Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (117):  1 2 3 > » 

Тестирование SARS-CoV-2
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 16.04.2020 09:23  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1812240  |  Ответов: 208  |  Просмотров: 14 901
Тест на коронавирус 3777 долларов
https://www.youtube.com/watch?v=IlmoIUtPoiY
4:20
А они не ОФИГЕЛИ?

Успехи китайской науки
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 26.01.2018 21:54  |  БеседаБеседа  |  link: #1702294  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 755
(guest: petr @ 26.01.2018 19:11)
Ссылка на исходное сообщение  Нормально будет когда вы перестанете сереть везде.

Нормально будет, когда мне дадут права куратора темы. Только тотальные зачистки и растрелы могут помочь.

Успехи китайской науки
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 26.01.2018 15:11  |  БеседаБеседа  |  link: #1702232  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 755

Успехи китайской науки
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 26.01.2018 15:07  |  БеседаБеседа  |  link: #1702231  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 755
Друзья-китайцы опубликовались в Клетке
Ждем теперь человекообразных обезьян. Предвтавляю , какой поднимут вой религиозные фундаменталисты и прочие креоцианисты.


Cell 172, 1–7, February 8, 2018

Resource
Cloning of Macaque Monkeys
by Somatic Cell Nuclear Transfer
Zhen Liu,1 Yijun Cai,1 Yan Wang,1 Yanhong Nie,1 Chenchen Zhang,1 Yuting Xu,1 Xiaotong Zhang,1 Yong Lu,1
Zhanyang Wang,1 Muming Poo,1 and Qiang Sun1,2,* 1Institute of Neuroscience, CAS Center for Excellence in Brain Science and Intelligence Technology, State Key Laboratory of Neuroscience,
CAS Key Laboratory of Primate Neurobiology, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China
2Lead Contact
*Correspondence: qsun@ion.ac.cn
https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.01.020

Курсера
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 26.06.2017 18:52  |  БеседаБеседа  |  link: #1672828  |  Ответов: 1  |  Просмотров: 838
В чем проблема? У меня давно это было.

Трансфекция фибробластов
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 27.05.2017 13:39  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1668843  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 5 950
1. Выглядит как типичный апоптоз
2. Что бы разобраться нужны контроли.
3. Взять другую плазмиду и лучше другой протокол выделения
4. Пару альтернативных протоколов трансфекции. кальцый-фосфат очень травматичный для многих типов клеток. Фюджен или Амакса на порядки лучше (но естественно не дешевле)
5. Вирусы тоже хороши. Например ленти.

PS 1' Поставить тест на апоптоз smile.gif
If it looks like a duck, swims like a duck and quacks like a duck, then it probably is a duck.

Технологии секвенирования следующего поколения.
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 22.05.2017 10:54  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1668158  |  Ответов: 1176  |  Просмотров: 290 225
Годная книжка и не очень заумно написана
Wing-Kin Sung
ALGORITHMS FOR
NEXT-GENERATION SEQUENCING
(Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology)

CRC Press | 2017 | ISBN: 978-1-4665-6550-0 | 362 pages | PDF (rar) | 20.9 Mb

http://forum.ru-board.com/topic.cgi?forum=...6&start=1420#lt

https://www.upload.ee/files/7034410/Algorit...encing.rar.html

Нужны гены xFP
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 16.05.2017 14:41  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1667464  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 740

Технологии секвенирования следующего поколения.
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 16.05.2017 10:32  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1667412  |  Ответов: 1176  |  Просмотров: 290 225
Всем привет.
Если быть строгим то у меня вопрос не совсем по теме. Просто не хочу плодить лишнюю ветку по NGS.
Я пытаюсь разобраться как работает псевдоэлайнер Каллисто. И у меня возникает много вопросов по алгоритму его работы. Как я понимаю, все начинается с постройки "индекса" на основе транскиптома модельного организма. Этот как бы индекс фактически граф Де Брейна для транскриптома. Поиск рида в транскиптоме сводится к разбивке каждого рида на к-меры и поиске пути в графе Брейеа для этих к-меров. Развилки в графе представляют собой различные изоформы гена. После того как все риды попытаются с переменным успехом отмапить на транскриптом можно посчитать сколько ридов приходится на каждый транскрипт. А вот далее мне совсем не понятно. К чему применяется бутстрэп? Как имея даже ОДИН образец Каллисто в паре с R строит для каждого транскрипта график "ящик с усами"? Мистика.

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 28.03.2017 19:47  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661499  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
что делает эта Ваша связка софта за 1 час полезного?

За час на риды мапятся на геном (мышка/человечек), BAM файл сортируется и индексируется (опционно), из БАМа вытаскивается GTF. когда все образцы отмапятся все GTF сливаются один общий GTF. Затем в бой вступает StringTie. Он пытается на основе ридов и общего GTF построить транскрипты (разные изоформы). А на основе этих транскиптов Ballgown считает статистику, строит таблицу DE генов, вулканчики всякие рисует и прочие свистульки и погремушки. Чем собственно и богат Биокондактор. На общем фоне все эти R приблуды выполняются практически мгновенно.

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 28.03.2017 15:24  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661462  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
не знаю что такое Таксидо


new Tuxido = HISAT2 + StringTie + Ballgown

Биться за скорость не вижу уже особого смысла. Скорость и так вполне приемлемая.
Примерно 1час/обоазец на i5 (4 core) 16 Gb RAM. Не считая дополнительного времени на QC.

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 28.03.2017 13:04  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661441  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
SSD быстрый если только сравнивать с HDD. А если сравнивать с RAM DDR4 то это черепаха. Да и умрет SSD через неделю от такого свопа. Поэтому у меня на SSD стоит только Ubuntu и OS X Sierra. А все данные и своп на втором диске HDD.
Я сделал свой индекс без опций. И все взлетело. Весь протокол нового Туксидо отработал без ошибок и нашел все DE гены. И в IGV все загрузилось и просто летает. Всем спасибо.
А Hisat2 vs STAR это уже вопрос религии. У меня только 16Gb RAM делать апгрейд памяти только под STAR не вижу смысла.

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 27.03.2017 18:35  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661356  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
С опциями --ss и --exon мой комп выбирает весь RAM потом весь своп и впадает в анабиоз. Без этих опций довольно шустро генерит индексные файлы. Oсталось выяснить глубинный смысл этих опций и что без них я теряю.
Как вариант я попробовал отмапить риды только на одну хромосому(наиболее мне интересную). Осталось придумать как вытащить из GTF на весь геном подмножество GTF на эту хромосому.

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 27.03.2017 13:50  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661335  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
2 ksm
Тут какае то путаница. Попытаюсь разобраться.
Я скачал по вышей ссылке индексы, и скормил их Хайсат2 на РНК-сек данных рыбок. Хайсат2 скушал их и сгенерил мне BAM файлы с элайментом. Но эти файлы не загружаются в IGV weep.gif . Вьюер ругается, что нет в БАМах информации о генах confused.gif . Скорее всего индексы сделаны неправильно.
Я делаю по статье
Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie, and Ballgown
Mihaela Pertea1,2, Daehwan Kim1, Geo Pertea1, Jeffrey T. Leek3, and Steven L. Salzberg1,2,3,4
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5032908/

В ней во втором боксе инструкция как получить свои индексы (на примере chrX) :

$ extract_splice_sites.py chrX_data/genes/chrX.gtf > chrX.ss
$ extract_exons.py chrX_data/genes/chrX.gtf > chrX.exon

Second, build a HISAT2 index:

$ hisat2-build --ss chrX.ss --exon chrX.exon
chrX_data/genome/chrX.fachrX_tran

The --ss and --exon options can be omitted in the command above if annotation is not available.
Note that the index-building step requires a larger amount of memory than the alignment step, and might not be possible on a desktop computer. For example, indexing requires 9 GB of RAM for chromosome X, and 160 GB for the whole human genome. The amount of memory is much smaller if one omits annotation information. Indexing chromosome X using 1 CPU core takes less than 10 minutes. It should take ~2 hours to build an index for the whole human genome using 8 CPU cores.


Индексы без анотации для меня бессмыслены. Тем более, что полученые с помощью их файлы не грузятся в IGV. В чем я неправ?
На сайте Хайсат2 можно скачать готовые индексы. К каждому комплекту прилагается скрипт на Баше как эти индексы сделаны. этот скипт можно немного поправить и адаптировать к нужному геному. По моему самый правильный путь.

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 27.03.2017 12:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661326  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
Причем тут Стар? Ему нужно только 30Гб для мапинга. А на Хайсате 8Гб (16 Гб с запасом).
А индексы один раз сделал или скачал и пользуйся ими потом всю жизнь. Мне Хайсат2 нравится за офигенную скорость и связку в новый Туксидо. Думаю на ближайшие лет 5 это станет де факто стандартом для РНК-сек (ИМХО).

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 27.03.2017 11:24  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661319  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
2 ksm
Конечно это индекс. Только не полный индекс генома зебрафишки. Какаето его часть. В принципе можно и для одного гена строить индекс и мапить на него геном. А за наводку на индекс генома спасибо. Еще бы узнать на какой сборке генома он получен.

Прошу помощи
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 24.03.2017 23:17  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1661157  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 3 375
Всем привет.
У меня появилась нужда выровнять риды на зебрафишный геном danRer7.fasta
с помощью HISAT2. Геном в два раза меньше человечьего, но тоже не маленький.
Не могу никак найти готовый (пригодный для HISAT2) индекс к этому геному. В описании программы пишут, что для индексирования надо примерно 150Gb RAM на борту компа. У меня немного меньше smile.gif . Может у кого завалялся готовый индекс или хотя бы суперкомпьютер. Буду премного благодарен за иднексирование для HISAT2 зебрафишного генома.

Особенности национальных задач по информатике
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 25.01.2017 23:13  |  БеседаБеседа  |  link: #1655070  |  Ответов: 36  |  Просмотров: 2 340
(vb @ 25.01.2017 20:53)
Ссылка на исходное сообщение  Либо неполные усдовия задачи, лиюо задача из разряда летели два крокодила... как моэно установить минимальпый по затратам набор уомпьютеров, если не описаны затраты на каждый компьютер?

Особенности национальных задач по информатике
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 25.01.2017 22:08  |  БеседаБеседа  |  link: #1655051  |  Ответов: 36  |  Просмотров: 2 340
Я еще застал на факультете ВМК МГУ такой зоопарк
В результате к 1986 году на факультете функционировали БЭСМ-6, ЕС-1035, двухмашинный комплекс ЕС-1045, несколько терминальных классов. В конце 1988 года – начале 1989 года вступил в строй комплекс ИЗОТ-1014, состоявший из мощной мини-ЭВМ с открытым микропрограммным уровнем и четырёх матричных процессоров, способных вести счет параллельно. К концу 1980-х годов УНВК стал самым мощным центром в университете по объёму дисковой памяти и суммарному быстродействию вычислительных средств.

Особенности национальных задач по информатике
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 25.01.2017 21:38  |  БеседаБеседа  |  link: #1655044  |  Ответов: 36  |  Просмотров: 2 340
СОВЕТСКИЕ программисты предпочитали пользоваться маш.кодам

Таких было чертовски мало. Всякие луноходы программировали. Всем остальным хватало Фортрана и Алгола.
А олимпиадные задачки в книжке действительно сложные попадаются.

Особенности национальных задач по информатике
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 25.01.2017 16:47  |  БеседаБеседа  |  link: #1655026  |  Ответов: 36  |  Просмотров: 2 340
Случайно наткнулся на задачник

Длина гена
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 06.12.2016 17:24  |  БеседаБеседа  |  link: #1649180  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 1 933
Всем привет.
Когда говорят о длинне гена, что имеют ввиду? Суммарную длинну всех екзонов и интронов? или туда еще включают 5'/3' UTR?
И в чем смысл описания не кодирующих белок экзонов?

Алферов: нафиг они нам нужны здесь.
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 31.10.2016 17:13  |  БеседаБеседа  |  link: #1644635  |  Ответов: 181  |  Просмотров: 16 146
(criplenie @ 29.10.2016 22:55)
Ссылка на исходное сообщение  Статья устарела лет на 10. Ибо писана а) до американского ипотечного кризиса, б) в период роста цен на нефть, в) до великой рецессии.

Зайдите на Ютьюб и сделайте запрос на "Константин Северинов".
И вы убедитесь, что за последние 10 лет Константин не сказал ничего нового.
Ни американский ипотечный кризис, ни цены на нефть, ни великая рецессия его не трогают.

https://www.youtube.com/watch?v=PiBNZubtLsg
Константин Северинов о жизни научной диаспоры в новых российских реалиях

секвенирование ПЦР фрагментов
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 24.10.2016 19:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1643833  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 2 919
кстати, еще метод - клонировать в Т-вектор, сиквенирвоать по стандартным (внешним) праймерам, очень хорошо работает для разных трудных случаев

Если образцов десятки-сотни трудоемкость разко возрастает. В топку.

секвенирование ПЦР фрагментов
Sergeant
Постоянный участник


Отправлено: 24.10.2016 19:14  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1643830  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 2 919
Может да, а может и нет. Все от праймеров зависит.
Для сиквенса требования для праймеров более жесткие чем обычно для ПЦР.
Посмотрите, например протоколы Колд Спринг Харбор для баркодирования.
Эти протоколы спецально для школьников разрабатывались. Для чайников.
Для баркодирования в ПЦР берут смесь длинных вырожденных праймеров, подходящих практически для всех растений. У всех прямых праймеров на 5' конце последовательность M13 Dir. А у всех обратных праймеров M13 Rev. После ПЦР на геномной ДНК выделяют нужную полосу из геля и шлют на сиквенс с M13 (Dir/rev).
Школьники так и растения и животных и инсектов баркодируют. История даже попала в прессу после того как эти тимуровцы прошлись по рыбным ресторанам Нью-Йорка и выявили жульничество с заменой дорогой рыбы на дешовые сорта. lol.gif
страницы (117):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.04.21 13:17
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft