Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
LMP Постоянный участник |
Недавняя дискуссия по данному вопросу с одним из участников сподвигла меня на обсуждение данного вопроса с точки зрения существования молекулярно-генетических методов, которые позволяют анализировать деградацию ДНК в рамках оценки периода наступления смерти. Возможные ответы: 1. Таких методов нет 2. Методы в литературе есть 3. Методы в литературе есть, валидированных тестов нет 4. В др. странах тесты есть, у нас нет 5. В др. странах не валидированные методы так или иначе используются на практике Кому какие варианты ближе или кто что может добавить или прокомментировать? |
blij Постоянный участник |
Оценка деградации ДНК имплементирована в наборе Quatifiler Trio/HP. Применяется она для оценки возможности амплификации длинных STR, более ни для чего. SWGDAM developmental validation проведена только для Duo, для Trio пока не опубликована.
|
LMP Постоянный участник |
Файл/ы:
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 11.10.2015 16:21) Да, для анализа только деградации ДНК наверное не достаточно, согласен. Это я привел, как один из вариантов. Хотя вот статья в которой попробовали привязать ДНК-овый метод к первым 24 часам. Еще, наверное, в разных тканях процесс деградации идет с разной скоростью? ДНК еще до эпохи исторического материализьма пытались для этого дела прикрутить и убедились, что бесполезно. Сейчас вот разве что ебиптяне с индусами могут с этим играться. Да и то, на крысах только картинки б.м. внятные получаются и только на коротком начальном интервале, на человеке такое не получится - масса тела и соот-но динамика остывания и активность ферментов совсем другие. То, что в разных тканях деградация с разной скоростью происходит это и хорошо и плохо: слишком много трудно учитываемых факторов, в печенке или поджелудке скорость метаболизма сильно поменяется в зав-ти от того, что покойничек перед смертью откушал, а в других тканях деградация отн. медленно происходит. ДНК - это тупик однозначно. Про РНК разговор отдельный, но с определением ДНС по ее деградации тоже проблем полно. Кстати, на тех же крысах португальцы в Плос1 опубликовали модель с точностью до минут (сам рецензировал, предупреждал, что на человека ее переносить не стоит, но кажется авторы не слишком прониклись). Вот с давностью депозиции следов (пятна крови, волосы, ногти) использование РНК более здравым выглядит, хотя там условия внешней среды ключевую роль играют. Если влажность и температура б.м. постоянны (indoors, office crimes), то корреляция реально очень высокая. Есть еще интересная публикация по дегр. РНК в зубной пульпе, по-идее условия идеальны в смысле постоянства условий, но корреляция получилась не очень большой, но там у меня сомнения в квалификации авторов, не молекулярщики они, могли накосячить. |
LMP Постоянный участник |
(blij @ 11.10.2015 15:52) Эти? Файл/ы:
|
blij Постоянный участник |
|
LMP Постоянный участник |
(blij @ 11.10.2015 15:52) То, что в разных тканях деградация с разной скоростью происходит это и хорошо и плохо: слишком много трудно учитываемых факторов, в печенке или поджелудке скорость метаболизма сильно поменяется в зав-ти от того, что покойничек перед смертью откушал, а в других тканях деградация отн. медленно происходит. А если, например, имеется сравнительно большая группа лиц (>200), находящаяся примерно в одинаковых условиях (внешняя температура) и есть возможность отобрать более или менее схожих по BMI данным и относительно здоровых (по до-смертным показателям)? Хотя конечно понятно, что здоровый - здоровому рознь
|
blij Постоянный участник |
|
LMP Постоянный участник |
|
LMP Постоянный участник |
(blij @ 11.10.2015 18:29) Я другое имел в виду. Если одномоментно погибает много народу в одном месте. Известно кто (можно отобрать относительно здоровых), но не известно когда.
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 11.10.2015 20:26) про один универсальный метод речи и нет конечно. Только как подтверждение в рамках системного анализа, по возможности. Честно говоря, я бы не стал на это время тратить. От ДНК ождания низкие, то что какие-то арабы или китайцы какие-то картинки показывают, не значит почти ничего. Врут они почти наверняка, даже для крыс. Если действительно системно делать, надо учитывать туеву хучу факторов, доставать образцы, с трупов, хорошо документированные, выборку набирать немалую. И делать это надо на NGS, причем работать с дегр. ДНК. В итоге вся эта морока скорее всего не окупится. |
LMP Постоянный участник |
(blij @ 11.10.2015 13:00) Для этого в форензикс используют оценку деградации РНК (обычно по соотношению мРНК бета-актина и 18S rRNA) Я смотрю некоторые прикидочный тест сделать пытаются, анализируя период приблизительно в размере до 100 дней, работая с мРНК для митохондриальных генов, 18S рРНК, а ДНК считают в ногтях и костях квантифайлером. Файл/ы:
|
blij Постоянный участник |
|
LMP Постоянный участник |
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 12.10.2015 10:30) Их результатам в принципе нельзя доверять (имел "щастье" рецензировать их MS, это что-то запредельное по методической безграмотности). Нормальные ссылки: Много китайщины появляется, иногда даже не совсем бредовой (напр. использование miRNA).
|
LMP Постоянный участник |
(blij @ 12.10.2015 10:14) микроРНК я видел на ISFG в этом году (~10% от всех постеров), но углядел несколько странностей:маленькая выборка (не более 10-15 человек), нестабильность маркера (hsa-miR205-5p, "пляска экспрессии до 20-кратной разницы в разные дни наблюдения) и почему-то у научных групп из одного и того же института miR-маркеры тканей разные. Этого я совсем не понял. Не понял и объяснения авторши, что типа они разными базами данными для предварительной селекции пользуются...
|
blij Постоянный участник |
На ISFG об идентификации тканей речь была. Выборки маленькие, методы разные, БД разные (наверняка имелись в виду разные версии mirbase). |
LMP Постоянный участник |
(blij @ 12.10.2015 10:49) да, конечно, просто миРы для крови, для тестирования возраста и идентификации (цельной крови) по идее, одни и те же должны быть...
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 12.10.2015 12:02) да, конечно, просто миРы для крови, для тестирования возраста и идентификации (цельной крови) по идее, одни и те же должны быть... Нет, для тканей нужны именно тканеспецифичные, для опр. возраста не обязательно, главное, чтоб были стабильные. |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
(blij @ 12.10.2015 10:52) Нееет, только не это! Поищите нормальные работы, они есть. Я попозже могу дать ссылки. Про этих клоунов забудьте лучше. Это вы адьюнкта UT из Ноксвиля с непонятной аффилиацией и адресным грантом от USDJ называете клоуном? Вы сами-то хорошо подготовлены для таких эпитетов? Статья очень хорошая. В ней нет бреда за деньги от маркетологов секвенаторов, а используется только то, к чему есть доверие и что может иметь (в отличие от ваших домыслов) доказательную силу в суде, втч - суде присяжных, которым можно все детали методов если нужно объяснить. Собственно, и экспериментальные данные выглядят правдоподобными. Нигде кроме почвы по повреждению шаблона время после смерти оценить у них нормально не получилось. И понятно почему - в почве температура гораздо более постоянна, чем на поверхности. И выбор ногтей/волос/зубов не случаен как материала - по другим тканям ничего вообще оценить было бы не возможно, поскольку факторов, которые вмешиваются в скорость распада шаблона там просто море и все могут быть в разном соотношении со временем, к которому и хотят все привязать... |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
если материал подвергается биологической декомпозиции, то это ее не спасет. и время по ней определять - все равно что по курсу доллара к рублю. 10 лет постоянства, потом ступенька - и всё. а вот по длинному шаблону, вмурованному в кератин волос/ногтей/зубов - милое дело, поскольку никакие клостридии до нее не доберутся быстро и скорость ее исчезновения будет жестче связана со временем. |
blij Постоянный участник |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
А командовать модераторами в открытую - дело неблагодарное. Вдруг не послушают и Вы окончательно опозоритесь? (blij @ 12.10.2015 12:14) Их результатам в принципе нельзя доверять (имел "щастье" рецензировать их MS, это что-то запредельное по методической безграмотности). Нормальные ссылки: Много китайщины появляется, иногда даже не совсем бредовой (напр. использование miRNA). В этих статьях речь идет о засохшей крови и волосах. И все что в них написано никак не противоречит статье соавторов, которых Вы по какой-то причине обозвали публично клоунами. |
blij Постоянный участник |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
Надеюсь, при рецензировании Вы хотя бы не обзывали авторов клоунами и не требовали модераторов защищать и выгораживать ваше хамское словесное поведение и неуважение к отлично сделанной другими людьми безо всякой маркетологической секвенаторной хрени работе. |
blij Постоянный участник |
(NMR-guy @ 13.10.2015 16:04) Вы здесь не рецензент, а собеседник. Думаю, это всем понятно. К тому же, Ваш уровень культуры диалога ставит под сомнение Вашу способность вести рецензирование статей. Надеюсь, при рецензировании Вы хотя бы не обзывали авторов клоунами и не требовали модераторов защищать и выгораживать ваше хамское словесное поведение и неуважение к отлично сделанной другими людьми безо всякой маркетологической секвенаторной хрени работе. Неуважаемый, собеседник высказывает интересные идеи и задает правильные вопросы, если конечно хочет беседу поддерживать. Вы же, при полном незнакомстве с вопросом, тем не менее уверенно ляпаете категоричную чушь обсуждать которую даже не хочется. И, кстати, столь понравившийся Вам отчет, который Вы упорно именуете публикацией, опубликован в рецензируемом журнале никогда не был. Из содержания в общем-то ясно почему, если конечно хоть немного соображать в теме. |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
Люди работают не для того, чтобы радовать вам подобных. А для того, чтобы предложить дешевую альтернативу всякой таинственной хрени из моря зауми и заносов маркетологов производителей стремительно дорожающих приборов. Читая вас с собратом ДЖ Рио я все больше и больше убеждаюсь в том, что публиковаться стОит только в индексированных OpenSource журналах без подобных Вам референтов, обзывающих авторов за глаза клоунами. |
LMP Постоянный участник |
Нет, для тканей нужны именно тканеспецифичные, для опр. возраста не обязательно, главное, чтоб были стабильные. Т.е. думаете, не оч страшно, что экспрессия заданного маркера (ов)не стабильная, лишь бы не было "кроссреактивности" по разным тканям?
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
но вот для счета времени деградации... |
blij Постоянный участник |
(NMR-guy @ 13.10.2015 16:36) Общаясь с Вами действительно становится ясно почему. Там нет NGS. Работа хорошая и простая. Опубликован же он БЫЛ, как заметно по простому факту того, что его нашли и хотят проверить. А проверив - начать использовать. Вы не задумывались почему меня приглашали рецензентом для десятков статей подобной тематики? |
LMP Постоянный участник |
(NMR-guy @ 13.10.2015 15:40) Во-первых не микроРНК для деградации, а деградация для PMI А во-вторых я ж уже написал, что деградация ДНК для определения PMI, рассматриваю просто как из совокупных методов оценки. Вообще это ж научный раздел в рамках судебной генетики, который еще достаточно молод и многие маркеры в стадии "осмысления". Тут пока лучше обходиться без жестких запретов
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 13.10.2015 16:48) Во-первых не микроРНК для деградации, а деградация для PMI А во-вторых я ж уже написал, что деградация ДНК для определения PMI, рассматриваю просто как из совокупных методов оценки. Вообще это ж научный раздел в рамках судебной генетики, который еще достаточно молод и многие маркеры в стадии "осмысления". Тут пока лучше обходиться без жестких запретов Молод конечно и осмысливать еще нужно многое, но РНК маркеры уже неск. лет как успешно в судебных экспертизах используются И миРНК тоже стали добавлять. Всё для tissue ID пока. |
blij Постоянный участник |
(LMP @ 13.10.2015 16:36) Нет, для тканей нужны именно тканеспецифичные, для опр. возраста не обязательно, главное, чтоб были стабильные. Т.е. думаете, не оч страшно, что экспрессия заданного маркера (ов)не стабильная, лишь бы не было "кроссреактивности" по разным тканям? Стабильные - в смысле устойчивые к деградации. Не обязательно, что все миРНК в этом смысле одинаковы. Помимо небольшого размера, что общее их свойство, свою роль играет связывание с белками и компартментализация в клетках, которые могут различаться. Собс-но, насколько я знаю, систематически толком не проверялось. |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
(blij @ 13.10.2015 17:45) Да это очевидно по всему что вы (да, таких вас много) регулярно пишете. А ваше хамское отношение к коллегам и их работам наверное в сочетании с вашими "лучшими" качествами даже приносит пользу и помогает на такой работе. Жаль только что самое главное качество у своих хозяев и вдохновителей не переняли: они всегда смотрят на данные и то, что эти данные позволяют утверждать. Но уж никак не на личности авторов. Которые в приличных журналах анонимизируются для ревьюеров и неочевидны поначалу. |
blij Постоянный участник |
(NMR-guy @ 13.10.2015 17:29) ... всегда смотрят на данные и то, что эти данные позволяют утверждать. Но уж никак не на личности авторов. ... если некие авторы (не буду говорить, что именно эти ) представляют результаты qPCR, полученные Такманом (с гидролизной пробой меченой FAM-TAMRA) в премиксе, содержащем SYBR green, то мне лично глубоко пофиг, что именно их данные якобы позволяют утверждать. После таких ляпов (а это только один из), мнение об их личностях у меня однозначное и ооочень далекое от уважительного ))) |
LMP Постоянный участник |
Стабильные - в смысле устойчивые к деградации. Я-то под стабильностью вот что имел в виду. Цвета - это разные испытуемые, и маркер "ездит" вверх/вниз. Где-то совсем его не видно.Сообщение было отредактировано LMP - 13.10.2015 18:54 Картинки: 1.jpg — (62к) |
blij Постоянный участник |
(LMP @ 13.10.2015 17:50) Я-то под стабильностью вот что имел в виду. Цвета - это разные испытуемые, и маркер "ездит" вверх/вниз. Где-то совсем его не видно. Если совсем не видно, то очевидно что стабильным его не назовешь ни в каком смысле, как и специфичным |
LMP Постоянный участник |
(blij @ 11.10.2015 21:18) А почему думаете, что НГС подключать надо, если с ДНК? Больше локусов/данные по митохондриальной ДНК добавляются? Кстати археологические образцы по мтДНК анализируют, а для менее древней - анализ ее деградации не подойдет?
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
SYBR Green позволяет оценить общее количество ампликонов, а зонд - количество специфических по праймерам. Такмановские пары праймеров хороши когда образец стерилен, а не гнил 3 месяца под водой или грунтом и несет в себе кучу всего живого без гарантии несоответствия праймерам... Это как раз понятно почему они так делали. Скажите спасибо что с СИБРом а не с этидием Беда ваша в том что все что не понимаете - начинаете сводить к оскорблениям. |
LMP Постоянный участник |
(NMR-guy @ 14.10.2015 18:10) в каждую рано, а в 1-2 центрах можно, да уже и есть.SYBR Green позволяет оценить общее количество ампликонов, а зонд - количество специфических по праймерам. Такмановские пары праймеров хороши когда образец стерилен, а не гнил 3 месяца под водой или грунтом и несет в себе кучу всего живого без гарантии несоответствия праймерам... Если вы про количественное тестирование то оно давно изобретено для форенсиков..Это как раз понятно почему они так делали. Скажите спасибо что с СИБРом а не с этидием Это вы про что?Беда ваша в том что все что не понимаете - начинаете сводить к оскорблениям. А этого я вообще не понял
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 14.10.2015 12:28) А почему думаете, что НГС подключать надо, если с ДНК? Больше локусов/данные по митохондриальной ДНК добавляются? Кстати археологические образцы по мтДНК анализируют, а для менее древней - анализ ее деградации не подойдет? У мтДНК копийность в сотни раз больше, чем у ядерной, соот-но шансов на ее обнаружение в археологических образцах больше, поэтому она так популярна. Можно ли это свойство митохондриалки для оценки деградации использовать не знаю, проблема все-таки в том, что копийность ее хоть и высокая, но варьировать может очень сильно. NGS нужно, чтобы сразу кучу методических вопросов решить. Можно конечно классически взять длинный и короткий ампликон и по их соотношению оценивать деградацию. Но, непонятно какой именно длины ампликоны использовать и какие именно участки генома брать. Последнее может быть важным, очевидно, что sequence context будет роль играть (сайты связывания белков, сайты чувствительные к нуклеазам и пр.). Для РНК давно была идея испльзовать стабильные транскрипты или их участки для отбора устойчивых к деградации тканевых маркеров. А на днях статья появилась, где с помощью NGS такие стабильные транскрипты отбирались (кстати, от моих "любимых" авторов, но у них там похоже умный китаец завелся, надеюсь хоть он не лажает).
|
blij Постоянный участник |
(NMR-guy @ 14.10.2015 19:10) Заметьте, я вот сейчас совершенно не понял, что Вы пытались сказать, но оскорблять не стану, просто проигнорирую. Хотя, это конечно надо умудриться ни одной буквы не угадать |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
(LMP @ 14.10.2015 21:14) в каждую рано, а в 1-2 центрах можно, да уже и есть. Если вы про количественное тестирование то оно давно изобретено для форенсиков.. Это вы про что? А этого я вообще не понял Это я нашему "международному ревьюеру/Х-перду", который, как выясняется, не понимает зачем сибр сыпют при рыл-тайме одновременно с зондами... И при этом все кто что-то непонятное делает у него клоуны. (blij @ 14.10.2015 21:19) Ага, а главный из этих "методических" вопросов которые нужно решить - на нее нужно (и МОЖНО!) много бабла. Причем скоро это кино закончится, как только безамплификационные секвенаторы появятся. Потому окно времени для того, чтобы "решить кучу методических вопросов"(с) резко сужается. Еще раз: деградация ДНК в разлагающихся биообразцах НЕЛИНЕЙНО связана со временем. Единственное что способно помочь в обезпечении временной линейности ее потери - это анализ замурованной куда-то намертво ДНК, где она недоступна для биоразложения и где выполняются (более-менее) условия для квази-стационарного ее распада (то есть распада с одинаковой скоростью во времени). Да и то, если температура в этих условиях меняется ожидать линейности функции распада сложно исходя из базовых химических и физических законов. |
LMP Постоянный участник |
(NMR-guy @ 16.10.2015 07:58) Ну вот мы исходно этот момент и начали обсуждать. Один вопрос если валидировать распад ДНК из разных источников (особенно мягких тканей), выдержанных при разных условиях и временных факторах, то - да здесь наверное сложно: определить какую-тот корреляцию. С другой стороны м/быть как раз-таки вариант с "замурованностью", например кости или зубы и при этом имеет место быть массовое захоронение одномоментно погибших и с момента гибели прошло не так много времени (например крупная катастрофа). Вот для такого момента, наверное можно было бы обойтись и без НГС. Ну по крайней мере у нас в стране, где судебные наборы от Илумины еще только обсуждаются. Даже пусть не очень точный будет метод: хотя бы прикинуть приблизительный период. Кстати, НГС-то не точно определяет тот же цвет глаз. Там же диапазон определяется, например в 100 раз вероятней серый, чем черный и т.д.
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 16.10.2015 09:47) Ну вот мы исходно этот момент и начали обсуждать. Один вопрос если валидировать распад ДНК из разных источников (особенно мягких тканей), выдержанных при разных условиях и временных факторах, то - да здесь наверное сложно: определить какую-тот корреляцию. С другой стороны м/быть как раз-таки вариант с "замурованностью", например кости или зубы и при этом имеет место быть массовое захоронение одномоментно погибших и с момента гибели прошло не так много времени (например крупная катастрофа). Вот для такого момента, наверное можно было бы обойтись и без НГС. Ну по крайней мере у нас в стране, где судебные наборы от Илумины еще только обсуждаются. Даже пусть не очень точный будет метод: хотя бы прикинуть приблизительный период. Кстати, НГС-то не точно определяет тот же цвет глаз. Там же диапазон определяется, например в 100 раз вероятней серый, чем черный и т.д. Цвет глаз - это вообще о другом тема. Сейчас Irisplex работает на SNapShot'ах, НГС совсем не обязателено и точность предсказания не повысит. Оно понадобится, чтобы одновременно генотипировать тысячи маркеров для других признаков, когда они будут установлены, причем маркеров разного типа. Для оценки ДНС НГС может быть полезно, чтобы не заниматься бесконечными итерациями в подборе оптимальных маркеров и их характеристик, а сразу найти оптимальные. Потом для них можно будет подешевле и попроще методы подобрать. Для повышенной точности оценок использование НГС вовсе и не обязательно. Опять-таки повторюсь, что саму идею об использовании ДНК для оценки ДНС считаю неперспективной. Замурована ли она в клыках мамонта или в его более мягких частях Сами посудите, работ по ancient DNA полно, датировки возраста останков известны, но ничего аппликабельного для форензикс так и не предложено. Соб-сно, по ancient DNA можете сами глянуть: Лучшае модель (кстати, экспоненциальная, а не линейная) с R2=0.386 и это при том, что условия захоронения в достаточно стабильных условиях (это были кости моа из Новой Зеландии). Ошибка в статье не дается, но с таким R2 практическая ценность почти никакая. И это еще на удивление большая корреляция сравнительно с другими работами. Вообще, статей-то по этой теме тьма, посмотритрите сами
|
blij Постоянный участник |
(NMR-guy @ 16.10.2015 08:58) Это я нашему "международному ревьюеру/Х-перду", который, как выясняется, не понимает зачем сибр сыпют при рыл-тайме одновременно с зондами... Слушайте, постыдились бы. Сюда все-таки дети могут зайти, женщины, могут даже студенты заглянуть... |
LMP Постоянный участник |
(blij @ 16.10.2015 11:51) Кстати, раз заговорили про Irisplex, детерминирующие Снипы у скандинавов и, например, у центральных европейцев - сильно отличаются?
|
blij Постоянный участник |
(LMP @ 16.10.2015 13:26) Кстати, раз заговорили про Irisplex, детерминирующие Снипы у скандинавов и, например, у центральных европейцев - сильно отличаются? В оригинальном Irisplex вообще ancestry на точность предсказания не влияет. Хотя, попыток улучшить много, может и нашли какие-нибудь популяционные маркеры, я уже плотно не слежу. В любом случае, улучшение, если и есть, то совсем небольшое. |
ship Постоянный участник Moscow |
|
LMP Постоянный участник |
Вот со мной один раз случай был - жесть. Звонит врачиха из областной по поводу консультаций при колоректальном раке и говорит: нужно больному ген ars проверить. Вот это был ппц... у нас сначала все мозги сломались, еще мы ей 4 раза перезванивали с одним и тем же результатом ("да его все знают и странно что вы...."), потом мы весь пабмед перевернули (от отчаяния). Пока наконец не дошло, что тетя английские буквы по-русски читает..... |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |