Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (2):  1 2 >

ДНК и РНК из тканей растений.
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 01.12.2011 01:55  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1270659  |  Ответов: 24  |  Просмотров: 6 927
(-Ъ- @ 30.11.2011 09:49)
Ссылка на исходное сообщение  Этим же набором они Вам предложат выделять РНК тоже, но уже из другого материала, например, плазмы крови. confused.gif Так что, знаем эти фокусы frown.gif ...


Согласен про то, что эти киты не шибко специфичны, но:
1) во время пользования - мне этого кита хватало для анализа ГМО
2) этот кит просто один из вариантов - ДНК всегда можна отРНКазить

smile.gif

ДНК и РНК из тканей растений.
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 30.11.2011 03:05  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1270323  |  Ответов: 24  |  Просмотров: 6 927
В свое время занимался ПЦРом на растительных образцах (потоковый анализ) - то для получения ДНК (геномной) использовали российский продукт: http://www.interlabservice.ru/catalog/reag...sid=616&id=2383 (Комплект реагентов для выделения ДНК из клинического материала, продуктов питания и кормов для животных "ДНК-сорб-С"). Несмотря на название - ДНК из семян кукурузы, пшеницы, сои - виделял на ура. Измельчали, правда, шаровой мельницей - образца было много. Есть подозрения, что это не совсем то, что надо топикстартеру, но такой вариант тоже возможен smile.gif

Подскажите какая программа умеет рисовать такие диаграммы
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 16.11.2011 09:37  |  СофтСофт  |  link: #1266204  |  Ответов: 6  |  Просмотров: 1 259
у нас такое делают GraphPad Prism + Photoshop illustrator

Overview of AU Science
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 16.11.2011 03:37  |  Другие страныДругие страны  |  link: #1266170  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 7 974
Есои еще актуально:
Брисбен, University of Queensland. Лаба занимаеться Innate immunity
Детали при запросе smile.gif

Первичная клеточная линия
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 14.11.2011 09:01  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1265564  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 3 806
если есть - то да проще, но продаваемые антитела - внутриклеточные, а не против поверхностных антигенов. А те, которые для поверзнстных не разделят гемоциты и не-гемоциты. Так что пока то, что предложил Том1 - лучшее.

Первичная клеточная линия
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 11.11.2011 02:04  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1264583  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 3 806
Большое спасибо Tom1,
почитал, буду узнавать сможем ли мы это сделать на оборудовании у колаборейторов-муховодоведов.

Guest IP-штамп: frDIe.Rf.q8ow - мы думали об этом, но хотим оставить это как последний вариант. Там их очень мало - около 20 тисяч на особь. И сложно выбрать то, по чем сортировать - есть у мухи большое "fat body" которое тоже иммуный орган и экспрессирует часто то же, что и гемоциты.

Первичная клеточная линия
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 10.11.2011 17:37  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1264408  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 3 806
Спасибо за ответы-наводящие вопросы.

Я использую линию S2, но знаю, що есть еще около десятка дрозофилячих линий - так как у наших колаборейторов есть они. Но у них нету поставленой методики выделения гемоцитов - они работают или с целыми мухами или делают "экстракцию" отдельных органов и частей тела - голова, ШКТ и т.п. А вот клетками - не занимаются. А мне желательно (очень) смочь выделить гемоциты, простимулировать их и посмотреть результат - то есть вести их надо будет до недели.

На счет готовые рецепты или фантазии - хоть что-то. Потому как кроме банального - оттяпать голову и выдавить все - ничего не приходит. Но как потом их выбрать?

Первичная клеточная линия
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 10.11.2011 08:40  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1264214  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 3 806
В процесе моего проекта посвященному дрозофилам появилась необходимость сделать первичную клеточную линию с гемоцитов.
Проблема в том, как их наколупать из мух с наибольшим выходом.
Может кто-то может посоветовать високо эффективный способ, который был уже апробирован.

Наперед спасибо, всем, кто отпишеться.

PS: извините, если не совсем в тему форума

Не моноблочные амплификаторы
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 22.03.2010 15:32  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1028101  |  Ответов: 8  |  Просмотров: 2 284
я плохо представляю как управляется такая машина...
какая гарантия, что именно в этой лунке нужная температура, а не +/- градус confused.gif
ЗЫ я понимаю, что весь мир пользует такие машины, но можете просветить... mol.gif

Не моноблочные амплификаторы
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 22.03.2010 12:39  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1028002  |  Ответов: 8  |  Просмотров: 2 284
Здравствуйте! mol.gif
Нужен совет, искал на форуме, но вся инффа уже немного давняя. так вот нужен циклер типа терцик, но на 0,2. Надо:
1. чтобы не один термоблок был, для оптимизации ПЦР (это главное)
2. после оптимизации желательно чтоб сразу можно было "портировать" терморежим на МайЦиклер от Биорада.

Спасибо за ответы.

Стерильная работа
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 11.03.2010 11:50  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1022766  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 19 678
а можно еще такую же таблицу и для круглых колб, а то лабы разные и условия тоже?
Спасибо.

пцр
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 10.03.2010 17:23  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1022372  |  Ответов: 20  |  Просмотров: 4 140
конечно

TRIS*HCl
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 24.12.2009 18:22  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #985800  |  Ответов: 46  |  Просмотров: 11 908
to Mykhaylo
а если есть трис-HCl, то чем доводить рН?
почему в инстранных журналах пишут об этом редко?

to halinka
а во втором случае калий хлорид не будет получаться?

TRIS*HCl
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 24.12.2009 16:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #985708  |  Ответов: 46  |  Просмотров: 11 908
Извините за несерйозный (может быть) вопрос.

Есть ли разница для трисового буфера как его делать:
1. разводим трис и солянкой доводим рН,
2. разводим трис-гидрохлорид и доводим рН трисом?

Химики говорят какая разница, но я лично второго способа нигде не встречал.

Спасибо.

Оптимизация эффективности реал-тайм пцр (TaqMan)
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 23.12.2009 18:24  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #985269  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 5 101
(Qzak @ 23.12.2009 17:16)
Ссылка на исходное сообщение  Привет!
Возьми заведомо рабочие праймеры и зонд (например те b2M что я оставлял) и прогони их на твоей системе. Сразу поймешь, в чем проблема - в qPCR системе или в праймерах.


Спасибо, точно, не подумал...

ЗЫ: привет! smile.gif

Оптимизация эффективности реал-тайм пцр (TaqMan)
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 23.12.2009 13:18  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #985110  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 5 101
Спасибо всем за совето-ответы. smile.gif

для Guest1 - картинки в логарифмах.

о праймерах: они из статьи, там использувались расходники аби и призм 7700.
у нас же все отдельное - буфер, дНТП, полимераза и т.д..

режим 95 - 30с, 60 - 60с, 40 циклов, в 25мкл.

"тыкаюсь" уже в разных направлениях. может есть еще какие-то направления для "тыканья" smile.gif ?

Оптимизация эффективности реал-тайм пцр (TaqMan)
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 22.12.2009 17:01  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #984623  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 5 101
1. берем сырые данные, считаем производную и на накотором участке (определяеться по полученой производной). проверяем как полученая кривая ложиться на експоненциальную кривую, заданую некоторым уравнением (которое находим). получаем кравнение типа у=11,18+1,04^x, где 1,04 и будет эффективность.

2. что отдельно, что вместе - одинаково.

Оптимизация эффективности реал-тайм пцр (TaqMan)
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 22.12.2009 12:37  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #984494  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 5 101
Вот картинки - с последнего.
Если надо могу и сырые данные выложить...

Оптимизация эффективности реал-тайм пцр (TaqMan)
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 21.12.2009 18:49  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #984262  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 5 101
Здраствуйте!

у меня в процесе оптимизации реал тайма возникли некоторые трудности, может вы, у кого есть опыт в таких делах, чем-то поможете и/или посоветуете.

так вот. имеем: мультиплекс пцр такмановский (красители - фам и р6ж), составляющие - силексовские и интерлабовские реактивы, полимераза - самодельная, праймеры - синтоловские. аппарат - Ротор3000.
причем мультиплексных систем - 2.

Эффективность считаем по Тихопаду (с маленькими модификациями)
1. по красителям получеться, что фам дает эффективность 1,04-1,06, а по р6ж - 1,22-1,26.
в дальнейшем выбрана была одна система для экономии реактивов.
2. проводилась оптимизация смеси по всем компонентам смеси - как количественно, так и качественно.
3. додавались следующие адьюванты: ДМСО, бета-меркаптоэтанол, БСА, Твин-20, калий хлорид и аммоний сульфат. изменения эффективности были зафиксированы в рамках статистической погрешности - 0,01-0,05.

что еще можно сделать - просто не охота изголяться математически.

Спасибо за ответы...

quantification of Chelex extracted DNA
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 18.09.2009 14:06  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #942718  |  Ответов: 36  |  Просмотров: 6 329
Вопрос может не совсем об измерении количества ДНК, а о самом процессе выделения при помощи Chelex'а.

как должен выглядеть протокол для использования растительных тканей как источника ДНК? Может есть уже кто-то, кто выделял ДНК из растеней Chelex'ом и может поделиться опытом? Буду очень признателен.

Спасибо.

PS или из растений добыть ДНК таким способом не возможно?.. frown.gif

Выделение ДНК
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 11.06.2009 12:14  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #908685  |  Ответов: 68  |  Просмотров: 10 783
при масовом могут возникнуть проблемы с доставкой - по сему лучше иметь свой протокол...

по поводу сала и сосисок - это была компиляция двух постов...

самое главное - что не для такманов надобно энто...

Выделение ДНК
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 10.06.2009 12:14  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #908299  |  Ответов: 68  |  Просмотров: 10 783
мне бы протокольчик...
а откуда вы все узнали про сало и сосиски?... shuffle.gif

Выделение ДНК
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 09.06.2009 11:31  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #907848  |  Ответов: 68  |  Просмотров: 10 783
помогите пожалуйста с такой вот проблемой:
надо екстрагировать днк из образцов разного происхождения (животного и растительного) - одним способом. что бы такое лучше взять и использовать?..

Transcription factors
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 01.06.2009 11:39  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #905034  |  Ответов: 33  |  Просмотров: 5 340
можно посмотреть результаты серийного анализа генной експресии (SAGE) - инфа будет в виде пул хороших против пула плохих. и посмотреть нету ли снижения експресии тех 30 факторов среди генов, которые отличаются...
это первое, что приходит в голову..

эта тема никогда не устареет: ПЦР
alkhimmikk

UQ


Отправлено: 07.04.2009 14:49  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #883090  |  Ответов: 123  |  Просмотров: 15 991
а может просто сегодня делаем гель, а если завтра - гель выгорает (бромистый)...
страницы (2):  1 2 > 

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 21.10.19 21:44
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft