Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (196):  1 2 3 > » 

Важно: Что это? Определение растений
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 09.05.2020 02:56  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1818777  |  Ответов: 3082  |  Просмотров: 222 639
Рябина?

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 22.04.2020 21:10  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1814441  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
Судя по отсутствию ответа, проблема решена. Хочется надеяться, что в этом помогли усилия по поиску минимального воспроизводимого примера.
Что касается улучшения скрипта, то здесь лучше применить принцип "работает -- не трогай". Но если есть какие-то _конкретные_ вопросы, задавайте.

Важно: Что это? Определение растений
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 20.04.2020 15:23  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1813524  |  Ответов: 3082  |  Просмотров: 222 639
Увы. Размещайте, пожалуйста, на внешнем ресурсе и давайте тут ссылку.

Гипертекстовые ключи
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 20.04.2020 10:40  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1813438  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 5 261
> Text mining по Флорам - должно быть, наверное, очень перспективно, жаль я проблемы и вопросы обработки естественного языка очень слабо себе представляю.

В морфологических описаниях текст, как правило, сильно структурирован, так что может оказаться, что их довольно просто обрабатывать.

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 20.04.2020 07:26  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1813410  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
> ..пока не придумал, как сделать то что нужно мне
> Проблема вытащить 4 столбец у меня
> разобрался сам...

Так Вы уже решили эту проблему самостоятельно?

Гипертекстовые ключи
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 19.04.2020 16:34  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1813198  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 5 261
Вот эта: https://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/284/htm

Мне нужна была морфологическая матрица, а ее не было, поэтому я соединил три региональных ключа (благо они не очень пересекаются по видам), посчитал кофенетическое сходство, и соединил результат с молекулярной матрицей, чтобы предсказать положение еще не отсеквенированных видов.

Есть еще забавная идея использовать text mining для того чтобы анализировать сходства видов внутри региональных "Флор", но руки пока до этого не дошли.

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 19.04.2020 08:56  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1813138  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
Теперь работает, только Вы забыли указать

library(dplyr)

вначале.

Теперь, пожалуйста, сформулируйте Ваш вопрос _в связи с этим примером_. Какую именно переменную надо сделать, где она должна появиться, откуда ее брать, и т.д.

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 18.04.2020 10:15  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1812972  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
> FR1$min <- FFF1$X4
Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, min, value = c(146, 1, 8, 1, 18, 1, :
replacement has 7497 rows, data has 3765

так и должно быть?

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 17.04.2020 22:00  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1812811  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
>> Шестой столбец -- это сумма четверного и пятого, правильно?
> Да все верно ...

Тогда нужен только пятый, шестой Вы сами легко посчитаете.

> ... мне нравится думать своей головой ...

Тогда придумайте, пожалуйста, минимальный воспроизводимый пример, как требует stackoverflow: https://ru.stackoverflow.com/help/minimal-r...ducible-example или https://overcoder.net/q/7388/%D0%BA%D0%B0%D...%BC%D0%B5%D1%80

Если Вы его придумаете, тогда Вам, скорее всего помогут. Если нет, то вряд ли.

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 15.04.2020 12:37  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1811967  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
В общем-то согласен с PS2004R smile.gif но все же попробую wink.gif

170509 5337 1 160 1545    1705
170509 5385 0 1 5385    5385
170509 5401 1 5      5401    5406

т.е. последние 2 столбца это значения минимум и максимум того что суммируется..


Шестой столбец -- это сумма четверного и пятого, правильно?

Гипертекстовые ключи
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 15.04.2020 12:33  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1811966  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 5 261
> разницы между специальным форматом и дефолтным графом graphviz'а практически нет.

Да, конечно, просто cophenetic() очень удобен.

> > Была идея строить рекурсивные деревья (пакет rpart, например) и делать из них основы дихотомических ключей.
> Тут уже имеется в виду разработка новых ключей? И строить на основе подготовленных для этого таблиц признаков, а rpart использовать для отбора наиболее чётко разграничивающих признаков?

Да, именно так.

>> Я пытался что-то сделать с другой стороны, стандартизовать текстовые дихотомические ключи
> хотелось узнать: а какой формат Вы использовали/думали использовать? Как раз такие таблицы, какие принимает Ваш пакет?

Именно, сделать некий минимальный формат, который уже был бы дихотомическим ключом.

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 13.04.2020 19:09  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1811596  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
Ну вот я аккуратно Ваш пост дооформил, но, честно сказать, так и не понял, что же Вы хотите. Откуда взялись цифры 1045 и 1047, совершенно непонятно. Может быть, конечно, кто-то поймет, но я сдаюсь. smile.gif

Гипертекстовые ключи
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 13.04.2020 14:10  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1811501  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 5 261
Вообще, если искать на GitHub "dichotomous key", вываливается множество проектов, но, кажется, в основном либо заброшенных, либо всякой мелочи. Интересно вот это:
https://github.com/HaoLi111/dichotomousKey/

Гипертекстовые ключи
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 13.04.2020 13:47  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1811492  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 5 261
> не понял как/в каком формате берутся данные для обработки.

Возможно, не очень хорошо объяснено. В текстовом формате, годится любая таблица. Например, для обычного скобочного (bracket) ключа без обратных ссылок нужна таблица, где первая колонка -- номер тезы, вторая -- описание, а третья -- или терминал, или номер ступени для перехода. Как-то так:

===
## вставляем между кавычками таблицу из буфера, скажем, из Excel
## это для скорости, можно импортировать по-человечески, из файла
> bracket3 <- read.table(as.is=TRUE, text="
1 Small Apple
1 Big 2
2 Blue Sky
2 Green Grass
")
> bracket3
V1 V2 V3
1 1 Small Apple
2 1 Big 2
3 2 Blue Sky
4 2 Green Grass
## а дальше можно
> Biokey(bracket3, from="bracket", to="newick")
[1] "(Apple,(Sky,Grass));"
## и даже
> cophenetic(ape::read.tree(text=Biokey(bracket3, from="bracket", to="newick")))
Apple Sky Grass
Apple 0.000000e+00 3.598450e-316 5.583587e-316
Sky 3.598450e-316 0.000000e+00 5.583586e-316
Grass 5.583587e-316 5.583586e-316 0.000000e+00
## то есть посчитать дистанции между терминалами!
===

(я добавил этот пример в пакет, и немного подправил помощь, может будет теперь понятнее)

Дистанции по ключам я уже использовал в публикации, правда, наверное, рецензентам было лень разбираться, что я там нагородил.

Логично придумать что-то вроде Biokey(..., from="bracket", to="html") -- это, в общем-то, нетрудно

Была идея строить рекурсивные деревья (пакет rpart, например) и делать из них основы дихотомических ключей. Это, в общем-то, нетрудно, и часть работы уже сделана. Но непонятно, кому (кроме меня) все эти извращения нужны. Ботаники боятся всей этой математики, тем более с R.

Гипертекстовые ключи
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 12.04.2020 10:57  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1811225  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 5 261
> С LaTEX'ом встречаться вплотную не приходилось, я верно понимаю, что этот пакет при подготовке к печати параллельно производит html версию?

Там надо сначала оформить ключ в LaTeX, а потом скрипт переводит это в HTML.

> но это же, как я понимаю, не общедоступный софт, а только для использования внутри их проекта? У них, правда, говорится, что можно поучаствовать и создать свои ключи, но вот в оффлайне потом не попользоваться, и вообще.
(И разве у них многовходовые? Мне показалось, что у них как раз классические дихотомические, только с вот как раз некоторой интерактивностью)

Вы правы, это несколько расширенный дихотомический, и софт там от Lucid Phoenix, поэтому и не общедоступный. Стал искать, нашел такую статью -- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5904324 , там есть ссылки на что-то еще, может быть, Вам подойдет.

Я пытался что-то сделать с другой стороны, стандартизовать текстовые дихотомические ключи и придумать как их переделывать в другие типы данных (например, в дендрограммы), или конвертировать все три основные типа ключей друг в друга. См. R пакет "shipunov", help(keys). В принципе, достаточно просто будет наладить оттуда экспорт в HTML.

Гипертекстовые ключи
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 10.04.2020 20:26  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1810984  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 5 261
То есть не многовходовых, а именно дихотомических?

Я когда-то делал такое https://ctan.org/pkg/biokey?lang=en и скрипты к нему https://ctan.org/tex-archive/macros/latex/c...hipunov/scripts (пример тут http://ftp.jaist.ac.jp/pub/CTAN/macros/lat...html-ex-en.html )-- можно считать, что "сейчас есть"

Наверное, что-то есть у тех ребят, которые делали efloras, ведь там тоже "оживленные" дихотомические ключи.

А если многовходовые, то очень рекламируют https://keybase.rbg.vic.gov.au/ и Symbiota http://symbiota.org/docs/identification-keys/

Важно: Что это? Определение растений
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 25.03.2020 08:33  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1805488  |  Ответов: 3082  |  Просмотров: 222 639
> Это и есть тот самый "краснотал"?

Да, похоже на Salix acutifolia.

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 18.03.2020 09:00  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1801722  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
Но все равно замечательно, что голубую книгу переиздали. Это значит, что потребность есть, и большая часть написанного актуальна. Не знаю только, если к этой книге комментарий, какие функции S доступны в R, а какие нет (а также почему и как это компенсировать).

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 17.03.2020 09:02  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1801065  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
С другой стороны, есть такая проблема -- мало руководств по языку как таковому и базовым функциям, по типу "голубой книги" (Becker et al. 1986. The new S language). Кстати, она до сих пор актуальна (цитируется почти везде в R help), и отлично читается.

===

О, оказывается она переиздана в CRC Press 2018 году!

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 15.03.2020 18:57  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1799943  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
Вообще Google Translate хорошо переводит техническую документацию:

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/libra...tml/Memory.html

Память R Документация
Память, доступная для хранения данных
Описание
Как R управляет своим рабочим пространством.
Детали
R имеет рабочее пространство переменного размера. Существуют (редко используемые) параметры командной строки для управления ее минимальным размером, но больше нет возможности контролировать максимальный размер.
R поддерживает отдельные области для объектов фиксированного и переменного размера. Первый из них выделяется как массив cons-ячеек...

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 11.03.2020 04:10  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1798657  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
В принципе, Вам сюда: https://cran.r-project.org/web/views/Natura...Processing.html

Но зачем Вам для удаления слова отдельный пакет? Все это можно сделать в базовом R:

> s1 <- "This is a pen"
> s2 <- "This is a cat"
> gsub("^This ", "", s1)
[1] "is a pen"
> gsub("^This ", "", s2)
[1] "is a cat"

Важно: Что это? Определение растений
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 10.03.2020 12:35  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1798507  |  Ответов: 3082  |  Просмотров: 222 639
Сибирско-китайское растение с тонко рассеченными листьями? http://www.efloras.org/florataxon.aspx?flo...taxon_id=130949 Фотография сделана в Московской области, и листья на снимке совершенно другие.

R Help
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 04.03.2020 07:02  |  Биофизика и матметоды в биологииБиофизика и матметоды в биологии  |  link: #1797420  |  Ответов: 2660  |  Просмотров: 289 261
Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно увидеть не просто заголовок, но хотя бы часть Ваших данных. И еще нужно понять, откуда должен взяться "month".

Важно: Фотографирование растений
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 21.02.2020 07:11  |  Изображения растенийИзображения растений  |  link: #1795007  |  Ответов: 54  |  Просмотров: 59 588
Что-то типа Epson Expression 12000XL

Важно: Что это? Определение растений
plantago
Постоянный участник


Отправлено: 13.02.2020 09:41  |  Классификация растенийКлассификация растений  |  link: #1793363  |  Ответов: 3082  |  Просмотров: 222 639
Посмотрите, пожалуйста, во Flore du Cambodge, du Laos et du Viêtnam том 4 (1965) или Flora Malesiana том 7-1 (1971) (все доступно в сети)
страницы (196):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.05.20 05:05
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft