Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Свечение лунок при электрофорезе
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Mantequilla




 прочитанное сообщение 08.04.2015 18:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый день! Почему могут светиться лунки при электрофорезе после выхода ПЦР-продукта. Спасибо
Участник оффлайн! RNK
Постоянный участник
СССР



 прочитанное сообщение 08.04.2015 18:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

ДНК застревает в лунке, это связано с полисахаридами в вашей геномной ДНК, которую вы берете на ПЦР,
и второе, пере-амплификация, которая приводит к контамеризации ДНК (кольца, петли и длинные тяжи), размер которой велик, чтобы войти в гель.
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.04.2015 22:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Если гель старый и долго лежал в буфере агароза зарастает медленно микрой всякой, а потом ее геномка из лунок в гель не влезает и светится на стенке лунки.
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.04.2015 11:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(ASDF @ 08.04.2015 23:58)
Ссылка на исходное сообщение  Если гель старый и долго лежал в буфере агароза зарастает медленно микрой всякой, а потом ее геномка из лунок в гель не влезает и светится на стенке лунки.

ну, скоко надо лежать...Он тогда уже и пахнуть начинает!
Полисахариды и пр дрянь сама по себе светится в УФ, так что однозначно полисахариды или полисфх.+геномка
Участник оффлайн! Mantequilla




 прочитанное сообщение 09.04.2015 13:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Днк не геномная, ПЦР с плазмиды делали.
А гель каждый раз свежий готовится
Спасибо
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.04.2015 14:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

При комнатной температуре летом буфер зарастет в легкую и агароза вместе с ним. Я у некоторых не только заросты видел - я плавающих тараканов дохлых в буфере видел
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  09.04.2015 14:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

smile.gif smile.gif smile.gif
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 09.04.2015 14:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

перегруз образца может быть тому причиной вкупе в с быстрым разгоном,
но не должно заботить это вас если пцр проходит нормально.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): MrDmitry
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 09.04.2015 14:36     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(ASDF @ 09.04.2015 15:13)
Ссылка на исходное сообщение  При комнатной температуре летом буфер зарастет в легкую и агароза вместе с ним. Я у некоторых не только заросты видел - я плавающих тараканов дохлых в буфере видел

Это наверное было очень давно, до того как тараканы покинули планету Земля smile.gif .

Mantequilla, можете картинку фореза дать? После лунок идут шмеры?
Я полагаю у Вас вообще ПЦР чудит и нарабатывает очень много всего, которое переводится в высокомолекулярную ДНК, причем такая "трансформация" возможна на последних 5-10 циклах. Праймеры у Вас горбатые, это основная причина! И признавайтесь, сколько внесли плазмиды?
Избыточная наработка ПЦР продукта и хаос на последних циклах, где ПЦР продукт уже играет роль мегапраймеров,

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): MrDmitry
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.04.2015 22:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(R.J.Dio @ 09.04.2015 12:06)
Ссылка на исходное сообщение  ну, скоко надо лежать...Он тогда уже и пахнуть начинает!
Полисахариды и пр дрянь сама по себе светится в УФ, так что однозначно полисахариды или полисфх.+геномка


А полисахариды откуда в агарозе и ТАЕ ???? smile.gif smile.gif smile.gif
Участник оффлайн! Mantequilla




 прочитанное сообщение 10.04.2015 02:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Картинку, к сожалению, найти не удалось. Но точно могу сказать, что шмер нет.
Плазмиды вносили 10нг. В инструкции к киту прописано от 2 до 10нг плазмидной днк. Но Ваш вопрос натолкнул на мысль о уменьшении количества вносимой матрицы. Спасибо!
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 10.04.2015 10:21     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Mantequilla @ 10.04.2015 03:16)
Ссылка на исходное сообщение  Картинку, к сожалению, найти не удалось. Но точно могу сказать, что шмер нет.
Плазмиды вносили 10нг. В инструкции к киту прописано от 2 до 10нг плазмидной днк.  Но Ваш вопрос натолкнул на мысль о уменьшении количества вносимой матрицы. Спасибо!

Плохая инструкция - вносите не более 10 фемтограммов (специально по-русски), а 10 нг плазмиды и так видно без ПЦР на форезе. no.gif
Вот китов развелось в Сибири! eek.gif
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 10.04.2015 14:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

да нормально 10 нг матрицы, просто циклов много не надо ставить. просто, как всегда, тут на форуме люди не способны внятно описать что и как делают. вот и надо гадать, зато интуицию развивает)
я беру 100 нг и ставлю 15 циклов, если ПЦР для клонирования, соответственно , если дать 30 циклов, тут будет жесть.
Участник оффлайн! MrDmitry
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.04.2015 20:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Mantequilla @ 10.04.2015 00:16)
Ссылка на исходное сообщение  Картинку, к сожалению, найти не удалось. Но точно могу сказать, что шмер нет.
Плазмиды вносили 10нг. В инструкции к киту прописано от 2 до 10нг плазмидной днк.  Но Ваш вопрос натолкнул на мысль о уменьшении количества вносимой матрицы. Спасибо!


У Вас пока полимеризуется гель, вокруг гребенок там нерегулярная структура получается и НК в ней застревают. Ну или 1) ПЦРится много всего, 2)слипается друг с другом на старте

Стоит волноваться начинать если вокруг лунки светится а на самом форезе ничего нет smile.gif wink.gif

Сообщение было отредактировано MrDmitry - 10.04.2015 20:36

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.08.19 22:35
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft