Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Водородные связи -- подскажите, пожалуйста, программу --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Albatros




 прочитанное сообщение 13.09.2012 20:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Всем доброго времени суток!
Подскажите, пожалуйста, программу, которая считает водородные связи в pdb файлах и указывает между какими остатками образуются данные связи.
Заранее спасибо!
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 14.09.2012 06:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Попробуйте PyMOL, вот тут есть скрипт, который вроде бы делает то, что нужно: http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): NMR-guy, Albatros
Участник оффлайн! Mike Shelk
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.09.2012 18:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

UCSF Chimera, в ней есть встроенная функция, выдающая список водородных связей (Tools->Structure Analysis->FindHBond)

Всего благодарностей: 4Поблагодарили (4): NMR-guy, Nastja, Albatros, tac14
Участник оффлайн! AzAbd




 прочитанное сообщение 31.10.2012 15:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Всем бодрый день! Немного наврал я с водородными связями (то есть, умолчал о нюансе)- YASARA считает водородные связи с катоффом в 6.25 кДж/моль - это около 2.5-3 ангстрем в зависимости от атомов. Поэтому у меня, например, количество водородных связей, посчитанных в Ясаре, меньше, чем на Protein Interaction Calculator (http://pic.mbu.iisc.ernet.in/). Зато Ясара, в отличие от PIC, выдает энергии по каждой связи и в сумме.
PIC выдает много взаимодействий, в том числе и водородные связи. Катофф у него по расстоянию - 3.5 ангстрем для кислорода и азота, 4 для серы (раздел Criteria).
Не знаю, насколько он точен, но весьма удобен, если нужны не картинки, а списки. считает как внутримолекулярные, так и межмолекулярные взаимодействия в белке. Один расчет занимает около 5 минут, на выходе списки взаимодействий с геометрией без энергетики.
Если кто-нибудь подскажет программу для расчета энергии водородных связей с регулируемым катоффом, буду очень радsmile.gif
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 31.10.2012 17:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Да вот же как раз в PyMol все настраивается, и cutoff и угол, вот скрипт:
http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/.../list_hbonds.py

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): AzAbd
Участник оффлайн! AzAbd




 прочитанное сообщение 31.10.2012 19:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Большое спасибо! Раньше у меня ссылка не открывалась. Урррра, заработало!
Участник оффлайн! Nik-AD
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.11.2012 09:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Если быстро глянуть контакты + водородные связи, то поможет сервер PISA http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html
Участник оффлайн! Nik-AD
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.11.2012 14:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(AzAbd @ 19.09.2012 17:46)
Ссылка на исходное сообщение  отмечусь-ка и я: YASARA View - www.yasara.org. Из гуя делается так: Edit - Add hydrogens to: All, затем Analyze - HBonds between - Molecule, и выбрать молекулы 1 и 2 (если нужны внутримолекулярные, то молекула 1 и молекула 2 - соответсвенно одна и та же молекула). Также есть консольные команды ListHBo, CountHBo, первая их перечисляет и указывает остатки, а вторая просто считает - в мануале все есть.

Скачал YASARA View. Попробовал. Не работает. Требует версию YASARA Model за 110 евро.
Мелочь, конечно...
Участник оффлайн! AzAbd




 прочитанное сообщение 01.11.2012 17:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Ой... ошибся, это действительно фича YASARA Model и выше. Тянет на фол... Если нужна YASARA Model, пишите в личные сообщения, могу поделиться.
Участник оффлайн! dmitryturin
Участник



 прочитанное сообщение 27.10.2014 17:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

а кто что вообще из списка
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_molec...raphics_systems
использует?
Участник оффлайн! dmitryturin
Участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  27.10.2014 17:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_softw...hanics_modeling
?
Участник оффлайн! Felix Stenio
Постоянный участник
study



 прочитанное сообщение 17.11.2014 17:15     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

В Swiss PDB Viewer
guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2018 18:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Much obliged to you for setting aside an ideal opportunity to distribute this data extremely valuable!
http://paydaysolobest.com

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
Den-N

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 15.12.19 10:55
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft