Немного об AMPure RU:
https://disk.yandex.ru/i/x6ZKbTf_D8rU6A

С Новым годом!

С Новым годом!

С Новым годом!

Вести с полей (нанопоровое секвенирование):
https://www.youtube.com/watch?v=f_p4GpYOc68

Магнитные штативы не нужно делать Они уже сделаны. Их нужно только рекламировать и продавать. И на вырученные деньги разрабатывать секвенаторы:
https://electronix.ru/forum/index.php?app=f...164319#comments

Тогда придётся секвенировать и разбираться с особенностями этого клона.

GC, скорее всего, не виноваты. Редкие кодоны (типа ССС) в Rosetta преодолеваются дополнительными tRNA. Скорее всего, в плохой экспрессии виновата токсичность целевого белка. Например, его встраивание в мембрану. Или у него имеются гидрофобные эпитопы, действующие на мембрану как детергенты. Возможны и более хитрые воздействия на окружающие структуры, белки и их функции.

Я уж и не надеялся встретить здесь живых людей.

Наверное, биолистингом.

Меня сейчас больше интересует ген флавидина (https://www.addgene.org/search/catalog/plasmids/?q=Flavidin). Хотя для начала подойдёт и стрептавидина. Синтез гена дороговат, а заказывать из США в разгар пандемии как-то стрёмно.
Эпитопы S-белка для диффузионной преципитации нужны в виде димеров или тримеров. Ещё лучше - тетрамеров. Тетрамерный стрептавидин для этих целей подходит идеально. Тем более, что его ещё и окрасить можно биотинилированными красителями или белками.

Ещё одна дурацкая идея - разработка наборов для определение антител при помощи РДП (реакции диффузионной преципитации). Для этого нужно иметь растворимый антиген (S-белок). Подойдут и его отдельные эпитопы, но только в форме димеров или тримеров. И хорошо бы навесить на них GFP или что-то вроде него. С флуоресцентной меткой полоски преципитата будут выглядеть очень красиво.

Формочки для заливки гелей и штампы для формирования в них лунок можно печатать на 3D-принтере. Кровь брать умеет (и может научить) любой диабетик, контролирующий свой уровень глюкозы. Пробирки для забора 200 мкл крови с капиллярами и ЭДТА в продаже имеются. В общем, всё есть. Нужно только обеспечить народ (школьников и студентов) растворимыми антигенами и ввести практикум по определению антител и антигенов в программу их обучения. Или обеспечить биохакеров антигенами для определения IgG к S-белку SARS-CoV-2 и подробными инструкциями по постановке РДП.

Я в институте тоже работаю на правах волонтёра. Главное - чтобы пускали.

Я уже давно биохакерствую. Сюда можно причислить и освоение производства магнитных штативов, и технологию синтеза магносорбентов, и AMPure RU. А теперь к этому списку захотелось добавить DIY-вакцину и тест-систему для определения антител на S-белок в домашних условиях. Буду рад любой поддержке. Особенно моральной. Материальная для этого не требуется.

Если человек не умер от SARS-CoV-2, то только за счёт формирования иммунитета. Обычный вариант такого иммунитета - B-клеточный, приводящий к образовнию нейтрализующих антител. Но возможны и другие варианты. Например, может сработать РНК-интерференция. Или T-клеточный иммунитет (через MHC I и стимуляцию размножения Т-киллерных лимфоцитов). А также размножение T-хелперных лимфоцитов (при участии MHC II), которые способствуют размножению и B-, и Т-лимфоцитов. Так что отсутствие антител после выздоровления не свидетельствует об отсутствии иммунитета.

Наибольшую опасность представляет антителозависимое усиление инфекции (antibody-dependent enhancement, ADE), способствующее размножению филовирусов (Эбола, Марбург и т.п), флавивирусов (Денге, желтой лихорадки и т.п.), аренавирусов (Ласса, Мачупо и др.). К счастью, у коронавирусов ADE не проявляется, поэтому первые страхи по этому поводу уже развеялись. Зато проявляется невысокая продолжительность иммунитета, которая в осчетании с появлением новых (частично преодолевающих иммунитет) вариантов может очень осложнить нам всю оставшуюся жизнь.

Сначала надеялся пересидеть эту пандемию и ни во что - ввязываться, но, похоже, отсидеться в окопах не удастся. Придётся хоть что-то сделать. Например, простую вакцину, приготовить которую (и вколоть себе) сможет любой биохакер средней руки.

Антител сейчас хватает (435 BAU), но через пол года, похоже, придётся ревакцинироваться. Вакцины на вариант Дельта к этому времени могут ещё не появиться, поэтому доморощенная вакцина может пригодиться. А эндотоксина я не боюсь. Очистить IBs от него сложно, но остаточную токсичность можно просто нейтрализовать.

Что касается клеточного иммунитета, то с ним сложнее. Есть парочка неплохих эпитопов, но с ними нужно ещё разбираться. Если разберусь, то постараюсь что-нибудь придумать. Возможно, в духе Пфайзера и Модерны, но есть варианты и получше.

Всё не так однозначно. Эндотоксин убрать не сложно. А если не убрать, то нейтрализовать его токсичность. Кроме того, кролики к нему очень чувствительны, а на хомяков он вообще не действует. Так что с ним возможны варианты. Думаю, что очистки IBs с His-tag на никелевой колонке будет достаточно для минимизации токсичности препаратов. Если кроликам и этого не хватит, то придётся добавить нейтрализаторы - полимиксин и/или человеческий лактоферрин. Первый можно купить в ближайшей аптеке. Второй (рекомбинантный) тоже вполне доступен.

Если опыты по вакцинации людей проводить исключительно на себе, то в тюрьму не посадят.

И где его (S-ген) можно купить?

Чистить белок не собираюсь. Они в неочищенном виде более иммуногенен. Примеси (эндотоксин и ошмётки клеточной стенки) являются хорошими адъювантами.

Скопировано из сообщения Asterix:

Да , похоже надо будет подкинуть идейку свою этим товарищам , они неплохо там развернулись с магнитно-улучщенной трансфекцией.

Может смогут обсчитать и мою идею для растений тоже .., а я займусь проверкой на практике их расчетов, там конечно обычный магнит не потянет , нужен сверхмощный какой-то или импульсный .. но вот вопрос исключительно в достижимости подобной мощности за разумные деньги.

Лёд тронулся ... прислали праймеры для клонирования S-гена SARS-CoV-2. И одна школьница пососедству согласилась повозиться с таким клонированием . Задача - получить штамм-сверхпродуцент первой половины спайк-белка (S1), образующий при индукции промотора тельца включения (IBs). Из них может получиться отличная вакцина. Да и для ИФА-системы на IgG могут пригодиться.

Буду признателен, если поищете ошибки не в конструкциях генов для светящегося табака (который никому не нужен), а в моих расчётах:
https://1drv.ms/w/s!Aj-K-u-yGV9230ONZ73...PY8lPO?e=YV9u2x

В среду удалось попасть на выставку "Диагнополис" и заглянуть в павильон Axbio.

Секвенатор обещают выпустить в следующем году, хотя его экспериментальные образцы уже работают. Технология - рошевская. Т.е. нанопоровая, но с ДНК-полимеразой phi29 на входе в биопору и со специальными субстратами (модифицированными dNTP). Точность многократного чтения довели до Q30. Для определения снипов этого недостаточно, но идентифицировать любые возбудители метагеномным секвенированием препаратов можно. Производительность - 10 Gb/run, причём это всего за час. У MinION производительность 20...30 Gb/run, но это за двое суток.
Секвенирование одной пробы (чип + пробоподноговка +расходники) будет стоить ~$100.
Все прочие подробности можно будет узнать 25 апреля 2022 года на конференции "День ДНК - 2022" (Пущино, ИТЭБ РАН). Пообещали приехать туда с докладом.

В среду удалось попасть на выставку "Диагнополис" и заглянуть в павильон Axbio.

Секвенатор обещают выпустить в следующем году, хотя его экспериментальные образцы уже работают. Технология - рошевская. Т.е. нанопоровая, но с ДНК-полимеразой phi29 на входе в биопору и со специальными субстратами (модифицированными dNTP). Точность многократного чтения довели до Q30. Для определения снипов этого недостаточно, но идентифицировать любые возбудители метагеномным секвенированием препаратов можно. Производительность - 10 Gb/run, причём это всего за час. У MinION производительность 20...30 Gb/run, но это за двое суток.
Секвенирование одной пробы (чип + пробоподноговка +расходники) будет стоить ~$100.
Все прочие подробности можно будет узнать 25 апреля 2022 года на конференции "День ДНК - 2022" (Пущино, ИТЭБ РАН). Пообещали приехать туда с докладом.

Картинка этого года. Завтра и послезавтра (19-20 октября сего года) AXBIO будет представлять свой первый прибор на выставке "Диагнополис" в павильоне М8. Правда, это будет ещё не секвенатор, а нанопоровый анализатор ампликонов. Но я надеюсь, что секвенатор они всё-таки доработают. Если, конечно, перестанут ориентироваться на рошевскую технологию и модифицируют свой чип (уменьшат количество сенсоров с миллиона до 10000, повысят частоту считывания сигнала и т.п.) для использования с оксфордскими нанопорами.
https://1drv.ms/u/s!Aj-K-u-yGV9230Wt2xC...fScm2q?e=eluDzm
https://1drv.ms/u/s!Aj-K-u-yGV9230cr_mH...mM8Obp?e=xqVBS7