Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* ПЦР в эмульсии
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! chemist-sceptic




 прочитанное сообщение 25.03.2008 14:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Уважаемые коллеги,
Подскажите, пожалуйста, кто-нибудь в России (или не в России, но чтоб поговорить... :о)) занимается (занимался) эмульсионной ПЦР?
Заранее спасибо,
kim
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 25.03.2008 15:43     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

confused.gif Если Тритон или Твин в рек.смеси, эмульсия при 70-95 град появляется автоматом - визуально это видно. confused.gif А если еще и масла капнуть, то настоящая эмульсия обеспечена. confused.gif
Какая проблема?
Участник оффлайн! chemist-sceptic




 прочитанное сообщение 25.03.2008 16:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(Ъ @ 25.03.2008 12:43)
Ссылка на исходное сообщение  confused.gif Если Тритон или Твин в рек.смеси, эмульсия при 70-95 град появляется автоматом - визуально это видно. confused.gif  А если еще и масла капнуть, то настоящая эмульсия обеспечена. confused.gif 
Какая проблема?


Да проблема-то пустячная: просто не идет реакция... smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.03.2008 17:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(chemist-sceptic @ 25.03.2008 15:02)
Ссылка на исходное сообщение  Да проблема-то пустячная: просто не идет реакция...  smile.gif

может эту попробовать
http://www-isis.u-strasbg.fr/lbc/Group/Gro...illiams2006.pdf
Участник оффлайн! chemist-sceptic




 прочитанное сообщение 25.03.2008 17:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(Guest @ 25.03.2008 14:04)
Ссылка на исходное сообщение  может эту попробовать
http://www-isis.u-strasbg.fr/lbc/Group/Gro...illiams2006.pdf

Спасибо за ссылку! Но именно это руководство я изначально и использовала (до всех последующих вариаций и экспериментов). Коллеги, мне очень стыдно признавать, что достаточно простая, в сущности, реакция, к тому же не раз детально описанная в публикациях, в моих руках почему-то идти наотрез отказывается. Но это, увы, так - и куда дальше двигаться, я решительно не представляю. А работу мою за меня никто, к сожалению, делать не будет frown.gif Сразу скажу, что все (или большую часть) того, что можно было поварьировать в реакции, я уже поварьировала: концентрации праймеров, нуклеотидов, полимеразы и ДНК, размер ампликонов, объем реакционной смеси, время перемешивания и число оборотов мешалки, и еще многое, многое другое... Если вдруг кто-то имел дело с такой реакцией и, может, с аналогичными проблемами - напишите, пожалуйста! Буду благодарна за любую подсказку!
С уважением,
kim
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 27.03.2008 11:17     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(genseq @ 25.03.2008 14:38)
Ссылка на исходное сообщение  В конце 2006 года немного мучился Сергей Расторгуев (расторгуефф(ат)гмаил.цом). Он пытался использовать эмульсионную ПЦР для параллельного секвенирования с ИИС-рестриктазами. Первые попытки были неудачными, но я давно с ним не пересекался.

Сейчас при помощи эмульсионной ПЦР проводят пробородготовку для пиросеквенирования на ГС ФЛХ. В России эта машинка в конце прошлого года появилась у скрябинцев. Пару бактерий они уже просеквенировали, так что емПЦР на готовых китах от Роче у них уже проводится.

Ну, а не в России - обращайтесь в Гоогле и/или НЛМ. Статей уже десятки.

beer.gif beer.gif beer.gif beer.gif beer.gif beer.gif
Передай поздравления скрябинцам .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 27.03.2008 11:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Guest @ 27.03.2008 10:17)
Ссылка на исходное сообщение  beer.gif  beer.gif  beer.gif  beer.gif  beer.gif  beer.gif
Передай поздравления скрябинцам .

http://www.pnas.org/cgi/reprint/105/12/4559
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 27.03.2008 11:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(genseq @ 25.03.2008 14:38)
Ссылка на исходное сообщение  В конце 2006 года немного мучился Сергей Расторгуев (rastorgueff(at)gmail.com). Он пытался использовать эмульсионную ПЦР для параллельного секвенирования с IIS-рестриктазами. Первые попытки были неудачными, но я давно с ним не пересекался.

Сейчас при помощи эмульсионной ПЦР проводят пробородготовку для пиросеквенирования на GS FLX. В России эта машинка в конце прошлого года появилась у скрябинцев. Пару бактерий они уже просеквенировали, так что emPCR на готовых китах от Roche у них уже проводится.

Ну, а не в России - обращайтесь в Google и/или NLM. Статей уже десятки.

http://www.vertis-biotech.com/index.php?ip=1
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 27.03.2008 14:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(genseq @ 25.03.2008 14:38)
Ссылка на исходное сообщение  В конце 2006 года немного мучился Сергей Расторгуев (rastorgueff(at)gmail.com). Он пытался использовать эмульсионную ПЦР для параллельного секвенирования с IIS-рестриктазами. Первые попытки были неудачными, но я давно с ним не пересекался.

Сейчас при помощи эмульсионной ПЦР проводят пробородготовку для пиросеквенирования на GS FLX. В России эта машинка в конце прошлого года появилась у скрябинцев. Пару бактерий они уже просеквенировали, так что emPCR на готовых китах от Roche у них уже проводится.

Ну, а не в России - обращайтесь в Google и/или NLM. Статей уже десятки.

Проблема пустяковая - просто не идет ПЦР. confused.gif Но мы сразу о высоком и возвышенном - о секвенировании. wink.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 27.03.2008 15:13     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Ъ @ 27.03.2008 13:57)
Ссылка на исходное сообщение  Проблема пустяковая - просто не идет ПЦР. confused.gif Но мы сразу о высоком и возвышенном - о секвенировании. wink.gif

Привет smile.gif "Неходячие ПЦР" уже наскучили smile.gif это ты , как царь Кощей над
златом чахнеш smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.03.2008 15:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Просто в двух технологиях паралелльного секвенирования - Рошевской (454) и Эпплайдовской (SOLiD) пробопготовка основана на эмульсионной ПЦР.

Что касается данного случая, то там ПЦР в контроле идёт, но после эмульгирования с кучей добавок идти не желает wall.gif . Наверное, нужно просто проверить все добавки на предмет ингибирования ПЦР. Где-то в них сидит какая-то гадость:
"Span-80 (4.5 vol %), Tween-80 (0.4 vol %), Triton X-100 (0.05 vol%), минеральное масло (хорошее, какое-то американское)".

Список добавок взял из личного письма Ларисы. Жалко девушку weep.gif , но помочь ей в проведении расследования ничем не могу (кроме сугубо теоретических советов). Кстати, о добавках. Насколько я помню, в первых статьях использовали гидрофобный ПАВ (Arlacel, т.е. олеат маннита или что-то в этом роде). Состав масляной фазы был близок к обычному неполному адъюванту Фрейнда.
Участник оффлайн! chemist-sceptic




 прочитанное сообщение 28.03.2008 15:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Большое спасибо всем, кто пытался помочь советом или хотя бы посочувствовать smile.gif Есть еще идеи, попробую еще повозиться rolleyes.gif Обещаю держать в курсе достижений wall.gif
С уважением,
kim
Участник оффлайн! tatayou




 прочитанное сообщение 20.02.2013 13:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(chemist-sceptic @ 28.03.2008 16:15)
Ссылка на исходное сообщение  Большое спасибо всем, кто пытался помочь советом или хотя бы посочувствовать  smile.gif Есть еще идеи, попробую еще повозиться  rolleyes.gif Обещаю держать в курсе достижений  wall.gif
С уважением,
kim

Прочитала Ваши сообщения 5-ти летней давности, и узнала свой случай сейчас! Как ваши успехи в emPCR? Все наладили?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.03.2013 08:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Составы, используемые для приготовления эмульсий, за прошедшие годы заметно изменились. Народ перешёл на Tegosoft DEC (diethylhexyl carbonate) в сочетании с ABIL WE09 (preparation of polyglyceryl-4 isostearate, cetyl PEG/PPG-10/1 dimethicone and hexyl laurate). Для густоты к ним добавляют немного минерального масла.

скачать файл emulsion_polymerase_chain_reaction_2011.pdf
размер: 468.83к
кол-во скачиваний: 999




скачать файл REVIEW_2009.pdf
размер: 2.6мб
кол-во скачиваний: 300



Проблема в том, что компоненты поставляются бочками, а бочки, владельцы которых готовы поделиться со всеми желающими, находятся в США:
"Both Degussa products are available from authors as they are only sold in amounts that are much larger than needed for laboratory experiments. ":
http://www.nature.com/nmeth/journal/v3/n7/full/nmeth898.html

Может быть, такие бочки стоят у кого-нибудь и в России? Мне самому закупить 200 кг слабо.

Сообщение было отредактировано genseq - 01.03.2013 18:48
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.03.2013 09:57     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

И дорого стоят эти бочки в 200 кг?
Тут что-то не так. Похоже Генсека разводят - не могут реактивы продаваться с таких минимальных упаковок. Да и не нужно стремиться точь-в-точь копировать. confused.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.03.2013 18:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(-Ъ- @ 01.03.2013 07:57)
Ссылка на исходное сообщение  И дорого стоят эти бочки в 200 кг?
Тут что-то не так. Похоже Генсека разводят - не могут реактивы продаваться с таких минимальных упаковок. Да и не нужно стремиться точь-в-точь копировать. confused.gif


Похоже, ты прав. Но это не реактивы, а компоненты для производства косметики. Бочки по 200 л поставляют с завода в Китае. frown.gif

Сейчас нашёл представителей фирмы Evonik в Москве. Сочинил запрос девушке из этой компании по поводу минимальных фасовок и их стоимости. Надеюсь, в понедельник ответит. rolleyes.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 01.03.2013 19:01
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 15:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch
nigoal123
IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  27.05.2022 06:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

The first sentence has nigoal one single purpose ลิงค์รับทรัพย์ to entice the reader to sexy gaming Write in a semi-informal dream gaming read the next sentence. ka gaming rewarding to satisfy curiosity.

it sets the tone for 123goal the rest of the article 11hilo hooking the reader in 123bets choose the best three or four. pggame123 one step at a time. big gaming are intrigued by a question
nigoal123
IP-штамп: frpXPq5TOmUHs
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.05.2022 09:14     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Many a time you have nigoal seen some writers or ลิงค์รับทรัพย์ people write their problems sexy gaming Write in a semi-informal dream gaming and suggestions in ka gaming some newspapers

They are writing their 123goal opinions and beliefs 11hilo in the form of an article. 123bets choose the best three or four. pggame123 we will get ourselves familiar big gaming with article writing
guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  02.06.2022 12:17     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

For years there 123VEGA have been FA CHAI SLOT calls for Asia - which JILI SLOT is home to some PRAGMATIC PLAY of the world's สล็อตPG biggest CO2 emitters - to ditch fossil fuels 11HILO to help tackle climate AMB CASINO change. Countries in the region - including FC SLOT its three biggest economies 88KTC China, Japan and India - were criticised last year 123GOAL for not making a bigger.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 22:08
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft