Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Выдернуть рРНК из неразруенной клетки -- в электрофорезе --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* metrim
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.07.2018 00:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Можно ли расчитывать "выдернуть" рРНК из "суспенхии" нелизированных клеток?
Т.е. грубо говоря - в лунку "стандартного" агарозного геля залить ON-культуру и из неё что бы вышла рРНК в гель.
Вроде как бОльшая часть рибосомальных белков будет при этом заряжена положительно, у них pI существенно выше 8,3. Неутянут ли они рРНК в противоположную сторону?
Нужно ли вносить в гель какие то модификаторы, денатурирующие агенты, что разрушить РНК-белковый комплекс? (по условиям задачи внести детергенты в суспензию , кипятить и пр - неприемлемо) Может быть самого электрического поля будет достаточно, что бы разрушить все супрамолекулярные комплексы?
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 03.07.2018 11:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Мягко говоря, странная затея. Клетки то какие? Как РНК-белковые комплексы через клеточную мембрану или стенку выйдут?
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.07.2018 12:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(ship @ 03.07.2018 12:36)
Ссылка на исходное сообщение  Мягко говоря, странная затея.
Не буду спорить.
Вообще "эксперимент" предполагается не совсем в таком виде, но в целом - экстакция нуклеиновых кислот из клеток в гель. Опыта у меня в данном аспекте нет , вот и спрашиваю более подкованных.

Клетки то какие? Как РНК-белковые комплексы через  клеточную мембрану или стенку выйдут?
ну метод "комет" же как то работает ? Клетки бактериальные прежде всего (пардон что забыл указать), ну и микромицеты.
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 03.07.2018 13:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

>метод комет
@Проводится иммобилизация, подвергнутых воздействию изучаемого фактора клеток в низкоплавкой агарозе, нанесенной на предметное стекло для микроскопии. Обработка образцов в буфере с высоким содержанием соли приводит к лизису клеточных мембран и экстракции белков. @

клетки лизировать надо для метода комет.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.07.2018 13:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Для чего все это в итоге Вы так и не сказали, но тем не менее...
Сейчас модно обрабатывать бакт.клетки, т.е. ресуспендировать после ЦФ в буфере, содержащем РНК-азу А перед щелочным лизисом, и в итоге действительно плазмидная ДНК получается полностью свободная от всей РНК... confused.gif
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.07.2018 13:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Да нет никакой "великой тайны", просто не хочется отвлекаться на "посторонние" на данном этапе вопросы.
В целом прикидваю: возможно ли реализовать метод визуализации микробных сообществ in situ. Получать отпечатки поверзности, на которой растут микробы на гелевой пластине, а затем - переносить РНК методом блоттинга СКВОЗЬ гель на мембрану. Затем - алалогично FISH .
Вполне возможно эта задача уже более чем удачно кем то решена, буду признателен за ссылки на статьи и методички
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 03.07.2018 15:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Не, это невозможно. мембраны и белки типа РНКаз Вам сильно исказят картину. В смысле, всё будет вперемешку и "кто вперёд", с победой всегда по-разному.

Либо Вы крошитё всё в хлам и из гомогенного хаоса тащите конкретно РНК (с ингибированием вырвавшихся на свободу РНКаз в хаосе), либо, если не крошите всё в хлам - то имеете дело с артефактами метода Вашего прессования-электрофореза разной интенсивности, а не с результатами собственно бактериального распределения по "карте".

Стабильность части РНК в клетках - десятки секунд. Вы не успеете её вытащить из мешка, где её грызут ферменты за это время, если не устроите всему без разбора полный квенч каким-нибудь хаотропом с детергентом и протеиназой К (например).
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 03.07.2018 16:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(metrim @ 03.07.2018 11:49)
Ссылка на исходное сообщение  Да нет никакой "великой тайны", просто не хочется отвлекаться на "посторонние" на данном этапе вопросы.
В целом прикидваю: возможно ли реализовать метод визуализации микробных сообществ in situ. Получать отпечатки поверзности, на которой растут микробы на гелевой пластине, а затем - переносить РНК методом блоттинга СКВОЗЬ гель на мембрану. Затем - алалогично FISH .
Вполне возможно эта задача уже более чем удачно кем то решена, буду признателен за ссылки на статьи и методички

А зачем сквозь гель переносить?
Ну по сути вам надо делать Нозерн-блот, только без электрофореза.
Типа растите клетки на подложке, а затем все фиксируете и денатурируете , и переносите РНК на мембрану, и затем гибридизуете мембрану с зондами.

Но зачем это делать по РНК когда можно и по геномной ДНК различать разных микробов?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 03.07.2018 16:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

ДНК стабильнее и если речь не идёт об РНК-вирусах, код вполне можно зондировать РНКовый и на ДНК.
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.07.2018 22:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(NMR-guy @ 03.07.2018 16:19)
Ссылка на исходное сообщение  Стабильность части РНК в клетках - десятки секунд. Вы не успеете её вытащить из мешка, где её грызут ферменты за это время, если не устроите всему без разбора полный квенч каким-нибудь хаотропом с детергентом и протеиназой К (например).
НУ а ЭДТА не спасет РНК в данном случае?
В гель по идее можно заправить что угодно,что бы подавить активность нуклеаз.
Ну а уже мембрану, после переноса, можно обработать протеазами.
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.07.2018 22:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(ship @ 03.07.2018 17:11)
Ссылка на исходное сообщение Типа растите клетки на подложке, а затем все фиксируете и денатурируете , и переносите РНК на мембрану, и затем гибридизуете мембрану с зондами.

Но зачем это делать по РНК когда можно и по геномной ДНК  различать разных микробов?
В том то и дело, что я ничего не хочу растить. Мне нужно перенести "микробиом" с некоей поверхности на мембрану.
Мне не нужно "идентифицировать", делать дот-блот и т.д.
Ну вот что бы было понятнее http://scicenter.online/ekologicheskiy-mon...iya-165482.html , но только с применением современных техник и без ограничений свойственных денному методу.
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 04.07.2018 09:01     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(metrim @ 03.07.2018 22:05)
Ссылка на исходное сообщение  НУ а ЭДТА не спасет РНК в данном случае?
В гель по идее можно заправить что угодно,что бы подавить активность нуклеаз.
Ну а уже мембрану, после переноса, можно обработать протеазами.

ЭДТА лишь будет элементом артефакта, накладывающим маску на реальное распределение бактерий. Поскольку ЭДТА будет иметь РАЗНУЮ подвижность и глушить нуклеазы из разных бактериальных тел с разной эффективностью. В результате у Вас будет не микробиом а "кто лучше всех заглушился тот и отпечатался лучше всех".

Вам нужно придумать каким образом за несколько секунд сделать из поверхности Вашего микробиома тотальную кашу, но при этом не повредив химически РНК. Это весьма сложная задача, решенная лишь для смывов, но никак не для произвольной поверхности в коллоидной или твёрдой фазе.
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 22.07.2018 15:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(NMR-guy @ 04.07.2018 10:01)
Ссылка на исходное сообщение  ЭДТА лишь будет элементом артефакта, накладывающим маску на реальное распределение бактерий. Поскольку ЭДТА будет иметь РАЗНУЮ подвижность и глушить нуклеазы из разных бактериальных тел с разной эффективностью. В результате у Вас будет не микробиом а "кто лучше всех заглушился тот и отпечатался лучше всех".

Вам нужно придумать каким образом за несколько секунд сделать из поверхности Вашего микробиома тотальную кашу, но при этом не повредив химически РНК. Это весьма сложная задача, решенная лишь для смывов, но никак не для произвольной поверхности в коллоидной или твёрдой фазе.
Не очень понял, почему ЭДТА будет иметь в данном случае "разную подвижность". Кончентрация его вроде везде равномерное, так же как и электрическое поле. В том то как бы в моем представлении и прелесть, что "получаем на агаровой подложке отпечаток микробиома, толщиной несколько микрометров, а потом осуществляем его блоттинг".
Как бы то что "нельзя внести детергенты в образец" - я как бэ утрировал, разумеется можно фильтровалку с буфером, снабжённым детергентом или чем угодно на гель наложить, что бы решить задачу быстрой инактивации нуклеаз.


Ну в любом случае, промежуточный результат получен, мне разом категорически не сказал "да ты чо чувак, да все это уже давно обтяпано и делается на потоке", #RTFManiatis

Если у кого то появится интерес к решению означенной задачи, но нет желания молоть языком на форме - можно связаться через ЛС и на условиях соавторства - помочь мне сделать работу. Все основные биохимические реактивы и оснащение у меня наличествуют
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 22.07.2018 21:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(metrim @ 22.07.2018 15:00)
Ссылка на исходное сообщение  Не очень понял, почему ЭДТА будет иметь в данном случае "разную подвижность".

Поскольку скорость её диффузии не будет подчиняться классическим законам в растворе по дороге к РНКазам в ваших бактериях.

На диффузионное поле наложится маска разных клеточных образований в разное количество слоёв, которые непроницаемы для ЭДТА, но проткнуты различным числом специфических каналов и пор, прикрыты разной гликановой "шубой" и по-разному (с разной эффективностью в единицу времени) разрушаемы хаотропными агентами типа гуанидина. При этом внутри этих мешков уже всё перемешано и РНК благополучно доступно для РНКаз, как и для разрывов нити. Ферменты репарирующие РНК, наколько я помню, наукой не обнаружены.

Таким образом, Вы получаете оттиск не микробиома своего, а маскировки его Вашим протоколом выделения, если не будете действовать БЫСТРО, химически аккуратно по отношению к РНК и радикально. То есть - не превратите всё вообще в лизат/раствор за секунды, с заквенченными ЭДТА и другими ингибиторами РНКзами.

Патенты и ноу-хау на РНКазные квенчи и киты для выделения весьма дорогого стоят как раз из-за весьма высокой трудоёмкости борьбы за эти секунды до равномерного квенча в многофазовой коллоидной лизисной среде при выделении РНК. Это всегда сложные смеси с весьма узкими диапазонами эффективной, но при этом не разрушающей РНК работы.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 24.07.2018 11:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Скажите, а зачем именно рРНК?
Говорят, исследователи почв для генотипирования используют анализ генов рРНК.
http://www.agrobiology.ru/3-2018dmitrakova.html
http://bioinformaticsinstitute.ru/sites/de...es/chirak_0.pdf
https://scfh.ru/papers/gennoe-dose-mikrobioma/

Поскольку скорость её диффузии не будет подчиняться классическим законам в растворе по дороге к РНКазам в ваших бактериях.


Шедевр! Отлито в граните! jump.gif
Вообще то, ингибирующий эффект ЭДТА не в прямом взаимодействии с РНКазами, а в связывании кофактора РНКазы - магния и других двухвалентных металлов. Кстати, не все РНКазы магний зависимые.
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 24.07.2018 15:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Вадим, Вы знаете, Ваше мнение всегда очень важно для нас. Большое за него спасиБо!
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 24.07.2018 15:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Vadim Sharov @ 24.07.2018 12:43)
Ссылка на исходное сообщение  
Вообще то, ингибирующий эффект ЭДТА не в прямом взаимодействии с РНКазами, а в связывании кофактора РНКазы - магния и других двухвалентных металлов. Кстати, не все РНКазы магний зависимые.

ЭДТА еще никому не удалось РНК-азы ингибировать, ни одну, даже эндо... На магний им плевать.
Поверхностные знания, дилетанские. no.gif
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 24.07.2018 18:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Ну, если человек не хочет терять надежду, нужно же как-то его предупредить, почему это всё не заработает.

Также господин-ъ- Шаров-ъ- забыл (наверное по своей чудовищной занятости более важными делами), что свободного магния и марганца внутри клеток бактерий почти нет, всё хелатировано, в том числе - как кофакторы в активных центрах. Потому и "на магний им плевать" и "ЭДТА прямо к самим РНКазам нужно подавать". wink.gif
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 25.07.2018 00:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(-Ъ- @ 24.07.2018 13:51)
Ссылка на исходное сообщение  ЭДТА еще никому не удалось РНК-азы ингибировать, ни одну, даже эндо... На магний им плевать.
Поверхностные знания, дилетанские. no.gif

Скажем так, в растворе некоторые РНКазы частично магний зависимы и активность фермента может быть снижена ЭДТА.
В растворе и некоторых smile.gif А так, сожрут РНК что с магнием, что без.

Но при этом ЭДТА разрушает, через связывание магния, как структуру НК, так и комплекс белок-НК открывая РНК для атаки РНКазами.
Замечу, что и РНКазин долго не спасет без категоричного освобождения от клеточных белков.

Главный мой вопрос так и не отвечен. Зачем для генотипирования рРНК
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 25.07.2018 00:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(NMR-guy @ 24.07.2018 16:17)
Ссылка на исходное сообщение  
Также господин-ъ- Шаров-ъ- забыл (наверное по своей чудовищной занятости более важными делами), что свободного магния и марганца внутри клеток бактерий почти нет, всё хелатировано, в том числе - как кофакторы в активных центрах. Потому и "на магний им плевать" и "ЭДТА прямо к самим РНКазам нужно подавать". wink.gif


О сколько нам открытий чудных излучают великие специалисты.
Меня когда то учили, что металлы не связываются ковалентно в активных центрах, кто будет металл "хелатировать" зависит от константы ассоциации я магния и кальция. Что в белке, что ЭДТА. обычно вносят порядка на три больше чем белка, что даже если и КА выше у белка, все равно равновесие будет сдвинуто в сторону комплекса металла с ЭДТА.

Конечно, пока мембран нативна, ЭДТА не пройдет через неё. Но Вы же собираетесь рРНК из клетки дернуть. В гель под током.

Кстати, интересно, как Вы всерьез пишите про весь связанный магний бактерий из которых под действием электрического тога в гелевой раствор вытягивают рРНК. Или у Вас супертонкий супернаногель. Тонкий тонкий. Куда ЭДТА сыпать будете? Как ток подведете?

Ой, забыл, надо на молекулярно-биологическом форуме включить Муханкина-Горяева и начать витийствовать, что свободных воды и металлов нет, а также вообще в клетке гель и законы другие.
Как они (вученые) только в клетке определяют концентрации связанных и свободных кальция, магния, рН. Усё врут ученые.

Кстати, Вы сделали великое открытие. Я, наивный, думал, что магний в бактериях, в основном, в комплексе с нуклеиновыми кислотами, а не в активных центрах. Ан, нет, вон оно как, Петрович shuffle.gif
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 25.07.2018 00:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Мне тоже непонятно, но раз человек что-то уже сделал, значит знает зачем.

Вадим, расслабьтесь, мы человеку помочь пытаемся вроде, а не доказать кого и где лучше учили (понятное дело - Вас лучше, все остальные неучи и ППГ, Вы же все после МГУ в бЕлом всегда). Я писАл про то, что если человек рассчитывает ЭДТА заингибировать РНКазу (что, я согласен,- дело малоперспективное), то не стоит обольщаться, что ЭДТА будет в окрестности ВСЕХ РНКаз в растворе для того, чтобы отнять у них себе весь магний и типо их немного заингибировать. Это же справедливо и для каких-либо других ингибиторов.

Вопрос можно ли электрофорезом вытащить из бактерий магний и другие ионы - чисто экспериментальный. Не уверен, что это получится опять же из-за мембран. Через которые весьма энергозатратно таскать ионы.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 27.07.2018 01:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Что не стоит обольщаться, что ЭДТА будет в окрестности ВСЕХ РНКаз в растворе


Вот как раз маленькая молекула в растворе будет довольно быстро везде. Или в бактериях есть особые компартменты. Тела включения? Ага, с рРНК. Споры? ОК. В споры ЭТА не попадет до их разрушения. Вам не хватит рРНК из цитозоля?

Но вернемся к главному, зачем выдергивать рРНК из клеток для изучения почвенного ландшафта? Генотипирования по гену рРНК не хватит?
Я уже дал ссылки, как в России это решают, без мегадум про коферменты РНКаз.
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 27.07.2018 02:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(NMR-guy @ 25.07.2018 01:47)
Ссылка на исходное сообщение  Мне тоже непонятно, но раз человек что-то уже сделал, значит знает зачем.
Ну человек пока непосредственно по "выдергиванию РНК" ничего не предпринимал, т.к. нет ни опыта ни нормального соответствующего образования в данной области. Пока что именно перебираю "что может пойти не так и как забороть".

Вопрос можно ли электрофорезом вытащить из бактерий магний и другие ионы - чисто экспериментальный. Не уверен, что это получится опять же из-за мембран. Через которые весьма энергозатратно таскать ионы.
А разве в электрическом поле как раз для относительно компактных катионов, да в электролите, который представляет из себя цитоплазма движение как раз не станет очень даже простым? Кроме того, ведь можно же садануть ток посолиднее, что в купе с разбавленным электролитом даст изрядный локальный разогрев и поспособствует вскрытию клеток и денатурации белков.

Кстати говоря, коли уж так уговаривают "работать с ДНК, а какова будет подвижность геномной бактериальной и грибной ДНК в 1% геле?


Спасибо всем кто отзывчиво принимает участие в дискуссии!
Некоторых порой правда заносит в тяге показать свое "превосходство" и ученость, полученную из рекламных статей. Надеюсь тяга "утереть сиволапым нос" не затмит им окончательно все и позволит прорваться чему то из далекого научного и лабораторного прошлого
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 27.07.2018 13:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(Vadim Sharov @ 27.07.2018 01:25)
Ссылка на исходное сообщение  Вот как раз маленькая молекула в растворе будет довольно быстро везде. Или в бактериях есть особые компартменты. Тела включения? Ага, с рРНК. Споры? ОК. В споры ЭТА не попадет до их разрушения. Вам не хватит рРНК из цитозоля?

Но вернемся к главному, зачем выдергивать рРНК из клеток для изучения почвенного ландшафта? Генотипирования по гену рРНК не хватит?
Я уже дал ссылки, как в России это решают, без мегадум про коферменты РНКаз.

Бактерии сами по себе закрытые наглухо мешки с 2-3 рубежами непроницаемости, пробитые каналами и активными транспортерами, их внешние барьеры - это не эукариотическая жиденькая мембранка, даже и через которую (целую) ЭДТА небыстро проходит, если вообще.

А если metrim ещё не решил что делать ему для своих изобретений, позволю себе совет: забыть про РНК вообще и никогда не вспоминать, а веселиться строго с ДНК. ДНК стабильнее и ДНКазы/рестриктазы заингибировать гораздо проще. Если, конечно, его не интересуют РНК-содержащие вирусы и только они.
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 27.07.2018 13:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(metrim @ 27.07.2018 02:22)
Ссылка на исходное сообщение  Ну человек пока непосредственно по "выдергиванию РНК" ничего не предпринимал, т.к. нет ни опыта ни нормального соответствующего образования в данной области. Пока что именно перебираю "что может пойти не так и как забороть".

А разве в электрическом поле как раз для относительно компактных катионов, да в электролите, который представляет из себя цитоплазма движение как раз не станет очень даже простым? Кроме того, ведь можно же садануть ток посолиднее, что в купе с разбавленным электролитом даст изрядный локальный разогрев и поспособствует вскрытию клеток и денатурации белков.

Кстати говоря, коли уж так уговаривают "работать с ДНК, а какова будет подвижность геномной бактериальной и грибной ДНК в 1% геле?
Спасибо всем кто отзывчиво принимает участие в дискуссии!
Некоторых порой правда заносит в тяге показать свое "превосходство" и ученость, полученную из рекламных статей. Надеюсь тяга "утереть сиволапым нос" не затмит им окончательно все и позволит прорваться чему то из далекого научного и лабораторного прошлого

Электролит экранирует (пускает энергию поля по себе) замембранные ионы от электрического поля. Посему Вы им таким прямым способом за клеточными стенками и сиало-шубой (которая тоже прекрасный экран, который потащит бактерии по градиенту поля всю целиком, боюсь, а не ионы из её нутра) ни на что не повоздействуете. Если же Вы допустите нагревание, то оно будет, боюсь, неконтролируемым и локально будет переходить точку кипения, что приведёт к денатурации и механическим разрывам энергией тепловых колебаний массивов воды однонитевых молекул к этому довольно нестойких (как и к ультразвуку), грубо: если между двумя денатурированными центрами будет однонитевая связь из РНК, то она механически порвётся. Двунитевую ДНК порвать сильно сложнее.

Двунитевая геномка даже до очистки вполне себе двигается, более того, можно различить суперспирализованные плазмиды и хромосомы на геле и их раскрученные и поврежденные изоформы. 1% агароза, 4 часа 100 вольт, 20 см ванночка: пробуйте это для начала. Но, всё же, геномку бактериальную нужно для начала очистить от белков, иначе она даже из колодца не выйдет. Электростатически оторвать ДНК от белков возможно только в 7-молярной мочевине или гуанидине, но в них Вы электрофорез не прогоните, только FPLC, да и то не самого лучшего качества будет.

В общем и целом, всё что можно себе представить простого уже попробовано и сделано, многое уже даже вышло из-под патентной защиты. Так что там учёному почти нечего делать.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.11.2021 17:42     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1
https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK
https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505
https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/
http://simp.ly/p/nxGlWb
https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22
https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html
https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a
https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch
https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en
http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/
https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch
https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom
https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/
https://en.gravatar.com/allreplicawatches24
https://8tracks.com/replicawatchesuk
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  26.12.2022 10:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

https://omegawatches89.simplesite.com/452939033
https://dailygram.com/index.php/blog/116219...eplica-watches/
https://plaza.rakuten.co.jp/omegawatches89/...y/202208040000/
https://blog.easyfie.com/how-to-prepare-you...on/#comment-285
https://form.jotform.com/223253786289064
https://discussions.ubisoft.com/user/omegawatches89
https://www.worldranklist.com/profile/108194
https://blog.udn.com/omegawatches89/176226568
https://penzu.com/p/56f52c40
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/tips-...replica-watches
https://omegawatches91.mystrikingly.com/
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756647425.html
https://telegra.ph/Where-To-Find-Elegant-An...es-Online-08-03
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300768.html
https://medium.com/@omegawatches89/reasons-...ar-e16d1fabc26f
https://omegawatches89.simplesite.com/452939109
https://teletype.in/@omegawatches89/bVw2sShID4x
https://www.pearltrees.com/omegawatches89#item456651209
https://dailygram.com/index.php/blog/116219...eplica-watches/

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 16:34
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft