molbiol.ru -> интерпретация SNP

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* интерпретация SNP

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

gennoob
IP-штамп: frlHGMHi8Zz/M
гость

07.02.2014 22:42

URL #1

коллеги, помогите, пожалуйста, в следующем вопросе.

Есть ген тирозиназа, продукт которого абсолютно необходим для синтеза меланина
Есть SNP rs1393350, который находится в интроне этого гена
Есть корреляция между статусом rs1393350 и синтезом меланина

можно ли, исходя из расположения rs1393350, считать что сам по себе его статус совершенно неважен для формирования фенотипа, а обнаруженная корреляция отражает роль какого-то другого полиморфизма, сцепленного с данным? если нет, то какие могут быть механизмы?

Заранее спасибо

Flyamer
Постоянный участник
Москва

07.02.2014 23:06

URL #2

Думаю, так: точно мы не знаем из вашего описания, но наиболее вероятно, что тут играет роль сцепление.

gennoob
IP-штамп: frlHGMHi8Zz/M
гость

08.02.2014 19:16

URL #3

спасибо за ответ!
Это не задачка с экзамена

а мой собственный интерес, так что помимо моего описания можно использовать любую имеющуюся информацию. Мне просто было (и осталось) удивительно, что такие вещи до сих пор остаются неопределёнными - по крайней мере в тех статьях, что я нашёл, пишут о данном SNP как (упрощённо говоря) маркёре пигментации, и всё. Хотя если реальную роль играет другой полиморфизм, казалось бы куда логичнее попытаться его найти.

Statin
Постоянный участник

08.02.2014 20:40

URL #4

Заходим вот сюда http://compbio.cs.queensu.ca/F-SNP/ вставляем в search ваш rs
и читаем, что ваш снип участвует в transcriptional_regulation вашего гена.

gennoob
IP-штамп: frlHGMHi8Zz/M
гость

08.02.2014 21:33

URL #5

круто, я не знал про такую базу, спасибо! правда, конкретно в этом случае не очень убедительно, мягко говоря: минорный (A) аллель, согласно их анализу, отличается только тем, что среди дюжины сайтов трансфаков, якобы найденных в этом участке, имеется 2 сайта для HSF, в то время как у G-варианта таких сайтов 3. Даже если считать что это действительно так (что само по себе отдельный вопрос: и наличие такого количества сайтов трансфаков в интроне посреди гена, и сам HSF, который вовсе дрозофилиный фактор), то по логике можно было бы ожидать, что добавление сайта посреди гена должно снижать экспрессию, в то время как на самом деле G-аллель ассоциирован как раз с усилением продукции пигмента...

xenopus
Постоянный участник
Moscow

10.02.2014 02:11

URL #6

Сами по себе компьютерно-предсказанные сайты трансфаков ни о чем не говорят. В реальной жизни все по другому как правило.

guest: amigo
IP-штамп: frVGCwWxLnRoQ
гость

17.04.2014 22:06

URL #7

подскажите пожалуйста, как найти rs полиморфизма, если знаешь его праймеры и зонды?

karimovdo

18.04.2014 08:11

URL #8

(guest: amigo @ 18.04.2014 00:06)

подскажите пожалуйста, как найти rs полиморфизма, если знаешь его праймеры и зонды?

посмотреть сиквенс гена, определить куда прикрепляется зонд и посмотреть метку какой снип там находится.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/

frree
Участник

17.07.2019 09:00

URL #9

(Statin @ 08.02.2014 20:40)

подскажите, плиз, ссылка не работает... есть ли еще сайт, где можно по rs определить локализацию и функцию SNV (замена аминокислоты, кодирующий, интрон, промотер и пр.).
Заранее благодарен

semi
Постоянный участник
Москва

18.07.2019 16:57

URL #10

Можно начать с https://www.snpedia.com/index.php/Rs1393350
Оттуда идти по ссылкам, и самостоятельно оценить, что вам подходит.

medmenshealth

19.07.2019 09:25

URL #11

I really impressed after read this because of some quality work and informative thoughts . I just wanna say thanks for the writer and wish you all the best for coming! https://www.medmenshealth.com

Это сообщение — спам.
dk

Arbeiter-Samaritier-Bund

19.07.2019 19:19

URL #12

(frree @ 17.07.2019 10:00)

подскажите, плиз, ссылка не работает... есть ли еще сайт, где можно по рс определить локализацию и функцию СНВ (замена аминокислоты, кодирующий, интрон, промотер и пр.).
Заранее благодарен

если чичлавека то на Геном Броузер если интроны промотеры енхансеры супрессоры хроматин опен клозет и прочая чучхлома

https://genome.ucsc.edu/

watchesbiz
Постоянный участник

10.11.2021 19:13

URL #13

https://wanelo.co/replicarolexwatches
https://musescore.com/fakerolexwatches
https://www.racked.com/users/Replicarolexwatches
https://sketchfab.com/Rolexrelicawatches
http://www.video-bookmark.com/bookmark/433...eplica-watches/
https://www.slideserve.com/ReplicawatchesUK...pt-presentation
https://www.theverge.com/users/Replicarolexwatches
https://www.yumpu.com/en/document/read/6532...lica-watches-uk
https://online.flippingbook.com/view/152275247/
https://www.instapaper.com/p/8767342
https://www.bigblueview.com/users/Replicarolexwatches
https://weheartit.com/watcheshutuk
https://sites.google.com/view/replicarolexwatches24/home
https://www.indiehackers.com/post/hints-on-...atch-113aef73a9
http://replicawatchesuk.esportsify.com/for...ica-rolex-watch

watchesonline89
Постоянный участник

25.12.2022 10:40

URL #14

https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300647.html
https://list.ly/i/8020067
https://wakelet.com/wake/FbtgXuYkRErMzQ1HUDcgZ
https://fortunetelleroracle.com/fashion/exc...a-online-737625
https://omegawatches89.blog.hu/2022/11/13/u...log_hu-n_109243
https://trello.com/w/omegawatches891/account
https://omegawatches89-95.webselfsite.net/notre-produit
https://blog.udn.com/omegawatches89/176226699
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300795.html
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756688272.html
https://www.vingle.net/posts/4647040
https://wakelet.com/wake/H0vWrtoDDLsN1D3RnAjp6
https://penzu.com/p/5778d3b5
https://telegra.ph/Exciting-Deals-Offered-O...ca-Online-08-03
https://omegawatches89.simplesite.com
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756647075.html
https://omegawatches89.simplesite.com/452939039
https://telegra.ph/Amazing-Offers-Available...es-Online-08-03

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.