может и кДНК работать хорошо.
все индивидуально для каждого гена. не проверишь -не узнаешь.

  Мутагенез на небольшом фрагменте я представляю как делать.