Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Veleta Москва |
ПЦР-смесь мешают в одной комнате, приборы для амплификации- в другой. Завтра будем все мыть и ультрафиолетить, но все же..почему отрицателен контроль? |
tsagan Постоянный участник |
|
Veleta Москва |
Хотя с другой смывы выделяли сорбентом- может там что и залетело. Сообщение было отредактировано Veleta - 13.11.2010 23:31 |
pulsar Участник |
1)Сменить тест-системы.Подозреваю что ставите на литеховских,перейдите временно на интеслабсервис 2)Если сменить тест системы нет возможности, временно приостановите данный тест на 2 месяца, за это время все единичные ампликоны разложатся 3)Если возможности вышеперичесленное сделать нет уменьшите число циклов в ПЦР на 3-4 4)Найдите наконец лаборантку которая делает контаминацию!У меня в лабе была контаминация, потом девочка которая ставила ушла и пришла новая-контаминация исчезла полностью! П.С Мыть чистить и ультрафиолетить это вариант неудачников,Вы только размажете ампликоны по поверхностям и разнесете по всей лабе! Да кстати а где ставите форез?И кто ставит.Отдельный человек или тот который ставит ПЦР?Как ставите отрицательный контроль?С момента выделения или амплификации?Ставите его до или после всех проб?Какова численность сотрудников лабы?Если ли потенциальные вредители? |
Veleta Москва |
Во-первых, мы и так используем ИЛС. По поводу приостановки я уже подумала-других вариантов нет. Наборы на реал-тайм, потому вопрос фореза отпадает- а вообще, да, у нас отдельный человек для этого. Отрицательных контроля два- один с выделения, другой с амплификации. Сегодня мыли и ультрафиолетили (ага, как неудачники)- смывы все, кроме смывов с самих приборов- отрицательные,ставим генотип- привет старые друзья((( Отрицательный контроль по всем правилам ставят после- для проверки чистоты работы- собственно так и делают. Численность порядка 50 человек. Вредителей как таковых нет... А ампликоны по ходу мы по ходу и так размазали....Первый раз вижу настолько крутую контаминацию...Такие кривые красивые..И если б они шли на последних циклах, а сегодня даже на 28,29,30 (общее число циклов 40). |
pulsar Участник |
(Veleta @ 14.11.2010 22:18) Отвечаю по порядку. Во-первых, мы и так используем ИЛС. По поводу приостановки я уже подумала-других вариантов нет. Наборы на реал-тайм, потому вопрос фореза отпадает- а вообще, да, у нас отдельный человек для этого. Отрицательных контроля два- один с выделения, другой с амплификации. Сегодня мыли и ультрафиолетили (ага, как неудачники)- смывы все, кроме смывов с самих приборов- отрицательные,ставим генотип- привет старые друзья((( Отрицательный контроль по всем правилам ставят после- для проверки чистоты работы- собственно так и делают. Численность порядка 50 человек. Вредителей как таковых нет... А ампликоны по ходу мы по ходу и так размазали....Первый раз вижу настолько крутую контаминацию...Такие кривые красивые..И если б они шли на последних циклах, а сегодня даже на 28,29,30 (общее число циклов 40). Если делаете на реал тайме и не разу не смотрели получающийся ампликон через форез(что могло бы объяснить перенос)-то остается лишь три варианта: 1) хреновые наборы чертого интерлабсервиса-что вряд ли, фирма с репутацией, хоть и с гонором и к тому же как я понял раньше все было Ок.Возможно Вам просто попался контаминированный на их производстве отдельно взятый набор.Это объяснило бы то что в другой лабе с другой серией реактивов все было ок.Но тогда непонятно почему отрицательные контроли-отрицательные.Тогда как вариант они там на производстве что-то напутали с праймерами., что у них положительный сигнал срабатывает на всякую ДНК, в том числе человечью 2)Если у Вас все отрицательные контроли отрицательные возможно контаминация имеет место на преаналитическом этапе-на этапе взятия материала врачами и контаминированы не лаборатория а сам врач контаминирован вирусом ВПЧ определенного типа(весело да)) 3)Не отбрасывайте вариант с вредителями, сознательными или нет.Запомните- все врут! Сообщение было отредактировано pulsar - 15.11.2010 15:15 |
Cathie22 Постоянный участник |
Так наборы другой серии вы сами юзали в этом же помещении или нет? Это в поддержку поста pulsar. "смывы все, кроме смывов с самих приборов- отрицательные,ставим генотип- привет старые друзья" Т.е. смывы общие на ВПЧ только с приборов положительные, а на генотип - все смывы положительные? И насколько помню, в наборах ИЛС есть отрицательный контроль и для выделения, и для амплификации. Или нет? Сообщение было отредактировано Cathie22 - 16.11.2010 11:56 |
Veleta Москва |
Смывы ставили не генотип- отрицательные, пробы положительные (те законтаминированные). Отрицательный контроль ИЛС везде отрицательный (и выделения и амплификации) |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Veleta @ 15.11.2010 16:19) Сегоня начальство пришло к выводу, что надо менять оптические блоки у реал-таймов (у IQ5)..пью валерьянку Начальство получило взятку от илса - значит, БиоРад надобно бы заменить на Корбет. (Veleta @ 15.11.2010 16:19) В Литехе им сказали, что если ампликоны попали в прибор- то дело труба. Вот тут я уже в ступоре. А вчера у меня уже вылез сигнал и в отрицательном контроле тоже- как вы и сказали- размазали ампликоны-теперь вообще дело труба((( Откуда АМПЛИКОНАМ взяться, если пробирки сидят в режиме реалтама (не окрываются вовсе). На форезе как выглядит контаминация? Кстати, частота плюсов HPV16 от общего (+) HPV может доходить да 80 %. Интересно узнать, обнаруживаете, допустим, HPV51-го генотипа n-ое количество копий. Что делаете с такой "ценной" информацией, к чему приговариваете пассажира. Может быть стОит суммарную хай риск расписывать КОЛИЧЕСТВЕННО . Сообщение было отредактировано -Ъ- - 17.11.2010 14:59 |
Veleta Москва |
Сообщение было отредактировано Veleta - 16.11.2010 23:38 |
Headman Участник |
(Veleta @ 13.11.2010 21:26) Но тут такой момент- используется экспресс-выделение (пробы на этапе выделения не открыаются- потому тот вариант, что туда что то попадает- сомнителен). Переставляли в др. лабе, с др. серией реактивов- все ок. Вот вам и ответ. |
Veleta Москва |
|
Tom1 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 16.11.2010 07:00) Начальство получила взятку от илса - значит, БиоРад надобно бы заменить на Корбет. Откуда АМПЛИКОНАМ взяться, если пробирки сидят в режиме реалтама (не окрываются вовсе). На форезе как выглядит контаминация? Кстати, частота плюсов ХПВ16 от общего (+) ХПВ может доходить да 80 %. Интересно узнать, обнаруживаете, допустим, ХПВ51-го генотипа н-ое количество копий. Что делаете с такой "ценной" информацией, к чему приговариваете пассажира. Может быть стОит суммарную хай риск расписывать КОЛИЧЕСТВЕННО . Как к чему ясен арафат к иллиминированию гы-гы))) Почитал и волосы дыбом встали.... Барышня может лутшее рыбыми заниматся и по ночам по развалинам залить чем гиагностикой у людей????????? пы.сы "рыдыми" сохранениа офрография аффтара топика гы-гы))))) |
Veleta Москва |
Тем "рыд" к данной проблеме не относится, и если у вас нечего сказать по вопросу, то попрошу свои рассуждения ни о чем оставить при себе. Откуда столько снобизма? ПС. "гиагностика"- это из какой области? Сообщение было отредактировано Veleta - 16.11.2010 23:27 |
Cathie22 Постоянный участник |
(Veleta @ 16.11.2010 14:19) Юзали другую серию, тоже самое. Смывы ставили не генотип- отрицательные, пробы положительные (те законтаминированные). Отрицательный контроль ИЛС везде отрицательный (и выделения и амплификации) Непонятно опять. Делали смывы с разных мест лаборатории, в том числе с приборов. Вы ставите генотипирование сразу на все генотипы высокого или низкого канцерогенного риска, так? И что выходит положительно-то - только приборы или вообще все? Пробы - это что имеется ввиду? Если нерадивый лаборант коряво вытаскивал пробирки из амплификатора, приоткрывал случайно крышки, бросал их со всей дури в емкость для отходов, то могли и ампликоны полетать (такое бывает, есть наблюдения). А вообще действительно похоже еще и на ошибку преаналитики. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Headman @ 16.11.2010 20:33) Я тоже хочу понять Но для этого прошу прокомментировать эти ТРИ слова. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Veleta @ 16.11.2010 18:58) суммарный риск это отдельный тест КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ)Он дает количество+ветку. Отсюда уже можно сдеалть вывод об онкогенности вируса.Знание какой конкретно вид- ничего по сути не дает. Лечится все равно все одинаково. А в большинстве случае происходит самоизлечение.Смысл лечения есть только при высоком количестве. Хотя, на этот счет смылса лечения данные весьма противоречивы. Тк при наличии клиники, количество вируса уменьшается (под клиникой, я имею ввиду трансформацию эпителиальных клеток). Чувствую замутили в детском саду "тест-систем" на генотипы HPV ... от нечего делать... Ну на фига количественные ветки для HPV... Прошу не ссылаться на Ж. клинникал, микробиол. или на Иннодженетикс. Лечится одинаково? Мне нравится самоизлечение... Слегка приложил руку (теплую ладонь) и пошло самоизлечение. |
Veleta Москва |
Самоизлечение папиломавирусной инфекции- известный факт. Могу привести ссылки, если интересно) |
Veleta Москва |
(Cathie22 @ 17.11.2010 10:05) Делали смывы с разных мест лаборатории, в том числе с приборов. Вы ставите генотипирование сразу на все генотипы высокого или низкого канцерогенного риска, так? И что выходит положительно-то - только приборы или вообще все? Пробы - это что имеется ввиду? Если нерадивый лаборант коряво вытаскивал пробирки из амплификатора, приоткрывал случайно крышки, бросал их со всей дури в емкость для отходов, то могли и ампликоны полетать (такое бывает, есть наблюдения). Смывы с разных мест лаборатории и с приборов тоже- было все плюс, а отрицательный контроль- отрицательный. Последнее замечание весьма дельное, думаю так все и было. Генотипирование- тест на определение типа папилома, или вида (не уверена как правильно, скорее вида). То есть при определении вида уже можно говорить о выском и низком риске. А сейчас, извините, устала от борьба- иду спать. Все вопросы завтра, завтра |
Tom1 Постоянный участник |
" или вида " вид папилома однозначно новое слово не только в геносистематике вирусов, но и в общебиологическом ...., ппг мрачно курит в углу гы-гы))))) "Источник контаминации-внимание- клавиаутры компьютеров(кто бы мог подумать). " Париж не знал такого разврата гы-гы видать ручнки не мыли и перчатки не надевали, а если одевали но не снимали садюсь за комп гы-гы))))) А я нашла способ,который разрушает ампликоны лучше ДТ2т и прочей гадости. Патент срочно!!!!!!!!!!!!!!! гы-гы)))) Сколково тоже нервно курит в углу.... |
Cathie22 Постоянный участник |
Клавиатуры - это, кстати, да. И такое знаем. Но все же с приборов чаще бывало... Хотя если после реакции руками пробирки берут, выкидывают и сразу не моя потом садятся за комп - то вполне. А что за способ, очень интересно! |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Кстати, а что такое ДТ2т? Следует говорить "генотипы HPV". Ну не геновиды же! |
Tom1 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 18.11.2010 09:52) Схватил клаву за шкирку (за провод), отнес на помойку и нет контаминации! Кстати, а что такое ? Следует говорить "генотипы ХПВ". Ну не геновиды же! Надо так понимать что остальное все правильно???? типа "тест на определение типа папилома" "" вид папилома " да?????? Да не думал что ты такое нтивное сельпо гы-гы)))) "Комплект тягомера дифференциального с токовым выходом "=ДТ2т гы-гы)))) |
Veleta Москва |
Cathie22, я вам лично напишу, если интересно. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Veleta @ 18.11.2010 23:50) Не терпите справедливую критику снизу? А зануда, наверное, Том? Ко всем пристает. Меня тоже вот наивным сельпом обозвал. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 19.11.2010 02:25 |
Cathie22 Постоянный участник |
Сейчас, чувствую, посыпется, но отвечать на циничные замечания "с высокой профессорской лестницы" не будет никакого смысла. Имхо. Veleta: напишите способ, с интересом прочитаю. Сообщение было отредактировано Cathie22 - 19.11.2010 06:17 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Cathie22 @ 19.11.2010 07:16) Хи-Хик... Яйцо курицу учит... Ой, опять лишнее ляпнул, пардон.
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Veleta @ 18.11.2010 23:50) Было сказано про какой-то экспресс-метод пробоподготовки... Можно ли узнать вкратце о чем речь, что за метод? Да и про соседский метод тоже неплохо бы знать, у которых все ОК? Мне Клаву жалко... |
Cathie22 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 19.11.2010 11:35) Было сказано про какой-то экспресс-метод пробоподготовки... Можно ли узнать вкратце о чем речь, что за метод? Да и про соседский метод тоже неплохо бы знать, у которых все ОК? Мне Клаву жалко... Похоже на этот. 2Ъ: |
Veleta Москва |
Экспресс выделение- да, похоже на ЭДЕМ, но другая фирма. Принцип в нагревании пробирок в пробами и разрушении клеточных мембран. "Да и про соседский метод тоже неплохо бы знать, у которых все ОК? confused.gif " Это вы о чем? Если про способ выделения в другой лаборатории, то они не первыделяли пробы, а ставили из тех же пробирок. Клаву уже сменили. Не плачьте, могу подарить, с ампликонами, ммм))) Хочу поблагодарить всех участников дискуссии за помощь. Том, будьте терпимее, и помните, с врачами и учителями, лучше не спорить |
Cathie22 Постоянный участник |
А чьей фирмы экспресс-выделение все-таки? Наборы на ПЦР ИЛС, как я понимаю, а выделение чье-то другое? А там можно совмещать, они не против? И способ борьбы с ампликонами обещала) |
Veleta Москва |
Экспресс выделение Литеха, они против, но уже смирились с этим Способ завтра еще раз затестю, тогда напишу, чтобы проверить еще раз. А вот еще, по новой классификации вирусы папиломы делятся на два вида 7 и 9, и на много типов. Не так уж я ошиблась) |
KateN |
и кстати напиши как-нибудь через пару недель - не появится ли контаминация опять? |
Veleta Москва |
Способ выделения очень грязный, но сменить его нет возможности- так удобно забирать врачам материал. По поводу контаминации-вопрос по прежнему открыт, причем сейчас уже почти стало ясно, что вопрос был не в ней, а в неспецифичности праймеров набора. |
Guest IP-штамп: frR5TUTiEnknw гость |
(Veleta @ 25.11.2010 15:12) КатеН Способ выделения очень грязный, но сменить его нет возможности- так удобно забирать врачам материал. По поводу контаминации-вопрос по прежнему открыт, причем сейчас уже почти стало ясно, что вопрос был не в ней, а в неспецифичности праймеров набора. "Клаву" реабилитировали..... посмертно гы-гы))))) |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Veleta @ 25.11.2010 16:12) По поводу контаминации-вопрос по прежнему открыт, причем сейчас уже почти стало ясно, что вопрос был не в ней, а в неспецифичности праймеров набора. О ужос! А у соседей другие праймеры, но специфические. Детский сад ... там праймеры "дизайнировать" не проходили ещё. А Клаву жалко, служила столько лет безотказно. |
Veleta Москва |
|
glagol Участник |
[/quote] А чьи наборы на амплификацию были? - это ж капец, раз такие продали наборы |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Cathie22 @ 19.11.2010 12:42) Как же низко пали в детском саду - эксресс-методами балуются. По отзывам, ингибирует реакцию неподецки. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
[/quote] А чьи наборы на амплификацию были? - это ж капец, раз такие продали наборы [/quote] Из детского сада, как выше було сказано... |
Cathie22 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 28.11.2010 16:07) Как же низко пали в детском саду - эксресс-методами балуются. По отзывам, ингибирует реакцию неподецки. Зато очень популярен в КДЛ. Быстро, дешево, большой объем элюции. Хоть и в основном только для соскобов используется. |
patrol Участник |
(Veleta @ 27.11.2010 00:48) Контроль качества готовой продукции видимо нынче не в моде |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Cathie22 @ 29.11.2010 08:40) Зато очень популярен в КДЛ. Быстро, дешево, большой объем элюции. Хоть и в основном только для соскобов используется. Фи, как неинтеллиХентно. Экстракции Сообщение было отредактировано -Ъ- - 29.11.2010 13:42 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Cathie22 @ 29.11.2010 08:40) Зато очень популярен в КДЛ. Быстро, дешево, большой объем элюции. Хоть и в основном только для соскобов используется. Капусточка это, конечно, хорошо, но в доме еще должны быть... Любая исследуемая ДНК (а в вашем случае это не ДНК, а сырой клеточный лизат), должна быть оценена количественно (конц-ция) и качественно (наличие ингибиторов реакции). Иначе дело... |
Guest IP-штамп: fr9KX3vHPOg3. гость |
|
campus Участник Иркутск |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 14.01.2012 16:46) Сначала расскажите про историю ... как это сделала Велета. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 16.01.2012 10:46 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(campus @ 16.01.2012 06:17) есть один жуткий и вонючий способ))) открытую банку с формалином на горелку, пущай выкипает 30-60 мин. Правда вонять потом несколько недель будет, хоть запроветривайся. Теоретически должен убивать ФСЕ А работать кто будет, если фсе. |
vb Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |