Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Herba · Конференции · Альгология · Фото растений · Изображения растений · Миксомицеты
Иконотека · Живые растения · Биокартинки · Образцы гербария · Материалы А.Шипунова

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Новости систематики и эволюции -- Объявления --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Kovalevsky
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.02.2008 22:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Пожалуйста

Файл/ы:

скачать файл alv.pdf
размер: 733.99к
кол-во скачиваний: 365




Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): grumbler
Участник оффлайн! lesha74
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.02.2008 03:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(plantago @ 26.01.2008 03:34)
Ссылка на исходное сообщение  Новости систематики и эволюции
Вышел номер журнала "Zootaxa", посвященный юбилею Линнея и заодно систематике различных групп животных -- http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html

Большинство статей -- в свободном доступе.

user posted image

Вы не подскажете, есть ли где-то среди этих статей, и если есть то среди каких, данные (археологические или молекулярные) о первых появлениях каких-либо типов, либо надтипов, либо классов?
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 22.02.2008 06:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Я думаю, Вам стоИт скачать эти статьи и посмотреть. Возможно, Вас также заинтересуют статьи из недавней "Hydrobiologia" -- http://www.springerlink.com/content/l2880l521787/
Участник оффлайн! grumbler
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.02.2008 09:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Большое спасибо! smile.gif
Участник оффлайн! lesha74
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.02.2008 03:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(plantago)
Хороший обзор по проблеме происхождения эукариот опубликован в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7084/abs/nature04546.html).

Не скажете, нет ли там данных о времени появления (либо по археологическим, либо по молекулярным данным) тех или иных типов или надтипов или классов? Если есть, то не выложите статью на форуме?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Atropos
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 23.02.2008 08:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Написал Вам личное сообщение.
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.02.2008 09:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Описание нового фотосинтетического представителя Альвеолят (Alveolata) -- группы, которая включает инфузорий, динофлагеллят и паразитических споровиков (Apicomplexa) -- опубликовано в сегодняшнем номере Nature.

Замечу, что данная схема – хорошая иллюстрация того, что "экономные модели" эволюции не поддерживаются молекулярными данными (посмотрите на число гомоплазий).

Сообщение было отредактировано Juglans - 23.02.2008 18:18

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): plantago, Atropos
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 05.03.2008 22:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

В интернете появилась «Энциклопедия жизни»
user posted image
26 февраля в интернет были выложены первые страницы «Энциклопедии жизни» ( http://eol.org ) — крупномасштабного проекта, вдохновленного выдающимся американским энтомологом и социобиологом Эдвардом Уилсоном. Согласно замыслу, новая интернет-энциклопедия должна включить в себя основные сведения обо всех известных науке видах живых организмов (которых насчитывается уже почти 2 млн). Предполагается, что энциклопедия будет непрерывно обновляться. Руководители проекта надеются, что сумеют привлечь для работы над энциклопедией тысячи квалифицированных специалистов и найти средства для ее дальнейшего развития. Если этот проект удастся осуществить в задуманном объеме, «Энциклопедия жизни» станет главным сетевым источником информации о разнообразии жизни на Земле для биологов и для всех, кто в этой информации заинтересован. Доступ к энциклопедии будет полностью открытым.
(Из статьи П.Н.Петрова с сайта "Элементы" -- http://elementy.ru/news/430687)
===
От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г.

Всего благодарностей: 13Поблагодарили (13): Baguk, taniusha, А, Радимира, Atropos, Petrov-Uralskiy, Mike Shelk, XIMIK, Sod, Evgeniy80, VEG, Saveta, DocSnip



Сообщение в колонке новостей: Наука: общая и молекулярная биологияСообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология"
05.03.2008 22:18
Участник оффлайн! taniusha
Участник
Санкт-Петербург



 прочитанное сообщение 06.03.2008 14:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): plantago
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.03.2008 14:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Вообще этот проект уже "посорил" некоторых коллег.
Участник оффлайн! taniusha
Участник
Санкт-Петербург



 прочитанное сообщение 06.03.2008 14:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

"поссорил"? А почему?
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 06.03.2008 17:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(taniusha @ 06.03.2008 03:11)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

Спасибо! Для этого надо знать английский и русский wink.gif и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу?
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 06.03.2008 17:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Juglans @ 06.03.2008 03:14)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще этот проект уже "посорил"  некоторых коллег.

Что же произошло? Очень любопытно узнать.
Guest
IP-штамп: frodMfGaga.qM
гость



 прочитанное сообщение 07.03.2008 14:45     Сообщение для модератора       

(plantago @ 06.03.2008 16:55)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо! Для этого надо знать английский и русский wink.gif и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу?

Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь wink.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): plantago
Участник оффлайн! taniusha
Участник
Санкт-Петербург



 прочитанное сообщение 07.03.2008 14:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Извините, забыла авторизоваться. Предыдущий пост - это мой

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): plantago
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 07.03.2008 18:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 07.03.2008 03:45)
Ссылка на исходное сообщение  Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь  wink.gif

Разумеется, подходит. Кстати, коллеги очень обрадовались, что есть желающие переводить. Кого бы еще найти с украинским (и может быть, белорусским и казахским) языками?
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.03.2008 18:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

plantago
В моем случае американцы прохладно отнеслись к Tree of Life, а европейцы в отместку прохладно отнеслись к американскому проекту.
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 07.03.2008 23:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Не понял. Tree of Live (AToL) или Encyclopedia of Life (EoL)? К тому же оба проекта -- американские...
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.03.2008 10:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Я честно говоря уже и не помню (у меня разболелась голова от их взаимных упреков). Но есть и Tree of Life (правда, он также американский). Однако главный спор был по поводу создания банка ДНК (каждый хочет, чтобы это было в его стране).

Вообще я скептически отношусь к таким проектам, поскольку масштабного финансирования ожидать не стоит, энтузиастов мало. Был свидетелем того, как специалист поручил составить базу по родам и видам своих postgraduates . Я бы не отказался проверить их список, но мне не предложили. В итоге там ТАК много опечаток и ошибок, что просто жуть. И все это висит уже 4 года, ни у кого нет времени исправлять (т.к. закончились деньги на этот проект). Но даже если выделят много денег, то на них могут "слететься" не слишком сведущие, но бойкие специалисты.
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 08.03.2008 11:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Денег довольно много, даже по американским стандартам. Это пока. А про ДНК -- это не к нам.
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 08.03.2008 11:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(taniusha @ 06.03.2008 03:11)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

В общем, вот те файлы, которые нужно перевести. Один для русского, другой для украинского (ежели будут добровольцы). Там сейчас французский, его надо заменить на русский или украинский.
Вот небольшая инфа от Peter Mangiafico:
===
Attached is the translation file for the bits of the EOL that can be
translated. There isn't a nice web interface to do the translations
at the moment, so a text editor is required. The file format looks
like this:

#comment
key: phrase to be translated

Instructions:

1. The formatting of the file is one phrase per file, with a
translated phrase and a "key" that is used in the code to refer to
that phrase.
2. Comments are denoted with "#" at the start of the line.
3. The key is always first on each line followed by a colon. The
phrase follows the colon. Keys shouldn't be changed of course.
4. The key is usually the same as the phrase that needs to be
translated, in lowered case with underscores instead of spaces, except
when the phrase is quite long. In that case, the key has been
shortened and the phrase to be translated is shown *above* the key in
a comment.
5. Some phrases have special brackets in them {like this}. Please
leave those brackets and the text inside them *as is* in your
translations and just move them to the correct place. The text
between the brackets is replaced dynamically by the code (if they text
inside the brackets also needs to be translated, it will have it's own
key elsewhere).
6. In some cases, it's important that the translation is not longer
than the english (for example, text in the menu structure). These
special cases are denoted at the top of the file.
7. Please don't add extra characters and use a normal text editor only.

Attached are files for German (de.yml), Russian (ru.yml), and
Ukrainian (uk.yml). Just change the translations from French to that
language! Also, if you can supply the text for your language for the
language selection menu that would be good (e.g. the menu that says
"English - EN, Francais - FR, Deutch - DE" etc.) We won't worry about
text in images for now...
===
Я только поменял название украинского файла на более правильное "ua.yml", и положил каждый в zip-архив, чтобы движок форума не возражал.

Файл/ы:

скачать файл ru.zip
размер: 5.18к
кол-во скачиваний: 185



скачать файл ua.zip
размер: 5.18к
кол-во скачиваний: 163


Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.03.2008 13:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Две интересные статьи о крапивных . Профессиональные ботаники с ними знакомы, но не все на форуме имеют доступ к Ботаническому журналу:

Бот. журнал. 2007 (1). Т. И. Кравцова. СИСТЕМА СЕМЕЙСТВА URTICACEAE
Проведенное сравнительно-карпологическое исследование представителей 44 родов сем. Urticaсеае выявило ряд новых, важных для систематики семейства морфолого-анатомических признаков плода — анатомических признаков перикарпия, семенной кожуры и дополнительного покрова плода, особенностей строения гинецея, вариаций числа и типа плодов, заключенных в обертку, наличия или отсутствия специфических типов плода и семени. Разработана классификация таксономически значимых карпологических структур. Результаты исследования в основном согласуются с системой семейства Weddell (1854 и др.), его делением на трибы, однако свидетельствуют о необходимости переноса родов Hemistylus и Rousselia из трибы Parietarieae в трибу Boehmerieae и исключения из трибы Boehmerieae рода Touchardia. Они подтверждают также предполагаемое Friis (1989, 1993) на основе анализа комплекса морфологических и биохимических признаков близкое родство триб Boehmerieae, Forsskaoleae и Parietarieae. Предложен новый вариант системы семейства, основанный на совокупности всех традиционно используемых признаков и впервые выявленных нами карпологических признаков. Она включает впервые установленные 3 подсемейства Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae и 5 триб, из которых одна (триба Touchardieae) описана нами впервые. В трибе Boehmerieae впервые описаны подтрибы Boehmeriinae и Myriocarpinae. Всем надродовым таксонам присущ специфический комплекс карпологических признаков.


Бот. журнал. 2007 (5). Т. И. Кравцова, А. А. Оскольский КЛАДИСТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СЕМЕЙСТВ URTICACEAE, CECROPIACEAE И MORACEAE
НА ОСНОВЕ КАРПОЛОГИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ
Для выяснения филогенетических отношений 55 родов из трех близких семейств Cecropiaceae, Moraceae и Urticaceae предпринят их кладистический анализ по 79 признакам плода, семени и пестичного цветка. Большинство признаков относится к структуре перикарпия и семенной кожуры. На полученной кладограмме представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу, представляющую собой политомию из 4 ветвей: 1) Dorstenia; 2) Ficus; 3) субклады, объединяющей 4 рода трибы Moreae (Morus, Broussonetia, Chlorophora и Madura); и 4) крупной субклады, включающей Urticaceae и Cecropiaceae. Полученные результаты показывают парафилию Moraceae. Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство. В составе Urticaceae + Cecropiaceae выделяются субклады, полностью или частично согласующиеся с трибами сем. Urticaceae (Weddell, 1856—1857, 1869) и подсемействами Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae (Кравцова, 2007); подтверждена возможность переноса родов Hemistylus и Rousselia из Parietarieae в Boehmerieae (Кравцова, 2007). Рассмотрен семофилез некоторых карпологических признаков. Показано, что билатерально симметричные плоды вторичны по отношению к плодам асимметричным. Крыло плода, образованное перикарпием, возникало в исследуемых родах редко, в сем. Ulmaceae (Ulmus) и в некоторых линиях развития Urticaceae. Крыло плода из околоцветника сформировалось в разных линиях развития Urticaceae, а крыло из брактей — у представителей подсем. Boehmerioideae. Отмечена тенденция к уменьшению числа слоев перикарпия от 9 и более до 4 и 3, связанная с уменьшением величины плода. Обнаружено, что слизевые клетки в перикарпии появлялись независимо в разных кладах; среди Urticaceae + Cecropiaceae прослеживается тенденция к увеличению их количества в экзокарпии. Появление слизевых клеток в мезокарпии некоторых Moraceae (Broussonetia, Morus, Chlorophora), а также у Dendrocnide, Urera и Poikilospermum сопряжено с формированием у них сочных плодов. Показано, что перфорированная семенная кожура независимо появляется и исчезает во многих кладах, что не подтверждает мнение Т. Takaso и Н. Tobe (1990) о том, что она представляет собой общую архаичную черту всех Urticales.


Хотел бы остановиться на последней статье. Не совсем понятно, почему авторы выбрали WinClada: эвреститческий анализ делает и PAUP, причем при большом числе признаков и видов он может найти более экономные деревья. Я бы понял, если бы авторы использовали главную "фишку" винклады – ratchet-анализ, но они его не используют. Авторы пишут " представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу". Однако Внешним в WinClada может быть только один таксон (в данном анализе это Zelkova) – уже Ulmus оказывается "внутренним" и не имеет большого влияния на определение полярности состояний. В PAUP можно было бы оба рода ильмовых использовать как внешние группы, что, вероятно, могло бы привести к выделению не 4 линий. Вообще тестирование кладограмм на устойчивость через замену внешних групп (хотя бы) – это то, чего не хватает многим исследованиям. Изменение топологии кладограммы может привести и к иной трактовке отдельных семофилезов.
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 12.03.2008 22:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Juglans @ 12.03.2008 02:32)
Ссылка на исходное сообщение Не совсем понятно, почему авторы выбрали WinClada

Спросите у автора (Asafich)
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 12.03.2008 22:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Juglans @ 12.03.2008 02:32)
Ссылка на исходное сообщение ....Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство.

В принципе, все это уже показано Sytsma et al., 2002: http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/89/9/1531
Разумеется, морфологическая поддержка очень полезна.
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.03.2008 13:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

plantago
Дело не в морфологической поддержке, а в семофилезах. WinClada имеет более удобный интерфейс, чем PAUP для Windows, дает более наглядные схемы изменения признаков.
Участник оффлайн! Asafich
Постоянный участник
St.Petersburg



 прочитанное сообщение 13.03.2008 14:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Скажу честно: WinClada была выбрана лишь потому, что на тот момент у меня не было возможности освоить PAUP. Вообще, это мой первый опыт кладистического анализа крупного массива морфологических данных и, скорее всего, последний: мне это дело очень не понравилось. И самое главная проблема тут - вовсе не алгоритмы обсчёта, а подготовка морфологических данных. По уму, тут ведь надо быть уверенным в сравнимости (т.е. в корректной гомологизации) структур у всех изучаемых видов, а в карпологии с этим плохо (терминология у них сугубо описательная). Из анализа, например, были исключены Moraceae с крупными семенами: мы с Таней Кравцовой (специалистом по Urticales и по карпологии) так и не придумали, как сравнивать их с прочими таксонами. Я даже удивляюсь, что на выходе получилось что-то осмысленное.

Что касается внешних групп, то я пробовал менять местами Zelkova и Ulmus - к существенным изменениям дерева это не приводило.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Juglans
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.03.2008 16:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Asafich
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно. Удивительно то, что вы построили такое неплохое древо только на карпологических признаках.
У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка. В PAUPе это возможно. К чему я это пишу? Вы бы могли ввести ancestor с одним единственным заданным состоянием "перфорированная семенная кожура" и проверить, насколько трактовка японских авторов изменит топологию кладограммы.

П.С. Думающий морфолог не может быть доволен компьютерными кладограммами априорно. smile.gif Но, увы, "с волками жить ..." - свои идеи приходится втолковывать и таким способом.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): plantago, Asafich
Участник оффлайн! Asafich
Постоянный участник
St.Petersburg



 прочитанное сообщение 13.03.2008 19:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Juglans
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно.

Там хватает ляпов, но я очень старался smile.gif

У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка.

Разве? Насколько я понимаю, первый таксон в матрице данных автоматически принимается в ней за внешнюю группу.
Участник оффлайн! lesha74
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.03.2008 03:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Друзья!
Подскажите, пожалуйста, в какой таблице брать "правильные" данные о происхождении ряда таксонов из статьи "Fossils and phylogenies: integrating multiple lines of evidence to investigate the origin of early major metazoan lineages" (в прикрепленном файле).
Собираю данные о происхождении всех типов и более крупных таксонов. Вроде, в этой статье некоторые из этих данных приведены в двух таблицах (см. прикрепленные файлы с таблицами из этой статьи). К сожалению, я не биолог и не соображу с используемыми в них обозначениями.
Так в таблице 1 приведена сначала "таксономическая единица" "Porifera, Silicea" (т.е. две в одной), а потом - таксономическая единица "Porifera". Как это понять? Что означает колонка Stem/crown и, соответственною, что означают приведенные там времена? А в таблице 2 какую колонку следует взять в качестве времени возникновения соответствующей таксономической единицы?
Заранее спасибо, Алексей.

Картинки:
 картинки уже нет на сайте: ________1.gif ________1.gif — (10.52к) 14.03.2008 — 28.03.2008  
 картинки уже нет на сайте: ________2.gif ________2.gif — (8.72к) 14.03.2008 — 28.03.2008  


Файл/ы:

Cartwright_2007._Fossils_and_phylogenies__integrating_multiple_lines_of_evidence_to_investigate_the_origin_of_early_major_metazoan_lineages.pdf
размер: 113.67к
кол-во скачиваний: 4
14.03.2008 — 28.03.2008

Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.03.2008 07:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Asafich
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи
Участник оффлайн! Asafich
Постоянный участник
St.Petersburg



 прочитанное сообщение 14.03.2008 18:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Juglans
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи

Тогда я не понимаю, каков операциональный КЛАДИСТИЧЕСКИЙ смысл понятия "гипотетический предок". Объясните, пожалуйста.
Участник оффлайн! Kovalevsky
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.03.2008 01:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(plantago @ 05.03.2008 20:14)
Ссылка на исходное сообщение 
===
От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г.


Украинский перевод у меня практически готов. Конечно, могут быть некоторые ляпы, так как без контекста не всегда можно подобрать оптимальный перевод, да и с падежами непонятно как будет, но файл могу переслать/вывесить на форум хоть сейчас
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 15.03.2008 01:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Спасибо!!! Давайте.
Участник оффлайн! Kovalevsky
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.03.2008 01:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Выкладываю

Файл/ы:

ua1.zip
размер: 5.51к
кол-во скачиваний: 3
14.03.2008 — 28.03.2008



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): plantago
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.03.2008 06:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Asafich

В кладистике существует априорное и апостериорное установление полярности состояний. Первое свойственно классической (хенниговой) кладистике, а второе - компьютерной. Однако PAUP позволяет исследователю установить базальные состояния. Если исследователь имеет свои представления о полярности состояний, которые отличаются от того, что реализуется в кладограмме с привлечением только внешней группы, то он может также ввести в анализ и их. Это непопулярная операция, поскольку противоречит доктрине компьютерного кладизме о недопустимости интуитивных измышлений относительно трансформационных рядов. Но даже теоретики компьютерного кладизма вынуждены признать, что онтогенетический критерий установления апоморфности-плезоиморфности может быть рассмотрен как значимый, даже если он противоречит критерию "внешней группы".

В макинтошевской оболочке PAUP имеет очень удобный интерфейс, там ввод предковых состояний прост. Но в Windows нужно входить во внутрь "текста" и вводить предковые состояния таким образом:

begin assumptions;
ancstates ancestor(vector)= 0000???10??01?00000????00???????1?????;
end;

? означает, что полярность этого состояния Вам неизвестна, для всех остальных программа будет исходить из того, что данное состояние имеет базальное положение, даже если это идет в разрез с состоянием внешней группы. Замечу, что не все состояния внешней группы PAUP и Winclada берет как плезиоморфные, а только те, которые поддерживают наиболее экономную кладограмму. Вводя ancestor Вы "насильно" заставляете программу исходить из плезиоморфности указанных состояний.

Маленький нюанс: если Вы редактируете данные через Nexus Editor, то он автоматически удаляет предковые состояния, которые были введены через PAUP.

Ввод предковых состояний можно сочетать с вводом внешней группы, но можно обходиться и без последней. Это очень важно в тех случаях, когда невозможно указать приемлемую внешнюю группу. Вот, например, если анализировать отдел мхов в целом, то и харовые, и любые другие водоросли в качестве внешней группы не подойдут. Поиск экономной кладограммые без внешней группы может оказаться крайне неадекватным, но ввод даже нескольких предковых состояний (несомненных с точки зрения специалиста) может кардинально изменить ситуацию.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Asafich
Участник оффлайн! Asafich
Постоянный участник
St.Petersburg



 прочитанное сообщение 15.03.2008 09:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Juglans
Большое спасибо за разъяснения! Да, я не знал об этой возможности, надо будет попробовать поэкспериментировать (на этот раз - с Araliaceae). Правда, я пока (в том числе и в работе с Urticaceae) старательно избегал подобных приёмов, поскольку соблазн подгонки в этом случае становится почти непреодолимым smile.gif
Участник оффлайн! Vladimir Matveev
Постоянный участник
Санкт-Петербург



 прочитанное сообщение 31.03.2008 08:22     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Виды животных, отвергнутых почему-то эволюцией:
http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/88/89.html
Участник оффлайн! grumbler
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.04.2008 15:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Cтатья в Nature - Dunn et al. Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life:
http://www.nature.com/nature/journal/v452/...ature06614.html
Странное какое-то дерево - гребневики в основании, а губки - сестринская группа книдарий.

Файл/ы:

скачать файл nature06614.pdf
размер: 380.62к
кол-во скачиваний: 219




Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): plantago, Juglans
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 13.04.2008 23:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Да, я тоже удивлен немного. Как-то не вяжется с Nature.
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.04.2008 01:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

А что удивляться?! Помните, как "прыгал" трихоплакс - от билатерий, через книдарий и гребневиков к губкам. Все это алхимия...
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 16.04.2008 01:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Ну, внизу там и вправду алхимия, по крайней мере, покуда до людей не дойдет, что ситуацию исправит лишь полная выборка таксонов (хотя бы до класса). Всего две губки на дереве из обсуждаемой статьи -- это позор.
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.04.2008 06:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Вышла новая книга Чайковского:

Активный связный мир. Опыт теории эволюции жизни.
Издательство: КМК, 2008 г.
Твердый переплет, 730 стр.

Книга основана на предыдущей книге автора (Наука о развитии жизни. М, КМК, 2006), но теперь изложение ведется на базе двух принципов - активности и сопряженности. Остальные закономерности эволюции (например, усложнение форм) выступают как их взаимодействие. Принципы общи для всех форм эволюции (от элементарных частиц до скоплений галактик), включая органическую и общественную жизнь, и известны давно. Однако в биологии их признанию 150 лет мешает та умозрительная идея, что на этом и только этом уровне над общими законами царит частный (отбор малых ненаправленных наследственных изменений). Его обнаружить в природе не удалось, и теорию надо строить без него.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): plantago
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 14.05.2008 05:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Новости систематики и эволюции
К сожалению, у меня нет возможности одновременно обновлять свою систему природы и постить сообщения на форум. Поэтому с июля 2007 года я перестал регулярно сообщать сюда о "новостях систематики и эволюции". Тем, кто хочет быть в курсе этих новостей:
1) Система организмов* обновляется раз в две-три недели. Разумеется, "новейшие достижения" отражаются в ней с авторской точки зрения. Можно также смотреть список изменений**
2) Список литературы*** обновляется еще чаще, где-то раз в полторы-две недели. Соответственно, можно найти все записи "2008" и "in press" и быть в курсе дела.
3) Он-лайн архив**** обновляется постоянно. Каждую папку можно отсортировать по времени и посмотреть новые поступления.
===
* http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.pdf
** http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.chlog
*** http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.bib
**** Для доступа к архиву просьба написать мне личное сообщение

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Juglans
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.05.2008 01:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

plantago
А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия? Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia?
П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): plantago
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 20.05.2008 02:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Juglans @ 19.05.2008 17:33)
Ссылка на исходное сообщение  plantago
А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия?
Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia?
П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus.

Спасибо за замечания и указания на ошибки. Все исправлено, новая версия (5.726) на сайте.
Все эти названия -- бинарные. Их правильно цитировать либо как "Phylum Sycon", либо как "6 Sycon".
Принцип отбора: (1) максимальное сходство с наиболее общепринятым названием, (2) название, употребленное в таком качестве (если можно, то наиболее часто), (3) название, чаще всего (или член группы "наиболее частых") использующееся в упоминаниях о группе. Пока, к сожалению, много шероховатостей. Вы уже указывали мне на некоторые, и если найдете еще, я буду очень благодарен.
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.05.2008 02:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

А Вы используете принцип приоритета? Т.е. если Клюге первым использовал бинарное название для классов ракообразных - они приоритетны?

stat. m. - это status mihi?
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 20.05.2008 03:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

По поводу приоритета -- я работаю с таксонами таких рангов, для которых принцип приоритета соблюдать не обязательно. Если же начать работать с "подпадающими" таксонами, то принцип соблюдать, естественно, надо. В то же время я готов признать приоритетные типификации, если они существуют. Поэтому Вы можете заметить, что я использую (за некоторыми исключениями) названия Н. Клюге отсюда: http://www.insecta.bio.pu.ru/z/sys-ins.htm
Извините, не ответил про stat.m. Там есть примечание вначале -- stat.m. = status mutabilis. "Status" понимается двояко, что неудобно -- и как ранг, и как целостность группы. Это связанные вещи, но все же разные.
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.05.2008 04:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

А что конкретно Вы имели в виду, когда поставили stat.m. для полиподиозой?
Участник онлайн! plantago
moderator
Minot, ND



 прочитанное сообщение 20.05.2008 06:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

То, что одно из возможных решений -- рассматривать их как группу наравне с Hydrozoa и Myxozoa. Вы, кстати, видели статью http://www.biomedcentral.com/1471-2148/8/139/abstract ?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Juglans
Участник оффлайн! Juglans
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.05.2008 14:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

За статью спасибо - не знал!

У Г.А. Клюге для эуметазой использовано название Homo, для Arthropoda – Scarabaeus (у вас по ошибке это название использовано и для Spiralia), для моллюсков – Limax, для Annelida - Lumbricus, плоские черви – Fasciola, книдарии – Medusa, ракообразные – Cancer, многоножки – Scolopendra.

Я бы не стал разделять панкрустаций и многоножек, объединив в общий подтип мандибулят (уж очень много общего в их морфологии – гораздо больше, чем у пантопод и хелицерат). Если использовать stat. m. (это вполне разумно), то и для ногохвосток, но не для моноплакофор (данные молекулярного анализа практически все малакологии подвергли резкой критике из-за очень короткого фрагмента). Хетогнаты – скорее sed. m., чем stat.m. Maxillopoda парафилетичны (я об этом уже писал). Тут такая особенность, что морфологически эта группа распадается на две четкие линии – копеподную и циррипедиальную. А вот объединить их по синапоморфиям трудно. В сущности, максилоподы – это аналог многоножек (у последних также выделяют синапоморфии, но их мало и они сомнительные). С птицами я так и не понял: различия между птицами и ящерицами меньше, чем между ксифозурами и паукообразными. Не должно быть «особых» групп.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Plant science / Herba · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.11.17 22:23
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft