Rambler's Top100
Lo-Fi Version* Virtual  Russian keyboard  Russian  
Herba · Plant photo · Plant images · Living plants · Iconotheca · Type collection · Materials of A.Shipunov

Today's active topics  [ Log In* | Register* ]  
   



Forum: 
 

Click to add to Selected Topics* Новости систематики и эволюции -- Объявления --
Options: I want to be curator* · Track this topic* · Email this topic · Print this topic*
Topic view:* Outline · [ Standard ] · Linear+


pages (4): < 1 2 3 4 > 
Reply to this topicStart new topicStart Poll
User is offline! Kovalevsky
Advanced Member



 old post 21.02.2008 22:40     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Пожалуйста

Attached File(s)

Download attachment alv.pdf
Size:: 733.99k
Number of downloads: 448




Number of thanks: 1These members thanked the author (1): grumbler
User is offline! lesha74
Advanced Member



 old post 22.02.2008 03:19     Report Post         Personal message  Send an e-mail

(plantago @ 26.01.2008 03:34)
Link to the original post  Новости систематики и эволюции
Вышел номер журнала "Zootaxa", посвященный юбилею Линнея и заодно систематике различных групп животных -- http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html

Большинство статей -- в свободном доступе.

user posted image

Вы не подскажете, есть ли где-то среди этих статей, и если есть то среди каких, данные (археологические или молекулярные) о первых появлениях каких-либо типов, либо надтипов, либо классов?
User is offline! plantago
moderator



 old post 22.02.2008 06:38     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Я думаю, Вам стоИт скачать эти статьи и посмотреть. Возможно, Вас также заинтересуют статьи из недавней "Hydrobiologia" -- http://www.springerlink.com/content/l2880l521787/
User is offline! grumbler
Advanced Member



 old post 22.02.2008 09:38     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Большое спасибо! smile.gif
User is offline! lesha74
Advanced Member



 old post 23.02.2008 03:49     Report Post         Personal message  Send an e-mail

(plantago)
Хороший обзор по проблеме происхождения эукариот опубликован в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7084/abs/nature04546.html).

Не скажете, нет ли там данных о времени появления (либо по археологическим, либо по молекулярным данным) тех или иных типов или надтипов или классов? Если есть, то не выложите статью на форуме?

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): Atropos
User is offline! plantago
moderator



 old post 23.02.2008 08:31     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Написал Вам личное сообщение.
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 23.02.2008 09:18     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Описание нового фотосинтетического представителя Альвеолят (Alveolata) -- группы, которая включает инфузорий, динофлагеллят и паразитических споровиков (Apicomplexa) -- опубликовано в сегодняшнем номере Nature.

Замечу, что данная схема – хорошая иллюстрация того, что "экономные модели" эволюции не поддерживаются молекулярными данными (посмотрите на число гомоплазий).

This post has been edited by Juglans: 23.02.2008 18:18

Number of thanks: 2These members thanked the author (2): plantago, Atropos
User is offline! plantago
moderator



 old post 05.03.2008 22:14     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

В интернете появилась «Энциклопедия жизни»
user posted image
26 февраля в интернет были выложены первые страницы «Энциклопедии жизни» ( http://eol.org ) — крупномасштабного проекта, вдохновленного выдающимся американским энтомологом и социобиологом Эдвардом Уилсоном. Согласно замыслу, новая интернет-энциклопедия должна включить в себя основные сведения обо всех известных науке видах живых организмов (которых насчитывается уже почти 2 млн). Предполагается, что энциклопедия будет непрерывно обновляться. Руководители проекта надеются, что сумеют привлечь для работы над энциклопедией тысячи квалифицированных специалистов и найти средства для ее дальнейшего развития. Если этот проект удастся осуществить в задуманном объеме, «Энциклопедия жизни» станет главным сетевым источником информации о разнообразии жизни на Земле для биологов и для всех, кто в этой информации заинтересован. Доступ к энциклопедии будет полностью открытым.
(Из статьи П.Н.Петрова с сайта "Элементы" -- http://elementy.ru/news/430687)
===
От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г.

Number of thanks: 13These members thanked the author (13): Baguk, taniusha, А, Радимира, Atropos, Petrov-Uralskiy, Mike Shelk, XIMIK, Sod, Evgeniy80, VEG, Saveta, DocSnip



The post is in the news column: Life science: general and molecular biologyThe post is in the news column, news group "Life science: general and molecular biology"
05.03.2008 22:18
User is offline! taniusha
Member
Санкт-Петербург



 old post 06.03.2008 14:11     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): plantago
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 06.03.2008 14:14     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Вообще этот проект уже "посорил" некоторых коллег.
User is offline! taniusha
Member
Санкт-Петербург



 old post 06.03.2008 14:22     Report Post         Personal message  Send an e-mail

"поссорил"? А почему?
User is offline! plantago
moderator



 old post 06.03.2008 17:55     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

(taniusha @ 06.03.2008 03:11)
Link to the original post  Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

Спасибо! Для этого надо знать английский и русский wink.gif и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу?
User is offline! plantago
moderator



 old post 06.03.2008 17:56     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

(Juglans @ 06.03.2008 03:14)
Link to the original post  Вообще этот проект уже "посорил"  некоторых коллег.

Что же произошло? Очень любопытно узнать.
Guest
IP-stamp: frodMfGaga.qM
guest



 old post 07.03.2008 14:45     Report Post       

(plantago @ 06.03.2008 16:55)
Link to the original post  Спасибо! Для этого надо знать английский и русский wink.gif и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу?

Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь wink.gif

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): plantago
User is offline! taniusha
Member
Санкт-Петербург



 old post 07.03.2008 14:47     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Извините, забыла авторизоваться. Предыдущий пост - это мой

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): plantago
User is offline! plantago
moderator



 old post 07.03.2008 18:18     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

(Guest @ 07.03.2008 03:45)
Link to the original post  Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь  wink.gif

Разумеется, подходит. Кстати, коллеги очень обрадовались, что есть желающие переводить. Кого бы еще найти с украинским (и может быть, белорусским и казахским) языками?
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 07.03.2008 18:49     Report Post         Personal message  Send an e-mail

plantago
В моем случае американцы прохладно отнеслись к Tree of Life, а европейцы в отместку прохладно отнеслись к американскому проекту.
User is offline! plantago
moderator



 old post 07.03.2008 23:34     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Не понял. Tree of Live (AToL) или Encyclopedia of Life (EoL)? К тому же оба проекта -- американские...
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 08.03.2008 10:14     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Я честно говоря уже и не помню (у меня разболелась голова от их взаимных упреков). Но есть и Tree of Life (правда, он также американский). Однако главный спор был по поводу создания банка ДНК (каждый хочет, чтобы это было в его стране).

Вообще я скептически отношусь к таким проектам, поскольку масштабного финансирования ожидать не стоит, энтузиастов мало. Был свидетелем того, как специалист поручил составить базу по родам и видам своих postgraduates . Я бы не отказался проверить их список, но мне не предложили. В итоге там ТАК много опечаток и ошибок, что просто жуть. И все это висит уже 4 года, ни у кого нет времени исправлять (т.к. закончились деньги на этот проект). Но даже если выделят много денег, то на них могут "слететься" не слишком сведущие, но бойкие специалисты.
User is offline! plantago
moderator



 old post 08.03.2008 11:03     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Денег довольно много, даже по американским стандартам. Это пока. А про ДНК -- это не к нам.
User is offline! plantago
moderator



 old post 08.03.2008 11:47     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

(taniusha @ 06.03.2008 03:11)
Link to the original post  Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

В общем, вот те файлы, которые нужно перевести. Один для русского, другой для украинского (ежели будут добровольцы). Там сейчас французский, его надо заменить на русский или украинский.
Вот небольшая инфа от Peter Mangiafico:
===
Attached is the translation file for the bits of the EOL that can be
translated. There isn't a nice web interface to do the translations
at the moment, so a text editor is required. The file format looks
like this:

#comment
key: phrase to be translated

Instructions:

1. The formatting of the file is one phrase per file, with a
translated phrase and a "key" that is used in the code to refer to
that phrase.
2. Comments are denoted with "#" at the start of the line.
3. The key is always first on each line followed by a colon. The
phrase follows the colon. Keys shouldn't be changed of course.
4. The key is usually the same as the phrase that needs to be
translated, in lowered case with underscores instead of spaces, except
when the phrase is quite long. In that case, the key has been
shortened and the phrase to be translated is shown *above* the key in
a comment.
5. Some phrases have special brackets in them {like this}. Please
leave those brackets and the text inside them *as is* in your
translations and just move them to the correct place. The text
between the brackets is replaced dynamically by the code (if they text
inside the brackets also needs to be translated, it will have it's own
key elsewhere).
6. In some cases, it's important that the translation is not longer
than the english (for example, text in the menu structure). These
special cases are denoted at the top of the file.
7. Please don't add extra characters and use a normal text editor only.

Attached are files for German (de.yml), Russian (ru.yml), and
Ukrainian (uk.yml). Just change the translations from French to that
language! Also, if you can supply the text for your language for the
language selection menu that would be good (e.g. the menu that says
"English - EN, Francais - FR, Deutch - DE" etc.) We won't worry about
text in images for now...
===
Я только поменял название украинского файла на более правильное "ua.yml", и положил каждый в zip-архив, чтобы движок форума не возражал.

Attached File(s)

Download attachment ru.zip
Size:: 5.18k
Number of downloads: 215



Download attachment ua.zip
Size:: 5.18k
Number of downloads: 190


User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 12.03.2008 13:32     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Две интересные статьи о крапивных . Профессиональные ботаники с ними знакомы, но не все на форуме имеют доступ к Ботаническому журналу:

Бот. журнал. 2007 (1). Т. И. Кравцова. СИСТЕМА СЕМЕЙСТВА URTICACEAE
Проведенное сравнительно-карпологическое исследование представителей 44 родов сем. Urticaсеае выявило ряд новых, важных для систематики семейства морфолого-анатомических признаков плода — анатомических признаков перикарпия, семенной кожуры и дополнительного покрова плода, особенностей строения гинецея, вариаций числа и типа плодов, заключенных в обертку, наличия или отсутствия специфических типов плода и семени. Разработана классификация таксономически значимых карпологических структур. Результаты исследования в основном согласуются с системой семейства Weddell (1854 и др.), его делением на трибы, однако свидетельствуют о необходимости переноса родов Hemistylus и Rousselia из трибы Parietarieae в трибу Boehmerieae и исключения из трибы Boehmerieae рода Touchardia. Они подтверждают также предполагаемое Friis (1989, 1993) на основе анализа комплекса морфологических и биохимических признаков близкое родство триб Boehmerieae, Forsskaoleae и Parietarieae. Предложен новый вариант системы семейства, основанный на совокупности всех традиционно используемых признаков и впервые выявленных нами карпологических признаков. Она включает впервые установленные 3 подсемейства Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae и 5 триб, из которых одна (триба Touchardieae) описана нами впервые. В трибе Boehmerieae впервые описаны подтрибы Boehmeriinae и Myriocarpinae. Всем надродовым таксонам присущ специфический комплекс карпологических признаков.


Бот. журнал. 2007 (5). Т. И. Кравцова, А. А. Оскольский КЛАДИСТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СЕМЕЙСТВ URTICACEAE, CECROPIACEAE И MORACEAE
НА ОСНОВЕ КАРПОЛОГИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ
Для выяснения филогенетических отношений 55 родов из трех близких семейств Cecropiaceae, Moraceae и Urticaceae предпринят их кладистический анализ по 79 признакам плода, семени и пестичного цветка. Большинство признаков относится к структуре перикарпия и семенной кожуры. На полученной кладограмме представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу, представляющую собой политомию из 4 ветвей: 1) Dorstenia; 2) Ficus; 3) субклады, объединяющей 4 рода трибы Moreae (Morus, Broussonetia, Chlorophora и Madura); и 4) крупной субклады, включающей Urticaceae и Cecropiaceae. Полученные результаты показывают парафилию Moraceae. Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство. В составе Urticaceae + Cecropiaceae выделяются субклады, полностью или частично согласующиеся с трибами сем. Urticaceae (Weddell, 1856—1857, 1869) и подсемействами Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae (Кравцова, 2007); подтверждена возможность переноса родов Hemistylus и Rousselia из Parietarieae в Boehmerieae (Кравцова, 2007). Рассмотрен семофилез некоторых карпологических признаков. Показано, что билатерально симметричные плоды вторичны по отношению к плодам асимметричным. Крыло плода, образованное перикарпием, возникало в исследуемых родах редко, в сем. Ulmaceae (Ulmus) и в некоторых линиях развития Urticaceae. Крыло плода из околоцветника сформировалось в разных линиях развития Urticaceae, а крыло из брактей — у представителей подсем. Boehmerioideae. Отмечена тенденция к уменьшению числа слоев перикарпия от 9 и более до 4 и 3, связанная с уменьшением величины плода. Обнаружено, что слизевые клетки в перикарпии появлялись независимо в разных кладах; среди Urticaceae + Cecropiaceae прослеживается тенденция к увеличению их количества в экзокарпии. Появление слизевых клеток в мезокарпии некоторых Moraceae (Broussonetia, Morus, Chlorophora), а также у Dendrocnide, Urera и Poikilospermum сопряжено с формированием у них сочных плодов. Показано, что перфорированная семенная кожура независимо появляется и исчезает во многих кладах, что не подтверждает мнение Т. Takaso и Н. Tobe (1990) о том, что она представляет собой общую архаичную черту всех Urticales.


Хотел бы остановиться на последней статье. Не совсем понятно, почему авторы выбрали WinClada: эвреститческий анализ делает и PAUP, причем при большом числе признаков и видов он может найти более экономные деревья. Я бы понял, если бы авторы использовали главную "фишку" винклады – ratchet-анализ, но они его не используют. Авторы пишут " представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу". Однако Внешним в WinClada может быть только один таксон (в данном анализе это Zelkova) – уже Ulmus оказывается "внутренним" и не имеет большого влияния на определение полярности состояний. В PAUP можно было бы оба рода ильмовых использовать как внешние группы, что, вероятно, могло бы привести к выделению не 4 линий. Вообще тестирование кладограмм на устойчивость через замену внешних групп (хотя бы) – это то, чего не хватает многим исследованиям. Изменение топологии кладограммы может привести и к иной трактовке отдельных семофилезов.
User is offline! plantago
moderator



 old post 12.03.2008 22:07     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

(Juglans @ 12.03.2008 02:32)
Link to the original post Не совсем понятно, почему авторы выбрали WinClada

Спросите у автора (Asafich)
User is offline! plantago
moderator



 old post 12.03.2008 22:16     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

(Juglans @ 12.03.2008 02:32)
Link to the original post ....Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство.

В принципе, все это уже показано Sytsma et al., 2002: http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/89/9/1531
Разумеется, морфологическая поддержка очень полезна.
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 13.03.2008 13:33     Report Post         Personal message  Send an e-mail

plantago
Дело не в морфологической поддержке, а в семофилезах. WinClada имеет более удобный интерфейс, чем PAUP для Windows, дает более наглядные схемы изменения признаков.
User is offline! Asafich
Advanced Member
St.Petersburg



 old post 13.03.2008 14:42     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Скажу честно: WinClada была выбрана лишь потому, что на тот момент у меня не было возможности освоить PAUP. Вообще, это мой первый опыт кладистического анализа крупного массива морфологических данных и, скорее всего, последний: мне это дело очень не понравилось. И самое главная проблема тут - вовсе не алгоритмы обсчёта, а подготовка морфологических данных. По уму, тут ведь надо быть уверенным в сравнимости (т.е. в корректной гомологизации) структур у всех изучаемых видов, а в карпологии с этим плохо (терминология у них сугубо описательная). Из анализа, например, были исключены Moraceae с крупными семенами: мы с Таней Кравцовой (специалистом по Urticales и по карпологии) так и не придумали, как сравнивать их с прочими таксонами. Я даже удивляюсь, что на выходе получилось что-то осмысленное.

Что касается внешних групп, то я пробовал менять местами Zelkova и Ulmus - к существенным изменениям дерева это не приводило.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): Juglans
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 13.03.2008 16:20     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Asafich
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно. Удивительно то, что вы построили такое неплохое древо только на карпологических признаках.
У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка. В PAUPе это возможно. К чему я это пишу? Вы бы могли ввести ancestor с одним единственным заданным состоянием "перфорированная семенная кожура" и проверить, насколько трактовка японских авторов изменит топологию кладограммы.

П.С. Думающий морфолог не может быть доволен компьютерными кладограммами априорно. smile.gif Но, увы, "с волками жить ..." - свои идеи приходится втолковывать и таким способом.

Number of thanks: 2These members thanked the author (2): plantago, Asafich
User is offline! Asafich
Advanced Member
St.Petersburg



 old post 13.03.2008 19:48     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Juglans
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно.

Там хватает ляпов, но я очень старался smile.gif

У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка.

Разве? Насколько я понимаю, первый таксон в матрице данных автоматически принимается в ней за внешнюю группу.
User is offline! lesha74
Advanced Member



 old post 14.03.2008 03:57     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Друзья!
Подскажите, пожалуйста, в какой таблице брать "правильные" данные о происхождении ряда таксонов из статьи "Fossils and phylogenies: integrating multiple lines of evidence to investigate the origin of early major metazoan lineages" (в прикрепленном файле).
Собираю данные о происхождении всех типов и более крупных таксонов. Вроде, в этой статье некоторые из этих данных приведены в двух таблицах (см. прикрепленные файлы с таблицами из этой статьи). К сожалению, я не биолог и не соображу с используемыми в них обозначениями.
Так в таблице 1 приведена сначала "таксономическая единица" "Porifera, Silicea" (т.е. две в одной), а потом - таксономическая единица "Porifera". Как это понять? Что означает колонка Stem/crown и, соответственною, что означают приведенные там времена? А в таблице 2 какую колонку следует взять в качестве времени возникновения соответствующей таксономической единицы?
Заранее спасибо, Алексей.

Attached image(s)
 ________1.gif ________1.gif — (10.52k) 14.03.2008 — 28.03.2008  
 ________2.gif ________2.gif — (8.72k) 14.03.2008 — 28.03.2008  


Attached File(s)

Cartwright_2007._Fossils_and_phylogenies__integrating_multiple_lines_of_evidence_to_investigate_the_origin_of_early_major_metazoan_lineages.pdf
Size:: 113.67k
Number of downloads: 4
14.03.2008 — 28.03.2008

User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 14.03.2008 07:29     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Asafich
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи
User is offline! Asafich
Advanced Member
St.Petersburg



 old post 14.03.2008 18:38     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Juglans
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи

Тогда я не понимаю, каков операциональный КЛАДИСТИЧЕСКИЙ смысл понятия "гипотетический предок". Объясните, пожалуйста.
User is offline! Kovalevsky
Advanced Member



 old post 15.03.2008 01:16     Report Post         Personal message  Send an e-mail

(plantago @ 05.03.2008 20:14)
Link to the original post 
===
От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г.


Украинский перевод у меня практически готов. Конечно, могут быть некоторые ляпы, так как без контекста не всегда можно подобрать оптимальный перевод, да и с падежами непонятно как будет, но файл могу переслать/вывесить на форум хоть сейчас
User is offline! plantago
moderator



 old post 15.03.2008 01:42     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Спасибо!!! Давайте.
User is offline! Kovalevsky
Advanced Member



 old post 15.03.2008 01:51     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Выкладываю

Attached File(s)

ua1.zip
Size:: 5.51k
Number of downloads: 3
14.03.2008 — 28.03.2008



Number of thanks: 1These members thanked the author (1): plantago
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 15.03.2008 06:51     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Asafich

В кладистике существует априорное и апостериорное установление полярности состояний. Первое свойственно классической (хенниговой) кладистике, а второе - компьютерной. Однако PAUP позволяет исследователю установить базальные состояния. Если исследователь имеет свои представления о полярности состояний, которые отличаются от того, что реализуется в кладограмме с привлечением только внешней группы, то он может также ввести в анализ и их. Это непопулярная операция, поскольку противоречит доктрине компьютерного кладизме о недопустимости интуитивных измышлений относительно трансформационных рядов. Но даже теоретики компьютерного кладизма вынуждены признать, что онтогенетический критерий установления апоморфности-плезоиморфности может быть рассмотрен как значимый, даже если он противоречит критерию "внешней группы".

В макинтошевской оболочке PAUP имеет очень удобный интерфейс, там ввод предковых состояний прост. Но в Windows нужно входить во внутрь "текста" и вводить предковые состояния таким образом:

begin assumptions;
ancstates ancestor(vector)= 0000???10??01?00000????00???????1?????;
end;

? означает, что полярность этого состояния Вам неизвестна, для всех остальных программа будет исходить из того, что данное состояние имеет базальное положение, даже если это идет в разрез с состоянием внешней группы. Замечу, что не все состояния внешней группы PAUP и Winclada берет как плезиоморфные, а только те, которые поддерживают наиболее экономную кладограмму. Вводя ancestor Вы "насильно" заставляете программу исходить из плезиоморфности указанных состояний.

Маленький нюанс: если Вы редактируете данные через Nexus Editor, то он автоматически удаляет предковые состояния, которые были введены через PAUP.

Ввод предковых состояний можно сочетать с вводом внешней группы, но можно обходиться и без последней. Это очень важно в тех случаях, когда невозможно указать приемлемую внешнюю группу. Вот, например, если анализировать отдел мхов в целом, то и харовые, и любые другие водоросли в качестве внешней группы не подойдут. Поиск экономной кладограммые без внешней группы может оказаться крайне неадекватным, но ввод даже нескольких предковых состояний (несомненных с точки зрения специалиста) может кардинально изменить ситуацию.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): Asafich
User is offline! Asafich
Advanced Member
St.Petersburg



 old post 15.03.2008 09:55     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Juglans
Большое спасибо за разъяснения! Да, я не знал об этой возможности, надо будет попробовать поэкспериментировать (на этот раз - с Araliaceae). Правда, я пока (в том числе и в работе с Urticaceae) старательно избегал подобных приёмов, поскольку соблазн подгонки в этом случае становится почти непреодолимым smile.gif
User is offline! Vladimir Matveev
Advanced Member
Санкт-Петербург



 old post 31.03.2008 08:22     Report Post         Photo  Personal message  Send an e-mail  Web site

Виды животных, отвергнутых почему-то эволюцией:
http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/88/89.html
User is offline! grumbler
Advanced Member



 old post 13.04.2008 15:04     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Cтатья в Nature - Dunn et al. Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life:
http://www.nature.com/nature/journal/v452/...ature06614.html
Странное какое-то дерево - гребневики в основании, а губки - сестринская группа книдарий.

Attached File(s)

Download attachment nature06614.pdf
Size:: 380.62k
Number of downloads: 251




Number of thanks: 2These members thanked the author (2): plantago, Juglans
User is offline! plantago
moderator



 old post 13.04.2008 23:47     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Да, я тоже удивлен немного. Как-то не вяжется с Nature.
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 16.04.2008 01:05     Report Post         Personal message  Send an e-mail

А что удивляться?! Помните, как "прыгал" трихоплакс - от билатерий, через книдарий и гребневиков к губкам. Все это алхимия...
User is offline! plantago
moderator



 old post 16.04.2008 01:36     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Ну, внизу там и вправду алхимия, по крайней мере, покуда до людей не дойдет, что ситуацию исправит лишь полная выборка таксонов (хотя бы до класса). Всего две губки на дереве из обсуждаемой статьи -- это позор.
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 21.04.2008 06:47     Report Post         Personal message  Send an e-mail

Вышла новая книга Чайковского:

Активный связный мир. Опыт теории эволюции жизни.
Издательство: КМК, 2008 г.
Твердый переплет, 730 стр.

Книга основана на предыдущей книге автора (Наука о развитии жизни. М, КМК, 2006), но теперь изложение ведется на базе двух принципов - активности и сопряженности. Остальные закономерности эволюции (например, усложнение форм) выступают как их взаимодействие. Принципы общи для всех форм эволюции (от элементарных частиц до скоплений галактик), включая органическую и общественную жизнь, и известны давно. Однако в биологии их признанию 150 лет мешает та умозрительная идея, что на этом и только этом уровне над общими законами царит частный (отбор малых ненаправленных наследственных изменений). Его обнаружить в природе не удалось, и теорию надо строить без него.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): plantago
User is offline! plantago
moderator



 old post 14.05.2008 05:20     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

Новости систематики и эволюции
К сожалению, у меня нет возможности одновременно обновлять свою систему природы и постить сообщения на форум. Поэтому с июля 2007 года я перестал регулярно сообщать сюда о "новостях систематики и эволюции". Тем, кто хочет быть в курсе этих новостей:
1) Система организмов* обновляется раз в две-три недели. Разумеется, "новейшие достижения" отражаются в ней с авторской точки зрения. Можно также смотреть список изменений**
2) Список литературы*** обновляется еще чаще, где-то раз в полторы-две недели. Соответственно, можно найти все записи "2008" и "in press" и быть в курсе дела.
3) Он-лайн архив**** обновляется постоянно. Каждую папку можно отсортировать по времени и посмотреть новые поступления.
===
* http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.pdf
** http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.chlog
*** http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.bib
**** Для доступа к архиву просьба написать мне личное сообщение

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): Juglans
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 20.05.2008 01:33     Report Post         Personal message  Send an e-mail

plantago
А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия? Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia?
П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): plantago
User is offline! plantago
moderator



 old post 20.05.2008 02:08     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

(Juglans @ 19.05.2008 17:33)
Link to the original post  plantago
А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия?
Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia?
П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus.

Спасибо за замечания и указания на ошибки. Все исправлено, новая версия (5.726) на сайте.
Все эти названия -- бинарные. Их правильно цитировать либо как "Phylum Sycon", либо как "6 Sycon".
Принцип отбора: (1) максимальное сходство с наиболее общепринятым названием, (2) название, употребленное в таком качестве (если можно, то наиболее часто), (3) название, чаще всего (или член группы "наиболее частых") использующееся в упоминаниях о группе. Пока, к сожалению, много шероховатостей. Вы уже указывали мне на некоторые, и если найдете еще, я буду очень благодарен.
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 20.05.2008 02:34     Report Post         Personal message  Send an e-mail

А Вы используете принцип приоритета? Т.е. если Клюге первым использовал бинарное название для классов ракообразных - они приоритетны?

stat. m. - это status mihi?
User is offline! plantago
moderator



 old post 20.05.2008 03:14     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

По поводу приоритета -- я работаю с таксонами таких рангов, для которых принцип приоритета соблюдать не обязательно. Если же начать работать с "подпадающими" таксонами, то принцип соблюдать, естественно, надо. В то же время я готов признать приоритетные типификации, если они существуют. Поэтому Вы можете заметить, что я использую (за некоторыми исключениями) названия Н. Клюге отсюда: http://www.insecta.bio.pu.ru/z/sys-ins.htm
Извините, не ответил про stat.m. Там есть примечание вначале -- stat.m. = status mutabilis. "Status" понимается двояко, что неудобно -- и как ранг, и как целостность группы. Это связанные вещи, но все же разные.
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 20.05.2008 04:13     Report Post         Personal message  Send an e-mail

А что конкретно Вы имели в виду, когда поставили stat.m. для полиподиозой?
User is offline! plantago
moderator



 old post 20.05.2008 06:54     Report Post         Personal message  Send an e-mail  Web site

То, что одно из возможных решений -- рассматривать их как группу наравне с Hydrozoa и Myxozoa. Вы, кстати, видели статью http://www.biomedcentral.com/1471-2148/8/139/abstract ?

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): Juglans
User is offline! Juglans
Advanced Member



 old post 20.05.2008 14:51     Report Post         Personal message  Send an e-mail

За статью спасибо - не знал!

У Г.А. Клюге для эуметазой использовано название Homo, для Arthropoda – Scarabaeus (у вас по ошибке это название использовано и для Spiralia), для моллюсков – Limax, для Annelida - Lumbricus, плоские черви – Fasciola, книдарии – Medusa, ракообразные – Cancer, многоножки – Scolopendra.

Я бы не стал разделять панкрустаций и многоножек, объединив в общий подтип мандибулят (уж очень много общего в их морфологии – гораздо больше, чем у пантопод и хелицерат). Если использовать stat. m. (это вполне разумно), то и для ногохвосток, но не для моноплакофор (данные молекулярного анализа практически все малакологии подвергли резкой критике из-за очень короткого фрагмента). Хетогнаты – скорее sed. m., чем stat.m. Maxillopoda парафилетичны (я об этом уже писал). Тут такая особенность, что морфологически эта группа распадается на две четкие линии – копеподную и циррипедиальную. А вот объединить их по синапоморфиям трудно. В сущности, максилоподы – это аналог многоножек (у последних также выделяют синапоморфии, но их мало и они сомнительные). С птицами я так и не понял: различия между птицами и ящерицами меньше, чем между ксифозурами и паукообразными. Не должно быть «особых» групп.

*





Name:

 Enable Smilies · Show Smilies Pop Up Window
Icons designation:

   Say THANKS to the author — say THANKS to the author
   Delete Post — delete
   Edit Post — edit
   Put in the news column — put in the news column
   Quote Post — quote the post
   multiquote  not included/multiquote included — quote several posts
   Report SPAM — mark spam message
   Report Post — report post to the moderator
   User is online!/User is offline! — author online/offline
   Photo — photo of the author

   - other designations -
 
   *
« Next Oldest · Plant science / Herba · Next Newest »
pages (4): < 1 2 3 4 >
Fast ReplyReply to this topicStart new topic

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Helicon · Dia-m · InterLabService · Beckman Coulter · SkyGen · OPTEC · BIOCAD · Evrogen · Syntol · Bioline · Sartorius · Khimexpert · SibEnzyme · Tecan · Danies · NPP «TRIS» · Bialexa · FizLabPribor · Genotek · ATG Service Gene · Biogen-Analitika
Your forum  ·  editor@zbio.net  ·  Time is now: 15.10.19 10:34
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft