Rambler's Top100
Lo-Fi Version* Virtual  Russian keyboard  Russian  
Molbiol.ru | Project | Protocols | Programs | Literature
Web | Companies | Marketplace | Labor exchange

Today's active topics  [ Log In* | Register* ]  
   



Forum: 
 

Click to add to Selected Topics* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Topic Curators:* genseq
Black list: R-J-Dio, breznak, Acer-X
     NB! members included in the Black list cannot be discussed in the topic
Options: I want to be curator* · Track this topic* · Email this topic · Print this topic*
Topic view:* Outline · [ Standard ] · Linear+


pages (24): « < 22 23 24 
Reply to this topicStart new topicStart Poll
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 06.12.2019 16:42     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

По порядку номеров:
1.1 Да
1.2 Да
1.3 Да-да-да. Последнее - не в России.
1.4 Да. И да (не в России).
1.4.2 Особых проблем нет, но есть нюансы, с которыми придётся разбираться.
1.5 Смысл есть. Заниматься некому.
1.6 Нанопорщики ещё долго не смогут монополизировать рынок. Но со временем смогут урвать его львиную долю.
1.7 AXBIO может значительно повысить и точность, и производительность нанопорового секвенирования. Но это только теоретически. Практически - узнаем в следующем году.

This post has been edited by genseq: 06.12.2019 16:43

Attached image(s)
Attached ImageH_L.png
H_L.png — (378.82k)   

User is offline! dk
Advanced Member
Россия



 old post 08.12.2019 14:19     Report Post  Report Post for topic curator       Photo  Personal message  Send an e-mail  Web site

Генсек, смотря для чего. Для того же метабаркодинга нанопоры в ближайшем будущем не смогут обеспечить должную производительность (за разумные деньги). А вот если кондуктометрический ГенапСис сможет "подвинуть по цене" Иллюмину и ИонТоррент - вот это будет очень интересно. По крайней мере уже имеет смысл "запастись попкорном" и начать искать несколько нелишних млн.руб. - высокопроизводительное секвенирование должно стать доступнее.
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 08.12.2019 18:06     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

А какая нужна производительность для метабаркодинга?
https://nanoporetech.com/about-us/news/ncm-...ate-clive-brown
User is offline! dk
Advanced Member
Россия



 old post 09.12.2019 21:42     Report Post  Report Post for topic curator       Photo  Personal message  Send an e-mail  Web site

Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): гиперзвук
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 10.12.2019 09:14     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

(dk @ 09.12.2019 19:42)
Link to the original post  Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают.  Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.

1. Главное в нанопоровой технологии - очень низкая себестоимость секвенирования, которая после появления конкурентов приведёт к снижению его стоимости.
2. Пора помирает, но сейчас уже не через несколько "протяжек", а через несколько сотен (или даже тысяч) "протяжек" (ридов).
3. Нынешние нанопоры уже неплохо справляются и с короткими ридами. А если нужно увеличить общее количество коротких ридов, то их сшивают. И секвенируют длинными ридами.
4. Число ошибок медленно, но верно снижается. Сейчас однократное чтение даёт меньше 95% ошибок на ДНК большинства бактерий и 94% на ДНК человека. Качество многократного чтения (>40) превышает Q40, а с нанопорами десятой серии перевалило за Q50. Для метабаркодинга этого более чем достаточно. wink.gif

This post has been edited by genseq: 10.12.2019 09:16
User is offline! dk
Advanced Member
Россия



 old post 10.12.2019 19:54     Report Post  Report Post for topic curator       Photo  Personal message  Send an e-mail  Web site

Генсек, спасибо! Значит, есть ещё больший смысл копить несколько лишних миллионов!
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 10.12.2019 20:40     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

А бывают лишние миллионы? rolleyes.gif
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 29.12.2019 23:20     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(genseq @ 10.12.2019 21:40)
Link to the original post  А бывают лишние миллионы? rolleyes.gif

У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние. rolleyes.gif
Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.
User is offline! микробиом




 old post 30.12.2019 11:35     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(banned sceptique-NMRguy @ 30.12.2019 00:20)
Link to the original post  У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние.  rolleyes.gif
Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.

пару лет назад. eek.gif confused.gif
ваамщето Рош сдох в NGS лет 10 назад eek.gif confused.gif eek.gif confused.gif
User is offline! breznak




 old post 14.01.2020 05:04     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

в пьянстве замечен небыл но по утрам пил холодную воду

https://www.youtube.com/watch?v=-wKLVy1lcsY
User is offline! Acer-X
Member



 old post 20.01.2020 19:07     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(genseq @ 10.12.2019 21:40)
Link to the original post  А бывают лишние миллионы? rolleyes.gif

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=5708&hl=jalex
User is offline! Bit
Advanced Member



 old post 22.01.2020 10:17     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Обсуждение JPM Morgan Conference в блоге Keith Robison
https://omicsomics.blogspot.com/
презентации новинок Illumina и Genapsys

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): genseq
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 22.01.2020 10:58     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Кстати, о новинках:

Download attachment DNA_DAY__Sequencing___2020.ppt
Size:: 5.7mb
Number of downloads: 23



jump.gif

This post has been edited by genseq: 23.01.2020 09:21
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 22.01.2020 20:16     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

То же, но в pdf:

This post has been edited by genseq: 23.01.2020 09:25

Attached File(s)

Download attachment DNA_DAY__Sequencing___2020.pdf
Size:: 6.12mb
Number of downloads: 225


User is offline! Acer-X
Member



 old post 07.02.2020 00:36     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(dk @ 09.12.2019 22:42)
Link to the original post  Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают.  Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.

в принципе нанопоры доджны делать 16s microbioms на полной 16с до уровня штамма в клинике
User is offline! H3K27me2




 old post Post on English  12.02.2020 21:46     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

https://www.hackteria.org/wiki/HiSeq2000_-_...t_Level_Hacking

smile.gif

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): genseq
User is offline! mail-e
Member



 old post Post on English  14.02.2020 16:39     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

https://www.nature.com/articles/d41586-018-05769-8

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): genseq
User is offline! mail-e
Member



 old post 17.02.2020 09:02     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(H3K27me2 @ 12.02.2020 22:46)



Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов eek.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6414625/
User is offline! H3K27me2




 old post 20.02.2020 22:45     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(mail-e @ 17.02.2020 10:02)
Link to the original post  Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов  eek.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6414625/

либо авторы не указали что мультиплексные библиотеки

либо это юникли маппед ридс но тогда накасячили с либрами

*





Name:

 Enable Smilies · Show Smilies Pop Up Window
Icons designation:

   Say THANKS to the author — say THANKS to the author
   Delete Post — delete
   Edit Post — edit
   Put in the news column — put in the news column
   Quote Post — quote the post
   multiquote  not included/multiquote included — quote several posts
   Report SPAM — mark spam message
   Report Post — report post to the moderator
   User is online!/User is offline! — author online/offline
   Photo — photo of the author

   - other designations -
 
   *
« Next Oldest · Molecular and cellular biology · Next Newest »
pages (24): « < 22 23 24
Fast ReplyReply to this topicStart new topic

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Helicon · Dia-m · InterLabService · Beckman Coulter · SkyGen · OPTEC · BIOCAD · Evrogen · Syntol · Bioline · Sartorius · Khimexpert · SibEnzyme · Tecan · Danies · NPP «TRIS» · Bialexa · FizLabPribor · Genotek · ATG Service Gene · Biogen-Analitika
Your forum  ·  editor@zbio.net  ·  Time is now: 24.02.20 11:37
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft