Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Гаряев и 2,х генетический код -- Обсуждается ошибочность/правильность генетического кода. --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Закрытая темаСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 12:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Еще одно соображение. Кратко. 98-99% сиквенса генома человека имеет проблематичное значение, поскольку касается гетерохроматина. В нём ДНК, за редким исключением, не кодирует белки и РНК. Там абсолютно иные кодовые функции - топологические, частным случаем которых являются голографические атрибуты генома эукариот. А вот эухроматическая часть генома человека (1-2%) изучается интенсивно, однако, с угрожающим перекосом в силу ложной модели белкового кода, считающей понятие ТЕКСТОВ генов не более, чем метафорой. Хотя одно слово из текстов генов мы всё-таки знаем - это три кодона с семантикой СТОП. Ложность модели и в том, что не понята роль 3-го нуклеотида в кодонах, особенно в 32 двусмысленных кодонах. Он и является вектором переключения этих 32 кодонов в бесконечный ареал мРНК-текстовых смыслов. Если так, то все рассуждения о роли мутаций, включений в геном чужеродных, например, вирусных ДНК-РНК последовательностей, а также мутаций и смысла аллелей генов, могут и должны быть переоценены. Это дедуктивный взгляд сверху или издалека, которому противятся здешние спецы по мол. биологии и который позволяет видеть геном в его стратегической ипостаси, в том числе в актах Сознания-Мышления.
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 16:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

(Gariaev @ 16.11.2017 10:56)
Ссылка на исходное сообщение  Ложность модели и в том, что не понята роль 3-го нуклеотида в кодонах, особенно в 32 двусмысленных кодонах.
подниму-ка я старую тему, а то ППГ ошибочно полагая ее нахождение в помойке, полагает, что никто не помнит, как он очередной раз облажался smile.gif ссылка
"t6A37 enhances the codon–anticodon stability via cross-strand stacking interaction with the first codon nucleotide, whereas partially modified mnm5U34 lacking 2-thio group was implicated in an alternate mnm5U34·G base-pairing interactions via a bifurcated hydrogen bond25. A similar model of the bacterial 30S subunit with ASL of human tRNA3 LysUUU, which has identical anticodon loop sequence with E. coli tRNALysSUU but carries ms2t6A37 (2-methylthio-N6-threonylcarbamoyladenosine) and mcm5s2U34 (5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridine) modifications, revealed Watson–Crick-like geometry of mcm5s2U34·G base-pairing interactions at the wobble codon–anticodon position26. Both of these works and numerous other genetic, biophysical and biochemical findings indicated that each group in a modified nucleotide improves thermodynamic properties of tRNA and serves to augment specific codon–anticodon interactions during decoding"
после этого помнится ППГ обещался накатать letter to the edditor с опровержением.
Ну и как, накатал?
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 18:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(LMP @ 16.11.2017 17:41)
Ссылка на исходное сообщение  подниму-ка я старую тему.......

Это обсуждение тактических моментов кодон-антикодоноавых взаимодействий, например, их усиление. Это не имеет прямого отношения к стратегической векторной роли 3-го нуклеотида в кодонах, что является ключевым фактором в моей модели белкового кода.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 18:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Ложность модели и в том, что не понята роль 3-го нуклеотида в кодонах, особенно в 32 двусмысленных кодонах. Он и является вектором переключения этих 32 кодонов в бесконечный ареал мРНК-текстовых смыслов.


Режим Третьяков on

Горяич, еще Жорик Гамов не двусмыссленно намекнул, что 2 букав в кодоне не хватит, для кодировки 20 аминокислот.

Режим Третьяков off
tongue.gif
Участник оффлайн! Nora2




 прочитанное сообщение 17.11.2017 00:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(MMM @ 16.11.2017 19:42)
Ссылка на исходное сообщение  Режим Третьяков on

Горяич, еще Жорик Гамов не двусмыссленно намекнул, что 2 букав в кодоне не хватит, для кодировки 20 аминокислот.

Режим Третьяков off
tongue.gif

Дык Жорик заблуждался. Кодируется-то двумя буквами, а 3-я вобулирует. В этом и фишка.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 05:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Ага! 16 аминокислот кодируется, а 4 , как ППГ на душу положит, сами собой в белках возникают.
Участник оффлайн! Nora2




 прочитанное сообщение 17.11.2017 10:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 06:33)
Ссылка на исходное сообщение  Ага!  16 аминокислот кодируется, а  4 , как ППГ на душу положит, сами собой в белках возникают.

Так не возникают. К учебнику, милейший. Но и учебник не поможет. Соображать надо, как работают 32 неоднозначных кодона. Неужто не понял, как? Тут те и все объяснения. Если дотяпаешь.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 17.11.2017 11:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Тема слишком заППГилась, пора ее чистить или переносить....
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 11:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

А вот еще про научные проблемы.
рекомендую для прочтения.
http://lleo.me/arhive/2016/kasper.htm
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 12:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Nora2 @ 17.11.2017 11:06)
Неужто не понял, как?

Да, понял конечно их верной рукой ППГ направляет.

2 буквы кодируют 16 аминокислот.

вобла к пиву хороша. Нетути никаких триплетов. Просто в белках 16 аминокислот, а оставшиеся 4 это всеобщее заблуждение.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 13:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 06:33)
Ссылка на исходное сообщение  Ага!  16 аминокислот кодируется, а  4 , как ППГ на душу положит, сами собой в белках возникают.

Дык опять же, гляньте в табличку кода, там всё кодируется, только маненько не так, как там прописано. Вы от ответа-то не увиливайте. Как двусмысленные-то, а их аж 32, кодируют?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 13:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Так там же все написано, как написано - так и кодируют. Только вот незадача - написано, что тремя буквами. А двусмысленности там никакой нет. Двусмысленность при обратном переходе возникает. Но насколько мне известно в природе процессов обратного синтеза нуклеотидной последовательности ДНК по аминокислотной последовательности белка пока не обнаружено.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 13:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 13:38)
Ссылка на исходное сообщение  Да, понял конечно их верной рукой ППГ направляет.

2 буквы кодируют 16 аминокислот.

вобла к пиву хороша. Нетути никаких триплетов. Просто в белках 16 аминокислот, а оставшиеся 4 это всеобщее заблуждение.

Две-то две, так и третья буква триплетов участвует, причем по крупному. Участвует в двусмысленных кодонах. А как, уже спрашивала, но вы что-то не дотумкали. А в син-кодонах 3'-5' кодон-атикодоновая пара в кодировании не участвует. Но 3-й нуклеотид, в дополнении к его интересным функциям, нужен для усиления кодон-антикодоновх связей, а они водородные = слабенькие. Так что, МОЛбиолог МММ, признаешь, что в триплетном коде не шаришь?
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 14:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Nastja @ 17.11.2017 12:12)
Ссылка на исходное сообщение  Тема слишком заППГилась, пора ее чистить или переносить....

Давайте в Беседу. Но тут же профи, а там трепаловка не грамотных. Лучше оставить тут, чтобы уровень соответствующий был, а не...
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 14:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 14:47)
Ссылка на исходное сообщение  Так там же все написано, как написано - так и кодируют. Только вот незадача - написано, что тремя буквами. А двусмысленности там никакой нет. Двусмысленность при обратном переходе возникает. Но насколько мне известно в природе процессов обратного синтеза  нуклеотидной последовательности  ДНК по аминокислотной последовательности белка пока не обнаружено.

Видите-ли, дорогой МММ, наука (настоящая) не следует поговорке "что написано пером, не вырубишь и топором".

Обратный синтез возможен, например у Прионов. Но это долгий разговор.
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 14:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Nastja @ 17.11.2017 09:12)
Ссылка на исходное сообщение  Тема слишком заППГилась, пора ее чистить или переносить....
в случае переноса это будет трактоваться ППГ, как "гонения".
Это обсуждение тактических моментов кодон-антикодоноавых взаимодействий, например, их усиление. Это не имеет прямого отношения к стратегической векторной роли 3-го нуклеотида в кодонах

ППГ, результаты экспериментов-то в статье осилил? smile.gif
"Here, we demonstrate how tRNALysUUU with hypermodified 5-methylaminomethyl-2-thiouridine (mnm5s2U) at the wobble position discriminates between cognate codons AAA and AAG"
Статья как раз отвечает на все твои вопросы. И, чтобы уж совсем закончить с этим вопросом, приведу твою первичную реакцию полугодовой давности на эту публикацию.

ППГ пишет:

"Не хватает главного - объединяющего волнового действа биокомпьютерного толка; Биосистему в целом и клетки можно рассматривать как своего рода приемник управляющих физ. полей. А ДНК, по Берковичу, как баркод к Бомовской вселенской голограмме. Заблуждение авторов, как и биологов в статье Лазебника, в том, что они полагают физ-химию молекул достаточной для организации сверхсложных квазиразумных манипуляций на кухне белоксинтезирующей системы"

Под этой фразой можно ставить финиш и перевод в раздел "Беседы", а само изречение - в анналы Википедии)))
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 14:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

--Две-то две, так и третья буква триплетов участвует, причем по крупному.
Нет, батенька, код либо троичен, либо двоичен. Ну, вот, как то серединки на половинку - это будет лишняя сущность. Переводчик получится неоправданно дорогой. ППГ называют.

--Участвует в двусмысленных кодонах.
Чего там двусмысленного? В каноническом коде, который вы тут хаите, все адназначна, одному триплетному кодону соответствует одна и только одна аминокислота.

--А как, уже спрашивала, но вы что-то не дотумкали.

Ой! Вы Петр или Петра?
Да, канешно не дотумкали. Вы уж нам сирым и убогим головой разъясните свою мысль светлую и глыбокую, нам не доступную.

--Так что, МОЛбиолог МММ, признаешь, что в триплетном коде не шаришь?
Признаю, Батюшка! Ой! признаю! Просвяти милай, лучом лазерю сваего, темноту маего невежества.

Сообщение было отредактировано MMM - 17.11.2017 14:46
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 14:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(Gariaev @ 17.11.2017 15:15)
Обратный синтез возможен, например у Прионов. Но это долгий разговор.


Зачем долгий, просто дайте ссылку на работу, где это показано и я пойду постигать тонкости этой работы, заодно и от вас отстану.
Участник оффлайн! avor
moderator



 прочитанное сообщение 17.11.2017 14:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Ну, как-то так. Посмотрим на этот цирк.

Срач и хамство устраивать не дам - потру, забаню.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 14:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(LMP @ 17.11.2017 15:17)
Ссылка на исходное сообщение  в случае переноса это будет трактоваться ППГ, как "гонения".
ППГ, результаты экспериментов-то в статье осилил?  smile.gif
"Here, we demonstrate how tRNALysUUU with hypermodified 5-methylaminomethyl-2-thiouridine (mnm5s2U) at the wobble position discriminates between cognate codons AAA and AAG"
Статья как раз отвечает на все твои вопросы. И, чтобы уж совсем закончить с этим вопросом, приведу твою первичную реакцию полугодовой давности на эту публикацию.

ППГ пишет:

"Не хватает главного - объединяющего волнового действа биокомпьютерного толка; Биосистему в целом и клетки можно рассматривать как своего рода приемник управляющих физ. полей. А ДНК, по Берковичу, как баркод к Бомовской вселенской голограмме. Заблуждение авторов, как и биологов в статье Лазебника, в том, что они полагают физ-химию молекул достаточной для организации сверхсложных квазиразумных манипуляций на кухне белоксинтезирующей системы"

Под этой фразой можно ставить финиш и перевод в раздел "Беседы", а само изречение - в анналы Википедии)))

Упомянутая статья на главный вопрос о кодировании не отвечает, находясь в прокрустовом ложе старой модели кода.

Что касается второй части реплики, то использован старый и не работающий прием в дискуссиях, когда оппонент в силу неподготовленности не может ничего возразить и объявляет доводы оппонента бредом или переходит на мат. При использовании приема под названием "бред" у него возникает надежда на иллюзию, что за этим "аргументом" стоят какие-то доказательства, а их попросту нет. Так и лмп, не зная и не читая Бома и Берковича, выбрасывает псевдо козырь, по умолчанию - мол, все это "бред". Пожалеем беднягу "молбиолога".

И главное, что вы боитесь дискутировать? Вот МММ молодец, что-то пытается возразить по сути проблемы.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 17.11.2017 15:01     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(Gariaev @ 17.11.2017 15:41)
Ссылка на исходное сообщение   Вот МММ молодец, что-то пытается возразить по сути проблемы.

МММ давно пора банить за это.
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 15:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(Gariaev @ 17.11.2017 12:41)
Ссылка на исходное сообщение  Упомянутая статья на главный вопрос о кодировании не отвечает
если не отвечает, зачем тогда ППГ собирался писать опровержение в Nature?
И главное, что вы боитесь дискутировать?
тогда прокомментируйте приведенную статью по существу smile.gif - что авторами показано: вашими словами, - как соотносится с моделью уотсона-крика и - прокомментируйте недочеты, с вашей точки зрения, допущенные авторами при описании распознавания единым кодоном разных триплетов.
Прошу smile.gif
Только пож-ста, если можно без "квантовых биокомпьютеров" и "квазиразумных манипуляций", ладно?
И да - еще пож-ста укажите где и в каком месте я перешел на мат
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 15:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

че за комиссия, Создатель, как сказал классик. А еще классик (другой) сказал, что практика- критерий истины. Я вот не втыкаю, например, почему следует сомневаться в правильности генетического кода, ежели, бывало, пихнешь один и тот же ген с разными кодонами в систему экспрессии, и...Вы-таки будете смеяться, получается один и тот же белок... Не верите? Спросите у диабетиков, чтоб далеко не ходить. Воистину чудо, а, ППГ. Оттрахтуй, плз

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): LMP
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 17:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(LMP @ 17.11.2017 16:21)
Ссылка на исходное сообщение  если не отвечает, зачем тогда ППГ собирался писать опровержение в Nature?  тогда прокомментируйте приведенную статью по существу smile.gif - что авторами показано: вашими словами, - как соотносится с моделью уотсона-крика и - прокомментируйте недочеты, с вашей точки зрения, допущенные авторами при описании распознавания единым кодоном разных триплетов.
Прошу smile.gif
Только пож-ста, если можно без "квантовых биокомпьютеров" и "квазиразумных манипуляций", ладно?
И да - еще пож-ста укажите где и в каком месте я перешел на мат

Уже отвечал. Статья не имеет отношения к проблеме регуляторной роли 3-го нуклеотида в кодонах. Говорю пока только об этом. И всем предлагаю говорить только об этом. Тут корень зла.
Мат в мой адрес был в моей теме в период 2007-2009г., когда вас еще не было в моей теме. Как нет и сейчас. Вы же не более, чем ник. То есть никто. И это вы подтверждаете полным отсутствием научной аргументации. Подсовывайте статьи, которые не читали. Дайте свою статью, опровергающую меня... Или выскажитесь по сути. Всем заникованным предлагаю представиться. smile.gif
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 17:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 15:21)
Ссылка на исходное сообщение  --Две-то две, так и третья буква триплетов участвует, причем по крупному.
Нет, батенька, код либо троичен, либо двоичен. Ну, вот, как то серединки на половинку - это будет лишняя сущность. Переводчик получится неоправданно дорогой. ППГ называют.

ПГ: "Либо - либо" не проходит, хоть тресни. Пример - спутанные состояния элементарных частиц в квантовом компьютинге. Это квантовая физика, а Жизнь сложнее. 
(MMM @ 17.11.2017 15:21)
Чего там двусмысленного? В каноническом коде, который вы тут хаите, все адназначна, одному триплетному кодону соответствует одна и только одна аминокислота.

ПГ: Это ошибка. Даже Отцы модели триплетного кода не понимали, то, что и вы не понимаете - почему кодон UUU  шифрует одновременно ФАЛ и ЛЕЙ. Где тут ИЛИ-ИЛИ?  И в этом они честно признались. Цитату приводил об этом много много раз. Но ваше непонимание стоит на уровне Ф.Крика и М.Ниренберга smile.gif. Гордитесь.  Добавлю, кроме двусмысленного UUU, есть еще 31 штука двусмысленных кодонов.
(MMM @ 17.11.2017 15:21)
Ой! Вы Петр или Петра?
Да, канешно не дотумкали. Вы уж нам сирым и убогим головой разъясните свою мысль светлую и глыбокую, нам не доступную.

ПГ: Так с 2004г. разъясняю. Но трудно. Вы же умны  lol.gif , как Ниренберг и Крик, чай, Нобелиаты.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 18:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 15:25)
Ссылка на исходное сообщение  Зачем долгий, просто дайте ссылку на работу, где это показано и я пойду постигать тонкости этой работы, заодно и от вас отстану.

Не показано, а высказано предположение, согласующееся с особенностями виртуального генома прионов. Статью об этом прикрепляю.

Файл/ы:

скачать файл Central_Dogma.pdf
размер: 513.36к
кол-во скачиваний: 255


Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 18:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

Заголовок темы по сути не корректен:

Тема с прикреплёнными файлами Гаряев и 2,х генетический код
Обсуждается ошибочность/правильность генетического кода.

Точнее было бы: Правильна-ли модель триплетного белкового кода в отношении роли 3-го нуклеотида в кодонах?

Прошу исправить.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 18:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(R-J-Dio @ 17.11.2017 16:21)
Ссылка на исходное сообщение  че за комиссия, Создатель, как сказал классик. А еще классик (другой) сказал, что практика- критерий истины. Я вот не втыкаю, например, почему следует сомневаться в правильности генетического кода, ежели, бывало, пихнешь один и тот же ген с разными кодонами в систему экспрессии, и...Вы-таки будете смеяться, получается один и тот же белок... Не верите? Спросите у диабетиков, чтоб далеко не ходить. Воистину чудо, а, ППГ. Оттрахтуй, плз

Разные кодоны предполагают разные гены. Так?
И такие разные гены дают один и тот же белок. Тут "бывало пихнешь" тоже не проходит. Надо проверить корректность постановки такой работы. Ссылку, пожалуйста, на статью. Но полагаю, что в любой редколлегии она не пройдет. Скажут - грязь. Если убедите народ хотя бы тут, то можно предложить версию объяснения. Так что доказывайте, если тоже замахнулись на Крика и Ниренберга.
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 18:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(Gariaev @ 17.11.2017 15:35)
Ссылка на исходное сообщение  Уже отвечал. Статья не имеет отношения к проблеме регуляторной роли 3-го нуклеотида в кодонах. 
не аргументировано, а значит - не научно. Повторяю вопросы:
- что авторами показано: вашими словами
- как их модель соотносится с моделью уотсона-крика
- прокомментируйте недочеты, с вашей точки зрения, допущенные авторами при описании
распознавания единым кодоном разных триплетов
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 18:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

(LMP @ 17.11.2017 19:27)
Ссылка на исходное сообщение  не аргументировано, а значит - не научно. Повторяю вопросы:
- что авторами показано: вашими словами
- как их модель соотносится с моделью уотсона-крика
- прокомментируйте недочеты, с вашей точки зрения, допущенные авторами при описании
  распознавания единым кодоном разных триплетов

"распознавания единым кодоном разных триплетов", только это место процитируйте в оригинале. И еще раз пришлите мне эту статью, если не трудно.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 19:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

"Либо - либо" не проходит, хоть тресни. Пример - спутанные состояния элементарных частиц в квантовом компьютинге. Это квантовая физика, а Жизнь сложнее. 

ПП, это философия. А где реальность?
Это ошибка. Даже Отцы модели триплетного кода не понимали, то, что и вы не понимаете - почему кодон UUU  шифрует одновременно ФАЛ и ЛЕЙ. Где тут ИЛИ-ИЛИ?  И в этом они честно признались. Цитату приводил об этом много много раз. Но ваше непонимание стоит на уровне Ф.Крика и М.Ниренберга smile.gif. Гордитесь.  Добавлю, кроме двусмысленного UUU, есть еще 31 штука двусмысленных кодонов.

А где это такое? При чем желательно что бы был один и тот же белок и было показано, что там есть обе АК на месте кодируемом TTT(UUU) примерно в соотношении 1:1. Ну, а так же случаи где воспроизводимо UUU кодирует лейцин. Желательно что бы таких случаев было не менее 50% всего белкового царства.
Приведите примеры конкретных исследования хотелось бы ознакомится с фактическим материалом.
Так с 2004г. разъясняю. Но трудно. Вы же умны  lol.gif , как Ниренберг и Крик, чай, Нобелиаты.

Так может вы излагать не умеете? Нас то много, а вы один. Чем больше народу вас хотят понять, тем меньше шансов, что они все поголовно тупые.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 20:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(Gariaev @ 17.11.2017 19:26)
Ссылка на исходное сообщение  
И такие разные гены дают один и тот же белок. Тут "бывало пихнешь" тоже не проходит. Надо проверить корректность постановки такой работы. Ссылку, пожалуйста, на статью. Но полагаю, что в любой редколлегии она не пройдет. Скажут - грязь. Если убедите народ хотя бы тут, то можно предложить версию объяснения. Так что доказывайте, если тоже замахнулись на Крика и Ниренберга.


ПП. Гены разные, а белок один. Вы согласны с тем, что при изменении аминокислотной последовательности белка его свойства(например ферментная активность или способность связываться с рецептором) должны изменится?

Во всем мире уже лет 25 инсулин получают с помощью синтеза на искусственных генах в бактериях, где кодоны оптимизированы под систему синтеза белка бактерии, (т.е. эти гены отличны от человеческих) а не человека. Однако этот инсулин при этом отлично работает в теле человека и это доказано клиническими и биохимическими методами на тысячах больных и тысячах образцов.

Вы хотите кому то доказать, что это мировой заговор, шайки грязных биохимиков и молбиологов.
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 21:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

клиника
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 21:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 20:59)
Ссылка на исходное сообщение  ПП, это философия. А где реальность?

А где это такое? При чем желательно что бы был один и тот же белок и было показано, что там есть обе АК на месте кодируемом TTT(UUU) примерно в соотношении 1:1. Ну, а так же случаи где воспроизводимо UUU кодирует лейцин. Желательно что бы таких случаев было не менее 50% всего белкового царства.
Приведите примеры конкретных исследования хотелось бы ознакомится с фактическим материалом.

Так может вы излагать не умеете? Нас то много, а вы один. Чем больше народу вас хотят понять, тем меньше шансов, что они все поголовно тупые.

В данном случае излагаю то, что написано в статье Крика и Ниренберга. Причем, главное в ней - признание факта ими же полученного, что УУУ кодируют одновременно ФАЛ и ЛЕЙ. И второе - это их непонимание этого феномена. Прикрепляю их статью. СМ. стр. 153-154.
"Однако все же имеется одна реальная возможность появления не-
определенности при синтезе белка. Эта неопределенность могла бы возник-
нуть, если бы одно кодовое слово соответствовало нескольким аминокис-
лотам. До настоящего времени был отмечен только один случай такой
неопределенности. Белок, синтезируемый поли-U, состоит не только из
лейцина, но и из фенил аланина, причем на каждую молекулу лейцина
приходится 20—30 молекул фенилаланина. При отсутствии в растворе
фенилаланина поли-U использует лейцин в количестве, равном половине
обычно используемого количества фенилаланина. Молекулярное объясне-
ние этой неопределенности неизвестно."

Сообщение было отредактировано Gariaev - 17.11.2017 21:34

Файл/ы:

скачать файл ______________________.pdf
размер: 3.71мб
кол-во скачиваний: 135


Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 21:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 20:59)
Ссылка на исходное сообщение  ПП, это философия. А где реальность?

А где это такое? При чем желательно что бы был один и тот же белок и было показано, что там есть обе АК на месте кодируемом TTT(UUU) примерно в соотношении 1:1. Ну, а так же случаи где воспроизводимо UUU кодирует лейцин. Желательно что бы таких случаев было не менее 50% всего белкового царства.
Приведите примеры конкретных исследования хотелось бы ознакомится с фактическим материалом.

Так может вы излагать не умеете? Нас то много, а вы один. Чем больше народу вас хотят понять, тем меньше шансов, что они все поголовно тупые.

В таком случае Крик и Ниренберг подпадают под ваше определение ТУПЫХ. Нехорошо.smile.gif
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 22:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

ПП 5%, да еще In Vitro? Да, еще 45 лет назад. Это не тот факт на котором можно построить переворот в мол. биологии. Надо бы перепроверить! Но дорого. В общем меня это не убеждает.

Сообщение было отредактировано MMM - 17.11.2017 22:09
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 22:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

С геном инсулина все спокойно.

"Наконец, ученым удалось осуществить в клетках Е.coli биосинтез молекулы проинсулина, а не только ее отдельных цепей. Молекула проинсулина после биосинтеза способна соответствующим образом преобразовываться (формируются дисульфидные связи между цепями А и В), превращаясь в молекулу инсулина. Эта технология имеет серьезные преимущества, поскольку различные этапы экстракции и выделения гормона сведены до минимума. При разработке такой технологии была выделена информационная РНК проинсулина. Используя ее в качестве матрицы, с помощью фермента обратной транскриптазы синтезировали комплементарную ей молекулу ДНК, которая представляла собой практически точную копию натурального гена инсулина. После пришивания к гену необходимых регуляторных элементов и переноса конструкции в генетический материал Е.coli
Стало возможным производить инсулин на микробиологической фабрике в неограниченных количествах. Его испытания показали практически полную идентичность натуральному инсулину человека. Он намного дешевле препаратов животного инсулина, не вызывает осложнений."
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtop...14#entry1692814
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 22:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 23:08)
Ссылка на исходное сообщение  ПП 5%,  да еще In Vitro? Да, еще 45 лет назад. Это не тот факт на котором можно построить переворот в мол. биологии.  Надо бы перепроверить! Но дорого. В общем меня это не убеждает.

Не надо ничего перепроверять. Достаточно взглянуть на таблицу Ген. кода. Только внимательно, без последствий научного зомбажа авторитетами. А вот акад. Л.П.Овчинникова надо прочитать:

Файл/ы:

скачать файл ______________.pdf
размер: 104.58к
кол-во скачиваний: 140



скачать файл ___________2__________.pdf
размер: 316.74к
кол-во скачиваний: 138


Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 23:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

(Gariaev @ 17.11.2017 23:29)
Ссылка на исходное сообщение  С геном инсулина все спокойно.

Это не все о нем....... Газеты - не патенты.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.11.2017 23:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

Ну и че из этой тэйблы следует. Понятно что код вырожденный. Понятно что вырождение не равномерно и возможно, что даже неравномерность эта не случайна. На некоторые АК пришлось 6 кодонов, на некоторые 4 на некоторые 3 на некоторые 2, а на парочку так и ваще 1. Из этого никак не следует что если код лизина окажется в каком- то особом месте, то он будет кодировать не лизин, а аспаргин. Если бы это было так, то эту табличку не возможно было бы составить в том виде в каком ее умудрились составить.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 11:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

(MMM @ 17.11.2017 21:54)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и че из этой тэйблы следует. Понятно что код вырожденный. Понятно что вырождение не равномерно и возможно, что даже неравномерность эта  не случайна. На некоторые АК пришлось 6 кодонов, на некоторые 4 на некоторые 3 на некоторые 2, а на парочку так и ваще 1. Из этого никак не следует что  если код лизина окажется в каком- то особом месте, то он будет кодировать не лизин, а аспаргин. Если бы это было так, то эту табличку не возможно было бы составить в том виде в каком ее умудрились составить.

Там петр петрович выделил. Он как бык на красную тряпку реагирует на определенные слова. Правда общий смысл написанного до него не доходит или он его игнорирует.

Петр петрович, когда овчинников пишет "контекст", он имеет в виду вполне себе материальные вещи в виде последовательностей, образующих вторичные структуры, взаимодействующих с рибосомой и факторами трансляции и т.д.
к вашему шаманско-мошенническому-лингвистическо-рептилоидному "контексту" это не имеет никакого отношения. Еще один пример искажение и использования петром петровичем научного термина в своих мошеннических целях.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 11:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

(MMM @ 18.11.2017 00:54)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и че из этой тэйблы следует. Понятно что код вырожденный. Понятно что вырождение не равномерно и возможно, что даже неравномерность эта  не случайна. На некоторые АК пришлось 6 кодонов, на некоторые 4 на некоторые 3 на некоторые 2, а на парочку так и ваще 1. Из этого никак не следует что  если код лизина окажется в каком- то особом месте, то он будет кодировать не лизин, а аспаргин. Если бы это было так, то эту табличку не возможно было бы составить в том виде в каком ее умудрились составить.

Следует, и многое. Первое и главное - то, код вырожден двукратно, он синонимо-омонимический. Вам бы Лагерквиста прочитать. Но вы же варитесь в собственном соку. Старое, осмысленное по новому, от вас отскакивает. Дам фрагмент анализа кода вопреки Лагерквисту, который тоже понял, что модель кода странная в отношении функций не синонимических (омонимических) кодонов:

Файл/ы:

скачать файл _____________________________.pdf
размер: 276.69к
кол-во скачиваний: 205


Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

В приведенном фрагменте неправильно сохранились таблицы, поэтому даю монографию, где все видно нормально. В ней привожу цитирования Ф.Крика в ключевой позиции об осознании им проблемы, связанной с 3-м нуклеотидом кодонов. Для цитирования использовал книгу "Безумный поиск" (воспоминания Ф.Крика) - с не всегда правильным переводом - о проблеме модели кода. Но суть некорректности его модели это не меняет. Могу дать точный перевод.

Файл/ы:

скачать файл _______3.pdf
размер: 4.37мб
кол-во скачиваний: 127


Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

(vb @ 18.11.2017 12:31)
Ссылка на исходное сообщение  Там петр петрович выделил. Он как бык на красную тряпку реагирует на определенные слова. Правда общий смысл написанного до него не доходит или он его игнорирует.

Петр петрович, когда овчинников пишет "контекст",  он имеет в виду вполне себе материальные вещи в виде последовательностей, образующих вторичные структуры, взаимодействующих с рибосомой и факторами трансляции и т.д.
к вашему шаманско-мошенническому-лингвистическо-рептилоидному  "контексту" это не имеет никакого отношения. Еще один пример искажение и использования петром петровичем научного термина в своих мошеннических целях.

Вторичные структуры не являются контекстом и, соответственно, у них иная роль, не имеющая прямого отношения к ориентациям рибосом в отношении выбора аминокислот.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

Вот существенное высказывание в этой статье акад. Овчинникова о кодировании аминокислот:

"Все приведенные примеры нарушения общих правил кодирования так или иначе связаны с существованием определенного контекста в мРНК. Этот контекст или перекодирующие сигналы иногда называют вторым генетическим кодом."
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

(Gariaev @ 18.11.2017 10:18)
Ссылка на исходное сообщение  Вот существенное высказывание в этой статье акад. Овчинникова о кодировании аминокислот:

"Все приведенные примеры нарушения общих правил кодирования так или иначе связаны с существованием определенного контекста в мРНК. Этот контекст или перекодирующие сигналы иногда называют вторым генетическим кодом."

Петр петрович, ты правда настолько неадекватен или прикидываешься?
это заключительная фраза, а выше Овчинников по полочкам расклалывает поеятие контекста - образование шпилек и т.д.

Ну хорошо, и что по вашему имел в виду Овчинников под вторым генетическим кодом?
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

(Gariaev @ 18.11.2017 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Вторичные структуры не являются контекстом и, соответственно, у них иная роль, не имеющая прямого отношения к ориентациям рибосом в отношении выбора аминокислот.

Это по-твоему, на твоем птичьем языке. А у Овчинникова именно про это и написано.
или там гдето про твои лазаря, колокольный звон и шумы блока питания?
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

(MMM @ 18.11.2017 00:54)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и че из этой тэйблы следует. Понятно что код вырожденный. Понятно что вырождение не равномерно и возможно, что даже неравномерность эта  не случайна. На некоторые АК пришлось 6 кодонов, на некоторые 4 на некоторые 3 на некоторые 2, а на парочку так и ваще 1. Из этого никак не следует что  если код лизина окажется в каком- то особом месте, то он будет кодировать не лизин, а аспаргин. Если бы это было так, то эту табличку не возможно было бы составить в том виде в каком ее умудрились составить.

И тем не менее, составили и выставили на весь белый свет. Таблица статична и не учитывает что рибосома в движении "читает" мРНК, и это уже исключает статику Таблицы кода.

Кстати, о перекодировках кодонов давно известно. Например, при аминокислотном голодании, или при наличии антибиотиков, при термошоке. И это пропущено мимо ушей. А ведь тут еще одно нарушение канонов - спаривания нуклеотидов может нарушать правило A-U, G-C.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

Опять повторяется история с фейковыми фотографиями козлокроликов.
механизм простой - берется статья авторитета, или художественное призведение,
произвольно дергаются цитаты по ключевым слрвам или подбираются картинки мало имеющие отношение к реальности, подгоняются под продукты болезненного воображения петра петровича
и вуаля "типа научная дискуссия непризнанного гения с косной научной общественностью".
я готов закрыть глаза на все:
На недостаток образования, на глупость, на бред сумашедшего,
но есть один нюанс
ВСЯ ЭТА АКТИВНОСТЬ ГАРЯЕВА НА ДАННОМ ФОРУМЕ ПРИЗВАНА УВЕЛИЧИТЬ ПРОДАЖИ В ЕГО МОШЕННИЧЕСКОМ БИЗНЕСЕ.
все.
Участник оффлайн! Gariaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.11.2017 12:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

(vb @ 18.11.2017 13:24)
Ссылка на исходное сообщение  Петр петрович, ты правда ...... или прикидываешься?
это заключительная фраза, а выше овчинников по полочкам расклалывает поеятие контекста - образование шпилек и т.д.

Ну хорошо, и что по вашему иаел в виду овчинников под вторым генетическим кодом?

Еще раз: вторичные структуры и иные формы топологий мРНК к ее контексту прямого отношения не имеют. Это иные ветви регуляций синтеза белков.

Что имел в виду Л.Овчинников - это вопрос к нему. Скорее, он поставил ту же проблему - о недостаточной корректности модели триплетного кода. Проблему, которую первым замыслил Лагеквист в 1978г., хотя я понял это на 1-м году аспирантуры на биол. ф-те МГУ, в 1966г. smile.gif

PS: Авору. Понемногу температура дискуссии нарастает и даёт побочный эффект - нарастающее хамство оппонентов. Понятно дело, как и в дискуссии 2004 - 2009 г.г., у них нехватка аргументом, которая заменяется хамством. Нехорошо.
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Закрытая темаСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.03.24 09:55
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft