Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (4):  1 2 3 > » 

Новости новой коронавирусной инфекции
kb1
Участник


Отправлено: 30.03.2021 16:06  |  КонференцииКонференции  |  link: #1956515  |  Ответов: 358  |  Просмотров: 61 216
(Vadim Sharov @ 25.03.2021 06:19)
Ссылка на исходное сообщение  Тесты на антигены коронавируса выявляют жизнеспособный вирус с более высокой специфичностью, чем ПЦР

https://pcr.news/korotko/testy-na-antigeny-...ifichnostyu-ch/
См. вебинар: https://fedlab.ru/vebinar-perspektivy-ekspr...gen-sars-cov-2/


Любопытная статья и довольно оригинальный метод тестирования на COVID https://link.springer.com/article/10.1007/s00604-021-04766-5
Если авторы не пытаются выдать желаемое за действительное, то предложенный метод детекции вируса выглядит вполне достойно на фоне других методов (таблица 3 в статье)

Новости новой коронавирусной инфекции
kb1
Участник


Отправлено: 11.02.2021 15:57  |  КонференцииКонференции  |  link: #1932982  |  Ответов: 358  |  Просмотров: 61 216
Да, о вирусе гриппа. у него нет механизма коррекции генома, поэтому фавипиравир очень эффективен против него.

Новости новой коронавирусной инфекции
kb1
Участник


Отправлено: 11.02.2021 15:50  |  КонференцииКонференции  |  link: #1932973  |  Ответов: 358  |  Просмотров: 61 216
(Vadim Sharov @ 11.02.2021 15:05)
Ссылка на исходное сообщение  Извините, но я потерял логику Ваших претензий ко мне.



Даже в мыслях не было предъявлять какие либо претензии. Напротив, я искренне благодарен Вам за содержательную и полезную информацию по короне.
Я лишь высказал сомнение, что фавипиравир и подобные ему аналоги не слишком эффективны против коронавируса (в отличии от вируса гриппа) из за наличия механизма корректировки ошибок при синтезе геномной РНК. В тоже время, массовое их использование может увеличить риск появление новых разновидностей вируса, поскольку они(в чем мы с Вами согласны) способны увеличивать частоту мутаций.
Это мое сугубо частное мнение, и я не настаиваю на его абсолютной истинности.

Новости новой коронавирусной инфекции
kb1
Участник


Отправлено: 10.02.2021 16:02  |  КонференцииКонференции  |  link: #1931646  |  Ответов: 358  |  Просмотров: 61 216
(Vadim Sharov @ 09.02.2021 19:31)
Ссылка на исходное сообщение  Не буду добавлять. Почему?


Приведите нормальные ссылки и поговорим.


Виноват. Вот ссылки, что нашлись за под рукой.
https://www.nature.com/articles/s41467-020-18463-z
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMo...ery=main_nav_lg

Вы правы, что RDRP вирусов легко включают аналоги рибо-букв. И фавипиравир и ремдесивир эффективно подавляют репликацию вируса гриппа. Все верно. Но Вы упускаете из виду другой факт, что в отличии от гриппа, вирусы с большими геномами, такие как Эбола и коронавирусы, обладают механизмом коррекции вирусной РНК в процессе репликации. Этот механизм эффективно удаляет из синтезируемой РНК искусственные аналоги букв, которые включает RDRP. Так при 500 мкМ фавипиравира частота мутаций SARS-CoV2 увеличивается всего в 3-3.5 раза по сравнению с фоновым значением (рис.1 в первой ссылке)

любопытная статейка https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2031364
Человек сидевший на иммуносупрессорах заболел КОВИДом и попал в клинику где его лечили ударными дозами Ремдесивира. Через несколько недель все повторилось и повторялось еще пять раз пока вирус его не доканал. После его смерти провели NGS взятых у пациента проб и обнаружили, что вирус активно мутировал в его организме. Причем, большинство значащих мутаций пришлось на зону RBD.
Возможно,что мутагенным фактором мог быть Ремдесивир в высоких дозах, а селективный отбор проходил на фоне нейтрализующих антител в организме, что объясняет высокую концентрацию значащих замен в области RBD

Новости новой коронавирусной инфекции
kb1
Участник


Отправлено: 09.02.2021 17:36  |  КонференцииКонференции  |  link: #1931246  |  Ответов: 358  |  Просмотров: 61 216
(Vadim Sharov @ 09.02.2021 17:28)
Ссылка на исходное сообщение  По поводу статьи Лечение реконвалесцентной плазмой влияет на эволюцию коронавируса https://pcr.news/novosti/lechenie-rekonvale...h2DU6OjK2BHEvVQ

Мне кажется правильней "применение реконвалесцентной плазмы приводит к отбору штаммов нечувствительных с отсутствием эпитопов для антител .реконвалесцентной плазмы". Никакого эгоизма у генома вируса нет. Длительная инфекция на фоне отсутствия иммунитета приводит к увеличению мутантных форм. Увеличение мутантных форм во многом зависит от времени (количества циклов репликации временно зависимо), точнее количества ошибок РНК-зависимой РНК полимеразы. У обладателя более менее иммунитета применение терапии приводит к быстрой элиминации немутантных форм. Минимальное количество мутантов "добивает" иммунная система. В иммунодефицитном организме лечение элиминирует штаммы, в которых не подверглись мутации эпитопы, которые узнают антитела реконвалесцентной плазмы. Недобитые штаммы размножаются. Не вирус ускользает от иммунной системы и лечения, а безграмотный доктор проводит  искусственный отбор. Особо уточню, искусственный отбор. Использование носителей ВИЧ в клинических испытаниях в ЮАР подобная ошибка. Я понимаю, что биологи скажут "спасибо, кэп", это очевидно же. "Вирус ускользает" это фигура речи, сильно упрощающая механизм отбора? Правильно. Но этого не понимает уже условный биоинформатик, начитавшийся Докинза. Я уж не говорю о гуманитариях, главных вирусологах и эпидемиологах сети.  Таким образом, не лечение реконвалесцентной плазмой влияет, но лечение реконвалесцентной плазмой иммунодефицитных больных неминуемо ведет к ускоренному появлению опасных форм вируса. Конечно, появление новых форм вопрос времени. Но зачем же ускорять-то. Господам клинические испытатели вакцин, выведшие новые штаммы в ЮАР достойны премии доктора Менгеле.


Добавьте сюда "лечение" ремдесивиром и фавипиравиром, которые не могут блокировать репликацию коронавирусной РНК in vivo, но в разы увеличивают частоту мутаций, и картина будет полной

Праймеры и зонды для британского SARS-CoV-2
kb1
Участник


Отправлено: 26.01.2021 15:24  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1921146  |  Ответов: 13  |  Просмотров: 1 246
ну, это к Ъ

ПЦР GC-насыщенной последовательности
kb1
Участник


Отправлено: 02.12.2020 16:57  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1897464  |  Ответов: 2  |  Просмотров: 395
Можно и Betaine до конц 2 М, но PPS эффективнее.

ПЦР GC-насыщенной последовательности
kb1
Участник


Отправлено: 02.12.2020 16:55  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1897454  |  Ответов: 2  |  Просмотров: 395
Попробуйте добавить в реакционную смесь PPS (3-(1-Pyridinio)-1-propanesulfonate) до концентрации 0.3-0.4 М

ПЦР с обратной транскрипцией
kb1
Участник


Отправлено: 02.09.2020 17:38  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1859862  |  Ответов: 17  |  Просмотров: 5 400
(Poshvina @ 02.09.2020 16:55)
Ссылка на исходное сообщение  нужно провести анализ экспрессии генов бактерий
Выделяю РНК из бактерий, затем ставлю реакцию обратной транскрипции с мастер-миксом iScript reverse transcription (bio-rad) + контроль в котором отсутствует ревертаза  . затем ставлю ПЦР с нужными прамерами и ампликон получается и в кДНК и в контроле без ревертазы. В чем может быть проблема?

Выделенная РНК содержит ДНК

Технологии секвенирования следующего поколения.
kb1
Участник


Отправлено: 02.09.2020 15:40  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1859814  |  Ответов: 1176  |  Просмотров: 290 499
(Permission @ 02.09.2020 12:30)
Ссылка на исходное сообщение  Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая  хим. состав  и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую.

Ну, так не топчитесь здесь. Вам - в Лувр, а мы красками займемся.

Next-gen секвенирование в России
kb1
Участник


Отправлено: 15.08.2020 00:32  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1854300  |  Ответов: 3341  |  Просмотров: 425 397
В России впервые расшифровали геном на отечественном оборудовании
https://gmpnews.ru/2020/07/v-rossii-vpervye...m-oborudovanii/

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 18:30  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825580  |  Ответов: 105  |  Просмотров: 8 634
(Шаолинь @ 04.06.2020 18:39)
Ссылка на исходное сообщение  типа KlenTaq плюс Vent или Pfu  10  к 1

Только Vent или DeepVent, если нужна вытесняющая активность

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 18:24  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825575  |  Ответов: 105  |  Просмотров: 8 634
(Шаолинь @ 04.06.2020 18:20)
Ссылка на исходное сообщение  Bacillus stearothermophilus DNA polymerase (Bst), do not slip.
это изотермалка а не ПЦР


Можно и ПЦР, но не с Bst
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25109293/

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 16:59  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825551  |  Ответов: 105  |  Просмотров: 8 634
(Asterix @ 04.06.2020 14:34)
Ссылка на исходное сообщение  Ну посмотрел ? хорошая статья,  но мне-то  что делать? магния поменьше класть а полимеразы побольше?  И температуру повыше ?


Да. Время отжига праймеров - сократить, температуру - поднять и/или добавить: DMSO (до 3-5%) & Betaine (до 1-1.8 M)
Другой вариант - использовать полимеразу с вытесняющей активностью.

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 02:09  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825375  |  Ответов: 105  |  Просмотров: 8 634
Slippage - эффект. Вещь довольно частая.
http://www.genetica.uma.es/articulos/art271.pdf

ПЦР
kb1
Участник


Отправлено: 02.06.2020 16:40  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825058  |  Ответов: 117  |  Просмотров: 6 970
(semi @ 01.06.2020 17:27)
Ссылка на исходное сообщение  Вот тут пишут,  какой состав буфера в реакции должен быть, что Taq-полимераза сревертировала РНК без обратной транскриптазы.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.27.120238v1

Вот уж фантазеры так фантазеры. Впрочем г-н Andrew D. Ellington и компания этим славится. Вероятнее всего ручки они плохо помыли - вот и стала Taq (даже в обычном коммерческом буфере с магнием) на РНК работать smile.gif
А что касается способности Taq работать как ревертаза, то этот феномен был исследован много лет назад (о чем авторы скромно умалчиваютsmile.gif). Для проявления ревертазной активности требуется марганец (строго), значительная активность проявляется не на всех РНК-матрицах и уступает классическим ревертазам
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/ab...id=nlm%3Apubmed

ПЦР
kb1
Участник


Отправлено: 29.05.2020 18:44  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824321  |  Ответов: 117  |  Просмотров: 6 970
Возможно, у Вас контаминация Положительным Контролем (как правило это тот же ампликон). Используйте для внесения ПК отдельную пипетку, и вносите его в самом конце, когда рабочие образцы уже раскапаны.
В крайнем случае можете попробовать наборы других производителей. Их - масса. Есть и в лио- формате

В каких странах производят полимеразу и ревертазу?
kb1
Участник


Отправлено: 15.04.2020 14:15  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1811993  |  Ответов: 6  |  Просмотров: 1 272
Синтол и Евроген производят. А много ли надо? Если десятками млн. ед. то можно обсудить

секвенцовая реакция
kb1
Участник


Отправлено: 02.11.2019 01:22  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1775444  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 568
"реакция секвенирования" или просто "секвенирование" будет корректнее. Означает процесс определения первичной структуры (сиквенса) какой либо биополимерной молекулы, как правило это ДНК.

Случайная сортировка fastq ридов
kb1
Участник


Отправлено: 26.09.2019 16:35  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1770484  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 3 076
посмотрите в "методах" https://journals.plos.org/plosone/article?i...al.pone.0210374

Технологии секвенирования следующего поколения.
kb1
Участник


Отправлено: 27.08.2019 02:03  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1766646  |  Ответов: 1176  |  Просмотров: 290 499
(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478

Что-то о секвенаторе и секвенировании в пресс релизе ни гу-гу "Основным направлением сотрудничества является разработка методов электрохимической детекции белков "

Технологии секвенирования следующего поколения.
kb1
Участник


Отправлено: 31.07.2019 16:02  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1763448  |  Ответов: 1176  |  Просмотров: 290 499
(genseq @ 22.07.2019 20:48)
Ссылка на исходное сообщение  Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
http://www.med-gen.ru/about/news/detail.php?ID=1277

Вы уверены, что он действительно существует в природе и работает хотя-бы у китайцев? Лично я, кроме рассказов и картинок о том как это будет работать, ничего не видел и не слышал. Верю, что у AxBio есть электронный чип, а вот в наличие у них работоспособной нанопоровой мембраны сопряженной с этом чипом верится с трудом. Буду рад ошибиться

primer extension
kb1
Участник


Отправлено: 28.06.2019 15:57  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1759033  |  Ответов: 6  |  Просмотров: 2 127
primer extension это очень широкое понятие. Существует множество различных процессов, методов и приложений базирующихся на этой реакции (Allele-specific primer extension, секвенирование, minisequencing и др), да и ПЦР можно рассматривать как последовательно проводимые primer extensions.
Вам собственно что нужно получить в итоге? какова конечная цель?

Коррекция параметров ПЦР
kb1
Участник


Отправлено: 18.04.2019 00:56  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1750609  |  Ответов: 20  |  Просмотров: 2 847
попробуйте режим
94 С - 20 сек
58 С -20 сек
70 С - 20 сек

магний до 2 мМ

кривая флуоресценции
kb1
Участник


Отправлено: 05.03.2019 00:04  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1746003  |  Ответов: 79  |  Просмотров: 6 759
(Мар00242 @ 04.03.2019 22:36)
Ссылка на исходное сообщение  А если серьезно, то, если я уменьшу количество MMLV, то время инкубации (нагрев на 55 градусах) тогда надо увеличить тоже в два раза или оставить как по инструкции 30 мин.


30-40 минут достаточно
страницы (4):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 23.04.21 18:05
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft