Первый раз слышу об идентификации этим методом видов организмов.

  Оболенск? - ДА

По поводу сокращения длительности исследования я с вами не могу абсолютно согласиться. Наш профиль это ветеринарная микробиология и эпизоотология ориентированная на промышленное поголовье. В настоящее время никто не присылает материал с целью исключения какой либо инфекции, а наоборот просят провести комплексную бактериологическую диагностику. Иными словами ставят задачу выделить, всё что только можно. Поскольку возбудители чаще всего имеют определённую локализованную предрасположенность то исследовать необходимо одновременно ряд паренхиматозных органов и тканей. В частности для выделения респираторных инфекций необходимо исследовать лёгочные ткани, для желудочно-кишечных - пищеварительную систему, для исключения клостридиозов - печень, для исключения коринебактериоза - лимфатические узлы и т.д. В итоге получается, что от одного животного берётся 5-6 образцов на исследования из которых выделяется по нескольку видов бактериальных агентов, т.е. общее количество изолятов достаточно большое. При этом зачастую происходит ситуация когда возбудитель выделяется не из типичного на первый взгляд органа. Например сальмонелла из лёгких у телят.
Благодаря использованию ряда диагностических сред мы на культуральном, морфологическом и тинкториальном уровне может произвести приблизительную родовую идентификацию, но нас чаще всего интересует именно видовая идентификация для установления этиологической значимости возбудителя, для чего необходимо использовать наборы биохимической идентификации. Сейчас у нас достаточно большой выбор таких средств, но они не экспрессивны и как раз таки требуют один день для накопления культуры, второй день для проведения идентификации. Да и сами наборы не дешевые, 600-1000 р. Помимо этого они способны идентифицировать узкий диапазон видовых представителей бактерий.

Вы сами проводите идентификацию бактерий ПЦР? Если да, то сколько стоит идентификация одной культуры?

  Я вас понял, но скорее всего мы говорим чуть о разных задачах.

  96 определений примерно 5000 р за кит и 500 000 р за РТ-амплификатор.

96 определений происходят за два часа, если с раскапыванием. Выделение ДНК еще час и 40-50р на образец добавьте.
Рублей 300 за определение (с учетом рабочего времени лаборанта) на образец  получится.
Разработка нового кита с нуля на нового высеянного возбудителя - 60-70т.р. и 3-4 месяца времени.

  А Вы, -Ъ-, способны работать на договоре с конфиденциальностью и РАЗДЕЛОМ прав интеллектуальной собственности + эксклюзивностью поставок в России? (я не о бактериях, а о снипах по геномке человека)

С учетом практики разработок с себестоимостью 30 т.р. как раз и стоит заряжать цену 60-70, чтобы всё нормально заключалось.

  Если снипы, да, себестоимость вырастет на один зонд, но здесь речь вроде идет об идентификации бактерюх, а именно стрептококков. Идентификация имеется в виду, как я понимаю, обнаружение (качественная реакция), а не определение (количественная реакция). А если микроб не культивируется, это как раз по ПЦР-ной части - меньше работы. , баба с возу потехе час. Повторюсь, я говорю о самом простом элементарном обнаружении специфической ДНК.
В 90-х, особенно в начале, "разрабатывали" годами. , это было сумасшедшее время.
sceptique, всегда готов работать!

  По поводу: "Но на самом деле гипотетически возможно разработать ПЦР тест, который будет выявлять скопом все стрептококи" не совсем ясно. Если один набор единовременно идентифицирует все стрептококки то имеется ввиду до уровня рода или вида? Если рода, то такой набор скорее всего не будет иметь никакой значимости так как он должен быть специфичным.
По поводу идентификации речь как раз идёт о определение видовой принадлежности. У нас именно с стрептококками возникает проблема достоверности идентификации методом спектрометрии. В остальных случаях проблем зафиксировано не было.

А кто может подсказать по идентификации микроскопических грибов. В настоящее время это достаточная проблема, так как идентификация проводится при визуальной оценке выросших колоний и микроскопировании. Кто либо работал с идентификацией грибов молекулярно биологическими методами?

-Ъ- вы в состоянии произвести секвенирование 16 sRNA мо? Если да, то можете написать в личку? Может сойдёмся во взаимных интересах.

  Интересно, почему же при всех таких замечательных характеристиках генетического анализа в медицинской рутине все же используются баканализаторы? Кстати, приличные модели стоят больше 10 миллионов, что не сильно отличается от стоимости того же биотайпера брюкеровского (около 20).

  А на ПЦР антибиотикоустойчивость тоже смотрят?