Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Дырка при амплификации плазмиды -- нужны ваши советы! --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! igenetic

Москва



 прочитанное сообщение 07.10.2019 17:14     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Коллеги, может быть вы сталкивались с похожей ситуацией.

Амплифицирую плазмиду размером 4,5 кб с полимеразой Phusion HotStart Fermentas.

Реакцию ставлю с двух фосфорилированных праймеров. Один прямой имеет с 3'-конца копмлементарные матрице 20 нуклеотидов и 20 нуклеотидов на 5'-конце некомплементарные. Обратный праймер полностью комплементарен части матрицы с tac-промотором, таким образом, что на его 5'-конце находится область ТА-богатая область -10.

Так вот. Реакция проходит, и при последующем лигировании плазмида зашивается в кольцо, НО. Почти во всех клонах содержится делеция со стороны R-праймера, где область -10. Как правило отсутствуют все 6 букв, иногда меньше. Этот праймер заказывала новый и переставляла реакции с разными температурами отжига. Загадка в том (повторюсь), что делеция в итоговой плазмиде только со стороны обратного праймера, в области -10.

Может быть у вас есть какие-то мыли и рекомендации, как избежать такую делецию?
guest: petr
IP-штамп: frvKCqje1sDbE
гость



 прочитанное сообщение 12.10.2019 19:19     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Посмотреть бы на люратный праймер...
Ну первое что приходит в голову, образование вторичной структуры на конце праймера или амплифицированной плазмиды. Если есть возможность, то я бы удлинил обратный праймер с 5`конца чтобы сделать этот конец более тугоплавким
guest: petr
IP-штамп: frvKCqje1sDbE
гость



 прочитанное сообщение 12.10.2019 19:19     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Посмотреть бы на обратный праймер...

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Беседа · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 23.10.19 11:54
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft