Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Asterix Постоянный участник |
Ну а так что сказать , праймеры у вас посмотрел , все вроде нормально , ничего особо и не скажешь , просто берите и делайте . Ничего сложного этом действительно нет. Единственно что не забудьте тест на бактериальные эндотоксины купить чтоб препарат проверять ... и дочищать до тех пор пока в норматив не уложится значение. Придется несколько раз чистить и обьязательно каждый раз на новой колонке и свежем матриксе из банки, желательно под это дело новую банку открыть. , а то эти дела они липкие , они застревают на матриксе и хрен отмоешь. |
genseq Постоянный участник |
Что касается клеточного иммунитета, то с ним сложнее. Есть парочка неплохих эпитопов, но с ними нужно ещё разбираться. Если разберусь, то постараюсь что-нибудь придумать. Возможно, в духе Пфайзера и Модерны, но есть варианты и получше.
|
Asterix Постоянный участник |
Может ли иммунизация или первичное переболевание создавать больше проблем при повторном заболевании? Может, если изначально формируется не оптимальный иммунный ответ (для выживания особи). Можно назвать его проще - "неправильный". Известно, что есть виды и породы животных, очень уязвимые к определённым патогенам. Почему? Потому что принципиально не могут сформировать "правильный" иммунный ответ на них. Или нечем, или регулярно создаётся неправильный алгоритм действий. Виды, особо уязвимые по отношению к САРС-подобным вирусам, ведут себя таким же образом. Болеют и болеют. Заражаюшая доза для сирийских хомячков в 10 раз меньше, чем для гриппа. Не только "иммунизация" против САРС-1 и МЕRS терпела крах на животных моделях, но и "натуральный иммунитет" показывал фокусы. Пример такой статьи ниже. О чём это говорит? Крайне нужна "внешняя помощь" для иммунной системы. Кстати, вирус Такарибе или грибок "белого носа" легко убивали обычно слабо уязвимых летучих мышей. Мартышки и хомячки, как и люди, являются весьма уязвимыми по отношению к САРС-подобным вирусам ( в отличие от мышей или макак, которые чаще используются ). Primary Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Infection Limits Replication but Not Lung Inflammation upon Homologous Rechallenge ncbi.nlm.nih.gov Primary Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Infection Limits Replication but Not Lung Inflammation upon Homologous Rechallenge Our knowledge regarding immune-protective and immunopathogenic events in severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) infection is limited, and little is known about the dynamics of the immune response at the primary site of disease. Here, ... |
genseq Постоянный участник |
Наибольшую опасность представляет антителозависимое усиление инфекции (antibody-dependent enhancement, ADE), способствующее размножению филовирусов (Эбола, Марбург и т.п), флавивирусов (Денге, желтой лихорадки и т.п.), аренавирусов (Ласса, Мачупо и др.). К счастью, у коронавирусов ADE не проявляется, поэтому первые страхи по этому поводу уже развеялись. Зато проявляется невысокая продолжительность иммунитета, которая в осчетании с появлением новых (частично преодолевающих иммунитет) вариантов может очень осложнить нам всю оставшуюся жизнь. Сначала надеялся пересидеть эту пандемию и ни во что - ввязываться, но, похоже, отсидеться в окопах не удастся. Придётся хоть что-то сделать. Например, простую вакцину, приготовить которую (и вколоть себе) сможет любой биохакер средней руки.
|
Asterix Постоянный участник |
зА СОВЕТЫ КАК ДЕЛАТь ДОМА СВОЮ СОБСТВЕННУЮ ВАКЦИНУ ВРОДЕ ПОКА ЕЩЕ НЕТ УГОЛОВНОЙ ОТВЕТСTВЕННОСТИ , В ОТЛИЧИЕ СКАЖЕМ ОТ КОНСУЛьТАЦИЙ ПО СПОСОБАМ САМОУБИЙСТВА. |
genseq Постоянный участник |
|
Asterix Постоянный участник |
|
Asterix Постоянный участник |
Мне нравится идея Персонального базового дохода для всех кто защитил диссертацию.. То есть вот напряглись и пораболтали и вот вам на всю жинь пособие достаточное длы нормальной жизни. Ну как у меня тут. Если Бельгия может такое делать - то почему Россия не может? вот ведь вопрос-то. В чем разница между маленькой Бельгией и Огромной и Богатой Россией? Почему Россия не может кормить пожизненно своих ученых? независимо от их результатов. |
genseq Постоянный участник |
|
Asterix Постоянный участник |
Творческому человеку много денег не надо ... на то он и творческая личность. Я тут у нас кашу из топора только так и варю... И получаю преогромное удовольствие от своей неоплачиваемой работы. Потому что я на себя работаю. и немножко помогаю в лабе со студентами. |
genseq Постоянный участник |
Формочки для заливки гелей и штампы для формирования в них лунок можно печатать на 3D-принтере. Кровь брать умеет (и может научить) любой диабетик, контролирующий свой уровень глюкозы. Пробирки для забора 200 мкл крови с капиллярами и ЭДТА в продаже имеются. В общем, всё есть. Нужно только обеспечить народ (школьников и студентов) растворимыми антигенами и ввести практикум по определению антител и антигенов в программу их обучения. Или обеспечить биохакеров антигенами для определения IgG к S-белку SARS-CoV-2 и подробными инструкциями по постановке РДП. |
Asterix Постоянный участник |
мне не близки растения, но уважаю · Reply · 19h Vladimir Kaigorodov Letarov Andrey da ya sam imi nedavno zanyalsya , no tam takaya zhuit' s publikaciyami ... prakticheski nichego ne vosproizvoditya .. i ya teper' znayu pochemu tak ... No kamen' brosat' v avtorov ne budu , oni igrayut kak umeyut. Po-drugomu prosto nereal'no nichego sdelat' , prihoditsya risovat'. · Reply · 16h Letarov Andrey Vladimir Kaigorodov это из тех увтерждений, которые либо требуют развернутых пояснений (лучше отдельным постом, наверное), либо их лучше не произносить, а то звучит как "У нас есть такие приборы!..." · Reply · 4h Vladimir Kaigorodov Letarov Andrey Да просто все , растения очень медленный обьект а времени отведено ограниченно количество , ли что-то не получатся то переdeлывать эксперимент просто тупо нет времени. Это только у меня есть такая роскошь , с меня не требуют публикаций и времени на работу сколько угодно , поэтому я могу не спеша переделывать эксперимент несколько раз и вместо нормативных 3 недель получать результат за пол-года, а то и за год и даже за два года. Тоже вот есть такой сложный но дико интересный белочек у меня. мен пришлось для него специальную систему экспрессии разработать, а то практически уж потерял надежду ... ну не идет и все тут. Право чуть не бросил этот проект. Так вот практичecки ни у кого вокруг нет такой роcкоши как у меня и в результат результаты просто рисуют. У растений очень широкий интервал eстесвeнной изменчивости фенотипов и если очень надо публикацию то из любой выборки в 20-40 растений всегда можно сделать нужную картинку. Те что покороче - налево , те что повыше - направо и пишем что отличие обусловлено вот eтим нашим фактором ... Это сплошь и рядом происходит в растительной науке. Выясняется только когда сам начинаешь с этим же работать и воочию видишь как все было нарисовано. Да что тут говорить , я вот например вижу по техническим деталям в публикации что Светящийся Табак опубликованный в Натуре например , ( там 27 соавторов,из России многие) - это фальсификация ... но доказать это очень непросто особенно если авторы совершенно не жаждут коллаборации по независимой верификации их этого результата. Ну я тем не мене делаю верификацию независимо от них и вполне ожидаемо не получаю тех результатов, но доказательство займет кучу врeмени , А то ведь всегда можно списать на кривые руки и мелкие отличия . Разоблачить фальшивку куда как сложнее чем ее нарисовать и опубликовать. |
Asterix Постоянный участник |
Но в равно тоже интересно вот в своих руках это увидеть , как люцифераза работат в живом растении и не оказывает токсичского действия на метаболизм ... Кстати как лучше туда субстрат ее, люциферин, вводить? просто иньекцией в лист? или капать его на каллус? |
genseq Постоянный участник |
Меня сейчас больше интересует ген флавидина (https://www.addgene.org/search/catalog/plasmids/?q=Flavidin). Хотя для начала подойдёт и стрептавидина. Синтез гена дороговат, а заказывать из США в разгар пандемии как-то стрёмно. Эпитопы S-белка для диффузионной преципитации нужны в виде димеров или тримеров. Ещё лучше - тетрамеров. Тетрамерный стрептавидин для этих целей подходит идеально. Тем более, что его ещё и окрасить можно биотинилированными красителями или белками. |
Asterix Постоянный участник |
Просто такой-то странный иранец ... явно не из бедной семьи ... но почму-то вот живет в Бельгии и изображает из себя аспиранта зачем-то. Видимо чтоб разрешени продлевали на пребывание с целью учебы. Но вот в Штаты запросто ему смотаться ... вот ведь как бывает. |
Asterix Постоянный участник |
Any smart ideas and suggestions? I have now in hand only that old original gene from Stanford . //////////// Transient and Stable Expression of the Firefly Luciferase Gene in Plant Cells and Transgenic Plants DAVID W. OW, KEITH V. WOOD, MARLENE DELUCA,JEFFREY R. DE WET,* DONALD R. HELINSKI, STEPHEN H. HOWELLt The luciferase gene from the firefly, Photinus pyralis, was used as a reporter of gene expression by light production in transfected plant cells and transgenic plants. A complementary DNA clone of the firefly luciferase gene under the control of a plant virus promoter (cauliflower mosaic virus 35S RNA promoter) was introduced into plant protoplast cells (Daucus carota) by electroporation and into plants (Nicotiana tabacum) by use of the Arobacterum tumefaciens tumor-inducing plasmid. Extracts from electroporated cells (4 hours after the introduction of DNA) and from transgenic plants produce light when mixed with the substrates luciferin and adenosinetriphosphate. Light produced by the action of luciferase was also detected in undisrupted leaves or cells in culture from transgenic plants incubated in luciferin and in whole transgenic plants "watered" with luciferin. Although light was detected in most organs in intact, transgenic plants (leaves, stems, and roots), the pattern of luminescence appeared to reflect both the organ-specific distribution of luciferase and the pathway for uptake of luciferin through the vasculature of the plant. ////////////// This scientific paper from 1986 in Science looks very real and solid , I see no problems with what they say there ... totally different from situation with last Nature publication about glowing tobacco. There I see serious issues with data and design of experiments , that make me suspect falsification and feed my desire to verify those results. |
Asterix Постоянный участник |
Nikolay Pestov Ага , мне тут один умненький - ребенок из Австрии прислал все 3 гена , которые он с другим биохакером сам задизайнил и они оплатили синтез гена.. Основываясь на той публикации в Натуре и на тех данных которые они опубликовали в первой попытке публикации 2018 года которая на Архиве висела. .. Причем сделал как я подсказал , это одна длинная РНК , с всеми 3 ОРФ в ней в рамке разделенные коротким саморасщепляющимся пептидом [P2A] , я такой системой у себя постоянно пользуюсь , оптлично все работает. но он там конечно надизайнил , но я все проверил , а Себастиан в Штатах , это другой биохакер, но тоже в проекте , даже переклонировал в вектор для агробактери и отсиквенировал еще раз и все там отлично. Ну я пока просто плазмиду с конструкцией генной пушкой пострелял то что есть , в табак , в арабидопсис в мицелий грибной даже .. В смеси с ГФП плазмидой на шарики золотые все посадил... ну чтоб видеть позитивные клетки куда ДНК попала и заекспрессировалась. Ну и пока вижу голую жопу... мицелий не работает, но там и ГФП нету . А вот табак и арабидопсис прекрасно показывают мощную экпрессию ГФП в небольшом числе клеток , порядка 30 клеток на выстрел и полное отсуствие даже намека на люминесценцию. Ну я не удивлен ... теперь надо показать что оно действительно не работает .. Там еще ребенка немного обманули наши товарищи , они подсунyли ему вариант гена с делецией в 20аа... ну откуда ему знать про такие научные подлянки в нашем мире ... Да и я бы тогда не нашел бы ничего ... Я конечно же ожидал подлянки от соотечественников и нашел в сиквенсе эту делецию, Причем они успели новую версию выложить в генбанк недавно ... исправленную без этой делеции, но с кучей аминокислотных замен . Ну откуда австрийскому ребенку знать про такие научные подлянки в нашем взрослом мире ... Да и я бы тогда не нашел бы ничего ... Зато они в шоколаде , ну ошиблись и исправили, вот вам настоящий сиквенс.. нет претензий. Я по-правде говоря не знаю как им доверять после этого. А вдруг у них там еще более правильный сиквенс обнаружится потом? и типа работайте ребята , проверяйте .. ой а у вас неправильно , поэтому и не работает , ошибочка у нас закралась в дату. Давайте сначала все.. Ха-Ха-Ха. Вообщем мне наверное надо добиться люминесценции в дрожжах что ли то есть показать что кассета работает и только потом уже запустить ее в растение и тогда они не отвертятся ... вот она в дрожжах работает , есть свет ... а вот в растении она не работает - нет света. Ну как-то так , а то че толку в растение ДНК пихать и думать потом что там неправильно и почему не воспроизводится. |
Asterix Постоянный участник |
Это ноу-хау, коммерциализация, все дела. Это не мошенничество. Так чтоб прямо. -- -Ну то есть невоспроизводимость опубликованной в Натуре работы в независимой от авторов лаборатории - это не мошенничество .. это коммерческая тайна ... При том что патент у них есть ... украсть у них ничего нельзя в принципе. Ну далеко так пойдем ... Я прямо уже потираю ручки ... такие перспективы на горизонте. |
Asterix Постоянный участник |
Vladimir Kaigorodov а чего патент? Если все опубликуют - вот тут же и украли все синтезом гена Vladimir Kaigorodov Nikolay Pestov В смысле украли? любой коммерческий продукт полученный с этими генами тут же окажется в суде .. Кому оно надо воровать-то? Зная чем все кончится и что дело будет проиграно и надо будет платить штрафы и если повезет и удастся договориться - то 20% роаялтис владельцам патента? НУ какой дурак будет воровать в такой ситуации? Куда как проще договориться , но сначала надо убедиться что оно работает ... и вот тут-то у них затык ... У меня тоже не предусмотрено никакого реального коммерческого интереса , Ну максимум художественная работа , био-арт-научный проэкт. Nu mozhet NFT sdelayu, tozhe iskusstvo. Nikolay Pestov Ну понятно что у них скорее всего ничего нет и весь смысл там в надувании инвестора , тема -то хайповая была ... видимо предполагались инвестиции ... Я уж не знаю как там , облапошили они инвестора или нет ... Меня сам факт интересует , работает ли оно вообще так как они заявляют. |
Asterix Постоянный участник |
Ну там вообще ... я занят но без энтузиазма , Sebastian S. Cocioba вон сделал уже конструкцию для агро-трансформации табака с той системой грибной люминисценции, но тянет что-то ... говорит что у него погиб табак и надо заново его отрастить .. явно у него тоже не катит , но он большой фанат этой идеи ... Это оттуда я получил все синтетические гены .. для независимой проверки. Я праймеры уже задизайнил и получил для переформатирования их конструкции , Мне же нужно точно показать почему оно не работает , то есть нужно доказать явно и четко что все 3 белка , именно белки , а не ПЦР на геномке , эспрессированы и они там есть, что гораздо сложнее чем показать картинку с флюоресценцией под видом люминисценции. - понятно. Нет пока опровержения Sebastian S. Cocioba Vladimir Kaigorodov ...da, comrade. 😉 1 - Похоже что до сих пор они так и ни с кем еще не поделились семенами ни даже листиком того табака .. Так что Карен Саркисян был 100% прав когда мне написал в ответ на мой запрос - ждите , все семена нужны для опытов , может через пол-года , что уже , а может и потом когда еще ... Вы ждите , мы вам дадим семена , как очередь вот подойдет. 1 - Когда у меня будут экпрессированы все 3 белка в трансгенном табаке , я могу просто разрезать один листик пополам и добавить туда субстрат и попытаться зафиксировать люминисценцию... И потом показать что вот пол-листика с субстратом экзогенным в высокой концентрации светит , а без него , вторая половина листика - ни хрена нет видимой глазом люминисценции.. Буквально одна картинка и уже готово письмо в редакцию [Nature]. Вот мол такие дела ... и кто из рецензентов в этом виноват что будем делать? 27 авторов в публикации же , надо искать кто из них этот фальшак сварганил. |
Asterix Постоянный участник |
Вот мол такие дела ... и кто из рецензентов в этом виноват что будем делать? 27 авторов в публикации же , надо искать кто из них этот фальшак сварганил. · Reply · 14h -- v мы вам дадим семена , как очередь вот подойдет...Ну это стандартная отписка, мне в свое время писали такое про трансгенную мышь....они ее в итоге мне дали спустя 3 года, когда сами поняли что она нефига не работет так как надо и не представлят большего интереса.... · Reply В данном случае у них просто нет этих семян ... это фальсификация .. поэтому надежды их получить нет вообще , а на мое предложение выслать мне просто живой листик с их якобы позитивного растения чтоб я посмотрел на него в микроскоп ну и еще пару тестов бы сделал на экспрессию этих 3-х трансгенов заявленных , вызвало у них видимо паническую атаку и полное обрубание коммуникации со мной. Про листик они и не подумали ... Они похоже вообще не ожидали что может появиться такой персонаж из Бельгии , из Университета Гента , далеко не Бобруйск, и публично усомниться в их работе ... это действительно неслыханно то что я пытаюсь сделать - публичное обвинение 27 соавторов в прямой фальсификации и дружеское предложение своей бесплатной услуги по независимой верификации их результатов опубликованных в Натуре, на базе университетской лаборатории , ну зачем нам врать , мы им не конкуренты никак, мне просто интересно, чисто научный вопрос ... они просто не могли себе представить такой наглости .. Но вот теперь не знают что делать ... я медленно, но верно продвигаю эту верификацию. И мне даже выслали синтетические гены для проекта по верификации , это не от авторов той работы гены , это синтетика независимо синтезированная ... да , народ оплатил синтез 9.4кб ДНК для этого проекта. Всем же интересно же , таки правда или нет ... Аватар рулит миром. А от них никаких вестей ... что-то там все заглохло совсем после той публикации. |
Asterix Постоянный участник |
Мне из опыта стало понятно что самое главное правило для воспроизводимости - это активное участие авторов исходной работы в попытке воспроизведения .. Чтоб не надо было бы гадать почему у них такой странный контроль например ... и вот все эти тонкости технического характера . И если авторы не желают помогать независимой проверке их работы .. то оно и понятно. У меня вот сейчас такая ситтуация с люминисцентным табаком опубликованным в [Nature Biotechnology], авторы наотрез отказались мне помогать с воспроизведением их работы у меня в лабе .. Мол если не веришь нам - делай все сам с нуля , и начинай с синтеза генов. ... И что интересно гены мне синтезировали , ну другие люди заинтересованные в воспроизведении , есть и еще желающие же . И автопры видимо об этом узнали и срочно выложили в базу новую версию их гена , ну там одного из 3, самого длинного. Который отличается от оригинальной версии присутсвием дополнительного солидного пептида в белке, как раз в каталитическом центре. Вот и думай теперь .. зачем они это сделали? Что нам теперь занопво синтезировать? Или обе версии проверять? |
Asterix Постоянный участник |
Ну совести у них и не было . Так и не прислали мне никакого биообразца их светящегося табака, уж не говоря даже о семенах , просто дажэ кусочка листика этого табака им невозможно мне дать для независимой верификации их заявок на чудо. , но продолжают делать вид что он существует и действительно светится ... как те инноваторы-портные из сказки Андерсена про Платье Голого Короля. Учитесь молодежь как надо работать , учитесь. Теперь вся наука вот такая примерно и становится. |
Asterix Постоянный участник |
Ну реально дико похожи на наших русскоязычных шарлатанов от Планта ЛЛС которые люминисцентный табак в Натуре опубликовали ... и до сих пор у них все свободных семян никак нет для независимой верификации этого научного чуда у меня в лабе. Даже листик мне дать не могут, хотя я тут нашел одного товарища который у них был и свечение видел своими глазами и даже спер у них кусочек растения ... но увы ... оно все сдохло через две недели и даже дохлое продолжало еще светиться. Что конечно и неудивительно. Can you see the similarity of those guy's business model to Planta LLC with that luminescent tobacco? To me it is obvious , just the same type of modern disruptive charlatans. ............ However, plants are designed to be able to catch, absorb and metabolize even the smallest of particles. Neo P1 does exactly that and comes in the shape of one of the most common plants. “We started with one of the most popular houseplants in North America,” said Lionel Mora, the startup’s co-founder and chief executive officer. This was no easy task, however, as the pothos vine, which is also known as devil’s ivy, had not had its genome mapped. The Neoplants team, therefore, began with this task. “It’s like trying to build a plane while flying,” Torbey explained. The whole ordeal lasted four years, but in the end, the engineers produced a plant that can metabolize four major indoor air pollutants, including formaldehyde and toluene, and that can even absorb certain VOCs. |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |