Все форумы > Биофизика и матметоды в биологии > версия для печати
Web-адрес темы: http://molbiol.ru/forums/index.php?s=989ad525afbe585dca190f94288181aa&act=ST&f=43&t=571065

Поиск SNP

khrenpoimi 05.06.2016 13:44
Уважаемые форумчане, после секвенирования некоторые риды "косячные". Тут для примера, я выбрала участок более менее нормальный. Но все же, вопрос: как исключить риды в которых больше двух замен? Бывает что покрытие нормальное, а половина ридов не ахти.
Заранее спасибо.



Картинки:
Прикреплённое изображение

Flyamer 05.06.2016 13:50
По качеству отфильтровать?



khrenpoimi 05.06.2016 16:01
я не знаю как это делать)



Nastja 08.06.2016 16:11
khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.

И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?



khrenpoimi 09.06.2016 15:32
(Nastja @ 08.06.2016 17:11)
Ссылка на исходное сообщение  khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.

И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?



буду очень рада обзору.
ну у нас тут устоявшееся мнение, что snp не может быть много) если их два и более в одном риде, то это ошибки...или я не права? Поэтому хочется, чтобы приступая к поиску снипов, анализировать только "чистые" риды.



Nastja 13.06.2016 04:46
На самом деле SNP может быть и много, может быть несколько в одном риде, и даже несколько в одном кодоне. Риды с ошибками не так уж сильно мешают программе поиска SNP, особенно если покрытие достаточное. Если сомневаетесь, попробуйте сгенерировать набор ридов с ошибками и посмотрите, как меняется результат.
Обзор прилагаю.



Файл/ы:

Скачать файл Alic_et_al_2016_Wiley_Interdisciplinary_Reviews__Computational_Molecular_Science.pdf
Размер:: 930.04к
кол-во скачиваний: 233




guest: great 31.10.2018 17:03
I have read your blog it is very helpful for me. I want to say thanks to you. I have bookmark your site for future updates.
http://www.savingslaunch.com ( http://www.savingslaunch.com )



guest: 123 31.05.2022 09:15
SINCE LAUNCHING AMB CASINO ( https://123goal.app/amb-casino/ ) HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT ( https://123goal.app/fc-slot/ ) PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC ( https://123goal.app/123dic-123bet-123betting/ ) HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO ( https://123goal.app/11hilo/ ) GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL ( https://123goal.app/ ) COUNTRIES RADICALLY 123VEGA ( https://123vega.net/ ) TRANSFORMING THEIR ALLBET ( https://123vega.net/allbet-%E0%B8%84%E0%B8%B2%E0%B8%AA%E0%B8%B4%E0%B9%82%E0%B8%99-%E0%B8%84%E0%B9%88%E0%B8%B2%E0%B8%A2%E0%B9%83%E0%B8%AB%E0%B8%A1%E0%B9%88-%E0%B8%97%E0%B8%B3%E0%B9%84%E0%B8%A1%E0%B8%84%E0%B8%99%E0%B8%AA/ ) FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต ( https://123vega.net/%E0%B9%81%E0%B8%88%E0%B8%81%E0%B8%9F%E0%B8%A3%E0%B8%B5-%E0%B8%AA%E0%B8%B9%E0%B8%95%E0%B8%A3%E0%B8%AA%E0%B8%A5%E0%B9%87%E0%B8%AD%E0%B8%95/ ) LONGER THE CONFLICT CANDY BURST ( https://123vega.net/candy-burst/ ) GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ( https://123vega.net/%E0%B8%9B%E0%B8%B1%E0%B9%88%E0%B8%99%E0%B8%AA%E0%B8%A5%E0%B9%87%E0%B8%AD%E0%B8%95-%E0%B8%AA%E0%B8%B9%E0%B8%95%E0%B8%A3%E0%B8%AA%E0%B8%A5%E0%B9%87%E0%B8%AD%E0%B8%95/ ) ARE OF DIVISIONS.



guest: 123 06.06.2022 12:49
South Korea 123VEGA ( https://123vega.net/ ) and the US launched WAZDAN ( https://123vega.net/wazdan/ ) eight missiles WM CASINO ( https://123vega.net/wm-casino/ ) on Monday, in AFFILIATE ( https://123vega.net/affiliate-%E0%B8%A5%E0%B8%B4%E0%B8%87%E0%B8%84%E0%B9%8C%E0%B8%A3%E0%B8%B1%E0%B8%9A%E0%B8%97%E0%B8%A3%E0%B8%B1%E0%B8%9E%E0%B8%A2%E0%B9%8C/ ) response to a ลิงค์รับทรัพย์ ( https://123vega.net/%E0%B8%A5%E0%B8%B4%E0%B8%87%E0%B8%84%E0%B9%8C%E0%B8%A3%E0%B8%B1%E0%B8%9A%E0%B8%97%E0%B8%A3%E0%B8%B1%E0%B8%9E%E0%B8%A2%E0%B9%8C-123vega/ ) volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL ( https://123goal.app/ ) previous day. It comes 88KTC ( https://123goal.app/123dic-123bet-123betting/ ) as Pyongyang continues FC SLOT ( https://123goal.app/fc-slot/ ) to escalate its AMB CASINO ( https://123goal.app/amb-casino/ ) missile tests. South 11HILO ( https://123goal.app/11hilo/ ) Korea's president Yoon Suk-yeol.



guest: 123 11.06.2022 10:50
Saxon Mullins 123VEGA ( https://123vega.net/ ) says she once had PRAGMATIC PLAY ( https://123vega.net/pragmatic-play-%E0%B8%84%E0%B9%88%E0%B8%B2%E0%B8%A2%E0%B8%AA%E0%B8%A5%E0%B9%87%E0%B8%AD%E0%B8%95%E0%B9%83%E0%B8%AB%E0%B8%A1%E0%B9%88%E0%B9%84%E0%B8%9F%E0%B9%81%E0%B8%A3%E0%B8%87/ ) romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING ( https://123vega.net/iconic-gaming/ ) be like. In none was หวยปิงปอง ( https://123vega.net/%E0%B8%AB%E0%B8%A7%E0%B8%A2%E0%B8%9B%E0%B8%B4%E0%B8%87%E0%B8%9B%E0%B8%AD%E0%B8%87-%E0%B8%84%E0%B8%B7%E0%B8%AD%E0%B8%AB%E0%B8%A7%E0%B8%A2%E0%B8%AD%E0%B8%B0%E0%B9%84%E0%B8%A3/ ) she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต ( https://123vega.net/%E0%B8%9B%E0%B8%B1%E0%B9%88%E0%B8%99%E0%B8%AA%E0%B8%A5%E0%B9%87%E0%B8%AD%E0%B8%95-%E0%B8%AA%E0%B8%B9%E0%B8%95%E0%B8%A3%E0%B8%AA%E0%B8%A5%E0%B9%87%E0%B8%AD%E0%B8%95/ ) alleyway, aged 18, with a 123GOAL ( https://123goal.app/ ) man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC ( https://123goal.app/123dic-123bet-123betting/ ) Mullins has always maintained FC SLOT ( https://123goal.app/fc-slot/ ) this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO ( https://123goal.app/amb-casino/ ) her to push for legal 11HILO ( https://123goal.app/11hilo/ ) reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.





Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)