Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (15):  1 2 3 > » 

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 03.04.2020 11:13  |  БеседаБеседа  |  link: #1809165  |  Ответов: 131  |  Просмотров: 4 947
(Carbon Copy @ 03.04.2020 02:22)
..... А вот так, когда молекулярная лаба под ударом пандемии перегружена работой приглашать новых сотрудников и затыкать ими дыры своего планирования -....

Справедливости ради надо отметить, что больница в Коммунарке открылась только что и прежде запланированного срока. То есть, они начали работать с колёс.

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 02.04.2020 19:14  |  БеседаБеседа  |  link: #1809018  |  Ответов: 131  |  Просмотров: 4 947
https://vk.com/wall-110012660_323
Денис Проценко, главврач 40-й (просьба расшарить)

«Уважаемые коллеги! Нам в команду требуются врачи и лаборанты для ПЦР-диагностики
Звоните по общему номеру +7 495 744 07 03 или +7 968 921 40 23»

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 02.04.2020 07:10  |  БеседаБеседа  |  link: #1808847  |  Ответов: 131  |  Просмотров: 4 947
(septoplast @ 01.04.2020 22:08)
Ссылка на исходное сообщение  не deltaCt а просто Ct

В статье пишут deltaCt, правда, я не поняла, какой они использовали референс. Какой-то внутренний положительный контроль?

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 01.04.2020 20:57  |  БеседаБеседа  |  link: #1808775  |  Ответов: 131  |  Просмотров: 4 947
(Panaev @ 01.04.2020 16:53)
Ссылка на исходное сообщение  Хм... а я думал, что в клинических испытаниях оценивают диагностическую чувствительность и специфичность. Или так все поменялось за те годы, что я не занимаюсь клинической диагностикой?
Причем тут чувствительность в копиях на мл? Это химическая чувствительность. Диагностическая может вообще с ней не коррелировать.

Это фишка количественного ПЦР.
С клиникой показатели теста могут коррелировать, а именно: малые значения deltaCt обычно свидетельствует о высокой вирусной нагрузке и можно ожидать тяжелое течение болезни (https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30232-2/fulltext).

КСтати, вот свеженькое сравнение разных RT-qPCR тестов, которые используют за рубежом. Авторы работают в Штатах.
Vogels et al. Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-COV-2 qRT-PCR assays //MedRxiv. - 2020. - https://doi.org/10.1101/2020.03.30.20048108
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/202...3.30.20048108v1

А это от корейцев:
Jung et al. Comparative analysis of primer-probe sets for the laboratory confirmation of SARS-CoV-2//bioRxiv 2020.02.25.964775; doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.25.964775
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.25.964775v1

От китайцев:
Xiong et al. Comparative performance of four nucleic acid amplification tests for SARS-CoV-2 virus// bioRxiv 2020. - oi: https://doi.org/10.1101/2020.03.26.010975
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.26.010975v1

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 01.04.2020 11:28  |  БеседаБеседа  |  link: #1808643  |  Ответов: 131  |  Просмотров: 4 947
(Vladimirkox @ 31.03.2020 18:28)
Ссылка на исходное сообщение  Сколько времени нужно для наработки S-белка в фаговом дисплее? А иммунизировать им можно? А торможение сыворотками реконвалесцентов делать можно?
Тут ещё и Ковальчук с синхротронным излучением АГ-детерминанты локализовать может, судя по его обещалкам.
https://www.anews.com/p/126904841-zabolevsh...al-obrashhenie/
Угу, между инфекционистом и реаниматологом - дистанция огромного размера. Кстати, о каком иммунитете он там лепечет?

С вакциной, похоже, какая-то засада. Я совсем не иммунолог, но насколько поняла, что иммунизация антикороновирусными вакцинами сама по себе может вызвать патологические процессы в лёгких.
"These results suggest that an excessive host immune response against the nucleocapsid protein of SARS-CoV is involved in severe pneumonia caused by SARS-CoV infection."

Tseng, C. T., Sbrana, E., Iwata-Yoshikawa, N., Newman, P. C., Garron, T., Atmar, R. L., ... & Couch, R. B. (2012). Immunization with SARS coronavirus vaccines leads to pulmonary immunopathology on challenge with the SARS virus. PloS one, 7(4).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3335060/

Yasui F. et al. Prior immunization with severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus (SARS-CoV) nucleocapsid protein causes severe pneumonia in mice infected with SARS-CoV //The Journal of Immunology. – 2008. – Т. 181. – №. 9. – С. 6337-6348.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18941225

Honda-Okubo Y. et al. Severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus vaccines formulated with delta inulin adjuvants provide enhanced protection while ameliorating lung eosinophilic immunopathology //Journal of virology. – 2015. – Т. 89. – №. 6. – С. 2995-3007.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25520500

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 29.03.2020 13:16  |  БеседаБеседа  |  link: #1807473  |  Ответов: 131  |  Просмотров: 4 947
(vb @ 28.03.2020 18:33)
Ссылка на исходное сообщение  медицинская статистика - это такая статистика smile.gif.
не, может унемцев, кстати, она более-менее адекватная.
но зная как это работает в россии и учитывая, что "если вас в россии устраивает все, кроме климата, то вам нужно жить в италии", то итальянская статистика...  confused.gif

В NYT пишут (https://www.nytimes.com/2020/03/28/opinion/germany-coronavirus.html), что немцы вовремя загнали пожилых людей в самоизоляцию, поэтому средний возраст инфицированных в Германии значительно ниже, чем у итальянцев (46 vs 63). И процент пожилых среди заболевших ниже, чем в среднем по популяции.
Плюс санитарные меры: отслеживание контактов заболевших, диагностика среди них и карантин инфицированных.

И снова про коронавирус
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 28.03.2020 20:26  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1807180  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 395
IMHO, нет. Проветривать смысл имеет.
Пруф: Liu, Y., Ning, Z., Chen, Y., Guo, M., Liu, Y., Gali, N. K., ... & Liu, X. (2020). Aerodynamic Characteristics and RNA Concentration of SARS-CoV-2 Aerosol in Wuhan Hospitals during COVID-19 Outbreak. bioRxiv.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.08.982637v1

Сборка генома
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 05.03.2020 19:31  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1797802  |  Ответов: 68  |  Просмотров: 17 324
(brn @ 05.03.2020 13:39)
Ссылка на исходное сообщение  Скажите, пожалуйста, где можно взять какие-нибудь тестовые данные, попробовать собрать геном (или фрагмент) самому? Бывает такое, чтобы были и исходные данные, и "правильный ответ" для сверки? Желательно небольшой для начала и без ошибок и пробелов (гэпов).

Sequence Read Archive (SRA)
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi
Например, E.coli, отсеквенированнная в Штатах
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR6143717

Обучение цитогенетике
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 27.01.2020 14:35  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1790235  |  Ответов: 4  |  Просмотров: 4 349
Если диагностика гемобластозов, то лучше сюда:
http://www.fnkc.ru/index.jsp?load=square&id=10

номер полиморфизма (rs)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 20.01.2020 11:47  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1789036  |  Ответов: 4  |  Просмотров: 892
Он в интроне находится. Между 5 и 6 экзонами.
UCSC browser вам в помощь.
http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgs...All&i=rs1143643

Переводы и proofreading (редактирование) статей
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 22.12.2019 14:52  |  Поиск работыПоиск работы  |  link: #1784678  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 6 958
Валентина отредактировала нашу статью, посвященную генетике бактерий. После ее правки рецензенты больше не имели замечаний к качеству английского, и статью приняли к печати (журнал "International Journal of Food Microbiology", IF4.0).
Спасибо - и за саму правку, и за оперативность сделанной работы!

Обозначение SNP
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 11.09.2019 20:15  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1768603  |  Ответов: 14  |  Просмотров: 1 819
(Chem19 @ 10.09.2019 17:08)
Ссылка на исходное сообщение  Смотрю умные все настолько, что объяснить даже не могут. С сайтом этим я ознакомился, он менее удобный, чем ncbi, и еще меньше мне помог. Вот тогда конкретный вопрос: какой rs у данной мутации и как этот rs нашли? ген OPRD1 мутация T80G. Взято из статьи.

В 80-й позиции этого гена стоит метионин (M), а не треонин (T). Для этой позиции описан полиморфизм с заменой NP_000902.3:p.Met80Val (rs755623365).
На рисунке эта позиция указана стрелкой.

RT-qPCR
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 03.09.2019 13:54  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1767650  |  Ответов: 8  |  Просмотров: 1 527
Зачем вы осаждаете РНК после выделения?
После осаждения появился высокомолекулярный бэнд. Судя по всему, это геномная ДНК.

ChIP-Seq в России
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 31.07.2019 10:51  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1763376  |  Ответов: 17  |  Просмотров: 1 662
(7825 @ 30.07.2019 21:35)
Ссылка на исходное сообщение  Народ где делают ЧипСек в России ?
Посмотрел  PubMed  ни одной публикации

У Разина

интерпретация SNP
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.07.2019 16:57  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1761580  |  Ответов: 11  |  Просмотров: 3 086
Можно начать с https://www.snpedia.com/index.php/Rs1393350
Оттуда идти по ссылкам, и самостоятельно оценить, что вам подходит.

Как купить за границей что-то замороженное и его привезти, чтобы оно выжило
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 27.05.2019 16:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1755082  |  Ответов: 24  |  Просмотров: 1 564
Если уже размороженное, то можно так: посеять во флакон; заполнить флакон средой до верху; положить в чемодан, в тряпки, чтобы не замерзло.

как найти источник легионеллы?
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 21.05.2019 07:23  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1754285  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 860
Легионеллы не передаются от человека к человеку.
Надо искать кондиционер, фонтан или какой-либо похожий источник, где образуются капельки воды, которые можно вдохнуть.

Как определить положение мутации в гене?
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 17.05.2019 10:30  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1753858  |  Ответов: 24  |  Просмотров: 13 258
Отсутствие id значит, что такого варианта нет в dbSNP build 142, судя по тем строкам, которые id имеют.
Нет ли вероятности, что это строки без id соответствуют каким-то артефактам секвенирования? Что значит последний столбец? Почему цифры более низкие?

Как долго живут клетки крови
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 16.05.2019 15:19  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1753774  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 1 374
(che14 @ 16.05.2019 11:01)
Ссылка на исходное сообщение  Давайте я уточню. Я физик, у меня в лаборатории нет ни ламинара, ни CO2-инкубатора, ни даже термостата и центрифуги. Зато у меня есть микроскоп. И я хочу посмотреть на живые клетки в микроскоп. Я спрашиваю у биологов, не могли бы они дать мне клетки. Биологи говорят: мы тебе их дадим, но ты ведь не сможешь с ними работать! Без CO2 они сразу умрут. В комнатной температуре они сразу умрут. Без среды они сразу умрут. Когда я спрашиваю сколько минут длиться "сразу" - мне не отвечают. Так поясните, чтобы работать с лейкоциты и тромбоцитами крови человека нужны все эти поразительные устройства или нет?

Кровь можно добывать из своего пальца. Капните свою кровь и чуток гепарина на стекло и смотрите себе на здоровье, пока капля не подсохнет.
Картина будет такой:
https://www.youtube.com/watch?v=YMmSbKM2egk

Как долго живут клетки крови
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 15.05.2019 12:51  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1753629  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 1 374
(error09 @ 15.05.2019 13:21)
Ссылка на исходное сообщение  а как трансформировать епштейн баром в долгосрочную не пробовали

Зачем? если цель хромосомные препараты?

Как долго живут клетки крови
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 14.05.2019 17:45  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1753459  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 1 374
(che14 @ 14.05.2019 12:25)
Ссылка на исходное сообщение  ... В первую очередь интересуют лейкоциты и тромбоциты. ...

Из периферической крови, стоявшей в пробирках с гепарином 2 дня при комнатной температуре, неоднократно получали жизнеспособную краткосрочную культуру лимфоцитов для получения препаратов метафазных хромосом. Результаты были лучше, если кровь не хранили в холодильнике.

Коррекция параметров ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.04.2019 14:53  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1750673  |  Ответов: 20  |  Просмотров: 2 343
(Настя14145 @ 18.04.2019 12:25)
Ссылка на исходное сообщение  Да, развела праймеры, снизила концентрацию магния и ДНК взяла в разведении и снизила количество Taq. Также попробовала снизить температуру отжига до 52 и 48, и убрала градиент. При 52 проявились еле заметные бэнды на нужной длине, на 48, к сожалению, ничего.

Ну значит, вы на правильном пути.
Поднимите температуру до 58, как выше советуют.
Шмер-то исчез? Или вы после здешней ругани нам картинок больше не предъявите?

Как пишутся названия генов и белков?
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.04.2019 11:21  |  Научный языкНаучный язык  |  link: #1750641  |  Ответов: 224  |  Просмотров: 38 169
Не туда нажала . Тут давно резвятся спамеры...

Коррекция параметров ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.04.2019 11:19  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1750640  |  Ответов: 20  |  Просмотров: 2 343
(Настя14145 @ 18.04.2019 12:05)
Ссылка на исходное сообщение  Добрый день. Хорошо, попробую, спасибо за совет!

А что-нибудь уже пробовали из множества советов бывалых?

Третий уровень компактизации хроматина
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.04.2019 09:15  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1750631  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 497
Хе-хе, насколько я понимаю, однозначное согласие в научном сообществе есть только по поводу 10 нм структуры хроматина, а уже далее, начиная с 30 нм фибриллы, - споры, ругань, разброд и шатание.

Наверное, нужно запомнить ключевые цифры:
2нм - ДНК,
10 нм - намотано на нуклеосомы,
следующий уровень укладки, видимый (далеко не всегда) в интерфазном ядре при помощи электронный микроскопии - 30 нм,
конечный уровень - примерно 1400 нм в метафазной хромосоме.
Отдельные зоркие индивидуумы в каких-то конкретных объектах видят промежуточный "хромомерный" уровень.


Лично мне нравятся статьи про конденсины и их роль в компактизации митотической хромосомы.
Например, https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(16)30047-2

Вторая картинка у вас из "Молекулярной биологии клетки" Альбертса. Она есть на русском языке: http://chembaby.com/wp-content/uploads/2015/12/MBK1.pdf (это большой pdf-файл.)

Ну и еще: жизнь хроматина в интерфазном ядре и организация митотической хромосомы - это два разных научных направления .
страницы (15):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 08.04.20 08:44
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft