Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
chemist-sceptic |
Подскажите, пожалуйста, кто-нибудь в России (или не в России, но чтоб поговорить... :о)) занимается (занимался) эмульсионной ПЦР? Заранее спасибо, kim |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
Какая проблема? |
chemist-sceptic |
(Ъ @ 25.03.2008 12:43) Если Тритон или Твин в рек.смеси, эмульсия при 70-95 град появляется автоматом - визуально это видно. А если еще и масла капнуть, то настоящая эмульсия обеспечена. Какая проблема? Да проблема-то пустячная: просто не идет реакция... |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(chemist-sceptic @ 25.03.2008 15:02) может эту попробовать |
chemist-sceptic |
(Guest @ 25.03.2008 14:04) Спасибо за ссылку! Но именно это руководство я изначально и использовала (до всех последующих вариаций и экспериментов). Коллеги, мне очень стыдно признавать, что достаточно простая, в сущности, реакция, к тому же не раз детально описанная в публикациях, в моих руках почему-то идти наотрез отказывается. Но это, увы, так - и куда дальше двигаться, я решительно не представляю. А работу мою за меня никто, к сожалению, делать не будет Сразу скажу, что все (или большую часть) того, что можно было поварьировать в реакции, я уже поварьировала: концентрации праймеров, нуклеотидов, полимеразы и ДНК, размер ампликонов, объем реакционной смеси, время перемешивания и число оборотов мешалки, и еще многое, многое другое... Если вдруг кто-то имел дело с такой реакцией и, может, с аналогичными проблемами - напишите, пожалуйста! Буду благодарна за любую подсказку! С уважением, kim |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 25.03.2008 14:38) В конце 2006 года немного мучился Сергей Расторгуев (расторгуефф(ат)гмаил.цом). Он пытался использовать эмульсионную ПЦР для параллельного секвенирования с ИИС-рестриктазами. Первые попытки были неудачными, но я давно с ним не пересекался. Сейчас при помощи эмульсионной ПЦР проводят пробородготовку для пиросеквенирования на ГС ФЛХ. В России эта машинка в конце прошлого года появилась у скрябинцев. Пару бактерий они уже просеквенировали, так что емПЦР на готовых китах от Роче у них уже проводится. Ну, а не в России - обращайтесь в Гоогле и/или НЛМ. Статей уже десятки. Передай поздравления скрябинцам . |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 27.03.2008 10:17) |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 25.03.2008 14:38) В конце 2006 года немного мучился Сергей Расторгуев (rastorgueff(at)gmail.com). Он пытался использовать эмульсионную ПЦР для параллельного секвенирования с IIS-рестриктазами. Первые попытки были неудачными, но я давно с ним не пересекался. Сейчас при помощи эмульсионной ПЦР проводят пробородготовку для пиросеквенирования на GS FLX. В России эта машинка в конце прошлого года появилась у скрябинцев. Пару бактерий они уже просеквенировали, так что emPCR на готовых китах от Roche у них уже проводится. Ну, а не в России - обращайтесь в Google и/или NLM. Статей уже десятки. |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
(genseq @ 25.03.2008 14:38) В конце 2006 года немного мучился Сергей Расторгуев (rastorgueff(at)gmail.com). Он пытался использовать эмульсионную ПЦР для параллельного секвенирования с IIS-рестриктазами. Первые попытки были неудачными, но я давно с ним не пересекался. Сейчас при помощи эмульсионной ПЦР проводят пробородготовку для пиросеквенирования на GS FLX. В России эта машинка в конце прошлого года появилась у скрябинцев. Пару бактерий они уже просеквенировали, так что emPCR на готовых китах от Roche у них уже проводится. Ну, а не в России - обращайтесь в Google и/или NLM. Статей уже десятки. Проблема пустяковая - просто не идет ПЦР. Но мы сразу о высоком и возвышенном - о секвенировании. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Ъ @ 27.03.2008 13:57) Привет "Неходячие ПЦР" уже наскучили это ты , как царь Кощей над златом чахнеш |
genseq Постоянный участник |
Что касается данного случая, то там ПЦР в контроле идёт, но после эмульгирования с кучей добавок идти не желает . Наверное, нужно просто проверить все добавки на предмет ингибирования ПЦР. Где-то в них сидит какая-то гадость: "Span-80 (4.5 vol %), Tween-80 (0.4 vol %), Triton X-100 (0.05 vol%), минеральное масло (хорошее, какое-то американское)". Список добавок взял из личного письма Ларисы. Жалко девушку , но помочь ей в проведении расследования ничем не могу (кроме сугубо теоретических советов). Кстати, о добавках. Насколько я помню, в первых статьях использовали гидрофобный ПАВ (Arlacel, т.е. олеат маннита или что-то в этом роде). Состав масляной фазы был близок к обычному неполному адъюванту Фрейнда. |
chemist-sceptic |
С уважением, kim |
tatayou |
(chemist-sceptic @ 28.03.2008 16:15) Большое спасибо всем, кто пытался помочь советом или хотя бы посочувствовать Есть еще идеи, попробую еще повозиться Обещаю держать в курсе достижений С уважением, kim Прочитала Ваши сообщения 5-ти летней давности, и узнала свой случай сейчас! Как ваши успехи в emPCR? Все наладили? |
genseq Постоянный участник |
Проблема в том, что компоненты поставляются бочками, а бочки, владельцы которых готовы поделиться со всеми желающими, находятся в США: "Both Degussa products are available from authors as they are only sold in amounts that are much larger than needed for laboratory experiments. ": Может быть, такие бочки стоят у кого-нибудь и в России? Мне самому закупить 200 кг слабо. Сообщение было отредактировано genseq - 01.03.2013 18:48 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Тут что-то не так. Похоже Генсека разводят - не могут реактивы продаваться с таких минимальных упаковок. Да и не нужно стремиться точь-в-точь копировать. |
genseq Постоянный участник |
(-Ъ- @ 01.03.2013 07:57) И дорого стоят эти бочки в 200 кг? Тут что-то не так. Похоже Генсека разводят - не могут реактивы продаваться с таких минимальных упаковок. Да и не нужно стремиться точь-в-точь копировать. Похоже, ты прав. Но это не реактивы, а компоненты для производства косметики. Бочки по 200 л поставляют с завода в Китае. Сейчас нашёл представителей фирмы Evonik в Москве. Сочинил запрос девушке из этой компании по поводу минимальных фасовок и их стоимости. Надеюсь, в понедельник ответит. Сообщение было отредактировано genseq - 01.03.2013 19:01 |
nigoal123 IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE гость |
it sets the tone for |
nigoal123 IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
They are writing their |
guest: 123 IP-штамп: frJhOCvSv9ICE гость |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |