Уважаемые форумчане, после секвенирования некоторые риды "косячные". Тут для примера, я выбрала участок более менее нормальный. Но все же, вопрос: как исключить риды в которых больше двух замен? Бывает что покрытие нормальное, а половина ридов не ахти. Заранее спасибо.
Картинки:
Flyamer05.06.2016 13:50
По качеству отфильтровать?
khrenpoimi05.06.2016 16:01
я не знаю как это делать)
Nastja08.06.2016 16:11
khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.
И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?
khrenpoimi09.06.2016 15:32
(Nastja @ 08.06.2016 17:11)
khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.
И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?
буду очень рада обзору. ну у нас тут устоявшееся мнение, что snp не может быть много) если их два и более в одном риде, то это ошибки...или я не права? Поэтому хочется, чтобы приступая к поиску снипов, анализировать только "чистые" риды.
Nastja13.06.2016 04:46
На самом деле SNP может быть и много, может быть несколько в одном риде, и даже несколько в одном кодоне. Риды с ошибками не так уж сильно мешают программе поиска SNP, особенно если покрытие достаточное. Если сомневаетесь, попробуйте сгенерировать набор ридов с ошибками и посмотрите, как меняется результат. Обзор прилагаю.
I have read your blog it is very helpful for me. I want to say thanks to you. I have bookmark your site for future updates. http://www.savingslaunch.com ( http://www.savingslaunch.com )