Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* 3D structure
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
N
IP-штамп: frbeduQ.9pjR.
гость



 прочитанное сообщение 11.09.2010 00:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Подскажите, пожалуиста, кто какими программами пользуеться, чтобы нарисовать 3D модель белка для публикации с возможностью выделять отдельные аминокислоты другим цветом. Спасибо.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 11.09.2010 05:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Из бесплатных я бы рекомендовала PyMOL. Правда, придется немного почитать документацию.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! Mike Shelk
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.09.2010 08:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Мне больше всего нравится UCSF Chimera, только её для получения картинок и использую

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): Fritz, nixie oparina, Esya
Участник оффлайн! Fritz
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 12.09.2010 01:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Я тоже за "Химеру";)
Участник оффлайн! mfursov

Новосибирск



 прочитанное сообщение 13.09.2010 07:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

UGENE - может даже экспортить 3D в 2D векторный формат
Не прожорлив и бесплатен.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Fritz
Участник оффлайн! Fritz
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 13.09.2010 14:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Не спорю,UGENE-классно, конечно, но...под Ubuntu он очень странно работает...да и интерфейс там прямо скажем....
Участник оффлайн! nixie oparina




 прочитанное сообщение 30.09.2010 08:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(mfursov @ 13.09.2010 05:53)
Ссылка на исходное сообщение  UGENE - может даже экспортить 3D в 2D векторный формат
Не прожорлив и бесплатен.

Михаил, UGENE - продукт очень достойный (благодарность искренняя). Но "есть некоторые замечания и предложения", которые хотелось бы обсудить. Если планируется движение к версии 1.8 или-таки 2:-)
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 30.09.2010 13:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Что-то все UGENE хвалят... может мне тоже посмотреть?
Участник оффлайн! AzAbd




 прочитанное сообщение 24.04.2012 16:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

А мне Yasara View весьма доставляет, удобная штука, правда, ресурсов системы жрет побольше других вьюеров. И документация у них частично изложена в анимированном тьюториале.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Mike Shelk
Victoriy
IP-штамп: frfs7ZI29qI2Y
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2012 08:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Подскажите пожалуйста, как с помощью UCSF Chimera убрать клеш в модели белка. Или более удобную программу для этой задачи.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 08.06.2012 10:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Я использую swiss-pdb viewer, там интерфейс для убирания клешей очень простой - вначале color by protein problems, клеши будут розовыми пунктирами, потом ткнуть в иконку крайнюю справа и выбрать остаток, у которого менять углы, потом стрелками, которые появятся справа от иконки, регулировать углы до исчезновения пунктиров.
В Chimera я что-то не смогла с этой функцией разобраться, если кто расскажет - буду признательна.
Guest
IP-штамп: frfs7ZI29qI2Y
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2012 18:06     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Благодарю, попробую smile.gif.
Guest
IP-штамп: fr01son.NcUeE
гость



 прочитанное сообщение 09.06.2012 21:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

к знатокам: rasmol, vmd уже устарели?
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 10.06.2012 09:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Rasmol - да, VMD - фактически интерфейс для NAMD.
Guest
IP-штамп: frEiFPK2ZWkzc
гость



 прочитанное сообщение 10.06.2012 13:10     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

то что VMD интерфейс NAMD разве отменяет его возможности как рисовалки? он же как кнопочная рисовалка делался? а почему Rasmol устарел? не обновляется? чем дриге рисовалки лучше?
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 10.06.2012 17:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

По большому счету это дело вкуса, каждый использует то, что ему нравится. В PyMOL мне нравится то, что можно как вызывать его функции из питона, так и наоборот, писать на питоне дополнительные функции, также там получаются хорошие картинки, очень богатые возможности для настройки всего, удобный просмотр результатов докинга в AutoDock Vina. Swiss-pdb viewer имеет понятный графический интерфейс, в нем удобно показывать молекулы людям, которые не очень знакомы со всеми этими вещами. В Chimera интерфейс в целом не очень нравится, но отдельные функции хорошо реализованы, вроде просмотра очень больших белковых комплексов, совмещения с картой электронной плотности, еще структурное выравнивание мне там нравится.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Guest
IP-штамп: frjO1CJFqxYHs
гость



 прочитанное сообщение 10.06.2012 19:51     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Настя, спасибо большое.
guest: Ирина
IP-штамп: frVN8ewzj7hZU
гость



 прочитанное сообщение 29.10.2013 23:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Подскажите пожалуйста, является ли сервер I-TASSER бесплатным. Никак не могу разобраться, как с его помощью построить 3D-модель. Заранее благодарю за любые подсказки.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 03.11.2013 15:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Да, он бесплатный, просто надо зарегистрироваться.
guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2018 18:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Much obliged to you for setting aside an ideal opportunity to distribute this data extremely valuable!
http://www.business-stepbystep.com

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
Den-N
Участник оффлайн! wendywilson123




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  27.11.2018 09:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

The 293T cell line was created in the Michele Calos laboratory by transfection of a sub-line of adenovirus-immortalized human embryonic kidney cells with a gene encoding the SV40T-antigen and a neomycin resistance gene.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.08.19 07:47
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft