Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
nattali80 Участник |
Ориентировалась по хелпу к ks.test (это пакет базовой библиотеки - stats) Для сравнения проводила анализ с теми же данными в R и в SPSS. Код в R: > #1. Test September and November > September <- c (2.4758620690, 1.0232558140, 2.4800000000, 1.5468750000, 3.1358024691, 2.6000000000,2.1904761905, 1.2, 1.4210526316, 1.6666666667, 3.4177215190, 1.1363636364, 1.2790697674) > c=1 > November<- c(2.350, 1.0638297872, 2.8571428571, 2.40, 1.7407407407, 1.9565217391, 0.50, 1.0512820513, 1.5510204082, 0.880952381, 6.8777777778, 0.6097560976, 0.7894736842) > c=1 > # Do September and November come from the same distribution? > ks.test(September, November) Two-sample Kolmogorov-Smirnov test data: September and November D = 0.3846, p-value = 0.2999 alternative hypothesis: two-sided И результаты Колмогоров-Смирнов теста для двух выборок с этими же данными в SPSS (данные из итоговой таблицы) 1.Нулевая гипотеза: «Распределение А является одинаковым для категорий month» 2. Критерий: «Критерий Колмогорова-Смирнова для независимых выборок» 3. Значимость 0,291 4. Решение: «Нулевая гипотеза принимается» Примечание: «Выводятся асимптотические значимости. Уровень значимости равен 0.05» Мои вопросы по проведению этого анализа в R. Вопрос первый. В тесте (ks.test), который я использовала - в хелпе не указано (или же я не понимаю где это), как задавать критерий значимости (по идее ведь его можно выбирать самому). Также не указано, какой они берут по умолчанию критерий значимости. (в SPSS он указан – 0,05). Как можно понять, какой используется по умолчанию критерий значимости в ks.test?. Как можно задать другой критерий значимости (н-р 0.001 , 0.001 и т.п.)? Исходя из моего кода в R – является ли он правильным, или там как раз не хватает задания критерия значимости? И вопрос второй. Как видно из кода R и результатов SPSS – определенная значимость (p-value) примерно одинаковы (0.2999 в R и 0,291 в SPSS). То есть можно предположить, что расчет в R проведен всё же правильно. Но ответ SPSS – “Нулевая гипотеза принимается”, а ответ R – “alternative hypothesis: two-sided”. Что означает такой ответ R? Что он принимает альтернативную гипотезу? Но почему если это так? Или же это просто такой стиль оформления исходных условий проведения теста? Но по идее, он, как и SPSS, должен написать именно, что "нулевая гипотеза принимается" |
Den-N Постоянный участник |
Проблема выбора оптимального критерия намного важнее каких-то технических деталей реализации расчётного алгоритма конкретного метода и даже того точные или асимптотические оценки выдаёт программа. Т.е сначала выбираем лучший метод, а уже потом лучшую программу с ним. Что касается стат. проверки гипотез, то тут действительно есть и путаница и недопонимание даже у авторов учебников.
|
nattali80 Участник |
Большое спасибо. Мне стал понятен подход к использованию. Да, выбрать критерий, и просто использовать его в программе. Но всё таки.. очевидно, что обычный исследователь чаще этим и ограничиться, не будет сравнивать и закапываться. Но вот даже в этом маленьком примере – видна разница между расчетом в R и расчетом в SPSS. Отсюда возникает предположение – что они используют разную методику расчетов. Отсюда возникает желание – увидеть эту методику в этих программах. Да и просто – создавая программу, очевидно, что авторы должны создавать возможность «проверить» их, как они считают а как же иначе? На основе чего им доверять? То есть, может быть, это громоздко и ненужно выводить всё в описании к опции. Но должна быть возможность – найти информацию об использованном математическом принципе расчета. Пусть даже понятным только для математика. Подходя к серьезной научной задаче – нельзя слепо полагаться на программы, нужно иметь возможность проверить ключевые вещи самому, или имея кого-то в команде кто может это сделать. (Den-N @ 23.06.2013 03:18) Проблема выбора оптимального критерия намного важнее каких-то технических деталей реализации расчётного алгоритма конкретного метода и даже того точные или асимптотические оценки выдаёт программа. Т.е сначала выбираем лучший метод, а уже потом лучшую программу с ним. Что касается стат. проверки гипотез, то тут действительно есть и путаница и недопонимание даже у авторов учебников. Сообщение было отредактировано nattali80 - 23.06.2013 18:02 |
Den-N Постоянный участник |
(nattali80 @ 23.06.2013 20:57) Den-N, ваше сообщение #8. Но вот даже в этом маленьком примере – видна разница между расчетом в R и расчетом в SPSS. Отсюда возникает предположение – что они используют разную методику расчетов. Отсюда возникает желание – увидеть эту методику в этих программах. Да и просто – создавая программу, очевидно, что авторы должны создавать возможность «проверить» их, как они считают а как же иначе? На основе чего им доверять? То есть, может быть, это громоздко и ненужно выводить всё в описании к опции. Но должна быть возможность – найти информацию об использованном математическом принципе расчета. Пусть даже понятным только для математика. Подходя к серьезной научной задаче – нельзя слепо полагаться на программы, нужно иметь возможность проверить ключевые вещи самому, или имея кого-то в команде кто может это сделать. Конечно, возможность проверки обязательно должна быть, т.к. даже крутые пакеты неизбежно содержат ошибки. Даже в математических библиотеках Excel'я есть ошибки, что уж говорить о более специализированных/ менее распространённых пакетах. Если хотите разбираться с критерием Колмогорова, известным на западе как критерий Колмогорова-Смирнова, то лучше всего он изложен в Большев Л.Н., Смирнов Н.В. Таблицы математической статистики. М: Наука, 1983. 416 с. на стр. 80-82. Там даны как точные формулы, так и аппроксимации разной степени точности, а также ссылки на литературу.
|
nattali80 Участник |
(Den-N @ 23.06.2013 21:55) Если хотите разбираться с критерием Колмогорова, известным на западе как критерий Колмогорова-Смирнова, то лучше всего он изложен в Большев Л.Н., Смирнов Н.В. Таблицы математической статистики. М: Наука, 1983. 416 с. на стр. 80-82. Там даны как точные формулы, так и аппроксимации разной степени точности, а также ссылки на литературу. Ну на данном этапе мне важно знать, что это вообще в принципе можно проверить, и кто-то это, вероятно, и делает, то есть - идет контроль на ошибки в пакетах. (Den-N @ 23.06.2013 02:09) Для проверки гипотез в настоящее время используется так называемый "синтетический" частотный подход, который идеологически, по-сути, есть подход 1 - подход Фишера, и хорошие программы должны выдавать точные достигнутые значения Р. А вот по "синтетическому" частотному подходу - может быть вы подскажете, какое он имеет название на английском, чтобы можно было найти о нем информацию и понять в общих чертах суть, грамотно сослаться в методике работы и пр.? Сообщение было отредактировано nattali80 - 24.06.2013 01:31 |