Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Ответ в Phusion

Иконка сообщения*  [ Без иконки ]   Важно!   Вопрос   Информация     Обмен опытом   Шутка, забавная история     Поздравления, благодарности   Возмутительно!   Проблема   Картинки, фотографии
Введите имя

 [вст. закрывающие теги*

*


*



Смайлик: согласен Смайлик: не согласен Смайлик: улыбка Смайлик: пожалуйста, умоляю! Смайлик: помираю со смеху Смайлик: подмигивание Смайлик: подшучивать, дразнить Смайлик: смущение Смайлик: мне стыдно Смайлик: жуть! Смайлик: не понял Смайлик: закатывать глаза Смайлик: недовольство, огорчение Смайлик: рёв в три ручья Смайлик: злость Смайлик: супер Смайлик: умник Смайлик: чайник Смайлик: сходка Смайлик: Ура! Смайлик: не получается!
Перевод выделенного текста из латиницы в кирилицу. Текст в квадратных скобках '[]' не преобразуется

Пример: biologija -> биология [b] - полужирный шрифт

Пример: [b]полужирный[/b] [i] - курсив

Пример: [i]курсив[/i] [u] - подчёркнутый

Пример: [u]подчёркнутый[/u] [sup] - верхний индекс

Пример: температура 37[sup]o[/sup]C [sub] - нижний индекс

Пример: H[sub]2[/sub]O - вода [QUOTE] - применяется для цитирования чужих сообщений, цитата вставляется с небольшим отступом от края текста

Пример: [QUOTE]цитата[/QUOTE] [code] - форматирование как при вводе
Применяется для вывода теста как он есть, с предотвращением форматирования (автопереноса на новую строку), без интерпретации кодов форума и смайликов; вставляется с небольшим отступом от края текста.

Пример: 
[code]
программный код
	1 строка
	2 строка
[/code] [list] - список:
возможны опции: 1, a, A, i, I
[list] неупорядоченный; 
[list=1] нумерованный; 
[list=A] упорядоченный по буквам A-Z

Пример:
[list=1]
[*] первая строка;
[*] вторая строка;
[/list] Тег [hr] - горизонтальная разделительная линия

Пример: 
Абзац 1
[hr]
Абзац 2 [url] - гиперссылка

Примеры:
[url]www.ncbi.nlm.nih.gov[/url]
[url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]NCBI[/url] [email] - ссылка на адрес электронной почты

Пример: [email]masha@mail.ru[/email] Тег [img] - рисунок
[img] - в строке;
[imgL] - выравнивание по левому краю; 
[imgR] - выравнивание по правому краю.

Пример:
[img]http://molbiol.ru/izo/rl.gif[/img] [ru] - только для русских читателей

Пример:
[ru]это увидят только те, кто использует русский интерфейс[/ru] [en] - только для английских читателей

Пример:
[en]это увидят только те, кто использует английский интерфейс[/en] [self] - текст виден только вам и администрации

Пример:
[self]это увидите только вы сами[/self]
[left] - выравнивание по левому краю

Пример: [left]текст слева[/left] [center] - выравнивание по центру

Пример: [center]текст в центре[/center] [right] - выравнивание по правому краю

Пример: [right]текст справа[/right] [just] - выравнивание по обоим краям

Пример: [just]выровненный текст[/just]

     размер сообщения / макс. размер:  / 15360


Последние 10 сообщений [ в обратном порядке ]
ingecate Отправлен 09.04.2015 16:55
 
(klav @ 09.04.2015 16:20)
Ссылка на исходное сообщение  ingecate, поделитесь, димеризация праймеров как-то видна по результатам ПЦР?
Ну то есть, по тому или иному виду продукта можно понять, что плохой результат именно из-за неё?

На форезе праймер димеры выглядят низкомолекулярным шмероа. Из-за них уменьшается количество целевого продукта, больше вероятности найти неспец., в реал-тайме смещение Ct, ну и т.д.
Если надо провести только качественный анализ +/- (в данном случае ПЦР-скрининг E. coli на вставку гена), то димеров можно и не боятся. При клонировании, количественном анализе – мешают.
Кстати, как Phusion, так и HS-Fuzz терпят целые коли, а вот на крови проверял только HS-Fuzz (до20%!). – это еще дополнительные плюсы модифицированных Pfu’х, не досягаемые простым Taq’ам и Pfu’ам. Про них же чувствительность – 5 копий на реакцию (читал статью, что меньше давать нельзя – слишком тяжелая статистика, хотя на мой взгляд и 1 копию подниму). Работают быстро (2 кб/мин) – все это по своему опыту.
klav Отправлен 09.04.2015 15:20
  ingecate, поделитесь, димеризация праймеров как-то видна по результатам ПЦР?
Ну то есть, по тому или иному виду продукта можно понять, что плохой результат именно из-за неё?
NB: мой вопрос - не наезд, не тонкая издёвка, не толстые намёки, а просто вопрос человека, знающего про ПЦР не всё. Уточняю, с учётом текущего тона общения на этом сайте mol.gif
-Ъ- Отправлен 09.04.2015 14:55
 
(ingecate @ 09.04.2015 12:11)
Ссылка на исходное сообщение  Да простят меня участники форума за 3 поста подряд, просто за Державу обидно 
«Phusion», фермент хоть и точный, но с dUTP работать отказывается (ингибируется), поэтому для больших ампликонов не годится.
«HS-Fuzz» ни капли не стесняется поднимать ампликон на 10 кб даже в руках у студентов.

Этим постом Вы ответили на вопрос модератора 10-летней давности. yes.gif
-Ъ- Отправлен 09.04.2015 14:53
  Хорошие студенты, ну и их руководители, wink.gif у Вас в Минске!
За Державу - большое спасибо. Аналогично! beer.gif
ingecate Отправлен 09.04.2015 11:11
 
(yack @ 28.05.2004 16:04)
Ссылка на исходное сообщение  Интересует мнение научной общественности о Phusion полимеразе от MJ Research. Что это за зверь? Работает с ней кто-нибудь?

Да простят меня участники форума за 3 поста подряд, просто за Державу обидно 
«Phusion», фермент хоть и точный, но с dUTP работать отказывается (ингибируется), поэтому для больших ампликонов не годится.
«HS-Fuzz» ни капли не стесняется поднимать ампликон на 10 кб даже в руках у студентов.
ingecate Отправлен 09.04.2015 09:26
 
(klav @ 09.04.2015 01:48)
Ссылка на исходное сообщение  ingecate, ну в инструкции прямо написано - добавлять её последней из-за 3-экзонуклеазной активности, в отсутствие буковок может подъедать праймеры.
Проблем у нас не было - но мы их и не искали  smile.gif
Добавляем не просто последней, а даже в горячую смесь - для перестраховки, хотя в инструкции этого нет.

Проблем никто не ищет, они обычно сами находятся. Единственная проблема без хот-старта (даже в руках моих студентов) - праймер димеры. Если Вам не мешают - готовте премикс хоть на комнате (все компаненты), если мешают или хотите продукта побольше/почище и т.д. - готовте на льду (все компаненты). Этого более чем достаточно.
Добавлять последней в горячую смесь (если много параллельных опытов) - большая морока, да и разброс данных будет побольше, чем при приготовлении общего премикса.
ingecate Отправлен 09.04.2015 09:13
  Да мы про точность ПЦР'а говорим, а не про потерю букв.
Если хотите про деградацию ДНК поговорить, то проверено: Phusion без дНТФ'ов грызет 3' еще как (пробовали ею затупить фрагмент после рестрикции -150 п.о. за 2 min на 72С). дНТФ дело исправляют.
klav Отправлен 09.04.2015 00:51
 
(ingecate @ 08.04.2015 22:44)
Ссылка на исходное сообщение  Приходилось сиквенировать фрагменты заклоненые как с помощью Phusion, так и с помощью HS-Fuzz – обе работают отлично, буква в букву.
Ну дак - если уж наПЦР-илось, почему буквам теряться? wink.gif
klav Отправлен 09.04.2015 00:48
  ingecate, ну в инструкции прямо написано - добавлять её последней из-за 3-экзонуклеазной активности, в отсутствие буковок может подъедать праймеры.
Проблем у нас не было - но мы их и не искали smile.gif
Добавляем не просто последней, а даже в горячую смесь - для перестраховки, хотя в инструкции этого нет.
ASDF Отправлен 08.04.2015 23:07
  Мне у фьюжина нравится как в инструкции написано, что при хранении фьюжина на столе в течении 6 месяцев снижения активности замечено не было. Но хранить все равно на -20.
Посмотреть тему (откроется в новом окне)

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.09.19 12:50
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft