Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Nemestnyi |
Просьба к модераторам не переносить вопрос в раздел "софт" (т.к. там такой уже есть) и не удалять, т.к. мне кажется, что шанс получить какой-нибудь ответ на данный вопрос в этом разделе будет повыше. |
ASDF Постоянный участник |
Это вы еще до просто priors не добрались ))) |
ASDF Постоянный участник |
|
ASDF Постоянный участник |
|
Nemestnyi |
(ASDF @ 11.05.2018 00:15) Mega и Jmodeltest вроде подбирают модель замещения (Substitution model) что выбираются на вкладке Sites, с этим я более менее разобрался. Хотя тоже вопрос, какую модель использовать, если рекомендуемой нет в BEAUti? Ту из имеющихся, что имеет лучшие показатели BIC и AIC? А еще что приоритетней BIC или AIC если между ними разногласия? А вообще я как раз о tree prior, что на вкладке trees спрашивал. Сообщение было отредактировано Nemestnyi - 11.05.2018 07:19 |
dk Постоянный участник Россия |
Продублирую здесь. Вы используете BEAST-1.8, как я понимаю? Его целесообразно использовать для расчёта "мол.часов" и прочей "коалесятины". Если Вы не знаете или не понимаете (не предполагаете) сути процессов - не меняйте "значения по умолчанию". Так и в туториале указано. На топологию это не повлияет. Если же Вы хотите лишь восстановить филогению - используйте BEAST-2. Там гораздо больше параметров прописано, причём наиболее "универсальных". Я в последнее время из него же вытаскиваю и деревья для bGMYC. Про модели. Само-собой они не все реализованы в BEAST. Да этого и не надо. Параметры замен Вы можете прописать вручную и сделать из GTR хоть TIM, хоть F81. На основании чего делать вывод - у Посады есть статьи про AIC, который, вроде как, наиболее широко применим. Можете просто выбирать модель исходя из значения LRT и не заморачиваться с информ.критериями. ЗЫ. Зря Вы грешите на документацию - вот как раз для BEAST и его приложений она отлично написана, с примерами и всей теорией. |
Nemestnyi |
Где прописывают параметры замен, на вкладке priors или operators? Сообщение было отредактировано Nemestnyi - 11.05.2018 11:19 |
dk Постоянный участник Россия |
А вообще эти мол.часы и прочая "коалесятина" - очень уж "от лукавого". В последнем издании "Mol. Evol. and Phyl." М.Нэй долго рассуждает "почему часы должны работать, но не работают". И совсем отдельно можно обсуждать проблему достаточности палеонт.данных для "калибровки часов" (мы сами для филог.линий у дафний получили на разных наборах возраст дивергенции с разницей чуть не в 10 раз). Ну и сейчас до чёрта статей про проблематики байесовой филогении в целом (вплоть до полного её неприятия), проблема обратных замен, "притяжения длинных ветвей" и прочего - лень ПабМед сюда репостить. Сообщение было отредактировано dk - 12.05.2018 21:14 |
Nemestnyi |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
Nemestnyi |
Сообщение было отредактировано Nemestnyi - 13.05.2019 10:54 |
Nemestnyi |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |