Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
чайник555 Постоянный участник Сибир-р-р-ръ |
В Новосибирске создан биологический адронный коллайдер В Новосибирске создан и доведен до прототипа, готового к коммерческому внедрению, цитометр BioUniScan, позволяющий исследовать состав любых биологических жидкостей на принципиально новом уровне. Сегодня в лаборатории цитометрии и биокинетики Института химической кинетики и горения СО РАН состоялась презентация анализатора, который его создатели называют «биологическим адронным коллайдером», приравнивая его к известному проекту ЦЕРНа по уникальности проводимого анализа.
|
Гест Гестович Постоянный участник Россия |
Э, так это же счётчик клеток! А растворы он меряет? Сообщение было отредактировано Гест Гестович - 31.05.2010 15:14
|
TAOLI Участник |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(чайник555 @ 31.05.2010 13:36) В Новосибирске создан биологический адронный коллайдер В Новосибирске создан и доведен до прототипа, готового к коммерческому внедрению, цитометр BioUniScan, позволяющий исследовать состав любых биологических жидкостей на принципиально новом уровне. Это что, наконец-то воплотили в "железе" свои идеи по многпараметрическому анализу рассеяния, что ли? В таком контексте заявление о том, что: «По возможностям он превосходит любые коммерческие (анализаторы), основное его использование — анализатор клеток крови, накрываете прототип крышкой, и можно ставить в клинику», — отметил он. - бред сивой кобылы
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
Как пояснили в пресс-службе Президиума СО РАН, в отличие от стандартных измерителей анализатор позволяет с высокой точностью измерить и описать за миллисекунду каждую клетку крови (500-1000 клеток в секунду), включая параметры, не учитываемые в обычных анализах с применением микроскопов, и накопить высокую статистику популяции клеток для данных анализа, что в разы увеличивает его достоверность. Ну да, оно и есть. P.S. Г-ну Мальцеву, видимо, невдомек, что макс. скорости в 500-1000клеток/с были на проточниках...лет эдак 20 назад. В общем, материал, как обычно- перл на перле + "родина снанослонов" P.P.S. Хотя, сама идея ( об анализе доп. скаттер-параметров)- весьма интересна. Вкупе с "супермногоцветкой", которой дядька Робинсон занимается. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Гест Гестович @ 31.05.2010 19:11) Вы абсолютно правы. Но, к сожалению, счетчик клеток - это устоявшийся термин, который относится к анализаторам различной сложности. Мы предпочитаем использовать термин «проточный цитометр». Создали в лаборатории сканирующий проточный цитометр, который относим к следующему поколению анализаторов, так как на нем можно проводить все существующие анализы, но он способен на многое другое. Измеряет он частицы в средах. Если Вас интересуют частицы в растворе, то это к нам. Частицы не должны быть размером меньше, чем 500 нм. Здесь много информации |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(TAOLI @ 31.05.2010 19:28) В настоящее время в лаборатории студенты, аспиранты и сотрудники работают на двух модификациях сканирующего проточного цитометра (СПЦ). Еще один, самый первый вариант, в нерабочем состоянии. В виде экспериментальных установок есть еще СПЦ в Клинике университета г. Антверпен (Бельгия) и в Центре исследования океана (Фраскати, Италия). Два последних естественно собрали мы. Самый последний вариант СПЦ обошелся Новосибирскому госуниверситету за 4.5 млн. руб. Предыдущий изготовлен на средства Агентства по инновациям за 2.5 млн. руб. Вы можете заказать изготовление такого цитометра у нашего производителя за цену в этом диапазоне. Все зависит от комплектации. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 31.05.2010 19:34) Это что, наконец-то воплотили в "железе" свои идеи по многпараметрическому анализу рассеяния, что ли? У Вас мысли обгоняют пальцы. Воплотить идеи в железе по анализу - это трудно представить. Но по существу Вы правы, что идеи анализа многоуглового светорассеяния на одиночных клетках теперь можно попытаться реализовать, так как СПЦ измеряет именно индикатрису светорассеяния одиночных клеток. В таком контексте заявление о том, что:….. - бред сивой кобылы Вы же понимаете, что это рекламная статья на публичном ресурсе. Хоть автор и приводит мои слова, но в ограниченном контексте это выглядит …. Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 02.06.2010 05:35 |
чайник555 Постоянный участник Сибир-р-р-ръ |
|
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 31.05.2010 19:37) Ну да, оно и есть. P.S. Г-ну Мальцеву, видимо, невдомек, что макс. скорости в 500-1000клеток/с были на проточниках...лет эдак 20 назад. Ну, почему невдомек. В курсе. К сожалению, для измерения индикатрисы пришлось пожертвовать скоростью записи информации. Это ограничения режима сканирования, но, с другой стороны, у сканирование есть сильное преимущество - одно ФЭУ измеряет всю индикатрису. Сейчас мы работаем при особой необходимости набрать статистику на скоростях 300 - 400 клеток в секунду. Это без оптимизации оптики, электроники и программного обеспечения. Оценки показывают, что можно повысить до 1000 клеток в сек. Это меньше 60000 к/сек, но возможностей для анализа больше. P.P.S. Хотя, сама идея ( об анализе доп. скаттер-параметров)- весьма интересна. Вкупе с "супермногоцветкой", которой дядька Робинсон занимается. Кстати, буквально две недели назад с Робинсоном встречались сотрудники лаборатории в ходе ISAC конгресса в Сиэтле. Очень здоровый интерес к нашим работам и полная благожелательность. Нам стоит у них этому поучиться. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(чайник555 @ 01.06.2010 12:26) Ох, как нарастают. Боремся. В чём отличие нового прибора (кроме протока, конечно) от Малверна, что куплен был Сагдеевым в 80-е годы ? Этот Malvern, кстати, у нас сейчас в лабе пылится. Главное отличие в том, что Malvern пытается решать обратную задачу по анализу светорассеяния от АНСАМБЛЯ частиц, а СПЦ позволяет решать обратную задачу светорассеяния от ОДИНОЧНОЙ частицы. Первая задача, по моему убеждению, не имеет решения даже для сферических гомогенных частиц. Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 01.06.2010 08:40 |
чайник555 Постоянный участник Сибир-р-р-ръ |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 06:39) Этот Malvern, кстати, у нас сейчас в лабе пылится. Главное отличие в том, что Malvern пытается решать обратную задачу по анализу светорассеяния от АНСАМБЛЯ частиц, а СПЦ позволяет решать обратную задачу светорассеяния от ОДИНОЧНОЙ частицы. Первая задача, по моему убеждению, не имеет решения даже для сферических гомогенных частиц. Поскольку я не в теме, то вопрос: По сигналу видно, что в измерительном объёме две частицы, а не одна ? И каков объём измерительного объёма (сорри за тавтологию) ? |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 07:33) Ну, почему невдомек. В курсе. К сожалению, для измерения индикатрисы пришлось пожертвовать скоростью записи информации. Это ограничения режима сканирования, но, с другой стороны, у сканирование есть сильное преимущество - одно ФЭУ измеряет всю индикатрису. Ну да, тут все верно. Хотя,с другой стороны: что мешает разместить несколько приемников? Разве что только стоимость железа. C другой стороны, сколько не регистрируй рассеяние во всевозможных направлениях, без маркеров все равно не обойтись (пулы Т/B/NK/NKTи т.д. определить)-следовательно, на подобных задачах вышеописанная система будет уступать даже самому бюждетному традиционному проточнику. Вот ежели имеются сильные различия в клеточной морфологии - то да, подход имеет право на жизнь. С другой стороны, есть еще "гибридный" метод от |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(чайник555 @ 01.06.2010 13:15) Извините, а по какому сигналу? Может я что-то пропустил? И каков объём измерительного объёма (сорри за тавтологию) ? Типично (зависит от эксперимента): диаметр струи 20 мкм и длина зоны измерения 600 мкм, т.е. 12000 фемтолитров. Объем эритроцита 100 фемтолитров. |
чайник555 Постоянный участник Сибир-р-р-ръ |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 08:22) Типично (зависит от эксперимента): диаметр струи 20 мкм и длина зоны измерения 600 мкм, т.е. 12000 фемтолитров. Объем эритроцита 100 фемтолитров. Как узнать, что в 12 000 фемтолитах только 1 эритроцит ? А если 2 ? |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
1-2-3...-много- сугубо проблема дискриминации сигнала. Вот ссылка на |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 01.06.2010 13:45) Хотя,с другой стороны: что мешает разместить несколько приемников? Разве что только стоимость железа. Вы знаете сколько приходится трудиться, чтобы правильно позиционировать расположение одного фотоприемника? В лабе это умеют делать только несколько сотрудников. Для записи индикатрисы надо разместить не менее 20 приемников, чтобы надеется на устойчивость решения обратной задачи. Очевидно, что настройка такой машины - отдельная технологическая задача. От точности расположения приемника сильно зависит точность измеряемой индикатрисы, ее соответствие теоретическим расчетам. Так что все попытки реализовать измерение индикатрисы с многими фотоприемниками - не технологичны. Другое дело фото матрица, но там другие проблемы. C другой стороны, сколько не регистрируй рассеяние во всевозможных направлениях, без маркеров все равно не обойтись (пулы Т/B/NK/NKTи т.д. определить)-следовательно, на подобных задачах вышеописанная система будет уступать даже самому бюждетному традиционному проточнику. Традиционный проточник по маркерам измеряет ТОЛЬКО количество клеток определенного типа. Редко кто интересуется качеством. Это тоже самое, что считать количество коров, не принимая во внимание жирность молока. Это грубое сравнение, но думаю понятное. Подсчитать количество клеток - это задача идентификации. Задача характеризации намного сложнее. С другой стороны, есть еще "гибридный" метод от Хорошее замечание. Тупиковый путь: плохая точность анализа. Любой snapshot искажен дифракцией. Это в лучшем случае, когда можно искажения уточнить. А если размер клетки не сильно превышает длину волны или внутренняя структура с размерами порядка длины волны, то искажения существенные. В результате вы приходите к нашей задаче: решение обратной задачи светорассеяния. Мы этим и занимаемся. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(чайник555 @ 01.06.2010 14:29) Это с какой-то степенью вероятности гарантируется разведением пробы. С другой стороны если в зоне измерения две клетки, то это хорошо видно по наличию двух триггерных импульсов и двух индикатрис, и такая запись отбрасывается при анализе данных. |
чайник555 Постоянный участник Сибир-р-р-ръ |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 08:42) С другой стороны если в зоне измерения две клетки, то это хорошо видно по наличию двух триггерных импульсов и двух индикатрис, и такая запись отбрасывается при анализе данных. Вот это точно ? Именно это я и спрашивал... |
чайник555 Постоянный участник Сибир-р-р-ръ |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 08:39) Какие характеристики клеток сейчас возможно достоверно получать ? |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(чайник555 @ 01.06.2010 14:58) Вот здесь
|
Гест Гестович Постоянный участник Россия |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 09:08) Вы абсолютно правы. Но, к сожалению, счетчик клеток - это устоявшийся термин, который относится к анализаторам различной сложности. Мы предпочитаем использовать термин «проточный цитометр». В оригинальной новости написано "позволяющий исследовать состав любых биологических жидкостей на принципиально новом уровне" и "универсальный анализатор". Поэтому я и подумал о растворах. После Ваших разъяснений понятно, о чём речь. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 09:39) Традиционный проточник по маркерам измеряет ТОЛЬКО количество клеток определенного типа. Редко кто интересуется качеством Не соглашусь. Разве Вам не знакомы методы количественного определения жкспрессии поверхностных маркеров (с референсными бидзами, к примеру)? Я же речь веду о другом, а именно: только по скаттеру Вы даже T от B Не отличите, не говоря уже о типировании. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 09:39) Тупиковый путь: плохая точность анализа. Любой snapshot искажен дифракцией. Это в лучшем случае, когда можно искажения уточнить. А если размер клетки не сильно превышает длину волны или внутренняя структура с размерами порядка длины волны, то искажения существенные. В результате вы приходите к нашей задаче: решение обратной задачи светорассеяния. Мы этим и занимаемся. Не тупиковый. Snapshots - в нем дополнение к обычным PMTs на флуоканалах. Собственно, как и в multispectral fingerprints Робинсона - 64-канальная матрица идет, как надстройка к традиционной "скамейке". Ибо у матричного приемника есть ахиллесова пята- низкая чувствительность по сравнению с PMT. Помню из беседы с Робинсоном год назад в Модене. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
|
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 01.06.2010 20:49) Разве Вам не знакомы методы количественного определения жкспрессии поверхностных маркеров (с референсными бидзами, к примеру)? Во-первых, таких работ не очень много. Можно пересчитать по пальцам. Во-вторых, этот метод работает только в случае высокой аффинности рецептора и лиганда. В случае низкой аффинности распределение по количеству рецепторов искажается влиянием диссоциации комплексов. Здесь необходимо использовать полную кинетическую схему процесса ( Вы даже T от B Не отличите, не говоря уже о типировании. То ли еще будет ( Если нужны PDF файлы статей, дайте знать. Copyright не позволяет выкладывать в открытую. (Дядя ФАКСер @ 01.06.2010 20:54) Замечательные слова. Хороший ответ на вопрос стартера этой ветки. Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 02.06.2010 05:32 |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 02.06.2010 04:29) То ли еще будет ( Если нужны PDF файлы статей, дайте знать. Copyright не позволяет выкладывать в открытую. Ок, давайте в личку. P.S. Думаю, что данную тему стоит перенсти в соответствующий раздел- "Цитометрия и сортинг" P.P.S. The main difference in morphology of T- and B-lymphocytes is found to be the larger mean diameters of the latter.However, the difference is smaller than the natural biological variability of a single cell. Вот Вы и сами отвечаете на вопрос о возможности точной детерминации лимфоцитов. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 02.06.2010 04:29) Да нет, вполне себе рутинный метод: |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 04:09) Вот здесь Ссылка, увы, не работает. Есть ли работающие ссылки? |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 04:09) Вот здесь Пока web-мастеровые Новониколаевска приводят в порядок сервер, не могли бы Вы назвать 3 наиболее переспективных направления развития сканирующей проточной цитометрии в которых она превзойдёт обычную на взгляд разработчиков. В рекламной статье журналист указывает, что клиническое внедрение требует только крышки на прототип. Какие именно виды анализа, при каких патологиях (либо отклонениях от нормы невыясненного генеза) можно будет диагностировать и анализировать при помощи СканПЦ успешнее, чем с использованием обычной ПЦ. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 02.06.2010 15:48) Сделал. Будут вопросы - пообщаемся. P.P.S. Вот Вы и сами отвечаете на вопрос о возможности точной детерминации лимфоцитов. Да, точное замечание. Но мы же в решении обратной задачи использовали достаточно простую модель клетки (сфера с оболочкой), вот и не хватает точности в характеризации клеток. Следует отметить, что сфера с оболочкой это максимальная сложность, для которой на сегодняшний день можно решать обратную задачу светорассеяния. Предполагаем, что неоднородности ядра могут добавить количество характеристик клетки и соответственно могут появиться различия между Т и В лимфоцитами. Еще у нас есть запасной аэродром в виде поляризации светорассеяния и двумерной индикатрисы ( Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 03.06.2010 06:54 |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Леонид В @ 03.06.2010 03:10) Извините, что-то с сервером лабораторным в последнее время проблемы. Перезапустил. Будем следить. ….не могли бы Вы назвать 3 наиболее переспективных направления развития сканирующей проточной цитометрии в которых она превзойдёт обычную на взгляд разработчиков. Могу: 1. Расширенная характеризация эритроцитов по статическим и динамическим индексам ( 2. Измерение константы агрегации тромбоцитов ( 3. Измерение константы роста бактериальных клеток за один клеточный цикл. Это только то, чем мы сейчас впрямую занимаемся. Обычная цитометрия эти проблемы в принципе решить не может. Какие именно виды анализа, при каких патологиях (либо отклонениях от нормы невыясненного генеза) можно будет диагностировать и анализировать при помощи СканПЦ успешнее, чем с использованием обычной ПЦ. Конкретно на этот вопрос трудно ответить, так как все работающие СПЦ стоят в лаборатории института, а не в диагностической лаборатории клиники. Необходимо поставить СПЦ в клинику и проводить одновременный анализ с обычным ПЦ. Только зав. клинической лаборатории должен быть весьма образованным и заинтересованным в такой работе человеком. Так мы работали в Бельгии. Были случаи, когда Coulter Epics выдавал невнятные результаты анализа и пробу уносили на обычную микроскопию. Мы по этим пробам готовы были предоставить дополнительную характеризацию клеток. К сожалению, в систему эти исследования не вылились. Зав. лаб. ушел в другую организацию. Но старт был очень эффективный. Из общих соображений дополнительные возможности СПЦ связаны с отклонениями морфологических характеристик клеток. Причем не только статическая фиксация отклонений, а и динамическое описание процесса изменения морфологии с определением динамических характеристик клеточной популяции. Хороший пример это статья по эритроцитам ( Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 03.06.2010 06:56 |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
1) Дифференцировка мегакариоциты->тромбоциты 2) Морфологический анализ опухолевых клеток 3) Клеточный стресс и активация (Dr. Maltsev @ 03.06.2010 04:56) Предполагаем, что неоднородности ядра могут добавить количество характеристик клетки и соответственно могут появиться различия между Т и В лимфоцитами. Еще у нас есть запасной аэродром в виде поляризации светорассеяния и двумерной индикатрисы ( Что касается детерминации лимфоцитов только по скаттерам, то увы: то, что хорошо работает в модельной системе, увы, при столкновении с обычной биовариабельностью параметров, работать перестает. Увы, и неоднородности ядра и другие параметры у сих пулов ( так же и у NK) весьма сходны. Впрочем, ничто не мешает скомбинировать Ваш подход с традиционным. Вот, к примеру, для разделения моноциты-нейтрофилы-дендритки только по морфологии- самое оно будет. Равно же как и для смешанных популяций опухолевых клеток. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 03.06.2010 14:53) Может я не четко обозначил: СПЦ в текущем состоянии может измерять флуоресценцию в режиме обычного проточного цитометра. Для этого используется ортогональный канал СПЦ. Сейчас это две флуоресценции, но можно легко довести их число до разумной величины с помощью дихроичных зеркал и интерференционных фильтров. Мы называем его триггерный канал и постоянно им пользуемся. Но кроме этого СПЦ позволяет измерять индикатрису светорассеяния. Возможно грубое сравнение: обычный цитометр - это черно-белый телевизор, а СПЦ - цветной. Хотя в случае измерения многоцветной флуоресценции сравнение нужно инвертировать. Обычный цитометр - это много цветов на экране телевизора, СПЦ - к цветам добавляются контуры объектов. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
Кстати, а Вы не пробовали, к примеру, поиграться с near UV или с "белыми" лазерами в вашей схеме? |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 03.06.2010 17:06) Так как у нас инструментальная платформа, то мы легко меняем источники излучения и приемники. В частности, на одном СПЦ мы работаем с бактериями, E.coli, и для измерения светорассеяния используем лазер на 405 нм. Это реальное near UV нам необходимо, чтобы поднять отношение сигнал шум за счет короткой длины волны. Так как бактерии существенно меньше клеток крови, то и рассеивают слабо. Хоть на длине волны отыграемся. «Белый» лазер особой выгоды нам не даст, так как пространственно распределение надо будет интегрировать по длине волны и решение обратной задачи усложнится. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Dr. Maltsev @ 02.06.2010 23:18) Перезапустил. спасибо, очень интересно, хотя часть работ уже читал ранне, когда мы с Вами нащупывали почву для «плотного контакта». 1. Расширенная характеризация эритроцитов по статическим и динамическим индексам это очень интересно, но ... «страшно далеко от народа». Впрочем, при установке прибора в клинике можно, наверное, набрать базу данных по эритропатиям. Возможно что-нибудь интересное вылезет. Но нужен гематолог. Речь, разумеется, идёт не столько о статических, сколько о динамических характеристиках. 2. Измерение константы агрегации тромбоцитов Сугубо клиническое направление. Но, виноват, не смог найти в статье сравнение (стоимость, время, персонал) с классическим методом. Без этого .... сами понимаете. 3. Измерение константы роста бактериальных клеток за один клеточный цикл. А вот это может быть интересно (жаль ссылки нет). При срочной антибиотикограмме (сепсис, меннингит и проч.) может найти ого-го какое применение. Возможно Вы уже сделали это, но позволю себе подсказать срочное патентование данного применения. К сожалению, в систему эти исследования не вылились. Зав. лаб. ушел тут можно поработать. Если у Вас есть стабильно работающий прототип (в эпоху ранних наших с Вами контактов этого не было) и, главное, опыт его установки и обслуживания в удалённых лабораториях, то можно попробовать повернуть дело в конкретное русло. По прежнему Ваш, «запасной аэродром» т.е. анализ поляризации представляется весьма переспективным. Могу также предложить подумать (если, конечно, Вы еще не ...) о дегрануляции нейтрофилов и тесте на общую «возбужденность» этих клеток (ранняя диагностика воспалительных процессов, «отсеивание» доноров крови, аллергические пробы. Последнее может иметь весьма солидное практическое применение. Весьма!) Всех и всяческих успехов на пути внедрения СканПЦ |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Леонид В @ 03.06.2010 18:44) дегрануляции нейтрофилов и тесте на общую «возбужденность» этих клеток (ранняя диагностика воспалительных процессов, «отсеивание» доноров крови, аллергические пробы. Последнее может иметь весьма солидное практическое применение. Весьма!) Верно. У них изменения в морфологии даже в обычной FS vs SS видны хорошо. А с доп. анализом можно вытащить кучу полезной информации. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Дядя ФАКСер @ 03.06.2010 14:57) Верно. У них изменения в морфологии даже в обычной FS vs SS видны хорошо. А с доп. анализом можно вытащить кучу полезной информации. На самом деле не ранний, но средний и, само-собой, поздний апоптоз должен быть отлично виден. Но кому он нужен в клинике? Иное дело в исследовательской лаборатории. Там вместо наборов на Аннексин можно будет использовать инструмент. Учитывая стоимость наборов - есть шанс активно внедриться. Но, на мой несовершенный взгляд, господам разработчикам прямой резон стучаться как можно скорее в клинику. Хотя бы с одним, но верным тестом. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Леонид В @ 03.06.2010 23:44) Но, виноват, не смог найти в статье сравнение (стоимость, время, персонал) с классическим методом. Без этого .... сами понимаете. Классику даже сравнивать нет возможности, так как с ее помощью измеряется «температура в Париже». Измерение агрегации по измерению оптической плотности - это ни о чем. Если у Вас есть стабильно работающий прототип (в эпоху ранних наших с Вами контактов этого не было) и, главное, опыт его установки и обслуживания в удалённых лабораториях, то можно попробовать повернуть дело в конкретное русло. Тот прототип, который изображен на фотографиях - это третья генерация СПЦ. Наиболее удачная. Аспиранты легко работают на цитометре и обеспечивают профилактическое обслуживание. Студенты делают под их руководством лабораторные работы на цитометре. Однако опыта работы на СПЦ персонала, не прошедшего начальную подготовку в лаборатории, у нас нет. Для конкретной работы можно предложить два варианта: 1. Совместная аспирантура. 2. Пост-док позиция в вашей лаборатории. В обоих случаях необходимо вашей организации приобрести СПЦ. Срок изготовления- от 6 до 10 месяцев. Про стоимость я уже отвечал. В аспирантуру готов отправить своего сотрудника осенью. На пост-док позицию можно будет заслать через 1.5 года. По прежнему Ваш, «запасной аэродром» т.е. анализ поляризации представляется весьма переспективным. Да, там все очень интересно и неизвестно, хотя наши возможности в решении прямой задачи светорассеяния позволяют нам предсказывать результаты поляризационных экспериментов для очень сложных частиц. За лето должны получить обнадеживающие результаты. Могу также предложить подумать (если, конечно, Вы еще не ...) о дегрануляции нейтрофилов и тесте на общую «возбужденность» этих клеток (ранняя диагностика воспалительных процессов, «отсеивание» доноров крови, аллергические пробы. Последнее может иметь весьма солидное практическое применение. Весьма!) Спасибо. Это очень ценное предложение. К сожалению, оно несколько запоздало, чтобы организовать эту работу прямо сейчас. Дарья Орлова, которая специализировалась по нейтрофилам, сейчас в совместной аспирантуре с Институтом биофизики (Брно, Чехия) и переключилась на диффузию белков в клеточных ядрах. Но я обязательно постараюсь организовать такую работу в будущем, так как нийтрофилы - самые сложные клетки с точки зрения оптики и нам интересно на них испытывать возможности современной фундаментальной науки. В наше обсуждение по мере необходимости будут подключаться сотрудники лаборатории, с которыми можно детально обсуждать конкретные проблемы. |
slawas |
(Леонид В @ 03.06.2010 23:44) спасибо, очень интересно, хотя часть работ уже читал ранне, когда мы с Вами нащупывали почву для «плотного контакта». это очень интересно, но ... «страшно далеко от народа». Впрочем, при установке прибора в клинике можно, наверное, набрать базу данных по эритропатиям. Возможно что-нибудь интересное вылезет. Но нужен гематолог. Речь, разумеется, идёт не столько о статических, сколько о динамических характеристиках. Сугубо клиническое направление. Наверное микроскоп тоже в свое время был "страшно далек от народа" - а спустя энное время стал очень даже близок |
slawas |
(Леонид В @ 03.06.2010 23:44) Сугубо клиническое направление. Но, виноват, не смог найти в статье сравнение (стоимость, время, персонал) с классическим методом. Без этого .... сами понимаете. Всех и всяческих успехов на пути внедрения СканПЦ Вопрос о стоимости, конечно же, важен, но также важно обратить внимание на то, что в настоящий момент, насколько мы понимаем, в стандартных клинических диагностиках, когда речь идет про исследование тромбоцитарного статуса пациента, медики получают результаты в некоторых "попугаях". Такими попугаями являются, обычно, параметры изменения оптической плотности исследуемой пробы. А прямой и ясной физической интерпретации оптическая плотность в терминах констант димеризации тромбоцитов - нету. То есть медики по данным с агрегометрам вам говорят - "дорогой пациент, первый попугай вашей крови лежит в пределах нормы, а вот второй попугай - выходит за рамки нормы. Будем вас лечить." . А вот что это значит с точки зрения фундаментальных параметров, с точки зрения биокинетических констант процесса агрегации - совершенно неизвестно. Стараемся. И вот такие вот дискуссии, на мой взгляд, очень полезны для нас, биофизиков, чтобы узнать взгляды практиков со стороны биологии/медицины на возможные применения наших работ. Сообщение было отредактировано slawas - 04.06.2010 06:23 |
slawas |
(Дядя ФАКСер @ 02.06.2010 15:53) Да нет, вполне себе рутинный метод: С вашего позволения, позволю себе прокомментировать этот рутинный метод. Какие основные недостатки, с нашей точки зрения, существуют у этого метода? 1. Проведения методики в насыщающих концентрациях. Это требует больших расходов антител. 2. Даже если вы работаете в насыщающих концентрациях, вы все равно не видите все посадочные места, из-за существование обратной реакции. А какая ошибка может быть из-за неучета этого фактора - совершенно неизвестно до тех пор, пока вы не умеете определять кинетические константы этого процесса. 3. Раз вы не измеряете кинетику, значит вы не можете заметить долю возможного неспецифического взаимодействия исследуемых антител с рецепторами. А оно вполне может играть существенную роль, особенно в насыщающих концентрациях антител. 4. Есть еще один возможный недостаток, который может возникать в случаях большой плотности рецепторов на поверхности клеток. Если антитело, реагирующее с рецептором, после присоединения к рецептору закрывает за счет геометрических размеров не только "свой" рецептор, но и несколько соседних рецепторов, то по стационарным измерениям вы не сможете правильно оценить число посадочных мест. Вы получите сильно заниженную оценку числа рецепторов. Единственный вариант правильного исследования в таких случаях - это строить корректную кинетическую модель с учетом этого фактора и ставить кинетические эксперименты. p.s. На всякий случай уточню, что я - один из сотрудников лаборатории Dr. Maltseva Сообщение было отредактировано slawas - 04.06.2010 07:31 |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Леонид В @ 03.06.2010 23:44) Не нравится мне термин «внедрение». Внедрение - это проникновение в сопротивляющуюся среду. Предпочитаю использовать термин «коммерциализация». Хотя реально все процессы с СПЦ очень похожи на внедрение. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(slawas @ 04.06.2010 06:20) 1. Проведения методики в насыщающих концентрациях. Это требует больших расходов антител. 2. Даже если вы работаете в насыщающих концентрациях, вы все равно не видите все посадочные места, из-за существование обратной реакции. А какая ошибка может быть из-за неучета этого фактора - совершенно неизвестно до тех пор, пока вы не умеете определять кинетические константы этого процесса. 3. Раз вы не измеряете кинетику, значит вы не можете заметить долю возможного неспецифического взаимодействия исследуемых антител с рецепторами. А оно вполне может играть существенную роль, особенно в насыщающих концентрациях антител. 4. Есть еще один возможный недостаток, который может возникать в случаях большой плотности рецепторов на поверхности клеток. Если антитело, реагирующее с рецептором, после присоединения к рецептору закрывает за счет геометрических размеров не только "свой" рецептор, но и несколько соседних рецепторов, то по стационарным измерениям вы не сможете правильно оценить число посадочных мест. Вы получите сильно заниженную оценку числа рецепторов. Единственный вариант правильного исследования в таких случаях - это строить корректную кинетическую модель с учетом этого фактора и ставить кинетические эксперименты. 1) Как и любой стейнинг. Ничего страшного. Честно говоря, совершенно непонятна фраза про "большой расход антител". 2) Задача не "увидеть" посадочные места а количественно оценить число сайтов связывания. Само собой, "нет в мире совершенства", однако все вполне работает.Кинетика связывания "антитело- рецептор" тут никого не интересует. По сути, задача- "картирования" идет, апрори предполагая, что Кдисс. <<< Ксв. 3) К кинетике связывания сие не имеет никакого отношения. Для кинетических экспериментов в системе "лиганд-рецептор"- юзать FRET, к примеру 4) Само собой, однако: во-первых- в коньюгатах не полноразмерные антитела, а Fab-фрагменты "сшитые" с флуорохромом, во вторых- рецепторы не сидят никогда так плотно друг к другу, дабы создать вышеупомянутые стерические затруднения. |
VVolkov Постоянный участник |
Нда, очень продуктивный подход. Главное - биологически как замечательно. Вообще такой подход имеет какой-то смысл хотя бы? То есть - полученные результаты практически полезны хоть чуть-чуть и совпадают с другими методами? Про эритроциты и другие клетки - они часто слипшиеся плавают. Вы специальные проводили тесты на слипшиеся клетки - то есть показать что сигнал отличается (у Вас же все одна сфера будет с оболочкой - только диаметр разный). Повышать скорость - для чего? Всю кровь не посчитаете в организме (часы и сутки нужны для человека, например, - мышь меньше )? Название темы - полный абсурд. Один из примитивных методоффф. Спектофотометр увеличили и рекламу раздули. )) |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
Спектрофотометр тут совершенно ни при чем.
|
slawas |
(Дядя ФАКСер @ 04.06.2010 14:30) 1) Как и любой стейнинг. Ничего страшного. Честно говоря, совершенно непонятна фраза про "большой расход антител". 2) Задача не "увидеть" посадочные места а количественно оценить число сайтов связывания. Само собой, "нет в мире совершенства", однако все вполне работает.Кинетика связывания "антитело- рецептор" тут никого не интересует. По сути, задача- "картирования" идет, апрори предполагая, что Кдисс. <<< Ксв. 3) К кинетике связывания сие не имеет никакого отношения. Для кинетических экспериментов в системе "лиганд-рецептор"- юзать FRET, к примеру 4) Само собой, однако: во-первых- в коньюгатах не полноразмерные антитела, а Fab-фрагменты "сшитые" с флуорохромом, во вторых- рецепторы не сидят никогда так плотно друг к другу, дабы создать вышеупомянутые стерические затруднения. 1. Имеется ввиду "большой" по сравнению с тем, который мог бы быть, если использовать более экономичные варианты. Не в насыщении. Впрочем, некоторым это и правда может быть неважно, если стоимость расходников их не интересует. 2. Вообще-то нехорошо сравнивать между собой две величины, имеющих разную размерность. Если вас устраивает точность, ну например в 10-20%, то наверное можно и не обращать внимание на диссоциацию, но тогда на этом пути совершенства и не достичь. Сама по себе кинетика связывания "антитело-рецептор" - всего лишь инструмент, необходимый для получения количества сайтов связывания. 3. Немного вас не понял - почему неспецифическое взаимодействие не имеет отношения к кинетике? Вот смотрите, вы загоняете систему в насыщение. Помимо специфики возникает и неспецифика. Если вы смотрите это по паре стационарных концентрационных точек - вы этого не заметите. А в кинетике неспецифика будет заметна. 4. Наверное в большинстве реальных систем для большинства рецепторов это действительно так. Хотя, например, на фирменных латексах, покрытых антителами, такая ситуация вполне возможна, когда плотность посадки высока. (например сейчас мы работаем над одной модельной системой - агрегацией латексов, покрытых биотином. По предварительным данным получается что на латексе микронных размеров помещается более миллионов штук биотина, что соответствует тому, что на один биотин приходится площадь менее чем 1 кв. нанометр) Сообщение было отредактировано slawas - 04.06.2010 11:31 |
чайник555 Постоянный участник Сибир-р-р-ръ |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(slawas @ 04.06.2010 10:03) 1. Имеется ввиду "большой" по сравнению с тем, который мог бы быть, если использовать более экономичные варианты. Не в насыщении. Впрочем, некоторым это и правда может быть неважно, если стоимость расходников их не интересует. Если красить клетки "не в насыщении"- то не покрасишь, увы. Что поделать: у каждого метода свои рестрикции. (slawas @ 04.06.2010 10:03) 2. Вообще-то нехорошо сравнивать между собой две величины, имеющих разную размерность. Если вас устраивает точность, ну например в 10-20%, то наверное можно и не обращать внимание на диссоциацию, но тогда на этом пути совершенства и не достичь. Сама по себе кинетика связывания "антитело-рецептор" - всего лишь инструмент, необходимый для получения количества сайтов связывания. Видимо, Вы все таки не до конца поняли принцип метода. А принцип такой: все рецепторы- покрашены. Каждый коньюгат- несет в среднем известное количество молекул флуорохрома. А далее- просто сравнение с линейкой бидзов стандартной светимости (по MESF - собственно, потому то , вт основном, FITC используется в подобных китах). Точность - да, не лучше, чем 2хСV характеристического пичка. Кинетика в данной системе - за бортом. (slawas @ 04.06.2010 10:03) Имеет, имеет. Просто задача совершенно другая. (slawas @ 04.06.2010 10:03) 4. Наверное в большинстве реальных систем для большинства рецепторов это действительно так. Хотя, например, на фирменных латексах, покрытых антителами, такая ситуация вполне возможна, когда плотность посадки высока. (например сейчас мы работаем над одной модельной системой - агрегацией латексов, покрытых биотином. По предварительным данным получается что на латексе микронных размеров помещается более миллионов штук биотина, что соответствует тому, что на один биотин приходится площадь менее чем 1 кв. нанометр) Так нас и интересует реальная система, т.е.- клетка. |
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема » |