Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* ПЦР с обратной транскрипцией -- Hif Pgp --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! JaninMistic




 прочитанное сообщение 19.02.2013 14:52     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Занимаемся определением активности генов Hif и Pgp у пациентов с лимфопролиферативными заболеваниями. Протокол изложу кратко - выделяем РНК, затем обратная транскрипция, затем проводим ПЦР с полученной кДНК (используем готовую смесь для ПЦР qPCRmix-HS SYBR+ROX закупленную в Еврогене, туда добавляем праймеры для Hif, Pgp и референсный ген Gapb-3)
Сейчас есть только табличка с соотношениями - какой пациент на каком цикле вышел.

Суть проблемы - как интерпретировать полученные данные? (где проводить базовую линию - baseline threshold). И еще в смеси есть краситель ROX как быть с ним? confused.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Poshvina
Guest
IP-штамп: frQCpGSFifrEU
гость



 прочитанное сообщение 19.02.2013 15:18     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

KEY: а какова роль вышеуказанных генов?
Начальник есть?
Участник оффлайн! RNK
Постоянный участник
СССР



 прочитанное сообщение 19.02.2013 17:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Если вы делаете ПЦР однопробирочно, с тремя генами и детектируете это по SYBR+ROX, то что можно в этом случае вы хотите увидеть?

Если же гены анализируются отдельно, а не в смеси, и в сравнении друг с другом, тогда эти данные можно уже анализировать.
Взять ген, который у всех образцов "идёт" одинаково или более менее стабильно-одинаково, тогда этот ген можно взять как стандарт по Ct.
Другие гены в ваших образцам нужно сравнивать по этому гену, получить разницу Ct для каждого образца.
И это значение dCt уже использовать для определение количественного анализа.

Сообщение было отредактировано RNK - 19.02.2013 17:08
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 19.02.2013 17:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

не повезло пациентам((

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): xenopus, JaninMistic, Nett
Участник оффлайн! JaninMistic




 прочитанное сообщение 20.02.2013 05:09     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(RNK @ 19.02.2013 22:04)
Ссылка на исходное сообщение  Если вы делаете ПЦР однопробирочно, с тремя генами и детектируете это по SYBR+ROX, то что можно в этом случае  вы хотите увидеть?

Если же гены анализируются отдельно, а не в смеси, и в сравнении друг с другом, тогда эти данные можно уже анализировать.
Взять ген, который у всех образцов "идёт" одинаково или более менее стабильно-одинаково, тогда этот ген можно взять как стандарт по Ct.
Другие гены в ваших образцам нужно сравнивать по этому гену, получить разницу Ct для каждого образца.
И это значение dCt уже использовать для определение количественного анализа.



Гены анализируются отдельно - на каждого пациента три пробирки. На каком уровне базовую линию проводить?
Участник оффлайн! JaninMistic




 прочитанное сообщение 20.02.2013 05:13     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(Guest @ 19.02.2013 20:18)
Ссылка на исходное сообщение  KEY: а какова роль вышеуказанных генов?
Начальник есть?


Если кратко. Gapb-3 ген домашнего хозяйства, Hif - отвечает за приспособленность клеток к условиям гипоксии, Pgp - за лекарственную чувствительность
Участник оффлайн! xenopus
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 20.02.2013 07:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Если кратко - Вы бы почитали что-нибудь, прежде чем в эппендорфы капать. Есть какая-никакая, а русскоязычная книжка "ПЦР в реальном времени". Для ликбеза сгодится. Кроме того, есть курсы аплайдовские по реал-тайму, совершенно бесплатные и вполне толковые. А то, по русской привычке, читать инструкцию после того как "собрал, а оно не работает" как-то не комильфо.
Машина-то какая? В некоторых никаких линий не обязательно проводить, сами все считают.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): ship, Statin
Участник оффлайн! comp3v
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.02.2013 08:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(JaninMistic @ 20.02.2013 06:13)
Ссылка на исходное сообщение  Если кратко. Gapb-3 ген домашнего хозяйства, Hif - отвечает за приспособленность клеток к условиям гипоксии, Pgp - за лекарственную чувствительность
Занудства ради: насколько я знаю, у человека гена Gapb-3 никогда не было, есть GAPDH. (UPD: нашёл что есть integrin alpha 3 под таким псевдонимом - но его, вроде, геном домашнего хозяйства не назовёшь)

Сообщение было отредактировано comp3v - 20.02.2013 08:22

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Statin
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.02.2013 14:41     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(JaninMistic @ 20.02.2013 06:09)
Ссылка на исходное сообщение  Гены анализируются отдельно - на каждого пациента три пробирки. На каком уровне базовую линию проводить?

Базовые линии программа автоматически определяет.
На Сибре экспрессии генов изучать в наше время confused.gif - отстойно.
А положительные контроли у Вас есть?
Раз спрашиваете про базовую линию, фоновые пробирки используете?
Ген домашнего хозяйства тоже в отдельной пробирке? confused.gif
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.02.2013 17:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(JaninMistic @ 20.02.2013 06:09)
Ссылка на исходное сообщение  Гены анализируются отдельно - на каждого пациента три пробирки. На каком уровне базовую линию проводить?

Как в фильме "Добро пожаловать или посторонним вход воспрещен" - "Куда ставить - то ....." smile.gif
А почему по три пробирки на пациента, на каждый ген долно быть три пробирки на каждую точку разбавления....
PNK открыл вам страшную тайну про Ct smile.gif, но по-партизански промолчал про другую страшную тайну - эффективность реакции Е .....
Занудства ради smile.gif Pgp - это не ген - это продукт (в смысле белок) гена ABCB1 (в девичестве MDR1), которой опреляет множественную лекарственную устойчивость (и не он один кстати, еще 48 генов из семейства АВС-транспортеров)+ всякого рода глутатион-S-трансферазы и т.п. Так что оценивать для пациентов только экспрессию гена ABCB1 - есть профанация.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): RNK
Участник оффлайн! RNK
Постоянный участник
СССР



 прочитанное сообщение 20.02.2013 23:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Statin @ 20.02.2013 16:54)
Ссылка на исходное сообщение 
PNK открыл вам страшную тайну про Ct  smile.gif, но по-партизански промолчал про другую страшную тайну - эффективность реакции Е .....


smile.gif

ну я по опыту знаю, что если еще и обращать внимание на эффективность реакции, то жизнь осложняется, особо для начинающих.
А надо жить проще и легче, всё гениальное просто. Придумать и найти всякие проблемы также легко.

Если пары ПЦР праймеров для каждого гена и по разному эффективны и скорость реакции может немного и отличаться, на сравнение величин Ct для каждого гена с контрольным геном это, полагаю, не играет никакой роли. Небольшие различия будут, но Ct выбирают когда реакция наиболее эффективна.

Что же лучше всего контролировать, так это особенность каждого образца, любые загрязнения - полисахаридами, пигментами приводит к сильному снижению эффективность реакции, но опять же для всех генов.

Поэтому, провожу multiplex ПЦР с разными флюоресцентными праймерами в одной пробирке. Некачественная ДНК будет ингибировать ПЦР для обоих пар праймеров, вероятно, одинаково. Но разница dCt между генами мы можем всё равно детектировать и она будет постоянной в конкретном образце, что нам собственно и надо при сравнении этого с другим образцом.
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.02.2013 02:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(-Ъ- @ 20.02.2013 15:41)
Ссылка на исходное сообщение  Базовые линии программа автоматически определяет.
На Сибре экспрессии генов изучать в наше время confused.gif  - отстойно.
А положительные контроли у Вас есть?
Раз спрашиваете про базовую линию, фоновые пробирки используете?
Ген домашнего хозяйства тоже в отдельной пробирке?  confused.gif


ну у тебя и терминология smile.gif
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.02.2013 02:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(-Ъ- @ 20.02.2013 15:41)
Ссылка на исходное сообщение  Базовые линии программа автоматически определяет.
На Сибре экспрессии генов изучать в наше время confused.gif  - отстойно.
А положительные контроли у Вас есть?
Раз спрашиваете про базовую линию, фоновые пробирки используете?
Ген домашнего хозяйства тоже в отдельной пробирке?  confused.gif


базовые линии с домашним хозяйсством smile.gif
Участник оффлайн! Агроном
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.02.2013 08:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Так прибор то какой? Соответственно, прога к прибору какая?

Сейчас есть только табличка с соотношениями - какой пациент на каком цикле вышел.


А как вы без трешолда узнали, на каком цикле кто вышел?

Сообщение было отредактировано Агроном - 22.02.2013 08:56
Участник оффлайн! Nett
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.02.2013 11:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

По отрыву от оси Х, видимо moderator.gif
Участник оффлайн! Poshvina




 прочитанное сообщение 02.09.2020 15:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

нужно провести анализ экспрессии генов бактерий
Выделяю РНК из бактерий, затем ставлю реакцию обратной транскрипции с мастер-миксом iScript reverse transcription (bio-rad) + контроль в котором отсутствует ревертаза . затем ставлю ПЦР с нужными прамерами и ампликон получается и в кДНК и в контроле без ревертазы. В чем может быть проблема?
Участник оффлайн! X34
Участник



 прочитанное сообщение 02.09.2020 16:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Poshvina @ 02.09.2020 16:55)
Ссылка на исходное сообщение   В чем может быть проблема?

в голове, очевидно в её содержимом, вот не сдержался, извините
Участник оффлайн! kb1
Участник



 прочитанное сообщение 02.09.2020 17:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(Poshvina @ 02.09.2020 16:55)
Ссылка на исходное сообщение  нужно провести анализ экспрессии генов бактерий
Выделяю РНК из бактерий, затем ставлю реакцию обратной транскрипции с мастер-миксом iScript reverse transcription (bio-rad) + контроль в котором отсутствует ревертаза  . затем ставлю ПЦР с нужными прамерами и ампликон получается и в кДНК и в контроле без ревертазы. В чем может быть проблема?

Выделенная РНК содержит ДНК
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  12.10.2021 10:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

https://www.uptrennd.com/post-detail/hints-...-watch~ODY3MDU2
https://anotepad.com/note/read/mqg8p5jm
https://www.crokes.com/replicarolexwatches/profile/
https://ko-fi.com/post/Watches-Shopping-Gui...-Watc-E1E13PZV9
https://www.merchantcircle.com/blogs/replic...x-Watch/1966540
https://www.nairaland.com/6427528/watches-s...de-finding-fake
https://www.vingle.net/posts/3587193
https://fortunetelleroracle.com/sport/replica-watches-280478
https://www.goodreads.com/story/show/132736...ake-rolex-watch
https://www.diigo.com/item/note/85twz/phwr?...2395edb2dac07ea
https://github.com/ReplicawatchesUK/Replica...ake-Rolex-Watch
https://www.reddit.com/user/Bestreplicawatc...ke_rolex_watch/
https://slashdot.org/submission/13306958/wa...ake-rolex-watch
https://www.wattpad.com/1030107359-replica-...guide-finding-a
https://www.instructables.com/member/Fakero...licPreview=true
IAM1688
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  12.10.2021 10:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

That’s why it’s รูเล็ต important to develop writing skills nigoal123 that can help you create great เกมเป่ายิ้งฉุบ content in a short amount sa gaming 1688 of time. A lot of people claim แฮนดิแคป to work better while multitasking. ราคาบอล Rarely is this actually 1688 slot the case, especially if the goal is to write ปั่นแปะ an entire article in a short ka gaming amount of time. In the โปรแกรมโกงบาคาร่า age of the internet, article writers who can คาสิโน1688 generate good content in a short time สูตรโกงบาคาร่า period are in increasingly high demand.
Участник оффлайн! kriz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  17.10.2021 15:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

autotemaua.kr.ua | autonewsua.kr.ua | allautonews.kharkiv.ua | autonewstoday.kharkiv.ua | autouanews.kyiv.ua | autoua.kyiv.ua | latestautonews.zt.ua | ukrautonews.zt.ua | autonewstoday.volyn.ua | allautonews.volyn.ua | enews.kyiv.ua | all-news.kyiv.ua | newstime.kyiv.ua | uanews.kyiv.ua | ukrnews.kyiv.ua | newstoday.kyiv.ua | news24.kharkiv.ua |
newstime.kharkiv.ua | ukrnews.kharkiv.ua | ukrainenews.kharkiv.ua | dailynews.kharkiv.ua | newstime.kr.ua | ukrnews.kr.ua | newsexpert.kr.ua | allnewstoday.kr.ua | journalist.kr.ua | golosinfo.kr.ua | lentanews.kr.ua | dozanews.kr.ua | internews.kr.ua | glavnews.kr.ua | unews.kr.ua | vestiua.kr.ua | vestnik.kr.ua | mirnews.kyiv.ua | infonews.kyiv.ua | inews.kharkiv.ua | 24day.kharkiv.ua | golos.kharkiv.ua | gazeta.zt.ua | novostiua.kr.ua | dailynews.kr.ua | news24ua.kr.ua | 24ua.kr.ua | dialog.kr.ua | svnews.kr.ua | lentaua.kr.ua | informnews.kr.ua | journalnews.kr.ua | expressnews.kr.ua | vedomosti.kyiv.ua | vestnikua.kyiv.ua | daynews.kyiv.ua | vesti24.kyiv.ua | gazeta24.kyiv.ua
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  25.12.2022 09:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

https://medium.com/@omegawatches89/exciting...ne-17c41f48bce4
https://telegra.ph/Tips-For-Buying-Replica-Watches-08-03
https://disqus.com/by/omegawatches89/about/
https://plaza.rakuten.co.jp/omegawatches89/...y/202208040004/
https://omegawatches89.bigcartel.com/product/replica-watches
https://teletype.in/@omegawatches89/p6FG7kdedpw
https://dailygram.com/index.php/blog/116219...eplica-watches/
https://www.craftsforum.co.uk/member/209770-omegawatches89
https://forum.amando.it/members/omegawatches89-165008.html
https://www.academia.edu/88309718/https_www_watchesbiz_co_
https://codepen.io/omegawatches89/pen/KKRbyKj
https://musescore.com/user/54310503/sets/5621730
https://form.jotform.com/223253838439059
https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/amazi...-watches-online
https://teletype.in/@omegawatches89/FclnTDwlkB1

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 11:24
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft