 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Не вполне понятный пример дизайна праймеров
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 SenekaПостоянный участник Москва  |
 28.08.2018 17:57
дана случайная последовательность и для неё вычислены два праймера. Первый 100% комплементарен комплементарной последовательности, а второй, в лучшем случае, на 6/20 комплементарен прямой последовательности и на 4/20 обратной, т.е. это случайное совпадение. Оба праймера не вяжутся с содержанием статьи, согласно которому учтены "все входные параметры", т.е. 100% комплементарность была бы маловероятна. Скорее стоило ожидать комплементарности между 70% и 100%. А по второму праймеру вообще ничего не понятно. |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
28.08.2018 18:28
|
|
vb Постоянный участник |
28.08.2018 18:37
(Seneka @ 28.08.2018 15:57)  В этой статье жесть. Симптоматика шизофрении. Например, соскальзывание. |
|
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
28.08.2018 23:48
|
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
29.08.2018 02:39
На английском может такое и есть, но накой себя хоронить самому посередине карьеры? |
|
Seneka Постоянный участник Москва |
29.08.2018 08:51
Есть ли примеры дизайна праймеров, в которых рассматриваются все параметры, приводится наглядное влияние каждого по отдельности на результат и объясняется почему и как выполнено каждое изменение последовательности, т.е. пошагово?
|
|
vb Постоянный участник |
29.08.2018 10:05
(Seneka @ 29.08.2018 06:51) Возможно, они даже не подозревали об этом, т.к. пользовались готовым софтом без понимания алгоритма его работы.Есть ли примеры дизайна праймеров, в которых рассматриваются все параметры, приводится наглядное влияние каждого по отдельности на результат и объясняется почему и как выполнено каждое изменение последовательности, т.е. пошагово? Не туда нажал. Собственно, я бы сказал, что они вообще не понимали где они и кто они, какаято дикая мешанина без целеполагания и логики. У меня даже местами возникало ощущение, что текст сгенерирован бредогенератором. Анализ праумеров, которые там опиваны вообще лишнее, так как уже по введению понятно, что люди неадекватны. |
|
Seneka Постоянный участник Москва |
29.08.2018 10:52
(vb @ 29.08.2018 11:05) Не туда нажал. Собственно, я бы сказал, что они вообще не понимали где они и кто они, какаято дикая мешанина без целеполагания и логики. У меня даже местами возникало ощущение, что текст сгенерирован бредогенератором.Анализ праумеров, которые там опиваны вообще лишнее, так как уже по введению понятно, что люди неадекватны. Там 4 автора трудились. Пусть ими занимаются специалисты. Не моё это дело. Я случайно на статью наткнулся. |
|
Blaid Постоянный участник |
29.08.2018 11:52
Есть ли примеры дизайна праймеров, в которых рассматриваются все параметры, приводится наглядное влияние каждого по отдельности на результат и объясняется почему и как выполнено каждое изменение последовательности, т.е. пошагово? Возможно, вот такой пример: Сообщение было отредактировано Blaid - 29.08.2018 11:54 Файл/ы:
|
SELECTION_PRIMERS_FOR_RT_PCR.pdf|
Seneka Постоянный участник Москва |
29.08.2018 13:32
Вот только не вполне понятно (стр.24, стр.25) на каком биохимическом основании из праймеров исключены не комплементарные позиции. Получается, что короткий праймер должен как-то сообщить длинной молекуле, как ей поудобнее для него свернуться в петли, чтобы его комплементарные основания попали в нужные точки? Вы полагаете в растворе всё так и происходит? Мне представляется совсем другая штука... Праймер линейно садится на молекулу к которой он имеет максимальное сродство. Может быть есть некоторые локальные небольшие петли, но не более того. А тут в статье очень короткий праймер комплементарно "распределён" по длинной цепочке. Или я ошибаюсь? |
|
Blaid Постоянный участник |
29.08.2018 13:52
 Откровенно говоря, никаких оснований (в т.ч. биохимических) замена комплементарных оснований на некомплементарные не имеет. Сделано это было в духе "а давайте посмотрим, что будет если это сделать". Точнее, сделано это было для повышения специфичности праймеров именно к гену GAPDH (без этих замен праймеры подходили для чего-то ещё (уже не помню для чего именно) и, соответственно, могли давать неспецифику). Да, это чистая теория (на практике это никто не проверял). Ну, так в названии это и обозначается. Как такие вольные замены будут проявлять себя на практике (при реальной посадке олигов на матрицу в растворе) - ? Но я неоднократно встречал в литературе сведения о том, что полной (100%-ой) комплементарности олигов матрице не требуется (хотя оно и желательно). Для профи это прописные истины. Но для новичков, возможно, будет полезным... |
|
Seneka Постоянный участник Москва |
29.08.2018 14:10
(Blaid @ 29.08.2018 14:52) Ну-уу Откровенно говоря, никаких оснований (в т.ч. биохимических) замена комплементарных оснований на некомплементарные не имеет. Сделано это было в духе "а давайте посмотрим, что будет если это сделать". Точнее, сделано это было для повышения специфичности праймеров именно к гену GAPDH (без этих замен праймеры подходили для чего-то ещё (уже не помню для чего именно) и, соответственно, могли давать неспецифику). Да, это чистая теория (на практике это никто не проверял). Ну, так в названии это и обозначается. Как такие вольные замены будут проявлять себя на практике (при реальной посадке олигов на матрицу в растворе) - ? Но я неоднократно встречал в литературе сведения о том, что полной (100%-ой) комплементарности олигов матрице не требуется (хотя оно и желательно). Для профи это прописные истины. Но для новичков, возможно, будет полезным... Я не профи, но учиться хочется на реальных примерах от профессионалов. И, кстати, замены, в отличие от исключений, как мне кажется, могут иметь какое-то биохимическое(или физическое) обоснование если рассматривать спиральную структуру в целом. Сообщение было отредактировано Seneka - 29.08.2018 14:42 |
|
kblag Постоянный участник |
29.08.2018 14:13
Файл/ы:
|
|
Seneka Постоянный участник Москва |
29.08.2018 14:49
|
|
R-J-Dio Постоянный участник |
29.08.2018 15:17
|
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
30.08.2018 22:56
|
|
Seneka Постоянный участник Москва |
30.08.2018 23:29
Статья отличная, но к сожалению, по формальным признакам, она не является классикой. В классической работе должен быть досконально раскрыт метод, включая математическую модель и решение, а также не должно быть рекламы. Там много вскрыто проблем, но нет ни одного математического уравнения для численного решения (только обобщенные формулы). Где, например, уравнения для численных методов, применённых в его КОММЕРЧЕСКОЙ компьютерной программе, о которых он пишет, в дифференциальной или интегральной форме? Не говоря уже о их адаптации, с учетом граничных условий, к программной реализации. Всё скрыто за рекламой, по нескольку раз, почти на каждой странице. Между тем что представлено в статье и тем что реализовано в его программе, огромная пропасть. И почему я должен верить его программе, даже если бы она была бесплатной, если не раскрыт алгоритм решения? Может быть, в предыдущих работах автор всё это раскрывает, а здесь уже конечный результат продвигает? Надо бы найти. Вообще отличная статья, побольше бы таких, но с учетом выше изложенного. Побольше примеров с полным раскрытием применяемых математических методов. И поскольку таких статей мало, я с прискорбием осознаю, как трудно будет найти качественную информацию. Сообщение было отредактировано Seneka - 31.08.2018 00:06 |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
31.08.2018 00:17
Уравнения численных методов Вам не нужны, Вы в них всё равно ничего не поймёте. А те кто их придумывал всё равно не претендуют на 100% сходимость с практикой и эмпирикой. |
|
Seneka Постоянный участник Москва |
31.08.2018 00:19
(banned sceptique-NMRguy @ 31.08.2018 01:17) Нет не заметил там никакой рекламы. Методичка вообще слишком хорошая и прямая местами. Можно было бы в стиле наших экспердов её замусорить поминанием 10-15 их учителей-академиков и всего того, что они наоткрывали и что все читающие не могли бы читать этот великий труд, если бы не они все и их гениальные труды.Уравнения численных методов Вам не нужны, Вы в них всё равно ничего не поймёте. А те кто их придумывал всё равно не претендуют на 100% сходимость с практикой и эмпирикой. Вы наверное не в курсе как строятся модели и как пишутся программы... Это утверждение, а не прендположение |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
31.08.2018 00:22
|
|
Seneka Постоянный участник Москва |
31.08.2018 00:30
|
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
31.08.2018 03:14
|
|
R-J-Dio Постоянный участник |
31.08.2018 12:46
|
|
vb Постоянный участник |
31.08.2018 13:45
(R-J-Dio @ 31.08.2018 10:46) прекрасный путь в никуда. Никогда не пользовался прогами для дизайна олигов, зато часто видел результаты их использования. Если нет нужды дизайнить сотнями пар для мультиплекса, скажем, то результат ручной работы будет на порядок качественнее машинного. По времени конечно, потеря будет, но на круг, после всех переделок и перестановок ПЦР, выдет баш-на-баш, а результат, повторю, будет несоизмеримзнающие люди говорили, что все-таки программно смотрят, выбирают из предложенных вариантов и потом вручную допиливают. хотя я так, сам серьезно этим не занимался, игрался только |
|
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
31.08.2018 16:39
Очень частая ошибка новичков в том, что они слепо верят в программы, либо же в собственные способности и дизайнят ону единтнную пару праймеров, которая по их мнению долж безусловно работать в ПЦР, так как типа все требования соблюдены. Но, реальность часто сложнее и непредсказумее. Поэтому я всегда дизайнил по нескольку прямых и обратных праймеров и проверял их потом экспериментально в различных комбинациях. Часто единственная дополнительная буква на 3' конце меняет всё кардинально. Когда лучшая пара выбрана, следующий этап - варьирование условий ПЦР. Положение в термоблоке и прогонка на разных циклерах - тоже хорошая идея. Вобщем, я книги наверное мог бы писать по дизайну и валидации ПЦР приаймеров. А между тем, судя по заглавной странице Molbiol.ru в нерезиновой вон люди баблос куют, втитрая новичкам про ПЦР: «Молекулярно-генетическая диагностика и современная практика: методы ПЦР и секвенирования», 2 - 5 октября 2018, Москва 17 000 руб. Судя по программе организаторов нужно самих учить основам ПЦР, пинками бросить на бенчи и гонять, как сидоровых коз. |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
31.08.2018 18:02
А по сути, да, совмещать подходы полезно |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
01.09.2018 00:37
|
|
watchesbiz Постоянный участник |
 19.11.2021 15:32
|
|
watchesonline89 Постоянный участник |
26.12.2022 11:01
|
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.