Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: R-J-Dio, breznak, Acer-X
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.12.2019 16:42     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

По порядку номеров:
1.1 Да
1.2 Да
1.3 Да-да-да. Последнее - не в России.
1.4 Да. И да (не в России).
1.4.2 Особых проблем нет, но есть нюансы, с которыми придётся разбираться.
1.5 Смысл есть. Заниматься некому.
1.6 Нанопорщики ещё долго не смогут монополизировать рынок. Но со временем смогут урвать его львиную долю.
1.7 AXBIO может значительно повысить и точность, и производительность нанопорового секвенирования. Но это только теоретически. Практически - узнаем в следующем году.

Сообщение было отредактировано genseq - 06.12.2019 16:43

Картинки:
картинка: H_L.png
H_L.png — (378.82к)   

Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 08.12.2019 14:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Генсек, смотря для чего. Для того же метабаркодинга нанопоры в ближайшем будущем не смогут обеспечить должную производительность (за разумные деньги). А вот если кондуктометрический ГенапСис сможет "подвинуть по цене" Иллюмину и ИонТоррент - вот это будет очень интересно. По крайней мере уже имеет смысл "запастись попкорном" и начать искать несколько нелишних млн.руб. - высокопроизводительное секвенирование должно стать доступнее.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.12.2019 18:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

А какая нужна производительность для метабаркодинга?
https://nanoporetech.com/about-us/news/ncm-...ate-clive-brown
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 09.12.2019 21:42     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): гиперзвук
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.12.2019 09:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(dk @ 09.12.2019 19:42)
Ссылка на исходное сообщение  Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают.  Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.

1. Главное в нанопоровой технологии - очень низкая себестоимость секвенирования, которая после появления конкурентов приведёт к снижению его стоимости.
2. Пора помирает, но сейчас уже не через несколько "протяжек", а через несколько сотен (или даже тысяч) "протяжек" (ридов).
3. Нынешние нанопоры уже неплохо справляются и с короткими ридами. А если нужно увеличить общее количество коротких ридов, то их сшивают. И секвенируют длинными ридами.
4. Число ошибок медленно, но верно снижается. Сейчас однократное чтение даёт меньше 95% ошибок на ДНК большинства бактерий и 94% на ДНК человека. Качество многократного чтения (>40) превышает Q40, а с нанопорами десятой серии перевалило за Q50. Для метабаркодинга этого более чем достаточно. wink.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 10.12.2019 09:16
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 10.12.2019 19:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Генсек, спасибо! Значит, есть ещё больший смысл копить несколько лишних миллионов!
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.12.2019 20:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

А бывают лишние миллионы? rolleyes.gif
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 29.12.2019 23:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 10.12.2019 21:40)
Ссылка на исходное сообщение  А бывают лишние миллионы? rolleyes.gif

У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние. rolleyes.gif
Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.
Участник оффлайн! микробиом




 прочитанное сообщение 30.12.2019 11:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(banned sceptique-NMRguy @ 30.12.2019 00:20)
Ссылка на исходное сообщение  У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние.  rolleyes.gif
Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.

пару лет назад. eek.gif confused.gif
ваамщето Рош сдох в NGS лет 10 назад eek.gif confused.gif eek.gif confused.gif
Участник оффлайн! breznak




 прочитанное сообщение 14.01.2020 05:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

в пьянстве замечен небыл но по утрам пил холодную воду

https://www.youtube.com/watch?v=-wKLVy1lcsY
Участник оффлайн! Acer-X
Участник



 прочитанное сообщение 20.01.2020 19:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 10.12.2019 21:40)
Ссылка на исходное сообщение  А бывают лишние миллионы? rolleyes.gif

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=5708&hl=jalex
Участник оффлайн! Bit
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.01.2020 10:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Обсуждение JPM Morgan Conference в блоге Keith Robison
https://omicsomics.blogspot.com/
презентации новинок Illumina и Genapsys

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.01.2020 10:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Кстати, о новинках:

скачать файл DNA_DAY__Sequencing___2020.ppt
размер: 5.7мб
кол-во скачиваний: 22



jump.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 23.01.2020 09:21
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.01.2020 20:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

То же, но в pdf:

Сообщение было отредактировано genseq - 23.01.2020 09:25

Файл/ы:

скачать файл DNA_DAY__Sequencing___2020.pdf
размер: 6.12мб
кол-во скачиваний: 225


Участник оффлайн! Acer-X
Участник



 прочитанное сообщение 07.02.2020 00:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(dk @ 09.12.2019 22:42)
Ссылка на исходное сообщение  Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают.  Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.

в принципе нанопоры доджны делать 16s microbioms на полной 16с до уровня штамма в клинике
Участник оффлайн! H3K27me2




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  12.02.2020 21:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

https://www.hackteria.org/wiki/HiSeq2000_-_...t_Level_Hacking

smile.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! mail-e
Участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  14.02.2020 16:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

https://www.nature.com/articles/d41586-018-05769-8

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! mail-e
Участник



 прочитанное сообщение 17.02.2020 09:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(H3K27me2 @ 12.02.2020 22:46)



Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов eek.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6414625/
Участник оффлайн! H3K27me2




 прочитанное сообщение 20.02.2020 22:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(mail-e @ 17.02.2020 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов  eek.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6414625/

либо авторы не указали что мультиплексные библиотеки

либо это юникли маппед ридс но тогда накасячили с либрами

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.02.20 07:47
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft