molbiol.ru -> Gromacs - центрирование молекулы в ячейке

> Все форумы > Тематические форумы > Биофизика и матметоды в биологии

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Gromacs - центрирование молекулы в ячейке -- не центрируется --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

exploder

22.11.2011 19:43

URL #1

Уважаемые! Имею следующий вопрос.
При подготовке данных для молекулярной динамики (Gromacs) я формирую ячейку из файлов .top и .gro программой editconf. Так вот, несмотря на явное указание опции -c (центрирование) и опции -d 0.5 (отступ от края ячейки до молекулы 0,5 нм; подразумевает, если верить справке editconf центрирование), молекула не встает в центр, а занимает положение в одном из углов ячейки. Ячейка - параллелипипед. Версия Gromacs - 4.5.2. Как добиться центрирования?
Дело в том, что на стадии утряски воды в ячейке моя система порождает ошибку на первом же шаге. Я подозреваю, что дело именно в этом.

Andervas

22.11.2011 19:54

URL #2

На каком этапе Вы задаёте размер ячейки?
Если Вы центрируете молекулу в небольшом ящике, а затем добавляете воду командой genbox с опцией -box и указанием размеров новой ячейки, то молекула будет в этой большой ячейке в углу. Чтобы этого не происходило стоит задать размер ячейки сразу в editconf.
Если у Вас ошибка на стадии минимизации энергии, то вряд ли дело в том, где Ваша молекула. Скорее всего Вы используете периодические граничные условия, т.е. ячейка бесконечна (параметр pbc).
Вы пробовали минимизировать энергию молекулы без воды? Или при минимизации с водой задать меньший шаг (emstep)?

exploder

22.11.2011 21:47

URL #3

Сначала в editconf я задаю размер ячейки. Затем готовлю бинарную топологию для минимизации энергии. Минимизирую энергию. При этом ошибок не возникает. Затем добавляюю в ячейку воду посредством genbox. Опция -box при этом не используется. Периодические граничные условия задаются, да.
Молекулярная динамика без воды также порождает ошибку.
Меньший шаг - попробую, спасибо.
При попытке залить ячейку водой до минимизации энергии молекула точно так же встает в угол.

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

23.11.2011 08:20

URL #4

exploder, проблема не может быть в этом. Вы после добавления воды запускаете position restrained динамику? Дело в том, что некоторые молекулы воды могут быть очень близко к основной молекуле и "толкать" ее с большой силой. Воду надо размешивать с закрепленной основной молекулой.

exploder

23.11.2011 08:57

URL #5

Вот именно position restrained динамика и вылетает с ошибкой на нулевом шаге.

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

23.11.2011 13:32

URL #6

Покажите, какая именно ошибка.

exploder

23.11.2011 16:37

URL #7

Ошибка вот такая:
>14568 particles communicated to PME node 2 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain >decomposition cell of their charge group in dimension x.
>This usually means that your system is not well equilibrated.
Но:
Максимальная сила в системе менее 500 и может быть доведена до величин менее 250 (проверено).
Зараяд системы равен -0,22. Это на 6e+04 атомов.
И непонятно, на что грешить.

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

25.11.2011 07:46

URL #8

Попробуйте без PME.

exploder

25.11.2011 13:36

URL #9

В смысле? Другая электростатика при оптимизации энергии?

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

25.11.2011 16:09

URL #10

Да, а потом уже на нормальной молдинамике PME включите.

exploder

29.11.2011 13:55

URL #11

Всем спасибо, проблема снята использованием другой модели воды - tip3p, а не tip4p

guest: 123
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость

13.06.2022 08:05

URL #12

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.

mehreensiddique
Постоянный участник

13.06.2022 18:07

URL #13

I wanted to thank you for this great read!! I definitely enjoying every little bit of it I have you bookmarked to check out new stuff you post. gardens nursery

hibbah
Участник

14.06.2022 07:20

URL #14

I have read a few of the articles on your website now, and I really like your style of blogging. I added it to my favorites blog site list and will be checking back soon. Please check out my site as well and let me know what you think. boom iz คือ

hibbah
Участник

15.06.2022 17:41

URL #15

Wonderful article. Fascinating to read. I love to read such an excellent article. Thanks! It has made my task more and extra easy. Keep rocking. oxycodone

janimani
Участник

23.06.2022 16:01

URL #16

http://doramasmp4.cl

hibbah
Участник

06.07.2022 19:58

URL #17

We are proud to mention to our Visitors that our internet site is the quality web website online to shop for natural incense. We are valid natural incense carriers so that you are seeking out legit carriers, you're on the proper place. how to make k2 spice

hibbah
Участник

07.07.2022 17:15

URL #18

Wow, cool post. I’d like to write like this too – taking time and real hard work to make a great article… but I put things off too much and never seem to get started. Thanks though. KCA Singapore

hibbah
Участник

15.07.2022 05:39

URL #19

I think this is an informative post and it is very beneficial and knowledgeable. Therefore, I would like to thank you for the endeavors that you have made in writing this article. All the content is absolutely well-researched. Thanks... Bokep Terbaru

bau1
IP-штамп: fraO26qqULVSw
гость

16.07.2022 10:51

URL #20

how to troubleshoot hp printer problems :- certain your devices are nicely linked with each different, and the network or the cable you use to connect these devices is normal. You can additionally attempt restarting your hp printer. Flip it off completely and unplug the electricity wire, go away it for a couple of minutes, after which plug the wire back and energy at the printer.

guest: Ufa1688
IP-штамп: fr4iy3.kHUw02
гость

16.08.2022 12:43

URL #21

But like many หวยออนไลน์ tourist-oriented businesses หวยยี่กี the sector has been hard รูเล็ต hit by the pandemic. The Lockup KA Gaming a chain of haunted prison eateries ดรีมเกมส์ ended a 23-year run when ทางเข้าufa1688 its final location closed last aff 1688 month, joining the fate of the famous ufabet เข้า สู่ระบบ Robot Restaurant, a gaudy music and Joker Gaming dance spectacle in the red-light district AMB slot of Kabukicho that closed in March 2020

mugiseki2710

27.08.2022 12:05

URL #22

奇力片
樂威壯
香港老補腎丸
德國黑螞蟻生精片

renai1902

27.10.2022 06:40

URL #23

<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=1/" target="_blank">日本藤素</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=4/" target="_blank">美國黑金</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=5/" target="_blank">德國必邦</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=6/" target="_blank">犀利士5mg </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=7/" target="_blank">威而鋼 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=8/" target="_blank">30粒犀利士</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=10/" target="_blank">印度必利勁 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=9/" target="_blank">30粒威而鋼 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=11/" target="_blank">MAXMAN2</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=12/" target="_blank">印度希愛力</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=13/" target="_blank">必利吉-藍PP-force</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=15 target="_blank">VIMAX</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=22/" target="_blank">印度艾力達</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=20/" target="_blank">金尊2H2D</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=26/" target="_blank">享硬瑪卡 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=31/" target="_blank">保羅V8 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=35/" target="_blank">泰坦凝膠</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=41/" target="_blank">威而柔 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=42/" target="_blank">一炮到天亮 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=43/" target="_blank">印度犀利士</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=44/" target="_blank">超級必利勁</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=45/" target="_blank">樂威壯</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=46/" target="_blank">印度樂威壯 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=47/" target="_blank">液態威而鋼 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=48/" target="_blank">水果味威而鋼</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=17/" target="_blank">美國VigRXPlus </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=21/" target="_blank">雙效威而鋼 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=30/" target="_blank">黃金偉哥</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=29/" target="_blank">香港老中醫</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=28/" target="_blank">德國黑螞蟻生精片</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=27/" target="_blank">一想就硬 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=25/" target="_blank">美國黑神 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=24/" target="_blank">頂點3000</a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=18/" target="_blank">韓國奇力片 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=16/" target="_blank">美國大陰莖 </a>
<a href="http://www.xingyi19.com/goods.php?id=14/" target="_blank">必利吉-綠P</a>

vadimchik152a
Постоянный участник

30.10.2022 11:39

URL #24

Товарищи, консультации с широким активом обеспечивает широкому кругу (специалистов) участие в формировании идей по выходу из сложившейся ситуации. https://joyrulez.com/blogs/201479/%D0%A9%D0...%96%D0%B0%D0%BB

vadimchik152a
Постоянный участник

20.02.2023 00:30

URL #25

Хотя на самом деле уже очевидно, что реализация намеченных плановых заданий обеспечивает широкому кругу (специалистов) участие в формировании правильных направлений развития. https://www.outdooractive.com/en/member/mak...orov/260722572/

vadimchik152a
Постоянный участник

05.03.2023 23:45

URL #26

Does not follow, however, to forget that further development of different forms of activity requires the analysis of directions of progressive development from us. https://www.credly.com/users/vanja-timofeev/badges

vadimchik152a
Постоянный участник

06.03.2023 11:52

URL #27

Although actually already obviously, that consultation with a wide asset requires determinations and clarifications of forms of influence. https://www.lifeofpix.com/photographers/vjacheslav86p8/

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.