Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Дендритные шипики, иммуногистохимия, синаптофизин -- как посчитать? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 23.04.2017 09:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

День добрый.

Помогите, пожалуйста, разобраться с одной задачей. wall.gif

Дано: 3 нейрона улитки, связанные друг с другом.
Надо: посчитать число дендритных шипиков у этих нейронов до и после воздействия.

Предлагается иммуногистохимический метод с использованием антител к синаптофизину.

Вопросы:
1) возможна ли количественная оценка?
2) насколько к 3 нейронам вообще применим данный метод?

Спасибо.
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 23.04.2017 16:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Подсчет всяческих образований на клетках конечно проводится (филоподии, отростки, шипики и тп), причем считают иногда не только количество, но и длину и тп.
Но все эти подсчеты мало стандартизированы, все зависит от целей исслеледования, наличия оборуования, опыта и тпп. Часто смотрят это в time lapse, динамику формирования.

Вам это для чего нужно?
Считать надо конечно не 3 клетки, а десятки. Ну и в 2-3 повторах эксперимента.
Какое у вас оборудование? Во что смотреть будете?
Если планируете фиксировать клетки - и смотреть во обычный флоуресцентный микроскоп - то достоверно вряд ли чтото насчитаете, если эффект не лишком выражен.
В идеале надо все в 3D смотерть, тк шипики и отростки есть в разных плоскостях (апиакльные и латеральные).
В целом - все эти методики зависят от лаборатории и опыта и возможностей исследователей.
И зачастую тому что есть в статьях - нельзя доверять, ибо непонятно кто, что и как считал.
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 24.04.2017 03:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

- Вам это для чего нужно?
Для того, чтобы понять, стало ли между клетками больше синапсов после воздействия.

- Считать надо конечно не 3 клетки, а десятки. Ну и в 2-3 повторах эксперимента.
У улитки есть 3 нейрона, ответственных за рефлекс, который будет формироваться в эксперименте. Что происходит с остальными нейронами - нам неважно. Именно их я и имел в виду. Естественно, будет набираться статистика по нескольким животным.

- Какое у вас оборудование? Во что смотреть будете?
У нас никакого оборудования нет, мы выступаем заказчиками. А нам предлагают иммуногистохимию для 3 нейронов, поэтому я пытаюсь разобраться, адекватный ли метод нам предлагают.

Идеальный вариант для нас - электронная микроскопия с подсчётом плотности шипиков в единицах штуки на микрон длины (к примеру). Но она недоступна.

Сообщение было отредактировано himik - 24.04.2017 03:23
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 24.04.2017 16:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

А как вы эти три нейрона будете отличать от всех остальных? Иммуногистохимию на срезах обычно делают, вы же не можете сделать срез чтобы весь нейрон попал, а антитела нормально не покрасят ткани целого организма, как мне кажется, да и визуализировать и считать потом как?
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 24.04.2017 18:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(ship @ 24.04.2017 16:11)
Ссылка на исходное сообщение  А как вы эти три нейрона будете отличать от всех остальных? Иммуногистохимию на срезах обычно делают, вы же не можете сделать срез чтобы весь нейрон попал, а антитела нормально не покрасят ткани целого организма, как мне кажется, да и визуализировать и считать потом как?


1. У улиток многие нейроны легко идентифицируемы и внесены в атласы.
2. Да, не можем сделать так, чтобы нейрон попал в срез. Собственно, я поэтому и задаю вопрос специалистам, потому как гистологический метод и единичные нейроны я как-то не соотношу.
3. Ну, если будет светиться каждый шипик (а я не знаю, как оно там), то считать нормально. Но я не уверен, как оно там :-)
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 24.04.2017 20:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

вам бы в эти нейроны просто ввести флуоресцентный белок, типа RFP, чтобы метил их селективно, ну и тогда можно пытаться считать даже на живых клетках, или фиксировать.
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 25.04.2017 03:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(ship @ 24.04.2017 20:03)
Ссылка на исходное сообщение  вам бы в эти нейроны просто ввести флуоресцентный белок, типа RFP, чтобы метил их селективно, ну и тогда можно пытаться считать даже на живых клетках, или фиксировать.


Спасибо за идею, конечно, но, полагаю, это уже иной уровень финансирования, который мы не потянем.
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 25.04.2017 11:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

и даже скорее не RFP, который еще не факт , что будет нормально прокрашивать весь отросток, а белок, специфический метящий шипики, филоподии и тп.
Участник оффлайн! ECH
Участник



 прочитанное сообщение 27.04.2017 15:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Тут как бы требуются не конкретные технические советы, а чтение литературы.

Что такое синаптофизин? Везикулярно ассоциированый белок синаптических терминалей. Является ли он маркером дендритных шипиков? Ни разу. Красили ли нейроны улитки антителами на синаптофизин? Да, навскидку из пабмеда работа 1990 года и многие другие.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2106363

Интерпретировали ли это как число дендритных шипиков? Нет.
Что является маркерами постсинапсов и дендритных шипиков у тех нейронов и зверей, у которых они есть? Из часто используемых psd95 и homer. Красили ли улиток на них до и после воздействия? Много раз - идем обратно в пабмед.

А есть ли у нейронов улиток вообще дендритные шипики? Вопрос несколько грубый, но справедливый. Пабмед выдает только одну ссылку на русском 1992 года, некая Брежная, с одним цитированием.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): himik
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 28.04.2017 14:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(ECH @ 27.04.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение  Тут как бы требуются не конкретные технические советы, а чтение литературы.

Я с вами согласен, в принципе, но невозможно быть узким специалистом во всём. Мы положились на тех, кто занимается иммуногистохимией.
(ECH @ 27.04.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение
Что такое синаптофизин? Везикулярно ассоциированый белок синаптических терминалей. Является ли он маркером дендритных шипиков? Ни разу.

А можно ссылку, почему не является?
(ECH @ 27.04.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение
Красили ли нейроны улитки антителами на синаптофизин? Да, навскидку из пабмеда работа 1990 года и многие другие.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2106363

Спасибо.
(ECH @ 27.04.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение
Интерпретировали ли это как число дендритных шипиков? Нет.

В принципе, это не означает, что это нельзя интерпретировать как маркер дендритных шипиков.
(ECH @ 27.04.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение
Что является маркерами постсинапсов и дендритных шипиков у тех нейронов и зверей, у которых они есть? Из часто используемых psd95 и homer. Красили ли улиток на них до и после воздействия? Много раз - идем обратно в пабмед.

Спасибо, глянем.
(ECH @ 27.04.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение
А есть ли у нейронов улиток вообще дендритные шипики? Вопрос несколько грубый, но справедливый. Пабмед выдает только одну ссылку на русском 1992 года, некая Брежная, с одним цитированием.

Спасибо, изучим.

Сообщение было отредактировано himik - 28.04.2017 14:39
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 28.04.2017 15:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(ECH @ 27.04.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение  
А есть ли у нейронов улиток вообще дендритные шипики? Вопрос несколько грубый, но справедливый. Пабмед выдает только одну ссылку на русском 1992 года, некая Брежная, с одним цитированием.


Похоже, кина не будет и этот ваш вопрос был ключевым... weep.gif

Spiny neurons are rarely found in lower organisms (for example, Drosophila melanogaster
and Caenorhabditis elegans ), indicating that spines evolved to accommodate the more complex functions of ‘advanced’ nervous systems, such as the mammalian brain.

http://www.nature.com/nrn/journal/v2/n12/f...n1201-880a.html

Сообщение было отредактировано himik - 28.04.2017 15:47

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): ship
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 06.05.2017 09:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Так. Тема не закрыта.

Число дендритных шипиков у высших животных коррелирует с числом синапсов. У улиток, похоже, шипики отсутствуют.

Однако нашлась статья, в которой авторы связывают экспрессию синаптофизина в нейронах нужного нам организма, прудовика, с числом синапсов:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21722207

Таким образом, наблюдение за экспрессией этого белка с повестки дня не снимается. Возникает второй вопрос.
В статье изучали экспрессию в культуре сдвоенных нейронов, пре- и постсинептических, которые, насколько я понял, находят друг друга в культуральной жидкости.
Мы хотим всё это увидеть не в культуре, а в организме. Известны нейроны, которые образуют сеть.
Подскажите, пожалуйста, каким образом это следует поступить? Извлекать нейроны, искать место контакта и его окрашивать?
Участник оффлайн! ECH
Участник



 прочитанное сообщение 06.05.2017 22:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

внимательнее читайте статью на какой модели они работают. конечно находят если один нейрон физически впечатать в другой
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 07.05.2017 05:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(ECH @ 06.05.2017 22:17)
Ссылка на исходное сообщение  внимательнее читайте статью на какой модели они работают. конечно находят если один нейрон физически впечатать в другой


Да, я потом прочитал внимательнее и понял, что нейроны друг друга не находят :-), а их заставляют найтись.

Вы думаете, что изолировать места контактов и выделить это всё из улитки, чтобы потом обработать антителами, не получится?
Участник оффлайн! ECH
Участник



 прочитанное сообщение 08.05.2017 11:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Антитела как бы к млекопитающим. Или вы выделите улиточные аналогичные белки, покажете их функцию, а потом к ним сделаете кастомные свои антитела? Вот в чем вопрос. Либо красим что-то чем-то, и ни о каких шипиках, естественно, речь не идет, либо повторяем весь путь как для млеков с сотнями работ за десятки лет, на что, естественно, никакие деньги не дадут даже нобелекскому лауреату.
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 08.05.2017 18:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

А почему вас смущает, что антитела к млекопитающим? (Про шипики уже забыли, концентрируемся на синапсах.)
Участник оффлайн! ECH
Участник



 прочитанное сообщение 08.05.2017 22:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Тут есть люди которые лучше меня понимают, чем гомология отличается от аналогии. Вобщем общая биология, генетика, вторично-ротые - первично-ротые и все такое, хе-хе...
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.05.2017 21:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Экспрессию белка можно посмотреть Western'ом, RT-qPCR'ом. RT-qPCR'ом проще всего если известна нуклеотидная последовательность гена. Антитела тоже можно получить это месяца 3-4 работы либо на синтетический пептид, либо на продукт клонированного гена, опять же если известна нуклеотидная последовательность гена. Более сложный вариант это трансфекция клеток репортерным вектором, где под промотором гена интереса вставлен репортерный продукт, например, флуоресцентный белок или люцифераза, для вашего случая - это самый геморрой, потому что потребуется культивирование и трансфекция клеток улитки.
Участник оффлайн! himik
Постоянный участник
не родина



 прочитанное сообщение 14.05.2017 14:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(MMM @ 10.05.2017 21:12)
Ссылка на исходное сообщение  Экспрессию белка можно посмотреть Western'ом, RT-qPCR'ом.  RT-qPCR'ом проще всего если известна нуклеотидная последовательность гена. Антитела тоже можно получить это месяца 3-4 работы либо на синтетический пептид, либо на продукт клонированного гена, опять же если известна нуклеотидная последовательность гена. Более сложный вариант это трансфекция клеток репортерным вектором, где под промотором гена интереса вставлен репортерный продукт, например, флуоресцентный белок или люцифераза, для вашего случая - это самый геморрой, потому что потребуется культивирование и трансфекция клеток улитки.

Спасибо, конечно, но, увы, эти методы недоступны ни по финансовым причинам, ни по материальному обеспечению. Нуклеотидная последовательность неизвестна. О получении антител и трансфекции я вообще молчу frown.gif.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  23.11.2021 15:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

https://replicawatches24.tumblr.com/post/64...lica-watches-uk
https://ello.co/replicawatchesuk/post/ubut9ig9g4glx-q6nyphka
https://www.evernote.com/shard/s451/client/...%2BWatches%2BUK
https://www.bloglovin.com/@rolexrelicawatch...replica-watches
https://www.designspiration.com/watcheshutuk/saves/
https://write.as/fakerolexwatches/hints-to-...lica-watches-uk
https://www.dailystrength.org/journals/hint...lica-watches-uk
https://issuu.com/replicawatchesuk/docs/dif...he_replica_watc
https://www.keepandshare.com/discuss2/5601/...lica-watches-uk
https://penzu.com/public/9e250377
https://bestreplicawatc.livejournal.com/336.html
https://www.pearltrees.com/replicawatchesuk/item349627941
https://www.intensedebate.com/people/watches24
https://anonfiles.com/N039Qf66q9/Guide_On_H...atch_Online_pdf

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 04:08
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft