Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Vares |
Коллеги, кто когда-нибудь исследовал уровень метилирования в отдельных генах. Сейчас много литературы по этому поводу и предлагаются различные методы. На первом этапе мы проводим бисульфидную конверсию, но вот затем... разные исследователи используют различные методики, такие как MethyLight, метил-специфическая ПЦР, клонирование или же просто секвенирование ПЦР фрагмента. Поделитесь опытом, кто пробовал из этого что-нибудь? Задача следующая - определить уровень метилирования в одном гене в нескольких сайтах (около 20), известно, что предположительно эти сайты метилированы на уровне 10%. |
Aglaiaa Участник |
Сообщение было отредактировано Aglaiaa - 03.04.2017 17:20 |
Vares |
(Aglaiaa @ 03.04.2017 18:08) Мы секвенировали на пиросеквенаторе Pyromark q24. Проводили конверсию китом, амплифицировали (праймеры к участкам, где конверсии не предполагается) и дальше все по протоколам QIAGEN. Подскажите как дорого сиквенировать и какая чувствительность у данного секвенатора? Сможем ли мы детектировать метилирование на уровне 10%? |
evgenyc |
Могу предложить попробовать наш набор. Это принципиально более простая технология и не требует бисульфитной обработки. Используется обычный реал-тайм ПЦР. С ее помощью мы исследовали метилирование отдельных сайтов в промоторах и первых экзонах генов. Измеренный предел чувствительности от 0,6%, т.е. от 6 молекул метилированного сайта в образце. Опыт работы с ней уже очень большой. Ссылка на краткий буклет: Ссылка на сам набор: Ссылка на видеодемонстрацию метода: Готовы ответить на ваши вопросы по применению технологии
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
SP-Taq ДНК полимераза представляет собой фракцию Taq ДНК полимеразы, подвергнутую специальной обработке и дополнительной очистке. Не содержит примесей ДНК, выявляемых ПЦР. Пригодна для различных работ в области ПЦР-диагностики. Не понимаю на кого расчитано это "развернутое описание" практически про колготки... Я как пользователь проигнорирую этот продукт исключительно из-за неуважения к покупателю . Набор мощный, сколько же в нем компонентов и совсем не дорогой. |
Vares |
Интересует Новосибирск (или вся Сибирь) ну и Москва. Спасибо за ответ. |
Guest IP-штамп: frc7KwQFmMCr. гость |
|
evgenyc |
(-Ъ- @ 07.04.2017 16:08) Про полимеразу из Вашего набора с сайта производителя: SP-Taq ДНК полимераза представляет собой фракцию Taq ДНК полимеразы, подвергнутую специальной обработке и дополнительной очистке. Не содержит примесей ДНК, выявляемых ПЦР. Пригодна для различных работ в области ПЦР-диагностики. Не понимаю на кого расчитано это "развернутое описание" практически про колготки... Я как пользователь проигнорирую этот продукт исключительно из-за неуважения к покупателю . Набор мощный, сколько же в нем компонентов и совсем не дорогой. Сообщение было отредактировано evgenyc - 08.04.2017 10:33 |
bio101 |
Сообщение было отредактировано bio101 - 08.04.2017 15:31 |
LMP Постоянный участник |
(Vares @ 07.04.2017 14:08) В Кардиоцентре (Москва, РКНПК) один из первых секвенаторов появился в лаб мед генетики. Не знаю, правда существует ли еще?
|
Annie07 |
Подскажите, пожалуйста, как деметилировать эукариотическую ДНК in vitro? Очень нужна гипометилированная ДНК (плацентарную ДНК не достать). С уважением , Анна Сообщение было отредактировано Annie07 - 17.05.2017 17:06 |
plurgene Постоянный участник |
|
Annie07 |
|
anastasia1212 |
|
Guest IP-штамп: fr3bJomul4mP. гость |
DNA Methylation Analysis: Choosing the Right Method. Kurdyukov S1, Bullock M2. Отличный обзор, поможет разобраться
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |