Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* multiple alignment online
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Vladislav
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.01.2003 03:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Никто не знает где самый быстрый сервер по Mutiple Alignment?
Пробовал на EMBL-EBI и московском GeneBee сравнить ~100 последовательностей. Ждать пришлось примерно 1-1.5 час на первом и 3-4 на втором. Вообщем, никто не подскажет (хотя бы субъективно) самого быстрого сервера?

[ 12.01.2003, 05:32: Сообщение отредактировано: Vladislav ]
Участник оффлайн! Husker
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.01.2003 10:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Для 100 последовательностей (от длины конечно завамсит) 1 час не так уж плохо. Скажем на нашем seqlab GCG сервере днём 50 сиквенсов 400аа минут 10 считает, ночью конечно быстрее. Если нормальный комп -хотя бы 128М оперативки и не меньше 1G процессор - проще Phylip или Molphy поставить точно быстрее будет. К тому же если для деревьев - они статистику считают.
Участник оффлайн! petermoz
Участник



 прочитанное сообщение 12.01.2003 15:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Вот-вот, частенько лучше и быстрее оказывается у себя считать. А то как-то раз наш институт за такие вот (похожие) шалости от нсибиаевскового бласта чуть ли не на неделю отключили.
Участник оффлайн! Vladislav
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.01.2003 23:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

to Husker
Есть ли какие причины почему Clustalx не упомянут? Если так хорошо программы знаешь, не подскажешь какая может обрабатывать и смысловую и комплементарную последовательность. А то после сиквенирования контиги как попало собираются - то в прямой, то в обратной ориентации. Переворачивать все это в Vector NTI - лень.
А Phylip и Molphy я попробую.
Участник оффлайн! Husker
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.01.2003 15:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Clustal входит в пакет GCG, и кстати из всех GCG програм мне больше всего PileUp нравится. Наверно это дело вкуса.
по поводу контигов - не знаю - я с белками работаю
А, ещё, Molphy только из-под Юникса работает
pavzi.com
IP-штамп: frupz9qyiagyw
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  17.01.2024 15:50     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Pavzi.com provides all the news about Gadgets, the Economy, Technology, Business, Finance and many more. The main concept or our aim behind this website has been the will to provide resources with full information on each topic which can be accessed through the Internet. To ensure that every reader gets what is important and worthy about the topic they search and link to hear from us.pavzi.com Our site is a multiple Niche or category website which will ensure to provide information and resources on each and every topic. Some of the evergreen topics you will see on our website are Career, Job Recruitment, Educational, Technology, Reviews and others.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 30.03.24 10:51
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft