Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
s.vasileva89 |
Подскажите, пожалуйста, куда можно обратиться чтобы подобрали праймеры к генам для ПЦР?
|
genseq Постоянный участник |
|
plurgene Постоянный участник |
|
dk Постоянный участник Россия |
Сообщение было отредактировано dk - 30.12.2016 19:30 |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
его можно настроить на полностью локальную работу с геномом Х.сапиенса (к примеру)? Для этого нужно создать копию БД с полями RefSeq/BLAST DB у себя на компе своими силами или эта (эти?) базы идут уже вместе с uGene и инициировать их создание и делать интерфейс локальных обращений уже не нужно? |
dk Постоянный участник Россия |
|
RNK Постоянный участник СССР |
|
R.J.Dio Постоянный участник |
|
s.vasileva89 |
Я сама достаточно далека от молекулярной биологии, поэтому ищу того, кто сможет мне подобрать праймеры. Нужны они мне для личных целей, но любой труд должен быть оплачен, поэтому обязательно заплачу за проделанную работу. Мне нужно сделать ПЦР анализ на наличие продуктов экспрессии ниже перечисленных генов, для того чтобы знать, есть ли дифференцировка ранних половых клеток хряка: 1) TNP2 transition protein 2 (during histone to protamine replacement) (XM_003354608.2) 2) PRM1 protamine 1 (NM_214253.1) 3) PRM2 protamine 2 (NM_214252.1) 4) ACRBP acrosin binding protein (XM_003126533.1) 5) SCP3 synaptonemal complex protein 3 6) Crem-1 7) SP-10 8) Abp |
RNK Постоянный участник СССР |
info@primerdigital.com будет очень не дорого, мультиплексный ПЦР сделают для вас.
|
sceptique Постоянный участник временной жизни |
(R.J.Dio @ 02.01.2017 16:09) "Пусть слушает тот, кому нравится слушать, пусть танцует, кто привык танцевать". И не слушайте старперов всех мастей! Присоединяюсь к Вашему редкому самокритичному пожеланию. |
zolka |
|
Atropos Постоянный участник abroad |
(plurgene @ 30.12.2016 10:54) Проще зайдите вот сюда Если для qPCR, то рекомендую 2-3 варианта из Primer-BLAST сразу заказывать (тогда почти всегда будет хотя бы одна отличная пара). |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(zolka @ 04.04.2017 12:38) Здравствуйте! Возникла проблема при работе с программой PrimerPremier для подбора праймеров (я новичок)). я задаю параметры поиска, в результате выходят пары праймеров с Tm =0...Возможно, я неверно задаю диапазон поиска праймеров?...Но в настройках Tm указываю необходимую, также как и отсутствие димеров, шпилек и т.д. Иногда выдаёт Tm 54 у sense праймера, но у anti-sense всегда 0. А Вы не указывайте... На фига зацикливаться на темп. плавления Определяйте эмперически темп. отжига! По температуре плавления праймеры могут отличаться на 5 и более градусов. В критериях выбора праймеров Tm не на ведущих позициях. И к тому же, если Вы собираетесь работать с высокосолевыми ПЦР буферами с аммонийными катионами (я сам их люблю), то там все "не так как у людей". |
Lorraine |
|
zie Участник |
(RNK @ 10.01.2017 21:32) Подайте запрос сюда: info@primerdigital.com будет очень не дорого, мультиплексный ПЦР сделают для вас. Здравствуйте. Удалось ли вам разобраться с этим вопросом? |
zie Участник |
(s.vasileva89 @ 10.01.2017 13:39) Спасибо огромное за ответы! Я сама достаточно далека от молекулярной биологии, поэтому ищу того, кто сможет мне подобрать праймеры. Нужны они мне для личных целей, но любой труд должен быть оплачен, поэтому обязательно заплачу за проделанную работу. Мне нужно сделать ПЦР анализ на наличие продуктов экспрессии ниже перечисленных генов, для того чтобы знать, есть ли дифференцировка ранних половых клеток хряка: 1) TNP2 transition protein 2 (during histone to protamine replacement) (XM_003354608.2) 2) PRM1 protamine 1 (NM_214253.1) 3) PRM2 protamine 2 (NM_214252.1) 4) ACRBP acrosin binding protein (XM_003126533.1) 5) SCP3 synaptonemal complex protein 3 6) Crem-1 7) SP-10 8) Abp Удалось ли вам подобрать праймеры и знать как трактовать результат? |
RNK Постоянный участник СССР |
|
zie Участник |
(RNK @ 25.11.2017 22:44) RNK ... я понимаю, что этот вопрос был давно открыт, но откуда вы знаете, что все ж таки удалось его решить? |
RNK Постоянный участник СССР |
|
патроны кончились |
(RNK @ 27.11.2017 12:36) РНК вы учестник перврй ПЦР публикации в СССР |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
zie Участник |
Я сама достаточно далека от молекулярной биологии, поэтому ищу того, кто сможет мне подобрать праймеры. Нужны они мне для личных целей, но любой труд должен быть оплачен, поэтому обязательно заплачу за проделанную работу. Мне нужно сделать ПЦР анализ на наличие продуктов экспрессии ниже перечисленных генов, для того чтобы знать, есть ли дифференцировка ранних половых клеток хряка: 1) TNP2 transition protein 2 (during histone to protamine replacement) (XM_003354608.2) 2) PRM1 protamine 1 (NM_214253.1) 3) PRM2 protamine 2 (NM_214252.1) 4) ACRBP acrosin binding protein (XM_003126533.1) 5) SCP3 synaptonemal complex protein 3 6) Crem-1 7) SP-10 8) Abp Хорошо. прймеры синтезированы, а дальше?? как увидеть эту дифференцировку ?? |
LMP Постоянный участник |
(zie @ 01.12.2017 12:33) у вас объект исследования какой: ткань или клеточная линия?
|
zie Участник |
|
LMP Постоянный участник |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
zie Участник |
(dk @ 01.12.2017 17:17) Что-то я не понял: Вам нужен именно продукт экспрессии, или просто наличие определённого гена гена? В первом случае требуется смотреть именно транскрипцию по РНКе: из РНК обратной траскриптазой строить ДНК и её уже амплифицировать. Ну или вешать зонды, ставить преципитацию и др. методы детекции - именно продукта (белка или что там). В случае, если Вам надо установить просто наличие гена - чтоб его полиморфизм посмотреть, или установить родство, видовую принадлежность и пр. - то подойдёт обычная ПЦР и дальше, например, прямое секвенирование или рестрикция или сразу аллель-специфичная ПЦР. Грубо говоря, в чём разница: у девочек тоже имеются гены, определяющие синтез тестостерона. Но экспрессия этих генов (к счастью) крайне низкая, поэтому мужское око услаждают, в большинстве своём, прекрасные феи, а не женская сборная США по плаванию. Т.е. ген есть, а уровень его продукта - низок. спасибо огромное за ответ. Вы для меня много чего нового открыли. Я не знаю для чего данный форум создавали...возможно для того чтобы было общение матерых молекулярщиков, биофизиков, химиков и др и постоянный обмен информации между учеными разных стран (хотя врятли сюда пишут какие-то американцы). А мы , простые смертные видим данный форум, как единственную зацепку и палочку-выручалочку чтоб решать свои вопросы в этой сфере. Поэтому к вам сюда и обращаемся. Порой получаем такие ответы, которые просто ставят в тупик, а ваш толковый ответ помогает разобраться куда двигаться дальше с этим вопросом. Правда вопросов еще больше появилось((( |
dk Постоянный участник Россия |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
sceptique Постоянный участник временной жизни |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(dk @ 01.12.2017 17:17) Но экспрессия этих генов (к счастью) крайне низкая, поэтому мужское око услаждают , в большинстве своём, прекрасные феи, а не женская сборная США по плаванию. Т.е. ген есть, а уровень его продукта - низок. А женская по спортивной гимнастике? Это же монстры! "Незаконная транскрипция" всегда имеет место быть в клетках, что и обнаружит ПЦР практически во всех клетках. Поэтому надо выбирать хаускипин ген (а лучше 2) и делать количественный ПЦР (RT-qPCR) на выбранный ген (мишень) относительно этого гена "домашнего хозяйства.... Сам тупею от таких ответов, пардон. Начинайте с того: |
Sod Постоянный участник Москва |
(zie @ 01.12.2017 12:33) Привет великим умам. Всегда интересовал вопрос...ну синтезировал ты праймеры, произвел амплификацию, получились какие-то фрагменты, а как узнать нужные ли фрагметы и как их вообще интерпретировать такие результаты. Например вернемся к вопросу заданному в этой теме 10.01.17. Я сама достаточно далека от молекулярной биологии, поэтому ищу того, кто сможет мне подобрать праймеры. Нужны они мне для личных целей, но любой труд должен быть оплачен, поэтому обязательно заплачу за проделанную работу. Мне нужно сделать ПЦР анализ на наличие продуктов экспрессии ниже перечисленных генов, для того чтобы знать, есть ли дифференцировка ранних половых клеток хряка: 1) TNP2 transition protein 2 (during histone to protamine replacement) (XM_003354608.2) 2) PRM1 protamine 1 (NM_214253.1) 3) PRM2 protamine 2 (NM_214252.1) 4) ACRBP acrosin binding protein (XM_003126533.1) 5) SCP3 synaptonemal complex protein 3 6) Crem-1 7) SP-10 8) Abp Хорошо. прймеры синтезированы, а дальше?? как увидеть эту дифференцировку ?? zie я могу Вам помочь, если интересно, то тогда нам нужно связаться как-то. Сообщение было отредактировано Sod - 08.01.2018 23:02 |
acid2302 |
Теперь сотрудника нет - и вешают на меня.... Я этим никогда не занимался. Подскажите - что почитать, как можно самому разобраться? есть сиквенсы на группу микробов (много) а как их приспособить и получить ответ о виде микроорганизма - не знаю.... |
Нургуль551526 |
Помогите, ребяяяяяяяяят |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |