можно еще посмотреть тему "капельные" спектрофотометры
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=347261&hl=

Новосибирск
http://spf.bionet.nsc.ru/

В ЦКП Геномика HiSeq нет, есть SOLID 5500xl. Но прибор до марта занят, как раз секвенируем геномы людей.
MiSeq так сильно не загружен, но он, понятное дело, не для больших геномов.

Соглашусь с последним замечанием, учитывая, что с реактивами к нам не приходят и библиотеки обычно мы делаем сами.

Есть, например, мы - ЦКП "Геномика".

Акцент сделан на лаборатории для исследования древней ДНК человека. Вы в курсе где еще в России есть специализированное помещение для работы с древней ДНК человека не хуже чем у Pääbo?

В статье написано, что PGM и Junior имеют проблемы с гомополимерами, а не MiSeq.

А вот и некоторые ответы

Nature Biotechnology (2012)
Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms
Nicholas J Loman, Raju V Misra, Timothy J Dallman, Chrystala Constantinidou, Saheer E Gharbia, John Wain, Mark J Pallen

http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncu...df/nbt.2198.pdf

Формальных требований к заявке нет, кроме ограничения в 10-12 стр. Рисунки и ссылки желательны.
Принимаем проекты до 5 мая. Результаты 11 мая.

Доклад предполагается в устной форме. Если вы будете готовы сами проанализировать полученные данные, то очень хорошо. Если не готовы, то попробуем вам помочь.

Конечно форс-мажор возможен, например, не придут реактивы. В этом случае секвенирование проведем после школы. Однако пока, что все идет по плану.

В большинстве случаев от вас нужна будет только ДНК, а баркоды будут вводиться на этапе приготовления библиотеки. Однако, если нужно анализировать 16S, то последовательность баркода необходимо будет ввести в последовательность праймеров. Но это мы сделаем за вас.

Да, вариант кДНК возможен.
Вообще желание участвовать в конкурсе не должно быть абстрактным. Человек должен понимать почему, как и зачем он хочет отсеквенировать что-либо.

Без подробностей на этот вопрос не отвечу.
Вариант, когда победитель присылает готовую библиотеку вполне приемлем.

Очень правильные слова.

На 454 можно попробовать de novo бактериальный геном (в надежде, что там не слишком протяженные повторы).
SOLID больше подходит для ресеквенирования. Только все-таки диапазон 0,4-4Gb.
А MiSeq нечто среднее между ними.

Что-то ABI опять подводит и не шлет реактивы.

Да, сделает.

К сожалению, выходит, что секвенирование РНК выполнить не получается.

В Новосибирске пока нет, но будет в этом году в ЦКП "Геномика"

Готов ответить на ваши вопросы.

------------------------------------------------------
1) Ограничений по возрасту участников нет.
2) Секвенирование почти бесплатное (нужно только оплатить оргвзнос и обязательно приехать на школу).
3) Все-таки реактивы на NGS пока не самые дешевые, поэтому на SOLiD и 454 выделяется часть слайдов (обновлена информация на сайте). На MiSeq планируется целый запуск.
4) MiSeq, на котором будут проводить секвенирование, прошлой версии поэтому выход меньший. В этом году в ЦКП придет MiSeq уже с улучшенными характеристиками.
5) К сожалению, секвенируем только ДНК (обновлена информация на сайте).
6) В принципе возможен вариант, при котором победитель присылает для секвенирования уже готовые библиотеки.
7) Формальных требований к заявке нет, кроме ограничения в 10-12 стр. Рисунки и ссылки желательны. Проекты принимаются до 5 мая. Результаты будут 11 мая.
8) Доклад предполагается в устной форме. Если вы будете готовы сами проанализировать полученные данные, то очень хорошо. Если не готовы, то попробуем вам помочь.

Селективность в основном обеспечивается за счет гибридизации, а лигаза ковалентно соединяет олиги. В некотором приближении получается, что при поэтапной гибридизации и происходит секвенирование. Хотя безусловно и лигаза осуществляет некий отбор вблизи ника особенно с 3'-конца. Но ключевым фактором, обеспечивающим точность, как мне кажется, должна быть гибридизация.
В большинстве других методов секвенирования селективность обеспечивается полимеразой.

То, что сделано на SOLIDe фактически и есть SBH в немного модифицированном виде.

Наверное, я точно соглашусь с этим постом, если в лаборатории нет стандартного спектрофотометра (с 1 см кюветой). Если же есть то, может быть, также удобен Nanovue, который будет чуть дешевле. Однако, в любом случае необходимо первоначально откалибровать любой капельный спектрофотометр.

Спасибо, информацию добавил.
Неужели EPOCH стоит порядка 200 т.р.???

Фирма Нанотех с (http://nanotex-c.ru/component/option,com_frontpage/Itemid,1)
В каталоге у них всего нет, но может быть получится договориться на заказ

Посмотрите я тут пытался немного разобраться, что существует кроме NanoDrop.
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=347261&hl=

Добрый день!

Производители известных марок микроскопов предлагают к приобретению цифровые камеры под своим брэндом и естественно по несколько завышенной цене. Не хочется переплачивать ни за камеру, ни за программное обеспечение. Слышали Вы или может быть пользуетесь цифровой камерой альтернативного производителя, который возможно их и поставляет для Zeiss, Leica и др.?
Например, есть ли аналог для Leica dfc295 (2048x1536 pixels (3Mpixels), Digital output FireWire IEEE1394-b 9-pin, 1/2" CMOS sensor, Pixel size 3.2μm× 3.2μm, Color depth 30 bit, Exposure time 0.1 msec – 2 sec), который стоит меньше 2000 евро.

Спасибо!.!.!

Добрый день!

Появился новый класс спектрофотометров, позволяющих анализировать образец не в кювете, а в капле. Если кто-нибудь имел счастье работать на этих приборах, поделитесь + и -.



Вот, что уже известно:


"Однокапельные" спектрофотометры

NanoVue



Фирма GE Healthcare (имеет представительство в России)
- может работать без компьютера
- опционально bluetooth или встроенный принтер
- широкий диапазон 200 - 1100 Нм
- плотность 0 - 125 A (в пересчете на 1 см)
- оптический путь 0.2 или 0.5 мм
- есть набор для калибровки
- необходима калибровка каждые полгода


Nanodrop



Фирма Thermo (Дистрибьюторов в России много, например, Диаэм)
- необходим компьютер
- диапазон 190 - 840 Нм
- плотность 0.04 - 300 А (в пересчете на 1 см)
- длина оптического пути 1 или 0.2 мм
- есть модификации: капля (Nanodrop 2000), капля + кювета (Nanodrop 2000C)
- необходима калибровка каждые полгода


BioSpec-nano



Фирма Shimadzu (имеет представительство в России)
- необходим компьютер
- диапазон 220 - 800 Нм
- объем образца 1 или 2 мкл
- длина оптического пути 0.2 мм и 0.7 мм
- система автоматизирована


Picodrop



Фирма Picodrop, дистрибьютор в России ИнтерЛабСервис
- необходим компьютер
- диапазон 230 - 850 Нм
- объем образца 2 мкл
- измерение проходит не в капле, а в специальном наконечнике (носике)
- прибор дешевле, но необходимо закупать наконечники
- возможно сохранить анализируемый образец
- есть автоматизированный вариант SEADRAGON для анализа 288 образцов из планшета
- есть калибровочная жидкость


------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Кювета TrayCell



Интересным решением может стать использование обычного спектрофотометра вместе со специализированной кюветой TrayCell фирмы Hellma (российские дистрибьюторы)
- широкий диапазон 190 - 1100 Нм
- используются крышки различной толщины (длина пути 0.2 - 1 mm), позволяющие работать в разных диапазонах оптической плотности
- подходит под различные спектрофотометры (2 варианта, высотой 53 и 68,5 mm)



NanoPhotometer



Фирма Implen (Дистрибьютеры в России фирмы "Лабораторная Диагностика", "Хеликон" и "Экофарм").
- может работать без компьютера
- используется кювета аналогичная TrayCell
- есть беспроводное подсоединение (опция)
- USB порт
- встроенный принтер (опция)
- широкий диапазон 190 - 1100 Нм
- нет необходимости в калибровке


====================================================================================
"Многокапельные" спектрофотометры

Nanodrop 8000



Фирма Thermo
- необходим компьютер
- анализ 8 капель + 96-луночный планшет
- диапазон 220-750 Нм
- длина оптического пути 1 или 0.2 мм
- плотность 0.05-75 А (в пересчете на 1 см)


Infinite 200 NanoQuant



Фирма Tecan (ТДА-Восток в России)
- необходим компьютер
- анализ 16 капель (от 2 мкл) на NanoQuant Plate или плашки (6-384)
- диапазон 230 - 1000 Нм
- термостатирование (25-42^оС)
- плотность 0 – 3 A


Epoch Multi-Volume Spectrophotometer System



Фирма Biotec, дистрибьютор Биолайн
- необходим компьютер
- диапазон 200 - 999 Нм
- анализ 16 капель (от 2 мкл) + кювета на Take3 Plate или плашки (6-384)
- плотность 0 to 4.0 А (разрешение 0.0001)


SPECTROstar Nano



Фирма BMG Labtech, дистрибьютор Хеликон
- необходим ли компьютер???
- диапазон 200 - 1000 Нм
- плашки (6-1536) + 16 капель 2 мкл (LVis Plate) + стандартная кювета
- плотность 0 to 4.0 А (разрешение 0.01)
- встряхивание плашек
- термостатирование (25 - 45^оС)

LabChip® DS




Фирма PerkinElmer (Дистрибьютеры в России)
- доступен пока только в Северной Америке
- необходим компьютер
- анализ 96 капель (от 1 мкл)


Спасибо!.!.!