Пардон за дилетантский вопрос: ну а если вроде последовательности и 16S и факторов патогенностей вроде известны, отчего чипы с нуклеотидными зондами не являются еще удовлетворительным решением для данной задачи?

Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.

  -Ъ-
Кроме того я уверен, что молекулярно генетические методы при использовании для диагностики бактериальных инфекционных патологий будут экономически не выгодны.

Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.

  Тогда прошу сообщить где именно применяется предложенная вами схема диагностики инфекционных болезней. Не в виде единичного исследования, а в потоке. И почему нет ответа на вопрос касаемый стоимости? Если вы утверждаете что такая услуга есть и она используетмя, то она должна иметь стоимость.

  Тогда прошу сообщить где именно применяется предложенная вами схема диагностики инфекционных болезней. Не в виде единичного исследования, а в потоке. И почему нет ответа на вопрос касаемый стоимости? Если вы утверждаете что такая услуга есть и она используетмя, то она должна иметь стоимость.

Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.

  Великолепно, вы меня очень порадовали. Теперь скажите где я могу провести исследование материала с целью обнаружения всех бактериальных агентов содержащегося в нём за 3000 р. методом пцр. Как я понимаю вы же говорите не о каких либо теоретически существующих наборах, а о тех которые есть и используются.
Я серьёзно предлагаю Вам в понедельник привезти материал на исследование, заплатить 3000 р. чтобы вы проведя исследования сказали мне, какие виды бактерий содержаться в материале.

Вы скорее всего не поняли то что нужно подсчитатьподсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен).
Но поскольку лентяй я, то я не в праве утверждать, что вы ошиблись.

Кроме того почему вы действительно говорите о каких либо теоретически существующих наборах позволяющих проводить данного рода исследования.

  А вы знаете сколько это ВСЕХ? Ведь ПЦР можно обнаружить и те виды, которые не культивируются. И вы их не увидите ни классическим рассевом, ни MALDI.

А теперь задайте себе вопрос сколько будет стоить такое же исследование на MALDI  и сколько при этом видов будет потеряно? А сколько ложно обнаружено.

Вам уже написали что в идеале минимальная себестоимость одного определения 3р(ну 10р) в максимале не себестоимость, а коммерческая цена - 300р.

  А число видов ВСЕЙ микробиоты в смыве это вам лучше знать. Я не специалист, но где-то читал, что когда в НИР по изучению микробиоты стали использовать молекулярно генетические методы, то количество определямых видов в сравнении с классическим посевом выросло на порядок, два. Если вы хотите проскринировать все и получить наиболее полную картину, то проще и дешевле чем ПЦР будет поставить NGS(которое на первом этапе, все равно использует ПЦР). Тогда вы фактически получите обширнейшую библиотеку по микробиоте образца за цену от 150000 до 500000р и вы будете приятно/или неприятно поражены сколько всего там увидит секвенатор, о чем вы никогда и не подозревали раньше. Только вот зачем вам это? Ведь у вас клинические задачи стоят, а как они решаются с помощью ПЦР вам доступно обрисовал Ъ.

Вы все время требуете регистрации методик. Но ведь методики MALDI тоже не зарегистрированы. Поэтому, как мне кажется - это не честно при сравнении методов от одного требовать наличия регистрации сертификации и тп, а от другого не требовать.

  MMM это ваше мнение.

 
Ещё раз простите, вы эксперт какой области, какой шифр?

Методические рекомендации по использованию метода масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией для идентификации возбудителей чумы, холеры и туляремии включают описание применения масс-спектрометрии для видовой идентификации микроорганизмов - возбудителей опасных инфекционных заболеваний.

Собранные в процессе анализа спектры исследуемых микроорганизмов могут сравниваться с референсными спектрами, присутствующими в базе данных, поставляемых производителями вместе с оборудованием для MALDI-ToF MS. При определенном проценте совпадений выводится результат о таксономической принадлежности исследуемого объекта.

Я просто хочу узнать в какой сфере деятельности МММ является экспертом, или хотя бы направления деятельности. Потому что в первых сообщениях было указано, что МММ впервые услышал об данном методе, а позже высказал недовольство о том, что я не ориентируюсь на экспертов. А кто эксперт то? Меня интересует именно масспек.

Давайте ещё раз представим нашу ситуацию, с которой сталкиваются в любой микробиологической лаборатории. На вашем примере. У вас заболела собачка, вы пришли к врачу который говорит, что необходима лабораторная диагностика и даёт направление на биохимию крови, бак анализ и т.д. На данном уровне врач не знает, что необходимо исключить, так как клинические признаки многих болезней имеют общие черты. На месте берут анализ для проведения комплексной лабораторной диагностики и отправляют в лабораторию. В лаборатории получают анализ и говорят, без проблем сделаем в ПЦР, с вас 100 т.р. Вы с удовольствием соглашаетесь, почему бы и нет, ведь сумма на ваш взгляд вполне разумная. При этом каждый раз выделяется различная флора. В свою очередь лаборатория с удовольствием выполняет такую работу, потому что каждый день у них по 50-150 анализов.

  а без них даже тест-систему разработать неспособны.

 Эплайд не имеет регистрированных сиквенаторов для врачей.

  sceptique вы такой скептик.
Как уже было сказано ранее мой профиль это микробиология и инфекционные болезни промышленного поголовья, т.е. крс, свиньи, птица и т.д. Пример на собаках был приведён, для того чтобы вы просто сориентировались.

Касаемо вопроса: Если бы Вы внимательно читали, то обнаружили бы, что он возит образцы на анализ в Оболенск. Возможно я не правильно высказался, но вроде указал, что по необходимости перезаказываем секвенирование. Речь не идёт о перезаказе всего, а лишь о единичных образцах. Если вы хотите я объясню для чего это нам нужно. У нас государственная коллекция патогенных штаммов, в том числе производственных для изготовления биопрепаратов. Данную коллекцию мы поддерживаем и пополняем эпизоотическими изолятами. Т.Е. выделив из материала какой либо интересный агент его целесообразно сохранить для последующего изучения, депонирования и оформления патента. Благодаря профилю нашей работы мы способны обеспечить организации необходимый потенциал в виде охраняемых научных результатов. Кроме того, поскольку в России небольшое количество организаций проводящих патентное депонирование штаммов то они имеют свои требования. Например, чтобы провести депонирование в ВГНКИ необходимо предоставить результаты секвенирования 16 s rna. Именно этим обусловлен наш перезаказ. Кроме того, как уже было описано ранее за секвенирование мы платим в среднем 5 т.р., и эту сумму мы оплачиваем своими силами, а не силами заказчиков. Например сейчас мы готовимся к депонированию 17 штаммов как пригодных для изготовления биопрепаратов. В этом случае мы ориентируемся на ПЦР, но лишь потому, что это требует порядок депонирования.

По поводу диагностики особо опасных болезней относящихся к 1-2 г.п. Вы вернитесь к приведённым мною рекомендациям которые описывают проведение идентификации с малди. Кроме того если вы ориентируетесь в эпизоотиях и диагностики, то каким образом вы мне можете доказать, что в лабораторию с правом на 3-4 г.п. не поступит материал содержащий агенты 1-2 гр? Этот риск есть всегда, поскольку работа построена именно на биологических рисках. И как в этом случае поступить?
Чтобы облегчить вам задачу я объясню. На примере сиб. яз. Лаборатория с 3-4 гп. диагностику данного заболевания не делает, а в случае обращения с данным запросом  обязана сообщить в соответствующие инстанции. Но если поступил материал с целью проведения комплексной диагностики, и указано, что животные подвергались всем необходимым обработкам, то поводов отказываться нет. А региональные лаборатории при сббж отказать вообще не имеют право.
Но в случае если мы на чашке обнаруживаем колонии похожие на рост с сиб. палочки,  то уже на этом этапе мы вызываем соответствующих лиц, всё опечатываем и т.д.

Вообще откуда поступила идея, что наша цель это работа именно с особо опасными видами? Где вы это высмотрели? Мы ориентируемся на 3-4, но имеем право на 2-4, т.к. поддерживаем коллекцию. И опять же если вести речь о производственных штаммах 2 группы то стоит помнить, что они относятся к 3. Например производственный штамм сиб. 55-ВНИИВВиМ не смотря на принадлежность вида к 2 группе относится к 3.

Почему то многие пытаются сказать, да в топку диагностику, но это отвратительное мнение. Вы сами хотите кушать мясо полученное от животного болевшего непонятно чем, так как лаборатория не захотела следовать инструкциям?