Все форумы > Plant science / Herba > версия для печати
Web-адрес темы: http://molbiol.ru/forums/index.php?s=93b97eb95b5ed4789c74cfab725d658c&act=ST&f=63&t=79262

Новости систематики и эволюции

plantago 15.03.2006 08:07
Хочу начать выкладывать здесь информацию про систематику и эволюцию протистов и растений, параллельно буду постить на http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=848 ( http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=848 ). Все по теме, конечно, не смогу, помогайте!
Для начала:


Cистематика и эволюция протистов и растений
1) Вышла работа по систематике клеверов ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...9b61aafb78b0cc5 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WNH-4J90W2X-2/2/5840dbb89333b61e99b61aafb78b0cc5 ) ). Клеверное дерево ;-) таково, что никаких родов из клевера выделять, как хотели наши горячие головы (типа Роскова) не придется.
2) Вышла работа по систематике гвоздичных ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/3/399 ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/3/399 ) ). Получилось много интересного, в частности, два подсемейства из трех надо отменять.
3) Mark Simmons наконец переработал дерево бересклетоцветных ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt...000001/art00012 ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt/sb/2006/00000031/00000001/art00012 ) ). Еще четыре группы "болтающихся" цветковых наконец нашли свой sweet molecular home. Осталось всего два-три семейства до полной победы!
3) Наконец, переописали загадочную Mastigamoeba invertens (ее надо называть теперь Breviata anathema, http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...08.2005.00087.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2005.00087.x ) ). Она, по-видимому, относится к новому типу протистов.
4) Прибыло якобид (весьма специфические свободноживущие родственники лямблии, интересные тем, что где-то рядом может быть корень эукариот) --- http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...08.2005.00081.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x )
В этих номерах есть и еще много интересного.



plantago 30.03.2006 09:06
Cистематика и эволюция протистов, животных и растений
1) Вышла статья по систематике ситниковых ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...31.2006.00095.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1096-0031.2006.00095.x ) ). Juncus никак не удается сделать монофилетическим, придется, видимо, делить этот обычный в нашей флоре род.

2) Еще один ископаемый зверь как следует посеквенирован ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...5ba901102121e58 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WNH-4JJ87X8-2/2/6a33847c989b984615ba901102121e58 ) ). Вымерший гигантский олень ближе всего к ланям (Dama).

3) Опубликовано подробное описание нового вида недавно описанного типа Cycliophora --- Symbion americanus ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...9058c05584ac885 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GJ9-4HYN5B0-1/2/d4488943022ebc0e09058c05584ac885 ) )

4) Сиквенсы 28S и 18S РНК подтверждают монофилетичность странной группы Platyzoa и говорят за полифилию лофофороносных беспозвоночных ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...0f36f7c0d135f1d ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WNH-4JJ87X8-1/2/43a6578ddb3c687420f36f7c0d135f1d ) )

5) Статья про молекулярную систематику пшениц и эгилопсов еще раз подтверждает происхождение твердых пшениц путем комбинации двух геномов (!) и предлагает несколько рецептов, как с этим быть систематикам ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...6e0c37de191d2bc ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WNH-4JCBND7-2/2/fc0a39d8916cd67626e0c37de191d2bc ) )

6) Питерские протозоологи выложили на своем сайте текст книги про трихоплакса ( http://now.ifmo.ru/publications/trichoplax...hoplax_text.pdf ( http://now.ifmo.ru/publications/trichoplax/trichoplax_text.pdf ) ).

7) Кавалье-Смит после годичного "молчания" снова взялся за переработку системы протистов, на этот раз "царства" Chromista ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=t5w324231345611g ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=t5w324231345611g ) )



plantago 02.04.2006 10:42
Cистематика и эволюция протистов и животных
Две интересные публикации:
1) Зоологи из ДВНЦ нашли нового представителя загадочной группы Rhinogradentia --- Dendronasus (см. статью в прикрепленном файле)
2) Хороший обзор по проблеме происхождения эукариот опубликован в Nature ( http://www.nature.com/nature/journal/v440/...ature04546.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7084/abs/nature04546.html ) ).



Файл/ы:

Скачать файл kashkina2004.zip
Размер:: 239.96к
кол-во скачиваний: 802




Redactor 04.04.2006 14:23
To plantago:
это вполне подходящий материал для колонки новостей. Единственное:
* я добавил в сообщения заголовки (если все сообщения в этой теме будут с таким заголовком, то можно ввести единый "комментарий к теме");
* отодвинул ссылки от скобок, иначе программа не узнаёт их как ссылки.

Первое сообщения я уже вынес в колонку новостей, остальные желательно подбрасывать через какие-то промежутки, а потом выносить сразу после написания (Вы сами можете это делать -- кликните по значку с буквой "i", а дальше просто).



daniil naumoff 04.04.2006 16:26
to plantago,

А сейчас действительно в таксономии есть такое понятие "протисты"? Я так понимаю, что это очень и очень полифилетическая группа: все эукариоты, кроме животных, растений, грибов и лишайников.



plantago 05.04.2006 08:35
(Redactor @ 04.04.2006 11:23)
Ссылка на исходное сообщение  To plantago:
это вполне подходящий материал для колонки новостей...
остальные желательно подбрасывать через какие-то промежутки, а потом выносить сразу после написания

Спасибо! Я так и буду делать.



plantago 05.04.2006 08:40
(daniil_naumoff @ 04.04.2006 13:26)
Ссылка на исходное сообщение  to plantago,
А сейчас действительно в таксономии есть такое понятие "протисты"? Я так понимаю, что это очень и очень полифилетическая группа: все эукариоты, кроме животных, растений, грибов и лишайников.

Понятие есть, но скорее организационное (конгрессы. журналы, общества по протистам). Мегасистематики принимают протистов как царство редко. Можно определить протистов как "эукариот без тканей". Тогда грибы (и лихенизированные аскомицеты) --- протисты.



daniil naumoff 05.04.2006 13:21
(plantago @ 05.04.2006 08:40)
Ссылка на исходное сообщение  Понятие есть, но скорее организационное (конгрессы. журналы, общества по протистам). Мегасистематики принимают протистов как царство редко. Можно определить протистов как "эукариот без тканей". Тогда грибы (и лихенизированные аскомицеты) --- протисты.


А что с водорослями? К протистам относят все одноклеточные и колониальные формы??? а может быть многоклеточные тоже?



plantago 06.04.2006 01:38
В том понимании, о котором я говорю --- да, конечно. И в общем, альгологи уже пошли в протистологические журналы.



daniil naumoff 06.04.2006 10:23
А идея-то в чём? Слишком мало статей, чтобы размежеваться, или действительно всех безтканевых так многое объединяет?

Неужели в протистных журналах есть публикации, например, по дрожжам?



plantago 07.04.2006 00:40
Конечно, объединяет, например, жизненные формы. Да и морфология тоже. Хороший показатель --- перемещение таксонов между "царствами" (но внутри протистов):
Helicosporidium: Fungi -> Chlorophyta
Ellobiopsida: Fungi -> Dinophlagellata
Amoebidium, Eccrinales: Fungi -> Mezomycetozoa
Hyaloraphidium: Chlorophyta -> Fungi
Microsporidia: "Protozoa" -> Fungi
Nephridiophaga: Haplosporidia -> Fungi
Pneumocystis: "Protozoa" -> Fungi
и т.п.
И публикаций немало. Вот (просто для примера):
IJSEM: http://ijs.sgmjournals.org/cgi/content/abs...ourcetype=HWCIT ( http://ijs.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/53/5/1655?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=fungi&searchid=1&FIRSTINDEX=0&sortspec=relevance&resourcetype=HWCIT )
JEM: http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1....2004.tb00394.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2004.tb00394.x )
В Protist и EJP меньше, это да.



plantago 09.04.2006 10:48
Новости систематики и эволюции

1) Находка переходной формы между Panderichthys и Ichthyostega --- ископаемой четвероногой рыбы Tiktaalik ( http://www.nature.com/nature/journal/v440/...ature04639.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7085/abs/nature04639.html ) , http://www.nature.com/nature/journal/v440/...ature04637.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7085/abs/nature04637.html ) ) проливает новый свет на эволюцию конечностей позвоночных.

2) Классификация миозинов ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/103/10/3681 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/103/10/3681 ) ) поддерживает таксон альвеолят (Alveolata, класс XIV) и еще более широкий таксон хромальвеолят (Chromalveolata, классы XXII--XXIV, в пику мнению T. Cavalier-Smith о "царстве" Chromista).

3) Andreas Schmidt-Rhaesa ответил ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...1c75679dd960a76 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GJF-4J72YS1-2/2/fea0c24768932659a1c75679dd960a76 ) ) на критику Pilato et al., 2005 ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...6825d4369d19265 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GJF-4GGWG7B-1/2/c236f3d90fd4d94256825d4369d19265 ) ) по поводу существования Ecdysozoa.

4) "Что такое популяция?" --- обзор R.S.Waples & O.Gaggiotti, который может быть многим полезен ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...4X.2006.02890.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-294X.2006.02890.x ) )

5) Jenny Xiang с соавторами опубликовала ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt...000001/art00006 ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000001/art00006 ) ) обзор систематики рода Cornus (Кизил). Она категорически отказывается выделять из него роды Chamaepericlymenum, Cynoxylon, Swida etc., что приятно.

6) Опубликована новая система красных водорослей ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...17.2006.00210.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x ) ). Авторы выделяют 7 классов (5 из них --- бывшие бангиевые), IMHO, многовато.

7) Хочу обратить внимание молекулярных биологов на совершенно сумасшедшую (но не лишенную, как мне кажется, оснований) гипотезу происхождения загадочной группы Dicyemida (паразиты осьминогов): в результате LGT между протистами (инфузориями?) и моллюсками ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...969824219aaa382 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T2K-4B726M7-3/2/e2b60d5fc42b6b64e969824219aaa382 ) )!



Indrekis 10.04.2006 01:50
Скажите пожалуйста, "Зоологи из ДВНЦ нашли нового представителя загадочной группы Rhinogradentia --- Dendronasus" (kashkina2004.zip) - это такой прикол, или я чего-то недопонял? tongue.gif



mlog 10.04.2006 13:47
(Indrekis @ 09.04.2006 23:50)
Ссылка на исходное сообщение  Скажите пожалуйста, "Зоологи из ДВНЦ нашли нового представителя загадочной группы Rhinogradentia --- Dendronasus" (kashkina2004.zip) - это такой прикол, или я чего-то недопонял?  tongue.gif

Это не больший прикол, чем вот это:
Molecular phylogenetic analyses indicate extensive
morphological convergence between the ‘‘yeti’’ and primates
(см. прикрепленный файл)



Файл/ы:

yeti.pdf
Размер:: 442.64к
кол-во скачиваний: 4




Indrekis 11.04.2006 02:45
(Indrekis @ 09.04.2006 23:50)
  Скажите пожалуйста, "Зоологи из ДВНЦ нашли нового представителя загадочной группы Rhinogradentia --- Dendronasus" (kashkina2004.zip) - это такой прикол, или я чего-то недопонял?


Собственно говоря, мена заинтересовало, действительно ли эта "работа" была опубликована в "Биология моря", и существует ли, раз уж такие дела, такой журнал.



daniil naumoff 11.04.2006 11:18
Можно ещё вопрос. А каков нынешний статус оомицетов? Это по-прежднему грибы, или уже водорости (такие предложения высказывались уже 10 лет назад).



mlog 11.04.2006 12:10
(Indrekis @ 11.04.2006 00:45)
Ссылка на исходное сообщение  Собственно говоря, мена заинтересовало, действительно ли эта "работа" была опубликована в "Биология моря", и существует ли, раз уж такие дела, такой журнал.

Журнал точно есть. Есть ли статья, не знаю точно, но думаю, что на первое апреля --- почему бы и нет? Опубликовал же такой солидный журнал, как Mol. Phylogenet. Evol., статью про йети.



plantago 13.04.2006 08:48
2 Indrekis: Все есть. Номер, конечно, апрельский. Вот ссылка: http://www.springerlink.com/link.asp?id=w0l4866303n2wg1g ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=w0l4866303n2wg1g )

2 daniil_naumoff: Это протисты ;-)) Ближе всего они стоят к различным бесцветным разножгутиковым (так называемым Bicosoecida). Посмотрите статью Cavalier-Smith из поста 2, там про это много.



daniil naumoff 13.04.2006 12:38
(plantago @ 13.04.2006 09:48)
Ссылка на исходное сообщение
2 daniil_naumoff: Это протисты ;-)) Ближе всего они стоят к различным бесцветным разножгутиковым (так называемым Bicosoecida). Посмотрите статью Cavalier-Smith из поста 2, там про это много.


Так когда я в своём CV пишу, что занимался Phytophthora infestans, то её не стоит именовать грибом? Или это не на столько принципиально. Я собственно об этом: статья ( http://bioinform.genetika.ru/members/Naumoff/Gen1999.pdf ).



plantago 14.04.2006 09:26
Ну, напишите что "worked with oomycetes "fungi", recently re-classified as protists (Adl et al., 2005)". Ссылка на Adl et al.: http://www.blackwell-synergy.com/doi/pdf/1...08.2005.00053.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/pdf/10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x )



daniil naumoff 14.04.2006 11:12
Ну тогда просто оомицеты. Я же не систематик и мне такие подробности не нужны. А словечко "грибы" я всегда приписывал для тех, кто не представляет кто такие оомицеты. Работая в области биоинформатики, я сталкиваюсь с людьми, которые часто вообще биологию не изучали... для них что оомицеты, что актиномицеты - никакой разницы...



Juglans 14.04.2006 12:47
В самом слове "оомицеты" заложен корень, который присоединяют к грибам (аскомицеты и т.д.).
Поэтомы оомицеты - это грибы! smile.gif



daniil naumoff 14.04.2006 13:02
(Juglans @ 14.04.2006 13:47)
Ссылка на исходное сообщение  В самом слове "оомицеты" заложен корень, который присоединяют к грибам (аскомицеты и т.д.).
Поэтомы оомицеты - это грибы! smile.gif


Может тогда и актиномицеты - грибы??? confused.gif lol.gif lol.gif lol.gif



plantago 14.04.2006 22:28
Тут и вправду есть некоторая хитрость: таксон "грибы" --- это совсем не все организмы, ссособные к мицелиальному росту.



daniil naumoff 16.04.2006 12:11
(plantago @ 14.04.2006 23:28)
Ссылка на исходное сообщение  Тут и вправду есть некоторая хитрость: таксон "грибы" --- это совсем не все организмы, ссособные к мицелиальному росту.


Как впрочем и наоборот: не все грибы обязаны иметь способность к мицелиальному росту.



Juglans 05.05.2006 01:08
daniil_naumoff
начнем с того, что называются они сейчас актинобактериями
plantago
Вы путаете ТАКСОН "грибы" с понятием "грибы" - они не тождественны



plantago 05.05.2006 10:23
(Juglans @ 04.05.2006 23:08)
plantago
Вы путаете ТАКСОН "грибы" с понятием "грибы" - они не тождественны

Нет, я как раз не путаю. Грибы, скорее, не таксон, а жизненная форма. Вокруг систематики пасется множество "мелких" классификаций, в том числе классификация органов (мерономия по Мейену), и вот жизненных форм тоже. В точках соприкосновения между ними рождаются проблемы -- конвергенция, несоответствия систем и пр. (вот и я в предыдущем посте назвал грибы таксоном). Дискуссии на форуме о лишайниках и вирусах -- той же природы.



daniil naumoff 05.05.2006 10:24
актинобактерии = актиномицеты
сине-зелёный водоросли = цианобактерии

(не надо тут казуистикой заниматься)



plantago 05.05.2006 10:35
IMHO, это не казуистика, а просто различные точки зрения на разнообразие организмов.



daniil naumoff 05.05.2006 10:48
Это исторически сложившиеся синонимы названий крупных таксонов. Список можно прожолжить:
бактерии = эубактерии
археи = архебактерии
эукариоты = эвкариоты

Но устраивать дискуссию о "правильности" того или иного названия - дело малоосмысленное...



Juglans 05.05.2006 13:11
"Но устраивать дискуссию о "правильности" того или иного названия - дело малоосмысленное... "

wink.gif "Даниил, всёж у Вас катастрофическое мышление" (с)
речь не о правильности (пусть о ней пишут великие моралисты вроде Н.Михалкова), а о том, что одно и того же название имеет разный смысл. Для тёти Мани грибы - это одно, для daniil_naumoff - немного шире.

plantago
"Грибы, скорее, не таксон, а жизненная форма"
Ключевым тут является слово "скорее", т.е. в нем уже есть некатегоричность. И не случайно. Растения, животные, водоросли и даже мхи - все это в своем прошлом было наполнено разным составом, относящимся ныне к разным царствам.
Можно говорить о грибах как о жизненной форме, а можно и как о таксоне. Что такое таксон? - единица классификации. Могут ли грибы выступать в качестве единицы классификации? - да, при определенных условиях могут и выступали. К сожалению, далее Вы написали слишком непродуманную фразу, которая мало адекватна:
"Вокруг систематики пасется множество "мелких" классификаций, в том числе классификация органов (мерономия по Мейену), и вот жизненных форм тоже." Остается только понять, почему дрожжи и лисички - это одна жизненная форма. wink.gif



plantago 06.05.2006 04:30
(Juglans @ 05.05.2006 03:11)
Ссылка на исходное сообщение К сожалению, далее Вы написали слишком непродуманную фразу, которая мало адекватна:
"Вокруг систематики пасется множество "мелких" классификаций, в том числе классификация органов (мерономия по Мейену), и вот жизненных форм тоже." Остается только понять, почему дрожжи и лисички - это одна жизненная форма. wink.gif

Мне кажется, я ее продумал shuffle.gif (полдня думал, однако). Может, неудачно выразился? Попробую иначе: проблемы с понятиями "грибы", "вородосли", "вирусы" возникают потому, что их внутреннее содержание разнородно. Эти понятия частью таксономические, а частью относятся к соседним "топикам". "Топики" эти (классификация жизненных форм, например) пересекаются с систематикой, что и порождает проблемы. Так яснее?



Juglans 12.05.2006 14:22
plantago
я лишь был обескуражен тем, что мерономия была названа классификацией органов и помещена на "пастбище" с классификацией видов.
Но, с другой стороны, я не вижу проблемы, чтобы называть грибами оомицеты. Pantopoda называют морскими пауками, хотя это не пауки. То, что оомицеты (т.е. уже -мицеты) похожи на грибы чисто внешне, может быть отражено в их названии. Название группы не определяет его положения в системе: китовая вошь - не насекомое, шток-роза - не розоцветное. Хотя есть и другое мнение. Когда доказали, что щупальца головоногих - это не гомологи ноги, то нашелся человек, предложивший новое название, Siphonopoda.



daniil naumoff 12.05.2006 14:27
(Juglans @ 05.05.2006 14:11)
Ссылка на исходное сообщениеwink.gif "Даниил, всёж у Вас катастрофическое мышление" (с)


Может объясните значение этого термина?



plantago 13.05.2006 11:54
Систематика и эволюция протистов, животных и растений
1) Не очень новая статья ( http://www.bioone.org/perlserv/?request=ge...PF%3E2.0.CO%3B2 ( http://www.bioone.org/perlserv/?request=get-abstract&doi=10.1666%2F0094-8373%282005%29031%3C0165%3APPF%3E2.0.CO%3B2 ) ), но "протерозойские грибы" -- вещь интересная.
2) Происхождение кактусов опять стало привлекать внимание, особенно когда обнаружилось, насколько они близки к Portulacaceae. Интересная статья про возможные пути становления жизненной формы "кактус" в этой группе ( http://www.journals.uchicago.edu/cgi-bin/resolve?AN41282ABS ( http://www.journals.uchicago.edu/cgi-bin/resolve?AN41282ABS ) )
3) Обзор T. Embley посвящен разоблачению Archezoa ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...1485400q64g7j53 ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=g1485400q64g7j53 ) ). Разоблачение состоялось уже сравнительно давно, но идея "первично безмитохондриальных протист", да еще "с прокариотными рибосомами" оказалась настолько привлекательной, что соотвествующие схемы все еще бродят по учебникам и Интернету.
4) Забавный случай HGT ядерного гена от мятлика к овсянице ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...46115535m283287 ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=746115535m283287 ) ). Чем дальше в лес, тем толще HGT...
5) Впервые посеквенирован экзотический класс моллюсков Monoplacophora ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0602578103v1 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0602578103v1 ) ). Не могу удержаться, чтобы не процитировать:
===
[In Antarctic]... at 3100 m depth, yielded one small specimen (1.7 mm shell length) of the monoplacophoran Laevipilina antarctica Waren et Hain, 1992, one of the 26 known species of this group of molluscs ... and half of the specimen was used for molecular work. Although monoplacophoran DNA was highly degraded ... we were able to amplify and sequence a 1.2-kb fragment of the large nuclear ribosomal subunit (28S rRNA).
===
Вы только представьте, достать с трехкилометровой глубины антарктического моря 1 (один) экземпляр двухмиллиметрового моллюска! И получить "highly degraded" ДНК... Ну и, бардака в молекулярную систему моллюсков добавилось. Попали моноплакофоры внутрь хитонов.
6) И еще про беспозвоночных ( http://www.sciencedirect.com/science?_ob=M...=/sdarticle.pdf ( http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B6WNH-4JWDY38-3-1&_cdi=6963&_user=854313&_orig=browse&_coverDate=05%2F05%2F2006&_sk=999999999&view=c&wchp=dGLbVlb-zSkzV&md5=38c2faeef51da3de37f10976dbd5c48e&ie=/sdarticle.pdf ) ). Анализ 18S+28S объединил киноринх с приапулидами, жаброногих с Hexapoda, а многоножек -- с хелицеровыми.
7) Морфологи членистоногих считают, что морфология мозга сближает онихофор с хелицеровыми ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...67g8q8t5q577562 ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=267g8q8t5q577562 ) ).
8) Безумные динофлагелляты, меняющие пластиды, как перчатки, исследованы на предмет белков ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...cfadf9b516fdf35 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WK7-4J78X07-1/2/86f0ffb849c7832eccfadf9b516fdf35 ) ). Нашли следы функционирования сразу двух типов пластид, а также показали возможность формирования химерных белков.
9) Отдаленный гомолог метазойного гена Hedgehog, участвующего в эмбриогенезе, найден у хоанофлагеллят ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...t46478064665574 ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=pt46478064665574 ) )
10) И опять ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msl008v1 ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msl008v1 ) ) про динофлагеллят и белки (лучше процитирую):
===
Gene fusion events are considered rare and likely stable, and such an event has recently been used to argue for a root of the eukaryotic tree. Our data, however, show that exact reversals of fusion events do take place and hence gene fusion data are difficult to interpret without knowledge of the phylogeny of the organisms – therefore their use as phylogenetic markers must be considered carefully.
===
Это -- здоровенный камень в огород T. Cavalier-Smith и его новой любимой теории о двух ветвях эукариот: Uniconta и Biconta.
11) Еще одна гипотеза принадлежности вендобионтов. Теперь их сравнивают с гребневиками ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/312/5774/731 ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/312/5774/731 ) )...
12) По-прежнему очень просто открыть новый тип. Надо взять список D. Patterson
( http://tolweb.org/accessory/Lineages_of_Eukaryotes?acc_id=49 ( http://tolweb.org/accessory/Lineages_of_Eukaryotes?acc_id=49 ) , внизу), найти несеквенированный таксон, научиться его культивировать (это, конечно, сложнее всего) -- и ура! Вот, например, Telonema ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...p2031t11163hthr ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=hp2031t11163hthr ) ). Не очень верится только в ее близость к хромистам, о которой твердят авторы статьи. А если серьезно, у меня у самого есть список таксонов, которые почти гарантированно дадут Вам новый тип -- пишите, кому интересно!
13) И off-topic на закуску, просто прикольно, как говорится -- http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...21n896162365208 ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=021n896162365208 ) ...



Juglans 13.05.2006 13:44
plantago
думаю, что мерономия - это классификация частей или структур организмов с целью создания иерархической системы меронов. Классификация органов - органомия - часть анатомии.



plantago 21.05.2006 07:29
(Juglans @ 13.05.2006 03:44)
Ссылка на исходное сообщение  plantago
думаю, что мерономия - это классификация частей или структур организмов с целью создания иерархической системы меронов. Классификация органов - органомия - часть анатомии.

Согласен.



plantago 21.05.2006 07:30
Систематика и эволюция растений и других организмов

1) Вышла статья, посвященная подробному изучению развития "цветка наоборот" -- Lacandonia schismatica ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/1/15 ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/1/15 ) ). Авторы считают, что здесь мы все-таки имеем дело с настоящим цветком, а не с псевдантием (как думала P. Rudall).

2) Новая классификация пальм -- одного из крупнейших семейств однодольных -- предложена C. Asmussen с соавторами ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...39.2006.00521.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1095-8339.2006.00521.x ) ).

3) W. Friedman (известный открытием двойного оплодотворения у Ephedra) описал новый тип женского гаметофита (зародышевого мешка) у покрытосеменных, свойственный базальному таксону -- Amborella trichopoda ( http://www.nature.com/nature/journal/v441/...ature04690.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v441/n7091/abs/nature04690.html ) ). Автор считает (хотя выражается очень осторожно), что он нашел "missing link" между голосеменными и покрытосеменными.

4) Th. Cavalier-Smith опубликовал статью "с большими буквами и цветными картинками", в которой описаны его представления об эволюции всего живого ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...164755512w92302 ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=0164755512w92302 ) ). Очень советую почитать (он, без сомнения, великолепный scientific writer), но имейте в виду, что его концепция эволюции прокариот неоднократно критиковалась как микробиологами, так и специалистами по геномике.



plantago 05.06.2006 07:38
Систематика и эволюция протистов, животных и растений

1) В статье ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=k4w214302j3j8284 ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=k4w214302j3j8284 ) ), посвященной таксономическому анализу рода Prunus ("слива"), авторы настаивают на широком понимании рода, с включением туда черемухи (Prunus padus), лавровишни (P. laurocerasus), вишни (P. fruticosa), абрикоса (P. armeniaca), персика (P. persica), миндаля (P. dulcis). Надо сказать, что американские ботаники делали это задолго до "молекулярной эры", потому что в американской флоре -- множество форм, которые нельзя отнести ни к одному из принимаемых европейскими ботаниками родов. Впрочем, еще Линней категорически возражал против разделения рода Prunus. По-видимому, очередь за лапчатками (со включением туда земляник) и грушами (можно включить яблони, и, вероятно, айву). В рамках тех же тенденций багульник (Ledum) давно попал в Rhododendron ( http://www.sekj.org/anb/anb393.htm#183 ( http://www.sekj.org/anb/anb393.htm#183 ) ).

2) Заодно отыскал (2000 года) статью по систематику цитрусов ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=tjggcl5wyyu6l69d ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=tjggcl5wyyu6l69d ) ). При чтении имейте в виду, что российско-абхазско-грузинские "мандарины" -- это не "mandarin", а "Okitzu satsuma" (C. unshiu Marc.). Почему так получилось -- не знаю, может, А.Н.Краснов или его последователи чего напутали.

3) G. Brugerolle добавил ( http://www.nencki.gov.pl/pdf/ap/ap917.pdf ( http://www.nencki.gov.pl/pdf/ap/ap917.pdf ) ) еще один род к Collodictyonida, протистам неясного таксономического положения (отдельный тип?)

4) Молекулярные исследования митохондриального генома вернули трихоплаксу статус самого примитивного многоклеточного животного -- http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0602076103v1 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0602076103v1 ) . Таким образом, прежние идеи молекулярщиков о близости их к кишечнополостным и/или гребневикам не подтвердились.

5) W. Foissner исследовал в деталях феномен космополитического распространения протистов ( http://www.nencki.gov.pl/pdf/ap/ap921.pdf ( http://www.nencki.gov.pl/pdf/ap/ap921.pdf ) ) и пришел к вполне логичному выводу "Not everything is everywhere".

6) Французские планктонологи попробовали выяснить ( http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/index.php?o...=190&Itemid=112 ( http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/index.php?option=com_docman&task=doc_download&gid=190&Itemid=112 ) ), что же все-таки кроется за загадочными Alveolata Group I и Group II, которых находят лишь при секвенировании целых проб (environmental sequences). Тем временем B.S.Leander и B.A.Ramey нашли представителя новой группы паразитических альвеолят ("споровиков") -- http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...08.2006.00109.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2006.00109.x )

7) Отсеквенированы эбриевые ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...a3f6acdf442e6c7 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GX3-4K1X89F-1/2/32986df10a11510a7a3f6acdf442e6c7 ) ) -- странные морские жгутиконосцы с эндоскелетом (их всего 2 вида, зато с хорошо документированной палеонтологической историей). Оказалось, что они относятся к той же группе Cercozoa, что и радиолярии-феодарии.

8) Вышла большая работа по молекулярной систематике гастротрих ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...09.2006.00228.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1463-6409.2006.00228.x ) ), которые традиционно рассматриваются в группе "первичнополостных червей". Получилось, что гастротрихи относятся к кладе, объединяющей коловраток, микрогнатозой, циклиофор и гнатостомулид. Вся эта клада -- в пределах так называемых "лофотрохозой", чудовищного молекулярного образования, объединяющего почти всех первичноротых, не относящихся к линяющим (Esdysozoa).

9) Как известно, в результате молекулярных исследований цветковых больше всего "не повезло" норичниковым и молочайным. Ботаники школы P. Endress выполнили анализ строения и развития цветка у Picrodendraceae -- одного из семейств, выделяемых из молочайных ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=314544256273r08u ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=314544256273r08u ) ). Анализ прежде всего хорош тем, что демонстрирует серьезные намерения морфологов "разобраться" наконец с запутанными отношениями в этой группе.



plantago 23.06.2006 06:46
Новости систематики и эволюции

1) Новая работа о таксономических отношениях проблематичной группы Hydrocotyloideae ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt...000002/art00003 ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000002/art00003 ) ), "промежуточной" между зонтичными и аралиевыми. Авторы в основном подтверждают уже высказывавшиеся гипотезы.

2) Семейство портулаковых находится на перекрестке дискуссий о парафилии в систематике, потому что, согласно логике кладистики, в него надо включать кактусовые, дидиереевые и базелловые, чего не хотят сторонники традиций (а включать в портулаковые кактусы не хотят даже сами кладисты smile.gif ). Еще одна своеобразная группа -- кергеленско-новозеландские гекторелловые, по-видимому, тоже должна войти в этот набор ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt...000002/art00009 ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt/sb/2006/00000031/00000002/art00009 ) )

3) И про парафилию: R. Brummit написал статью под названием "Am I a bony fish?" ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt...000002/art00002 ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000002/art00002 ) ), в которой настаивает на признании парафилетических таксонов.

4) Как-то ускользнула от моего внимания еще одна статья T. Cavalier-Smith, где автор развивает смелую гипотезу о происхождении митохондрий от фотосинтезирующих (sic!) пурпурных бактерий ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...5k424547p53q788 ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=r5k424547p53q788 ) )

5) Очередная гипотеза происхождения цветковых основана на геномике арабидопсиса: авторы утверждают, что ключевым событием в истории цветковых была двойная дупликация всего генома ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...1742ea2295025be ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6VJ1-4GT7G3R-1/2/82a252a6f1522c1861742ea2295025be ) )

6) Попытку установить место микроспоридий на филогенетическом дереве грибов предприняли канадские исследователи ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...9b5367f68c7c997 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T39-4JHMTH2-2/2/7d76e07aa8ff2d30c9b5367f68c7c997 ) ). Получилось, что микроспоридии -- сестринская группа к "высшим" грибам (аско- + базидиомицетам).

7) Молекулярные исследования подтверждают дифилетичность радиолярий, а также близость к ним своеобразнейшего протиста Sticholonche ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...a7ce5ebe3d3ff5f ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GW3-4K606H8-1/2/0c2fae8b13c146117a7ce5ebe3d3ff5f ) )

8) Молекулярная систематика амеб развивается быстрыми темпами, причем российские протистологи здесь лидируют. В последней работе С.И.Николаева с соавторами установлена принадлежность замечательного во многих отношениях протиста Multicilia marina ( http://ijs.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/56/6/1449 ( http://ijs.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/56/6/1449 ) ), который впервые смогли культивировать в лаборатории А.П.Мыльникова (ИБВВ, Борок).

9) Систематика млекопитающих более или менее стабилизировалась, однако в статье японских исследователей ( http://www.pnas.org/cgi/reprint/0603797103v1 ( http://www.pnas.org/cgi/reprint/0603797103v1 ) ) впервые установлена клада, объединяющая непарнокопытных и рукокрылых, романтически названная "Pegasoferae" smile.gif

10) Ископаемая неогнатная птица из раннего мела (!) найдена в Китае ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/312/5780/1640 ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/312/5780/1640 ) ). Это заставляет в очередной раз пересмотреть представления о времени возникновения основных групп птиц.



mlog 23.06.2006 09:51
(plantago @ 23.06.2006 04:46)
Ссылка на исходное сообщение  Новости систематики и эволюции
1) Новая работа о таксономических отношениях проблематичной группы Hydrocotyloideae ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt...000002/art00003 ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000002/art00003 ) ), "промежуточной" между зонтичными и аралиевыми. Авторы в основном подтверждают уже высказывавшиеся гипотезы.
5) Очередная гипотеза происхождения цветковых основана на геномике арабидопсиса: авторы утверждают, что ключевым событием в истории цветковых была двойная дупликация всего генома ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...1742ea2295025be ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6VJ1-4GT7G3R-1/2/82a252a6f1522c1861742ea2295025be ) )


Нет ли у Вас доступа к полным текстам этих статей?



plantago 23.06.2006 22:09
(mlog @ 22.06.2006 23:51)
Ссылка на исходное сообщение  Нет ли у Вас доступа к полным текстам этих статей?

Есть. Все статьи, упомянутые в "Новостях", можно получить, написав мне личное сообщение.



daniil naumoff 26.06.2006 14:37
(plantago @ 23.06.2006 07:46)
Ссылка на исходное сообщение2) Семейство портулаковых находится на перекрестке дискуссий о парафилии в систематике, потому что, согласно логике кладистики, в него надо включать кактусовые, дидиереевые и базелловые, чего не хотят сторонники традиций (а включать в портулаковые кактусы не хотят даже сами кладисты smile.gif ). Еще одна своеобразная группа -- кергеленско-новозеландские гекторелловые, по-видимому, тоже должна войти в этот набор ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt...000002/art00009 ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt/sb/2006/00000031/00000002/art00009 ) )


На сколько вообще изучена флора (и фауна) Кергелена и прилегающих островов (Хёрд и т.д.)? Есть ли обзорная литература по этому вопросу - по биоразнообразию?



plantago 26.06.2006 22:41
Увы, как следует не знаю -- надо искать французских авторов, а с ними у меня не очень.



Asafich 28.06.2006 00:04
Я тут залез во французскую Википедию и выяснил, что "главное занятие жителей Кергелена - это научные исследования" cool.gif (http://fr.wikipedia.org/wiki/Kerguelen_(%C3%AEles)#Activit.C3.A9s)

Это же мечта! Республика ученых jump.gif ! Правда, судя по всему кергеленские ученые в основном пинают балду beer.gif . По крайней мере флора и растительность изучены слабо. Я посмотрел, что есть в библиотеке в Кью - и вот что нашёл:

Cour, P. 1959. Flore et végétation de l'Archipel de Kerguelen. ii. Végétation
Terres Australes et Antarctiques francaises, no. 8-9. pp. 3-40.

Lourteig, Alicia. 1973. Essai sur la distribution géographique des plantes
vasculaires de l'Archipel de Kerguélon.

Chastain, A. 1958. La Flore et la végétation des îles de Kerguelen: polymorphisme des espcèes australes

+ ещё несколько немецких работ 19 века. Не густо...



SOE 29.06.2006 17:36
Может быть кто-нибудь может подсказать последний обзор по лютиковым, в частности интересует род Прострел, Pulsatilla. Желательно на русском или англиском языке. Если у кого-то есть тексты статей Тамуры (Tamura M.) по лютиковым, пожалуйста перешлите, а то нигде не могу найти.



Asafich 29.06.2006 17:51
Укажите данные конкретных стaтей - посмотрю.



plantago 03.07.2006 03:28
(SOE @ 29.06.2006 07:36)
Ссылка на исходное сообщение  Может быть кто-нибудь может подсказать последний обзор по лютиковым, в частности интересует род Прострел, Pulsatilla. Желательно на русском или англиском языке. Если у кого-то есть тексты статей Тамуры (Tamura M.) по лютиковым, пожалуйста перешлите, а то нигде не могу найти.

http://scholar.google.com/scholar?hl=en&lr...ceae+Pulsatilla ( http://scholar.google.com/scholar?hl=en&lr=&q=Tamura+Ranunculaceae+Pulsatilla )
и будет Вам щастье smile.gif
Я думаю, Вы понимаете, что Pulsatilla из Anemone выделяют в основном в России и в Германии.
Если нужны полные тексты статей, которые Вы получите при поиске, звоните в FullText ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showforum=2 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showforum=2 ) )



Juglans 03.07.2006 08:19
plantago
Anemone s.l. какие еще роды включает?



plantago 03.07.2006 09:07
Вроде больше никаких.



plantago 14.08.2006 12:23
Новости систематики и эволюции

1) Выяснено, что необычное своими актиноморфными (радиальносимметричными) цветками бобовое Cadia отличается от "типичного" Lotus типом экспресии гена CYC ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/103/32/12017 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/103/32/12017 ) ) , причем у Cadia, по-видимому, такой тип экспрессии развился независимо от существоваших когда-то актиноморфных предков этой линии бобовых. Таким образом, получено еще одно подтверждение того, что актиноморфность может развиться из зигоморфности буквально "за один прием".

2) У кукурузы найден потенциальный ортолог гена арабидопсиса DRN, отвечающего за формирование семядолей ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...ad5b0f501451db5 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6W8W-4K8Y99V-2/2/ffc4f8204092cd37dad5b0f501451db5 ) ). В отличие от арабидопсиса, он экспрессируется сравнительно поздно, причем в зоне будущего щитка -- органа, который многие морфологи и считали семядолей у злаков.

3) Выполнен анализ филогении перечноцветных (Piperales) -- одного из порядков примитивных цветковых растений (Wanke et al., http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ( http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ) ; "Articles in press"). Практическим следствием является то, что, по-видимому, все же придется делить семейство Кирказоновые (Aristolochiaceae) на два: собственно кирказоновые и копытневые (Asaraceae).

4) Подробно исследована филогения заразиховых -- "светлого пятна" на фоне хаоса групп "норичниковых" и близких семейств ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/7/1039 ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/7/1039 ) ). Замечательно, что потеря хлорофилла (и переход к полному паразитизму) у заразиховых происходил не один раз.

5) Проанализировано таксономическое разнообразие грибов-эндофитов трех представителей разных групп растений (плаунов, сосновых и цветковых растений) из Канады (Higgins et al., http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ( http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ) ; "Articles in press"). Обнаружено большое количество филотипов, относящихся к новым линиям аскомицетов. Еще раз подтверждается, что эндофиты растений -- это очень перспективный "biodiversity hotspot", причем в умеренных широтах их разнообразие несильно отличается от тропического.

6) У маленькой группы протистов-катаблефарид найден фотосинтезирующий представитель -- новый род Hatena ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...092c3d5f29a4ea2 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GX3-4KKFPK1-1/2/2ce2e987157a54f9b092c3d5f29a4ea2 ) ), в клетках которой в качестве "хлоропласта" выступает зеленая водоросль Tetraselmis (у которой деградируют все органеллы, за исключением собственного хлоропласта). Фотосинтезирующие особи Hatena не имеют пищедобывающего аппарата, а вот после деления водоросль достается только одной из клеток. Вторая клетка становится гетеротрофной и формирует пищедобывающий аппарат заново.

7) Проделан еще один глобальный анализ филогении эукариот (85 белков, задействованы все имеющиеся на настоящий момент сиквенсы из GenBank). Результаты ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msl055v1 ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msl055v1 ) ) в целом подтверждают идею Cavalier-Smith о двух ветвях эукариот -- уни- и биконтах. В пределах биконт все методы анализа указывают на раннюю дивергенцию зеленых растений и красных водорослей, а также на относительную продвинутость безмитохондриальных жгутиконосцев-экскават (например, ламблии), которые долгое время считались наиболее примитивными эукариотами. Остальные клады разрешены значительно хуже frown.gif

8) Th. Cavalier-Smith продолжает настаивать на том, что наиболее примитивные бактерии -- зеленые несерные ("Chlorobacteria"), а архебактерии -- наиболее молодая и продвинутая группа прокариот ( http://www.biology-direct.com/content/1/1/19/abstract ( http://www.biology-direct.com/content/1/1/19/abstract ) ). На этот раз использован "transition analysis", который представляет собой, собственно, сравнительно-морфологический анализ на уровне эволюции белков и путей биосинтеза. Статья интересна еще и тем, что журнал "Biology Direct" использует метод он-лайн рецензирования -- в тексте Вы можете увидеть "живые" дискуссии с рецензентами.

9) Впервые выполнена работа по анализу разнообразия так называемых "Korarchaeota" -- некультивируемых представителей особой линии архебактерий, найденных до того лишь в горячих источниках Йеллоустоунского Национального Парка ( http://aem.asm.org/cgi/content/abstract/72/7/5077 ( http://aem.asm.org/cgi/content/abstract/72/7/5077 ) ). Авторы статьи нашли корархеот и в гидротермах Тихого океана. Кроме того, выяснилось, что эта линия весьма разнообразна, и, по-видимому, отличается высоким эндемизмом.

10) Статья А. В. Ересковского и А. К. Дондуа ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...f37f3d2aba39029 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GJF-4KJV309-1/2/b78ab967d5583db22f37f3d2aba39029 ) ) посвящена эволюции губок. Авторы настаивают на том, что губки вообще не имеют настоящих зародышевых листков (экто- и энтодермы), а, следовательно, также и гаструляции.



Juglans 14.08.2006 14:54
Арчил Карпезович Дондуа не француз smile.gif



Лёва 15.08.2006 10:04
По пункту 6: а как же воспроизводится фотосинтезирующая форма? no.gif



plantago 16.08.2006 04:53
См. статью. Но здравый смысл подсказывает (и так оно, по-видимому, и есть на самом деле), что гетеротрофный потомок просто съедает симбионта заново, после чего его пищедобывающий аппарат деградирует. Авторы называют это "Half-plant, half-predator-hypothesis".



daniil naumoff 16.08.2006 14:47
так симбионта можно культивировать отдельно?



plantago 17.08.2006 04:37
===
A unialgal culture of Nephroselmis sp. (NIES1417) was established from the same sample site by micropipette isolation and maintained in f/2 medium at 20 °C under ca. 10 μE light intensity, and a light-dark cycle of L:D=14:10 h. The uptake of Nephroselmis sp. (NIES1417) was photographed under a CKX31 inversed light microscope (Olympus, Tokyo) equipped with a COOLPIX 990 digital camera (Nikon, Tokyo) at 6-s intervals.
===



Juglans 24.08.2006 14:35
Со слов А.В.Ересковского в ближайшее время Homoscleromorpha выделят в отдельный класс. И, скорее всего, в ближайшем будущем классы губок повысят до типов. Очень интересно обнаружение так называемой "химерной гаструляции", когда у личинок снаружи располагаются материнские клетки, которые затем мигрируют во внутрь.



plantago 27.09.2006 06:03
Новости систематики и эволюции

1) J. Buckham с соавторами выдвинули новую идею о том, как строить филогении на основании сиквенсов нескольких генов ( http://www.biology-direct.com/content/1/1/26 ( http://www.biology-direct.com/content/1/1/26 ) ). Они справедливо критикуют практику простого соединения последовательностей, и предлагают новую "отметающую" методику, основанную на бутстрепе и анализе главных компонент. Кстати, еще раз советую обратить внимание на этот журнал и почитать их замечательную вводную статью( http://www.biology-direct.com/content/1/1/1 ( http://www.biology-direct.com/content/1/1/1 ) ).

2) Группа A. Simpson исследовала филогенетические отношения апузомонадид ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msl120v1 ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msl120v1 ) ) -- своеобразной группы протистов неясного таксономического положения. Наиболее вероятным выглядит предположение, что апузомонадиды -- сестринская группа к "ризариям" (куда, по современным представлениям, относятся многие -- но далеко не все -- амебы). Поскольку апузомонадиды двужгутиковые, а ризарии -- одножгутиковые, идея Th. Cavalier-Smith о разделении всех эукариот на эти группы поставлена под сомнение.

3, 4) "Environmental sequences" дают все новые и новые интересные результаты. Например, исследование пресноводных протистов неожиданно выявило множество новых линий ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...20.2006.01111.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1462-2920.2006.01111.x ) ), близких к хитридиевым грибам, возможно, ранга типа. А японские исследователи ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...fb46cdaf1d48499 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GX3-4KTVPB6-1/2/58832e657712ff73cfb46cdaf1d48499 ) ) работали с разнообразием протистов в анаэробных местообитаниях и выяснили, что кроме "типичных" анаэробов (экскават и инфузорий), анаэробные представители есть почти во всех группах протистов.

5, 6) Горизонтальный перенос между царствами -- не очень обычная вещь. Один из последних примеров -- обнаружение у губок из отряда Spirophorida интрона cox1, возможно, заимствованного у грибов ( http://www.biomedcentral.com/1471-2148/6/71 ( http://www.biomedcentral.com/1471-2148/6/71 ) ). А я этим летом читал на Botany-2006 стендовый доклад японцев, которые на основании (как мне кажется) похожего случая утверждали ( http://www.2006.botanyconference.org/engin...c=detail&aid=51 ( http://www.2006.botanyconference.org/engine/search/index.php?func=detail&aid=51 ) ), что печеночные мхи, в отличие от всех остальных растений, произошли от грибов. Любопытно в этой связи вспомнить, что и губки, и печеночные мхи просто напичканы эндотрофными грибами.

7, 8) Кстати, об эндофитных грибах. Интересная находка сделана канадскими исследователями -- они выяснили, что эндофит сосны имеет в цикле развития водную (!) стадию ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...4X.2006.02909.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-294X.2006.02909.x ) ). А "типично" водные лабиринтовые "грибы", как оказалось, имеют наземного представителя -- тканевого паразита злаков ( http://www.mycologia.org/cgi/content/full/97/1/185 ( http://www.mycologia.org/cgi/content/full/97/1/185 ) ).

9) Работа S. Wang и P. Dodson посвящена оценке разнообразия динозавров ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0606028103v1 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0606028103v1 ) ). В настоящее время описан 521 род неавиморфных динозавров, а авторы полагают, что всего существовало около 1850 родов. А мне лично эта статья нравится еще и тем, что "all calculations were performed by using code ... for the statistical software R ( http://www.r-project.org ( http://www.r-project.org ) )"

10) Ну, и немного о растениях wink.gif T. Tokuoka и H. Tobe предприняли очередной филогенетический анализ наиболее спорной группировки новейшей систематики цветковых -- порядка Mahlpigiales ( http://dx.doi.org/10.1007/s10265-006-0025-4 ( http://dx.doi.org/10.1007/s10265-006-0025-4 ) , http://www.springerlink.com/content/94688k473404564q ( http://www.springerlink.com/content/94688k473404564q ) )*. Замечательно, что авторы впервые в истории изучения этой группы получили статистическую поддержку большинства крупных ветвей.

11) Опубликовано молекулярное supertree для сложноцветных ( http://www.compositae.org/picts/Supertree.png.zip ( http://www.compositae.org/picts/Supertree.png.zip ) ). Самое большое семейство цветковых растений наконец-то получило некоторую основу для переклассификации.

12) Один из последних номеров журнала "Plant systematics and evolution" ( http://www.springerlink.com/content/j6ux1266q32r ( http://www.springerlink.com/content/j6ux1266q32r ) )* также целиком посвящен филогении цветковых, но на более высоком уровне. Авторы статей поставили очень благородную задачу в дополнение к молекулярным данным найти, наконец, морфологические синапоморфии для "больших порядков" подкласса розид -- и более или менее в этом преуспели.

13) Только что вышедший номер журнала "Taxon" содержит несколько интересных статей, в том числе новую классификацию папоротников, представленную коллективом авторов ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt...000003/art00017 ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000003/art00017 ) ). Наиболее интересны читателю, наверное, будут "наши" среднерусские папоротники, для которых принята довольно дробная классификация семейств: Dennstaedtiaceae (Pteridium), Aspleniaceae (Asplenium), Thelypteridaceae (Thelypteris), Woodsiaceae (Athyrium, Cystopteris, Diplazium), Onocleaceae (Matteuccia), Dryopteridaceae (Dryopteris, Polystichum), Polypodiaceae (Polypodium) -- все в одном порядке Polypodiales.

14 etc.) Другая интересная статья из этого же номера ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt...000003/art00004 ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000003/art00004 ) ) предостерегает филогенетиков от использования выборок малого размера, которые могут давать серьезно отклоняющиеся от модельных результаты, особенно при применении байесовых методов. Еще в этом номере есть несколько статей про электронные определительные ключи, но новости и так уже слишком большие получились wink.gif

---
* Springer теперь имеет новый дизайн и не имеет "linking options". Не знаю поэтому, насколько стабильны эти ссылки. В случае чего пишите.



Kovalevsky 27.09.2006 13:36
А можно мне Full text статьи с новой классификацией папоротников, а то наш универ с Ingenta не дружит? smile.gif



mlog 27.09.2006 17:35
(plantago @ 27.09.2006 06:03)
Ссылка на исходное сообщение  Новости систематики и эволюции
10) Ну, и немного о растениях wink.gif T. Tokuoka и H. Tobe предприняли очередной филогенетический анализ наиболее спорной группировки новейшей систематики цветковых -- порядка Mahlpigiales ( http://dx.doi.org/10.1007/s10265-006-0025-4 ( http://dx.doi.org/10.1007/s10265-006-0025-4 ) , http://www.springerlink.com/content/94688k473404564q ( http://www.springerlink.com/content/94688k473404564q ) )*. Замечательно, что авторы впервые в истории изучения этой группы получили статистическую поддержку большинства крупных ветвей.


А у нас тут ( http://www.nees.uni-bonn.de/symp17/ ) тоже скоро будет доклад по Mahlpigiales, причем на основании достаточно нового маркера --- интрона пластидного гена petD



plantago 28.09.2006 03:26
(Kovalevsky @ 27.09.2006 03:36)
Ссылка на исходное сообщение  А можно мне Full text статьи с новой классификацией папоротников, а то наш универ с Ingenta не дружит? smile.gif

Да, конечно. Даже удивительно, почему Ingenta не сделала открытый доступ к этой статье. Вот, например, прошлогодняя итоговая классификация протистов свободно распространяется Blackwell, и система цветковых APGII тоже. Но это Blackwell. Так что я прикрепляю статью сюда.



Файл/ы:

Скачать файл smith2006.pdf
Размер:: 420.76к
кол-во скачиваний: 565




plantago 28.09.2006 03:28
(mlog @ 27.09.2006 07:35)
Ссылка на исходное сообщение  А у нас тут ( http://www.nees.uni-bonn.de/symp17/ ) тоже скоро будет доклад по Mahlpigiales, причем на основании достаточно нового маркера --- интрона пластидного гена petD

О, интересно! А Вы не можете попросить у них пару картинок деревьев (abstract я нашел)?



mlog 30.09.2006 16:33
К сожалению, я увидела это сообщение уже когда вернулась. Но надо сказать, что Надя рассказывала в основном про свойства этого нового маркера --- показывала вторичные структуры у разных видов и т.д. Хотя деревья какие-то. конечно, тоже были.



Kovalevsky 27.10.2006 13:44
Новости систематики и эволюции

1) Результаты нового филогенетического анализа царства Грибы были опубликованы в журнале Nature ( http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nature05110 ). В отличии от предыдущих работ, которые в основном базировались на сравнении 18S рРНК, авторы использовали для анализа последовательности 6 генов - 18S рРНК, 28S рРНК, 5.8S рРНК, а также генов фактора элонгации 1-alpha и двух субъединиц РНК полимеразы II (RPB1 и RPB2). Кроме того, отличительной чертой рабты является обширная выборка - 199 видов грибов из всех основных групп.
В целом результаты совпадают с полученными ранее путем анализа последовательностей 18S рРНК. Тем не менее стоит обратить внимание на ряд интересных моментов:
авторы утверждают, что процесс потери жгутиков происходил независимо в различных линиях грибов не менее 4 раз;
паразит растений Olpidium brassicae, относимый к хитридиевым грибам, попал в одну группу с энтомофторовыми (паразитами насекомых);
связь группы Glomeromycota с высшими грибами (аско- и базидиомицетами) получила дополнительное подтверждение;
наиболее базальными группами в царстве Грибы оказались микроспоридии и паразит хитридиевых грибов Rozella allomycis.

Прикреплённое изображение

2) Описание ископаемой миноги из Южной Африки было опубликовано в журнале Nature ( http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nature05150 ). Ископаемые остатки миног встречаются исключительно редко, так как эта группа животных лишена костей и чешуи. Тем интереснее новая находка, датируемая Девонским периодом и сохранившая большое количество важных деталей. Несмотря на солидный возраст в 360 млн. лет, поражает сходство строения ротового аппарата найденного вида с ныне живущими представителями. Таким образом, миног можно, похоже, причислить к "живым ископаемым", а геологический возраст группы увеличился на 35 млн. лет



J 30.10.2006 20:00
лично меня больше привлекли факты такие, как
- хитридиевые не монофилетичны и
- микроспоридии и часть хитридиевых попадаут в одну кладу, а стало быть имеют общего предка.



J 30.10.2006 20:04
плус пятничная статейка в "науке" про эволюцию слизевиков-диктиостелид интересная
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/314/5799/661 ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/314/5799/661 )



Файл/ы:

Скачать файл 661.pdf
Размер:: 233.26к
кол-во скачиваний: 426




Juglans 01.11.2006 14:38
W. H. De Smet
Asciaporrectidae, a new family of Rotifera (Monogononta: Ploima)
with description of Asciaporrecta arcellicola gen. et sp. nov. and
A. difflugicola gen. et sp. nov. inhabiting shells of testate amoebae
(Protozoa) // Zootaxa 1339: 31–49 (2006)


Описано новое семейство коловраток, два вида которого являются симбионтами раковинных амеб. Это второй случай, когда многоклеточные животные обитают внутри одноклеточного (ранее подобное было известно лишь у нематод, обитающих внутри живых фораминифер). Несомненно, новое семейство широко распространено (пока его представителей обнаружили в Европе, Северной Африке и на Аляске).
http://www.mapress.com/zootaxa/2006f/z01339p049f.pdf ( http://www.mapress.com/zootaxa/2006f/z01339p049f.pdf )



plantago 04.12.2006 13:19
Новости систематики и эволюции

1) Сложный и многогранный вопрос происхожднения цветка и цветковых растений обсуждают в дискуссионной статье R. Bateman и P. Rudall ( http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/...ract/57/13/3471 ( http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/57/13/3471 ) )

2) Вышло сразу несколько работ по макросистематике и филогении грибов: низших базидиомицетов ( http://www.springerlink.com/content/r400614816r7155x/ ( http://www.springerlink.com/content/r400614816r7155x/ ) ), базидиомицетов в целом ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...d79e1b48021c34a ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WNH-4KYF1WN-2/2/1e94bb43c9c055226d79e1b48021c34a ) ), сордариевых аскомицетов ( http://www.springerlink.com/content/u185m0p14p42m480/ ( http://www.springerlink.com/content/u185m0p14p42m480/ ) ), леканоровых -- крупнейшей группы лихенизированных аскомицетов, "лишайников" ( Phylogenetic comparison of protein-coding versus ribosomal RNA-coding sequence data: A case study of the Lecanoromycetes (Ascomycota) / http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ( http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ) )*. В колонке новостей уже появлялась информация об обзорной статье Nature по филогении грибов в целом. BMC Evol Biol. поместил аналогичною статью, построенную на основе анализа полных геномов ( http://www.biomedcentral.com/1471-2148/6/99 ( http://www.biomedcentral.com/1471-2148/6/99 ) ). Наконец, появилось сообщение об обнаружении ископаемых гломеруломицетов в остатках риниофитов из раннего девона Шотландии ( http://www.springerlink.com/content/t56m33740301v41n/ ( http://www.springerlink.com/content/t56m33740301v41n/ ) )

3) Кажется, решен вопрос о таксономическом положении загадочного животного Xenoturbella bocki ( http://www.nature.com/nature/journal/v444/...ature05241.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v444/n7115/abs/nature05241.html ) ). По всей видимости, она относится к новому, четвертому типу вторичноротых животных (наряду с иглокожими, хордовыми и полухордовыми).

4) Анализ полных геномов на предмет выявления белков, связывающих железо, цинк, марганец и кобальт, позволил, в частности, предположить, что геномы до сих пор сохраняют информацию об относительном количестве этих металлов на древней Земле ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0605798103v1 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0605798103v1 ) )

5) Свежий взгляд на эволюционную историю одной из самых примитивных групп растений -- маршанциевых опубликован в Bryologist ( http://www.bioone.org/perlserv/?request=ge...OT%5D2.0.CO%3B2 ( http://www.bioone.org/perlserv/?request=get-abstract&doi=10.1639%2F0007-2745(2006)109%5B303%3AUTEHOT%5D2.0.CO%3B2 ) )

6) Очень интересную статью, посвященную эволюции насекомоядности в пределах порядка гвоздичноцветных (где сосредоточена значительная часть насекомоядных) опубликовали немецкие авторы ( http://www.thieme-connect.com/ejournals/ab...5/s-2006-924460 ( http://www.thieme-connect.com/ejournals/abstract/plantbiology/doi/10.1055/s-2006-924460 ) ) Для меня в свете наших исследований поведения росянки ( http://herba.msu.ru/shipunov/author/volkova_shipunov2005.pdf ( http://herba.msu.ru/shipunov/author/volkova_shipunov2005.pdf ) ) очень важно то, что росянки стоят наиболее близко к гипотетическим "предкам-липучкам" всей насекомоядной клады гвоздичноцветных.

7) Микотрофные бесхлорофилльные однодольные -- одна из наиболее трудных для молекулярного анализа групп цветковых растений. Авторы работы, посвященной филогении Burmanniaceae s.l., настаивают на полифилетичности семейства ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/11/1684 ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/11/1684 ) ).

8) M. Luwdig на основе анализа гидрогеназ высказал предположение ( http://www.springerlink.com/content/j77l04122n111847/ ( http://www.springerlink.com/content/j77l04122n111847/ ) ), что предками цианобактерий были зеленые несерные бактерии (Chloroflexi).

9) Несколько улучшила состояние молекулярной систематики протистов новая работа Th. Cavalier-Smith с соавторами ( Global eukaryote phylogeny: combined small- and large-subunit ribosomal DNA trees support monophyly of Rhizaria, Retaria and Excavata / http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ( http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903 ) )*. В частности, едва ли не впервые найдена поддержка для Excavata -- группы, объединяющей амитохондриальных жгутиконосцев типа лямблии, эвгленовых с кинетопластидами и так тазываемых якобид.

10) Вышел номер Canadian Journal of Zoology, посвященный губкам ( http://pubs.nrc-cnrc.gc.ca/cgi-bin/rp/rp2_...?cjz_cjz2-06_84 ( http://pubs.nrc-cnrc.gc.ca/cgi-bin/rp/rp2_tocs_e?cjz_cjz2-06_84 ) )

11) Важный шаг вреред на пути построения новой системы кольчатых червей сделан в публикации журнала Cladist ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...31.2006.00128.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1096-0031.2006.00128.x ) ), хотя лишь чуть более половины узлов опубликованного дерева имеют значимую поддержку.

12) Несколько неидентифицированных групп очень высокого ранга постоянно появляются в "environmental sequences" эукариот из анаэробных местообитаний (см., например, http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...41.2006.00171.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1574-6941.2006.00171.x ) ). "Marine Alveolate I", по-видимому, представляют собой паразитов, близких известным паразитическим динофлагеллятам. Видна еще довольно большая группа, близкая к эвгленовым (в широком смысле), но что это такое, покуда совершенно неясно.

13) "Не трогайте голубей!" -- призывают нас авторы статьи из Appl. Envir. Microbiol. ( http://aem.asm.org/cgi/content/abstract/71/6/3153 ( http://aem.asm.org/cgi/content/abstract/71/6/3153 ) ). Да, микроспоридиоз может быть очень неприятной штукой. Кстати, некоторые из безумных и загадочных микроспоридий, оказывается, имеют обратный "нормальному" порядок расположения субъединиц в rDNA ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...08.2006.00149.x ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2006.00149.x ) )!

---
* Такая странная ссылка, потому что sciencedirect не дает прямых ссылок на те статьи из "Articles in Press", которые представлены лишь PDF-файлами ("Accepted Manuscript")



daniil naumoff 05.12.2006 12:27
(plantago @ 04.12.2006 13:19)
Ссылка на исходное сообщение  Новости систематики и эволюции

3) Кажется, решен вопрос о таксономическом положении загадочного животного Xenoturbella bocki ( http://www.nature.com/nature/journal/v444/...ature05241.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v444/n7115/abs/nature05241.html ) ). По всей видимости, она относится к новому, четвертому типу вторичноротых животных (наряду с иглокожими, хордовыми и полухордовыми).


Возможно, что я уже забыл всю зоологию, но разве вторичноротых только 3 типа? А брахиоподы и погонофоры разве не вторичноротые???

(plantago @ 04.12.2006 13:19)
Ссылка на исходное сообщение  Новости систематики и эволюции

4) Анализ полных геномов на предмет выявления белков, связывающих железо, цинк, марганец и кобальт, позволил, в частности, предположить, что геномы до сих пор сохраняют информацию об относительном количестве этих металлов на древней Земле ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0605798103v1 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0605798103v1 ) )


А есть основания полагать, что содержание йонов металлов в земной коре существенно изменилось? Куда они делись с тех пор или откуда взялись? я несколько озадачен...



Kovalevsky 05.12.2006 13:02
(daniil_naumoff @ 05.12.2006 10:27)
Ссылка на исходное сообщение  Возможно, что я уже забыл всю зоологию, но разве вторичноротых только 3 типа? А брахиоподы и погонофоры разве не вторичноротые???


Погонофор сейчас сближают с аннелидами - или в составе одного типа, или как два близких типа. Брахиоподы вроде бы особо с вторичноротыми и раньше не сближались. Есть, правда, еще щетинкоротые, которых, например в Догеле, относили к вторичноротым, но сейчас их помещают где-то около этого самого разветвления первично-вторичноротые (кстати, сравнительно недавно было несколько статей по филогении щетинкоротых, или хетогнат, в Nature - авторы сходятся во мнении, что щетинкоротые ближе к первичноротым, но при этом эмбриональное развитие у них идет по типу вторичноротых)



plantago 06.12.2006 05:05
(Kovalevsky @ 05.12.2006 02:02)
Ссылка на исходное сообщение  Погонофор сейчас сближают с аннелидами - или в составе одного типа, или как два близких типа.

Если бы типа... Отряд полихет!
сравнительно недавно было несколько статей по филогении щетинкоротых, или хетогнат, в Nature

Это Telford (2004)? Не так и недавно, к тому же это обзор двух других работ.



plantago 06.12.2006 05:06
(daniil_naumoff @ 05.12.2006 01:27)
Ссылка на исходное сообщение
А есть основания полагать, что содержание йонов металлов в земной коре существенно изменилось? Куда они делись с тех пор или откуда взялись? я несколько озадачен...

Речь, конечно же, идет о _доступных_ для живых организмов металлах.



Kovalevsky 06.12.2006 10:28
2 plantago:

Да, что-то я поспешил. Мне казалось, что комментарий о Chaetognatha был опубликован в Nature в этом году, а ему уже 2 года!



daniil naumoff 06.12.2006 11:32
(plantago @ 06.12.2006 05:06)
Ссылка на исходное сообщение  Речь, конечно же, идет о _доступных_ для живых организмов металлах.


Доступных физически (по глубине нахождения от поверхности Земли) или химически (по характеру соединений в состав которых они входят)?



plantago 07.12.2006 01:20
Оба wink.gif



Juglans 07.12.2006 16:27
"Погонофор сейчас сближают с аннелидами - или в составе одного типа, или как два близких типа.

Если бы типа... Отряд полихет!"

Если бы отряд - семейство! tongue.gif

"А брахиоподы и погонофоры разве не вторичноротые???"

Нет, брахиоподы не вторичноротые - лофотрохозои.



:) 03.01.2007 13:42
как бы эту одинокую чуду Helacyton gartleri систематизнуть молекулярным методом ?



plantago 03.01.2007 14:56
Зачем? Результат известен заранее: = Homo sapiens
Этот "организм" в природе не существует, поэтому в данном случае присвоение латинского названия -- забава, а не наука.



Kovalevsky 16.01.2007 13:46
Сегодня прочитал на news@nature.com:
Анализ последовательностей митохондриальной ДНК, проведенный Davis et al., сближает раффлезиевые с молочайными. В связи с этим интересно быстрое увеличение размеров цветка в предполагаемой линии, ведущей к раффлезиевым, - диаметр цветка вырос примерно в 73 раза за 46 млн лет.

news@nature.com ( http://www.nature.com/news/2007/070108/full/070108-10.html )

Публикация в Science Express ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1135260 )



plantago 16.01.2007 17:27
Не просто сближает -- они в этой статье выходят _изнутри_ молочайных, причем молочайных в узком смысле, т.е. фактически Euphorbioideae. Вообще, результат очень забавный, тем более что остальные клады Malpighiales у них нормально не разрешены.
Интересно теперь предположить по аналогии, что Cytinaceae/Apodanthaceae выходят изнутри Malvaceae, Cynomoriaceae -- изнутри Saxifragaceae, а Mitrastemonaceae -- из Ericaceae (все три-четыре семейства -- "unplaced" в соответствующих порядках). Морфология этому противоречит не более, чем выведению Rafflesiaceae из Euphorbiaceae ;-)
Еще навевает на грустные мысли о том, к каким ухищрениям приходится прибегать, чтобы популяризовать "чистую" науку...



mlog 20.02.2007 23:25
Если кто-то ещё не видел: китайские палеоботаники нашли новое домеловое покрытосеменное. Точнее, как они осторожно выражаются после неудачи с Archaefructus, не покрытосеменное, а "растение, обладающее рядом черт покрытосеменных". Статья имеет броское название "Schmeissneria: A missing link to angiosperms?" (Wang et al., 2007), однако по мнению отечественного палеонтолога К. Ю. Еськова растение, описанное в статье, представляет собой проангиосперм (по Красилову, проангиоспермы -- формы, не достигшие эволюционного уровня цветковых растений по совокупности признаков, но развивавшиеся в том же направлении и по отдельным категориям признаков вплотную приблизившиеся к этому уровню).
Полный текст статьи доступен по адресу: http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/14 ( http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/14 )



phlomis 21.02.2007 11:55
Прикреплённое изображениеХи-хи... tongue.gif
Sp.Pl., 1753



plantago 22.02.2007 11:53
И в чем же здесь прикол? В том, что Баугин называл печеночницу Trifolium hepaticum etc.?



phlomis 23.02.2007 09:06
redface.gif Это я никак не освоюсь с многостраничными форумами. shuffle.gif
Комментарий был к сообщению от 03.07.2006 09:07 [Anemone s.l. какие еще роды включает?] -- "Вроде больше никаких".



gostya_ 04.04.2007 19:01
COVER A bloom of Rafflesia tuan-mudae from western Borneo. Rafflesiaceae species produce the world's largest flowers, with blooms up to 1 meter in diameter. Molecular evidence described on page 1812 shows that these enigmatic parasites are members of the spurge family, Euphorbiaceae, hence the enormous flowers of Rafflesiaceae most likely arose from tiny-flowered ancestors. Photo: © Ch'ien Lee

user posted image



plantago 27.04.2007 12:32
К сожалению, нет времени постить новости систематики и эволюции. А новостей _много_. Мимо этой пройти не могу:
Вышел в свет номер журнала "Mycologia", целиком посвященный филогении и классификации грибов. Включены практически все крупные группы, изменено большинство классификаций, которые, скорее всего, войдйт в следующее издание "Dictionary of fungi". Авторы не поленились даже проиллюстрировать издание цветными фотографиями представителей многих обсуждаемых групп.
Ссылка на номер журнала: http://www.mycologia.org/content/vol98/issue6/ ( http://www.mycologia.org/content/vol98/issue6/ )



Roman AS 28.04.2007 14:09
plantago, а в Вашем архиве этих статей нет?



plantago 29.04.2007 06:38
Есть (одним файлом).



Kovalevsky 14.05.2007 14:40
Прикреплённое изображениеНа прошлой неделе появились сообщения о начале нового проекта, целью которого является каталогизация всех видов организмов, населяющих нашу планету - Encyclopedia of Life. Данный проект ставит перед собой весьма амбициозные цели - создать не просто список видов, а некое подобие мультимедиальной интернет-энциклопедии, которая будет включать описания видов, их изображения, а также другую информацию, в том числе аудио- и видео-материалы. Инициаторами создания новой Энциклопедии выступили такие известные организации, как Smithsonian Institution, Field Museum, Harvard University, Marine Biological Laboratory, Biodiversity Heritage Library и Missouri Botanical Garden. Encyclopedia of Life - не первый проект подобного рода (достаточно назвать такие базы данных, как Tree of Life, Catalogue of Life и Species 2000). Остается пожелать организаторам успеха и надеяться, что их новое начинание будет доведено до конца в разумные сроки.

Веб-страница ( http://www.eol.org ) новой энциклопедии

Новость на news@nature.com ( http://www.nature.com/news/2007/070508/full/070508-7.html )

Прикреплённое изображение



Echinosor 14.05.2007 18:04
Типичная фишка в стиле Web 2.0... tongue.gif Видео - с YouTube, тексты в стеле Википедии. Только если ресурс серьёзный, то как это будет сочетаться со свободой? А если редактируется общими усилиями - то как это будет выглядеть с точки зрения достоверности?
В общем, если проект завершиться успешно, то кончиться всё ежегодными выпусками DVD энциклопедии в стиле Кирилла&Мефодия. А в результате те, кто писал статьи, но $ не получил (или посчитал, что мало дали пока не догнали), уйдут. Ресурс просядет, подёргается и... уплывёт в лапки Британики, Энкарты от MS или ещё кого-нибудь, кто стартапы скупает.
Лично у меня - сомнений не вызывает.



plantago 15.05.2007 00:57
Почитайте TAXACOM -- там уже неделю идет дискуссия на эту тему.



Juglans 16.11.2007 02:38
БИОЛОГИЯ МОРЯ, 2007, том 33, № 5
В этом номере вышли три интересные статьи:

Панбиогеография: возникновение, развитие и упадок
Джон К. Бриггс
E-mail: clingfishes@yahoo.com
С высоты 2007 г. можно проследить историю интересного и достаточно спорного направления в биогеографии и эволюционной теории, в основе которого лежит концепция панбиогеографии Леона Круаза (Léon Croizat), выдвинутая в 1958 г. После почти 16-летнего периода стагнации некоторые молодые биологи в Нью-Йорке и Новой Зеландии прочитали книги Л. Круаза и стали его восторженными последователями. В Нью-Йорке, в начале 1970-х, панбиогеография была дополнена некоторыми концепциями филогенетического метода Хённига и таким образом дала начало викариантной биогеографии. C 1986 г. это последнее направление стали называть "кладистической биогеографией". Между тем последователи учения в Новой Зеландии стремились к тому, чтобы сохранить панбиогеографию в ее оригинальной форме, без какого-либо отношения к филогении. Это движение, достигнув пика популярности в 1989-1990 гг., с одной стороны, постепенно пошло на спад. С другой стороны, кладистическая биогеография получила более широкое распространение, особенно тогда, когда ее последователи стали публиковать хвалебные книги и статьи. Популярность кладистической биогеографии начала заметно снижаться в конце 20-го века, так как дальнейшее распространение этой концепции стало встречать все большее сопротивление. Однако она сыграла важную роль в привлечении внимания молодых биологов к проблемам биогеографии.

Пересмотр систематики водорослей порядка Laminariales (Phaeophyta) из дальневосточных морей России на основании молекулярно-генетических данных
О. Н. Селиванова1, Г. Г. Жигадлова1, Г. И. Хэнсен2
1Камчатский филиал Тихоокеанского института географии ДВО РАН, Петропавловск-Камчатский 683000;
2Орегонский государственный университет, Ньюпорт, Орегон, США
E-mail: oselivanova@mail.ru; Hansen.Gayle@epamail.epa.gov
Приведены литературные данные по изменениям в систематике водорослей порядка Laminariales (Phaeophyta) на основании молекулярно-генетических исследований. В результате проведенной недавно таксономической ревизии пересмотрен объем и статус традиционно входящих в порядок семейств: некоторые из них перенесены в порядок Tilopteridales, в пределах порядка Laminariales описано новое семейство Costariaceae, проведено разделение рода Laminaria и восстановление рода Saccharina на основе генетических исследований (Lane et al., 2006). Эти нововведения потребовали пересмотра систематики ламинариевых из дальневосточных морей России. Полученные нами результаты генетического анализа привели к переводу двух видов рода Laminaria и 12 внутривидовых таксонов (11 форм и один подвид) в род Saccharina. Предложены новые номенклатурные комбинации: Saccharina bongardiana, comb. nov. (включая 4 формы: f. bifurcata, f. subsessilis, f. subsimplex, f. taeniata) и Saccharina gurjanovae, comb. nov., включая форму f. lanciformis. Предложены также новые номенклатурные комбинации для внутривидовых таксонов ряда видов Laminaria (L. angustata, L. cichorioides, L. japonica), уже переведенных в род Saccharina (см.: Lane et al., 2006): S. angustata subsp. sibirica, comb. nov.; 4 новых комбинации предложены для форм S. cichorioides: f. coriacea, f. sachalinensis, f. sikotanensis, f. sinuicola, а также 2 новые комбинации для форм S. japonica: f. diabolica, f. longipes. Обсуждается таксономический статус остальных известных ламинариевых водорослей российского Дальнего Востока, которые достоверно представлены шестью семействами из восьми известных, входящих в настоящее время в Laminariales (Chordaceae, Pseudochordaceae, Alariaceae, Arthrothamnaceae, Laminariacea, Costariaceae).

К вопросу о происхождении Pogonophora
О. М. Иванова-Казас
E-mail: kazas@online.ru
В статье рассматривается ряд эмбриологических признаков, свидетельствующих о невозможности происхождения Pogonophora от Polychaeta и об их близком родстве с Deuterostomia. Это: 1) следы спирального дробления, резко отличающегося от такового полихет по проспективнему значению бластомеров; 2) энтероцельное образование мезодермы; 3) личинка, больше всего похожая на только что завершившего метаморфоз Balanoglossus, хоботку, воротничку и туловищному отделу которых соответствуют (и гомологичны) прото-, мезо- и метасома личинки, а телосома может рассматриваться как филогенетически поздно возникший орган, служащий для вбуравливания в грунт; 4) у личинок Siboglinum образуется транзиторный рот, расположенный, как и у Enteropneusta, между прото- и мезосомой, очень далеко от заднего конца, где находился замкнувшийся бластопор, так что его можно считать вторичным ртом; 5) асимметричное развитие передней пары целомов у Pogonophora, Echinodermata и Amphioxus позволяет установить гомологии между развивающимися из этих целомов органами.



plantago 16.11.2007 03:02
(Juglans @ 15.11.2007 16:38)
Ссылка на исходное сообщениеБИОЛОГИЯ МОРЯ, 2007, том 33, № 5
К вопросу о происхождении Pogonophora
О. М. Иванова-Казас
E-mail: kazas@online.ru
В статье рассматривается ряд эмбриологических признаков, свидетельствующих о невозможности происхождения Pogonophora от Polychaeta и об их близком родстве с Deuterostomia...

Нет ли возможности посмотреть на саму статью? Как автор предлагает решать возникший конфликт между разными типами данных?



Juglans 16.11.2007 15:18
Статью пришлю. Автор ничего не предлагает, а лишь отстаивает свою точку зрения (собственного говоря, как и почти все другие авторы).



plantago 05.12.2007 04:03
Новости систематики и эволюции
1) В PNAS вышло сразу две статьи, посвященные филогении цветковых растений. Обе основаны на результатах работ по секвенированию хлоропластных геномов. Никаких "супер"-находок нет, но видно, что работа идет.
Ссылки:
http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/104/49/19363 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/104/49/19363 )
http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/104/49/19369 ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/104/49/19369 )
2) Вышел новый номер журнала "TAXON', в котором много интересного: новые филогенетические деревья для папоротников (отсеквенирновано 400 видов), новое филогенетическое "место" для паразитического семейства цветковых Cytinaceae, анализ разнообразия рода Salicornia, статья о западноевропейских Dactylorhiza и многое другое.
Ссылка:
http://ingentaconnect.com/content/iapt/tax...000056/00000004 ( http://ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2007/00000056/00000004 )



plantago 19.01.2008 10:36
Новости систематики и эволюции
Готовится к печати (но статьи уже на сайте в First Cite) номер журнала "Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences", целиком посвященный эволюции и систематике царства Животные:
Discussion Meeting Issue ‘Evolution of the animals: a Linnean tercentenary celebration’ organized by Maximilian J. Telford and D. Timothy J. Littlewood

Ссылка на заглавную статью:

Journal Title - Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences
Article Title - The evolution of the animals: introduction to a Linnean tercentenary celebration
Author - Maximilian J. Telford, D. Timothy J. Littlewood
DOI - 10.1098/rstb.2007.2231
Link - http://journals.royalsociety.org/content/x2231u74q8167431 ( http://journals.royalsociety.org/content/x2231u74q8167431 )

user posted image



plantago 26.01.2008 06:34
Новости систематики и эволюции
Вышел номер журнала "Zootaxa", посвященный юбилею Линнея и заодно систематике различных групп животных -- http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html ( http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html )

Большинство статей -- в свободном доступе.

user posted image



Juglans 19.02.2008 15:31
(plantago @ 26.01.2008 13:34)
Ссылка на исходное сообщение  Новости систематики и эволюции
Вышел номер журнала "Zootaxa", посвященный юбилею Линнея и заодно систематике различных групп животных -- http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html ( http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html )

Большинство статей -- в свободном доступе.

user posted image

В этом выпуске любопытна статья Hodda о системе нематод. В ней тип разделен уже на 5 классов. Тенденция выделения нескольких классов у нематод довольно необычна на фоне других групп червей с более разнообразной морфологией. Невольно начинаешь задумываться об аннелидах, у которых сейчас все сводится в один класс полихет только потому, что альтернативой может быть выделения большего числа классов.



Kovalevsky 21.02.2008 16:37
Описание нового фотосинтетического представителя Альвеолят (Alveolata) -- группы, которая включает инфузорий, динофлагеллят и паразитических споровиков (Apicomplexa) -- опубликовано в сегодняшнем номере Nature ( http://www.nature.com/nature/journal/v451/n7181/abs/nature06635.html ). Новый вид, Chromera velia, выделенный авторами в отдельный тип Chromerida phyl. nov., интересен тем, что, по молекулярным данным, он стоит гораздо ближе к паразитическим Apicomplexa, чем к свободноживущим фотосинтетическим динофлагеллятам. Стоит напомнить, что в клетках многих паразитических споровиков (в том числе и малярийного плазмодия) также присутствуют сильно видоизмененные пластиды - апикопласты, указывающие на их происхождение от фотосинтезирующих предков. Уникальной общей чертой апикопластов и пластид Chromera является то, что кодон UGA, в нормальном генетическом коде являющийся терминирующим, в них кодирует триптофан.
Авторами предложена следующая схема эволюции споровиков и динофлагеллят, которая предполагает что содержащие перидинин пластиды динофлагеллят, апикопласты споровиков и пластиды Chromera имеют общее происхождение.
Прикреплённое изображение




grumbler 21.02.2008 22:22
Очень интересно. Эх, еще бы fulltext, если возможно...



Kovalevsky 21.02.2008 22:40
Пожалуйста



Файл/ы:

Скачать файл alv.pdf
Размер:: 733.99к
кол-во скачиваний: 448




lesha74 22.02.2008 03:19
(plantago @ 26.01.2008 03:34)
Ссылка на исходное сообщение  Новости систематики и эволюции
Вышел номер журнала "Zootaxa", посвященный юбилею Линнея и заодно систематике различных групп животных -- http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html ( http://www.mapress.com/zootaxa/list/2007/Linnaeus.html )

Большинство статей -- в свободном доступе.

user posted image

Вы не подскажете, есть ли где-то среди этих статей, и если есть то среди каких, данные (археологические или молекулярные) о первых появлениях каких-либо типов, либо надтипов, либо классов?



plantago 22.02.2008 06:38
Я думаю, Вам стоИт скачать эти статьи и посмотреть. Возможно, Вас также заинтересуют статьи из недавней "Hydrobiologia" -- http://www.springerlink.com/content/l2880l521787/ ( http://www.springerlink.com/content/l2880l521787/ )



grumbler 22.02.2008 09:38
Большое спасибо! smile.gif



lesha74 23.02.2008 03:49
(plantago)
Хороший обзор по проблеме происхождения эукариот опубликован в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7084/abs/nature04546.html).

Не скажете, нет ли там данных о времени появления (либо по археологическим, либо по молекулярным данным) тех или иных типов или надтипов или классов? Если есть, то не выложите статью на форуме?



plantago 23.02.2008 08:31
Написал Вам личное сообщение.



Juglans 23.02.2008 09:18
Описание нового фотосинтетического представителя Альвеолят (Alveolata) -- группы, которая включает инфузорий, динофлагеллят и паразитических споровиков (Apicomplexa) -- опубликовано в сегодняшнем номере Nature.

Замечу, что данная схема – хорошая иллюстрация того, что "экономные модели" эволюции не поддерживаются молекулярными данными (посмотрите на число гомоплазий).



plantago 05.03.2008 22:14
В интернете появилась «Энциклопедия жизни»
user posted image
26 февраля в интернет были выложены первые страницы «Энциклопедии жизни» ( http://eol.org ( http://eol.org ) ) — крупномасштабного проекта, вдохновленного выдающимся американским энтомологом и социобиологом Эдвардом Уилсоном. Согласно замыслу, новая интернет-энциклопедия должна включить в себя основные сведения обо всех известных науке видах живых организмов (которых насчитывается уже почти 2 млн). Предполагается, что энциклопедия будет непрерывно обновляться. Руководители проекта надеются, что сумеют привлечь для работы над энциклопедией тысячи квалифицированных специалистов и найти средства для ее дальнейшего развития. Если этот проект удастся осуществить в задуманном объеме, «Энциклопедия жизни» станет главным сетевым источником информации о разнообразии жизни на Земле для биологов и для всех, кто в этой информации заинтересован. Доступ к энциклопедии будет полностью открытым.
(Из статьи П.Н.Петрова с сайта "Элементы" -- http://elementy.ru/news/430687 ( http://elementy.ru/news/430687 ))
===
От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г.



taniusha 06.03.2008 14:11
Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?



Juglans 06.03.2008 14:14
Вообще этот проект уже "посорил" некоторых коллег.



taniusha 06.03.2008 14:22
"поссорил"? А почему?



plantago 06.03.2008 17:55
(taniusha @ 06.03.2008 03:11)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

Спасибо! Для этого надо знать английский и русский wink.gif и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу?



plantago 06.03.2008 17:56
(Juglans @ 06.03.2008 03:14)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще этот проект уже "посорил"  некоторых коллег.

Что же произошло? Очень любопытно узнать.



Guest 07.03.2008 14:45
(plantago @ 06.03.2008 16:55)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо! Для этого надо знать английский и русский wink.gif и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу?

Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь wink.gif



taniusha 07.03.2008 14:47
Извините, забыла авторизоваться. Предыдущий пост - это мой



plantago 07.03.2008 18:18
(Guest @ 07.03.2008 03:45)
Ссылка на исходное сообщение  Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь  wink.gif

Разумеется, подходит. Кстати, коллеги очень обрадовались, что есть желающие переводить. Кого бы еще найти с украинским (и может быть, белорусским и казахским) языками?



Juglans 07.03.2008 18:49
plantago
В моем случае американцы прохладно отнеслись к Tree of Life, а европейцы в отместку прохладно отнеслись к американскому проекту.



plantago 07.03.2008 23:34
Не понял. Tree of Live (AToL) или Encyclopedia of Life (EoL)? К тому же оба проекта -- американские...



Juglans 08.03.2008 10:14
Я честно говоря уже и не помню (у меня разболелась голова от их взаимных упреков). Но есть и Tree of Life (правда, он также американский). Однако главный спор был по поводу создания банка ДНК (каждый хочет, чтобы это было в его стране).

Вообще я скептически отношусь к таким проектам, поскольку масштабного финансирования ожидать не стоит, энтузиастов мало. Был свидетелем того, как специалист поручил составить базу по родам и видам своих postgraduates . Я бы не отказался проверить их список, но мне не предложили. В итоге там ТАК много опечаток и ошибок, что просто жуть. И все это висит уже 4 года, ни у кого нет времени исправлять (т.к. закончились деньги на этот проект). Но даже если выделят много денег, то на них могут "слететься" не слишком сведущие, но бойкие специалисты.



plantago 08.03.2008 11:03
Денег довольно много, даже по американским стандартам. Это пока. А про ДНК -- это не к нам.



plantago 08.03.2008 11:47
(taniusha @ 06.03.2008 03:11)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц?

В общем, вот те файлы, которые нужно перевести. Один для русского, другой для украинского (ежели будут добровольцы). Там сейчас французский, его надо заменить на русский или украинский.
Вот небольшая инфа от Peter Mangiafico:
===
Attached is the translation file for the bits of the EOL that can be
translated. There isn't a nice web interface to do the translations
at the moment, so a text editor is required. The file format looks
like this:

#comment
key: phrase to be translated

Instructions:

1. The formatting of the file is one phrase per file, with a
translated phrase and a "key" that is used in the code to refer to
that phrase.
2. Comments are denoted with "#" at the start of the line.
3. The key is always first on each line followed by a colon. The
phrase follows the colon. Keys shouldn't be changed of course.
4. The key is usually the same as the phrase that needs to be
translated, in lowered case with underscores instead of spaces, except
when the phrase is quite long. In that case, the key has been
shortened and the phrase to be translated is shown *above* the key in
a comment.
5. Some phrases have special brackets in them {like this}. Please
leave those brackets and the text inside them *as is* in your
translations and just move them to the correct place. The text
between the brackets is replaced dynamically by the code (if they text
inside the brackets also needs to be translated, it will have it's own
key elsewhere).
6. In some cases, it's important that the translation is not longer
than the english (for example, text in the menu structure). These
special cases are denoted at the top of the file.
7. Please don't add extra characters and use a normal text editor only.

Attached are files for German (de.yml), Russian (ru.yml), and
Ukrainian (uk.yml). Just change the translations from French to that
language! Also, if you can supply the text for your language for the
language selection menu that would be good (e.g. the menu that says
"English - EN, Francais - FR, Deutch - DE" etc.) We won't worry about
text in images for now...
===
Я только поменял название украинского файла на более правильное "ua.yml", и положил каждый в zip-архив, чтобы движок форума не возражал.



Файл/ы:

Скачать файл ru.zip
Размер:: 5.18к
кол-во скачиваний: 215



Скачать файл ua.zip
Размер:: 5.18к
кол-во скачиваний: 190




Juglans 12.03.2008 13:32
Две интересные статьи о крапивных . Профессиональные ботаники с ними знакомы, но не все на форуме имеют доступ к Ботаническому журналу:

Бот. журнал. 2007 (1). Т. И. Кравцова. СИСТЕМА СЕМЕЙСТВА URTICACEAE
Проведенное сравнительно-карпологическое исследование представителей 44 родов сем. Urticaсеае выявило ряд новых, важных для систематики семейства морфолого-анатомических признаков плода — анатомических признаков перикарпия, семенной кожуры и дополнительного покрова плода, особенностей строения гинецея, вариаций числа и типа плодов, заключенных в обертку, наличия или отсутствия специфических типов плода и семени. Разработана классификация таксономически значимых карпологических структур. Результаты исследования в основном согласуются с системой семейства Weddell (1854 и др.), его делением на трибы, однако свидетельствуют о необходимости переноса родов Hemistylus и Rousselia из трибы Parietarieae в трибу Boehmerieae и исключения из трибы Boehmerieae рода Touchardia. Они подтверждают также предполагаемое Friis (1989, 1993) на основе анализа комплекса морфологических и биохимических признаков близкое родство триб Boehmerieae, Forsskaoleae и Parietarieae. Предложен новый вариант системы семейства, основанный на совокупности всех традиционно используемых признаков и впервые выявленных нами карпологических признаков. Она включает впервые установленные 3 подсемейства Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae и 5 триб, из которых одна (триба Touchardieae) описана нами впервые. В трибе Boehmerieae впервые описаны подтрибы Boehmeriinae и Myriocarpinae. Всем надродовым таксонам присущ специфический комплекс карпологических признаков.


Бот. журнал. 2007 (5). Т. И. Кравцова, А. А. Оскольский КЛАДИСТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СЕМЕЙСТВ URTICACEAE, CECROPIACEAE И MORACEAE
НА ОСНОВЕ КАРПОЛОГИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ
Для выяснения филогенетических отношений 55 родов из трех близких семейств Cecropiaceae, Moraceae и Urticaceae предпринят их кладистический анализ по 79 признакам плода, семени и пестичного цветка. Большинство признаков относится к структуре перикарпия и семенной кожуры. На полученной кладограмме представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу, представляющую собой политомию из 4 ветвей: 1) Dorstenia; 2) Ficus; 3) субклады, объединяющей 4 рода трибы Moreae (Morus, Broussonetia, Chlorophora и Madura); и 4) крупной субклады, включающей Urticaceae и Cecropiaceae. Полученные результаты показывают парафилию Moraceae. Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство. В составе Urticaceae + Cecropiaceae выделяются субклады, полностью или частично согласующиеся с трибами сем. Urticaceae (Weddell, 1856—1857, 1869) и подсемействами Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae (Кравцова, 2007); подтверждена возможность переноса родов Hemistylus и Rousselia из Parietarieae в Boehmerieae (Кравцова, 2007). Рассмотрен семофилез некоторых карпологических признаков. Показано, что билатерально симметричные плоды вторичны по отношению к плодам асимметричным. Крыло плода, образованное перикарпием, возникало в исследуемых родах редко, в сем. Ulmaceae (Ulmus) и в некоторых линиях развития Urticaceae. Крыло плода из околоцветника сформировалось в разных линиях развития Urticaceae, а крыло из брактей — у представителей подсем. Boehmerioideae. Отмечена тенденция к уменьшению числа слоев перикарпия от 9 и более до 4 и 3, связанная с уменьшением величины плода. Обнаружено, что слизевые клетки в перикарпии появлялись независимо в разных кладах; среди Urticaceae + Cecropiaceae прослеживается тенденция к увеличению их количества в экзокарпии. Появление слизевых клеток в мезокарпии некоторых Moraceae (Broussonetia, Morus, Chlorophora), а также у Dendrocnide, Urera и Poikilospermum сопряжено с формированием у них сочных плодов. Показано, что перфорированная семенная кожура независимо появляется и исчезает во многих кладах, что не подтверждает мнение Т. Takaso и Н. Tobe (1990) о том, что она представляет собой общую архаичную черту всех Urticales.


Хотел бы остановиться на последней статье. Не совсем понятно, почему авторы выбрали WinClada: эвреститческий анализ делает и PAUP, причем при большом числе признаков и видов он может найти более экономные деревья. Я бы понял, если бы авторы использовали главную "фишку" винклады – ratchet-анализ, но они его не используют. Авторы пишут " представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу". Однако Внешним в WinClada может быть только один таксон (в данном анализе это Zelkova) – уже Ulmus оказывается "внутренним" и не имеет большого влияния на определение полярности состояний. В PAUP можно было бы оба рода ильмовых использовать как внешние группы, что, вероятно, могло бы привести к выделению не 4 линий. Вообще тестирование кладограмм на устойчивость через замену внешних групп (хотя бы) – это то, чего не хватает многим исследованиям. Изменение топологии кладограммы может привести и к иной трактовке отдельных семофилезов.



plantago 12.03.2008 22:07
(Juglans @ 12.03.2008 02:32)
Ссылка на исходное сообщение Не совсем понятно, почему авторы выбрали WinClada

Спросите у автора (Asafich)



plantago 12.03.2008 22:16
(Juglans @ 12.03.2008 02:32)
Ссылка на исходное сообщение ....Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство.

В принципе, все это уже показано Sytsma et al., 2002: http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/89/9/1531 ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/89/9/1531 )
Разумеется, морфологическая поддержка очень полезна.



Juglans 13.03.2008 13:33
plantago
Дело не в морфологической поддержке, а в семофилезах. WinClada имеет более удобный интерфейс, чем PAUP для Windows, дает более наглядные схемы изменения признаков.



Asafich 13.03.2008 14:42
Скажу честно: WinClada была выбрана лишь потому, что на тот момент у меня не было возможности освоить PAUP. Вообще, это мой первый опыт кладистического анализа крупного массива морфологических данных и, скорее всего, последний: мне это дело очень не понравилось. И самое главная проблема тут - вовсе не алгоритмы обсчёта, а подготовка морфологических данных. По уму, тут ведь надо быть уверенным в сравнимости (т.е. в корректной гомологизации) структур у всех изучаемых видов, а в карпологии с этим плохо (терминология у них сугубо описательная). Из анализа, например, были исключены Moraceae с крупными семенами: мы с Таней Кравцовой (специалистом по Urticales и по карпологии) так и не придумали, как сравнивать их с прочими таксонами. Я даже удивляюсь, что на выходе получилось что-то осмысленное.

Что касается внешних групп, то я пробовал менять местами Zelkova и Ulmus - к существенным изменениям дерева это не приводило.



Juglans 13.03.2008 16:20
Asafich
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно. Удивительно то, что вы построили такое неплохое древо только на карпологических признаках.
У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка. В PAUPе это возможно. К чему я это пишу? Вы бы могли ввести ancestor с одним единственным заданным состоянием "перфорированная семенная кожура" и проверить, насколько трактовка японских авторов изменит топологию кладограммы.

П.С. Думающий морфолог не может быть доволен компьютерными кладограммами априорно. smile.gif Но, увы, "с волками жить ..." - свои идеи приходится втолковывать и таким способом.



Asafich 13.03.2008 19:48
Juglans
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно.

Там хватает ляпов, но я очень старался smile.gif

У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка.

Разве? Насколько я понимаю, первый таксон в матрице данных автоматически принимается в ней за внешнюю группу.



lesha74 14.03.2008 03:57
Друзья!
Подскажите, пожалуйста, в какой таблице брать "правильные" данные о происхождении ряда таксонов из статьи "Fossils and phylogenies: integrating multiple lines of evidence to investigate the origin of early major metazoan lineages" (в прикрепленном файле).
Собираю данные о происхождении всех типов и более крупных таксонов. Вроде, в этой статье некоторые из этих данных приведены в двух таблицах (см. прикрепленные файлы с таблицами из этой статьи). К сожалению, я не биолог и не соображу с используемыми в них обозначениями.
Так в таблице 1 приведена сначала "таксономическая единица" "Porifera, Silicea" (т.е. две в одной), а потом - таксономическая единица "Porifera". Как это понять? Что означает колонка Stem/crown и, соответственною, что означают приведенные там времена? А в таблице 2 какую колонку следует взять в качестве времени возникновения соответствующей таксономической единицы?
Заранее спасибо, Алексей.



Картинки:
Прикреплённое изображение Прикреплённое изображение

Файл/ы:

Cartwright_2007._Fossils_and_phylogenies__integrating_multiple_lines_of_evidence_to_investigate_the_origin_of_early_major_metazoan_lineages.pdf
Размер:: 113.67к
кол-во скачиваний: 4




Juglans 14.03.2008 07:29
Asafich
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи



Asafich 14.03.2008 18:38
Juglans
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи

Тогда я не понимаю, каков операциональный КЛАДИСТИЧЕСКИЙ смысл понятия "гипотетический предок". Объясните, пожалуйста.



Kovalevsky 15.03.2008 01:16
(plantago @ 05.03.2008 20:14)
Ссылка на исходное сообщение 
===
От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г.


Украинский перевод у меня практически готов. Конечно, могут быть некоторые ляпы, так как без контекста не всегда можно подобрать оптимальный перевод, да и с падежами непонятно как будет, но файл могу переслать/вывесить на форум хоть сейчас



plantago 15.03.2008 01:42
Спасибо!!! Давайте.



Kovalevsky 15.03.2008 01:51
Выкладываю



Файл/ы:

ua1.zip
Размер:: 5.51к
кол-во скачиваний: 3




Juglans 15.03.2008 06:51
Asafich

В кладистике существует априорное и апостериорное установление полярности состояний. Первое свойственно классической (хенниговой) кладистике, а второе - компьютерной. Однако PAUP позволяет исследователю установить базальные состояния. Если исследователь имеет свои представления о полярности состояний, которые отличаются от того, что реализуется в кладограмме с привлечением только внешней группы, то он может также ввести в анализ и их. Это непопулярная операция, поскольку противоречит доктрине компьютерного кладизме о недопустимости интуитивных измышлений относительно трансформационных рядов. Но даже теоретики компьютерного кладизма вынуждены признать, что онтогенетический критерий установления апоморфности-плезоиморфности может быть рассмотрен как значимый, даже если он противоречит критерию "внешней группы".

В макинтошевской оболочке PAUP имеет очень удобный интерфейс, там ввод предковых состояний прост. Но в Windows нужно входить во внутрь "текста" и вводить предковые состояния таким образом:

begin assumptions;
ancstates ancestor(vector)= 0000???10??01?00000????00???????1?????;
end;

? означает, что полярность этого состояния Вам неизвестна, для всех остальных программа будет исходить из того, что данное состояние имеет базальное положение, даже если это идет в разрез с состоянием внешней группы. Замечу, что не все состояния внешней группы PAUP и Winclada берет как плезиоморфные, а только те, которые поддерживают наиболее экономную кладограмму. Вводя ancestor Вы "насильно" заставляете программу исходить из плезиоморфности указанных состояний.

Маленький нюанс: если Вы редактируете данные через Nexus Editor, то он автоматически удаляет предковые состояния, которые были введены через PAUP.

Ввод предковых состояний можно сочетать с вводом внешней группы, но можно обходиться и без последней. Это очень важно в тех случаях, когда невозможно указать приемлемую внешнюю группу. Вот, например, если анализировать отдел мхов в целом, то и харовые, и любые другие водоросли в качестве внешней группы не подойдут. Поиск экономной кладограммые без внешней группы может оказаться крайне неадекватным, но ввод даже нескольких предковых состояний (несомненных с точки зрения специалиста) может кардинально изменить ситуацию.



Asafich 15.03.2008 09:55
Juglans
Большое спасибо за разъяснения! Да, я не знал об этой возможности, надо будет попробовать поэкспериментировать (на этот раз - с Araliaceae). Правда, я пока (в том числе и в работе с Urticaceae) старательно избегал подобных приёмов, поскольку соблазн подгонки в этом случае становится почти непреодолимым smile.gif



Vladimir Matveev 31.03.2008 08:22
Виды животных, отвергнутых почему-то эволюцией:
http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/88/89.html ( http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/88/89.html )



grumbler 13.04.2008 15:04
Cтатья в Nature - Dunn et al. Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life:
http://www.nature.com/nature/journal/v452/...ature06614.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v452/n7188/abs/nature06614.html )
Странное какое-то дерево - гребневики в основании, а губки - сестринская группа книдарий.



Файл/ы:

Скачать файл nature06614.pdf
Размер:: 380.62к
кол-во скачиваний: 251




plantago 13.04.2008 23:47
Да, я тоже удивлен немного. Как-то не вяжется с Nature.



Juglans 16.04.2008 01:05
А что удивляться?! Помните, как "прыгал" трихоплакс - от билатерий, через книдарий и гребневиков к губкам. Все это алхимия...



plantago 16.04.2008 01:36
Ну, внизу там и вправду алхимия, по крайней мере, покуда до людей не дойдет, что ситуацию исправит лишь полная выборка таксонов (хотя бы до класса). Всего две губки на дереве из обсуждаемой статьи -- это позор.



Juglans 21.04.2008 06:47
Вышла новая книга Чайковского:

Активный связный мир. Опыт теории эволюции жизни.
Издательство: КМК, 2008 г.
Твердый переплет, 730 стр.

Книга основана на предыдущей книге автора (Наука о развитии жизни. М, КМК, 2006), но теперь изложение ведется на базе двух принципов - активности и сопряженности. Остальные закономерности эволюции (например, усложнение форм) выступают как их взаимодействие. Принципы общи для всех форм эволюции (от элементарных частиц до скоплений галактик), включая органическую и общественную жизнь, и известны давно. Однако в биологии их признанию 150 лет мешает та умозрительная идея, что на этом и только этом уровне над общими законами царит частный (отбор малых ненаправленных наследственных изменений). Его обнаружить в природе не удалось, и теорию надо строить без него.



plantago 14.05.2008 05:20
Новости систематики и эволюции
К сожалению, у меня нет возможности одновременно обновлять свою систему природы и постить сообщения на форум. Поэтому с июля 2007 года я перестал регулярно сообщать сюда о "новостях систематики и эволюции". Тем, кто хочет быть в курсе этих новостей:
1) Система организмов* обновляется раз в две-три недели. Разумеется, "новейшие достижения" отражаются в ней с авторской точки зрения. Можно также смотреть список изменений**
2) Список литературы*** обновляется еще чаще, где-то раз в полторы-две недели. Соответственно, можно найти все записи "2008" и "in press" и быть в курсе дела.
3) Он-лайн архив**** обновляется постоянно. Каждую папку можно отсортировать по времени и посмотреть новые поступления.
===
* http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.pdf ( http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.pdf )
** http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.chlog ( http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.chlog )
*** http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.bib ( http://herba.msu.ru/shipunov/os/current/synat.bib )
**** Для доступа к архиву просьба написать мне личное сообщение



Juglans 20.05.2008 01:33
plantago
А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия? Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia?
П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus.



plantago 20.05.2008 02:08
(Juglans @ 19.05.2008 17:33)
Ссылка на исходное сообщение  plantago
А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия?
Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia?
П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus.

Спасибо за замечания и указания на ошибки. Все исправлено, новая версия (5.726) на сайте.
Все эти названия -- бинарные. Их правильно цитировать либо как "Phylum Sycon", либо как "6 Sycon".
Принцип отбора: (1) максимальное сходство с наиболее общепринятым названием, (2) название, употребленное в таком качестве (если можно, то наиболее часто), (3) название, чаще всего (или член группы "наиболее частых") использующееся в упоминаниях о группе. Пока, к сожалению, много шероховатостей. Вы уже указывали мне на некоторые, и если найдете еще, я буду очень благодарен.



Juglans 20.05.2008 02:34
А Вы используете принцип приоритета? Т.е. если Клюге первым использовал бинарное название для классов ракообразных - они приоритетны?

stat. m. - это status mihi?



plantago 20.05.2008 03:14
По поводу приоритета -- я работаю с таксонами таких рангов, для которых принцип приоритета соблюдать не обязательно. Если же начать работать с "подпадающими" таксонами, то принцип соблюдать, естественно, надо. В то же время я готов признать приоритетные типификации, если они существуют. Поэтому Вы можете заметить, что я использую (за некоторыми исключениями) названия Н. Клюге отсюда: http://www.insecta.bio.pu.ru/z/sys-ins.htm ( http://www.insecta.bio.pu.ru/z/sys-ins.htm )
Извините, не ответил про stat.m. Там есть примечание вначале -- stat.m. = status mutabilis. "Status" понимается двояко, что неудобно -- и как ранг, и как целостность группы. Это связанные вещи, но все же разные.



Juglans 20.05.2008 04:13
А что конкретно Вы имели в виду, когда поставили stat.m. для полиподиозой?



plantago 20.05.2008 06:54
То, что одно из возможных решений -- рассматривать их как группу наравне с Hydrozoa и Myxozoa. Вы, кстати, видели статью http://www.biomedcentral.com/1471-2148/8/139/abstract ( http://www.biomedcentral.com/1471-2148/8/139/abstract ) ?



Juglans 20.05.2008 14:51
За статью спасибо - не знал!

У Г.А. Клюге для эуметазой использовано название Homo, для Arthropoda – Scarabaeus (у вас по ошибке это название использовано и для Spiralia), для моллюсков – Limax, для Annelida - Lumbricus, плоские черви – Fasciola, книдарии – Medusa, ракообразные – Cancer, многоножки – Scolopendra.

Я бы не стал разделять панкрустаций и многоножек, объединив в общий подтип мандибулят (уж очень много общего в их морфологии – гораздо больше, чем у пантопод и хелицерат). Если использовать stat. m. (это вполне разумно), то и для ногохвосток, но не для моноплакофор (данные молекулярного анализа практически все малакологии подвергли резкой критике из-за очень короткого фрагмента). Хетогнаты – скорее sed. m., чем stat.m. Maxillopoda парафилетичны (я об этом уже писал). Тут такая особенность, что морфологически эта группа распадается на две четкие линии – копеподную и циррипедиальную. А вот объединить их по синапоморфиям трудно. В сущности, максилоподы – это аналог многоножек (у последних также выделяют синапоморфии, но их мало и они сомнительные). С птицами я так и не понял: различия между птицами и ящерицами меньше, чем между ксифозурами и паукообразными. Не должно быть «особых» групп.



plantago 21.05.2008 00:54
Постараюсь ответить подробнее позже. Пока главный вопрос -- у Клюге есть какой-нибудь внятный источник этих названий? На его сайте они даны лишь обиняками, в синонимах, найти их очень трудно. Вот здесь -- все названия? (в синонимах к Araneus) http://www.insecta.bio.pu.ru/z/nom/_typ-A.htm ( http://www.insecta.bio.pu.ru/z/nom/_typ-A.htm ) ?



plantago 21.05.2008 03:16
> У Г.А. Клюге для эуметазой использовано название Homo
Как писал Линней, "Nosce te ipsum", поэтому Felis.
> для Arthropoda – Scarabaeus
Нет, Araneus. А вот для Ecdysozoa у меня ошибочно приведен Scarabaeus.
> (у вас по ошибке это название использовано и для Spiralia)
Исправлено, спасибо.
> для моллюсков – Limax
Изменено.
> для Annelida - Lumbricus
Не хочу из-за проблем с Clitellata/Oligochaeta. К тому же Nereis Клюге тоже использует.
> плоские черви – Fasciola
Planaria -- ближе по смыслу и звучанию к традиционному названию. А Neodermata изменил.
> книдарии – Medusa
Запутывающее название, поскольку 6Medusa = Anthozoa, а Medusozoa = 6 Hydra.
> ракообразные – Cancer
Такой группы у меня нет. Название использовано для Malacostraca.
> многоножки – Scolopendra.
Изменено.
> Я бы не стал разделять панкрустаций и многоножек, объединив в общий подтип мандибулят (уж очень много общего в их морфологии – гораздо больше, чем у пантопод и хелицерат).
Покуда не будет показана ошибочность сближения многоножек и хелицеровых, я делать этого не буду. К тому же, в системе играет роль порядок расположения таксонов, и в этом отношении многоножки рядом с панкрустацеями.
> Если использовать stat. m. (это вполне разумно), то и для ногохвосток, но не для моноплакофор (данные молекулярного анализа практически все малакологии подвергли резкой критике из-за очень короткого фрагмента).
Не согласен. Моноплакофоры/триблидииды совершенно неопределенным образом соотносятся с палеонтологической классификацией и поэтому часто рассматриваются внутри гастропод (как в "Основах палеонтологии", например).
> Хетогнаты – скорее sed. m., чем stat.m.
sed.m. написано для надтипа, который может "упасть" внутрь спиралий или экдизозой. Но вероятность этого мала, так что я вообще убрал метку.
> Maxillopoda парафилетичны (я об этом уже писал).
Отмечено. Куда при этом "падают" тантулокариды и мистакокариды?
> С птицами я так и не понял: различия между птицами и ящерицами меньше, чем между ксифозурами и паукообразными. Не должно быть «особых» групп.
Поставил stat.m. для птиц. Так лучше? smile.gif



Juglans 21.05.2008 11:40
Plantago
«Основы палеонтологии» - это довольно однобокое (к тому же – устаревшее) издание. Палеонтологи никогда не могли точно сказать, являются ли моноплакофоры отдельным классом или нет (равно как и то, что же такое ростроконхи и ксеноконхи). Другое дело морфологи. Гастроподы – это строго монофилетическая группа с комплексом уникальных синапоморфий, в основе которых лежит торсия. У моноплакофор совершенно очевидно нет торсии. Споры были относительно того, к кому ближе моноплакофоры, но их статус класса после работ Лемхе вообще неонтологами не подвергался сомнению. Для меня совершенно очевидно, что если Вы хотите составить представление о морфологии и положении этой группы, то Вам нужно читать не «Основы палеонтологии», а соответствующий том Microscopic Anatomy of Invertebrates. Гастроподы там написаны плохо, а вот моноплакофоры писал очень крутой морфолог.

По поводу Клюге – даже и не знаю. Я опирался на его книгу.

Думаю, что Вам нужно продумать какие-то отметки в своей системе, вроде «включен предварительно», «включен условно» - для групп, которые попадают внутрь других, но с некоторыми сомнениями. Я бы лично еще использовал такие пометки: «название не в исходном смысле или новом смысле или требующее изменения» - для тех групп, которые стали пониматься иначе, но их названия не изменились. Поясняю: исходно волосатиков относили к нематодам, потом их разделили, но когда объединили, то предложили новое название для этой группы. Синдермат можно было бы называть Rotifera, но это неверно, поскольку они еще включают скребней. Однако некоторые группы почему-то не изменили своего названия при сходных обстоятельствах: брахиоподы (включающие форонид), аннелиды (включающие сипункулид) и т.д. Это делает название группы абсурдным, поскольку тогда окажется, что сипункулиды – это кольчатые черви, лишенные кольчатости исходно. В таком контексте Ваши параллельные названия в скобках действительно будут очень оправданы.

А что же мизостомиды? В последних статьях из Вашего архива они явно не попадают в аннелиды. Это же старая проблема… Видимо, здесь следует обозначить, что группа с проблемным положением.

В одном месте в трихоплаксе у вас опечатка. Берое пишите без умляута (иначе и ацёль надо будет писать с умляутом).
Почему фороната, а не форонида?



plantago 22.05.2008 03:11
(Juglans @ 21.05.2008 03:40)
Ссылка на исходное сообщение  Plantago
«Основы палеонтологии» - это довольно однобокое (к тому же – устаревшее) издание.

Разумеется. Я и не использую его как источник, я только указал, что здесь бывают проблемы. Я опирался на описание и литературу отсюда: http://www.palaeos.com/Invertebrates/Mollu...placophora.html ( http://www.palaeos.com/Invertebrates/Molluscs/BasalMollusca/Monoplacophora.html ) Возможно, эти данные уже устарели? Кстати говоря, название Triblidiida для этой группы, по-видимому, подходит больше -- Вы правы.
Вам нужно читать не «Основы палеонтологии», а соответствующий том Microscopic Anatomy of Invertebrates. Гастроподы там написаны плохо, а вот моноплакофоры писал очень крутой морфолог.

Спасибо, почитаю.
Думаю, что Вам нужно продумать какие-то отметки в своей системе, вроде «включен предварительно», «включен условно» - для групп, которые попадают внутрь других, но с некоторыми сомнениями.

Как я уже писал, stat.m. имеет два значения:
1) Группа "хрупкая", то есть может быть разбита на таксоны того же ранга
2) Группа "слабо связная", то есть она может быть повышена в ранге
Вас, как видно, заинтересовало именно второе значение. Кстати, несвязные группы -- это incertae sedis.
Sed.m. тоже может иметь два значения
1) Группа "липкая", то есть может быть слита в одно целое с соседями
2) Группа периферическая, то есть может быть перенесена в другой таксон (для таких групп иногда приведено sedis possibilis)
То есть мы имеем четыре состояния (даже пять, если считать i.s.), а не два, характеризующие три стороны существования таксонов: жесткость, связность и ландшафт. Как бы их обозначить? У Вас есть идеи коротких латинизированных обозначений?
В таком контексте Ваши параллельные названия в скобках действительно будут очень оправданы.

Поэтому я и планирую к ним перейти, оставив традиционные как синонимы.
А что же мизостомиды? В последних статьях из Вашего архива они явно не попадают в аннелиды. Это же старая проблема… Видимо, здесь следует обозначить, что группа с проблемным положением.

Согласен: "Myzostomida sed. et stat.m."
В одном месте в трихоплаксе у вас опечатка.

Спасибо, исправил.
Берое пишите без умляута (иначе и ацёль надо будет писать с умляутом).

Хо! Тут выяснилась такая штука:
ICBN:
===
60.6. Diacritical signs are not used in Latin plant names. In names (either new or old) drawn from words in which such signs appear, the signs are to be suppressed with the necessary transcription of the letters so modified; for example ä, ö, ü become, respectively, ae, oe, ue; é, è, ê become e, or sometimes ae; ñ becomes n; ø becomes oe; å becomes ao. The diaeresis, indicating that a vowel is to be pronounced separately from the preceding vowel (as in Cephaëlis, Isoëtes), is permissible; the ligatures -æ- and -œ-, indicating that the letters are pronounced together, are to be replaced by the separate letters -ae- and -oe-.
===
ICZN:
===
Article 27. Diacritic and other marks. No diacritic or other mark (such as an apostrophe), or ligature of the letters a and e (æ) or o and e (œ) is to be used in a scientific name; the hyphen is to be used only as specified in Article 32.5.2.4.3.
===
Я-то по старой ботанической привычке его писал... Убрано. Но Isoëtes остался.
Почему фороната, а не форонида?

Исправлено.



Juglans 22.05.2008 07:20
Но студентам я TrYblidiida не даю - звучит не очень... smile.gif

К сожалению, я плохо знаю латынь, чтобы советовать. А так новый вариант системы мне даже нравится... (точнее - я привыкаю к разным необычностям).



lesha74 28.06.2008 03:36
О, ещё одно недостающее звено появилось: Ventastega curonica
http://ecoportal.ru/news.php?id=31037 ( http://ecoportal.ru/news.php?id=31037 ) или
http://www.ammonit.ru/news.php?act=455&page=1 ( http://www.ammonit.ru/news.php?act=455&page=1 )
Не подскажет ли кто, эта штука относиться к пресмыкающимся или еще к амфибия?



plantago 28.06.2008 05:44
Почитайте статью.



Файл/ы:

Скачать файл ahlberg2008.pdf
Размер:: 1.3мб
кол-во скачиваний: 461




lesha74 02.11.2008 02:38
А файл что-то не скачивается.
Выдается сообщение, что он, возможно, перемещен или закрыта тема.
Подумал, что он с глюком.



plantago 02.11.2008 04:28
Бывает. Попробуйте сейчас.



grumbler 03.12.2008 11:02
Вышла статья, утверждающая, что значительная часть прокариот эволюционировали на суше, и отчасти поддерживающая филогенетические схемы Cavalier-Smith'а 2006 г.
"Сombined evidence from phylogenetic, cytological, and environmental data support the existence of an evolutionary group that appears to have had a common ancestor on land early in Earth's history and includes two-thirds of known prokaryote species. Members of this terrestrial clade (Terrabacteria), which includes Cyanobacteria, the Gram-positive phyla (Actinobacteria and Firmicutes), and two phyla with cell walls that differ structurally from typical Gram-positive and Gram-negative phyla (Chloroflexi and Deinococcus-Thermus), possess important adaptations such as resistance to environmental hazards (e.g., desiccation, ultraviolet radiation, and high salinity) and oxygenic photosynthesis. Moreover, the unique properties of the cell wall in Gram-positive taxa, which likely evolved in response to terrestrial conditions, have contributed towards pathogenicity in many species. These results now leave open the possibility that terrestrial adaptations may have played a larger role in prokaryote evolution than currently understood".
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msn247v2 ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msn247v2 )
Если есть доступ к fulltext, поделитесь, пожалуйста!



plantago 03.12.2008 16:59
Скорее не схемы Кавалье-Смита, а некий общий консенсус того, что наметилось в мегасистематике прокариот в последнее время. Еще одна статья на тему: http://www.biomedcentral.com/1471-2148/8/272 ( http://www.biomedcentral.com/1471-2148/8/272 )
Текст предыдущей статьи в приложении.



Файл/ы:

Скачать файл battistuzzi2008.pdf
Размер:: 908.34к
кол-во скачиваний: 1014




mlog 10.10.2009 00:07
Появилась новая система АФиГе APG: http://www3.interscience.wiley.com/journal...630309/abstract ( http://www3.interscience.wiley.com/journal/122630309/abstract )
An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III

если у кого нет доступа, полный текст просите у меня [fagopyrum@list.ru], тут выкладывать не хочу shuffle.gif



plantago 10.10.2009 01:42
Собственно, в этом номере три системы, что не может не радовать. Особенна примечательна система Chase & Reveal, в которой все цветковые отнесены к хвощевидным tongue.gif



mlog 23.02.2010 15:58
Новая статья по макрофилогении двудольных на основании полных пластидных геномов: http://www.pnas.org/content/early/2010/02/...7.full.pdf+html ( http://www.pnas.org/content/early/2010/02/11/0907801107.full.pdf+html )

Меня по вполне понятным причинам она и радует, и огорчает одновременно smile.gif frown.gif



Juglans 23.02.2010 16:17
А стоило ли объединять лотос и платан в один таксон, если поддержка клады 80?!



mlog 23.02.2010 16:29
(Juglans @ 23.02.2010 17:17)
Ссылка на исходное сообщение  А стоило ли объединять лотос и платан в один таксон, если поддержка клады 80?!


Ну, как справедливо замечает один мой коллега, лотос и платан отличаются друг от друга меньше, чем разные виды бобовых smile.gif (в смысле, не вообще, а по этим данным smile.gif )



plantago 23.02.2010 22:49
Как Вы могли заметить, Caryophyllales у меня уже давно в астеридах smile.gif



mlog 23.02.2010 23:21
(plantago @ 23.02.2010 23:49)
Ссылка на исходное сообщение  Как Вы могли заметить, Caryophyllales у меня уже давно в астеридах smile.gif


Я знаю, да smile.gif А вот Солтисы сочли за благо сделать вид, что моей статьи просто не существует mad.gif



plantago 24.02.2010 00:34
Пошлите им оттиск. Можно через Мавродиева.



Андреас 27.03.2017 09:52
Вопрос: Всю жизнь был уверен, что лавр - семейство Маслиновые, также как лавровишня, камфорное дерево, оливки, сирень, ясень, бирючина.
А теперь оказывается - Лавровые? Его разделили?



Guest 27.03.2017 12:00
Это Вы чего-то не того помните. Лавровишня так всегда была розоцветная.



Андреас 27.03.2017 12:31
(Guest @ 27.03.2017 12:00)
Ссылка на исходное сообщение  Это Вы чего-то не того помните. Лавровишня так всегда была розоцветная.

Ок. Спасибо. На счёт этого - протупил значит. Кстати, я как раз проходил на днях мимо её в Лазаревской (начинала зацветать), и ещё подумал - как похожа на черёмуху! redface.gif



Картинки:
Прикреплённое изображение

Кархарот 31.03.2017 23:40
Лавр и камфорное дерево еще в большей степени (чем лавровишня) не имеют ничего общего с маслиновыми (оливки, сирень, ясень, бирючина). Лавровые вообще относятся к группе магнолиид, отделившейся от остальных цветковых растений еще до того, как последние разделились на двудольных и однодольных. То, что у лавра плод похож на маленькую маслину еще ничего не значит:)





Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)