Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* 23andme -- how to interpret raw genetic data? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! gostya
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.02.2015 22:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте,

Вобщем, как некоторые наверное знают, FDA запретило 23andme предоставлять health-related genetic rеports, но доступна raw genetic data.

"23andMe provides ancestry-related genetic reports and uninterpreted raw genetic data. We no longer offer our health-related genetic rеports"

Наверняка можно самим интерпретировать, если есть raw data. Какие-нибудь идеи есть? Может какие-нибудь программы?

Как платформу они используют:

Illumina HumanOmniExpress-24 format chip

Спасибо!
guest: гость
IP-штамп: frc7KwQFmMCr.
гость



 прочитанное сообщение 11.02.2015 16:22     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Смотря как относиться к запрету FDA. Главная идея наверное в том что нет смысла в интерпретации. redface.gif
Участник оффлайн! vak
Постоянный участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 28.01.2020 15:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(gostya @ 10.02.2015 20:51)
Ссылка на исходное сообщение  
Наверняка можно самим интерпретировать, если есть raw data. Какие-нибудь идеи есть?

Может какие-нибудь программы?


Не пропал интерес?

есть достаточно много сайтов, которые делают (скучный) анализ апеллируя к одиночным SNP. Самый популярный из бесплатных, наверное, impute.me

я себе сделал анализ еще на v3-версии их чипов, сейчас у меня уже более 10 родных и близких, которые скинули мне свои raw data файлы и все ждут, что я им нечто интересное расскажу.

А мне самому не очень интересно делать анализ отдельных снипов. Если уж тратить время, то анализировать ансамбли взаимосвязанных SNP -- у математиков это называется multivariate analysis.

У меня к местным гуру очень детский вопрос по особенностям illumina чипов, на которых сидит 23andme:

что там за особенность такая в их способе измерения, что в их raw data почти не встречается AT, TA, CG, GC? или может ссылка есть на толковое чтиво про это?

(мне очевидно, что они не умеют различать аллели, и поэтому, скажем TC и CT для них одно и то же, и сбрасывают они всё это лексикографически в CT, поэтому TC не представлен)


P.S. я математик с 30-летним стажем в IT R&D, из них опыт в биоинформатике/биостатистике -- 5 лет плотно (peptidomics, epigenomics). также много лет плотно занимался параллельными вычислениями и Big Data.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2021 08:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 11:56
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft