Rambler's Top100
 		Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* оптимизация структуры мРНК -- кто-нибудь делает? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

 
 Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Aglaiaa
Участник
 прочитанное сообщение 22.10.2012 17:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Коллеги, добрый вечер!

Вы оптимизируете структуру мРНК гена рекомбинантного белка для экспрессии в E.coli? Если, да, то расскажите, пожалуйста, как Вы это делаете и стоит ли оно того, чтобы возиться.

Я нашла платную https://www.dna20.com/index.php?pageID=292 программу, они, конечно, хвалят себя неимоверно. Может быть, есть бесплатные аналоги или умелые руки уже нашли способ обходить "платность"?..
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 22.10.2012 18:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование
евроген оптимизирует- звоните, вам расскажут
Участник оффлайн! Aglaiaa
Участник
 прочитанное сообщение 22.10.2012 18:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование
(RJ Dio @ 22.10.2012 19:10)
Ссылка на исходное сообщение  евроген оптимизирует- звоните, вам расскажут



Спасибо, но они, вроде, оптимизируют только по частотам встречаемости (меняют редкие кодоны на частые).
Участник оффлайн! Andrew
Постоянный участник
Москва
 прочитанное сообщение 22.10.2012 19:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование
А что, совсем не экспрессируется? Или вы не пробовали? Если второе, то для начала стоит попробовать как есть, без оптимизации.
Участник оффлайн! Aglaiaa
Участник
 прочитанное сообщение 22.10.2012 20:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование
(Andrew @ 22.10.2012 20:08)
Ссылка на исходное сообщение  А что, совсем не экспрессируется? Или вы не пробовали? Если второе, то для начала стоит попробовать как есть, без оптимизации.


Экспрессировать не пробовали, но по ряду причин есть желание сразу сделать хорошо, т.к. нет лишних денег, чтобы потом перезаказывать синтез гена weep.gif
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск
 прочитанное сообщение 23.10.2012 11:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование
Если экспрессироваться не будет, то проблема с очень высокой вероятностью окажется не в структуре мРНК.
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 23.10.2012 18:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование
и то правда. Подавляющее число проблем устраняется заменой кодонов на адекватные, однако при оптимизации стоит учитывать и общую структуру нуклеотидной последовательности, чтоб не было полинулеотидных участков. DNA2.0. к слову, рекламирует свой особый подход к оптимизации 5'- конца мРНК, алгоритм которого, понятно. неизвестен. Они синтезят не только заказанный ORF, но и SD. Я видел результаты на белковом форезе- ничего выдающегося, полоса как полоса, чтоб из геля выскакивала- такого нет. думается, от лукавого все это, тем более, что free soft для этого вы никогда не найдете
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск
 прочитанное сообщение 24.10.2012 07:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование
Возьмите вот эту программу, она бесплатная и достаточная:
https://www.dna20.com/genedesigner2/
Участник оффлайн! Aglaiaa
Участник
 прочитанное сообщение 25.10.2012 09:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование
(Nastja @ 24.10.2012 08:19)
Ссылка на исходное сообщение  Возьмите вот эту программу, она бесплатная и достаточная:
https://www.dna20.com/genedesigner2/



Спасибо! Я так понимаю, в этой программе самая полезная для моих целей функция "back translation"?
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 29.10.2012 15:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование
с этой прогой без пол-литра....ужас какой-то
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.12.2021 16:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование
https://www.uptrennd.com/post-detail/hints-...-watch~ODY3MDU2
https://anotepad.com/note/read/mqg8p5jm
https://www.crokes.com/replicarolexwatches/profile/
https://ko-fi.com/post/Watches-Shopping-Gui...-Watc-E1E13PZV9
https://www.merchantcircle.com/blogs/replic...x-Watch/1966540
https://www.nairaland.com/6427528/watches-s...de-finding-fake
https://www.vingle.net/posts/3587193
https://fortunetelleroracle.com/sport/replica-watches-280478
https://www.goodreads.com/story/show/132736...ake-rolex-watch
https://www.diigo.com/item/note/85twz/phwr?...2395edb2dac07ea
https://github.com/ReplicawatchesUK/Replica...ake-Rolex-Watch
https://www.reddit.com/user/Bestreplicawatc...ke_rolex_watch/
https://slashdot.org/submission/13306958/wa...ake-rolex-watch
https://www.wattpad.com/1030107359-replica-...guide-finding-a
https://www.instructables.com/member/Fakero...licPreview=true
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.12.2022 14:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование
https://blog.udn.com/omegawatches89/176264446
https://teletype.in/@omegawatches89/CDyEM0Nch4X
https://wakelet.com/wake/7vB7d1grH5yswj4a12XAi
https://www.tripadvisor.it/Profile/352omegaw
https://homeinspectionforum.net/user/profile/72707.page
https://slidebatch.com/content/item/1353
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300679.html
https://slidebatch.com/profile/reactions
https://www.friday-ad.co.uk/profile/watches-s-co6llqqCqg==/
https://www.craftsforum.co.uk/forum/your-cr.../1130892-moulds
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756687889.html
https://telegra.ph/Reasons-Why-Replica-Watc...o-Popular-08-03
https://teletype.in/@omegawatches89/gUADjwow_lO
https://omega-watches-2.jimdosite.com/
https://plaza.rakuten.co.jp/omegawatches89/...y/202208040001/
https://list.ly/i/8020064
https://www.pearltrees.com/omegawatches89/item456651158
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  02.01.2023 11:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование
https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/reaso...-are-so-popular
https://wakelet.com/wake/GWMJ_l3LaLVMVUbPaFWKe
https://www.vingle.net/posts/4647023
https://www.investireoggi.it/forums/members...online89.50980/
https://imgur.com/a/0WCWVRa
https://omegawatches89-95.webselfsite.net/
https://omegawatches89.gumroad.com/p/replic...ve-items-online
https://www.edocr.com/v/ay7reva1/omegawatches89/7
https://omegawatches92.mystrikingly.com/
https://blog.udn.com/omegawatches89/176264270
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300948.html
https://plaza.rakuten.co.jp/omegawatches89/...y/202208040002/
https://www.vingle.net/posts/4647033
https://penzu.com/p/576056fa
https://omegawatches89.simplesite.com/452938990
https://omegawatches89.simplesite.com/452939118
https://telegra.ph/Reasons-Why-You-Should-B...a-Watches-08-03

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики 		Назначение кнопок:
   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -  
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.04.24 06:24
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024  IPS, Inc.