Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Коллеги,помогите разрешить спор
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Angarad




 прочитанное сообщение 25.11.2017 11:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте,коллеги!Возник у нас тут в лаборатории спор,хотелось бы узнать ваше мнение.В двух словах:стоит у нас в лаборатории PyroMark какой-то там(самый маленький вообщем) и к нему пробоочистильная станция PyroMark(чистить пробы после амплификации).Суть работы станции:включается насос,промывается водой, затем им из плашки забираются иммобилизированные на сефарозе пробы, насос погружается в отмывочный раствор,пробы промываются,сбрасываются в плашку для пиросеквинатора,насос отмывается в чистой воде от неудаливщихся частиц и прочей дряни.В чем спор:я считаю,что все растворы,особенно отмывочный, надо менять перед каждым использованием станции(а вдруг что открепится от насоса вовремя предыдущей промывки и раствор контаминируются,а с ним и новые пробы?).Вчера приехал к нам очень крутой,весь в кольцах,техник пиромарка проводить мастер-класс.Он мне заявил следующее:
1.)Пиросеквенирование-тот же электрофорез,поэтому все работы по подготовке плашки с реагентами для пиромарка и катриджей к нему можно делать на открытом воздухе,а не в ламинар-боксе
2.)Ампликоны-не ДНК,нечего их бояться,какая контаминация,о чем вы вообще
3.)Все растворы для станции можно использоваться несколько раз подряд,ничего не будет,зачем менять,у вас все чисто будет
Все вместе,а особенно последний пункт меня убил.Проблема в том,что у нас на работе новая сотрудница,с небольшим стажем работы с пцр(ошибок у нее в работе масса-от постановок до анализа) и вот она этому технику верит безоговорочно,он же от фирмы,все что говорит-правда и на этой почве у нас спор-менять растворы или не менять,будет контаминация или нет.Помогите,пожалуйста,разобраться, кто прав.Особенно интересует мнение тех,кто работал с такой станцией и с пиромарком вообще.Только,пожалуйста,не надо мне личного опыта, вроде "я так всегда делаю и все нормально".Мне нужно четкое мнение,как нужно по всем санпинам и гостам.Если есть какие-то четкие инструкции и нормативные документы на такие случаи,дайте,пожалуйста, на них ссылки.По пунктам один и два высказываний данного техника,тоже хотелось бы узнать ваше мнение.Если в итоге окажусь неправа я, готова полностью это признать.
П.С.: данный техник учился в МГУ,если что...
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.11.2017 16:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

у меня гостов нет, но я склонен доверять техникам, т.к. опыта у них больше, чем у вас
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.11.2017 19:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Хитрость в том, что контаминации не должно быть до проведения эмульсионной ПЦР. После ПЦР можете делать что угодно. Даже многократно использовать отмывочные растворы - так же, как многократно используют буфер для фореза. Но только эти растворы не должны попадать в комнату для пробоподготовки, где они могут пересечься с исходными пробами или библиотеками ДНК.

Я думал, что PyroMark уже почил в бозе.

P.S.: Интересно, а что такое "боза"?
Участник оффлайн! Angarad




 прочитанное сообщение 25.11.2017 20:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Насчет почившего пиромарка.По сути,вы правы,будь моя воля,списала бы его и заказала бы что-то поновее.Но вот что меня интересует,объясните мне пожалуйста,хоть точно знать тогда буду.Что такого происходит с пробами после эмульсионной пцр,что они могут во вторичных растворах мыться?Они же не теряют свою индивидуальность,присущую днк да и ампликонам,иначе в чем смысл делать секвенирование?Или возьмем электрофорез,мне его доводилось ставить.Действительно,буфер для фореза многократно используется,не отрицаю(хотя его тоже периодически меняют,насколько я знаю).Но вот если при вытаскивании гребенки из геля вы порвете лунку,вы же в нее пробу лить не будете,верно?Или если наконечником при переносе пробы стенку лунки прорвете,тоже же ничего хорошего не будет,я права?Еще есть риск кросс-контаминации проб наконечником при переносе на гель,если его не менять,к примеру.А ведь переносимые на гель пробы тоже прошли амплификацию,также содержат ампликоны.Ну это если буквально сравнивать пиросеквенирование с электрофорезом.Не подумайте только,что я издеваюсь,я действительно просто понять хочу в чем такая кардинальная разница.И если уж речь зашла о пробоподготовке,то где лучше и правильнее готовить плашку для пиросеквинатора и катриджи к нему?Допустимо ли их собирать там же,где происходит очистка(и следовательно,вскрытие) амплификационных проб?Не лучше ли их собрать в другом помещении,закрыть пленкой и перенести собственно в комнату для очистки?
П.С.:не очень доверяю техникам,если честно.Здесь на форуме есть моя тема по графикам биорада.Прежде чем ее создать,я позвала биорадовского специалиста,чтоб исключить ошибку прибора.Пришедший человек,посмотрел на графики,и заявил он-де ничего не понимает в аллельной дискриминации,графиках,Ст,в чем проблема он не знает и быстро ушел.Больше я его не видела.Так что я лично пришла к выводу,что специалист специалисту рознь и предпочитаю теперь проверять все,что они говорят...
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 27.11.2017 19:10     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

После эмульс.ПЦР у Вас если даже какие-то "чужие" олиги попадут - не столь страшно, т.к. сигнал от массы "правильных" продуктов с лихвой перекроет сигнал от загрязнителя. Ну, если конечно в промывочном растворе не будет совсем уж страшной грязи. Вообще у нас любят повторно по сто раз всё оспользовать и "разбодяживать". Я помню ещё времена, когда "жёлтые носики" мыли и автоклавировали по пять раз. И нормально, статьи писались не хуже, чем сейчас. Это всё от бедности, а не от злого умысла.
Если же Вы хотите делать всё по правилам: читайте мануалы к приборам. Там всё написано: однократное применение растворов, камеральное разделение всех процессов и т.д. Проведите столкновение, так сказать "веры в техника" и "веры в инструкцию". А нам потом результат расскажете!
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.11.2017 13:44     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Присоединяюсь к предыдущим ораторам - после амплификации типа можно вздохнуть глубоко и расслабиться. smile.gif
Тот техник который весь в кольцах, видимо, работает с пониманием, ну и по протоколу.
Участник оффлайн! Angarad




 прочитанное сообщение 30.11.2017 16:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Вообщем,спасибо всем за отзывы!)))Я поняла,что данный вопрос из темы-"капаете ли вы воду для пцр одним наконечником или для каждой пробы берете новый",т.е. все чисто на совести человека,который делает постановку.Мануалы я читаю,но там это как бы по умолчанию,такого чтоб "меняйте перед каждой отмывкой раствор",такого,увы,нет.Санпины мне нужны,ибо моя коллега плюс руководство в них свято верят.Инструкция для них не очень,а вот санпин-это все.Кстати,о санпинах.Погуглила тут документацию на этот счет и знаете,что интересно?Ни в одном российском документе,регулирующих деятельность пцр-лаборатории не сказано,как и сколько раз менять буфер для электрофореза.Как утилизировать-есть.А сколько и как часто менять-нету.Самое близкое,что нашла-документ,регулирующий деятельность биохимической лаборатории.Вот там прописана регулярная замена рабочих растворов.Но то биохимия.Интересно,как наши составители законов "проморгали" такой момент при составлении?
П.С.:попробую уломать коллегу на частую смену растворов.Все-таки мы клиницисты раз.Два-если экономить,сильно много списывать придется.А это тот еще гемморой...
Участник оффлайн! meschersky




 прочитанное сообщение 19.12.2017 21:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

"капаете ли вы воду для пцр одним наконечником или для каждой пробы берете новый"
- воду в каждую пробирку, в которой еще нет ни пробы, ни праймеров, отдельным наконечником?! Разорит вас ваша совесть... smile.gif
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 21.12.2017 01:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(genseq @ 25.11.2017 20:16)
Ссылка на исходное сообщение 
P.S.: Интересно, а что такое "боза"?


http://fb.ru/article/142760/chto-oznachaet...e-pochit-v-boze
Участник оффлайн! afanasev-max
Постоянный участник
Irkutsk-Moscow-Irkutsk



 прочитанное сообщение 06.01.2018 15:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Angarad @ 25.11.2017 09:02)
Ссылка на исходное сообщение 
1.)Пиросеквенирование-тот же электрофорез,поэтому все работы по подготовке плашки с реагентами для пиромарка и катриджей к нему можно делать на открытом воздухе,а не в ламинар-боксе
2.)Ампликоны-не ДНК,нечего их бояться,какая контаминация,о  чем вы вообще
3.)Все растворы для станции можно использоваться несколько раз подряд,ничего не будет,зачем менять,у вас все чисто будет



1) не понял, причем тут форез. а так да, можно и в боксе делать, можно и вне.

2) бред, ИМХО. ДНК засраться - надо приложить некоторые усилия, а вот ампликонами - запросто

3) можно. ничего там не контаминируется. даже если в промывочные растворы попадет толика ампликона с сефарозы, все равно, его концентрация будет такой ничтожно малой, что никак в последующих циклах пиросеквенирования себя не проявит.
ЗЫ: а техник - девочка? можно имя... wink.gif
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 08.01.2018 02:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(genseq @ 25.11.2017 17:16)
Ссылка на исходное сообщение  

P.S.: Интересно, а что такое "боза"?


"Почил в бозе" церковнославянская фраза, наиболее корректный перевод "уснул в Боге".
"Бозе" результат склонения слова "Бог". В большинстве славянских языков (в том числе украинском и белорусском) происходит чередование согласных при склонении.
В ссылке наиправославнейшего участника форума Бог куда то испарился smile.gif

Для любителей пруфов
"При склонении слов, которые содержали в основе к, г, х, например, рука, нога, в нормальном древнерусском языке в дательном падеже должна была меняться согласная, происходить чередование: рука, но к руце, не к ноге, а к нозе и т.д. – опять-таки с полной регулярностью. Филологи это знают, студентов заставляют на первом курсе все это старательно выучивать, это называется вторая палатализация. Но дело не в наименовании, а в том, что новгородские документы вдруг показали нам, что там не к руце, а к руке, не к нозе, а к ноге – и так совершенно регулярно. Вы скажете: “Что же здесь удивительного?! Мы тоже так говорим! Сейчас же по-русски так и будет: к руке, к ноге”. Все верно. Для нас, для языка ХХ в. тут никакого сюрприза нет, мы это хорошо знаем про современный русский язык. А вот для древности это была необычайная лингвистическая сенсация, поскольку было совершенно стандартным постулатом, что все славянские языки в древности имели это чередование: в старославянском оно есть регулярно (к руце, к нозе), древнерусский во всех документах его имеет. И вдруг новгородский показывает такой же эффект, как нынешняя с вами форма речи ХХ в. Это пример фонетической особенности в морфологической форме". http://polit.ru/article/2006/11/30/zalizniak/


Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.01.2018 15:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

2.)Ампликоны-не ДНК,нечего их бояться,какая контаминация,о чем вы вообще

так-с....медик пишет. Клиника (в плохом смысле этого слова). Учились долго, и в поле для игры в "пятнашки" забиты все 16 клеток. Ничего не движется в мозгах. Досвидос
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.11.2021 18:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

https://wanelo.co/replicarolexwatches
https://musescore.com/fakerolexwatches
https://www.racked.com/users/Replicarolexwatches
https://sketchfab.com/Rolexrelicawatches
http://www.video-bookmark.com/bookmark/433...eplica-watches/
https://www.slideserve.com/ReplicawatchesUK...pt-presentation
https://www.theverge.com/users/Replicarolexwatches
https://www.yumpu.com/en/document/read/6532...lica-watches-uk
https://online.flippingbook.com/view/152275247/
https://www.instapaper.com/p/8767342
https://www.bigblueview.com/users/Replicarolexwatches
https://weheartit.com/watcheshutuk
https://sites.google.com/view/replicarolexwatches24/home
https://www.indiehackers.com/post/hints-on-...atch-113aef73a9
http://replicawatchesuk.esportsify.com/for...ica-rolex-watch

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.03.24 05:58
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft