Добрый день!
Мы - небольшая группа молодых ученых. Молекулярными методами исследования растений занимаемся несколько лет. До сих пор это пока были методы фрагментного анализа. Сейчас встал вопрос, нужен ли нам NGS-секвенатор. Он позволит изучать целые небольшие геномы (грибы или водоросли в нашем случае), гены-мишени, а также гены мультикопийные и полиплоидных организмов, не прибегая к клонированию. У нас возникли два главных вопроса:
1. Нужен ли он нам? (объем работы будет заведомо небольшой, обычный секвенатор работает неподалеку, можно отдавать образцы туда) плюс еще попутно:
- нужен обученный персонал для работы на нем
- содержание прибора: цена на чипы, флюидику, сервер, обязательно нужна ли станция пробоподготовки, и т.п. Потянем ли мы... Сколько стоит содержать секвенатор? Сколько нужно людей, денег, грантов, чтобы его приобретение было целесообразным?

2. А если нужен, то какой прибор выбрать? Нам предлагают Ion S5 как инструмент последнего поколения.

Посоветуйте, добрые люди, как нам быть. Спасибо!

Спасибо, уже отослала (хотя желания и не было)

Всем доброго дня!
заранее прошу прощения, если этот вопрос уже поднимался. Промежуточные отчеты мол_а по ГОСТу все-таки надо высылать в ЦИТИС или нет??? Киньте ссылку, пожалуйста, где это сказано, а том моя ученый секретарь утверждает, что промежуточные отчеты в ЦИТИС не шлют!!!

Подскажите новичку: можно ли заменить формамид на диметилформамид при подготовке смеси олигонуклеотидов к разделению в денатурирующем ПААГ?

RJ Dio, а вот как раз после плохих результатов мед. анализов первая заповедь "опытного" больного - пойти и пересдать с другоми месте. (Но за те деньги, что берут в Инвитро, не думаю, что кому-то из них придет в голову экономить, они и бинт-то наматывают до оплеча, так, что рука не сгибается.)

-Ъ-, мы ставим ПЦР с целью амплификации межмикросателлитных участков (ISSRs) генома. Сначала носиками набиралась ДНК одного объекта для дальшейшей ПЦР, и эти носы были оставлены в коробке в ламинаре и ПОДПИСАНЫ внутри и снаружи на крышке КАК Б/У (не бейте больно, идея была съэкономить носы, т.к. матрица наносилась всегда одна и та же, в одном и том же порядке, много неудачных было гелей, носы стало жалко). После этого пришел поработать за ламинар другой человек со своим объектом, на угрожающие надписи внимания не обратил, и этими носами прямо в неразаликвоченные свои матрицы и залез......... Есть такая мысль: конечно, эктракт матрицы надо считать законтаминированным, но ведь чужеродных молекул ДНК в нем гораждо меньше, и при ПЦР будет идти "конкуренция" за субстрат, и, возможно, вклад чужеродной ДНК в результатирующем амплификате можно будет считать ничтожным?

Вы все верно говорите. Просто проблема в том, что матрицы второго объекта не были разаликвочены, и теми грязными носами человек работал прям в этих маточных растворах ДНК.. Теперь есть серьезное опасение, что они больше непригодны для работы, а заново экстрагировать проблематично, растения с трудом были пророщены из семян, короче - неприятная ситуация. Сошлось сразу в 1 точке несколько недоразумений...

Понятно, спасибо всем откликнувшимся за комментарии!

А как же 20 минут УФ? Многие пишут, что 20-30 минут УФ достаточно для чистки, мол, больше и не надо, пластик портится?..

Добрый день! Разрешите новичку здесь задать вопрос? Если пластиковые носы, которыми наносили экстракт матрицы одного объекта, продержали в пластиковом контейнере под ультрафиолетом 20 минут в ламинаре, а потом этими же носами скапали ПРЦ с участием матрицы уже другого объекта, возможна ли контаминация? Естественно, мы проведем ПЦР для проверки . Но все же хочется знать, насколько это возможно теоретически? Везде пишут, что 20-30 минут УФ облучения достаточно для гибели ДНК, но все же остаются сомнения...(((