Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* насколько часто случаются рекомбинации в rDNA? -- ITS1 & ITS2 concerted evolution --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! SchimmelHunter
moderator
Девчинщина, Водопадова Церква



 прочитанное сообщение 06.07.2006 19:16     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Честно говоря, я подозреваю, что ответ будет - нет, не часто. Но всё-таки можно ли допустить, что ITS1 и ITS2 происходят от разных предковых аллелей. Больше всего меня смущает то, это multicopy gene, то есть если кроссинговер и происходит, то это бы приводило к наличию разных копий целых предковых rDNA в геноме + одна смешаная копия. (То, что это может произойти синхронно во всех копиях, уж совсем невероятно).

Вообще кстати, насколько обычны внутригенные рекомбинации, например, в протеинкодирующих генах? Подозреваю, что всё банальные истины, но уж такой уж чайник в вопросах молгенетики.

ЗЫ Речь идет про грибы есснно (Ascomycota).
Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia



 прочитанное сообщение 06.07.2006 19:27     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Всё-таки лучше говорить про гены рРНК, а не про рДНК. Ведь ещё существуют и гены рибосомальных белков...
Участник оффлайн! mlog
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.07.2006 21:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Мне и самой интересно. Очень нередка ситуация, когда ищешь бластом наиболее близкие организмы, по ITS1 получается одно, по ITS2 --- другое. Внутригенные рекомбинации, имхо, очень редки. Если верить учебникам, конечно wink.gif --- "ген --- единица мутации, рекомбинации и ещё чего-то там"
Участник оффлайн! Chromocenter
Постоянный участник
Вниз по Янцзы от Ухани на право, за озером



 прочитанное сообщение 06.07.2006 23:31     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Внутригенные рекомбинации - частоты где-то один на несколько десятков тысяч (или тысяч) - в принцыпе немного, но для эволюции сойдёт вполне. Поймать такое на мухах - трудновато будет, но вот на вирусах - вполне. Вообще частоты рекомбинации зависят от того, насколько высоко сродство если не ошибаюсь, то recBCD - кажется он главный игрок в этом деле, к участку ДНК - между генами рассеяна "горячие пятна", к которым он имеет более высокое сродство, внутри генов (и интронов и экзонов), видимо таких "пятен" нет. Что за консенсузы в этих пятнах - не знаю.
"Ген - единица мутации" eek.gif (это когда такие времена прошли?)
Участник оффлайн! plantago
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.07.2006 04:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Как насчет "ITS conversion" ( http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/92/1/107 )? Наблюдал на Dactylorhiza baltica, у растений -- частое явление, причем с не очень ясными механизмами. Хотя дело здесь скорее всего не в рекомбинации, а в избирательной элиминации.
Guest
IP-штамп: fr4nm6i88vv/M
гость



 прочитанное сообщение 07.07.2006 09:44     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Один из эффективных способов выявления рекомбинаций в Вашем случае
- это построение филогений у одной и той же группы организмов отдельно по ITS1 и по ITS2. В случае диверсификации по клональному типу (без рекомбинации) построенные филогении будут иметь идентичную топологию. При рекомбинации это сходство будет искажаться. О статистических подходах, связанных со сравнением топологий можете почитать в
http://jb.asm.org/cgi/content/full/185/10/...g&pmid=12730157
или еще много где.
Все сказанное не касается рекомбинации внутригеномной. Этот случай непростой, так как, действительно, есть организмы (например, среди бактерий), обладающие десятком рРНК оперонов, различающихся по последовательностям.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 18:33
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft