Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
gostya Постоянный участник |
Вобщем, как некоторые наверное знают, FDA запретило 23andme предоставлять health-related genetic rеports, но доступна raw genetic data. "23andMe provides ancestry-related genetic reports and uninterpreted raw genetic data. We no longer offer our health-related genetic rеports" Наверняка можно самим интерпретировать, если есть raw data. Какие-нибудь идеи есть? Может какие-нибудь программы? Как платформу они используют: Illumina HumanOmniExpress-24 format chip Спасибо! |
guest: гость IP-штамп: frc7KwQFmMCr. гость |
|
vak Постоянный участник Мюнхен |
(gostya @ 10.02.2015 20:51) Наверняка можно самим интерпретировать, если есть raw data. Какие-нибудь идеи есть? Может какие-нибудь программы? Не пропал интерес? есть достаточно много сайтов, которые делают (скучный) анализ апеллируя к одиночным SNP. Самый популярный из бесплатных, наверное, я себе сделал анализ еще на v3-версии их чипов, сейчас у меня уже более 10 родных и близких, которые скинули мне свои raw data файлы и все ждут, что я им нечто интересное расскажу. А мне самому не очень интересно делать анализ отдельных снипов. Если уж тратить время, то анализировать ансамбли взаимосвязанных SNP -- у математиков это называется multivariate analysis. У меня к местным гуру очень детский вопрос по особенностям illumina чипов, на которых сидит 23andme: что там за особенность такая в их способе измерения, что в их raw data почти не встречается AT, TA, CG, GC? или может ссылка есть на толковое чтиво про это? (мне очевидно, что они не умеют различать аллели, и поэтому, скажем TC и CT для них одно и то же, и сбрасывают они всё это лексикографически в CT, поэтому TC не представлен) P.S. я математик с 30-летним стажем в IT R&D, из них опыт в биоинформатике/биостатистике -- 5 лет плотно (peptidomics, epigenomics). также много лет плотно занимался параллельными вычислениями и Big Data. |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |