Надо сказать, что группа R. Jansen уже и до моркови показала, что гвоздичноцветные -- сестринская группа астерид. В "стандартных" филогениях этой части дерева узлы не разрешены, так что такого можно было ожидать. Последствия для систематики мне пока непонятны.

  Сейчас они (группа Jansen) эти геномы будут печь как блины. Прикрепляю статью, и еще статью про кофе (почему-то в последней статье кофе нет). Еще есть вот такая статья: http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/6/1366
но у меня нет PDF.
===
Интересно, что Chloranthus даже с полным хлоропластным геномом плохо "влазит" в дерево.
У животных, кстати, полные митохондриальные геномы надежд не оправдали и бардака в системе не убавили. Хлоропластные всяко лучше, так что посмотрим.

  В митохондриальных геномах еще смотрят gene order, но без особого толка.

Вообще, похоже, что полные геномы делать научились, а как следует сравнивать -- пока нет.

 Это четвертый из секвенированных ядерных геномов высших растений..., размер его составляет около 487 пар оснований.

  Это как?
Мегабазы 

  plantago
А статья Rare Coding Sequence Changes Are Consistent With Ecdysozoa, Not Coelomata уже вышла? Как только выйдет, пожалуйста, дайте знать - это тормозит одну работу, поскольку тезис о базальности целомического состояния у билатеральных животных сейчас в РФ становится "идеологически верным" и нужно ссылать на альтернативные мнения.

  Господа! Я оказался втянутым в приватную дискуссию американских и шведских коллег, и столкнулся с новым для меня доводом в пользу молекулярных методов реконструкции филогении: они (методы) не "загружены знаниями". Т.е. молекулярный исследователь не знает, кто к кому "должен" быть близок до построения древа, и это рассматривается как позитивный момент. (Поэтому и не удивительно, что молекулярщики очень часто не могут заподозрить, что тот или иной вид определен неверно...   ). Кто-нибудь знает, есть ли публикации на сей счет?

Пока методы не улучшились, надо удалять данные из филогеномных анализов.

  Определена полная последовательность ядерного генома папайи (Carica papaya).

  профанский вопрос, но сколько такое секвенирование занимает времени и денег?)

  Спасибо. Подсолнечника там не видать, придется самим секвенировать.

  Для растений next generation технологии, вероятно, не особо эффективны из-за большого количества повторов в геноме - потом больше сил и средств уйдёт на то, что этот геном правильно "собрать" из кусочков в 70-400 п.н.

  Мне кажется, что секвенирование генома панды - это скорее "proof of principle", чем начало новой эры в секвенировании геномов животных. Существующие next generation sequencing технологии делают последующую обработку полученных последовательностей очень трудоёмкой, так что это по зубам лишь специализированным центрам с супер-компьютерами и серьезной командой информатиков. Насколько я себе представляю, эти технологии будут применяться в первую очередь для de novo секвенирования геномов микроорганизмов, а для высших организмов, скорее всего, ограничатся re-sequencing, т.е. секвенированием очень близких видов или разных особей одного и того же вида. Другое дело, что прогресс не стоит на месте, и если удастся увеличить длину последовательности, читаемой за одну реакцию, до 500-600 нуклеотидов, то это позволит кардинально изменить ситуацию.