Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
genseq Постоянный участник |
Стартовый кит MinION (Basic) стоит $1000: Если наценка восьмикратная ($8000), то это многовато. Двукратную вряд ли найдёте из-за "заморочек" с холодовой цепью, но на трёхкратную вполне можно рассчитывать. Так что соберите несколько коммерческих предложений и выберите на свой вкус. Если самой лень, то обращайтесь в личку. Из любопытства сейчас позвонил в одну из компаний и запросил коммерческое предложение. Не сегодня-завтра обещали прислать.
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
|
genseq Постоянный участник |
(NMR-guy @ 08.06.2017 16:29) Выложите ПОЖАЛУЙСТА первые батчи сырых данных этого прибора в архивах в текстовом формате. ОЧЕНЬ настоятельно прошу. Сообщение было отредактировано genseq - 10.06.2017 09:49 Файл/ы:
|
vak Постоянный участник Мюнхен |
(23andme стартовал так задорно, но я разочарован нынешним положением дел спустя 5 лет) Вообще, ИМХО, нужно было изначально разделять сервисы на две важные составляющие: 1. качественное секвенирование -- деливерить данные и не заниматься в рамках этой компании ничем больше, чтобы не воевать со всякими FDA и прочими мафиями 2. качественный анализ на основе данных, залитых заказчиком причем анализ делать в странах без е**нутых законов и воинствующих клериканских настроений -- например, в этих ваших скандинавиях, в новых зеландиях, австралиях, даниях, нидерландах и даже прочих уругваях, где рейтинги свобод просто зашкаливают. |
kblag Постоянный участник |
2. качественный анализ на основе данных, залитых заказчиком причем анализ делать в странах без е**нутых законов и воинствующих клериканских настроений -- например, в этих ваших скандинавиях, в новых зеландиях, австралиях, даниях, нидерландах и даже прочих уругваях, где рейтинги свобод просто зашкаливают. то есть Вы считаете это нормально, если человек прочитает, что у него предрасположенность к раку и покончит жизнь самоубийством? |
vak Постоянный участник Мюнхен |
(kblag @ 30.06.2017 12:06) то есть Вы считаете это нормально, если человек прочитает, что у него предрасположенность к раку и покончит жизнь самоубийством? а вы считаете нормальным, что психически неустойчивые должны определять, к чему иметь доступ психически устойчивым? а что быть с этим, тоже закрыть? а ножи домохозяйкам тоже больше не продавать, потому что у некоторых психически неустойчивых бывают плохие настроения? Повесьте при входе в сервис жирную объяву, что все результаты являются вероятностными и носят лишь экспериментальный характер, что псих неустойчивым этим сервисом пользоваться КАТЕГОРИЧЕСКИ не рекоммендуется. И что на PubMed'e невероятно высокая квота ошибочных посылов. Вообще, зачем эти полумеры, лучше запретить все буквы, а то ведь можно что-нибудь такое прочитать, от чего застрелиться захочется, я вам больше того скажу -- уже было и было не одну тысячу раз. Так что, будем последовательны и запретим буквы? из-за людей, люто защищающих свои неврозы, остальных делают обслуживателями этих самых неврозов -- huge dislike. P.S. я не буду в этой ветке оффтопить и обсуждать классический патерналистский бред этого типа. можно открыть эту тошнотворную тему отдельно Сообщение было отредактировано vak - 30.06.2017 14:28
|
genseq Постоянный участник |
A world of opportunities with nanopore sequencing / Richard M. Leggett , Matthew D. Clar Рекомендую:
|
sceptique Постоянный участник временной жизни |
И секвенировать проблему будут прямо на месте ее встречи все, кому продадут эти приборчики. А зная китайцев, думаю, "британские ученые" в этой области недолго будут монополистами. |
RYM Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
(RYM @ 02.08.2017 05:44) Секвенирование ДНК в домашних условиях: как на коленке собрать прибор за 10 миллионов Немного о предыстории этого проекта: |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(RYM @ 02.08.2017 08:44) Полностью согласен с мнением одного из участников обсуждения, на все 100%: Проделанная автором работа впечатляет и заслуживает всяческих похвал. Однако, как это зачастую бывает с работами талантливых инженеров, практический «выхлоп» от этого ре-инжиниринга пока невелик. Использование, и даже многоразовое использование фирменных картриджей, на руку их производителю. С ходу назову две причины: 1. Как и производители мешков для пылесосов, картриджей для принтеров и Неспрессо-кофе и т.п., даже несанкционированное повторное использование оригинальных картриджей «льёт воду на колесо» продаж производителя. Пускай даже обладатель самодельного анализатора и не купит сам прибор, но при активной работе сколько-то картриджей он всё-равно потребит. Опять же, это косвенный промоушен определённого бренда в пику другим производителям аналогичных товаров и услуг. 2. Потребитель картриджей «сидит на крючке» производителя и не представляет для него ни конкуренции ни угрозы. Так, в своё время, Стив Балмер из Майкрософта публично благодарил пиратов за распространение их ОС, потому как вторую другую ОС на тот же компьютер, за редким исключением, никто не устанавливал. Так и с картриджами. Собственно, с их продаж производители и расчитывают получать главную прибыль. Копируя что-то можно только всё время догонять оригинального производителя, но никогда его не превзойти. Собственно говоря, ре-инжиниринг ценен именно тем, что даёт понимание как сделать по-другому и лучше. Как бы в такой ситуации действовал Западный предприниматель? 1. Изучил оригинальный патент, 2. сравнил его с результатами ре-инжиниринга, 3. разработал альтернативу «в обход» патента, 4. запатентовал свою разработку, 5. наладил производство с качеством не хуже и по меньшей цене, 6. начал вовсю использовать свой продукт сам, и уже затем 7. предложил пользователям оригинального продукта. Только на этом этапе оригинальный производитель может «увидеть» конкурента. Тут и потребуются «мускулы» стоящей за спиной юридическо-бюрократической системы для защиты интеллектуальной собственности. Конечно, это не под силу одному, даже очень талантливому человеку. Для этого существуют Инновационные Инкубаторы и т.п. За ними стоят или государство, или большие деньги, или и то и другое. За примерами далеко ходить не нужно имея под боком опыт технологического взлёта Китая. Опять же, существует немало российских хай-тек фирм, разработки которых успешно реализуются Западными корпорациями по вышеописанной схеме. На этом остается завершить пост и пожелать автору Здоровья и Удачи! Там еще Kriminalist правильные вещи излагает. От себя два слова - из пустого в порожнее... ,и вечные догонялки. Генсек, пора делами более космическими заняться. Кстати, там наш kblag тоже репликами пытается что-то выразить. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 02.08.2017 19:26
|
sceptique Постоянный участник временной жизни |
Так напрягаться, даже до развода, чтобы родить никому не нужную альтернативу, которая никогда не пройдёт ни лицензирований, ни регистраций, и которой нужны грязные б/ушные проприетарные чипы устаревших поколений этих пылесосов по заоблачным ценам - сразу фтопку. Я, начиная читать, подумал что аффтар в итоге отправит готовые шаблоны чипов в Зеленоград и ждет установочную партию для проверки в своей стендовой модели, но ошибся. Он ждёт электровентиль и мечтает о рынке моечных машин для нелицензионной и преследуемой законом о защите патентов в любой стране кроме китая рекуперации проприетарных чипов. Лучше бы поступил на ФизТех или в Бауманский и воспроизвел поровый секвенатор. Это, в отличие от помоечных (в буквальном смысле) чипов прошлой эпохи секвенирования, вполне может быть его уровень. Если угадает с длиной линкера при белковом инжиниринге поры в мембранах. А также с АЦП егойного USB-шного патч-клямпа. Сообщение было отредактировано sceptique - 02.08.2017 20:07 |
guest: ASDF IP-штамп: fr4I3qoC2Qq4. гость |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
О каком термине DIY идет речь, где это было? |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(guest: ASDF @ 04.08.2017 09:57) К моему стыду, я вообще не знал о существования этого термина. Сегодня, случайно наткнулся на него... Век живи, век учись, а дураком помрёшь.
|
guest: ASDF IP-штамп: fr4I3qoC2Qq4. гость |
(sceptique @ 04.08.2017 10:32) Пан ASDF шутит. Намекая что в случае описанного "гения"-реконструктора важнее был не результат, а сам процесс. Чем бы дитя не тешилось, типа. Да почему шучу то? DIY - своя вселенная, пересекается с биохакингом, и вообще ...))). У них даже конференции свой проводяться, так что все серьезно. |
genseq Постоянный участник |
Там уже и старенький ДНК-синтезатор разобрали. |
kb1 Участник |
(genseq @ 31.08.2017 20:20) Кстати, о DIY-секвенаторе. Недавно появился посвящённый его разработке сайт: Там уже и старенький ДНК-синтезатор разобрали. А старенький запорожец ре-инженирить они не пытались? Это встретило бы куда больший отклик на просторах Рунета С одной стороны, стремление познать устройство вещей весьма похвально, и возможность многократно использовать одноразовые чипы для кого-то может быть полезным (помню как на заре своей трудовой деятельности мыл носики и эппендорфы), но "разрабатывать" что-либо где ключевой элемент это б/у расходники из помойного ведра... Конечно, каждый волен направлять свои усилия на достижения собственных целей, но зачем же гордо заявлять, что мы на пороге создания, хоть и скопированного, но своего секвенатора. А ну как чипы на помойке закончатся? Что делать будем? |
КапризныйПрофессор |
|
genseq Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
А это из обсуждения (на мой взгляд самый меткий отзыв): Секвенирование ДНК в домашних условиях: как на коленке собрать прибор за 10 миллионов Ъ полностью согласен с мнением одного из участников обсуждения, на все 100%: Проделанная автором работа впечатляет и заслуживает всяческих похвал. Однако, как это зачастую бывает с работами талантливых инженеров, практический «выхлоп» от этого ре-инжиниринга пока невелик. Использование, и даже многоразовое использование фирменных картриджей, на руку их производителю. С ходу назову две причины: 1. Как и производители мешков для пылесосов, картриджей для принтеров и Неспрессо-кофе и т.п., даже несанкционированное повторное использование оригинальных картриджей «льёт воду на колесо» продаж производителя. Пускай даже обладатель самодельного анализатора и не купит сам прибор, но при активной работе сколько-то картриджей он всё-равно потребит. Опять же, это косвенный промоушен определённого бренда в пику другим производителям аналогичных товаров и услуг. 2. Потребитель картриджей «сидит на крючке» производителя и не представляет для него ни конкуренции ни угрозы. Так, в своё время, Стив Балмер из Майкрософта публично благодарил пиратов за распространение их ОС, потому как вторую другую ОС на тот же компьютер, за редким исключением, никто не устанавливал. Так и с картриджами. Собственно, с их продаж производители и расчитывают получать главную прибыль. Копируя что-то можно только всё время догонять оригинального производителя, но никогда его не превзойти. Собственно говоря, ре-инжиниринг ценен именно тем, что даёт понимание как сделать по-другому и лучше. Как бы в такой ситуации действовал Западный предприниматель? 1. Изучил оригинальный патент, 2. сравнил его с результатами ре-инжиниринга, 3. разработал альтернативу «в обход» патента, 4. запатентовал свою разработку, 5. наладил производство с качеством не хуже и по меньшей цене, 6. начал вовсю использовать свой продукт сам, и уже затем 7. предложил пользователям оригинального продукта. Только на этом этапе оригинальный производитель может «увидеть» конкурента. Тут и потребуются «мускулы» стоящей за спиной юридическо-бюрократической системы для защиты интеллектуальной собственности. Конечно, это не под силу одному, даже очень талантливому человеку. Для этого существуют Инновационные Инкубаторы и т.п. За ними стоят или государство, или большие деньги, или и то и другое. За примерами далеко ходить не нужно имея под боком опыт технологического взлёта Китая. Опять же, существует немало российских хай-тек фирм, разработки которых успешно реализуются Западными корпорациями по вышеописанной схеме. На этом остается завершить пост и пожелать автору Здоровья и Удачи! Там еще Kriminalist правильные вещи излагает. От себя два слова - из пустого в порожнее... no.gif,и вечные догонялки. frown.gif Генсек, пора делами более космическими заняться. smile.gif Кстати, там наш kblag тоже репликами пытается что-то выразить. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 02.08.2017 20:26 |
R-J-Dio Постоянный участник |
бабло тратится на создание чего-то нового, как правило, намного менее успешного, ибо на долю человека (за искл. гениев) приходится один хит за жизнь |
kblag Постоянный участник |
Кстати, там наш kblag тоже репликами пытается что-то выразить. надеюсь это комплемент |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(kblag @ 05.09.2017 15:03) Не фига, зайдите на Комментарии и найдете себя. kablag, если "ошибился" - пардон. |
kblag Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
21 сентября в Агентстве стратегических исследований (г. Москва, Малый Конюшковский переулок, д. 2) состоится "стретегическая сессия" на тему «Технологии секвенирования следующего поколения в России – что нам делать своего?» Первоочередной вопрос: "Нужно ли разрабатывать в России собственные технологии секвенирования следующего поколения ...?" |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
Пусть заказывают не лажу, которую уже направляют на помойку на Западе (то есть - в наши взяткооткаточные круги), а поровые секвенаторы. На вопрос "что нам делать своего?" - прямой ответ: поровые секвенаторы. И делать должны не дедушки с именами и альцгеймерами (и тяжелым алкоголизмом в терминальной стадии) и не их горе-потомки, а реально самые свежие и опытные группы на текущий момент времени. Иначе дедушки опять всё попилят, а их потомки начнут ныть что у них ничего нет для клиники давайте отдадим все деньги зарубежным корпорациям, на службе которых они состоят.
|
genseq Постоянный участник |
|
Neo 777 Участник |
помимо всего "заказанного", мы должны уметь производить все свое - методики, секвенаторы, расходники и т.п. - качеством не хуже зарубежных. Головы у нас хорошие, была бы задача четко поставлена. Лучше - Кремлем. Хотя, судя по качеству наших отечественных автомобилей и отсутствия на рынке адекватных моделей ноутов и сотовых телефонов, - далеко нам еще до отечественных секвенаторов и технологической независимости... |
MMM Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
Сколько миллионов (или миллиардов) рублей в год нужно тратить в России, чтобы догнать и перегнать Америку? |
avial Постоянный участник |
А у нас 60 геномов сделали в рамках Геномов России. Великое дело. Целых 32 экзома раковых вот недавно с постером на ЕСМО ездили (результаты РНФ, между прочим). Еще пару десятков экзомов уже третий год по российским конференциям с одним докладом катаются. Дальше продолжать?) Причем все сделать можно, не сразу, не завтра, но можно. Подняв заодно пару соседних отраслей - от медицины до бигдата-аналитики. Но только это тяжело, нудно и в жизнь чиновника может не поместиться. Поэтому лучше 60 геномов - так безопаснее. А деньги здесь уже неважны. Сообщение было отредактировано avial - 14.09.2017 21:23
|
sceptique Постоянный участник временной жизни |
Если такое кто сделает - слетит много дегенерировавших за 80-90 лет жизни голов. Которые сейчас на месте лишь по причине дружеской фальсификации статистики. А если часть маркеров будут высокозначимыми (OR 3-5 и выше), а в наших историях всплывёт вся кривая по политическим мотивам диагностика на их фоне - это ж как пилить сук на котором сидишь. Понятно, что больше 20-100 геномов, по десятку на патологию , обычно - поставленную самими авторами исследований в своих отделениях, никто никому расследовать не даст. Во избежание, так сказать.
|
genseq Постоянный участник |
Расхождения связаны с тем, что Роспотребнадзор учитывает все положительные пробы, а Минздрав в этом году начал считать количество пациентов, вставших на учёт в антиспидовских центрах. До недавних пор официальными считались данные Роспостребнадзора, но ни у кого не вызывает сомнений (кроме сомневающихся), что данные Минздрава по новым случаям более объективны. Да и умерших носителей ВИЧ пересчитывать нет смысла. Отсюда следует, что в начале следующего года официальными будут считаться данные Минздрава. И к выборам президента эпидемия ВИЧ пойдёт на убыль. А при чём здесь секвенирование? Да ни при чём. Просто навеяло. Сообщение было отредактировано genseq - 17.09.2017 10:24
|
sceptique Постоянный участник временной жизни |
|
genseq Постоянный участник |
Эпидемия ежегодно даёт больше 100 тысяч клиентов, готовых платить за секвенирование ВИЧ. И скоро их будет ещё больше. что может служить неплохим стимулом для развития NGS в России. Цинично, конечно, наживаться на смертельно больных людях, но лучше так, чем никак. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
|
Neo 777 Участник |
В России много сейчас развалено. Наука тоже развалена. Все выживают, как могут в их гребаном азпромовском капитализме. В науке и медицине МОЖНО решить много интересных кардинальных проблем, если заняться этим всем вместе, слаженно, скоординровано, с энтузиазмом, при полной поддержке государства. Но ни наука, ни ученые нашему государству нахер, я извиняюсь, не нужны. Везде только БАБЛО на первом месте. Да еще мы собачимся друг с другом. Горько. Позор. |
genseq Постоянный участник |
Но вернёмся к нашим баранам. Насколько мне известно, сейчас в России имеется два NovaSeq 6000 - в НИЦ "Курчатовский институт" и в ООО "ЦГРМ "ГЕНЕТИКО". Может быть, есть и другие? И ещё: сколько сейчас в России нанопоровых секвенаторов MinION? Хотелось бы украсить завтрашний доклад свежей информацией. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
|
genseq Постоянный участник |
|
avial Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
И ещё немного о секвенировании:
Замечания и дополнения также приветствуются. |
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
(genseq @ 22.09.2017 17:16) Спасибо за респект. И буду признателен за любые замечания, дополнения и предложения. Постараюсь их учесть в докладе на ВДНХ (зал №1, 13 октября, 11.00-13.00 Секция «Медицина 5 «П»: настоящее и будущее»): И ещё немного о секвенировании:
Замечания и дополнения также приветствуются. Маниловщина и wishful thinking. Хоть бы один обычный ди-деокси секвенатор или нормальный реал-таим ПЦР циклер построили и олиги по-нормальному синтезировать и метить научились, а уж потом о постройке некстген секвенатора задумывались. Хотя для попила бюджета любой отмаз хорош. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
Обычные олиги - уже давно научились. Можете сколько угодно доказывать преимущества прецизионного клонирования без метионина на конце и какие все у нас безрукие и неспособные (это правда только про завлабов и академиков). А все уже будут через лет 5 секвенировать геномы, экзомы и микробиомы в приборах размерами с лазерный принтер и Вам глубоко сочувствовать. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
(genseq @ 22.09.2017 20:16) Спасибо за респект. И буду признателен за любые замечания, дополнения и предложения. Постараюсь их учесть в докладе на ВДНХ (зал №1, 13 октября, 11.00-13.00 Секция «Медицина 5 «П»: настоящее и будущее»): И ещё немного о секвенировании:
Замечания и дополнения также приветствуются. Замечание всего одно: завхозам и всяким дегенерировавшим академикам выгодно необратимое отставание РФ в области секвенаторостроения. Поскольку откаты с американского старья и софта лучше и безопаснее оставлять в оффшорах, чем напрягаться и нервничать чего-то разрабатывая с риском не справиться у себя дома. Нашим местным деятелям на самом верху кормовой цепочки экономически невыгоден наш же местный прогресс в этой области. Жить рантье на проценты с оффшоров после отползания за срок давности по всяким коррупционным расследованиям - это их вполне устраивает. А возня и риски в конструировании своих нанопоровых секвенаторов - нет...
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
А ведь Карбоныч прав на 100%. Генсек, охота тебе ликбезом заниматься. Способствуешь процветанию мракобесия чинуш в области "секвенаторостроения", вводишь в заблуждение неокрепшие умы, пардон. А теперь что будем делать с порами, сужать или расширять? Слава богу не поддался твоему вредному влиянию лет 10 или 15 назад. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
Пилить госбюджет и выводить его себе на Кипр и в ЛюксембургЪ - всяко проще. Сейчас, кстати, разворачивается нешуточная борьба за пост конкурсного банкротного управляющего РАН, который следующие 5 лет будет иметь верховное право распродавать ее активы. Вы за кого болеете в этом ВысокомЪ Соревновании? Выход из метро, дорогой неошибающийся -Ъ-, в том, чтобы не быть маньяком и не вовлекаться в то, что и так создано чтобы развалиться и погребсти под развалинами всех, кто живёт ради не совсем правильных вещей. Сообщение было отредактировано sceptique - 25.09.2017 11:40 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(sceptique @ 25.09.2017 12:33) Пилить госбюджет и выводить его себе на Кипр и в ЛюксембургЪ - всяко проще. Сейчас, кстати, разворачивается нешуточная борьба за пост конкурсного банкротного управляющего РАН, который следующие 5 лет будет иметь верховное право распродавать ее активы. Вы за кого болеете в этом ВысокомЪ Соревновании? Я вне РАН давно и голосовать мне не придется. Ну если только позовут. А ведь я тоже люблю на Кипре отдыхать, регулярно. |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |