Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Контаминация настигла(
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 17.01.2012 03:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

(vb @ 16.01.2012 01:14)
Ссылка на исходное сообщение  жесть. ну люди то ладно, они живучие, а пластик и железо такого не переносят. обычно такой способ применяется для тотал дезинфекции инфекционных боксов после инфицированных 1-2 группой. потом меняют весь инвентарь, включая электропроводку.


Именно с 1-2 группой и работаем, а также 3-ей и 4-ой. И ничего не меняли после дезинфекции, все фунциклирует.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 17.01.2012 16:32     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

(campus @ 17.01.2012 04:23)
Ссылка на исходное сообщение  Именно с 1-2 группой и работаем, а также 3-ей и 4-ой. И ничего не меняли после дезинфекции, все фунциклирует.

Но от контаминации не избавились, конечно smile.gif . Но только честно?
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 18.01.2012 05:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

Избавились на пару месяцев, а потом опять полезло weep.gif Не совсем понятно, это новая контаминация тем же самым была или первая очухалась после формамида confused.gif
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 18.01.2012 09:18     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

-- очухалась после формамида

Ну, вот опять формалин путают то с фенолом, то формамидом. ЭЭЭХ!
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.01.2012 09:53     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

(campus @ 18.01.2012 06:36)
Ссылка на исходное сообщение  Избавились на пару месяцев, а потом опять полезло weep.gif  Не совсем понятно, это новая контаминация тем же самым была или первая очухалась после формамида confused.gif

Формалин, он же конц. формальдегид, очень сильно отличается от формаМИДА и, тем более, от фенола... Что было то? Подозреваю все-таки был формалин. yes.gif
Пары формалина способны модифицировать ДНК так, что некоторым полимеразам она становится недоступной матрицей. Но не всем полимеразам и не на 100% недоступной.
Контаминация очухалась с ТЕМИ же праймерами?
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.01.2012 09:56     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

(guest: ммм @ 18.01.2012 10:18)
Ссылка на исходное сообщение  -- очухалась после формамида

Ну, вот опять формалин путают то с фенолом, то формамидом. ЭЭЭХ!

Хорошо, что не с пиридином - это еще та вонючка, чемпион среди вонючен. От одного названия тошнит. eek.gif
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 18.01.2012 10:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

to ммм: Виноват, ошибся с названием во втором посте! Конечно, это был формалин.


to Ъ: Контаминация очухалась с ТЕМИ же праймерами?
- ага, с теми же родоспецифичными праймерами.


Хорошо, что не с пиридином - это еще та вонючка, чемпион среди вонючен.
-а есть чудесная субстанция, меркаптоэтанол называется. Одного мкл достаточно для вони по всей лабе.
Участник оффлайн! CowDoc
Постоянный участник
Middle East



 прочитанное сообщение 18.01.2012 10:51     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

(campus @ 16.01.2012 05:17)
Ссылка на исходное сообщение  есть один жуткий и вонючий способ))) открытую банку с формалином на горелку, пущай выкипает 30-60 мин. Правда вонять потом несколько недель будет, хоть запроветривайся. Теоретически должен убивать ФСЕ  yes.gif
жесть. ну люди то ладно, они живучие, а пластик и железо такого не переносят. обычно такой способ применяется для тотал дезинфекции инфекционных боксов после инфицированных 1-2 группой. потом меняют весь инвентарь, включая электропроводку.
Именно с 1-2 группой и работаем, а также 3-ей и 4-ой. И ничего не меняли после дезинфекции, все фунциклирует.

люди, "специалисты", вы чё? вас кто учил? вы, что не знаете, что в каждой ПРОИЗВОДСТВЕННОЙ лаборатории, научной, работающей с любыми патогенными микроорганизмами ДОЛЖЕН быть график проведения дезинфекций, и он должен соблюдаться, почитайте Guide to inspections of validation of cleaning processes и пр. правила.
Весь мир, до сих пор, и Европа, и Штаты, и пр., не смотря на все визги охран труда, пользуются формалином, ну кто побогаче, газообразным Н2О2, есть еще море альтернатив, но эти лучшие! И ничего с проводкой даже за десятки лет не происходит, если помещение правильно построено. И даже, если там действительно!!! работают с 1 и 2ой группами (а не как здесь сказки рассказывают и дезинфекцию раз в 3 мес. проводят). Или они до сих пор лампочками синенькими светят, и считают это эффективной обработкой помещений?
Просто, надо проводить дезинфекцию планово и после каждого рабочего процесса, в конце раб. дня (или если можно реже - каждую пятницу)))). А если у вас нет денег на газ-Н2О2 систему, то фарм. нейтрализуйте аммиачком (есть простые системы для этого, или по бедности, как делал я в детстве, два таймера, две независимые через таймеры электроконфорки, на одной фармол, на др. аммиак).
ссылочка на вскид http://www.themicrobiologyblog.com/2009/08...ization-by.html и уже готовых СОП-ов в сети полно
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.01.2012 11:49     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

(CowDoc @ 18.01.2012 11:51)
Ссылка на исходное сообщение  люди, "специалисты", вы чё? вас кто учил? вы, что не знаете, что в каждой ПРОИЗВОДСТВЕННОЙ  лаборатории, научной, работающей с любыми патогенными микроорганизмами ДОЛЖЕН  быть график проведения дезинфекций, и он должен соблюдаться, почитайте Guide to inspections of validation of cleaning processes и пр. правила.
Весь мир, до сих пор, и Европа, и Штаты, и пр., не смотря на все визги охран труда, пользуются формалином, ну кто побогаче, газообразным Н2О2, есть еще море альтернатив, но эти лучшие! И ничего с проводкой даже за десятки лет не происходит, если помещение правильно построено. И даже, если там действительно!!! работают с 1 и 2ой группами (а не как здесь сказки рассказывают и дезинфекцию раз в 3 мес. проводят). Или они до сих пор лампочками синенькими светят, и считают это эффективной обработкой помещений?
Просто, надо проводить дезинфекцию планово и после каждого рабочего процесса, в конце раб. дня (или если можно реже - каждую пятницу)))). А если у вас нет денег на газ-Н2О2 систему, то фарм. нейтрализуйте аммиачком (есть простые системы для этого, или по бедности, как делал я в детстве, два таймера, две независимые через таймеры электроконфорки, на одной фармол, на др. аммиак).
ссылочка на вскид http://www.themicrobiologyblog.com/2009/08...ization-by.html и уже готовых СОП-ов в сети полно

Доктор, речь не о дезинфекции и борьбе с патогенными микроорганизмами! no.gif
Речь идет о нейтрализации ДНК-матрицы в ПЦР, т.е. о контаминации в ПЦР! no.gif
Ее по другому называют "carry-over contamination in PCR" и борются с ней во всем мире, в том числе и в омериге, по-другому - комплекс мер, но больше профилавтических (пожар легче предотвратить, чем тушить umnik.gif ).
Конечно, насыщенные пары формалина и перекиси могут модифицировать чистую ДНК..., но я представил Реал Тайм Термоциклер и NGS-секвенатор в дыму формалина или озона... confused.gif mad.gif
Участник оффлайн! CowDoc
Постоянный участник
Middle East



 прочитанное сообщение 18.01.2012 12:16     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

так в том то и дело!!! что легче предотвратить!!! и это в равной степени относится к правилам в ПЦРной лабе!!! Ибо - КОНТАМИНАЦИЯ хоть продуктами, хоть фрагментами, ..., она и есть!!! А то потом начинаю сказки придумывать ...
ибо до сих пор, любимое развлечение (правда это уже мои сотрудники делают), разливаешь из одной пробирки по 10 (положительные и отрицательные пробы) и отдаешь ПЦР-щикам. Оооочень интересные результаты получаются, особенно, у многостаночников, которые зарабатывают от поставленных исследований. Так сказать, внутренний валидационный тест ))) Как потом завы этих лаб визжат (был случай лет 10 взад), когда им показываешь, что не все гладко в датском королевстве )))
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.01.2012 12:23     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

(campus @ 18.01.2012 11:36)
Ссылка на исходное сообщение  to ммм: Виноват, ошибся с названием во втором посте! Конечно, это был формалин.
to Ъ: Контаминация очухалась с ТЕМИ же праймерами?
- ага, с теми же родоспецифичными праймерами.
Хорошо, что не с пиридином - это еще та вонючка, чемпион среди вонючен.
-а есть чудесная субстанция, меркаптоэтанол называется. Одного мкл достаточно для вони по всей лабе.

Два совета:
1. Если это возможно, меняйте (модифицируйте) праймеры. Достаточно поменять один. Как правило, новые праймеры всегда лучше старых (мы сами становимся умнее wink.gif ),
2. Регулярно меняйте ПИПЕТКУ на пробоподготовке. Имеется ввиду именно ту пипетку, которой добавляете выделенную ДНК-матрицу к ПЦР мастермиксу.
Научитесь делать плавные движения большим пальцем smile.gif , когда пипетируете...
Бороться с ампликонами нынче не модно - век Реал Тайм ПЦР.

пыс: ну да, я о МЭ ничего не знаю wink.gif - цветочки!
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 19.01.2012 04:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

Два совета:
1. Если это возможно, меняйте (модифицируйте) праймеры. Достаточно поменять один. Как правило, новые праймеры всегда лучше старых (мы сами становимся умнее wink.gif ),

А какая разница, какие праймеры, если засер ДНК?

2. Регулярно меняйте ПИПЕТКУ на пробоподготовке. Имеется ввиду именно ту пипетку, которой добавляете выделенную ДНК-матрицу к ПЦР мастермиксу.
Научитесь делать плавные движения большим пальцем smile.gif , когда пипетируете...
Бороться с ампликонами нынче не модно - век Реал Тайм ПЦР.

Есть некоторые скубенты, которых учить "делать плавные движения", все равно что wall.gif

Откуда все-таки уверенность про ампликоны, Ъ?

"Доктор, речь не о дезинфекции и борьбе с патогенными микроорганизмами!"

Абсолютно верно, я про работу в БМЗ слова не написал.
Участник оффлайн! DK.
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.01.2012 21:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

(campus @ 19.01.2012 03:32)
А какая разница, какие праймеры, если засер ДНК?
- ампликонами... ну может занести weep.gif , но чтобы ДНК! - это же как исхитриться надо!
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 20.01.2012 05:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

(DK. @ 19.01.2012 11:33)
Ссылка на исходное сообщение  - ампликонами... ну может занести weep.gif , но чтобы ДНК! - это же как исхитриться надо!


Если очень хочешь, своего добьешься! cool.gif

А если серьезно, то праймеры на разные гены одного и того же организма срабатывали одинаково - все пробы положительные, включая отрицательный контроль. Поэтому и предположение о ДНК, хотя это тоже спорно, может человек очень качественно умеет контаминировать ампликонами, хз.
Сначала скубент работал с одной парой праймеров на ген А, пошел засер, все обработали, через пару недель продолжил работать, через 1,5-2 месяца опять засер. Меняли реактивы, праймеры и их стоки - без разницы. Взяли другую пару праймеров на ген В, пара недель все хорошо, потом опять засер. Опять меняли все что можно, включая пипетки, ситуация такая же. Все отмыли, скубента в отдельный ламинар, там через какое-то время опять засер. Скубент уже пару месяцев ручками не работает и все чисто.
Посмотрим, что буде дальше.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.01.2012 11:50     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

(DK. @ 19.01.2012 22:33)
Ссылка на исходное сообщение  - ампликонами... ну может занести weep.gif , но чтобы ДНК! - это же как исхитриться надо!

Когда в день от 100 до 1000 ДНК в день, и "хитрить" не надо. Как Кампус говорит - засрёте пипетку как нечего делать. yes.gif
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.01.2012 11:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

скубент, черт. Это что, опять свободомыслие экспонируете? Нормальный язык недоступен. Советов 2- а) скубента расстрелять б) читать Гоголя для улучшения языка и головы
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.01.2012 12:24     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

campus,
1. если контаминация ампликонами - меняем праймер(ы) и больше ничего не придумаешь и дешевле всего... Чтобы исключить контаминацию ампликонами, нужно следить за перемещением пипеток в помещениях. Желательно завести отдельную пипетку под КАЖДЫЙ используемый раствор (из кита или собственные растворы), а пипетку для фореза привязать металлической цепочкой к столу с форезной камерой. frown.gif Все меры с антиаэрозольными фильтрами и UNG ферментом 100% гарантии не дают - развод на деньги...
2. Если настигла Вас контаминация ДНК-матрицей, то бишь кросс-контаминация исследуемой ДНК - меняем пипетку, "моем формалином". eek.gif
Чтобы предотвратить кросс-контаминацию используем пипетку с "позитивным вытесненем" или пипетку без сбрасывателя, т.е. носик снимает левой рукой (если правша) и только после этого плавно отжимаем тот самый Большой палец. smile.gif. Нервных скубентов - на исправительные (подходящие) работы. smile.gif
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 20.01.2012 13:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

(-Ъ- @ 20.01.2012 02:24)
Ссылка на исходное сообщение  campus,
1. если контаминация ампликонами - меняем праймер(ы) и больше ничего не придумаешь и дешевле всего... Чтобы исключить контаминацию ампликонами, нужно следить за перемещением пипеток в помещениях. Желательно завести отдельную пипетку под КАЖДЫЙ используемый раствор (из кита или собственные растворы), а пипетку для фореза привязать металлической цепочкой к столу с форезной камерой. frown.gif  Все меры с антиаэрозольными фильтрами и UNG ферментом 100% гарантии не дают - развод на деньги...
2. Если настигла Вас контаминация ДНК-матрицей, то бишь кросс-контаминация исследуемой ДНК - меняем пипетку, "моем формалином". eek.gif
Чтобы предотвратить кросс-контаминацию  используем пипетку с "позитивным вытесненем" или пипетку без сбрасывателя, т.е. носик снимает левой рукой (если правша) и только после этого плавно отжимаем тот самый Большой палец. smile.gif. Нервных скубентов - на исправительные (подходящие) работы. smile.gif


Во многом согласен с Вами, но "завести пипетку под каждый используемый раствор" не имеем физической возможности. Я только недавно добился (!), чтобы у каждого был свой набор пипеток, но в случае со скубентом это не помогло. А форезная у нас не то что в соседнем блоке, а на другом этаже и, есессвенно, с отдельным набором пипеток.
А вот насчет рукой снимать носик, так это вообще пипец будет, устряпает всё!
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.01.2012 18:34     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #69 множественное цитирование

(campus @ 20.01.2012 14:06)
Ссылка на исходное сообщение  Во многом согласен с Вами, но "завести пипетку под каждый используемый раствор" не имеем физической возможности. Я только недавно добился (!), чтобы у каждого был свой набор пипеток, но в случае со скубентом это не помогло. А форезная у нас не то что в соседнем блоке, а на другом этаже и, есессвенно, с отдельным набором пипеток.
А вот насчет рукой снимать носик, так это вообще пипец будет, устряпает всё!

У каждого свой набор - это само собой! А как же иначе. confused.gif
В крайнем случае для дорогостоящих компонентов (праймеров, нуклеотидов, "добавок", Магния и др.) должна быть одна, а для всякой ДНК, особенно плазмидной, - ДРУГИЕ.
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 20.01.2012 18:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #70 множественное цитирование

праймеры, нуклеотиды, магний, разве это дорогостоящие компоненты? Вот кабы для ревертазы, полимеразы, да под микс сиквенсовой, та да, для дорогостоящих yes.gif

с тяпницей, Ъ beer.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.01.2012 19:01     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #71 множественное цитирование

(campus @ 20.01.2012 19:55)
Ссылка на исходное сообщение  праймеры, нуклеотиды, магний, разве это дорогостоящие компоненты? Вот кабы для ревертазы, полимеразы, да под микс сиквенсовой, та да, для дорогостоящих  yes.gif

с тяпницей, Ъ  beer.gif

Действительно, я же совсем про ферменты-антитела забыл. В тяпницу вечером голова квадратная eek.gif
Спасибо! beer.gif
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 20.01.2012 19:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #72 множественное цитирование

и завтра не работать!!! umnik.gif
Участник оффлайн! DK.
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.01.2012 18:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #73 множественное цитирование

(-Ъ- @ 20.01.2012 11:24)
Ссылка на исходное сообщение  campus,
1. если контаминация ампликонами - меняем праймер(ы) и больше ничего не придумаешь и дешевле всего... Чтобы исключить контаминацию ампликонами, нужно следить за перемещением пипеток в помещениях. Желательно завести отдельную пипетку под КАЖДЫЙ используемый раствор (из кита или собственные растворы), а пипетку для фореза привязать металлической цепочкой к столу с форезной камерой. frown.gif  Все меры с антиаэрозольными фильтрами и UNG ферментом 100% гарантии не дают - развод на деньги...
- вдобавок, эффективны только, если все в лаборатории перешли на UNG.
А если, вдобавок ко всем прочим мерам, поместить всю пост-ПЦР ( по существу, только открывание проб и форез) под тягу - это не снизит вероятность контаминации? Мы у себя так и сделали - вроде, пока эта..., не к вечеру будь помянута, не настигла - но не исключено, что это "дутье на воду" smile.gif .
Участник оффлайн! nkkrg




 прочитанное сообщение 14.03.2012 09:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #74 множественное цитирование

Не смог почему то создать отдельную тему, поэтому пишу тут:

Уже около года бьюсь с одной проблемой.

Опишу все с самого начала, и с чего все началось. Я работаю с риккетсиозами, детектирую их при помощи ПЦР, а изначальный материал - это клещи, из которых готовлю суспензии (по стандартной методике, как обычно, не пулами), затем выделяю из суспензий ДНК, затем ПЦР, электрофорез, и, если повезет, чищу пробы и секвенирую. Начал работать с ними примерно с февраля прошлого года, примерно до мая все было хорошо, но потом началось что то странное. По видимому на каком то этапе произошла контаминация, сейчас уже не представляется возможным установить, где она была и что было загрязнено, но после этого на электрофореграммах стал светиться отрицательный контроль, сначала бледно, но потом все ярче и ярче. Сразу говорю, что ПЦР тест систем на риккетсии нет, по крайней мере я не слышал, положительного контроля соответственно тоже нет, поэтому приходится все подбирать вручную, концентрацию реагентов, условия под праймеры и т.д. Я пользуюсь определенными ПЦР наборами со стандартными наборами реагентов (буфер, магний, dntp и т.д.), поначалу работал с одной парой праймеров, конкретно на участок гена rOmpB, потом заказал на rOmpA, но вообще в самом начале ставил на 16S, и только потом отбирал положительные и прогонял по rOmpB, потом от этого отказался, т.к. стало не целесообразно.

Конкретно про контаминацию: что только не перепробовал, ПЦР наборы неоднократно заменялись новыми, стоки праймеров и разведенный праймеры тоже, лаборатория и все боксы дважды обрабатывались формалином, все пипетки тоже, амплификатор также обрабатывался, ничего не помогло. Правда, какое то время после обработки формалином отриц. контроль перестал светиться, но потом опять все вернулось, как было. Пробовал даже ставить в другом боксе, который изолирован от тех, в которых я работал раньше и туда никак не могла залезть ДНК (или что это?), по началу не светилось, я даже просеквенировал несколько проб, но потом в итоге выяснилось, что нуклеотидные последовательности одного участка гена (rOmpB) у разных проб полностью идентичны, хотя я специально отбирал для этого материал с разных районов, расстояние между которыми очень огромное, это говорит о том, что пробы загрязнены.

Вот буквально недавно отобрал абсолютно других клещей, сделал суспензии, выделил ДНК, поставил ПЦР, все равно светиться, обидно, уже почти год работаю в пустую, только трачу реактивы, а контаминация все еще есть. Я просто уже не знаю, где и на каком этапе она попадает в пробирки, т.к. работаю максимально аккуратно, даже когда только начинал, не так аккуратно работал, но такого не было никогда. Что можете посоветовать?
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.03.2012 10:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #75 множественное цитирование

закажите внешний аудит. Из ваших объяснений и описаний ясно только то, ЧТО ВЫ описываете и объясняете. Нужен свежий взгляд прямо на месте. Иначе совет один- вырастите делянку конопли, далее- по назначению, все веселее будет, а из ботвы сделайте отличную веревку и...
Guest
IP-штамп: frBHAZip1zz5U
гость



 прочитанное сообщение 14.03.2012 10:37     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #76 множественное цитирование

ПЦР-ТС на риккетсии есть =) пипеточки и наконечники у Вас все с фильтрами?
По-видимому, пробы у Вас уже тоже "подзагажены"
Участник оффлайн! vtosha
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.03.2012 14:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #77 множественное цитирование

Какой длины контаминирующая полоска?
Форезы светятся на уровне предположительно контаминирующего фрагмента или на других длинах тоже?
Работаете в перчатках-халатах? Достаточно ли интенсивно меняются перчатки и стираются халаты?

Сообщение было отредактировано vtosha - 14.03.2012 14:18
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 14.03.2012 14:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #78 множественное цитирование

(Guest @ 14.03.2012 00:37)
Ссылка на исходное сообщение  ПЦР-ТС на риккетсии есть =) пипеточки и наконечники у Вас все с фильтрами?
По-видимому, пробы у Вас уже тоже "подзагажены"


На какие риккетсии? Наборы какой фирмы? Ссылочку скиньте, плиз.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.03.2012 21:49     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #79 множественное цитирование

(Guest @ 14.03.2012 11:37)
Ссылка на исходное сообщение  ПЦР-ТС на риккетсии есть =) пипеточки и наконечники у Вас все с фильтрами?
По-видимому, пробы у Вас уже тоже "подзагажены"

Это точно... frown.gif
Я бы перешел на другие праймеры, с другой рамки.
Если же Вы сами и секвенируете ампликоны напрямую, то это финиш... Ничего не поможет.
Короче, ррезать нада... tongue.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.03.2012 21:55     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #80 множественное цитирование

(vtosha @ 14.03.2012 15:17)
Ссылка на исходное сообщение  Какой длины контаминирующая полоска?
Форезы светятся на уровне предположительно контаминирующего фрагмента или на других длинах тоже?
Работаете в перчатках-халатах? Достаточно ли интенсивно меняются перчатки и стираются халаты?

В приличных домах халаты не стирают... umnik.gif
Про интенсивность смены перчаток - прекрасный совет. Чем чаще, тем лучше. umnik.gif
А я сам так и не привык к перчаткам и, вообще, не люблю эти резино-силиконовые изделия. wink.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.03.2012 21:57     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #81 множественное цитирование

(campus @ 14.03.2012 15:53)
Ссылка на исходное сообщение  На какие риккетсии? Наборы какой фирмы? Ссылочку скиньте, плиз.

На все, т.е. генеральную. yes.gif У меня есть, популярный кит, кстати...
Участник оффлайн! nkkrg




 прочитанное сообщение 15.03.2012 03:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #82 множественное цитирование

Наконечники само собой с фильтрами используются, светится полоска на уровне искомых фрагментов (около 390 bp), т.е. на том же уровне, что и положительные пробы. Форез ставлюя< ZF0чатках и халате, меняю достаточно часто, но это вряд ли контаминация на уровне форезной комнаты, т.к. я проверял саму тест систему и праймеры без ДНК матрицы, т.е. просто вносил в пробирки голые реактивы и праймеры (сначала думал, что быть может праймеры или их стоки загажены), но все ок, на форезе выход праймеров отчетливо виден, отриц. контроль не светится, значит это все таки загрязнения идет на этапе замешивания ПЦР.
Участник оффлайн! Nett
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.03.2012 10:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #83 множественное цитирование

Голые реактивы и праймеры не светятся, но отрицательный контроль положителен? confused.gif или всё же отрицателен?
Значит так. Берётся по очереди каждый из реагентов Вашей самосборной "тест-системы", пцрится с другими, чистыми миксами в максимально удалённом месте (но опять же, если источником контаминации была пипетка, она уже во всё Вам успела "нафукать")
Что-то я сомневаюсь, что при хронической контаминации Вам поможет простой переход на изогеновскую ТС, по крайней мере, пока источник не установили frown.gif
Реамплификацией не занимались?
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.03.2012 14:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #84 множественное цитирование

и прически сотрудников сделать макс. короткими, бороды- убрать, что торчит- под шапку, и тп. На всем сидит ДНК!!!
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.03.2012 14:42     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #85 множественное цитирование

(Nett @ 15.03.2012 11:04)
Ссылка на исходное сообщение  Голые реактивы и праймеры не светятся, но отрицательный контроль положителен? confused.gif или всё же отрицателен?
Значит так. Берётся по очереди каждый из реагентов Вашей самосборной "тест-системы", пцрится с другими, чистыми миксами в максимально удалённом месте (но опять же, если источником контаминации была пипетка, она уже во всё Вам успела "нафукать")
Что-то я сомневаюсь, что при хронической контаминации Вам поможет простой переход на изогеновскую ТС, по крайней мере, пока источник не установили frown.gif
Реамплификацией не занимались?

eek.gif Они секвенированием занимались yes.gif . eek.gif
Участник оффлайн! campus
Участник
Иркутск



 прочитанное сообщение 16.03.2012 13:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #86 множественное цитирование

(-Ъ- @ 14.03.2012 11:57)
Ссылка на исходное сообщение  На все, т.е. генеральную. yes.gif У меня есть, популярный кит, кстати...


так что за кит все-таки? самосборный или коммерческий?
Guest
IP-штамп: frBHAZip1zz5U
гость



 прочитанное сообщение 16.03.2012 13:41     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #87 множественное цитирование

Коммерческий (см.прайсы литеха - изоген)
Участник оффлайн! Малина Малиновна




 прочитанное сообщение 18.10.2018 14:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #88 множественное цитирование

Подскажите какие существуют официальные нормативные документы либо др. по смывам в ПЦР- лаборатории, и все что может регламентировать порядок проведения смывов. Естественно при подозрении на контаминацию, и др. понятно. А вот есть что то прописано в рекомендациях, либо др. документах обязательных к исполнению, типа СанПин и прочее? Очень надо к понедельнику!!!
Участник оффлайн! Малина Малиновна




 прочитанное сообщение 18.10.2018 14:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #89 множественное цитирование

подскажите где почитать хорошие статьи о ПЦР ВИЧ, гепатитах
Участник оффлайн! Малина Малиновна




 прочитанное сообщение 18.10.2018 15:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #90 множественное цитирование

Еще вопрос: в инструкции предусмотрена выдача результатов ПЦР (доноры) - либо отр-, либо пол+. Если проба из трех постановок один раз пошла на поздних циклах (но все же +!), и два раза отрицательная - можно выдавать "сомнительная" и пусть разбирается инфекционист. Если бы не касалось донорской крови вопросов бы не было, Спасибо заранее!!
Участник оффлайн! Bear
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.10.2018 15:25     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #91 множественное цитирование

(Малина Малиновна @ 18.10.2018 15:51)
Ссылка на исходное сообщение  Подскажите какие существуют официальные нормативные документы либо др. по смывам в ПЦР- лаборатории, и все что может регламентировать порядок проведения смывов. Естественно при подозрении на контаминацию, и др. понятно. А вот есть что то прописано в рекомендациях, либо др. документах обязательных к исполнению, типа СанПин и прочее? Очень надо к понедельнику!!!


Вы очень сумбурно пишите! Вот, например. есть ГОСТ:
http://docs.cntd.ru/document/1200064166
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 18.10.2018 15:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #92 множественное цитирование

И это уровень профессионализма в российской молекулярно диагностической лаборатории? Дикий ужас и полный трындец.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 19.10.2018 09:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #93 множественное цитирование

Методические указания МУ 3.1.3342-16 "Эпидемиологический надзор за ВИЧ-инфекцией" (утв. Главным государственным санитарным врачом РФ 26 февраля 2016 г.)

ГАРАНТ.РУ: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/do.../#ixzz5UM9lf7pP

Постановление Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 11 января 2011 г. N 1 г. Москва "Об утверждении СП 3.1.5.2826-10 "Профилактика ВИЧ-инфекции"

https://rg.ru/2011/04/15/sp-spid-dok.html

Национальный стандарт Российской Федерации. Технологии лабораторные клинические. Обеспечение качества клинических лабораторных исследований. Часть 2. Руководство по управлению качеством в клинико-диагностической лаборатории. Типовая модель
https://www.mediasphera.ru/issues/laborator...2305-2198201236

Другой можно найти здесь http://aidsamur.ru/index.php/spec/docs
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 19.10.2018 09:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #94 множественное цитирование

(Малина Малиновна @ 18.10.2018 12:56)
Ссылка на исходное сообщение  подскажите где почитать хорошие статьи о ПЦР ВИЧ, гепатитах

Курсы повышения квалификации:
http://www.interlabservice.ru/service/education/address.php
Если Вы хотите работать, а не кидать реплики на молбиоле, справка об окончании таких курсов обязательна.
На курсах литературу дадут.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 19.10.2018 10:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование

(Малина Малиновна @ 18.10.2018 13:13)
Ссылка на исходное сообщение  Еще вопрос: в инструкции предусмотрена выдача результатов ПЦР (доноры) - либо отр-, либо пол+.  Если проба из трех постановок один раз пошла на поздних циклах (но все же +!), и два раза отрицательная - можно выдавать "сомнительная" и пусть разбирается инфекционист. Если бы не касалось донорской крови вопросов бы не было, Спасибо заранее!!

Возможные причины:
1. Начало заражения малая вирусная нагрузка.
2. Контаминация в воздухе
3. "Руки не оттуда" снимается отсутствием сигнала на ранних циклах.

Необходимо провести подтверждающий на Вестерн блоте, как при положительной пробе.
Даже если он отрицательный, все равно проверка донора через полгода на ВИЧ. Если мы говорим о ВИЧ, а не о вирусе гепатита.
Контаминация в одной пробе редкость, обычно идет косяком ложноположительное.
И, главное, наши советы просто советы, инфекционист должен знать о положительной пробе. Несмотря на "поздние циклы".
Участник оффлайн! бутанол
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 27.10.2018 18:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #96 множественное цитирование

ага и ДНК к формалину наиболее устойчивый биополимер. Например из парафиновых блоков и фиксированного материала вполне себе ПЦРится. Не блестяще но..

Как версия. Ампликон в к- более эффективно сорбируется пластиком.. и поэтому реакция отрицательна, а в пробах соответственно- нет.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  12.11.2021 18:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #97 множественное цитирование

http://www.authorstream.com/Replicawatches24/
https://about.me/Replicawatches24
https://moz.com/community/users/17050093
https://trello.com/rolexrelicawatches/activity
https://replicarolexwatches.dreamwidth.org/365.html
https://visual.ly/users/watcheshutuk/portfolio
https://www.viki.com/users/watcheshutuk_549/about
https://www.academia.edu/s/14bdb7d4fe?source=link
https://www.slideshare.net/Nowseore/guide-o...ex-watch-online
https://audiomack.com/rolexrelicawatches
https://soundcloud.com/replicarolexwatches
https://www.bagtheweb.com/u/fakerolexwatches/profile
https://www.flipsnack.com/ReplicawatchesUK/...ca-watches.html
https://www.4shared.com/office/zA4L7Rmzea/G...hase_a_Fak.html?
https://codepen.io/Rolexrelicawatches/full/abBEzaQ

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 16:20
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft