Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Метилирование ДНК -- Методы исследования уровня метилировнаия --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Vares




 прочитанное сообщение 03.04.2017 13:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый день!


Коллеги, кто когда-нибудь исследовал уровень метилирования в отдельных генах. Сейчас много литературы по этому поводу и предлагаются различные методы. На первом этапе мы проводим бисульфидную конверсию, но вот затем... разные исследователи используют различные методики, такие как MethyLight, метил-специфическая ПЦР, клонирование или же просто секвенирование ПЦР фрагмента.

Поделитесь опытом, кто пробовал из этого что-нибудь? Задача следующая - определить уровень метилирования в одном гене в нескольких сайтах (около 20), известно, что предположительно эти сайты метилированы на уровне 10%.
Участник оффлайн! Aglaiaa
Участник



 прочитанное сообщение 03.04.2017 17:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Мы секвенировали на пиросеквенаторе Pyromark q24. Проводили конверсию китом, амплифицировали (праймеры к участкам, где конверсии не предполагается) и дальше все по протоколам QIAGEN.

Сообщение было отредактировано Aglaiaa - 03.04.2017 17:20
Участник оффлайн! Vares




 прочитанное сообщение 04.04.2017 09:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(Aglaiaa @ 03.04.2017 18:08)
Ссылка на исходное сообщение  Мы секвенировали на пиросеквенаторе Pyromark q24. Проводили конверсию китом, амплифицировали (праймеры к участкам, где конверсии не предполагается) и дальше все по протоколам QIAGEN.


Подскажите как дорого сиквенировать и какая чувствительность у данного секвенатора? Сможем ли мы детектировать метилирование на уровне 10%?
Участник оффлайн! evgenyc




 прочитанное сообщение 07.04.2017 11:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Добрый день.

Могу предложить попробовать наш набор. Это принципиально более простая технология и не требует бисульфитной обработки. Используется обычный реал-тайм ПЦР.
С ее помощью мы исследовали метилирование отдельных сайтов в промоторах и первых экзонах генов. Измеренный предел чувствительности от 0,6%, т.е. от 6 молекул метилированного сайта в образце. Опыт работы с ней уже очень большой.

Ссылка на краткий буклет: http://epigene.ru/data/documents/3.-GLAD-PCR+Kit.pdf
Ссылка на сам набор: http://russia.sibenzyme.com/info1563.php
Ссылка на видеодемонстрацию метода: https://youtu.be/iOUktRLHpD0

Готовы ответить на ваши вопросы по применению технологии

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vares
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 07.04.2017 12:08     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Про полимеразу из Вашего набора с сайта производителя:

SP-Taq ДНК полимераза представляет собой фракцию Taq ДНК полимеразы, подвергнутую специальной обработке и дополнительной очистке. Не содержит примесей ДНК, выявляемых ПЦР. Пригодна для различных работ в области ПЦР-диагностики.

Не понимаю на кого расчитано это "развернутое описание" confused.gif практически про колготки...
Я как пользователь проигнорирую этот продукт исключительно из-за неуважения к покупателю mad.gif .

Набор мощный, сколько же в нем компонентов eek.gif и совсем не дорогой. smile.gif
Участник оффлайн! Vares




 прочитанное сообщение 07.04.2017 16:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Коллеги, к письму выше: подскажите где есть пиросеквенаторы? И с кем можно связаться по поводу их технических характеристик?

Интересует Новосибирск (или вся Сибирь) ну и Москва.

Спасибо за ответ.
Guest
IP-штамп: frc7KwQFmMCr.
гость



 прочитанное сообщение 07.04.2017 19:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Пиросеквенаторы есть только в ИнтерЛабСервисе, только там на них работают, впаривая их по городам и весям необъятной хлебосольной России за бешеные деньги, больше никому они не нужны из-за их непригодности для решения каких-либо задач, кроме чтений пары десятков ридов из ста букв (если повезёт).
Участник оффлайн! evgenyc




 прочитанное сообщение 08.04.2017 10:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Полимераза не самый важный компонент в этом наборе ))

(-Ъ- @ 07.04.2017 16:08)
Ссылка на исходное сообщение  Про полимеразу из Вашего набора с сайта производителя:

SP-Taq ДНК полимераза представляет собой фракцию Taq ДНК полимеразы, подвергнутую специальной обработке и дополнительной очистке. Не содержит примесей ДНК, выявляемых ПЦР. Пригодна для различных работ в области ПЦР-диагностики.

Не понимаю на кого расчитано это "развернутое описание"  confused.gif практически про колготки...
Я как пользователь проигнорирую этот продукт исключительно из-за неуважения к покупателю mad.gif .

Набор мощный, сколько же в нем компонентов eek.gif и совсем не дорогой. smile.gif


Сообщение было отредактировано evgenyc - 08.04.2017 10:33
Участник оффлайн! bio101




 прочитанное сообщение 08.04.2017 15:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

во-первых, ролик смотреть нельзя, Санта-Барбара какая-то, идет один верблюд, идет второй верблюд. Во-вторых, чувствительность метода определяется эффективностью работы рестриктазы, что дает ответ да-нет, а если надо тонко измерить, то извиняйте, в-третьих- столько стадий, вносящих свой вклад, причем слабо контролируемый (например, лигирование адапторов- само по себе ОК, но сравнивать 2 образца невозможно, плюс-минус 1 цикл- даже не интервал), что конечный результат просто ни о чем

Сообщение было отредактировано bio101 - 08.04.2017 15:31
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.04.2017 14:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Vares @ 07.04.2017 14:08)
Ссылка на исходное сообщение  
Интересует Новосибирск (или вся Сибирь) ну и Москва.
Спасибо за ответ.
В Кардиоцентре (Москва, РКНПК) один из первых секвенаторов появился в лаб мед генетики. Не знаю, правда существует ли еще? confused.gif
Участник оффлайн! Annie07




 прочитанное сообщение 17.05.2017 17:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Здравствуйте, уважаемые коллеги.

Подскажите, пожалуйста, как деметилировать эукариотическую ДНК in vitro? Очень нужна гипометилированная ДНК (плацентарную ДНК не достать).

С уважением , Анна

Сообщение было отредактировано Annie07 - 17.05.2017 17:06
Участник оффлайн! plurgene
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  19.05.2017 15:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

https://www.zymoresearch.com/epigenetics/dn...hylated-dna-set
Участник оффлайн! Annie07




 прочитанное сообщение 24.05.2017 13:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Большое спасибо!
Участник оффлайн! anastasia1212




 прочитанное сообщение 22.06.2017 11:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Добрый день!!! у меня вопрос,есть софт Precision melt analysis для CFX96 но нет калибровочной химии плавления, купить очень дорого, софт не пускает для дальнейшей работы без калибровочного файла. Может кто то может поделится файлом "Melt Calibration_dd", оооочень нужно frown.gif
Guest
IP-штамп: fr3bJomul4mP.
гость



 прочитанное сообщение 23.06.2017 07:36     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Biology (Basel). 2016 Jan 6;5(1). pii: E3. doi: 10.3390/biology5010003.
DNA Methylation Analysis: Choosing the Right Method.
Kurdyukov S1, Bullock M2.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4810160/

Отличный обзор, поможет разобраться

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): epiGNOM
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  23.11.2021 15:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 01:55
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft